Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-10-23Bitstream added on 2014-06-13T20:39:16Z : No. of bitstreams: 1 bezerra_mr_me_ilha.pdf: 707588 bytes, checksum: 77bc5aa53cdca426281d914534fb3fa2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Embora a quase totalidade da produção nacional de caqui (Diospyros kaki L.) seja destinada ao mercado interno, o Brasil vem se consolidando nos últimos anos como país exportador dessa fruta para países dos continentes americano e europeu. Por essa razão, o cultivo dessa fruteira vem se constituindo numa importante atividade agrícola para pequenos produtores no Brasil. A obtenção de mudas de boa qualidade para a implantação de pomares constitui-se em sério problema para os fruticultores que pretendem cultivar o caquizeiro, métodos alternativos para a produção de mudas, amenizariam essa dificuldade. Em função disso o presente trabalho objetivou avaliar a porcentagem de pegamento da enxertia de mesa em estacas lenhosas oriundas das brotações do porta-enxerto, a capacidade de enraizamento de estacas lenhosas e herbáceas de caquizeiro oriundas de brotações da copa e do porta-enxerto, ambos da cultivar Rama-Forte, determinar a concentração mais adequada de indolbutírico (AIB) e ainda avaliar a fenologia de dez variedades de caquizeiro (Pomelo, Rubi, Fuyuhana, Rama Forte, Taubaté, Giombo, Suruga, Toote, Fuyu, e Jiro), selecionar aquelas que apresentem melhores características agronômicas e que sejam adaptadas às regiões de clima tropical. O trabalho foi conduzido no período de 16 de março de 2006 a 29 de maio de 2007 na área experimental da Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Universidade Estadual Paulista - Campus de Ilha Solteira, localizada no município de Selvíria - MS. Para a enxertia de mesa foram utilizadas 120 estacas lenhosas oriundas do porta-enxerto onde foi realizada a enxertia por garfagem tipo fenda cheia e divididos em quatro tratamentos com três repetições de 10 estacas, sendo três concentrações de AIB (1500, 2500 e 3500 mgL-1) e a testemunha (sem aplicação de AIB), imergindo-se 5cm da base por cinco minutos na solução... / Although almost the totality of the national production of Kaki (Diospyros kaki L.) either destined to the domestic market, Brazil comes if consolidating in the last years as exporting country of this fruit for countries of the American and European continent. Therefore, the culture of this fruit comes if constituting in an important agricultural activity for small producers in Brazil. The attainment of props of good quality for the implantation of orchards consists in serious problem for the producers of fruits that they intend to cultivate the Japanese Persimmon Tree. The present work objectified to evaluate the percentage of the bench graft in deriving rootstocks props, the shoots of the rootstocks, the capacity of grafting of deriving rootstocks and herbaceous props of Japanese Persimmon Tree of shoots of the pantry and the rootstocks, both of cultivating Rama Forte, to determinate the indolbutiric concentration most adequate (IBA) and still the phenology of ten varieties of Japanese Persimmon Tree (Pomelo, Ruby, Fuyuhana, Rama Forte, Taubaté, Giombo, Suruga, Toote, Fuyu, and Jiro), to select those that present good characteristics and that the regions of tropical climate are adapted. The work was lead of day 16 of March of 2006 until day 29 of May of 2007 in the experimental area of the Farm of Education, Research and Extension of the São Paulo State University - Campus of Ilha Solteira, located in the city of Selvíria-MS. In the bench graft 120 deriving rootstocks props of the rootstocks had been used where type full crack and divided in four treatments with three repetitions of 10 props was carried through by full crack, being three concentrations of IBA (1500, 2500 and 3500 mgL-1) and the witness (without IBA application), immerging 5cm of the base per five minutes into the solution...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-28Bitstream added on 2014-06-13T20:20:47Z : No. of bitstreams: 1 ciriello_e_me_botfca.pdf: 599013 bytes, checksum: 8be62585f251c230c319021c74e5e2b7 (MD5) / O reflorestamento comercial de espécies nativas brasileiras, visando à produção de madeira “de Lei” para serraria e laminação, tem se intensificado nos últimos anos em diversas regiões do país. Por ser uma atividade não tradicional do setor florestal brasileiro, inexiste o conhecimento científico e a tecnologia de produção das espécies potenciais, dificultando o desenvolvimento e o crescimento da atividade no país. Dentre as espécies nativas potenciais que vêem sendo plantadas por empresas do setor florestal, o guanandi (Calophyllum brasiliense Cambess.) é destaque, sendo uma espécie com ampla distribuição natural, alta adaptabilidade a diferentes condições de solo e clima e que vem apresentando ótimo desenvolvimento e adaptação aos sistemas produtivos comerciais, graças as suas excelentes características silviculturais, como boa forma, baixa mortalidade, crescimento moderadamente rápido, bom desenvolvimento em plantios homogêneos e ótima qualidade de madeira. Para se obter sucesso no estabelecimento da espécie, como alternativa a produção comercial de madeira, estudos direcionados as técnicas silviculturais de produção, desde a coleta de sementes, produção de mudas, preparo e correção do solo, plantio, nutrição, manejo integrado de pragas e doenças, desbastes e colheita, se destacam como prioridades. O desenvolvimento de um bom programa de melhoramento genético requer prioridade para a obtenção de ganhos de produtividade e rendimento no médio e longo prazo. Nesta linha de pesquisa, o estudo das técnicas de propagação vegetativa, visando abreviar etapas no melhoramento florestal e viabilizar a produção maciça de material melhorado, tem importância fundamental no sucesso do programa... / The commercial reforestation using native Brazilian species, to the production of hardwood for sawmill and lamination has intensified in recent years in various regions of the country, thanks to forest enterprise initiatives and rural producers, attracted by good productive and economic potential of the activity. Due the commercial forestry of native species, are not being a traditional activity of the Brazilian forestry sector, does not have broad scientific knowledge and technology of production of the main native species potential, which hamper the development and growth of productive activity in the country. Among the native species they see potential being planted by forest sector companies, we have the Guanandi (Calophyllum brasiliense Cambess.), a species with extent natural distribution and high adaptability to different soil and climate conditions, and has been showing great development and adaptation to commercial production systems, due to their excellent silvicultural characteristics, such as shaft trunk form, low mortality, moderately fast growth, good development in homogeneous plantations and great quality wood. To succeed in establishing of this specie as an alternative to commercial timber production, studies directed to silvicultural techniques of production from collecting seeds, seedlings production, soil preparation, planting, nutrition, integrated pest and diseases, thinning and harvesting, stand out as priorities. Developing a good genetic improvement program requires priority to ensure the productivity and yield gain in medium and long term. This line of research, the study of vegetative propagation techniques seem to improve forestry abbreviate steps, enabling improved material mass production, has fundamentally important in the success of improvement program. Aiming to assess the genetic variability... (Complete abstract click electronic access below)

O presente trabalho objetivou ilustrar procedimentos de analise auxiliada por computador e metodologia de desenvolvimento para arvores de manivela tendo-se como meta sugestões de boas praticas de projeto visando a otimização de componentes segundo necessidades ditadas pelos clientes, competidores e legislações vigentes. Ilustrou-se uma lista das etapas principais do projeto e desenvolvimento de virabrequins com foco na analise dinâmica e estrutural do componente. Para estas etapas especificas, resumiu-se a teoria básica envolvida nos cálculos e analises necessários e, para casos de abordagens consagradas distintas na resolução de um mesmo problema, realizou-se uma comparação de precisão e custo envolvidos. Posteriormente, aplicou-se o conjunto de ferramentas analisadas em um estudo de caso com uma arvore de manivelas de quatro cilindros em linha, obtendo-se o desempenho estrutural e dinâmico do componente seguido de uma otimização paramétrica. Observou-se um potencial de ganho de precisão desde o calculo do carregamento aplicado no componente a otimização do mesmo, com o uso de métodos clássicos aplicados a nova tecnologia de software e hardware disponível. Concluiu-se que a organização adequada e utilização específica das ferramentas disponíveis trazem benefícios expressivos na qualidade dos resultados, melhor utilização dos recursos disponíveis e visão global do vinculo de diferentes parâmetros de desempenho. / In the current dissertation it was aimed to illustrate procedures regarding computer aided analysis and methodology for development of crankshafts seeking best practices suggestions to design and focusing on component optimization. These methods must adequate component design to customer, competitors and laws demands. Main development and design tasks for crankshafts were shown centering attention on dynamic and structural analysis. The basic needed theory for these specific tasks with calculus and analyses was summarized and, when more than one common approach was applicable, a cost and precision comparison was performed. Afterward, these tools were applied in a case study where main performance parameters for an inline four cylinder engine crankshaft were obtained. The component was analyzed structurally and dynamically for a subsequent parametric optimization. A potential benefit in precision was observed from applied loads calculation to the mentioned optimization by using available classic methods and modern software and hardware technology mutually. It was concluded that, with an adequate project organization and specific usage of available methods, expressive results can be obtained in results quality, best resources employment and general understanding of performance parameters links.

1. O manejo da vida silvestre em matrizes antropizadas, fora de reservas naturais, é importante para melhorar a eficácia de esforços conservacionistas que visam proteger e restaurar a biodiversidade. Desta forma, é fundamental entender as características da matriz que aumentam a adequabilidade do habitat para as espécies remanescentes e também avaliar as respostas das espécies à práticas de manejo alternativas. 2. Neste estudo utilizamos uma abordagem de modelagem hierárquica, que leva em conta o efeito de falhas de detectabilidade das espécies, para estimar o efeito de práticas de manejo adotadas dentro de talhões de plantios de Eucalyptus sobre a ocupação de aves. Nossos modelos incorporam características sítio-específicas, como tipo de prática de manejo e o contexto da paisagem em que se inserem cada unidade amostral. Também incorpora características espécie-específicas, em particular à sensibilidade das espécies aos distúrbios e estrato de forrageio. 3. O principal fator associado a diferenças na ocupação de aves dentro de nossa área de estudo é o tipo de pratica de manejo. A presença de árvores nativas dispersas e de sub-bosque em estágio inicial de sucessão dentro dos talhões está associada com um aumento na proporção de espécies do pool regional capaz de ocupar a matriz silvicultural. O contexto da paisagem teve um efeito relativamente menor sobre a ocupação de aves na área de estudo. 4. Síntese e Aplicação. A ocupação de aves está associada positivamente ao aumento da complexidade estrutural dentro dos talhões de eucalipto, as espécies respondem a retenção de árvores nativas dispersas e a presença de sub-bosque. Gerenciadores interessados em aumentar o valor conservacionista de plantios de Eucalyptus para as aves deveriam preservar as arvores maduras e adotar práticas que estimulem a regeneração do sub-bosque durante o preparo do local e rotação do plantio. / 1. Managing for wildlife in human-dominated matrices outside natural reserves has great importance to improve the efficacy of conservation efforts aiming to protect and restore biodiversity. As such, it is critical to understand which features of the matrix that enhance habitat suitability to the remaining species and also to evaluate species responses to alternative management practices. 2. We used hierarchical modeling to estimate the effect of stand level management practices adopted in Eucalyptus plantations on bird occupancy while accounting for species detection failure. Our models incorporate site- specific traits, such as management practice type and the landscape context of each sampling unit. It also incorporates species specific-traits, particularly species sensitivity to disturbance and species foraging stratum. 3. The major factor associated with differences in bird occupancy within our study site is the management practice type. Scattered native trees and early successional stage understory within mature stands was associated with an increase in the proportion of bird species from the regional pool that was able to occupy the silvicultural matrix. Landscape context had a relatively minor effect on bird occupancy in our study area. 4. Synthesis and applications. Bird occupancy is positively associated with increasing spatial heterogeneity within eucalyptus stands with species responding to the retention of native scattered trees and understory presence. Managers interested in improving the conservation value of Eucalyptus plantations to birds should preserve some existing trees and adopt practices that trigger understory regeneration during site preparation and stand rotation.

O artesanato de caixeta -Tabebuia Cassinoides (LAM.) DC – existente no município de São Sebastião/SP foi criado pelos artesãos locais durante a década de 80 como resultado do turismo instalado na região, do conhecimento das técnicas de entalhe em madeira dos artesãos caiçaras e da disponibilidade do recursos natural existente no município. Com a diminuição das áreas de ocorrência da caixeta, devido à urbanização crescente, à venda da terra pelos artesãos e a legislação restritiva ao corte da caixeta, o artesanato produzido com essa matéria-prima perdeu a base de sua produção e vem desaparecendo no decorrer desses últimos anos. Esse estudo iniciou-se com objetivo de identificar e analisar os fatores de sustentabilidade da produção de artesanato local. Ao longo do processo de levantamento de dados foi observada a existência da produção de artesanato de caixeta em sistema de manufatura no município de Silveiras. Esse sistema foi organizado por produtores locais no fim dos anos 80, em decorrência do artesanato produzido em São Sebastião. A produção foi mecanizada e criaram-se estratégias de comercialização eficientes, distribuindo esse artesanato em todo o país e no exterior. Os produtos se aprimoraram, diversificaram e se transformaram, passando a influenciar os padrões e o próprio sistema de produção do artesanato de São Sebastião. Os dados para essa pesquisa foram obtidos através de fontes secundárias e pesquisa de campo, em que foram realizadas entrevistas abertas, estruturadas e semi-estruturadas, questionários e conversas informais. Os dados dos dois sistemas de produção foram comparados, possibilitando, com isso, uma análise das condições de sustentabilidade da produção em São Sebastião. As conclusões desse estudo apontaram para as condições internas de sustentabilidade da produção em São Sebastião, limitadas, principalmente, pela pequena oferta da caixeta. Por outro lado, o artesanato tradicional se transformará para alcançar o consumidor da sociedade moderna. Enquanto produto de relações sociais, econômicas e culturais específicas, o artesanato sofre, necessariamente, transformações, à medida em que passam a existir relações com o mercado. / The handcraft with "caixeta" - Tabebuia Cassinoides (Lam) DC - that exists in the city of São Sebastião, in São Paulo, Brazil, was created by the local craftsmen during the decade of the eighties as a result from the tourism started in the region, from the knowledge of the wood carving techniques of the "caiçaras" craftsmen and from the availability of the natural resources in the region. As the areas where the "caixeta" grows are diminishing due to the growing urbanization, the selling of land by the craftsmen and the restrictive legislation about the cutting of this wood, the craft produced with the "caixeta" lost the base of its production and has been disappearing in the last years. This study began with the aim of identifying and analyze the factors of sustainability of the production of the local craft. As data was being collected, it was noticed the existence of production of craft with Tabebuia cassinoides in a system of manufacture in the city of Silveiras SP. This system was organized by local producers at the end of the eighties due to handcraft produced in São Sebastião. The production was mechanized and they created efficient commercialization strategies, distributing this craft in the whole country and abroad. The products were improved, diversified and transformed, getting to influence the patterns and even the craft producing system in São Sebastião. Data for this research was obtained through secondary sources and field research, by which open, structured and halfstructured interviews; questionaries and informal talks were

Algoritmos Evolutivos que utilizam modelos probabilísticos de distribuição dos valores das variáveis (para orientar o processo de busca da solução de problemas) são chamados Algoritmos de Estimação de Distribuição (AEDs). Esses algoritmos têm apresentado resultados relevantes para lidar com problemas relativamente complexos. O desempenho deles depende diretamente da qualidade dos modelos probabilísticos construídos que, por sua vez, dependem dos métodos de construção dos modelos. Os melhores modelos em geral são construídos por métodos computacionalmente complexos, resultando em AEDs que requerem tempo computacional alto, apesar de serem capazes de explorar menos pontos do espaço de busca para encontrar a solução de um problema. Este trabalho investiga modelos probabilísticos obtidos por algoritmos de reconstrução de filogenias, uma vez que alguns desses métodos podem produzir, de forma computacionalmente eficiente, modelos que representam bem as principais relações entre espécies (ou entre variáveis). Este trabalho propõe algumas estratégias para obter um melhor uso de modelos baseados em filogenia para o desenvolvimento de AEDs, dentre elas o emprego de um conjunto de filogenias em vez de apenas uma filogenia como modelo de correlação entre variáveis, a síntese das informações mais relevantes desse conjunto em uma estrutura de rede e a identificação de grupos de variáveis correlacionadas a partir de uma ou mais redes por meio de um algoritmo de detecção de comunidades. Utilizando esses avanços para a construção de modelos, foi desenvolvido uma nova técnica de busca, a Busca Exaustiva Composta, que possibilita encontrar a solução de problemas combinatórios de otimização de diferentes níveis de dificuldades. Além disso, foi proposta uma extensão do novo algoritmo para problemas multiobjetivos, que mostrou ser capaz de determinar a fronteira Pareto-ótima dos problemas combinatórios investigados. Por fim, o AED desenvolvido possibilitou obter um compromisso em termos de número de avaliações e tempo de computação, conseguindo resultados similares aos dos melhores algoritmos encontrados para cada um desses critérios de desempenho nos problemas testados. / Evolutionary Algorithms that use the distribution of values of variables as probabilistic models (to direct the search process of problem solving) are called Estimation of Distribution Algorithms (EDAs). These algorithms have presented relevant performance in handling relatively complex problems. The performance of such algorithms depends directly on the quality of probabilistic models constructed that, in turn, depend on the methods of model building. The best models are often constructed by computationally complex methods, resulting in AEDs that require high running time although they are able to explore less points in the search space to find the solution of a problem. This work investigates probabilistic models obtained by algorithms of phylogeny reconstruction since some of them can produce models in an efficient way representing the main relationships among species (or among variables). This work proposes some strategies for better use of phylogeny-based models in the development of EDAs, such as the employment of a set of phylogenies instead of only one phylogeny as a model of correlation among variables, the synthesis of the most relevant information from a set of phylogenies into a structure of network and the identification groups of correlated variables from one or more networks by an algorithm of community detection. Using those advances for model construction, a new search technique, called Composed Exhaustive Search, was developed in order to find solutions for combinatorial optimization problems with different levels of difficulty. In addition, an extension of the new algorithm for multi-objective problems was proposed, which was able to determine the Pareto-optimal front of the combinatorial problems investigated. Finally, the developed EDA makes possible to obtain a trade-off in terms of number of evaluations and running time, finding results that are similar to the ones achieved by the best algorithms found for each one of these performance criteria in the problems tested.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5133_1.pdf: 5742440 bytes, checksum: b8acaf8765518dc4580f06ca970cc072 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Um método de acesso multidimensional (MAM) é uma estrutura de indexação voltada ao suporte de objetos espaciais, especialmente de retângulos. O principal objetivo de um MAM é propiciar uma rápida obtenção dos objetos espaciais que satisfazem um certo relacionamento topológico, métrico ou direcional. Neste sentido, o espaço indexado é organizado de tal forma que, por exemplo, a recuperação dos retângulos de dados contidos em uma área particular requeira apenas o acesso aos retângulos próximos a esta área, em oposição à análise do conjunto completo de retângulos armazenados em memória secundária. Um MAM, portanto, é projetado como um caminho otimizado aos dados espaciais e o seu uso melhora significativamente o desempenho de sistemas gerenciadores de banco de dados espaciais no processamento de consultas. Nesta tese, nós investigamos o desempenho de um conjunto de MAM, a maioria dos quais tem sido identificado na literatura como um MAM muito eficiente no suporte a consultas espaciais de seleção. Este grupo consiste dos seguintes métodos de acesso: R-tree, R-tree Greene, R+-tree, Hilbert R-tree, SR-tree e três variantes da R* -tree chamadas de R* -tree CR (i.e., close reinsert), de R* -tree FR (isto é, far reinsert) e de R* -tree WR (isto é, without reinsertion). A comparação do desempenho destes MAM foi realizada visando-se analisar prioritariamente a influência do fator distribuição espacial dos dados. Neste sentido, nós propusemos uma metodologia de avaliação de desempenho que permite a geração de um conjunto de tipos de distribuição espacial com diferentes características, as quais tornam possível que a influência do fator distribuição espacial dos dados seja analisada sob diferentes perspectivas, desde uma fraca até uma forte influência. Por meio de diversos testes de desempenho, nós observamos de que forma a distribuição espacial dos dados afetou os custos de inserção e de armazenamento de novas entradas no índice espacial, além do custo de point queries, intersection range queries, enclosure range queries e containment range queries. Com relação a estas consultas espaciais de seleção, os resultados de desempenho mostraram que a R+-tree foi a melhor estrutura de indexação espacial para poin queries e enclosure range queries, ao passo que as variantes da R* -tree produziram os melhores resultados de desempenho para intersection e containment range queries. Por outro lado, os métodos Hilbert R-tree e SR-tree geraram um baixo desempenho para as quatro consultas espaciais investigadas. No entanto, em testes de desempenho adicionais, os quais modificaram tanto o tamanho quanto o formato dos retângulos de dados, os métodos de acesso Hilbert R-tree e SR-tree geraram resultados competitivos, particularmente para intersection e containment range queries

Orientador : Edson Moschim / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-31T15:17:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Padua_FabianoJoaoL_M.pdf: 506585 bytes, checksum: 8bd26b8dae1ab8c932d8a24712288887 (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado

Orientador: Prof. Dr. Rodrigo de Alencar Hausen / Coorientador: Prof. Dr. Jerônimo Cordoni Pellegrini / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Santo André, 2018. / O problema de distância de edição geral de árvores consiste na comparação de duas Árvores enraizadas e rotuladas a partir de operações de edição tais como a deleção e a inserção de nós, buscando obter o menor custo necessário para uma sequência de operações que transforme uma árvore em outra. Neste trabalho provamos que encontrar a maior subfloresta comum pela deleção de nós dentre duas árvores dadas, chamada de LCS-floresta, é um caso particular de distância de edição. Para o problema de encontrar a subárvore comum máxima entre duas árvores, existe uma demonstração feita por Valiente[Val02] de que esse problema é um caso particular de distância de edição considerando uma condição que preserva fortemente a ancestralidade entre os pares de nós das árvores comparadas. Realizamos uma demonstração alternativa para esse problema que toma por condição a existência de caminhos entre os pares de nós. Também estabelecemos uma hierarquia que relaciona as distâncias obtidas como solução desses três problemas, mostrando que a distância que se obtém como solução do problema de edição mais geral é limite inferior para a distância encontrada como solução do LCS-floresta, e esta última é limite inferior para a distância obtida com a subárvore comum máxima. Na segunda parte do trabalho, descrevemos as estruturas de dados como árvores enraizadas e rotuladas, assim pudemos aplicar o conceito de distância de edição e, com isso, analisar os custos para comparar uma estrutura de dados consigo mesma após uma sequência de operações. Para tal, modelamos os custos das operações nas árvores das respectivas estruturas considerando informações como o número de nós da árvore e o nível do nó que passou pela operação. Nos modelos de pilha, lista ligada e árvore de busca binária as distâncias de edição foram relacionadas às complexidades de tempo de se operar nessas estruturas. Adaptamos também os custos operacionais para tries e árvores B. Realizamos experimentos para calcular as distâncias de edição de uma estrutura de dados consigo mesma após uma sequência aleatória de operações com o intuito de verificar como essas medidas de distância atuavam sobre cada estrutura. Observamos nesses testes que o tamanho da sequência influencia na distância final. Também verificamos que os custos operacionais que consideram o nível do nó operado obtinham distâncias menores se comparadas com aquelas obtidas pelo custo de tamanho da estrutura. / The general tree edit distance problem consists in the comparison between two rooted labelled trees using operations which change one tree into another. The tree edit distance is defined as the minimum cost sequence of edit operations needed to transform two trees. The edit operations studied are inserting, deleting and replacing nodes. In this work, we prove that find the largest common subforest between trees restricted to node deletion, called LCS-forest, is a particular case of tree edit distance. Valiente [Val02] proved that find the maximum common subtree is a particular case of tree edit distance considering a ancestrality preserving condition, while we present an alternative proof using paths between pair of nodes. These three problems of distance are shown related in a hierarchy, where the general tree edit distance is a lower bound of the distance value obtained from LCS-forest solution. The latter is a lower bound of the distance obtained from maximum common subtree solution. In the second part of this work, we describe data structures as rooted labelled trees. Then it is possible to compare a data structure with itself after a sequence of operations applying the tree edit distance. For this, the model of operational cost of a tree considers information like number of nodes in the tree and level of operated node. The data structures modeled as trees were stack, linked list and binary search tree. The models associate the edit distance with the time complexities of these data structures operations. The operational costs of tries and B-trees also were adaptated for the edit distances. Some experiments to compute the distances are presented. They compare each data structure with itself after random sequences of operations. The results show how each proposed measure operate on the respective structure. The sequence size was an influence factor on distance values. For the operational costs, the cost defined as the level of operated nodes obtain smaller distances compared to the case of cost defined as the structure size.

Orientador: Fernando Jose Von Zuben / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-12T21:45:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_AnaEstelaAntunesda_D.pdf: 8601078 bytes, checksum: 494abd829c21ee91c2a7003c33fdf0a1 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo : A reconstrução de árvores filogenéticas pode ser interpretada como um processo sistemático de proposição de uma descrição arbórea para as diferenças relativas que se observam em conjuntos de atributos genéticos homólogos de espécies sob comparação. A árvore filogenética resultante apresenta uma certa topologia, ou padrão de ancestralidade, e os comprimentos dos ramos desta árvore são indicativos do número de mudanças evolutivas desde a divergência do ancestral comum. Tanto a topologia quanto os comprimentos de ramos são hipóteses descritivas de eventos não-observáveis e condicionais, razão pela qual tendem a existir diversas hipóteses de alta qualidade para a reconstrução, assim como múltiplos critérios de desempenho. Esta tese (i) aborda árvores sem raiz; (ii) enfatiza os critérios de quadrados mínimos, evolução mínima e máxima verossimilhança; (iii) propõe uma extensão ao algoritmo Neighbor Joining que oferece múltiplas hipóteses de alta qualidade para a reconstrução; e (iv) descreve e utiliza uma nova ferramenta para otimização multiobjetivo no contexto de reconstrução filogenética. São considerados dados artificiais e dados reais na apresentação de resultados, os quais apontam vantagens e aspectos diferenciais das metodologias propostas / Abstract: The reconstruction of phylogenetic trees can be interpreted as a systematic process of proposing an arborean description to the relative dissimilarities observed among sets of homologous genetic attributes of species being compared. The resulting phylogenetic tree presents a certain topology, or ancestrality pattern, and the length of the edges of the tree will indicate the number of evolutionary changes since the divergence from the common ancestor. Both topology and edge lengths are descriptive hypotheses of non-observable and conditional events, which implies the existence of diverse high-quality hypotheses for the reconstruction, as long as multiple performance criteria. This thesis (i) deals with unrooted trees; (ii) emphasizes the least squares, minimum evolution, and maximum likelihood criteria; (iii) proposes an extension to the Neighbor Joining algorithm which offers multiple high-quality reconstruction hypotheses; and (iv) describes and uses a new tool for multiobjective optimization in the context of phylogenetic reconstruction. Artificial and real datasets are considered in the presentation of results, which points to some advantages and distinctive aspects of the proposed methodologies / Doutorado / Engenharia de Computação / Doutor em Engenharia Elétrica