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Previous issue date: 2015-12-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), belonging to the Myrtaceae family, is a neotropical fruit
tree species and native Brazilian Cerrado. As for the vast majority of neotropical species, very little
is known about the genome of cagaiteira and genetic studies conducted so far are based on the use
of a small number of molecular markers. In order to facilitate the development of genetic analysis
studies in genomic scale for the species, this study aimed to identify and characterize variants of a
single nucleotide (SNPs) in the genome of E. dysenterica using next-generation sequencing data.
Genomic DNA libraries extracted from leaf tissue of five individuals of E. dysenterica, descendants
of five distinct natural populations were subjected to sequencing on Illumina MiSeq platform,
using the paired-end strategy (2x300). The sequences obtained were submitted to quality
control examination to remove adapters and low quality regions. An assembly for the draft genome
of E. dysenterica was produced by use of dipSPAdes program. To identify SNPs, after controlling
for data quality, we performed the alignment of the assembly reads the draft with the BWA program
and variants were identified using the platform of GATK tools. After three stages of filtration
were identified 999,016 SNPs, with a Ts / Tv ratio equal to 1.86. We observed a density of one
SNP every ~ 251 bases and most SNPs occurs in the context gene (59.79%). Most effects of putative
SNPs identified are missense mutations (57.70%), but which have a low impact (0.74%). This
work provides subsidies for the development of molecular markers for application in genomic
studies of populations of E. dysenterica. / A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), pertencente à família Myrtaceae, é uma espécie vegetal
neotropical, arbórea, frutífera e nativa do Cerrado brasileiro. Como ocorre para a grande maioria
das espécies neotropicais, muito pouco se sabe sobre o genoma da cagaiteira e os estudos genéticos
realizados até agora se fundamentam na utilização de um pequeno número de marcadores
moleculares. A fim de viabilizar o desenvolvimento de estudos de análise genética em escala
genômica para a espécie, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar variantes de
um único nucleotídeo (SNPs) no genoma de E. dysenterica, utilizando dados de sequenciamento de
nova geração. Bibliotecas de DNA genômico extraído de tecidos foliares de cinco indivíduos de E.
dysenterica, descendentes de cinco populações naturais distintas, foram submetidas ao
sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq, utilizando a estratégia de paired-end (2x300). As
sequências obtidas foram submetidas à análise de controle de qualidade para remoção de
adaptadores e de regiões de baixa qualidade. Um draft assembly para o genoma de E. dysenterica
foi produzido pela utilização do programa dipSPAdes. Para a identificação de SNPs, após o
controle de qualidade dos dados, foi realizado o alinhamento dos reads ao draft assembly com o
programa BWA e as variantes foram identificadas utilizando-se as ferramentas da plataforma
GATK. Após três etapas de filtragem foram identificados 999.016 SNPs, apresentando uma relação
Ts/Tv igual a 1,86. Observou-se uma densidade de um SNP a cada ~251 bases e que a maior parte
dos SNPs ocorre em contexto gênico (59,79%). A maior parte dos efeitos putativos dos SNPs
identificados são de mutações do tipo missense (57,70%), mas que apresentam um baixo impacto
(0,74%). Esse trabalho fornece subsídios para o desenvolvimento de marcadores moleculares para
aplicação em estudos de genômica de populações de E. dysenterica.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/6082 |
| Date | 18 December 2015 |
| Creators | Nunes, Rhewter |
| Contributors | Coelho, Alexandre Siqueira Guedes, Telles, Mariana Pires de Campos, Coelho, Alexandre Siqueira Guedes, Novaes, Evandro, Vianello, Rosana Pereira |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Genetica e Melhoramentode Plantas, UFG, Brasil, Escola de Agronomia e Engenharia de Alimentos - EAEA (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 1167494949003462214, 600, 600, 600, 600, 4500684695727928426, -7397920248419280716, 2075167498588264571 |
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