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Redução do esforço do usuário na configuração da deduplicação de grandes bases de dados / Reducing the user effort to tune large scale deduplication

Dal Bianco, Guilherme January 2014 (has links)
A deduplicação consiste na tarefa de identificar quais objetos (registros, documentos, textos, etc.) são potencialmente os mesmos em uma base de dados (ou em um conjunto de bases de dados). A identificação de dados duplicados depende da intervenção do usuário, principalmente para a criação de um conjunto contendo pares duplicados e não duplicados. Tais informações são usadas para ajudar na identificação de outros possíveis pares duplicados presentes na base de dados. Em geral, quando a deduplicação é estendida para grandes conjuntos de dados, a eficiência e a qualidade das duplicatas dependem diretamente do “ajuste” de um usuário especialista. Nesse cenário, a configuração das principais etapas da deduplicação (etapas de blocagem e classificação) demandam que o usuário seja responsável pela tarefa pouco intuitiva de definir valores de limiares e, em alguns casos, fornecer pares manualmente rotulados. Desse modo, o processo de calibração exige que o usuário detenha um conhecimento prévio sobre as características específicas da base de dados e os detalhes do funcionamento do método de deduplicação. O objetivo principal desta tese é tratar do problema da configuração da deduplicação de grandes bases de dados, de modo a reduzir o esforço do usuário. O usuário deve ser somente requisitado para rotular um conjunto reduzido de pares automaticamente selecionados. Para isso, é proposta uma metodologia, chamada FS-Dedup, que incorpora algoritmos do estado da arte da deduplicação para permitir o processamento de grandes volumes de dados e adiciona um conjunto de estratégias com intuito de possibilitar a definição dos parâmetros do deduplicador, removendo os detalhes de configuração da responsabilidade do usuário. A metodologia pode ser vista como uma camada capaz de identificar as informações requisitadas pelo deduplicador (principalmente valores de limiares) a partir de um conjunto de pares rotulados pelo usuário. A tese propõe também uma abordagem que trata do problema da seleção dos pares informativos para a criação de um conjunto de treinamento reduzido. O desafio maior é selecionar um conjunto reduzido de pares suficientemente informativo para possibilitar a configuração da deduplicação com uma alta eficácia. Para isso, são incorporadas estratégias para reduzir o volume de pares candidatos a um algoritmo de aprendizagem ativa. Tal abordagem é integrada à metodologia FS-Dedup para possibilitar a remoção da intervenção especialista nas principais etapas da deduplicação. Por fim, um conjunto exaustivo de experimentos é executado com objetivo de validar as ideias propostas. Especificamente, são demonstrados os promissores resultados alcançados nos experimentos em bases de dados reais e sintéticas, com intuito de reduzir o número de pares manualmente rotulados, sem causar perdas na qualidade da deduplicação. / Deduplication is the task of identifying which objects (e.g., records, texts, documents, etc.) are potentially the same in a given dataset (or datasets). It usually requires user intervention in several stages of the process, mainly to ensure that pairs representing matchings and non-matchings can be determined. This information can be used to help detect other potential duplicate records. When deduplication is applied to very large datasets, the matching quality depends on expert users. The expert users are requested to define threshold values and produce a training set. This intervention requires user knowledge of the noise level of the data and a particular approach to deduplication so that it can be applied to configure the most important stages of the process (e.g. blocking and classification). The main aim of this thesis is to provide solutions to help in tuning the deduplication process in large datasets with a reduced effort from the user, who is only required to label an automatically selected subset of pairs. To achieve this, we propose a methodology, called FS-Dedup, which incorporates state-of-the-art algorithms in its deduplication core to address high performance issues. Following this, a set of strategies is proposed to assist in setting its parameters, and removing most of the detailed configuration concerns from the user. The methodology proposed can be regarded as a layer that is able to identify the specific information requested in the deduplication approach (mainly, threshold values) through pairs that are manually labeled by the user. Moreover, this thesis proposed an approach which would enable to select an informative set of pairs to produce a reduced training set. The main challenge here is how to select a “representative” set of pairs to configure the deduplication with high matching quality. In this context, the proposed approach incorporates an active learning method with strategies that allow the deduplication to be carried out on large datasets. This approach is integrated with the FS-Dedup methodology to avoid the need for a definition of threshold values in the most important deduplication stages. Finally, exhaustive experiments using both synthetic and real datasets have been conducted to validate the ideas outlined in this thesis. In particular, we demonstrate the ability of our approach to reduce the user effort without degrading the matching quality.
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MPPI: um modelo de procedência para subsidiar processos de integração / MPPI: a provenance model to support data integration processes

Bruno Tomazela 05 February 2010 (has links)
A procedência dos dados consiste no conjunto de metadados que possibilita identificar as fontes e os processos de transformação aplicados aos dados, desde a criação até o estado atual desses dados. Existem diversas motivações para se incorporar a procedência ao processo de integração, tais como avaliar a qualidade dos dados das fontes heterogêneas, realizar processos de auditoria dos dados e de atribuição de autoria aos proprietários dos dados e reproduzir decisões de integração. Nesta dissertação é proposto o MPPI, um modelo de procedência para subsidiar processos de integração. O modelo enfoca sistemas nos quais as fontes de dados podem ser atualizadas somente pelos seus proprietários, impossibilitando que a integração retifique eventuais conflitos de dados diretamente nessas fontes. O principal requisito do MPPI é que ele ofereça suporte ao tratamento de todas as decisões de integração realizadas em processos anteriores, de forma que essas decisões possam ser reaplicadas automaticamente em processos de integração subsequentes. O modelo MPPI possui quatro características. A primeira delas consiste no mapeamento da procedência dos dados em operações de cópia, edição, inserção e remoção, e no armazenamento dessas operações em um repositório de operações. A segunda característica é o tratamento de operações de sobreposição, por meio da proposta das políticas blind, restrict, undo e redo. A terceira característica consiste na identificação de anomalias decorrentes do fato de que fontes de dados autônomas podem alterar os seus dados entre processos de integração, e na proposta de quatro tipos de validação das operações frente a essas anomalias: validação completa, da origem, do destino, ou nenhuma. A quarta característica consiste na reaplicação de operações, por meio da proposta dos métodos VRS (do inglês Validate and Reapply in Separate) e VRT (do inglês Validate and Reapply in Tandem) e da reordenação segura do repositório, os quais garantem que todas as decisões de integração tomadas pelo usuário em processos de integração anteriores sejam resolvidas automaticamente e da mesma forma em processos de integração subsequentes. A validação do modelo MPPI foi realizada por meio de testes de desempenho que investigaram o tratamento de operações de sobreposição, o método VRT e a reordenação segura, considerando como base as demais características do modelo. Os resultados obtidos mostraram a viabilidade de implementação das políticas propostas para tratamento de operações de sobreposição em sistemas de integração reais. Os resultados também mostraram que o método VRT proporcionou ganhos de desempenho significativos frente à coleta quando o objetivo é restabelecer resultados de processos de integração que já foram executados pelo menos uma vez. O ganho médio de desempenho do método VRT foi de pelo menos 93%. Ademais, os testes também mostraram que reordenar as operações antes da reaplicação pode melhorar ainda mais o desempenho do método VRT / Data provenance is the set of metadata that allows for the identification of sources and transformations applied to data, since its creation to its current state. There are several advantages of incorporating data provenance into data integration processes, such as to estimate data quality and data reliability, to perform data audit, to establish the copyright and ownership of data, and to reproduce data integration decisions. In this master\'s thesis, we propose the MPPI, a novel data provenance model that supports data integration processes. The model focuses on systems in which only owners can update their data sources, i.e., the integration process cannot correct the sources according to integration decisions. The main goal of the MPPI model is to handle decisions taken by the user in previous integration processes, so they can be automatically reapplied in subsequent integration processes. The MPPI model introduces the following properties. It is based on mapping provenance data into operations of copy, edit, insert and remove, which are stored in an operation repository. It also provides four techniques to handle overlapping operations: blind, restrict, undo and redo. Furthermore, it identifies anomalies generated by sources that are updated between two data integration processes and proposes four validation approaches to avoid these anomalies: full validation, source validation, target validation and no validation. Moreover, it introduces two methods that perform the reapplication of operations according to decisions taken by the user, called the VRS (Validate and Reapply in Separate) and the VRT (Validate and Reapply in Tandem) methods, in addition to extending the VRT method with the safe reordering optimization. The MPPI model was validated through performance tests that investigated overlapping operations, the VRT method and the safe reordering optimization. The tests showed that the techniques proposed to handle overlapping operations are feasible to be applied to real integration systems. The results also demonstrated that the VRT method provided significant performance gains over data gathering when the goal is to reestablish previous integration results. The performance gains were of at least 93%. Furthermore, the performance results also showed that reordering the operations before the reapplication process can improve even more the performance of the VRT method
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Formalização do processo de tradução de consultas em ambientes de integração de dados XML / Formalization of a query translation process in XML data integration

Alves, Willian Bruno Gomes January 2008 (has links)
A fim de consultar uma mesma informação em fontes XML heterogêneas seria desejável poder formular uma única consulta em relação a um esquema global conceitual e então traduzi-la automaticamente para consultas XML para cada uma das fontes. CXPath (Conceptual XPath) é uma proposta de linguagem para consultar fontes XML em um nível conceitual. Essa linguagem foi desenvolvida para simplificar o processo de tradução de consultas em nível conceitual para consultas em nível XML. Ao mesmo tempo, a linguagem tem como objetivo a facilidade de aprendizado de sua sintaxe. Por essa razão, sua sintaxe é bastante semelhante à da linguagem XPath utilizada para consultar documentos XML. Nesta dissertação é definido formalmente o mecanismo de tradução de consultas em nível conceitual, escritas em CXPath, para consultas em nível XML, escritas em XPath. É mostrado o tratamento do relacionamento de herança no mecanismo de tradução, e é feita uma discussão sobre a relação entre a expressividade do modelo conceitual e o mecanismo de tradução. Existem situações em que a simples tradução de uma consulta CXPath não contempla alguns resultados, pois as fontes de dados podem ser incompletas. Neste trabalho, o modelo conceitual que constitui o esquema global do sistema de integração de dados é estendido com dependências de inclusão e o mecanismo de resolução de consultas é modificado para lidar com esse tipo de dependência. Mais especificamente, são apresentados mecanismos de reescrita e eliminação de redundâncias de consultas a fim de lidar com essas dependências. Com o aumento de expressividade do esquema global é possível inferir resultados, a partir dos dados disponíveis no sistema de integração, que antes não seriam contemplados com a simples tradução de uma consulta. Também é apresentada a abordagem para integração de dados utilizada nesta dissertação de acordo com o arcabouço formal para integração de dados proposto por (LENZERINI, 2002). De acordo com o autor, tal arcabouço é geral o bastante para capturar todas as abordagens para integração de dados da literatura, o que inclui a abordagem aqui mostrada. / In order to search for the same information in heterogeneous XML data sources, it would be desirable to state a single query against a global conceptual schema and then translate it automatically into an XML query for each specific data source. CXPath (for Conceptual XPath ) has been proposed as a language for querying XML sources at the conceptual level. This language was developed to simplify the translation process of queries at conceptual level to queries at XML level. At the same time, one of the goals of the language design is to facilitate the learning of its syntax. For this reason its syntax is similar to the XPath language used for querying XML documents. In this dissertation, a translation mechanism of queries at conceptual level, written in CXPath, to queries at XML level, written in XPath, is formally defined. The inheritance relationship in the translation mechanism is shown, being discussed the relation between the conceptual model expressivity and the translation mechanism. In some cases, the translation of a CXPath query does not return some of the answers because the data sources may be incomplete. In this work, the conceptual model, which is the basis for the data integration system’s global schema, is improved with inclusion dependencies, and the query answering mechanism is modified to deal with this kind of dependency. More specifically, mechanisms of query rewriting and redundancy elimination are presented to deal with this kind of dependency. This global schema improvement allows infer results, with the data available in the system, that would not be provided with a simple query translation. The approach of data integration used in this dissertation is also presented within the formal framework for data integration proposed by (LENZERINI, 2002). According to the author, that framework is general enough to capture all approaches in the literature, including, in particular, the approach considered in this dissertation.
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Redução do esforço do usuário na configuração da deduplicação de grandes bases de dados / Reducing the user effort to tune large scale deduplication

Dal Bianco, Guilherme January 2014 (has links)
A deduplicação consiste na tarefa de identificar quais objetos (registros, documentos, textos, etc.) são potencialmente os mesmos em uma base de dados (ou em um conjunto de bases de dados). A identificação de dados duplicados depende da intervenção do usuário, principalmente para a criação de um conjunto contendo pares duplicados e não duplicados. Tais informações são usadas para ajudar na identificação de outros possíveis pares duplicados presentes na base de dados. Em geral, quando a deduplicação é estendida para grandes conjuntos de dados, a eficiência e a qualidade das duplicatas dependem diretamente do “ajuste” de um usuário especialista. Nesse cenário, a configuração das principais etapas da deduplicação (etapas de blocagem e classificação) demandam que o usuário seja responsável pela tarefa pouco intuitiva de definir valores de limiares e, em alguns casos, fornecer pares manualmente rotulados. Desse modo, o processo de calibração exige que o usuário detenha um conhecimento prévio sobre as características específicas da base de dados e os detalhes do funcionamento do método de deduplicação. O objetivo principal desta tese é tratar do problema da configuração da deduplicação de grandes bases de dados, de modo a reduzir o esforço do usuário. O usuário deve ser somente requisitado para rotular um conjunto reduzido de pares automaticamente selecionados. Para isso, é proposta uma metodologia, chamada FS-Dedup, que incorpora algoritmos do estado da arte da deduplicação para permitir o processamento de grandes volumes de dados e adiciona um conjunto de estratégias com intuito de possibilitar a definição dos parâmetros do deduplicador, removendo os detalhes de configuração da responsabilidade do usuário. A metodologia pode ser vista como uma camada capaz de identificar as informações requisitadas pelo deduplicador (principalmente valores de limiares) a partir de um conjunto de pares rotulados pelo usuário. A tese propõe também uma abordagem que trata do problema da seleção dos pares informativos para a criação de um conjunto de treinamento reduzido. O desafio maior é selecionar um conjunto reduzido de pares suficientemente informativo para possibilitar a configuração da deduplicação com uma alta eficácia. Para isso, são incorporadas estratégias para reduzir o volume de pares candidatos a um algoritmo de aprendizagem ativa. Tal abordagem é integrada à metodologia FS-Dedup para possibilitar a remoção da intervenção especialista nas principais etapas da deduplicação. Por fim, um conjunto exaustivo de experimentos é executado com objetivo de validar as ideias propostas. Especificamente, são demonstrados os promissores resultados alcançados nos experimentos em bases de dados reais e sintéticas, com intuito de reduzir o número de pares manualmente rotulados, sem causar perdas na qualidade da deduplicação. / Deduplication is the task of identifying which objects (e.g., records, texts, documents, etc.) are potentially the same in a given dataset (or datasets). It usually requires user intervention in several stages of the process, mainly to ensure that pairs representing matchings and non-matchings can be determined. This information can be used to help detect other potential duplicate records. When deduplication is applied to very large datasets, the matching quality depends on expert users. The expert users are requested to define threshold values and produce a training set. This intervention requires user knowledge of the noise level of the data and a particular approach to deduplication so that it can be applied to configure the most important stages of the process (e.g. blocking and classification). The main aim of this thesis is to provide solutions to help in tuning the deduplication process in large datasets with a reduced effort from the user, who is only required to label an automatically selected subset of pairs. To achieve this, we propose a methodology, called FS-Dedup, which incorporates state-of-the-art algorithms in its deduplication core to address high performance issues. Following this, a set of strategies is proposed to assist in setting its parameters, and removing most of the detailed configuration concerns from the user. The methodology proposed can be regarded as a layer that is able to identify the specific information requested in the deduplication approach (mainly, threshold values) through pairs that are manually labeled by the user. Moreover, this thesis proposed an approach which would enable to select an informative set of pairs to produce a reduced training set. The main challenge here is how to select a “representative” set of pairs to configure the deduplication with high matching quality. In this context, the proposed approach incorporates an active learning method with strategies that allow the deduplication to be carried out on large datasets. This approach is integrated with the FS-Dedup methodology to avoid the need for a definition of threshold values in the most important deduplication stages. Finally, exhaustive experiments using both synthetic and real datasets have been conducted to validate the ideas outlined in this thesis. In particular, we demonstrate the ability of our approach to reduce the user effort without degrading the matching quality.
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IntegraWeb: uma proposta de arquitetura baseada em mapeamentos semânticos e técnicas de mineração de dados / IntegraWeb: an architectural proposal based on semantic mappings and data mining techniques

Felipe Lombardi Pierin 05 December 2017 (has links)
Atualmente uma grande quantidade de conteúdo é produzida e publicada todos os dias na Internet. São documentos publicados por diferentes pessoas, por diversas organizações e em inúmeros formatos sem qualquer tipo de padronização. Por esse motivo, a informação relevante sobre um mesmo domínio de interesse acaba espalhada pela Web nos diversos portais, o que dificulta uma visão ampla, centralizada e objetiva sobre esta informação. Nesse contexto, a integração dos dados espalhados na rede torna-se um problema de pesquisa relevante, para permitir a realização de consultas mais inteligentes, de modo a obter resultados mais ricos de significado e mais próximos do interesse do usuário. No entanto, tal integração não é trivial, sendo por muitas vezes custosa devido à dependência do desenvolvimento de sistemas e mão de obra especializados, visto que são poucos os modelos reaproveitáveis e facilmente integráveis entre si. Assim, a existência de um modelo padronizado para a integração dos dados e para o acesso à informação produzida por essas diferentes entidades reduz o esforço na construção de sistemas específicos. Neste trabalho é proposta uma arquitetura baseada em ontologias para a integração de dados publicados na Internet. O seu uso é ilustrado através de casos de uso reais para a integração da informação na Internet, evidenciando como o uso de ontologias pode trazer resultados mais relevantes. / A lot of content is produced and published every day on the Internet. Those documents are published by different people, organizations and in many formats without any type of established standards. For this reason, relevant information about a domain of interest is spread through the Web in various portals, which hinders a broad, centralized and objective view of this information. In this context, the integration of the data scattered in the network becomes a relevant research problem, to enable smarter queries, in order to obtain richer results of meaning and closer to the user\'s interest. However, such integration is not trivial, and is often costly because of the reliance on the development of specialized systems by professionals, since there are few reusable and easily integrable models. Thus, the existence of a standardized model for data integration and access to the information produced by these different entities reduces the effort in the construction of specific systems. In this work we propose an architecture based on ontologies for the integration of data published on the Internet. Its use is illustrated through experimental cases for the integration of information on the Internet, showing how the use of ontologies can bring more relevant results.
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Tabular Representation of Schema Mappings: Semantics and Algorithms

Rahman, Md. Anisur January 2011 (has links)
Our thesis investigates a mechanism for representing schema mapping by tabular forms and checking utility of the new representation. Schema mapping is a high-level specification that describes the relationship between two database schemas. Schema mappings constitute essential building blocks of data integration, data exchange and peer-to-peer data sharing systems. Global-and-local-as-view (GLAV) is one of the approaches for specifying the schema mappings. Tableaux are used for expressing queries and functional dependencies on a single database in a tabular form. In our thesis, we first introduce a tabular representation of GLAV mappings. We find that this tabular representation helps to solve many mapping-related algorithmic and semantic problems. For example, a well-known problem is to find the minimal instance of the target schema for a given instance of the source schema and a set of mappings between the source and the target schema. Second, we show that our proposed tabular mapping can be used as an operator on an instance of the source schema to produce an instance of the target schema which is `minimal' and `most general' in nature. There exists a tableaux-based mechanism for finding equivalence of two queries. Third, we extend that mechanism for deducing equivalence between two schema mappings using their corresponding tabular representations. Sometimes, there exist redundant conjuncts in a schema mapping which causes data exchange, data integration and data sharing operations more time consuming. Fourth, we present an algorithm that utilizes the tabular representations for reducing number of constraints in the schema mappings. At present, either schema-level mappings or data-level mappings are used for data sharing purposes. Fifth, we introduce and give the semantics of bi-level mapping that combines the schema-level and data-level mappings. We also show that bi-level mappings are more effective for data sharing systems. Finally, we implemented our algorithms and developed a software prototype to evaluate our proposed strategies.
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A Practical Approach to Merging Multidimensional Data Models

Mireku Kwakye, Michael January 2011 (has links)
Schema merging is the process of incorporating data models into an integrated, consistent schema from which query solutions satisfying all incorporated models can be derived. The efficiency of such a process is reliant on the effective semantic representation of the chosen data models, as well as the mapping relationships between the elements of the source data models. Consider a scenario where, as a result of company mergers or acquisitions, a number of related, but possible disparate data marts need to be integrated into a global data warehouse. The ability to retrieve data across these disparate, but related, data marts poses an important challenge. Intuitively, forming an all-inclusive data warehouse includes the tedious tasks of identifying related fact and dimension table attributes, as well as the design of a schema merge algorithm for the integration. Additionally, the evaluation of the combined set of correct answers to queries, likely to be independently posed to such data marts, becomes difficult to achieve. Model management refers to a high-level, abstract programming language designed to efficiently manipulate schemas and mappings. Particularly, model management operations such as match, compose mappings, apply functions and merge, offer a way to handle the above-mentioned data integration problem within the domain of data warehousing. In this research, we introduce a methodology for the integration of star schema source data marts into a single consolidated data warehouse based on model management. In our methodology, we discuss the development of three (3) main streamlined steps to facilitate the generation of a global data warehouse. That is, we adopt techniques for deriving attribute correspondences, and for schema mapping discovery. Finally, we formulate and design a merge algorithm, based on multidimensional star schemas; which is primarily the core contribution of this research. Our approach focuses on delivering a polynomial time solution needed for the expected volume of data and its associated large-scale query processing. The experimental evaluation shows that an integrated schema, alongside instance data, can be derived based on the type of mappings adopted in the mapping discovery step. The adoption of Global-And-Local-As-View (GLAV) mapping models delivered a maximally-contained or exact representation of all fact and dimensional instance data tuples needed in query processing on the integrated data warehouse. Additionally, different forms of conflicts, such as semantic conflicts for related or unrelated dimension entities, and descriptive conflicts for differing attribute data types, were encountered and resolved in the developed solution. Finally, this research has highlighted some critical and inherent issues regarding functional dependencies in mapping models, integrity constraints at the source data marts, and multi-valued dimension attributes. These issues were encountered during the integration of the source data marts, as it has been the case of evaluating the queries processed on the merged data warehouse as against that on the independent data marts.
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Analýza a návrh Contact Managementu

Šmehlík, Ivo January 2006 (has links)
The main objective of this thesis is to provide the management of a company with a self- contained view on problems associated with the Contact Management as one component of the implementation of Customer Relationship Management (CRM). The thesis is primarily drawn from internet sources in order to obtain the most realistic and accurate view of given problems. The introductory part of this thesis focuses on an analysis of the areas that affect the success of the implementation of Contact Management. It highlights problems with the quality of data in companies, introduces the contributions of business architecture, and the concept of a single customer view within a company. The following part of the thesis focuses on problems involving the integration of data within a company and analyzes the problem areas concerned with the implementation of a uniform integration platform. The main part of the thesis focuses primarily on the return of investment from an application operating Contact Management and also from an active data warehouse as one of the possible solutions for the implementation of Contact Management. The thesis provides a detailed view of the classification of costs and benefits, which is necessary for relevant analysis. Together with a view on the return of investment, the thesis also analyses the design of systems for the management of the active data warehouse. The final part of the thesis focuses on problems with the implementation of householding as one part of Contact Management. This explains a possible way to implement householding within a company. The main contribution of this thesis is, firstly, to develop an overall view of the problems of Contact Management and, secondly, to provide the management of a company with information which is necessary for appropriate decisions about the solution that will radically affect the success of the entire company.
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Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos / Comorbidities genetic analysis from epidemological data integration

Karla Ferraz Néto 01 December 2014 (has links)
A identificação de genes responsáveis por doenças humanas pode fornecer conhecimentos sobre mecanismos patológicos e psicológicos que são essenciais para o desenvolvimento de novos diagnósticos e terapias. Sabemos que uma doença é raramente uma consequência de uma anormalidade num único gene, porém reflete desordens de uma rede intra e intercelular complexa. Muitas metodologias conhecidas na Bioinformática são capazes de priorizar genes relacionados a uma determinada doença. Algumas abordagens também podem validar a pertinência ou não destes genes em relação à doença estudada. Uma abordagem de priorização de genes é a investigação a partir de doenças que acometem pacientes ao mesmo tempo, as comorbidades. Existem muitas fontes de dados biomédicos que podem ser utilizadas para a coleta de comorbidades. Desta forma, podemos coletar pares de doenças que formam comorbidades epidemiológicas e assim analisar os genes de cada doença. Esta análise serve para expandirmos a lista de genes candidatos de cada uma dessas doenças e justificarmos a relação gênica entre essas comorbidades. O objetivo principal deste projeto é o de integração dos dados epidemiológicos e genéticos para a realização da predição de genes causadores de doenças. Isto se dará através do estudo de comorbidade destas doenças. / The identification of genes responsible for human diseases can provide knowledge about pathological and physiological mechanisms that are essential for the development of new diagnostics and therapeutics. It is known that a disease is rarely a consequence of an abnormality in a single gene, but reflects complex intra and intercellular network disorders. Many methodologies known in Bioinformatics are able to prioritize genes related to a particular disease. Some approaches can also validate how appropriate or not these genes are relative to a disease. An approach for prioritizing genes is the research from diseases afecting patients at the same time, i.e. comorbidities. There are many sources of biomedical data that can be used to collect comorbidities and analyse genes of each disease. We can also expand the list of candidate genes for each singular disease and justify the genetic relationship of these comorbidities. The main objective of this project is the integration of epidemiologic and genetic data to perform the prediction of causing genes through the study of comorbidity of these illnesses.
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High-dimensional statistical data integration

January 2019 (has links)
archives@tulane.edu / Modern biomedical studies often collect multiple types of high-dimensional data on a common set of objects. A representative model for the integrative analysis of multiple data types is to decompose each data matrix into a low-rank common-source matrix generated by latent factors shared across all data types, a low-rank distinctive-source matrix corresponding to each data type, and an additive noise matrix. We propose a novel decomposition method, called the decomposition-based generalized canonical correlation analysis, which appropriately defines those matrices by imposing a desirable orthogonality constraint on distinctive latent factors that aims to sufficiently capture the common latent factors. To further delineate the common and distinctive patterns between two data types, we propose another new decomposition method, called the common and distinctive pattern analysis. This method takes into account the common and distinctive information between the coefficient matrices of the common latent factors. We develop consistent estimation approaches for both proposed decompositions under high-dimensional settings, and demonstrate their finite-sample performance via extensive simulations. We illustrate the superiority of proposed methods over the state of the arts by real-world data examples obtained from The Cancer Genome Atlas and Human Connectome Project. / 1 / Zhe Qu

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