Στην παρούσα εργασία εξετάζονται οι συγκεντρώσεις των πλαγκτονικών τρηματοφόρων, όπως αυτές έχουν καταγραφεί σε δημοσιευμένες εργασίες και ανάλογες επιστημονικές βάσεις δεδομένων από την περιοχή της Μεσογείου για το χρονικό διάστημα των τελευταίων 18.000 χρόνων. Με σκοπό να εξεταστούν τυχόν χωρικές και χρονικές μετατοπίσεις των ελάχιστων και μέγιστων των συγκεντρώσεών τους και διαφοροποιήσεις τους σε σχέση με τις σημερινές. / In the present work the concentrations of planktonic foraminifera, as recorded in published papers and similar scientific databases from the Mediterranean region for the period of the last 18,000 years. To examine any spatial and temporal shifts of the minimum and maximum concentrations of these differences and their relationship to current.

Η Μεσόγειος θάλασσα είναι μια κλειστή θάλασσα που μπορεί να χωριστεί σε δυτικό και ανατολικό τμήμα. Η ανατολική Μεσόγειος είναι μεγαλύτερη σε μέγεθος από την δυτική και παρουσιάζει έντονο γεωλογικό ενδιαφέρον σε διάφορους τομείς. Συγκεκριμένα η νοτιοανατολική Μεσόγειος με την παρουσία της Μεσογειακής ράχης, της Λεκάνης Λεβαντίνης, του αβυσσικού πεδίου του Ηροδότου, του κώνου του Νείλου και του ηπειρωτικού μπλοκ του Ερατοσθένη αποτελεί ένα μεγάλο πεδίο ερευνών. Ένας τομέας ερευνών που τα τελευταία χρόνια παρουσιάζει μια έξαρση είναι η ύπαρξη πεδίων υδρογονανθράκων στην περιοχή. Το μεγαλύτερο ενδιαφέρον εστιάζεται στη γεωλογική εξέλιξη δυο λεκανών, της Λεβαντίνης νοτιοανατολικά της Κύπρου και του Ηροδότου νοτιοδυτικά της Κύπρου. Οι δυο αυτές λεκάνες σχηματίστηκαν την ίδια γεωλογική περίοδο ως λεκάνες προχώρας λόγω της καταβύθισης της Αφρικανικής πλάκας κάτω από την Ευρασία. Φιλοξενούν το ίδιο περίπου πάχος ιζημάτων όπως και ίδιους τύπους ιζημάτων. Έχουν διαφορετική γεωμετρία με την λεκάνη του Ηροδότου να είναι βαθύτερη και διπλάσια σε έκταση από την λεκάνη της Λεβαντίνης. Για την λεκάνη της Λεβαντίνης υπάρχουν αρκετά στοιχεία για την στρωματογραφία της, και τη δυνατότητα της να αναπτύξει πεδία υδρογονανθράκων, καθώς και πιστοποιημένα αποθέματα πετρελαίου και φυσικού αερίου. Μέσω αυτών των στοιχείων και γνωρίζοντας ότι η λεκάνη Ηροδότου έχει ίδια ηλικία σχηματισμού συγκρίναμε τις δυο λεκάνες όσον αφορά την παλαιογεωγραφική τους εξέλιξη και την στρωματογραφία τους με σκοπό να εκτιμήσουμε τα αποθέματα που μπορεί να φιλοξενεί η λεκάνη του Ηροδότου. Σύγχρονα λαμβάνουμε υπόψη και το ρόλο που διαδραματίζουν στην εξέλιξη των λεκανών αλλά και της ευρύτερης περιοχής, το ηπειρωτικό μπλοκ του Ερατοσθένη και ο κώνος του Νείλου Παρουσιάζονται επίσης σεισμικά δεδομένα στα οποία φαίνονται άμεσοι δείκτες υδρογονανθράκων DHI (Direct Hydrocarbons Indicators) αλλά και άλλα στοιχεία που αφορούν την εξέλιξη των λεκανών. Αυτοί οι δείκτες συνδέονται άμεσα με σημεία στα οποία υπάρχουν διαφυγές υδρογονανθράκων, όπου πιθανά να υπάρχουν πεδία υδρογονανθράκων. Επίσης αναφέρεται ποια πρέπει να είναι τα κριτήρια ούτως ώστε να αναπτυχθούν υδρογονάνθρακες. Τέλος παρουσιάζεται ένας συγκεντρωτικός πίνακας με όλα τα συγκριτικά στοιχεία των δυο λεκανών, που μας δείχνει τα πιστοποιημένα στοιχεία της λεκάνης της Λεβαντίνης και τις εκτιμήσεις για την λεκάνη του Ηροδότου μέσα από την σύγκριση της με τη λεκάνη Λεβαντίνης. / The Mediterranean Sea is an close sea that can be divided into western and eastern part. The Eastern Mediterranean is larger in size than the west and has a big geological interest in various fields. Specifically, the southeastern Mediterranean in the presence of the Mediterranean ridge, the Levantine basin, the Herodotus abyssal plain, the Nile cone and the Eratosthenes continental block, is a large field of investigation. One of the main interesting topics is the genesis and the development of hydrocarbon fields in the area. The major focus is on the palaeogeographic evolution of two major basins, such as Levantine basin and Herodotus basin. These two basins were formed in the same geological period as foreland basins due to subduction of the African plate beneath Eurasia. Accommodate approximately the same sediment thickness and the same sediment types. They have different geometry with Herodotus basin is deeper and doubles in size from the Levantine basin. For the Levantine basin there is enough evidence for the stratigraphy, and the ability to develop oil fields and they are certified reserves of petroleum and natural gas. Through these elements and knowing that Herodotus basin formed in the same age we compared the palaeogeographic evolution and stratigraphy of the two basins with a view to assess the stocks that can accommodate the Herodotus basin. At the same time we take into account the role they played in the evolution of the basins, the Eratosthenes continental block and the Nile cone. Seismic data are also presented which show direct hydrocarbon indicators DHI (Direct Hydrocarbons Indicators) and other data concerning the evolution of the two basins. These indicators are directly linked to places where there are leaks of hydrocarbons, which are thought to be hydrocarbon fields. Finally we present a table summarizing all the comparisons of the two basins, which shows us the certified data of the Levantine basin and the estimated oil and gas reserves of Herodotus basin through the comparison of the Levantine basin.

Στα ιζήματα του πυρήνα Ζ1, που συλλέχθηκε στο Ιόνιο πέλαγος, πραγματοποιήθηκαν μικροπαλαιοντολογικές (πλαγκτονικά τρηματοφόρα) και ισοτοπικές (δP18PΟ) αναλύσεις. Τα προκαταρκτικά αποτελέσματα της μελέτης οδήγησαν στον εντοπισμό τριών κύριων κλιματικών περιόδων: την τελευταία παγετώδη περίοδο, την μεταβατική περίοδο και το Ολόκαινο. Οι θερμότερες κλιματικές συνθήκες εντοπίζονται κατά τη διάρκεια σχηματισμού του σαπροπηλού S1. Ο σχηματισμός του S1 αποδίδεται στην επικράτηση θερμών και ταυτόχρονα χαμηλής αλατότητας επιφανειακών νερών που είχε ως αποτέλεσμα τη μείωση του ρυθμού κυκλοφορίας στην υδάτινη στήλη και την ανάπτυξη ανοξικών συνθηκών στα νερά του πυθμένα. Επιπλέον, εντοπίστηκαν τέσσερα ψυχρά γεγονότα σύντομης διάρκειας: Το πρώτο κατά τη μεταβατική περίοδο από την τελευταία παγετώδη περίοδο στο Ολόκαινο και πιθανώς πρόκειται για το γεγονός Younger Dryas. Τα άλλα τρία εντοπίζονται κατά τη διάρκεια του Ολοκαίνου εκ των οποίων το πρώτο συμπίπτει με τη λήξη του S1 και το δεύτερο εντοπίζεται κατά τη διάρκεια απόθεσης του S1, χωρίς όμως να προκαλεί (στα μέχρι σήμερα αποτελέσματα) σαφή διακοπή στην ιζηματογένεσή του, όπως έχει εντοπιστεί σε αντίστοιχες περιπτώσεις πυρήνων από την Ανατολική Μεσόγειο. / The preliminary results based on the abundances of planktonic foraminifera and oxygen isotopes at the sediments of the core Z1, selected from the Ionian Sea (Otranto Basin) revealed three main climatic periods: Last Glacial, Late Glacial and Holocene. The warmest conditions of the studied interval prevailed during the formation of sapropel S1. Four stadials occurred during Late Glacial and Holocene. The older corresponds to Younger Dryas event, while the other three occurred during Holocene. The establishment of warm and low salinity surficial waters seems that caused the reduction of water mass circulation and thus the formation of the sapropel S1. Although the presence of a stadial around the middle of the S1, no distinct interruption of the sapropelic sedimentation have been occurred. The younger stadial coincides with the end of the sapropel S1. The evolution of the planktonic assemblages seems to be similar with that of the Central Mediterranean for the studied interval. Therefore, almost all the biozones and ecozones of the Central Mediterranean have been recognized at the sediments of Z1. The application of the factor analysis revealed four factors. The first two correspond to the variation of SST, while the other two are related to the development of high fertility waters during cold periods and during the formation of S1.

Ο σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν να μελετηθούν αντιπροσωπευτικά νησιά των Κυκλάδων και να καταγραφεί ο μεγαλύτερος αριθμός ειδών μακρομυκήτων (βασιδιομυκήτων του υποφύλου Agaricomycotina). Μετά από συστηματική μελέτη των νησιών Άνδρος, Νάξος και Αμοργός, περισσότερα από 1500 δείγματα μανιταριών συλλέχθηκαν, περιγράφηκαν και μελετήθηκαν ως προς τα μακροσκοπικά και μικροσκοπικά χαρακτηριστικά τους. Η μέθοδος που ακολουθήθηκε περιγράφεται εκτενώς και όλο το λυλλεχθέν βιολογικό υλικό φυλάσσεται στην συλλογή αποξηραμένων δειγμάτων του Γεωπονικού Πναεπιστημίου Αθηνών (L.G.A.M.-A.U.A.). Τα αποτελέσματα της εργασίας αυτής συμπεριλαμβάνουν την καταγραφή 450 ειδών /ποικιλιών (taxa) τα οποία ανήκουν σε 141 γένη. Τέσσερα από αυτά αποτελούν νέα είδη για την επιστήμη, δύο είδη αναφέρονται για πρώτη φορά στην Ευρωπαϊκή ήπειρο, έξι γένη και 148 taxa (κατώτερων ταξινομικών βαθμίδων) αναφέρονται για πρώτη φορά στην Ελλάδα. / The main goal of this dissertation was the study of representative islands of Cyclades in regard to the diversity of macrofungi (basidiomycetes, subphylum Agaricomycotina). In the frame of this work tha major islands of Cyclades Andros, Naxos and Amorgos were selected for field work. More than 1500 specimens were collected. described and studied as regards their macroscopic and microscopic features. The methodology is presented in details, while all the collected biological material is deposited in the fungarium of the Laboratory of General and Agricultural Microbiology of the Agricultural University of Athens (L.G.A.M.-A.U.A.). The results of this study were the inventory of 450 taxa of basidiomycetes, belonging to 141 genera. Four species are new for science, six genera and `48 taxa of lower taxonomic level were recorded for the first time in Greece, while two species were recorded for the first time in European continent.

Στα πλαίσια της παρούσας εργασίας εκτιμήθηκαν οι συστάσεις παράκτιων απορριμμάτων, καθώς και πηγές ρύπανσης των θαλάσσιων και χερσαίων απορριμμάτων στις ελληνικές ακτές. Η μη κυβερνητική οργάνωση «Δίκτυο ΜΕΣΟΓΕΙΟΣ SOS» βοήθησε στην καταγραφή των απορριμμάτων με τη συμβολή εθελοντών. Οι εθελοντές συμπληρώνοντας ειδικό φύλλο καταγραφής κατέγραψαν τα απορρίμματα τόσο ποσοτικά, όσο και ποιοτικά. Στα δεδομένα που συλλέχθηκαν εφαρμόστηκε πολυδιάστατη στατιστική ανάλυση από την οποία αντλήθηκαν πληροφορίες, βάσει των οποίων κατηγοριοποιήσαμε τις ελληνικές ακτές ανάλογα με τις πηγές ρύπανσης τους, τόσο για το έτος 2010, όσο και για το επόμενο έτος 2011. / As part of this study evaluated the recommendations coastal litter and pollution sources of marine litter on land and Greek coasts. The non-governmental organization "Network MEDITERRANEAN SOS» helped in the recording of waste with the help of volunteers. Volunteers completing specific worksheet registered waste both quantitatively and qualitatively. Among the data collected was applied multidimensional statistical analysis from which information was drawn, whereby the Greek coast categorized depending on the sources of pollution, both for 2010 and for next year 2011.

Στην παρούσα εργασία έγινε εκτίμηση της σύσταση παράκτιων απορριμμάτων και της συμβολής χερσαίων και θαλάσσιων πηγών ρύπανσης σε 80 ακτές από όλη την Ελλάδα. Η συλλογή των δεδομένων έγινε με τη συμμετοχή εθελοντών, οι οποίοι κατέγραψαν ποσοτική (εκτίμηση ποσοστών των υλικών των απορριμμάτων) και ποιοτική πληροφορία (σχετικά με τις πηγές ρύπανσης) στην οποία έγινε παραμετροποίηση. Στον πίνακα δεδομένων που προέκυψε έγινε πολυδιάστατη στατιστική ανάλυση, όπου σύμφωνα με τα αποτελέσματά της, οι ακτές στην Ελλάδα διακρίνονται σαφώς με βάση τις πηγές ρύπανσης τους, ενώ επίσης χωρίζονται σε δύο στατιστικά σημαντικές ομάδες, σύμφωνα με τις πηγές και τα υλικά των απορριμμάτων που υπάρχουν σε αυτές. Το υλικό που βρέθηκε να κυριαρχεί στις ελληνικές ακτές είναι το πλαστικό (42,6% - 50,6%). / In the present study, the composition of beach litter and the contribution of land based and marine based litter - sources, were estimated for 80 beaches from all over Greece. The data was collected with the contribution of volunteers, who gathered quantitative (estimates on percentages of litter material) and qualitative information (on the beach litter sources). The results of multivariate statistical techniques, that were applied on the data matrix, which was formed after the parametrization of the qualitative data, showed that Greek beaches may be distinguished in to statistically important groups, according to the sources and material of beach - stranded litter. Plastic is the dominant material in greek beaches (42.6% - 50.6%).

Η φυλογεωγραφία είναι η επιστημονική περιοχή που ασχολείται με τη μελέτη της γεωγραφικής εξάπλωσης των γενεαλογικών γραμμών εντός ενός είδους ή μεταξύ στενά συγγενικών ειδών. Περιλαμβάνει τον προσδιορισμό των φυλογενετικών συγγενειών και τη γεωγραφική τους αποτύπωση, ώστε να αναδειχθεί η εξελικτική προέλευση και η βιογεωγραφική ιστορία των μελετώμενων πληθυσμών, υποειδών ή ειδών. Στην παρούσα διατριβή εξετάζεται για πρώτη φορά η ενδοειδική γενεαλογία του μικρού εδαφόβιου φιδιού Typhlops vermicularis σε μια φυλογεωγραφική προσέγγιση. Το T. vermicularis είναι ο μοναδικός ευρωπαϊκός αντιπρόσωπος της υπεροικογένειας Solecophidia και εξαπλώνεται στην ανατολική Μεσόγειο. Αυτή η περιοχή χαρακτηρίζεται από μια πολύπλοκη γεωλογική και κλιματική ιστορία, η οποία έχει επηρεάσει ή διαμορφώσει τη φυλογένεση και τη βιογεωγραφία πολλών οργανισμών, και ιδιαίτερα των ερπετών και των αμφιβίων που είναι ευαίσθητοι δείκτες παλαιογεωγραφικών και παλαιοκλιματικών γεγονότων. Σκοπός της διατριβής ήταν να αποσαφηνιστούν οι φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ των πληθυσμών του εξεταζόμενου είδους, με τη χρήση μοριακών δεικτών του μιτοχονδριακού και του πυρηνικού DNA, και να προσεγγιστούν βασικά ερωτήματα που αφορούν τόσο στη φυλογένεση και βιογεωγραφία του είδους, όσο και στις διεργασίες που καθόρισαν ή επηρέασαν την εξελικτική και βιογεωγραφική ιστορία των ζωικών οργανισμών της ανατολικής Μεσογείου. Συνολικά χρησιμοποιήθηκαν 130 δείγματα, ενώ ως μοριακοί δείκτες επιλέχθηκαν τα μιτοχονδριακά γονίδια 12S και ND2 και το πυρηνικό γονίδιο PRLR, τα οποία πολλαπλασιάστηκαν μέσω της αλυσσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR). Ακολουθήθηκαν βασικές μέθοδοι φυλογενετικής ανάλυσης (Σύνδεση Γειτόνων, Μέγιστη Πιθανοφάνεια και Μπεϊεσιανή Συμπερασματολογία), ενώ οι γενεαλογικές σχέσεις μεταξύ των μιτοχονδριακών και πυρηνικών απλοτύπων προσεγγίστηκαν μέσω δικτύων απλοτύπων που κατασκευάστηκαν με τον αλγόριθμο της στατιστικής φειδωλότητας. Η γενετική διαφοροποίηση μεταξύ των απλοτύπων του ίδιου δικτύου υπολογίστηκε με τη στατιστική παράμετρο Snn του Hudson. Εξάλλου, ελέγχθηκε η υπόθεση ταχείας επέκτασης με τις δοκιμασίες ουδετερότητας των παραμέτρων Fs του Fu και R2. Οι χρόνοι απόσχισης των φυλογενετικών κλάδων του μιτοχονδριακού DNA εκτιμήθηκαν με την προσέγγιση του αυστηρού μοριακού ρολογιού και με σημείο βαθμονόμησης την απομόνωση του κλάδου της Κύπρου μετά τη λήξη της Κρίσης Αλατότητας του Μεσσηνίου, πριν 5,3 εκατομύρια χρόνια. Τέλος, για την καλύτερη κατανόηση της βιογεωγραφικής ιστορίας του T. vermicularis εφαρμόστηκε η στατιστική προσέγγιση της Διασποράς-Βικαριανισμού. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα της παρούσας διατριβής, παρατηρείται μια αδυναμία του πυρηνικού δείκτη να διακρίνει τις εξελικτικές γραμμές που αναδεικνύονται από τον μιτοχονδριακό δείκτη, εκτός από την περίπτωση του γενετικά πιο διαφοροποιημένου κλάδου Α (για το μιτοχονδριακό DNA) ή nA (για το πυρηνικό DNA) που κατανέμεται γεωγραφικά στην περιοχή της Ιορδανίας και της νότιας Συρίας. Σε αυτήν την ασυμφωνία μπορεί να συμβάλουν παράγοντες της αναπαραγωγής, της γενεαλογικής ιστορίας και του τρόπου διασποράς των ατόμων του είδους, καθώς επίσης και του τρόπου κληρονομικότητας του μιτοχονδριακού DNA και της πίεσης της φυσικής επιλογής. Το T. vermicularis περιλαμβάνει δέκα μιτοχονδριακούς κλάδους, οι οποίοι αντιστοιχούν σε ισάριθμες Εξελικτικά Σημαντικές Μονάδες. Η γενετική διαφοροποίηση στο εσωτερικό κάθε κλάδου είναι πολύ μικρή, ενώ είναι ιδιαίτερα μεγάλη μεταξύ των κλάδων, γεγονός που υποδηλώνει πιθανή ύπαρξη ενός ή περισσοτέρων φαινομένων γενετικής στενωπού ή ιδρύσεως. Το γενικό φυλογεωγραφικό πρότυπο αντιστοιχεί στην Κατηγορία Ι του Avise (2000), η οποία αφορά βαθιά γενεαλογικά δένδρα µε τις κύριες γενεαλογικές γραμμές σε αλλοπατρία και που παρατηρείται μεταξύ πληθυσμών που έχουν χωριστεί για μεγάλα χρονικά διαστήματα. Το γενικό αυτό πρότυπο συνοδεύεται, στην περίπτωση του T. vermicularis, από την παρουσία πολυτομιών, δηλαδή σχέσεων που δεν είναι αποσαφηνισμένες. Αυτές οι πολυτομίες μπορεί να είναι αποτέλεσμα ενός συνδυασμού έλλειψης δεδομένων και πιθανών παράλληλων κλαδογενετικών γεγονότων. Με βάση την εκτίμηση των χρόνων κατά τους οποίους συνέβησαν τα βασικά φυλογενετικά γεγονότα για το T. vermicularis, καθώς και τα παλαιογεωγραφικά και, κυρίως, τα παλαιοκλιματικά γεγονότα που πραγματοποιήθηκαν στην περιοχή μελέτης κατά τους χρόνους αυτούς, μπορεί να εξαχθεί το συμπέρασμα ότι κατά το Ύστερο Νεογενές η κατανομή του T. vermicularis ακολούθησε πολλούς κύκλους επέκτασης και συρρίκνωσης. Οι απότομες και έντονες μεταβάσεις από πιο υγρές σε πιο ξηρές συνθήκες σε αυτήν την περίοδο, είναι πολύ πιθανό να προκάλεσαν κατακερματισμό της γεωγραφικής κατανομής του ζώου και να έδρασαν ως βικαριανιστικός παράγοντας. Κατά τη διάρκεια των μη ευνοϊκών περιόδων (ξηρών και ψυχρών), πολλές περιοχές κυρίως στην Ανατολία, λειτούργησαν ως θύλακες βιοποικιλότητας για το T. vermicularis, λόγω των γεωμορφολογικών και οικολογικών χαρακτηριστικών τους. Για είδη, όπως το T. vermicularis, τα οποία έχουν μια ενιαία γεωγραφική κατανομή που καλύπτει ολόκληρη την Ανατολία, αποκαλύπτεται η ύπαρξη γενετικών «ποικιλιών», με τη βοήθεια μοριακών δεικτών, σε αυτές τις περιοχές που θεωρούνται καταφύγια. Σε άλλες περιπτώσεις ειδών ερπετών, οι γεωγραφικές εξαπλώσεις είναι πολύ πιο περιορισμένες ή κατακερματισμένες και συμπίπτουν σε μεγάλο βαθμό με τις περιοχές που λειτούργησαν ως καταφύγια για το T. vermicularis, λειτουργώντας και ως κέντρα ενδημισμού. Τόσο οι εξελικτικές γραμμές εντός του T. vermicularis, όσο και οι περιοχές οι οποίες διαδραμάτισαν στο παρελθόν σπουδαίο ρόλο στη διατήρηση της βιοποικιλότητας, είναι σημαντικές από διαχειριστικής απόψεως και χρήζουν ιδιαίτερης προστασίας. Μεταξύ των Εξελικτικά Σημαντικών Μονάδων του T. vermicularis, ο κλάδος A είναι γενετικά πολύ διαφοροποιημένος από τους υπόλοιπους κλάδους (μιτοχονδριακό και πυρηνικό DNA), ενώ ο χρόνος του φυλογενετικού διαχωρισμού του από τους άλλους κλάδους είναι πολύ μεγάλος (~ 10 εκατ. χρόνια πριν), συγκρινόμενος με χρόνους απόσχισης μεταξύ αναγνωρισμένων ειδών των οικογενειών Typhlopidae και Leptotyphlopidae. Με βάση τα αποτελέσματα της παρούσας διατριβής, ο κλάδος αυτός θα μπορούσε να θεωρηθεί ότι αποτελεί ένα ξεχωριστό είδος. / Phylogeography is the scientific field that studies the geographical distribution of genealogical lineages within a species or closely related ones. Phylogenies are reconstructed and plotted geographically to display their spatial relationships and deduce the evolutionary origins and biogeographic history of populations, subspecies and species. The current study represents a phylogeographical approach of the intraspecific genealogy of the small fossorial snake Typhlops vermicularis. Typhlops vermicularis is the only extant representative of the superfamily Solecophidia and it is distributed in the eastern Mediterranean region. This area is characterized by a complex geological and climatic history that has affected or formed the phylogeny and biogeography of several organisms, and especially reptiles and amphibians which are sensitive indicators of palaeogeographic and palaeoclimatic events. The scope of the current study was to assess the phylogenetic relationships among the populations of the studied species, with the use of mitochondrial and nuclear molecular markers, and to answer questions regarding the phylogeny and biogeography of this species and the processes that affected the evolutionary and biogeographic history of animal taxa in the eastern Mediterranean. In total, 130 specimens were used, while the mitochondrial genes 12S and ND2, and the nuclear gene PRLR were chosen as markers, and were amplified via the polymerase chain reaction (PCR). Basic methods of phylogenetic analysis were followed (Neighbour-Joining, Maximum Likelihood and Bayesian Inferrence), and the genealogical relationships among the mitochondrial and nuclear haplotypes were approached through haplotype-networks with the use of the statistical parsimony algorithm. Genetic differentiation among the haplotypes of the same network was calculated with the use of Hudson’s Snn parameter. Moreover, the rapid expansion hypothesis was tested with the neutrality tests of Fu’s Fs and R2. Divergence times for the mitochondrial clades were estimated with a strict molecular-clock approach and the use of the phylogenetic split of the Cypriot lineage at the end of the Messinian Salinity Crisis (5.3 Mya) as a calibration point. Finally, a Dispersal-Vicariance analysis was performed, in order to better understand the biogeographic history of T. vermicularis. According to the results of the present study, the nuclear-marker phylogeny does not distinguish the evolutionary lineages that resulted from the phylogenetic analysis of the mitochondrial marker, except for the strongly differentiated clade A (mitochondrial DNA) or nA (nuclear DNA), which is distributed in Jordan and south Syria. This incongruence could be a result of reproduction, genealogical and dispersal factors, but also the mitochondrial-DNA inheritance and natural selection. Typhlops vermicularis includes ten mitochondrial clades, which represent ten Evolutionary Significant Units. Genetic divergence within each clade is very small, while it is significantly higher among the clades, implying one or more genetic bottleneck or founder effects. The general phylogeographical pattern agrees with Avise’s (2000) Category I, which concerns deep phylogenetic trees with the genealogical lineages in allopatry, and is observed among populations that have been isolated for a long period. In T. vermicularis, this pattern is also combined with the presence of polytomies, i.e. unresolved relationship, s a result of lack in data and possible parallel cladogenetic events. Based on the estimated times of diversification events within T. vermicularis, and the palaeogeographic and, most importantly, the palaeoclimatic events that occurred during those times in the area, it seems that, during the Late Neogene, T. vermicularis’ distribution followed many circles of expansion and shrinkage. The sudden and intense transitions from wetter to more arid conditions during that period possibly induced fragmentations in the geographic distribution of this animal and acted as a vicariant agent. During the non-favourable periods (arid and cold), several regions, especially in Anatolia, acted as biodiversity pockets for T. vermicularis, due to their geomorphological and ecological characteristics. For species, such as T. vermicularis, that present a continuous distribution throughout Anatolia, the existence of genetic “varieties” is exposed with the use of molecular markers, in areas considered as refugia. For other reptile species, geographic distributions are more confined or patchy, and coincide with the areas that acted as refugia for T. vermicularis, also acting as endemism centers. The identified T. vermicularis evolutionary lineages and the areas that played an essential role in sustaining biodiversity in the past are important in terms of management and protection. Among the T. vermicularis Evolutionary significant Units, clade A is genetically differentiated from the others (mitochondrial and nuclear DNA), while its divergence time is very old (~ 10 mya), compared to that of other recognized Typhlopidae and Leptotyphlopidae species. According to these results, this clade could represent a separate species.

Ο Ευρωπαϊκός Θαλασσοκόρακας (Phalacrocorax aristotelis) περιλαμβάνει τρία υποείδη που διαχωρίζονται με βάση μορφολογικές και συμπεριφορικές διαφορές και εξαπλώνονται σε διαφορετικές γεωγραφικές περιοχές. Το ατλαντικό υποείδος, P. a. aristotelis, κατά την αναπαραγωγική του περίοδο, εξαπλώνεται στον Ατλαντικό από τη Β. Ρωσσία μέχρι τις ατλαντικές ακτές της Ιβηρικής χερσονήσου, το υποείδος P. a. riggenbachi διαβιεί στις ακτές της Β. Αφρικής και το μεσογειακό (Phalacrocorax aristotelis desmarestii) θεωρείται ενδημικό υποείδος της Μεσογείου και της Μαύρης Θάλασσας. Η βιολογία και η οικολογία του μεσογειακού θαλασσοκόρακα δεν είναι μελετημένη, ιδιαίτερα στις ανατολικές περιοχές της εξάπλωσής του, παρότι η περιοχή του βόρειου Αιγαίου περιλαμβάνεται στις σημαντικότερες περιοχές αναπαραγωγής του είδους. Η παρούσα διδακτορική διατριβή, αποτελεί την πρώτη μελέτη σχετικά με την οικολογία της αναπαραγωγής και την ανάλυση της γενετικής δομής του μεσογειακού θαλασσοκόρακα σε αποικίες του Αιγαίου. Συγκεκριμένα, μελετώνται τέσσερα θέματα της βιολογίας του υποείδους: (1) η αναπαραγωγική επιτυχία και οι πιθανοί περιβαλλοντικοί παράγοντες που ενδέχεται να την επηρεάζουν, (2) η αναλογία του φύλου των νεοσσών, (3) οι διατροφικές συνήθειες κατά την αναπαραγωγική περίοδο, και (4) η γενετική δομή αναπαραγωγικών πληθυσμών του Αιγαίου, καθώς και οι φυλογεωγραφικές σχέσεις μεταξύ τους και με άλλους μη ελληνικούς πληθυσμούς. / The European Shag (Phalacrocorax aristotelis) is currently divided in three subspecies based on plumage differences, non-overlapping distributions and phenology. The nominate subspecies, P. a. aristotelis, has a breeding distribution from northern Russia to the Atlantic coast of Iberia, P. a. riggenbachi is found along the northern African coasts and the Mediterranean Shag (Phalacrocorax aristotelis desmarestii) is considered an endemic subspecies of the Mediterranean and the Black Seas. The Mediterranean subspecies’ biology and ecology are poorly studied, especially in the eastern part of its distribution, despite the fact that North Aegean Sea (Greece) is considered one of the most important regions for its reproduction. This study presents the first results regarding the study of its reproduction ecology and genetic structure in colonies from the Aegean Sea region. Specifically, four aspects of the its biology are addressed here: (1) breeding success and the possible ecological factors that may affect it, (2) the sex ratio of fledglings, (3) feeding habits during reproduction, and (4) the genetic structure of breeding populations in the Aegean and their phylogeographic relationships with other non-Greek populations.

Η μικρή παράκτια αλιεία αποτελεί σημαντικό τμήμα του αλιευτικού κλάδου στnν Ελλάδα και τη Μεσόγειο και χαρακτηρίζεται από υψηλή ετερογένεια και πληθώρα ιδιαιτεροτήτων. Η διαχείριση της απαιτεί την εξέταση βιολογικών, αλλά και κοινωνικών και οικονομικών παραμέτρων. Στην παρούσα εργασία αναπτύχθηκε μία τυπολογία της ελληνικής μικρής παράκτιας αλιείας με βάση βιολογικά, κοινωνικά και οικονομικά χαρακτηριστικά. Στη συνέχεια η εργασία εστιάστηκε στον Πατραϊκό Κόλπο, όπου μελετήθηκε η δραστηριότητα της τοπικής μικρής παράκτιας αλιείας, η συνολική παραγωγή και η παραγωγή ανά μονάδα αλιευτικής προσπάθειας, η σύνθεση του αλιεύματος, τα απορριπτόμενα και η κατά μήκος σύνθεση των αλιευμάτων. Οι νομοί της Ελλάδας στρωματοποιήθηκαν βάσει του αριθμού των αλιέων και της εξάρτησης από την αλιεία και πραγματοποιήθηκαν συνεντεύξεις αλιέων. Επιβεβαιώθηκε η ποικιλία εργαλείων και ειδών-στόχων και η έντονη χωρική ετερογένεια. Το κυρίαρχο πρότυπο αλιευτικής δραστηριότητας εμφάνισε εποχικές διακυμάνσεις (20 ημέρες δραστηριότητας μηνιαίως το καλοκαίρι, 13 ημέρες το χειμώνα), παρουσίασε όμως τοπικές ιδιαιτερότητες. Οι κύριες ενασχολήσεις (métiers) που πραγματοποιούνται σε πανελλήνιο επίπεδο αναγνωρίστηκαν ως συνδυασμοί αλιευτικού εργαλείου, είδους-στόχου, εποχής και περιοχής με πολυμεταβλητή ανάλυση. Οι αλιείς παρουσίασαν χαμηλό μορφωτικό επίπεδο και υψηλή μέση ηλικία, υψηλά ποσοστά παραμονής στον τόπο γέννησης και διαπιστώθηκε έντονη παρουσία της οικογένειας στο επάγγελμα. Οι αλιείς χωρίστηκαν σε τρεις ομάδες εξάρτησης από την αλιεία βάσει του ποσοστού του εισοδήματος που προέρχεται από το ψάρεμα, οι οποίες εμφάνισαν διαφορές σε χαρακτηριστικά όπως η μέση ηλικία, το μήκος του σκάφους, οι ημέρες δραστηριότητας και το εισόδημα από το ψάρεμα. Στη συνέχεια μελετήθηκε η μικρή παράκτια αλιεία του Πατραϊκού Κόλπου με δειγματοληψίες σε αλιευτικές εξορμήσεις. Η αλιευτική παραγωγή ήταν κατά μέσο όρο 12 Kg ανά αλιευτική εξόρμηση. Συνολικά, αναγνωρίστηκαν 102 είδη αλιευμάτων. Αναπτύχθηκε μία μεθοδολογία αναγνώρισης ενασχολήσεων σε περιπτώσεις περιορισμένου αριθμού δεδομένων, όπως συχνά συμβαίνει στη Μεσόγειο. Οι ενασχολήσεις που αναγνωρίστηκαν παρουσίασαν διαφορές στην ποσότητα και στη σύνθεση του αλιεύματος και ομαδοποιήθηκαν σε μετα-ενασχολήσεις με σκοπό την αποτελεσματικότερη δειγματοληψία της αλιευτικής δραστηριότητας. Η μελέτη των απορριπτομένων ανέδειξε τρεις αιτίες απόρριψης: χαμηλή εμπορικότητα (78% της απορριφθείσας ποσότητας), καταστροφή των αλιευμάτων κατά την παραμονή τους στο νερό (5%) και μείωση της ποιότητάς τους εξαιτίας κακών χειρισμών του ψαρά (17%). Υψηλό ποσοστό απόρριψης παρουσίασαν οι ενασχολήσεις παραγαδιών και μανωμένων διχτύων με μικρό άνοιγμα ματιού. Από τα δεδομένα ατομικού μήκους των αλιευμάτων πραγματοποιήθηκαν συγκρίσεις κατά μήκους σύνθεσης ανάμεσα σε διαφορετικές ενασχολήσεις και εποχές του έτους. Στις περισσότερες περιπτώσεις διαπιστώθηκαν διαφορές. Η μελέτη της επίπτωσης της εφαρμογής του ελάχιστου επιτρεπόμενου μεγέθους εκφόρτωσης έδειξε μικρό ποσοστό υπομεγεθών ατόμων στο αλίευμα βάσει τόσο των σημερινών σε ισχύ μεγεθών όσο και βάσει αυτών που πρόκειται να εφαρμοστούν σύμφωνα με τον Οδικό Χάρτη για την Αναθεώρηση της Κοινής Αλιευτικής Πολιτικής, σε επίπεδο είδους όμως παρουσιάστηκαν εξαιρέσεις. Η παρούσα εργασία αποτελεί τη βάση για την ανάπτυξη μεθοδολογίας για τη μελέτη της μικρής παράκτιας αλιείας στην Ελλάδα και την πραγματοποίηση συγκριτικών μελετών σε ευρωπαϊκή κλίμακα σε αυτόν τον λίγο μελετημένο αλιευτικό κλάδο. / Small-scale fisheries are an important fisheries sector in Greece and the Mediterranean. They are characterized by high heterogeneity and a multitude of particularities. The management of small-scale fisheries requires taking into account biological as well as social and economical elements. In the present study, a typology of Greek small-scale fisheries was developed based on biological, social and economical parameters. Consequently, the study focused in the Patraikos Gulf, where elements such as the fishing activity of the local fleet, catch and catch per unit of effort, species composition, discards and length composition of individuals caught were examined. The prefectures of Greece were stratified considering the number of fishermen and local dependence on fisheries and interviews of fishermen were carried out. The multitude of fishing gears and target species and the intense spatial heterogeneity was confirmed. The major activity pattern identified was seasonal (20 days of activity in summer, 13 in winter), however local particularities arose. The main métiers practiced were identified as combinations of fishing gear, target species, area and season. Concerning socio-economical elements, the fishermen generally had low education, high average age, tendency to remain in their place of birth and the profession is attached to the family. The fishermen were categorized into three dependence groups, based on the percentage of income originating from fisheries. Significant differences were identified among these groups considering variables such as mean fishermen age, vessel size, days of activity and income from fishing. Consequently, the small-scale fisheries of the Patraikos Gulf were studied using data from sampling of fishing operations. The catch weighted about 12 Kg per operation on average and a total of 102 species were recorded. A methodology for the identification of métiers using a limited dataset, as is often the case in the Mediterranean, was developed. The métiers identified showed significant differences in catch quantity and composition and were grouped in meta-métiers to facilitate fishing activity sampling schemes. The study of discards revealed three reasons for discarding: low commercial value (78% of discards), destruction of the catch before gear retrieval (5%) and bad handling of the catch o board (17%). High discard ratio was recorded for the longline and small-size mesh trammel net métiers. Using data of individual length per species comparisons were carried out among métiers and seasons that in most cases revealed significant differences. The study of the effect of minimum landing sizes legislation showed a low percentage of undersized individuals regarding both the legislation currently in effect and the proposed one by the Roadmap for the Reform of the Common Fisheries Policy of the European Union, but exceptions arose for certain species. The present work is the foothold for the development of a methodology for studying small-scale fisheries in Greece and for carrying out comparative studies in a European scale concerning this understudied fishing sector.

Στόχο της παρούσας διατριβής αποτέλεσε η διερεύνηση των αβιοτικών και βιοτικών παραγόντων που ελέγχουν τη χωροχρονική κατανομή δύο βασικών συστατικών του πλαγκτικού συστήματος στο βορειοανατολικό Αιγαίο, του μεσοζωοπλαγκτού και των ιχθυονυμφών. Η περιοχή μελέτης παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον καθώς χαρακτηρίζεται από αυξημένα επίπεδα παραγωγικότητας, συγκριτικά με τον ολιγότροφο χαρακτήρα της ανατολικής Μεσογείου, και ως εκ τούτου υψηλή συγκέντρωση ιχθυοαποθεμάτων (κυρίως μικρών πελαγικών ψαριών). Τα χαρακτηριστικά αυτά θεωρείται ότι σχετίζονται με την τοπογραφία της περιοχής (εκτεταμένη υφαλοκρηπίδα), την εισροή ποταμών αλλά κυρίως με την έντονη μέσης κλίμακας υδρολογική πολυπλοκότητα (μέτωπο Λήμνου, αντικυκλώνας Σαμοθράκης), που επάγει η εισροή και κυκλοφορία του χαμηλής αλατότητας νερού της Μαύρης Θάλασσας (<30 psu), στα 20-30 επιφανειακά μέτρα της υδάτινης στήλης. Η μελέτη της κατανομής και σύνθεσης του μεσοζωοπλαγκτού (σε κατακόρυφη και οριζόντια διάσταση) πραγματοποιήθηκε σε ένα εκτεταμένο δίκτυο σταθμών κατά τη διάρκεια τριών περιόδων θερμοστρωμάτωσης (Ιούλιος 2003– Σεπτέμβριος 2003 – Ιούλιος 2004), ενώ των ιχθυονυμφών κατά το μήνα Ιούνιο των ετών 2003 έως 2006. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα της έρευνας, το απόθεμα του μεσοζωπλαγκτού στο Β.Α. Αιγαίο βρέθηκε μεγαλύτερο σε σχέση με εκείνο που αναφέρεται για άλλα ελληνικά πελαγικά νερά (Ιόνιο, νότιο Αιγαίο), κλειστούς και ημίκλειστους κόλπους καθώς και για ορισμένες παράκτιες και πελαγικές περιοχές της Δυτικής Μεσογείου. Σημαντικό κομμάτι της βιοκοινότητας, ειδικά στο επιφανειακό στρώμα επίδρασης του νερού της Μαύρης Θάλασσας, αποτέλεσαν ηθμοφάγες ομάδες όπως τα κλαδοκεραιωτά, οι κωπηλάτες και τα βυτιοειδή. Το Σεπτέμβριο 2003 η αλατότητα στην περιοχή βρέθηκε υψηλότερη κατά δύο μονάδες σε σχέση με τον Ιούλιο του ίδιου έτους, αντανακλώντας ενδεχομένως τη μικρότερη εισροή του νερού της Μαύρης Θάλασσας (πλούσιο σε διαλυτό οργανικό άνθρακα), και η αφθονία των ηθμοφάγων ομάδων ήταν σημαντικά μειωμένη την περίοδο αυτή σε σχέση με τον Ιούλιο 2003. Η χρονική αυτή διακύμανση στο απόθεμα του μεσοζωοπλαγκτού φάνηκε να σχετίζεται τόσο με τη διαφοροποίηση της επίδρασης του νερού της Μαύρης Θάλασσας στην περιοχή, όσο και με τα χαρακτηριστικά της βιολογίας των οργανισμών (π.χ. εποχικός κύκλος). Τον Ιούλιο 2004 το νερό της Μαύρης Θάλασσας περιορίστηκε κυρίως στο ανατολικό τμήμα της θρακικής υφαλοκρηπίδας, εγκλωβιζόμενο σε μια αντικυκλωνική δομή γύρω από τη Σαμοθράκη περίπου 50 km διαμέτρου, και οι τιμές αφθονίας και βιομάζας βρέθηκαν ιδιαίτερα αυξημένες (διπλάσιες έως και τριπλάσιες) συγκριτικά με το 2003. Σημαντικό παράγοντα διαφοροποίησης των ποσοτικών χαρακτηριστικών του μεσοζωοπλαγκτού (αφθονία & βιομάζα) αλλά και διαμόρφωσης διακριτών συναθροίσεων ειδών κωπηπόδων και κλαδοκεραιωτών αποτέλεσε το βάθος. Τα επιφανειακά νερά, που δέχονταν την άμεση επιρροή του νερού της Μαύρης Θάλασσας, εμφανίστηκαν περισσότερο παραγωγικά με ιδιαίτερη σύνθεση ειδών, των οποίων οι συναθροίσεις αποτέλεσαν ευαίσθητους δείκτες της οριζόντιας ωκεανογραφικής ετερογένειας. Αλλαγές στην παροχή και κυκλοφορία του νερού της Μαύρης Θάλασσας φάνηκε να προκαλούν μέσης κλίμακας υδρολογική (μέτωπα, στρόβιλοι) και βιολογική πολυπλοκότητα στην περιοχή, η οποία βρέθηκε να αντανακλάται περαιτέρω στη δομή και κατανομή των ζωοπλαγκτικών συναθροίσεων τόσο στο οριζόντιο επίπεδο όσο και στο κατακόρυφο. Συγκεκριμένα, τα υδρολογικά μέτωπα αποτέλεσαν περιοχές αυξημένων τιμών φθορισμού και μεσοζωοπλαγκτικής βιομάζας και ο αντικυκλώνας της Σαμοθράκης αποτέλεσε ιδιαίτερο βιογεωχημικό ενδιαίτημα, χαρακτηριζόμενο από αυξημένες τιμές συνολικής αφθονίας και ιδιαίτερη σύνθεση βιοκοινότητας μεσοζωοπλαγκτού. Εκτός από τη σημασία των φυσικών παραγόντων στην κατανομή του μεσοζωοπλαγκτού, βιολογικές αλληλεπιδράσεις, όπως ο ανταγωνισμός και η θήρευση φάνηκε επίσης να παίζουν σημαντικό ρόλο στη διαμόρφωση των παρατηρούμενων προτύπων κατανομής. Η χωρική ετερογένεια στην κατανομή των πληθυσμών του μεσοζωοπλαγκτού φάνηκε να αντικατοπτρίζει τη σημασία των οικοφυσιολογικών χαρακτηριστικών των ειδών και του εύρους μεγέθους των τροφικών σωματιδίων. Σε αντίθεση με το μεσοζωοπλαγκτόν, η μέση αφθονία του συνόλου των ιχθυονυμφών καθώς και των μεμονωμένων ταξινομικών κατηγοριών τους στην περιοχή του Β.Α. Αιγαίου κατά την διάρκεια της τετραετούς έρευνας (2003-2006), δεν παρουσίασε σημαντική χρονική διαφοροποίηση. Οι ιχθυονύμφες των επιπελαγικών ειδών αποτέλεσαν το σημαντικότερο συστατικό της βιοκοινότητας, με κυρίαρχο είδος το Engraulis encrasicolus (γαύρος), είδος του οποίου η κορύφωση ωοτοκίας συμπίπτει χρονικά με την περίοδο δειγματοληψίας. Η οριζόντια κατανομή των ιχθυονυμφών στην περιοχή ήταν ετερογενής και φάνηκε να ελέγχεται από τη συνεργιστική δράση παραμέτρων που επιδρούν στο απόθεμα των γεννητόρων καθώς και φυσικών και βιολογικών διαδικασιών που επιδρούν στη πλαγκτική φάση των απογόνων τους. Ιδιαίτερα σημαντικό ρόλο στη διαμόρφωση των παρατηρούμενων ιχθυονυμφικών προτύπων κατανομής βρέθηκε να παίζουν εξελικτικές προσαρμογές των ειδών σε μεγάλη κλίμακα χρόνου, όπως είναι η στρατηγική αναπαραγωγής και το περιβάλλον διαβίωσης. Ως εκ τούτου, το βάθος αλλά και ενδείξεις των τροφικών συνθηκών στην κολώνα του νερού (π.χ. συγκέντρωση ζωοπλαγκτού, φθορισμός) εξήγησαν σε σημαντικό βαθμό τη χωρική διαφοροποίηση της σύνθεσης της βιοκοινότητας των ιχθυονυμφών. Η κυκλοφορία επίσης του νερού της Μαύρης Θάλασσας φάνηκε σε πολλές περιπτώσεις να επηρεάζει σημαντικά τη διαμόρφωση της οριζόντιας κατανομής τους, είτε συμβάλλοντας στην κατακράτηση τους κοντά στα πεδία ωοτοκίας, ή, προκαλώντας τη διασπορά τους μακριά από αυτά. Η αντανάκλαση της οριζόντιας ωκεανογραφικής ετερογένειας στις συναθροίσεις των συγκεκριμένων μεροπλαγκτικών οργανισμών, παρότι λιγότερο έντονη σε σχέση με τις ολοπλαγκτικές ομάδες του μεσοζωοπλαγκτού, ήταν επίσης εμφανής. Η υψηλή συμμετοχή στη βιοκοινότητα των ιχθυονυμφών, πελαγικών ειδών, που κατά την ενήλικη φάση είναι άμεσα επηρεαζόμενα από μεταβολές που πραγματοποιούνται στο ανώτερο στρώμα της υδάτινης στήλης (όπου επιδρά το νερό της Μαύρης Θάλασσας), φαίνεται να είχε σημαντική συμβολή σε αυτό. / The main aim of the present study was directed towards an understanding of the agents (abiotic and biotic) that shape the spatiotemporal distribution patterns of two fundamental components of the northeastern Aegean Sea (NEA) planktonic food web, namely mesozooplankton and fish larvae. The study area is of great scientific interest due to its relatively increased local productivity levels, comparatively to the highly oligotrophic eastern Mediterranean, hence its importance as a fishing ground, especially for fisheries targeting small pelagic fish. These characteristics are considered to be associated with local topographic features (extended continental shelf), riverine inflow, but mainly the high hydrological complexity (development of fronts and eddies) which is induced by the inflow and advection of low salinity Black Sea waters (BSW) at the upper part of the water column (surface 20-30 m). Mesozooplankton group composition and distribution patterns were examined both in horizontal and vertical plane in an extended sampling grid, during three stratification periods (July 2003 – September 2003 – July 2004). Four broad scale ichthyoplankton surveys were carried out (June 2003, 2004, 2005, 2006) over a station grid similar to that of mesozooplankton sampling, in order to investigate the major distribution and abundance patterns of fish larvae in the area. According to this study, the overall mesozooplankton standing stock in the NEA was found higher than those typically reported for other Mediterranean ecosystems, including hellenic pelagic waters and various closed or semi-closed gulfs as wells as some western Mediterranean pelagic and coastal regions. During all sampling periods, filter feeding taxa i.e. cladocerans, doliolids, appendicularians consisted an important element of mesozooplankton group composition particularly at the upper water column (directly influenced by the BSW). In September 2003, when surface salinity was 2 psu higher than July 2003 (probably reflecting lower BSW inflow in the area), the abundance values of these zooplankters decreased considerably. This temporal variation seemed to be related not only to differentiation in BSW (rich in dissolved organic carbon) influence, but also to species specific biological characteristics (e.g. seasonal cycle). In July 2004, BSW circulation was mainly restricted in the eastern part of the Thracian shelf and the abundance and biomass values in the area were significantly increased (2-fold up to 3-fold increase) compared to the previous surveys. Sampling depth played an important role in the differentiation of quantitive mesozooplankton characteristics (in terms of abundance and biomass values) but also in the formation of different copepod and cladoceran species assemblages. Surface waters, under the direct influence of BSW, were more productive and their species assemblages were sensitive tracers of horizontal oceanographic variability. Changes in the supply and flow of BSW into the NEA induced mesoscale hydrographic (fronts, eddies) and biological variability which was reflected on the structure and distribution of mesozooplankton assemblages in the horizontal and vertical plane. Frontal zones (e.g. southeastern of Lemnos) were characterized by increased fluorescence values and mesozooplankton biomass. The anticyclonic eddy over the Thracian shelf, where BSW is entrapped (Samothraki gyre), seemed to serve as a distinguished biochemical habitat with increased mesozooplankton abundance values and distinctive group composition. Besides the importance of physical parameters for zooplankton distribution in the NEA, biological interactions (e.g. competition, predation) may have played a significant role in shaping the observed distribution patterns. The hydrological heterogeneity induced by the advection of the BSW seemed to influence the qualitative and quantitative characteristics of the lower trophic levels. In turn, mesozooplankton populations presented spatial heterogeneity that reflected the importance of food size spectra and species-specific ecophysiological characteristics. Contrary to mesozooplankton community, mean abundance values of fish larvae (either as a total or for each separate taxonomic category) did not show any significant interannual difference during the four year study in the area of NEA (2003-2006). Fish larvae of epipelagic species consisted the major component of community, while a dominance of anchovy larvae was also observed due to the coincidence of the sampling period with the intensive spawning of this species. Fish larvae horizontal distribution was heterogenous and seemed to be controlled by the coupling between agents acting on the spawning stock and physical and biological processes influencing the planktonic phase of their offsprings. Fish larvae distributional patterns seemed to highly depend on species specific evolutionary adaptations, like reproduction strategy and the living habitat of the adults. Sampling depth as well as indications of water column trophic conditions (e.g. zooplankton concentration, fluorescence), explained significantly the spatial differentiation of fish larvae assemblages during all sampling periods. The circulation pattern of BSW seemed to be an important determinant of the taxonomic composition and abundance of larval fish assemblages, contributing either on larval retention near the spawning grounds, or inducing their dispersion. The assemblages of these meroplanktonic early-life stages also reflected the horizontal oceanographic heterogeneity in NEA, though less intensively comparing to other holoplanktonic zooplankters. The domination of local larval fish community by larvae of pelagic fish, that in the adult phase are directly influenced by changes taking place in the upper part of the water column (influenced by the BSW), may have contributed to this reflection.