Atualmente, com a melhoria das técnicas de paralelização, cada vez mais vem sendo empregado o uso de clusteres de computadores para programas exigentes de alta performance. Porém, para um programa rodar adequadamente em paralelo, o mesmo deve ser escrito de maneira paralelizável. A proposta deste trabalho é o desenvolvimento de uma plataforma computacional que facilite a escrita de programas orientados à análise de dados climáticos e simulações de fenômenos atmosféricos escritos em paralelo. A plataforma foi pensada de maneira a ser o mais exível possível, permitindo que novas funcionalidades sejam adicionadas através de plugins. Em um futuro próximo, pretende-se disponibilizá-la para uso público com licença GNU General Public License (GNU GPL) e código aberto. Para demonstrar seu potencial de uso, foi realizado um estudo exploratório com dados provenientes do projeto de reanálise Twentieth Century Reanalysis version 2 (20CRv2). Tal estudo visa obter informações sobre que parâmetros e escalas de tempo são importantes para a descrição do fenômeno da zona de convergência do Atlântico sul (ZCAS). / Since parallel computing technologies are improving very fast, computer clusteres are getting more and more employed for highly demanding computational tasks. Nevertheless, for a software to run in a cluster, it needs to be written in a parallel way, which is not necessarily a simple task. Therefore, the aim of this work is to develop a computer platform capable of manipulating, analysing and evaluating climate observational data and controlling simulation in a parallel manner. Features can be added to the platform through plugins, making it very exible and extensible for a very large range of tasks. A simple application is purposed to demonstrate the platform's potential uses. The application consists of a exploratory study of data from the 20th century reanalysis project concerning the South American Convergence Zone (SACZ), a very important phenomena in the south hemisphere.

abstract: Contemporary methods for dynamic security assessment (DSA) mainly re-ly on time domain simulations to explore the influence of large disturbances in a power system. These methods are computationally intensive especially when the system operating point changes continually. The trajectory sensitivity method, when implemented and utilized as a complement to the existing DSA time domain simulation routine, can provide valuable insights into the system variation in re-sponse to system parameter changes. The implementation of the trajectory sensitivity analysis is based on an open source power system analysis toolbox called PSAT. Eight categories of sen-sitivity elements have been implemented and tested. The accuracy assessment of the implementation demonstrates the validity of both the theory and the imple-mentation. The computational burden introduced by the additional sensitivity equa-tions is relieved by two innovative methods: one is by employing a cluster to per-form the sensitivity calculations in parallel; the other one is by developing a mod-ified very dishonest Newton method in conjunction with the latest sparse matrix processing technology. The relation between the linear approximation accuracy and the perturba-tion size is also studied numerically. It is found that there is a fixed connection between the linear approximation accuracy and the perturbation size. Therefore this finding can serve as a general application guide to evaluate the accuracy of the linear approximation. The applicability of the trajectory sensitivity approach to a large realistic network has been demonstrated in detail. This research work applies the trajectory sensitivity analysis method to the Western Electricity Coordinating Council (WECC) system. Several typical power system dynamic security problems, in-cluding the transient angle stability problem, the voltage stability problem consid-ering load modeling uncertainty and the transient stability constrained interface real power flow limit calculation, have been addressed. Besides, a method based on the trajectory sensitivity approach and the model predictive control has been developed for determination of under frequency load shedding strategy for real time stability assessment. These applications have shown the great efficacy and accuracy of the trajectory sensitivity method in handling these traditional power system stability problems. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Electrical Engineering 2012

[pt] Esse tese apresenta diversas técnicas sobre tecnologia paralela em jogos eletrônicos. A tese inicia apresentando diversas arquiteturas possíveis para um motor de jogos. Uma nova arquitetura é proposta, mais flexível e adequada para processadores do futuro que terão um grau maior de paralelismo. Em seguida, uma nova técnica para processar uma octree, uma estrutura de dados clássica da computação gráfica, é apresentada. As últimas técnicas apresentadas são relacionadas a detecção de colisão. Novas ténicas para processamento de grids hieráquicos e balanceamento de detecção colisãom um conjunto de objetos são apresentadas. / [en] This thesis presents several techniques about parallel technology on electronic games. The thesis begins presenting several possible architectures for a game engine. A new architecture is presented, more flexible and adequate for the processors of the future that will have a higher level of parallelism. Following, a new technique for processing an octree, a classic data structure for computer graphics, is presented. The last techniques presented are related to collision detection. New techniques for processing hierarquical grids and balancing collision detection on a set of objets are presented.

Message Passing Interface (MPI) é o padrão de facto para o desenvolvimento de aplicações paralelas e de alto desempenho que executem em clusters. O padrão define APIs para as linguagens de programação Fortran, C e C++. Por outro lado a programação orientada a objetos é o paradigma de programação dominante atualmente, onde linguagens de programação como Java e C# têm se tornado muito populares. Isso se deve às abstrações voltadas para facilitar a programação oriundas dessas linguagens de programação, permitindo um ciclo de programação/manutenção mais eficiente. Devido a isso, diversas bibliotecas MPI para essas linguagens emergiram. Dentre elas, pode-se destacar a biblioteca MPI.NET, para a linguagem de programação C#, que possui a melhor relação entre abstração e desempenho. Na computação paralela, o modelo utilizado para o desenvolvimento das aplicações é muito importante, sendo que o modelo Divisão & Conquista é escalável, aplicável a diversos problemas e permite a execução eficiente de aplicações cuja carga de trabalho é desconhecida ou irregular. Para programar utilizando esse modelo é necessário que o ambiente de execução suporte dinamismo, o que não é suportado pela biblioteca MPI.NET. Desse cenário emerge a principal motivação desse trabalho, cujo objetivo é explorar a criação dinâmica de tarefas na biblioteca MPI.NET. Ao final, foi possível obter uma biblioteca com desempenho competitivo em relação ao desempenho das bibliotecas MPI para C++. / Message Passing Interface (MPI) is the de facto standard for the development of high performance applications executing on clusters. The standard defines APIs for the programming languages Fortran C and C++. On the other hand, object oriented programming has become the dominant programming paradigm, where programming languages as Java and C# are becoming very popular. This can be justified by the abstractions contained in these programming languages, allowing a more efficient programming/maintenance cycle. Because of this, several MPI libraries emerged for these programming languages. Among them, we can highlight the MPI.NET library for the C# programming language, which has the best relation between abstraction and performance. In parallel computing, the model used for the development of applications is very important, and the Divide and Conquer model is efficiently scalable, applicable to several problems and allows efficient execution of applications whose workload is unknown or irregular. To program using this model, the execution environment must provide dynamism, which is not provided by the MPI.NET library. From this scenario emerges the main goal of this work, which is to explore dynamic tasks creation on the MPI.NET library. In the end we where able to obtain a library with competitive performance against MPI C++ libraries.

Nos últimos anos, a crescente demanda por alto desempenho tem favorecido o surgimento de arquiteturas e algoritmos cada vez mais eficientes. A popularidade das plataformas distribuídas levanta novas questões no desenvolvimento de algoritmos paralelos tais como comunicação, heterogeneidade e dinamismo de recursos. Estas questões podem resultar em aplicações com carga de trabalho conhecida somente em tempo de execução. A irregularidade do algoritmo ou da entrada de dados também pode influenciar na carga de trabalho da aplicação. Uma aplicação paralela pode solucionar estas questões por meio de algoritmos dinâmicos ao utilizar técnicas de programação que definam o trabalho de uma tarefa e possibilitem a utilização de recursos sob demanda. A granularidade, que é a razão entre processamento e comunicação, considera questões práticas de execução e é um fator importante no desempenho de algoritmos dinâmicos. A implementação de um controle de granularidade é complicada e depende do suporte dos ambientes de programação. Porém, os ambientes de programação possuem interfaces extensas e complicadas que dificultam sua utilização em PAD. Este trabalho propõe a implementação de uma biblioteca (libSpawn) que incorpora um controle de granularidade em aplicações MPI dinâmicas. A biblioteca controla a granularidade ao mapear tarefas entre processos ou threads de acordo com três parâmetros: cores da arquitetura, carga e recursos de sistema. Os tempos obtidos com processos e libSpawn demonstram ganhos significativos em benchmarks sintéticos utilizados por outros ambientes de programação. Não obstante, constata-se carências na implementação atual que produzem tempos anômalos, ainda que estes sejam insignificantes em relação aos tempos com processos. / In the last years, the demand for high performance enables the emergence of more efficient computing platforms and algorithms. The increase of distributed computing platforms rises new challenges for parallel algorithm development like communication, heterogeneity, and resource management. These factors can result in applications whose work load is unknown until runtime. An irregular behavior from algorithm or data can also affect the work load. A parallel application can solve these questions through a programming technique which predicts the work load of a task and offers resource on demand. The granularity, which is the ratio of computation to communication, considers more practical issues, and is an important factor in performance of dynamic algorithms. However, this control is difficult to be designed and the support of a programming tool is needed. Yet, the programming tools have extensive and complicated interfaces which difficult your usage in HPC. This work implements a library (libSpawn) which adds a granularity control on MPI dynamic programs. The library controls the granularity by mapping tasks between processes or threads with three parameters: cores of architecture, load and resources of the operating system. The results obtained between processes and libSpawn show significant gains on synthetic benchmarks from other programming tools.

Population-based global optimization algorithms including Particle Swarm Optimization (PSO) have become popular for solving multi-optima problems much more efficiently than the traditional mathematical techniques. In this research, we present and evaluate a new parallel PSO algorithm that provides a significant performance improvement as compared to the serial PSO algorithm. Instead of merely assigning parts of the task of serial version to several processors, the new algorithm places multiple swarms on the available nodes in which operate independently, while collaborating on the same task. With the reduction of the communication bottleneck as well the ability to manipulate the individual swarms independently, the proposed approach outperforms the original PSO algorithm and still maintains the simplicity and ease of implementation.

Balanceamento de carga é essencial para que aplicações paralelas tenham desempenho adequado. Conforme sistemas de computação paralelos crescem, o custo de uma má distribuição de carga também aumenta. Porém, o comportamento dinâmico que a carga computacional possui em certas aplicações pode induzir disparidades na carga atribuída a cada recurso. Portanto, o repetitivo processo de redistribuição de carga realizado durante a execução é crucial para que problemas de grande escala que possuam tais características possam ser resolvidos. Medidas que quantifiquem a distribuição de carga são um importante aspecto desse procedimento. Por estas razões, métricas frequentemente utilizadas como indicadores da distribuição de carga em aplicações paralelas são investigadas nesse estudo. Dado que balanceamento de carga é um processo dinâmico e recorrente, a investigação examina como tais métricas quantificam a distribuição de carga em intervalos regulares durante a execução da aplicação paralela. Seis métricas são avaliadas: percent imbalance, imbalance percentage, imbalance time, standard deviation, skewness e kurtosis. A análise revela virtudes e deficiências que estas medidas possuem, bem como as diferenças entres as mesmas como descritores da distribuição de carga em aplicações paralelas. Uma investigação como esta não tem precedentes na literatura especializada. / Load balance is essential for parallel applications to perform at their highest possible levels. As parallel systems grow, the cost of poor load distribution increases in tandem. However, the dynamic behavior the distribution of load possesses in certain applications can induce disparities in computational loads among resources. Therefore, the process of repeatedly redistributing load as execution progresses is critical to achieve the performance necessary to compute large scale problems with such characteristics. Metrics quantifying the load distribution are an important facet of this procedure. For these reasons, measures commonly used as load distribution indicators in HPC applications are investigated in this study. Considering the dynamic and recurrent aspect in load balancing, the investigation examines how these metrics quantify load distribution at regular intervals during a parallel application execution. Six metrics are evaluated: percent imbalance, imbalance percentage, imbalance time, standard deviation, skewness, and kurtosis. The analysis reveals the virtues and deficiencies each metric has, as well as the differences they register as descriptors of load distribution progress in parallel applications. As far as we know, an investigation as the one performed in this work is unprecedented.

Um problema que vem se tornando habitual em análise geoestatística é a quantidade crescente de observações. Em tais casos é comum que estimadores usualmente utilizados não possam ser empregados devido a dificuldades numéricas. Esta tese têm por objetivo propor um novo estimador para massivas observações em geoestatística: o estimador subsemble espacial. O estimador subsemble espacial seleciona várias subamostras, espacialmente estruturadas, do conjunto completo de dados. Cada subamostra estima com facilidade os parâmetros do modelo e as estimativas resultantes são ponderadas através de um subconjunto de validação. Em estudos simulados, compara-se a metodologia proposta com outros métodos e os resultados apresentam sua acurácia e rapidez. Além disso, uma aplicação em um banco de dados reais, com 11.000 observações, confirma essas características. / A problem that is becoming common in geostatistical analysis is the growing number of observations. In such cases, common estimators cannot be used due to numerical difficulties. This thesis proposes a new estimator for massive observations in geostatistics: the spatial subsemble estimator. The estimator selects small spatially structured subset of observations. The model parameters are estimated easily with each subsample, and the resulting estimates are weighted by a subset of validation. We compare the spatial subsemble with competing alternatives showing that it is faster and accurate. In addition, we present an application in a real database with 11000 observations.

A exploração eficiente do paralelismo no nível de threads tem sido um desafio para os desenvolvedores de softwares. Como muitas aplicações não escalam com o número de núcleos, aumentar cegamente o número de threads pode não produzir os melhores resultados em desempenho ou energia. No entanto, a tarefa de escolher corretamente o número ideal de threads não é simples: muitas variáveis estão envolvidas (por exemplo, saturação do barramento off-chip e sobrecarga de sincronização de dados), que mudam de acordo com diferentes aspectos do sistema (por exemplo, conjunto de entrada, micro-arquitetura) e mesmo durante a execução da aplicação. Para abordar esse complexo cenário, esta tese apresenta Aurora. Ela é capaz de encontrar automaticamente, em tempo de execução e com o mínimo de sobrecarga, o número ideal de threads para cada região paralela da aplicação e se readaptar nos casos em que o comportamento de uma região muda durante a execução. Aurora trabalha com o OpenMP e é completamente transparente tanto para o programador quanto para o usuário final: dado um binário de uma aplicação OpenMP, Aurora o otimiza sem nenhuma transformação ou recompilação de código. Através da execução de quinze benchmarks conhecidos em quatro processadores multi-core, mostramos que Aurora melhora o trade-off entre desempenho e energia em até: 98% sobre a execução padrão do OpenMP; 86% sobre o recurso interno do OpenMP que ajusta dinamicamente o número de threads; e 91% quando comparado a uma emulação do feedback-driven threading. / Efficiently exploiting thread-level parallelism has been challenging for software developers. As many parallel applications do not scale with the number of cores, blindly increasing the number of threads may not produce the best results in performance or energy. However, the task of rightly choosing the ideal amount of threads is not straightforward: many variables are involved (e.g. off-chip bus saturation and overhead of datasynchronization), which will change according to different aspects of the system at hand (e.g., input set, micro-architecture) and even during execution. To address this complex scenario, this thesis presents Aurora. It is capable of automatically finding, at run-time and with minimum overhead, the optimal number of threads for each parallel region of the application and re-adapt in cases the behavior of a region changes during execution. Aurora works with OpenMP and is completely transparent to both designer and end-user: given an OpenMP application binary, Aurora optimizes it without any code transformation or recompilation. By executing fifteen well-known benchmarks on four multi-core processors, Aurora improves the trade-off between performance and energy by up to: 98% over the standard OpenMP execution; 86% over the built-in feature of OpenMP that dynamically adjusts the number of threads; and 91% over a feedback-driven threading emulation.

Approximate computing has been an emerging programming and system design paradigm that has been proposed as a way to overcome the power-wall problem that hinders the scaling of the next generation of both high-end and mobile computing systems. Towards this end, a lot of researchers have been studying the effects of approximation to applications and those hardware modifications that allow increased power benefits for reduced reliability. In this work, we focus on runtime system modifications and task-based programming models that enable software-controlled, user-driven approximate computing. We employ a systematic methodology that allows us to evaluate the potential energy and performance benefits of approximate computing using as building blocks unreliable hardware components. We present a set of extensions to OpenMP 4.0 that enable the programmer to define computations suitable for approximation. We introduce task-significance, a novel concept that describes the contribution of a task to the quality of the result. We use significance as a channel of communication from domain specific knowledge about applications towards the runtime-system, where we can optimise approximate execution depending on user constraints. Finally, we show extensions to the Linux kernel that enable it to operate seamlessly on top of unreliable memory and provide a user-space interface for memory allocation from the unreliable portion of the physical memory. Having this framework in place allowed us to identify what we call the refresh-by-access property of applications that use dynamic random-access memory (DRAM). We use this property to implement techniques for task-based applications that minimise the probability of errors when using unreliable memory enabling increased quality and power efficiency when using unreliable DRAM.