Made available in DSpace on 2014-06-12T15:59:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4823_1.pdf: 1258995 bytes, checksum: c83e73b81e30c352afae5e1805a2c9c2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Uma das maneiras mais eficientes (notadamente do ponto de vista computacional) empregada pela humanidade para a representação da informação tem sido através da forma de texto, ou seja, através de cadeias unidimensionais de símbolos (ou caracteres) tomados sobre conjuntos discretos finitos (ou alfabetos). As fecundas teorias, técnicas e algoritmos destinados ao processamento de texto têm ocupado um papel central em diversos âmbitos da Ciência da Computação, constituindo-se, sobretudo ao longo das últimas três décadas, em um campo de particular interesse no seio da grande área de Algoritmos e Estruturas de Dados. Grande parte do recente interesse com respeito ao processamento de texto deve-se ao emergente ramo da ciência denominado Biologia Molecular Computacional, que, a grosso modo, comporta o estudo, através de técnicas matemáticas e computacionais, da estrutura e da função dos artefatos bio-moleculares respons´aveis pela conformação e pelas atividades fisiológicas dos organismos vivos. A confluência dos problemas de Biologia Molecular e de processamento de textos dá-se na medida em que as estruturas macromoleculares fundamentais (DNA, RNA e proteínas) podem ser representadas através de cadeias (muito longas) de caracteres tomados sobre alfabetos (curtos) específicos. O problema fundamental relacionado ao processamento de cadeias corresponde à determinação das ocorrências, exatas ou aproximadas, de um determinado padrão em um dado texto problema do casamento de padrões problema esse que admite inúmeras variações. Os problemas de casamento de padrões podem ser particionados em duas grandes categorias com respeito ao conhecimento prévio ou não do texto a ser examinado. Os algoritmos clássicos destinados à resolução do problema do casamento de padrões dizem respeito ao caso no qual o texto não é conhecido previamente. Nesse caso, cada um dos seus caracteres deve ser examinado pelo menos uma vez, o que resulta em soluções de custo, no mínimo, linearmente proporcional ao tamanho do texto. Se, todavia, o texto a ser examinado é conhecido a priori, então ele pode ser pré-processado (tipicamente em tempo linear), dando origem a uma estrutura auxiliar (tipicamente de tamanho linear) denominada índice, contra a qual os padrões podem então ser confrontados para que as suas ocorrências sejam determinadas. Nesse caso, o custo da solução ótima do problema é linearmente proporcional ao comprimento do padrão (em geral, muito menor do que o texto). Em Biologia Molecular Computacional, frequentemente estamos interessados em localizar as ocorrências de uma determinada subsequência molecular (ou motif ) dentro de estruturas maiores. Esses motifs representam, em geral, regiões altamente conservadas, i.e., pouco afetadas por mutações, que desempenham funções biológicas específicas. Esse problema de localização de motifs limita-se com o problema do casamento de padrões e pode ser abordado através das mesmas técnicas. Em outras situações, todavia, estamos interessados não em localizar motifs mas sim em inferi-los. Isto é, dado um conjunto de sequências moleculares, queremos descobrir que subsequências aparecem repetidas emuma quantidade significativa dessas sequências de maneira suficientemente conservada e que, portanto, possuem uma boa probabilidade de representar um objeto biológico de particular interesse. Neste trabalho, nos propomos a reunir em uma obra única, boa parte da informação fundamental dispersa na literatura acerca dos principais índices completos conhecidos, com ênfase nas suas propriedades estruturais. Nossa apresentação não intenciona ser estritamente panorâmica e, portanto, algum sacrif´ıcio da fluência deve ser depositado no altar do rigor matemático. Além disso, apresentamos uma análise crítica da adequa ção e desempenho das estruturas de índice estudadas para a resolução do problema da inferência de motifs através de algoritmos exatos e combinatórios

A estimativa da safra citrícola é baseada em quatro fatores básicos: o censo das árvores, o número de frutos por árvore, o tamanho do fruto e a porcentagem de queda. O número de frutos por árvore é um dos mais importantes para a determinação de tamanho da safra. Atualmente, essa determinação é feita através da derriça e contagem dos frutos, de árvores escolhidas por amostragem. Isso representa um custo, relativamente alto, devido a perda desses frutos e o tempo gasto nessa tarefa. Estudou-se, então, uma metodologia que permite estimar, com eficiência o número de frutos por árvore, sem derriçá-los. Foram levantados no campo, a circunferência e o número de frutos de todos os galhos de 21 árvores das variedades pera rio, natal e valência, para as idades 3 a 5 anos, chamada de categoria de idade de idade 1, de 6 a 10 anos, chamada categoria de idade 2, e acima de 10 anos, chamada de categoria de idade 3, de diversas regiões do Estado de São Paulo. Três métodos de seleção de galhos foram estudados. O primeiro, baseado em probabilidades equivalentes (PE); o segundo, em probabilidades proporcionais ao número de galhos (PPN) e o terceiro, em probabilidades proporcionais à área (PPA) do corte transversal do galho. O número de frutos para cada árvore, foi estimado, dividindo-se o número de frutos contados no galho, pelo valor da probabilidade de seleção daquele galho. Obtiveram-se, também, valores da variância e coeficiente de variação, para os três métodos propostos. Como o porte da maioria das árvores, com exceção as da categoria de idade 1, não permite a contagem de todos os seus galhos, estudou-se um ponto de parada, ou seja, um tamanho mínimo de galho que forneça a melhor estimativa, com maior eficiência. Obteve-se, então, uma tabela com os valores das estimativas do número de frutos da árvore, variância e coeficiente de variação, para todos os tamanhos-limites. Através do comportamento do coeficiente de variação, pôde-se determinar o melhor ponto de parada. E, por fim, propõe-se uma combinação dos dois melhores métodos, através da análise de regressão múltipla, para verificar a provável melhora nas estimativas da produção da árvore. Comparando-se os valores de variância, o método que utiliza a probabilidade proporcional a área, foi o que apresentou maior eficiência e as melhores estimativas; e o método que utiliza as probabilidades equivalentes foi o que apresentou os piores resultados. As maiores quedas nos coeficientes de variação foram obtidas no tamanho mínimo de 15 em de circunferência do galho e 30 frutos por galho, para as categorias de idades 2 e 3. No caso da categoria de idade 1, determinou-se que o melhor seria contar todos os frutos dos galhos, de uma de suas ramificações primárias. A combinação dos métodos PPA e PPN, apresentou um bom ajuste através da regressão linear, com valor do coeficiente de determinação acima de 0,9000 / The estimation of a citrus harvest is based on four basic factors: tree counting, the number of fruits per tree, fruit size and fall percentage. The number of fruits per tree is one of the major factors for determining harvest size. This determination is currently carried out by picking the fruits from trees chosen for sampling and counting them. Such task represents a relatively high cost due to fruit loss and to the time spent on it. A new methodology was therefore studied which permits efficiently estimating the number of fruits per tree without picking them. The branch circumference and the number of fruits on all the branches of twenty one trees were gathered in the field. These trees were found in various regions of São Paulo State and belonged to the Pera Rio, Natal and Valência varieties. Those between 3 and 5 years of age were categorized as Age Category 1, those between 6 and 1 O years of age were categorized as Age Category 2 and those above 10 years were categorized as Age Category 3. Three branch selection methods were studied. The first was based on equivalent probabilities (PE); the second, on proportional probabilities to the number of branches (PPN) and the third, on proportional probabilities to the branch cross-section area (PPA). The square of the branch circumference was used as an area measurement. The number of fruits of each tree was estimated by dividing the number of fruits counted on the branch by the value of the selection probability of such branch. Variance values and the variance coefficient were also obtained for the three proposed methods. As the size of most trees, except of those in Age Category 1, did not permit the counting of all their branches, a stop point was studied, that is to say, a minimum size of the branch that would supply the best estimation with the greatest efficiency. A table with the estimation values of the number of fruits on the tree, variance and variance coefficient for all limit sizes was then obtained. Through the behavior of the variance coefficient, it was possible to determine the best stop point. Finally, a combination of the two best methods was proposed through the multiple regression analysis in order to verify the probable improvement in estimating the tree production. By comparing the variance values, the method that utilizes the probability proportional to the area was the one which presented the greatest efficiency and the best estimations; and the method that utilizes the equivalent probabilities was the one which presented the worst results. The greatest drops in variance coefficients were obtained for the minimum size of 15 cm of branch circumference and 30 fruits per branch for Age Categories 2 and 3. In the case of Age Category 1, it was determined that it would be best to count all the fruits on the branches of the tree's main ramifications. The combination of the PPA and PPN methods presented a good adjustment through linear regression with determination coefficient values above 0.9000

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-03T12:50:05Z No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-13T13:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FlaviaMileneBarrosSantos.pdf: 1735456 bytes, checksum: dd60486e946e2722c9df890ca5d11303 (MD5) / Em todo o mundo, as florestas são responsáveis por ocupar cerca de 4 bilhões de hectares. O Brasil apresenta a segunda maior floresta do mundo, com cerca de 54,4% do seu território nacional sendo constituído por florestas naturais e plantadas, distribuídas em seis biomas. As espécies florestais/arbóreas são de grande importância econômica para o país, pois a partir dos produtos obtidos direta ou indiretamente podem favorecer o sustento da população. Além disso, espécies arbóreas podem servir de habitat para diversos microorganismos, entre eles os vírus. Os estudos de vírus infectando espécies arbóreas no Brasil ainda são escassos, devido a algumas dificuldades para detecção e caracterização desse grupo de patógenos devido às suas características peculiares. Com isso o principal objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar espécies virais em espécies arbóreas nativas de diversos biomas encontrados no Brasil. Recentemente novas ferramentas como a metagenômica e plataformas de sequenciamento em alta escala têm propiciado ampliar o conhecimento da diversidade de organismos em diferentes ambientes. Nesse contexto, 60 mudas sintomáticas de espécies arbóreas distribuídas em 27 espécies botânicas e classificadas em 14 famílias, foram coletadas em ambiente de viveiro II da Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP). As amostras analisadas, em pool, tiveram o RNA extraído (protocolo Trizol) após procedimento de semi-purificação visando enriquecimento de partículas virais. Após este procedimento uma amostra composta foi formada e enviada para sequenciamento na Universidade Católica de Brasília (UCB) por meio da tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), com o uso da plataforma Illumina Miseq. Os resultados obtidos a partir da análise genômica produziram 2.162 contigs que foram comparados com resultados do banco de dados no programa BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool). A partir do sequenciamento foi obtido um genoma com 9.529 nucleotídeos (nt). Após várias análises verificou-se que o espécime em estudo relaciona-se filogeneticamente com membros da ordem Picornavirales, ao qual denominamos aqui de Hovenia dulcis associated virus (HDAV) Primers específicos para este genoma foram sintetizados e por meio de RT-PCR foi possível realizar a detecção viral em uma amostra de uva do Pará (Hovenia dulcis). Ainda com base no resultado de NGS, sequências de outras seis espécies virais foram obtidas e encontram-se listadas a seguir: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus e Strawberry vein banding virus - SVBV (gênero Caulimovirus e família Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (gênero Comovirus e família Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV e Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (gênero Fabavirus família Secoviridae). __________________________________________________________________________ ABSTRACT / Worldwide, forests are responsible for occupying about 4 billion hectares. Brazil shows the second largest forest in the world, with about 54, 4% of its territory consisting of natural and planted forests, distributed in six biomes. The forest species are of great economic importance to the country, producing many products, directly or indirectly, that can help the sustenance of the population. Furthermore, tree species can harbor some microorganisms such as viruses. Studies about infecting-tree-specie viruses in Brazil are still scarce due to some difficulties for detection and characterization of this pathogen group because it shows peculiar characteristics. Thus, the main objective of this study was to identify and characterize viral species ocurrying in native tree species from six biomes found in Brazil. Recently new tools such as metagenomics and large-scale sequencing platforms have led to increase knowledge about the diversity of organisms in different environments. In this context, 60 symptomatic seedlings of tree species, distributed in 27 botanical species and classified into 14 families, were collected in Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP) nursery environment. The samples were analyzed in pool and had their RNA extracted by a Trizol protocol after semi-purification procedure in order to enrich viral particles. After this procedure, a compose sample was formed and sent for sequencing at Universidade Católica de Brasília (UCB) by NGS (Next Generation Sequencing) technology using the Illumina platform Miseq. The results from the genomic analysis produced 2,162 contigs, which were compared with database results BLASTX (Basic Local Alignment Search Tool) program. From the sequencing was obtained with a genome 9529 nucleotides (nt) was initially identified as Hovenia dulcis associated virus (HDAV). Specific primers were designed and synthesized for viral detection in plants used in this study. By RT-PCR it was possible to viral detection in a sample of grape Para (Hovenia dulcis). Due to the low percentage of identity of viral species with species Dicistroviridae genus and the difference in host of the virus, it is proposed a new member of Picornavirales order to house this species detected. Phylogenetic analysis of the fields (PRO) and dependent RNA polymerase RNA polymerase (POL) put this virus on a branch near the Picornaviridae family). Also based on the result of NGS sequences of other viral species were obtained and are listed below: Cowpea mild mottle virus - CPMMV (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae), Eupatorium vein clearing virus (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Strawberry vein banding virus - SVBV (genus Caulimovirus and family Caulimoviridae), Cowpea severe mosaic virus - CPSMV (genus Comovirus and family Secoviridae), Broad bean wilt virus - BBWV (genus Fabavirus and family Secoviridae) and Mikania micrantha mosaic virus - MMMV (genus Fabavirus and family Secoviridae).

Orientador: Fernando Roberto Martins, Flavio A. Maes dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-21T23:13:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Danciguer_Lucilene_M.pdf: 4478463 bytes, checksum: b0daae0edabde4288f7f4dce440237dd (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: (Aspectos da regeneração de duas espécies arbóreas em um fragmento florestal do sudeste brasileiro.) Estudaram-se 1031 plantas de Croton priscus Spreng. e 262 de C. floribundus Croizat (Euphorbiaceae) em 100 parcelas aleatórias de 25 m2, num fragmento de mata estacional semidecídua (Reserva Municipal de Santa Genebra, Campinas, estado de São Paulo). Nas duas populações caracterizaram-se 5 estádios ontogenéticos: plântula (presença de folhas cotiledonares), jovem 1, jovem 2 e imaturo (caracterizados pela aquisição ou perda de estruturas ou atributos e diferentes relações de diâmetro e altura) e adulto (presença de estruturas reprodutoras). Plântula foi um estádio efêmero, apresentando em Croton floribundus menor tamanho e maior incremento em altura; jovem 1 apresentou maior incremento em altura, estagnação no crescimento e acúmulo de plantas provenientes de vários eventos de recrutamento e também capacidade de ramificação em C. floribundus; jovem 2 apresentou capacidade de ramificação em C.priscus e maior incremento em altura em C. floribundus; imaturo apresentou capacidade de reiteração e maior incremento em diâmetro, que também ocorreu em adulto. Em ambas as populações, a transição jovem 1 jovem 2 representou o principal efeito de gargalo; mas a transição jovem 2-imaturo apresentou a mais alta probabilidade. A probabilidade de transição jovem l-jovem 2 foi maior em Croton floribundus, mas a de imaturo para adulto foi maior em C. priscus. A hierarquia foi pequena em plântulas devido à sua natureza efêmera e pequena variação de tamanho; aumentou em jovem 1 devido ao acúmulo de eventos de recrutamento; mantevese em diâmetro e aumentou em altura em jovem 2 devido ao maior crescimento em altura de alguns indivíduos; caiu em altura e manteve-se em diâmetro em imaturo devido ao maior investimento na sustentação da copa: e diminuiu em adulto devido ao maior investimento na reprodução. Ambas as populações apresentaram padrões espaciais agregados em todos os estádios, exceto adulto. As populações ocorreram associadas no espaço, indicando certa semelhança de habitat. Os estádios de Croton floribundus ocorreram segregados espacialmente, mas cada estádio de C. priscus associou-se ao imediatamente seguinte, indicando que as manchas ambientais favoráveis podem ter maior persistência para esta segunda espécie / Abstract: (Regeneration of two tree species in a forest fragment in southestern Brazil). 1031 plants of Croton priscus Spreng. and 262 of C. floribundus Croizat (Euphorbiaceae) were sampled in 100 random 25 m2 plots in a fragment of seasonal semideciduous forest (Reserva Municipal de Santa Genebra, municipality of Campinas, state of São Paulo, SE Brazil). Five ontogenetic stages were distinguished: seedfing (presence of cotiledonary leaves), juvenile 1, juvenile 2 and immature (characterized by the gain or loss of structures or atributes and different relationships between diameter and height) and adult (presence of reproductive structures). Seedfing was an ephemeral stage, wich showed in Croton floribundus smalier size and greater height increment; juvenile 1 showed greater height increment, stagnation in growth and accumulation of plants from different recruitment events, and also capacity for ramification in C. floribundus; juvenile 2 showed capacity for ramification in C. priscus and greater height increment in C. floribundus; immature showed reiteration capacity and greater diameter increment, wich was present also in adult. In both populations the transition juvenile l-juvenile 2 represented the main bottleneck, but juvenile 2-immature showed the highest probability. The transition juvenile l-juvenile 2 showed greater probability in Croton floribundus, but immature-adult was greater in C. priscus. The hierarchy was low in seedfing due to its ephemeral nature and reduced size variation; it increased in juvenile 1 due to the accumulation of recruitment events; it did not alter in diameter and increased in height in juvenile 2 due to growth in height by some plants; decreased in height and did not alter in diameter in immature due to greater investment in crown support; and decreased in adult due to greater investment in reproduction. Both populations showed aggregated spatial patterns in all stages, except adult. Both populations were associated in space, thus indicating some similarity in habitat conditions. The stages of Croton floribundus occured spatially seggregated, but each stage of C. priscus was associated with the immediately subsequent stage, thus indicating that favorable environmental patches might have longer persistency for this second species / Mestrado / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores: Marcos Silveira Buckeridge, Solange Cristina Mazzoni-Viveiros / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:35:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_PaulaMoreiraFelix_M.pdf: 686851 bytes, checksum: c2d56cba42747a1b135fc835533d0b29 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: As alterações na composição química da atmosfera, resultantes de atividades antrópicas como aumento de gases de efeito estufa, principalmente dióxido de carbono (CO2), metano (CH3) e óxidos de nitrogênio (NOx), têm levado a previsões alarmantes acerca de mudanças climáticas sendo que uma das principais estratégias de atenuação desses efeitos é o seqüestro de carbono e sua alocação em biomassa. Neste estudo foram analisados os efeitos da alteração quantitativa do CO2 na atmosfera sobre plântulas de Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa (Heyne) Lee & Langenheim, uma espécie arbórea de estágio avançado de sucessão ecológica (climácica) da mata atlântica, visando identificar possíveis alterações provocadas no estabelecimento das plântulas pela presença ou ausência de reserva cotiledonar em exposição a uma atmosfera de carbono de 720ppm. Os dados obtidos demonstram que a alta concentração de CO2 diminui o índice estomático em folhas, compensa parcialmente a perda de reservas sobre o acúmulo de massa seca, acelera o desenvolvimento e aumenta o tamanho do caule em plântulas privadas da reserva cotiledonar. Em plantas com reserva, a maior concentração de CO2 aumenta o tamanho das folhas, a densidade e o índice estomáticos e a área dos estômatos. A taxa de assimilação fotossintética aumenta com o cultivo em 720 ppm de CO2, independentemente da reserva, e os dados da razão raiz/parte aérea indicam que a alta concentração de CO2 tampona o efeito da perda das reservas na alocação da biomassa, revelando um maior e mais precoce investimento em parte aérea por parte das plantas submetidas à alta concentração de CO2 / Abstract: The alterations in atmosphere chemical composition due to anthropic activities, such as raising in levels of Greenhouse Effect gases, mainly carbon dioxide (CO2), methane (CH3), and nitrogen oxides (NOx), have driven to alarming forecasts about climate changes, and one of the most important strategies to diminish these effects is carbon sequestration and its concentration in the biomass. In this study, we focus on the effects of quantitative alteration in atmospheric CO2 on seedlings of Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa (Heyne) Lee & Langenheim, a tree found in Mata Atlântica, aiming to identify possible changes in the behaviour of these plants due to either the presence or absence of cotyledon storage exposed to a 720 ppm carbon concentration in the atmosphere. Our data show that the increase in CO2 concentration interact with the absence of storage mobilisation in order to diminish the stomatic index in leaves, partially compensate for the absence of storage and its effect on the accumulation of dry mass, accelerate the development of the plant and enhance the stem size. In plants in which storage mobilisation was present, the high concentration of CO2 developed greater leaves and raised stomatal density, index and area. Independently of the presence or absence of the cotyledon reserves, the higher concentration of CO2 also seems to raise the CO2 assimilation and the root : shoot ratio. These results seem to indicate that the high concentrations of CO2 buffers the effect of the lack of storage mobilisation products on the partitioning of the mass in the developing seedling, revealing a greater and more premature investment in the shoot by the plants growing under high CO2 concentration, and turn the establishment of the photosynthetic apparatus even more premature / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Carmen Regina Marcati / Coorientador: Eduardo Luiz Longui / Banca: Claudio Sergio Lisi / Banca: Tatiane Maria Rodrigues / Resumo: As características estruturais do lenho são influenciadas diretamente pelos fatores ambientais e genéticos. Algumas características possuem alta herdabilidade genética, baixa plasticidade fenotípica e independem das condições ambientais em que estão inseridas. Neste trabalho comparamos a anatomia da madeira de árvores adultas de Cordia trichotoma que foram plantadas em mesmo local com sementes de duas procedências (Bauru e Piracicaba) e dados de largura dos anéis de crescimento foram correlacionados com a precipitação e a temperatura. Foram coletados discos de doze árvores desta espécie, na Estação Experimental de Luiz Antônio, SP sendo seis de cada procedência (Bauru e Piracicaba). Para a análise microscópica do lenho foram realizados cortes histológicos nos três planos convencionais (transversal, longitudinal tangencial e longitudinal radial), e lâminas permanentes foram confeccionadas segundo técnicas usuais em anatomia da madeira. O material lenhoso foi dissociado e foram preparadas lâminas semipermanentes. Foram analisadas as características anatômicas qualitativas e quantitativas do lenho. Para análise dos anéis de crescimento, os doze discos de madeira tiveram suas secções transversais polidas manualmente em uma série de lixas e os anéis de crescimento foram demarcados com o auxílio de um estereomicroscópio. A medição da largura dos anéis de crescimento foi feita com auxílio do software de análises de imagem Image-Pro-Plus. Para verificação da qualidade e correção dos dados realizou-se a datação cruzada das mensurações com o auxílio do software livre COFECHA; a largura dos anéis foi transformada em séries permitindo a sincronização e melhor interpretação dos dados. Após a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Wood characteristics are directly influenced by environmental and genetic factors. However, some genetic features have high heritability, low phenotypic plasticity and are independent of the environmental conditions in which they operate. This study aimed to compare the wood anatomy of Cordia trichotoma that were planted in the same place, but with seeds of two provenances (Bauru e Piracicaba), and to correlate growth rings width with precipitation and temperature. Twelve discs were collected of this species in the Experimental Station of Luiz Antônio, SP, and six from each provenance (Bauru and Piracicaba). For microscopic analysis of the stem histological sections were made in the conventional three planes (cross, tangential longitudinal and radial longitudinal) were obtained and permanent histological slides were made according to standard techniques in wood anatomy. Woody fragments were dissociated and with it slides were made. We analyzed the qualitative and quantitative anatomical wood features. For analysis of growth rings, the twelve disks had their cross sections polished manually on a series of sandpaper and the growth rings were marked with the stereomicroscope. The measurement of the growth rings width was achieved using the image analysis software Image-Pro Plus. To check the quality and accuracy of the data held on the cross-dating measurements with the help of free software COFECHA and, the rings width was transformed into series allowing synchronization and better interpretation of the data. After synchronization, the data were analyzed with the use of free software ARSTAN for disposal of the growing trends and getting the residual chronology. Precipitation and temperature analyses were performed using Pearson's correlation in Microsoft Office Excel. Qualitatively, the wood... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Ministério da Educação, Universidade Federal Rural da Amazônia e Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestais. / The objective of this study was to compare the methodologies used to measure the volume of standing bark in natural forests, using regression analysis, mean shape factor, 0.7 form factor proposed by Heinsdijk & Bastos (1963) and artificial neural networks training in a dense ombrophilous forest in the municipality of Breu Branco-PA. A total of 576 trees were sown by the Smalian methodology and the information from 476 trees was used to estimate the coefficients of the volumetric equations and average form factor. 100 trees were also used, different from the 476 trees for data validation and normality. Three models of single entry and three of double entry were adjusted. The criteria used to select the best models were R²aj, Syx%, Syxr%, RQME, AIC, VP and waste distribution. Three thousand RNAs were trained for each analysis of tree volume estimation, using quantitative variables (DBH and commercial height) and qualitative (species). RQME parameters, Correlation Coefficient, Bias and graph analysis were used for the best RNA estimation. All volume estimates were compared to the volume cubed by the Smalian methodology and it was found that in this study there was no significant difference at a 95% probability between them. / Este estudo teve como objetivo comparar as metodologias utilizadas para mensurar o volume com casca de madeira em pé em florestas naturais, por meio da análise de regressão, fator de forma médio, fator de forma 0,7 proposto por Heinsdijk & Bastos (1963) e treinamento de Redes Neurais Artificiais em uma floresta ombrófila densa no município de Breu Branco-PA. Foram cubadas 576 árvores pela metodologia de Smalian e utilizadas as informações de 476 árvores, para estimativa dos coeficientes das equações volumétricas e fator de forma médio, também foram utilizadas 100 árvores diferentes das 476 arvores para validação e normalidade dos dados. Foram ajustados três modelos de simples entrada e três de dupla entrada. Os critérios utilizados para seleção dos melhores modelos foram R²aj, Syx%, Syxr%, RQME, AIC, VP e distribuição dos resíduos. Foram treinadas 3000 RNA para cada análise de estimativa de volume da árvore, utilizando variáveis quantitativas (DAP e Altura comercial) e qualitativa (espécie). Para a melhor estimativa da RNA foram utilizados os parâmetros RQME, Coeficiente de Correlação, Viés e análise de gráfico. Todas as estimativas de volumes foram comparado com o Volume cubado pela metodologia Smalian e verificou-se que neste estudo não obtiveram diferença significativa a uma probabilidade de 95% entre elas.

Empregando quadrantes e parcelas circulares, efetuou-se o levantamento da vegetação de um trecho de mata atlântica em estágio secundário, com o objetivo de determinar: a diversidade em espécies arbóreas através do emprego de diferentes índices (MARGALEF, MENHINICK, BERGER-PARKER, MCINTOSH, SHANNON e SIMPSON); a sensibilidade destes índices à variação no tamanho da amostra; a densidade de regeneração natural do palmito. Foram amostrados 1248 indivíduos arbóreos distribuídos em 45 famílias botânicas, 108 gêneros e 219 espécies, além do grupo de árvores mortas. A densidade de regeneração do palmito foi de 3980 indivíduos por hectare. O índice de MARGALEF mostrou a maior sensibilidade à variação no tamanho da amostra e os índices de MCINTOSH e SIMPSON foram os menos sensíveis. Grupos com 8 pontos de quadrantes cada foram definidos como tamanho mínimo da amostra para a aplicação dos índices de diversidade na comunidade estudada. A relação das espécies em ordem decrescente de IVI, mostra a Tibouchina pulchra na primeira posição e o palmito (Euterpe edulis) na 69ª posição, apesar de ter apresentado uma alta densidade de regeneração natural / This study is a vegetation survey of a secondary formation area in the Atlantic Forest in order to determine: 1) arboreal species diversity using six indexes (MARGALEF, MENHINICK, McINTOSH , BERGER-PARKER, SHANNON e SIMPSON); 2) the sensibility of these indexes to sample size variation; 3) the correlation of the density palm (Euterpe edulis) regeneration with the community diversity and its floristic composition. The point centred quarter method (Quadrant method) was used in the vegetation sampling, considering arboreal specimens of two diameter classes: class 1 (DBH>=O,10m) and class 2 (0,05m<=DBH<0,10m). In the palm natural regeneration study circular plots with 7, 5m of radius were taken , sampling all the palm specimens divided in three height classes: class 1 (H<=0,50m) I class 2 (0,50m < H <= 1,30m) and class 3 (H>=1, 30m with DBH<0,50m). A total of 1248 specimens were sample for the two diameter classes: 75 dead standing trees and the remaining 1173 distributed in 44 families, 108 genera and 219 species. The palm natural regeneration showed a density of 3,980 specimens with DBH<0,05m per hectare. For all the indexes applied diameter class 2 showed a greater species diversity. As to the diversity indexes sensibility to the sample size variation, MARGALEF index was the most sensible. McINTOSH and SIMPSON indexes were the least sensible. Groups with 8 quadrant points each are the minimum sampling to which the diversity indexes are applicable in this community. Besides the diversity indexes, the fitossociological parameters of density, dominance, frequency and the importance value index(IVI) were taken for each species in each diameter class In diameter class 1 Tibouchina pulchra showed the highest IVI (35,82) . In diameter class 2 Nephelea setosa was the species with the highest IVI (16,37) and the second position was occupied by Tibouchina pulchra (IVI=14,47). The paIm Euterpe edulis, which showed a high natural regeneration density, remained in the 15th position in diameter class 2 (IVI= 4,59) and the 69th position in class 1 (IVI = 1,20)

Orientador: Magali Ribeiro da Silva / Banca: Gisela Ferreira / Banca: José Leonardo de Moraes Gonçalves / Resumo: O reaproveitamento de resíduos provenientes do tratamento de esgotos domésticos se faz cada vez mais necessário e a sua utilização no meio agrícola e florestal apresenta-se como uma boa opção de uso deste material. Os objetivos desta pesquisa foram avaliar o crescimento e a qualidade de mudas de três espécies florestais (Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla, Pseudobombax grandiflorum e Cedrella fissilis) produzidas com substratos a base de lodo de esgoto compostado e submetidas a três lâminas de água diárias. Após a avaliação física dos substratos, foram escolhidos aqueles com as características mais favoráveis à produção de mudas florestais, bem como um material comercial usado como testemunha. Cada espécie foi tratada como um experimento, com um delineamento experimental inteiramente casualizado em esquema fatorial 3x4 (lâminas de irrigação e substratos). Para as espécies nativas, as lâminas de irrigação testadas foram de 6, 9 e 12 mm e para o eucalipto foram de 11, 14 e 17 mm. Foram utilizados um substrato comercial a base de turfa Sphagnum (SC); lodo de esgoto compostado com bagaço de cana-de-açúcar na proporção volumétrica 1:3 (LBC); lodo de esgoto compostado com casca de eucalipto na proporção volumétrica 1:3 (LCE) e lodo de esgoto compostado com bagaço de cana-de-açúcar + lodo de esgoto compostado com casca de eucalipto em proporção volumétrica 2:1 (LBC+LCE). Foram avaliados ao final do ciclo de produção das mudas a altura, diâmetro do colo, massa seca da parte aé... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The reuse of residues resulting from the treatment of domestic sewage is necessary and the use of this material in agriculture and forestry is a good option. The aims of this research were to evaluate the growth and the quality of seedlings of three species (Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla, Pseudobombax grandiflorum and Cedrella fissilis) produced with substrates based on composted sewage sludge and submitted to three daily water depths. After the physical characterisation of the substrates, those with the best characteristics to seedlings production were selected, as well as a commercial material which was used as a witness. Each species was considered an experiment completely randomized in factorial design 3 x 4 (water depths and substrates). For the native species, the water depths used were 6, 9 and 12 mm and for the Eucalyptus the water depths used were 11, 14 and 17 mm. The substrates used were: commercial substrate based on Sphagnum peat (SC); sewage sludge composted with sugarcane bagasse (1:3 v:v)(LBC); sewage sludge composted with eucalyptus bark (1:3 v:v)(LCE) and sewage sludge composted with bagasse + sewage sludge composted with eucalyptus bark in a volumetric proportion (2:1)(LBC+LCE). At the end of the production cycle of the seedlings the following parameters were evaluated: height, stem diameter, dry mass, leaf area, root system conformation, Dickson quality index, SPAD index, nutrient content and leaching fraction. The data were subjected to analysis of variance followed by Scott-Knott test when there was significant difference of means and Pearson correlation index was used for the nutrient content data. The formulations using sewage sludge, bagasse and eucalyptus bark ... / Mestre

A distribuição Weibull foi ajustada à distribuição de diâmetros de 60 espécies arbóreas de floresta tropical fluvial situada no Estado do Maranhão. Foram testados estimadores de máxima verossimilhança, momentos, percentis e funções lineares. Com exceção dos estimadores de funções lineares, todos os demais produziram, para todas as espécies, distribuições que não diferiram estatisticamente das distribuições observadas, Os estimadores de máxima verossimilhança produziram estimativas com a menor variância, embora os estimadores de percentis tenham produzido as distribuições mais próximas das observadas. Observou-se que as estimativas obtidas pelo método dos percentis são influenciadas pelo número e amplitude das classes diamétricas utilizadas, quando os percentis são calculados com dados agrupados. Apesar da distribuição Weibull ter sido proposta inicialmente como uma distribuição empírica, observou-se que ela pode ser deduzida biologicamente, admitindo-se algumas suposições quanto à taxa relativa instantânea de mortalidade de uma população. Quando se considerou a posição das espécies estudadas no processo de sucessão secundária, observou-se uma diminuição no valor do parâmetro da forma (c) e um aumento no parâmetro da escala (b), do início para o final da sucessão. Foi possível identificar quatro padrões de distribuição de diâmetros entre as espécies estudadas, havendo uma relação entre esses padrões e os estágios de sucessão secundária / not available