PEIXOTO, J. R. O. Diversidade e padrões de susceptilidade a antimicrobianos em bactérias isoladas de ostras (Crassostrea rhizophorae) e do ambiente aquático. 2012. 161 f. Dissertação (mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2015-04-17T15:48:21Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_jropeixoto.pdf: 1674371 bytes, checksum: 06f9b160dd42155fd8e919e0445c405d (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2015-04-17T15:48:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_jropeixoto.pdf: 1674371 bytes, checksum: 06f9b160dd42155fd8e919e0445c405d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T15:48:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_jropeixoto.pdf: 1674371 bytes, checksum: 06f9b160dd42155fd8e919e0445c405d (MD5) Previous issue date: 2012 / The main objective of the following research was to compare the bacterial microbiota present in the soft tissue (ST) and intravalvular liquid (IL) of oysters (Crassostrea hizophorae) and water surroundings from a cultivation structure, as well as from a natural bank, establishing antimicrobial resistance profiles among bacterial isolates. The material was collected at the rio Jaguaribe estuary in Fortim-CE, from October 2010 to March 2011. Temperature, salinity and pH levels from water samples ranged from 27 to 34 °C; 38 to 42, and from 8.13 to 8.42, respectively. Shell sizes, ST weight, IL volume, ST and IL pH ranged from 36.15 to 60.66 mm; 1.24 to 3.30 g; 0.65 to 3.26 mL; 6.11 to 6.64, and from 6.83 to 7.16, respectively. Concerning in-water CHB (culturable heterotrophic bacteria) counting, cultured oysters (CO) and wild oysters (WO) IL and ST, the average values for in colony forming units (CFU) were of 32 x 103 CFU/mL; 57 x 103 CFU/mL; 31.5 x 104 CFU/g; 17 x 103 CFU/mL; 31 x 103 CFU/mL, and 58.7 x 103 CFU/g, respectively. Average values for in-water Vibrio spp. counting, CO and SO of the IL and ST were of 33.7 CFU/mL; 113 CFU/mL; 40.5 x 103 CFU/g; 32.7 CFU/mL; 28.3 CFU/ml and 236 CFU/g, respectively. For environmental parameters, salinity only had influence (r> 0.9 and P = 0.02) on CHB countings in IL and ST collected during the rainy season. No relation was established between the environmental parameters and the culturable vibrios population. From the 118 CHB cultures isolated, 101 strains were identified and distributed in 14 genera. Aeromonas, Vibrio, and Bacillus were the most frequent. From the 68 strains of vibrios identified, the highest incidences were of V. ruber (25.0%) and V coralliilyticus (16.2%). Ampicillins (AMP), cefepime, cefotaxime were the antimicrobials to which isolates presented higher resistance rates (above 60%). Chloramphenicol (CLO) was the only drug 100% related to plasmid resistance among THB strains. Regarding the vibrios, the antibiotics were the following: Chloramphenicol, florfenicol, and gentamicin. The minimum inhibitory concentration ranged from 32 to > 128 µg/ml for penicillin G in Gram-positive THBs; 16 to > 128 µg/ml ampicillin in Gramnegative THBs; 16 to 128 µg/mL ampicillin for Vibrio spp. The results indicated the presence of antimicrobials multidrug-resistant strains and a significant share of mobile elements in these profiles. Besides the well-known microbiological hazards related to fresh clams’ intake, oysters may also play an important role as a resistance spreading site to several antimicrobial with potential use on both human and veterinary medicine. / Objetivou-se comparar a microbiota bacteriana presente no tecido mole (TM) e líquido intervalvar (LI) de ostras (Crassostrea rhizophorae) e das águas do entorno de uma estrutura de cultivo e de um banco natural estabelecendo os perfis de resistência a antimicrobianos entre os isolados bacterianos. O material foi coletado no estuário do rio Jaguaribe, Fortim-CE, de outubro de 2010 a março de 2011. A temperatura, salinidade e pH das amostras de água variaram de 27 a 34 ºC, 38 a 42, 8,13 a 8,42, respectivamente. Os tamanhos das conchas, peso do TM, volume do LI, pH do TM e LI variaram de 36,15 a 60,66 mm, 1,24 a 3,30 g, 0,65 a 3,26 mL, 6,11 a 6,64 e de 6,83 a 7,16, respetivamente. Nas contagens das BHC (bactérias heterotróficas cultiváveis) na água, LI e TM das ostras cultivadas (OC) e das ostras selvagens (OS), foram obtidos valores médios em unidades formadoras de colônias (UFC) de 32 x 103 UFC/mL, 57 x 103 UFC/mL, 31,5 x 104 UFC/g, 17 x 103 UFC/mL, 31 x 103 UFC/mL e 58,7 x 103 UFC/g, respectivamente. Nas contagens de Vibrio spp. na água, LI e TM das OC e das OS, os valores médios foram de 33,7 UFC/mL, 113 UFC/mL, 40,5 x 103 UFC/g, 32,7 UFC/mL, 28,3 UFC/mL e 236 UFC/g, respectivamente. Dentre os parâmetros ambientais, apenas a salinidade apresentou influência (r > 0,9 e P = 0,02) sobre as contagens das BHC presentes nos LI das OC coletadas durante a estação chuvosa. Para a população cultivável de víbrios, nenhuma correlação foi estabelecida com os parâmetros ambientais. Das 118 culturas de BHC isoladas, 101 cepas foram identificadas e se distribuíram em 14 gêneros, sendo Aeromonas, Vibrio e Bacillus, os mais frequentes. Das 68 cepas de víbrios identificadas, a maior incidência foi de V. ruber (25,0%) e V. coralliilyticus (16,2%). Ampicilina (AMP), cefepima, cefotaxima, foram os antimicrobianos aos quais os isolados apresentaram os maiores percentuais de resistência (acima de 60%). Cloranfenicol (CLO) foi a única droga que teve 100% de resistência relacionada a plasmidio entre as cepas de BHC, e para os víbrios foram: cloranfenicol, florfenicol e gentamicina. A concentração inibitória mínima variou de 32 a >128 mcg/mL para a Penicilina G nas BHC Gram-positivas, 16 a >128 mcg/mL de ampicilina nas BHC Gram-negativas, e de 16 a 128 mcg/mL de ampicilina para Vibrio spp. Os resultados indicaram a presença de cepas multirresistentes a antimicrobianos e uma significativa participação de elementos móveis nesses perfis. Além dos conhecidos riscos microbiológicos relacionados a ingestão de moluscos in natura, as ostras também podem desempenhar um importante papel como sítio de disseminação de resistência a vários antimicrobianos tanto de uso na clínica médica humana como veterinária.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-12-22T16:56:46Z No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Membros do domínio Archaea encontram-se amplamente distribuídos na natureza, sendo frequentemente detectados em sedimentos, solos e ambientes aquáticos. Por outro lado, estudos recentes evidenciam a necessidade do cultivo laboratorial desses organismos, especialmente daqueles de ambientes não extremos, já que muitos aspectos de sua biologia permanecem ainda desconhecidos. Por esta razão, neste trabalho aprimoramos metodologias visando a obtenção de culturas de archaeas a partir de amostras de aquário de água doce residencial, utilizando a água deste aquário para a confecção dos meios de cultura. Visando favorecer o crescimento de archaeas oxidantes de amônia (AOAs), os meios de cultura foram adicionados de cloreto de amônio e suplementados com diversos antibióticos e antifúngicos, a fim de torná-los altamente seletivos para archaeas. Onze tipos coloniais foram selecionados e caracterizados quanto à morfologia celular por diferentes técnicas de microscopia, revelando a presença de células cocóides diminutas, com diâmetro médio de 1 µM, algumas vezes apresentando projeções celulares provavelmente envolvidas na adesão. Para as análises de filogenia molecular, DNA destas colônias foram utilizados em ensaios de PCR específicos para os genes de rRNA 16S dos Domínios Archaea e Bacteria e também o gene amoA, específico de AOAs, seguidos de sequenciamento de DNA. Os resultados revelaram que todas as colônias correspondiam a co-cultivos de archaeas pertencentes ao Filo Thaumarchaeota e bactérias dos gêneros Pandorea ou Cupriavidus. Foi também verificado o potencial nitrificante de algumas amostras, uma vez que foram detectadas sequências do gene amoA em alguns dos tipos coloniais selecionados. Paralelamente, foi construída uma biblioteca de genes de rRNA16S de Archaea, a partir do DNA total extraído de uma amostra de água e elementos do aquário. As análises filogenéticas desta biblioteca sugerem que o aquário consiste em um ambiente pouco diverso em termos da comunidade de Archaea presente. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Members of Archaea are found on a vast range of environments, including soils, sediments, and aquatic habitats. Recent studies stress the need of cultivation of mesophilic Archaea, since several physiological and biochemical aspects of these organisms remain unknown due to cultivation-independent techniques intrinsic limitations. In this work, we refined methodologies in order to obtain archaeal cultures from a freshwater aquarium, using the water from the aquarium to prepare the culture media. In order to favor the growth of ammonia oxidizing archaea (AOAs), the media were supplemented with ammonium chloride, and a number of antibiotics and antifungals. Eleven colonies were selected and characterized microscopically, revealing the presence of small coccoid cells, with an average diameter of 1 µM, sometimes presenting cell appendages probably involved in cell adhesion. Molecular phylogeny analyses were performed by PCR experiments specifically directed to the 16S rRNA genes of Archaea and Bacteria, as well as to the amoA gene, found only on AOAs, followed by automated DNA sequencing. The results revealed that all colonies consisted of co-cultures of archaeal cells belonging to phylum Thaumarchaeote, with bacteria of the genera Pandoraea or Cupriavidus. Some colonies were also positive for the presence of amoA gene, suggesting a nitrification potential of these samples. A genomic 16S rRNA library was also constructed from a sample consisting of water and other elements of the aquarium. The phylogenetic analyses of this library suggest that probably, the aquarium corresponds to an environment with a small diversity, in terms of the archaeal community.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Civil e Florestal, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-06-22T18:10:47Z No. of bitstreams: 1 2011_BrunaCescaCapelette.pdf: 2707121 bytes, checksum: b0eb56a47cbce07cdd2cf28561828c9a (MD5) / Approved for entry into archive by Guilherme Lourenço Machado(gui.admin@gmail.com) on 2011-06-27T12:05:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_BrunaCescaCapelette.pdf: 2707121 bytes, checksum: b0eb56a47cbce07cdd2cf28561828c9a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-27T12:05:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_BrunaCescaCapelette.pdf: 2707121 bytes, checksum: b0eb56a47cbce07cdd2cf28561828c9a (MD5) / Em várias sequências de tratamento, a etapa de coagulação é fundamental para garantir a eficiência dos demais processos e assegurar que a água distribuída para a população atenda os padrões de potabilidade. A quitosana é um coagulante natural que tem sido estudado como alternativa aos coagulantes metálicos usualmente adotados no tratamento de água. Entretanto, são escassos os trabalhos que avaliam o emprego da quitosana no tratamento de águas eutrofizadas, e sua contribuição para o aumento da formação de subprodutos da desinfecção. Nesse contexto, este estudo avaliou a eficiência da quitosana como coagulante no tratamento de água contendo, ou não, células de Microcystis aeruginosa, bem como a formação de trihalometanos a partir da oxidação com cloro. Foram construídos diagramas de coagulação (valor de pH entre 5 e 8), compreendendo as etapas de coagulação/floculação/sedimentação, para duas águas de estudo - sem, e com adição de M. aeruginosa (105 cél/mL). As doses de coagulante estudas variaram de 0 a 9mg/L, para quitosana, e de 0 a 18mg/L para sulfato de alumínio, usado como base comparativa. A formação de trihalometanos foi avaliada em águas filtradas em instalação piloto e em papel de filtro após 48 horas de tempo de contato com cloro residual livre (1 e 5 mg/L). Os diagramas mostraram que a quitosana pode promover remoção efetiva de turbidez, clorofila a, matéria orgânica dissolvida e cor aparente. Para as duas águas de estudo, a faixa de valores de pH em que os dois coagulantes apresentaram maiores eficiências de remoção de turbidez, clorofila a e cor aparente foi similar - 6,5 a 7,0. Porém, as maiores eficiências de remoção de matéria orgânica dissolvida ocorreram em regiões distintas - pH menor que 5,5, para sulfato e próximo de 7, para quitosana. Nas regiões de maior eficiência, a turbidez da água clarificada por sedimentação obtida com o uso da quitosana foi menor que a da coagulada com sulfato de alumínio, independentemente da presença de cianobactérias na água de estudo. Nas regiões de baixa eficiência de remoção de turbidez, o emprego da quitosana provocou aumento na cor aparente da água coagulada. Nenhuma espécie de trihalometano foi detectada nos ensaios de oxidação, independentemente do coagulante adotado, indicando que o uso da quitosana como coagulante, para as águas estudadas e nas condições de coagulação trabalhadas, não aparenta ser fonte de precursores da formação de trihalometanos. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In many treatment train, the coagulation step is crucial to guarantee the efficiency of other processes and assure that the distributed water is safe and complies the drinking water standards. Chitosan is a natural coagulant that has been studied as alternative coagulant, instead of the metal salts used for water treatment. However, there are few studies that evaluate the application of chitosan in the treatment of eutrophic waters and its contribution to disinfection by-products formation. In this context, this study evaluated the use of chitosan as a coagulant in the treatment of water spiked, or not, with Microcystis aeruginosa cells, as well as the formation of trihalomethanes by chlorine oxidation. Coagulation diagrams (pH values between 5 and 8), with the coagulation/flocculation/sedimentation steps, were constructed for two study waters - with, and without M. aeruginosa (105 cel/mL). Coagulant doses varied from 0 to 9mg/L for chitosan, and from 0 to 18mg/L for alum, used as comparative base. The trihalomethanes formation was measured in water filtered by pilot plant and filter paper after 48 hours in contact with residual free chlorine (1 and 5mg/L). The diagrams showed that chitosan can provided effective removal of turbidity, chlorophyll a, dissolved organic matter and apparent color. The higher removal efficiencies for turbidity, chlorophyll a and apparent color for both coagulants and both waters occurred in similar pH range - 6.5 to 7.0. However, the highest removal efficiency of dissolved organic matter when alum was used happened at lower pH values (< 5.5), whereas for chitosan the optimal pH value was around 7.0. In regions with higher efficiency, the turbidity of clarified waters obtained with the use of chitosan presented lower value than that coagulated with alum, regardless of the presence of cyanobacteria in the studied waters. In regions with lower removal efficiency of turbidity, the use of chitosan as coagulant increased the apparent color of coagulated water. No trihalomethanes were detected after oxidation with chlorine, regardless the coagulant used, suggesting that the use of chitosan as coagulant, for studied waters, does not have influence on the trihalomethane formation.

Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Tecnologia Ambiental e Recursos Hídricos, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-01-26T13:35:50Z No. of bitstreams: 1 2011_MariaMartinsNascimento.pdf: 5276362 bytes, checksum: 4153237396eb41bdba98dcc395722010 (MD5) / Approved for entry into archive by Elzi Bittencourt(elzi@bce.unb.br) on 2012-01-26T14:33:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MariaMartinsNascimento.pdf: 5276362 bytes, checksum: 4153237396eb41bdba98dcc395722010 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-26T14:33:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MariaMartinsNascimento.pdf: 5276362 bytes, checksum: 4153237396eb41bdba98dcc395722010 (MD5) / As florações de cianobatérias provocadas pelo aporte de nutrientes nos corpos de água impactam a qualidade das águas. Esses micro-organismos ao serem lisados liberam toxinas para a água. O tratamento de água convencional - coagulação, floculação, sedimentação e filtração - não é eficiente na remoção dessas cianotoxinas dissolvidas, porém a oxidação no durante a etapa de desinfecção (cloração) pode ser uma alternativa para a remoção desses compostos. Sendo assim, o presente trabalho teve por objetivo estudar o processo de oxidação de microcistinas dissolvidas usando o hipoclorito de sódio como oxidante, avaliando a cinética de oxidação, influência da dose e tempo de contato, bem como a caracterização das microcistinas produzidas pela linhagem NPLJ-4 de Microcystis aeruginosa e a validação o método para determinação de microcistina-LR por cromatografia líquida com detector de massas (CL-MS/MS). Os resultados obtidos sugerem a presença de seis variantes de microcistinas produzidas pela linhagem NPLJ-4, sendo a mais abundante a [D-Leu] MCYST-LR. O método de determinação da MCYSTLR implementado apresentou, na faixa de 1-50 μg L-1, boa linearidade, com coeficiente de ajuste (r) maior que 0,99. A repetitividade do método, obtida mediante a fortificação de amostras com diferentes concentrações de microcistina-LR, apresentou resultados satisfatórios (CV % < 20). Os Limites de Detecção (LOD) e de Quantificação (LOQ) foram inferiores a 1,0 μg L-1 de MCYST-LR, valor máximo permito pela legislação brasileira sobre potabilidade da água, indicando a aplicabilidade do método para o controle de água para consumo humano. Nas condições avaliadas, microcistinas semi-purificadas oxidadas com hipoclorito de sódio em valor de pH 6, os resultados mostraram que a oxidação segue uma cinética de pseudo-primeira ordem em relação à concentração de microcistinas e a eficiência de remoção foi proporcional ao CT (concentração de cloro vezes tempo de contato). Para concentrações de microcistinas de cerca de 100, 40 e 20 μg L-1, os produtos CT mínimos necessários para obtenção de concentrações de microcistinas atendendo o padrão de potabilidade foram, respectivamente, 120, 60 e 30 mg L-1 min. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Blooms of cyanobacteria caused by nutrients loads to water sources impacts water quality. When these microorganisms are lysed they release toxins into the water. The conventional water treatment, based in coagulation, flocculation, sedimentation and filtration, is not effective in removing these dissolved cyanotoxins, but the oxidation during chlorination can be an alternative for the removal of such microcontaminants. Therefore, this work aimed to study the oxidation of microcystins using sodium hypochlorite as oxidant, evaluating the oxidation kinetics, the influence of dose and oxidation time, as well as the characterization of microcystins variants produced by Microcystis aeruginosa NPLJ-4 strain and optimization and validation of the analytical method for determination of MCYST-LR by liquid chromatography coupled with mass spectrometry (LC-MS/MS). The results indicated the presence of six variants of microcystins produced by the M. aeruginosa NPLJ-4 strain, with the [D-Leu] MCYST-LR being the most abundant toxin. The LC-MS/MS method for quantification of MCYST-LR showed good linearity in the range of 1 to 50 μg L-1, with fitness coefficient (r) > 0.99. The repeatability, obtained by fortifying blank samples with different concentrations of microcystin-LR, was considered satisfactory (CV% < 20). The limits of detection (LOD) and quantification (LOQ) were lower than 1.0 mg L-1 of MCYST-LR, the Brazilian drinking water standard, suggesting the applicability of the method for the drinking water quality control. Under the conditions studied, oxidation of semi-purified microcystins with sodium hypochlorite at pH 6, the results showed that the oxidation followed a pseudo-first order kinetics regarding the microcystins concentration and the removal efficiency was related to CT product (concentration of chlorine times oxidation time). For concentrations of microcystins of around 100, 40 e 20 μg L-1, the minimum CT values of 120, 60 e 30 mg L-1 min, respectively, are necessary to guarantee residual concentrations of microcystins bellow de drinking water standard, 1.0 mg L-1.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-17T15:16:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1021215 bytes, checksum: ab7bc485241cff731ada0b1c769f7691 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T15:16:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1021215 bytes, checksum: ab7bc485241cff731ada0b1c769f7691 (MD5) Previous issue date: 2015-07-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho visa contribuir para o melhor entendimento da aplicabilidade de esporos de bactérias aeróbias como um indicador da eficiência do tratamento de água. O trabalho consistiu, essencialmente, na pesquisa de esporos de bactérias aeróbias ao longo do processo de tratamento da estação de tratamento de água da Universidade Federal de Viçosa (ETA UFV). A remoção de esporos foi discutida comparativamente à: (i) estimativa da remoção de cistos de Giardia e de oocistos de Cryptosporidium, a partir de dados de remoção de turbidez na ETA UFV e do emprego de equações empíricas de literatura que relacionam a remoção de cistos de Giardia e de oocistos com a de turbidez; (ii) estimativa da inativação de cistos de Giardia a partir dos dados Ct da ETA UFV e do emprego de um modelo empírico de literatura de inativação de cistos por cloração em função de Ct. Os resultados obtidos indicaram que: (i) esporos de bactérias aeróbias foram removidos de forma consistente ao longo das etapas do tratamento; (ii) a remoção de turbidez no ciclo completo de clarificação (decantação + filtração) foi inferior à de esporos de bactérias aeróbias; (iii) a remoção observada de esporos de bactérias aeróbias no ciclo completo de clarificação (decantação + filtração) foi inferior à remoção estimada, com base na remoção de turbidez, de cistos de Giardia e próxima à de oocistos de Cryptosporidium; (iv) a inativação observada de esporos de baterias aeróbias por cloração foi inferior à inativação estimada, com base nos valores de Ct, de cistos de Giardia. Infere-se, pois, que a remoção / inativação de esporos apresenta potencial de indicador da remoção / inativação de (oo)cistos de Giardia e Cryptosporidium e que a turbidez possa ser utilizada como estimativa conservadora da remoção de esporos. / This work aims at contributing to the understanding of the use aerobic bacterial spores as an indicator of drinking-water treatment efficiency. Essentially, the work consisted of monitoring aerobic spores along the treatment processes in the water treatment plant of the University of Viçosa (UFV WTP). Spores removal was compared to: (i) Giardia cysts and Cryptosporidium oocysts removal estimates, based on turbidity removal data from UFV WTP and the use of literature empirical equations which relate the removal of Giardia cysts and Cryptosporidium oocysts to turbidity removal; (ii) Giardia cysts inactivation estimates, based on UFV WTP Ct values and a literature empirical model which relates Giardia cysts inactivation to Ct. The results indicated that: (i) aerobic bacterial spores were consistently removed along the UFV WTP treatment processes; (ii) turbidity removal in the whole clarification cycle (sedimentation + filtration) was below that of bacterial spores; (iii) the observed removal of bacterial spores in the whole clarification cycle (sedimentation + filtration) was below the removal estimates, based on turbidity removal, for Giardia cysts and close to that for Cryptosporidium oocysts; (iv) the observed inactivation of bacterial spores with chlorination was below the inactivation estimates, based on Ct values, for Giardia cysts. Thus, it is suggested that the removal / inactivation of aerobic bacterial spores can be potentially used as an indicator of removal / inactivation of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts, a well as that turbidity can be used as a conservative estimate of bacterial spores removal / Não foi encontrado o cpf do autor. Dissertação publicada sem o Termo de Autorização, apesar de solicitado via e-mail ao autor.

Capes / Enterococcus sp. são bactérias caracterizadas como cocos Gram-positivos, frequentemente encontradas na microbiota normal do trato gastrointestinal de humanos e animais, além de serem encontradas em plantas, solo e na superfície da água. Embora sejam considerados microrganismos comensais, Enterococcus sp. podem estar relacionados a uma grande variedade de infecções humanas, e com o rápido crescimento de cidades, muitas vezes sem saneamento básico, a água de superfície serve como disseminação de doenças de veiculação hídrica. Este trabalho apresenta como objetivo, o isolamento e identificação de espécies de Enterococcus de água de superfície da nascente do córrego Jaboti e sua foz, ribeirão Biguaçu e represa do Barreiro, na cidade de Apucarana – PR, além da determinação da sensibilidade desta bactéria a antimicrobianos e fatores de virulência. Os enterococos isolados foram testados quanto à sua resistência a 12 antibióticos através do método de disco difusão, além de análises genotípicas de fatores de virulência e de resistência a antimicrobianos, utilizando a reação em cadeia da polimerase (PCR). Foram confirmados quarenta (40) isolados para o gênero Enterococcus, sendo que as espécies identificadas foram E. italicus (n= 8); E. casseliflavus e E. flavescens (n= 4); E. gallinarum (n= 4); E. seriolicida (n= 3) e E. faecium (n= 2). As taxas de resistência dos isolados foram observadas em 57,5%; 55,0%; 50,0%; 47,5% e 35,0% para eritromicina, penicilina, teicoplanina, vancomicina e ampicilina respectivamente. Genes de resistência encontrados nos isolados foram vanA (37,5%), erm(B) (25,0%), aac (6’)-le-aph(2’’)-la (22,0%); tet(L) (20.0%) e tet(M) (2,5%). Nenhum dos isolados pesquisados apresentaram o gene vanB. Determinantes de virulência dos isolados foram detectados a uma taxa de 17,5 e 2,5% para asa1 e cylA. Não foram identificados os genes gelE, ace agg e cpd nos isolados analisados. A presença de Enterococcus sp. na água representa um problema de saúde pública, uma vez que esta pode servir como disseminação desta bactéria para seres humanos. / Enterococcus sp. are Gram-positive cocci bacteria often found in the normal microflora of the gastrointestinal tract of humans and animals; and also in plants, soil and surface water. Although these microorganisms are considered commensals, Enterococcus sp. can be related to a wide variety of human infections. With the rapid growth of cities, often without basic sanitation, surface water serves as the spread of waterborne diseases through the Enterococcus sp. This work presents as objective the isolation and identification of species of Enterococcus of surface water samples collected from three lakes: Jaboti, Lake Biguaçu and Lake Barreiro, all in the Apucarana City – PR. The virulence factors and sensitivity to antibiotics are were also determined. The isolates were tested for their resistance to 12 antibiotics by disk diffusion method; and the genotypic analysis of virulence factors and antimicrobial resistance genes was carried out using the Polymerase Chain Reaction (PCR). Forty (40) isolates for the genus Enterococcus were confirmed and species were identified as follows: E. italicus (n= 8); E. casseliflavus/E.flavescens (n= 4); E. gallinarum (n=4); E. seriolicida (n= 3) and E. faecium (n= 2). The resistance rates of the isolates were observed of 57,5%; 55,0%; 50,0%; 47,5% and 35,0% for erythromycin, penicillin, teicoplanin, vancomycin and ampicilin respectively. Genes found among isolates were vanA (37,5%); erm(B) (25,0%); aac (6 ') - aph-le (2') – la (22,5%); tet(L) (20,0%) and tet(M) (2,5%). None of the studied isolates presented vanB gene. Virulence determinants of the isolates were detected at a rate of 17,5 and 2,5% for asa1 and cylA. The genes gelE, agg, ace and cpd were not detected among the isolates. The presence of Enterococcus sp. in water is a public health problem since it can spread virulent and antibiotic resistant bacteria to humans.

Capes / Enterococcus spp. pertencem ao grupo das bactérias láticas e estão presentes em solos, águas, plantas, microbiota autóctone de vários alimentos e como membros da microbiota intestinal de humanos e animais. Esses microrganismos foram considerados por muito tempo como comensais, mas o aumento da severidade das infecções nosocomiais causadas por enterococos multirresistentes a antimicrobianos e, a falta de conhecimento sobre seus fatores de virulência geram insegurança para saúde pública. Nosso estudo objetivou avaliar a capacidade citotóxica, resistência e virulência de Enterococcus sp. provenientes de ambientes aquáticos. Foram analisados a presença de genes de resistência à vancomicina (vanA e vanB) e de virulência como produção de gelatinase (gelE), adesina de colágeno de Enterococcus (ace), bacteriocinas ativadoras de citolisina (cylA), serina endopeptidase (sprE), ilha de patogenicidade (PAI), substância de agregação (asa1), feromônio sexual (cpd), substância de agregação (agg) e teste fenotípicos de resistência a antibióticos, citotoxidade em células HeLa e formação de biofilme. Todos os isolados apresentaram capacidade de formar biofilme e potencial citotóxico com intensidades distintas, e 66,66% dos isolados apresentaram resistência à vancomicina e 58% à ampicilina. Um isolado de E. casseliflavus apresentou resistência a todos os antibióticos testados, além de capacidade de formar biofilme e apresentar potencial citotóxico. As espécies de Enterococcus sp. analisadas apresentaram características independentes, o que reforça a importância dos estudos nos mais variados ambientes. / Enterococcus spp. belong to the group of lactic bacteria and are present in soils, waters, plants, autochthonous microbiota of various foods and as members of the intestinal microbiota of animals and animals. These microorganisms have been observed as commensals for a long time, but the increased of severity nosocomial infections caused by multi-resistant antimicrobial enterococci and a lack of knowledge about their virulence factors generate insecurity for public health. Our study aimed to evaluate the cytotoxic capacity, resistance and virulence of Enterococcus sp. that comes from aquatic environments. It was studied resistence genes to AVancomycin (vanA and vanB) and virulence as gelatine production (gelE), collagen adhesion of Enterococcus (ace), bacteriocins cytolysin-activating (cylA), endopeptidase serine (sprE), and pathogenicity islands (PAI), aggregation substance (asa1), sexual pheromone (cpd), agglutination substance (agg) and phenotypic test of resistance to antibiotics, cytotoxicity in HeLa cells and biofilm formation. All the isolates presented biofilm capacity and cytotoxic potential with different intensities, and 66.66% of the isolates presented resistance to vancomycin and 58% to ampicillin. An E. casseliflavus isolate shows resistance to all antibiotics tested, as well as biofilm formation and cytotoxic potential. The species of Enterococcus sp. analyzed presented independent characteristics, which reinforce the importance of studies in the most varied environments.

Capes / Enterococcus spp. pertencem ao grupo das bactérias láticas e estão presentes em solos, águas, plantas, microbiota autóctone de vários alimentos e como membros da microbiota intestinal de humanos e animais. Esses microrganismos foram considerados por muito tempo como comensais, mas o aumento da severidade das infecções nosocomiais causadas por enterococos multirresistentes a antimicrobianos e, a falta de conhecimento sobre seus fatores de virulência geram insegurança para saúde pública. Nosso estudo objetivou avaliar a capacidade citotóxica, resistência e virulência de Enterococcus sp. provenientes de ambientes aquáticos. Foram analisados a presença de genes de resistência à vancomicina (vanA e vanB) e de virulência como produção de gelatinase (gelE), adesina de colágeno de Enterococcus (ace), bacteriocinas ativadoras de citolisina (cylA), serina endopeptidase (sprE), ilha de patogenicidade (PAI), substância de agregação (asa1), feromônio sexual (cpd), substância de agregação (agg) e teste fenotípicos de resistência a antibióticos, citotoxidade em células HeLa e formação de biofilme. Todos os isolados apresentaram capacidade de formar biofilme e potencial citotóxico com intensidades distintas, e 66,66% dos isolados apresentaram resistência à vancomicina e 58% à ampicilina. Um isolado de E. casseliflavus apresentou resistência a todos os antibióticos testados, além de capacidade de formar biofilme e apresentar potencial citotóxico. As espécies de Enterococcus sp. analisadas apresentaram características independentes, o que reforça a importância dos estudos nos mais variados ambientes. / Enterococcus spp. belong to the group of lactic bacteria and are present in soils, waters, plants, autochthonous microbiota of various foods and as members of the intestinal microbiota of animals and animals. These microorganisms have been observed as commensals for a long time, but the increased of severity nosocomial infections caused by multi-resistant antimicrobial enterococci and a lack of knowledge about their virulence factors generate insecurity for public health. Our study aimed to evaluate the cytotoxic capacity, resistance and virulence of Enterococcus sp. that comes from aquatic environments. It was studied resistence genes to AVancomycin (vanA and vanB) and virulence as gelatine production (gelE), collagen adhesion of Enterococcus (ace), bacteriocins cytolysin-activating (cylA), endopeptidase serine (sprE), and pathogenicity islands (PAI), aggregation substance (asa1), sexual pheromone (cpd), agglutination substance (agg) and phenotypic test of resistance to antibiotics, cytotoxicity in HeLa cells and biofilm formation. All the isolates presented biofilm capacity and cytotoxic potential with different intensities, and 66.66% of the isolates presented resistance to vancomycin and 58% to ampicillin. An E. casseliflavus isolate shows resistance to all antibiotics tested, as well as biofilm formation and cytotoxic potential. The species of Enterococcus sp. analyzed presented independent characteristics, which reinforce the importance of studies in the most varied environments.

Orientador: Regina Maura Bueno Franco / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T22:08:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CantusioNeto_Romeu_D.pdf: 1288923 bytes, checksum: 6747f006dc8fe56fe9a7284e80649fe0 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A veiculação hídrica tem sido considerada uma das principais vias de transmissão de giardiose e criptosporidiose sendo implicada na ocorrência de vários surtos de gastroenterites, em vários países nos últimos anos. Diante deste panorama, no Brasil foi emitida Portaria 518/04 (Ministério da Saúde), que recomenda a pesquisa destes protozoários em água de consumo humano. Por este motivo, o objetivo deste estudo foi realizar um estudo comparativo entre as metodologias de concentração já existentes: Filtração em Membrana (FM) e Floculação em Carbonato de Cálcio (FCC), tecendo uma análise crítica das mesmas e verificando-se a sua aplicabilidade em amostras naturais de água superficial do Rio Atibaia. Este estudo foi conduzido em duas etapas: na primeira, foram realizados 52 experimentos, visando analisar o desempenho dos métodos propostos determinando-se a precisão inicial em amostras de água reagente inoculadas com suspensões comerciais de cistos e oocistos Easy Seed® (Biotecnology Frontiers, Austrália), aplicando-se ou não a etapa de purificação mediante o uso da separação imunomagnética. Quando foram avaliadas amostras do rio Atibaia, a suspensão comercial de cistos e oocistos utilizada para a contaminação artificial foi Color Seed® (Biotecnology Frontiers, Austrália). Em uma segunda etapa, um total de 36 experimentos foi conduzido com o objetivo de se avaliar o comportamento dos mesmos métodos frente a fatores interferentes, característicos da matriz de água bruta superficial, entre eles a turbidez. Nos experimentos controle com amostra de água reagente, a metodologia de FM recuperou mais organismos (21,5 % dos oocistos e 25,0 % dos cistos), quando comparada com a metodologia de FCC (5,3 % e 5,8 % dos oocistos e cistos, respectivamente). A inclusão da etapa de purificação por separação imunomagnética (IMS) não resultou num aumento na recuperação de cistos e oocistos nestas metodologias (FM e FCC). Nos experimentos com amostras de água do Rio Atibaia, de uma maneira geral, a metodologia de FCC apresentou melhor desempenho de recuperação dos organismos e quando incluída a etapa de IMS, uma melhora ocorreu apenas para a recuperação de cistos de Giardia spp. Quando avaliada amostras de água bruta superficial do rio Atibaia em condições de turbidez até 50 NTU a etapa de purificação por IMS acarretou uma maior eficiência de recuperação de cistos de Giardia spp. e oocistos de Cryptosporidium spp., para as duas metodologias de concentração. Quando a turbidez das amostras foi superior a 50 NTU, uma melhora da recuperação ocorreu apenas para Cryptosporidium spp, utilizando-se o método de FM. Assim, ambas as metodologias avaliadas, mostraram-se eficientes para serem aplicadas em um monitoramento desses protozoários em amostras hídricas, mesmo em situações de alta turbidez. A etapa de purificação pela separação imunomagnética nem sempre apresentou um ganho na recuperação dos organismos e, as variações nos valores de recuperação para ambos os protozoários, são inerentes aos protocolos utilizados e também associados à matriz analisada. A FM é indicada pela praticidade, tempo e resultados, podendo auxiliar para o conhecimento da ocorrência destes patógenos e assim, minimizar a possibilidade de sua transmissão mediante veiculação hídrica / Abstract: The waterborne transmission route of giardiosis and criptosporidiosis has been considered the major one, causing the occurrence of several gastroenteritis outbreaks in several countries in the last years. Looking to this panorama, was published in Brazil the Governmental Decree 518/04 (Health Department), that recommends the research of these protozoa in water samples. For this reason, the goal of this study was to accomplish a comparative study between Membrane Filtration (MF) and Calcium Carbonate Flocculation (FCC) concentration methodologies, doing a critical analysis of both and verifying its apply in natural samples of Atibaia River superficial water. Two stages took place: in the first one, 52 experiments were carried out, aiming to analyze the performance of the methods proposed, determining the initial precision in samples of reagent water inoculated with commercial suspensions of cysts and oocysts (Easy Seed®-Biotecnology Frontiers Australia), applying or not the purification step by Immunomagnetic Separation. When natural water samples were evaluated, the commercial suspension of cysts and oocysts utilized for the artificial contamination was (Color Seed®-Biotecnology Frontiers Australia). In a second step, 36 experiments were carried out aiming to evaluate the behavior of the methods facing interferential factors, peculiar of the superficial raw water matrix, as turbidity. In the trial control with reagent water sample, the FM methodology recovered more organisms (21.5% of the oocysts and 25.0% of the cysts), in comparison to the FCC methodology (5.3% of the oocysts and 5.8% of the cysts). The purification step by Immunomagnetic Separation (IMS) did not show an improvement in the recovery of cysts and oocysts in these methodologies (FM and FCC). In the experiments with natural water performance of the organisms and when IMS step was included, an improvement occurred just for the recovery of Giardia spp. cysts. When superficial raw water of Atibaia river samples with turbidity up to 50 NTU were evaluated, the purification step by IMS showed higher efficiency in the recovery of Giardia spp. cysts and Cryptosporidium spp. oocysts, for both concentration methodologies. When the turbidity of the sample was over 50 NTU, a recovery improvement occurred just for Cryptosporidium spp, using the FM method. Thus, both methodologies showed efficiency in monitoring these protozoa in water samples, even in situations of high turbidity. The purification step by Immunomagnetic Separation not always showed gain in the recovery of the organisms and the variations in the values of recovery for both protozoa are inherent to the protocols that were used and also associated to the analyzed matrix. However, the FM method is indicated for its practicability, time and results, being able to help the knowledge of the occurrence of these pathogens and minimize the possibility of its transmission by waterborne route / Doutorado / Parasitologia / Doutor em Parasitologia

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-03T13:50:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5799471 bytes, checksum: 2011bc9ea678e0f76c7163f828014e87 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T13:50:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5799471 bytes, checksum: 2011bc9ea678e0f76c7163f828014e87 (MD5) Previous issue date: 2010-03-22 / Este trabalho visa discutir a aplicação da metodologia de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle em estações de tratamento de água para consumo humano, por meio de estudos de caso em estações de tratamento de água para consumo humano que operam com ciclo completo, quais sejam: ETA UFV - responsável pelo abastecimento de água do 'campus' da Universidade Federal de Viçosa e ETA SAAE I e II, responsáveis pelo abastecimento de água da área urbana do município de Viçosa - MG. A dissertação foi desenvolvida seguindo, basicamente, a sequência de passos para implantação do sistema APPCC, ou seja: (i) etapas preliminares; (ii) identificação de perigos; (iii) identificação de pontos críticos de controle; (iv) estabelecimento de limites críticos; (v) definição do monitoramento dos PCC; (vi) estabelecimento das medidas corretivas. Vale ressaltar que o presente trabalho restringe-se à avaliação de perigos microbiológicos. Como resultado foram identificados como perigos microbiológicos as bactérias, os vírus e os protozoários, que são os principais perigos presentes nos mananciais e estações de tratamento de água. Sendo que neste trabalho foram monitorados e detectados nos pontos de captação dos mananciais que abastecem os sistemas em estudo a presença de Giardia spp., Cryptosporidium spp., coliformes totais e Escherichia coli. Para identificação dos pontos críticos de controle foi aplicada a árvore de decisão proposta por Vieira 2005. Considerando os resultados obtidos e as diferenças entre o trabalho de Viera e este viu-se a necessidade de proposição de adaptações a arvore de decisão. Neste sentido foram incorporados os conceitos de pontos de atenção e pontos de controle, além dos tradicionais pontos críticos de controle. Com as adaptações na árvore de decisão foram identificados como: (i) PCC para o perigo protozoários as etapas de coagulação, floculação, decantação e filtração, demonstrando que as estações em estudo necessitam de adequações; (ii) PCC para o perigo bactérias/vírus a etapa de desinfecção, sendo as etapas que antecedem a desinfecção consideradas pontos de controle. Os limites críticos foram estabelecidos com base no padrão de potabilidade vigente. Foram estabelecidos também limites operacionais através da avaliação de desempenho das estações e banco de dados do monitoramento de rotina das mesmas. / The dissertation was developed by basically following the implementation steps of the HACCP system: (i) preliminary stages; (ii) hazard identification; (iii) identification of critical control points (CCP); (iv) establishment of critical limits; (v) establishment of critical control point monitoring; (vi) establishment of corrective measures. The scope of the present study is restricted to microbiological hazards. The microbiological hazards were identified as being bacteria, viruses, and protozoa, Which are the main hazards found in water sources and water treatment plants. The presence of Giardia spp., Cryptosporidium spp., total coliform and Escherichia coli were detected and monitored at the sources that feed the systems under investigation. In order to identify the critical control points, the decision tree proposed by Vieira 2005 was applied. Considering the results obtained and the differences between this study and Vieiraºs, adaptations to the decision tree were found necessary. As a result, in addition to the traditional critical control points, the concepts of attention points and control points were incorporated. With the adaptations to the decision tree, the following points were identified: (i) CCP for protozoa hazard were the coagulation, flocculation, decantation, and filtration stages; (ii) CCP for bacterial/viral hazards was the disinfection stage, While the stages preceding disinfection were considered as control points. The critical limits were established based on the current potability standards. Operational limits were also established through performance evaluations of the plants and the routine monitoring databases of these plants.