- / -

Στην εργασία διερευνάται η παρουσία και η πρόσληψης ιατρικών θεμάτων που αφορούν σε αρρώστιες και στη θεραπεία τους στο πρωτότυπο πεζογραφικό έργο του Αλέξανδρου Παπαδιαμάντη. Συγκεντρώνονται στοιχεία και καταγράφονται πρώτα συμπεράσματα, τα οποία θα μπορούσαν να οδηγήσουν στο μέλλον σε μια συστηματικότερη ανάλυση της σχέσης της λογοτεχνίας του Παπαδιαμάντη με την ιατρική. / This paper investigates the presence of medical issues relating to diseases and their treatment in the original prose of Alexander Papadiamantis. There are recorded first conclusions, which could lead to a more systematic analysis of the relationship of Papadiamantis'literature with medicine.

Η βελτιστοποίηση της ποιότητας των υπηρεσιών στο χώρο της υγείας είναι επιτακτική στις μέρες μας. Στο χώρο της Ακτινοφυσικής συλλέγεται μεγάλος αριθμός δεδομένων από τη χρήση τυποποιημένων Πρωτοκόλλων Ποιοτικών Ελέγχων, τα αποτελέσματα των οποίων θα μπορούσαν να παρέχουν πολύτιμη πληροφορία για όλες τις σχετικές διεργασίες. Η ανάπτυξη εξειδικευμένων προγραμμάτων εκπαίδευσης των επαγγελματιών υγείας καθιστά αναγκαία την πιστοποίησή τους ώστε να διασφαλίζεται η ποιότητα σπουδών που προσφέρουν. Η χρήση του ηλεκτρονικού εργαλείου QS-PRO (Quality System Processes), ενός γενικευμένου εργαλείου λογισμικού για εφαρμογές που σχετίζονται με ποιότητα των υπηρεσιών συνέβαλλε στην ανάπτυξη συστημάτων ποιότητας σε δύο πεδία, αυτό της διασφάλισης ποιότητας στις διαδικασίες Ποιοτικών Ελέγχων στη Μαστογραφία καθώς και της διαχείρισης ποιότητας στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών στη Βιοϊατρική Τεχνολογία. Συνοπτικά, το εργαλείο διευκόλυνε στην ανάπτυξη μιας δομής διεργασιών και διαδικασιών που τεκμηριώνονται επαρκώς ώστε να χρησιμοποιηθούν για τους σκοπούς ποιότητας που έχουν τεθεί. Συγκεκριμένα, η ηλεκτρονική έκδοση του Ευρωπαϊκού Πρωτοκόλλου Ποιοτικών Ελέγχων στη Μαστογραφία χαρακτηρίζεται από την αποτελεσματική χαρτογράφηση των ολοκληρωμένων συνεδριών ποιοτικών ελέγχων με καθορισμένες μεταβλητές (μετρήσιμες παραμέτρους και αποτελέσματα) που μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε ολοκληρωμένα προγράμματα ελέγχων μονάδων μαστογραφίας. Το Εγχειρίδιο Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας για το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών στη Βιοϊατρική Τεχνολογία αποτελεί έναν οδηγό για όλους όσους συμμετέχουν στην υλοποίηση του προγράμματος και μέσα από τις προσδιορισμένες διαδικασίες μέτρησης και βελτίωσης της ικανοποίησης των φοιτητών και των διδασκόντων των συνεργαζόμενων πανεπιστημίων οδηγεί στη βελτίωση του και ταυτόχρονα στην πιστοποίηση του προγράμματος κατά ISO-9001. / Nowadays, optimization of health services is imperative. Large data sets collected through standardised Quality Control Protocols can provide valuable information cornering the related processes. On the other hand, the development of highly specialised educational programs for health professionals has rendered their certification necessary in order to ensure the quality of the offered services. The adoption of the electronic tool QS-PRO (Quality System Processes) - a standard software tool used for quality applications in services- has significantly contributed to the development of quality systems in two fields: Quality Assurance in Quality Control procedures in Mammography and Quality Management of the European Postgraduate Program on Biomedical Engineering. In short, the tool facilitated the creation of a process structure that is well documented in order to be further applied for reaching already-set quality objectives. More specifically, the electronic version of the European Protocol of Quality Control in Mammography features an effective mapping of complete quality control sessions with specified variables (measurable parameters and outcomes) aimed for further use in integrated quality control trials. The Quality System Manual of the European Postgraduate Program on Biomedical Engineering constitutes a comprehensive guide for all course participants; through measurements and improvements in overall satisfaction levels (by students, staff and collaborating institutions) the aim is to improve the program itself and eventually lead to its certification according to ISO-9001 standards.

Η χρήση αντιμικροβιακών παραγόντων συνολικά καθώς και ειδικές κατηγορίες αντιμικροβιακών έχουν ενοχοποιηθεί ως παράγοντες κινδύνου για νοσοκομειακές λοιμώξεις (ΝΛ) από ανθεκτικό στη μεθικιλλίνη χρυσίζοντα σταφυλόκοκκο (methicillin-sensitive Staphylococcus aureus, MRSA). Οι στόχοι της μελέτης ήταν: 1. η διερεύνηση προβλεπτικών παραγόντων για νοσοκομειακή λοίμωξη από MRSA, 2. η σε βάθος αξιολόγηση του ρόλου της πρόσφατης χρήσης αντιμικροβιακών από ποιοτική και ποσοτική άποψη. Υλικό και μέθοδοι. Η χρονική περίοδος της μελέτης ήταν από Οκτώβριο1997 έως και τον Σεπτέμβριο του 2001. Οι ασθενείς με ΝΛ από MRSA σε κρατικό νοσοκομείο φροντίδας βετεράνων πολέμου των ΗΠΑ συγκρίθηκαν με αντίστοιχη ομάδα με ΝΛ από ευαίσθητο στη μεθικιλλίνη Staphylococcus aureus (MSSA). Οι λοιμώξεις στις 2 ομάδες καταγράφηκαν και τεκμηριώθηκαν μα βάση αυστηρά κριτήρια. Καταγράφηκαν δεδομένα σχετικά με παράγοντες κινδύνου (συμπεριλαμβανομένης της ποιοτικής και ποσοτικής χρήσης αντιμικροβιακών) για λοίμωξη από MRSA και ελήφθησαν υπόψη γεγονότα μέχρι 30 ημέρες πριν την ημερομηνία της θετικής καλλιέργειας. Αποτελέσματα. Εκατόν είκοσι επτά ασθενείς (127) με ΝΛ από MRSA και 70 ασθενείς με ΝΛ από MSSA αναλύθηκαν περαιτέρω. Σε μονοπαραγοντική ανάλυση, οι 2 ομάδες διέφεραν σημαντικά στην ηλικία, ιστορικό αιμοκάθαρσης και χρονίων ελκών, είδος κλινικής όπου ελήφθη το δείγμα, διάρκεια προηγούμενης νοσηλείας και παραμονής σε γενική ή καρδιολογική ΜΕΘ, πρόσφατη χειρουργική επέμβαση, άλλες επεμβατικές πράξεις, διασωλήνωση και παρουσία καθετήρα κύστεως για πάνω από 24 ώρες. Επίσης διέφεραν σημαντικά στη χρήση ή όχι τουλάχιστον 1,2 ή 3 αντιμικροβιακών, στο μέσο αριθμό αντιμικροβιακών που είχαν χρησιμοποιηθεί, μέσο αριθμό αντιμικροβιακών-ημερών για κάθε ασθενή, καθώς και ποιοτική και ποσοτική χρήση συγκεκριμένων κατηγοριών αντιμικροβιακών. Σε 2 μοντέλα πολυπαραγοντικής ανάλυσης, εξετάζοντας είτε την ποιοτική (μοντέλο Ι) είτε την ποσοτική (μοντέλο ΙΙ) χρήση αντιμικροβιακών, η διάρκεια παραμονής στο νοσοκομείο τον τελευταίο μήνα αναδείχθηκε ο ισχυρότερος προβλεπτικός παράγοντας λοίμωξης από MRSA (p 0.000), ενώ ιστορικό διασωλήνωσης έδειξε σημαντικότητα στο μοντέλο Ι και οριακή σημαντικότητα στο ΙΙ. Η χρήση αμινογλυκοσιδών και η παρουσία χρονίων ελκών έδειξαν τάση για σημαντικότητα στο μοντέλο Ι. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές στην έκβαση. Συμπεράσματα. Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι η διάρκεια παραμονής στο νοσοκομείο τις τελευταίες 30 ημέρες αποτέλεσε τον ισχυρότερο προγνωστικό παράγοντα μεταγενέστερης ΝΛ από MRSA στον πληθυσμό των ασθενών μας. Παρά τη σαφώς μεγαλύτερη χρήση αντιμικροβιακών στην ομάδα MRSA, η χρήση αντιμικροβιακών δεν αποτέλεσε ανεξάρτητο προγνωστικό παράγοντα κινδύνου. Όσον αφορά την υπομελέτη, σκοπός ήταν η χρήση αντιμικροβιακών παραγόντων συνολικά καθώς και ειδικές κατηγορίες αντιμικροβιακών έχουν ενοχοποιηθεί ως παράγοντες κινδύνου για νοσοκομειακή βακτηριαιμία (ΝΒ) από ανθεκτικό στη μεθικιλλίνη χρυσίζοντα σταφυλόκοκκο (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA). Από τα δεδομένα της κύριας μελέτης, που ήδη έχει περιγραφεί περιληπτικά παραπάνω, απομονώθηκαν και αναλύθηκαν σε ξεχωριστή υπομελέτη αυτά που αφορούσαν σε ασθενείς που ανέπτυξαν νοσοκομειακή βακτηριαιμία. Οι στόχοι της υπομελέτης ήταν: 1. η διερεύνηση προβλεπτικών παραγόντων για νοσοκομειακή βακτηριαιμία από MRSA, 2. η σε βάθος αξιολόγηση του ρόλου της πρόσφατης χρήσης αντιμικροβιακών από ποιοτική και ποσοτική άποψη. Υλικό και μέθοδοι. Η χρονική περίοδος της μελέτης ήταν από Οκτώβριο1997 έως και τον Σεπτέμβριο του 2001. Οι ασθενείς με ΝΒ από MRSA σε κρατικό νοσοκομείο φροντίδας βετεράνων πολέμου των ΗΠΑ συγκρίθηκαν με αντίστοιχη ομάδα με ΝΒ από ευαίσθητο στη μεθικιλλίνη Staphylococcus aureus (MSSA). Καταγράφηκαν δεδομένα σχετικά με παράγοντες κινδύνου (συμπεριλαμβανομένης της ποιοτικής και ποσοτικής χρήσης αντιμικροβιακών) για λοίμωξη από MRSA και ελήφθησαν υπόψη γεγονότα μέχρι 30 ημέρες πριν την ημερομηνία της θετικής καλλιέργειας Αποτελέσματα. Είκοσι οκτώ ασθενείς (28) με ΝΒ από MRSA και 32 ασθενείς με ΝΒ από MSSA αναλύθηκαν περαιτέρω. Σε μονοπαραγοντική ανάλυση, οι 2 ομάδες διέφεραν σημαντικά στην ηλικία, ιστορικό αιμοκάθαρσης και χρονίων ελκών, διάρκεια προηγούμενης νοσηλείας, ιστορικό και διάρκεια παραμονής σε γενική ή καρδιολογική ΜΕΘ, πρόσφατη χειρουργική επέμβαση, διασωλήνωση και παρουσία καθετήρα κύστεως για πάνω από 24 ώρες. Επίσης διέφεραν σημαντικά στη χρήση ή όχι τουλάχιστον 1,2 ή 3 αντιμικροβιακών, το μέσο αριθμό αντιμικροβιακών που είχαν χρησιμοποιηθεί, μέσο αριθμό αντιμικροβιακών-ημερών για κάθε ασθενή, καθώς και ποιοτική και ποσοτική χρήση συγκεκριμένων κατηγοριών αντιμικροβιακών. Στο μοντέλο πολυπαραγοντικής ανάλυσης Ι (ποιοτική χρήση αντιμικροβιακών), παρατηρήθηκε τάση (trend) για τη διάρκεια της προηγούμενης παραμονή στο νοσοκομείο ως προβλεπτικού παράγοντα (p 0,088), ενώ, από το μοντέλο ΙΙ (ποσοτική χρήση αντιμικροβιακών), ο μέσος αριθμός αντιμικροβιακών-ημερών ανά ασθενή αναδείχθηκε ως ο μόνος ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης ΝΒ από MRSA (p 0,03). Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές διαφορές στην έκβαση. Συμπεράσματα. Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι η ποσοτική χρήση αντιμικροβιακών, υπό τη μορφή του μέσου αριθμού αντιμικροβιακών-ημερών ανά ασθενή κατά τη διάρκεια του περασμένου μήνα, ήταν ο ισχυρότερος προγνωστικός δείκτης της μεταγενέστερης ΝΒ από MRSA στον πληθυσμό των ασθενών μας, περισσότερο από άλλους παραδοσιακούς παράγοντες κινδύνου. / Both total antimicrobial use and specific antimicrobials have been implicated as risk factors for healthcare-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (HA-MRSA) infection. Aims. The aims of the study were: 1.to explore predictors of a new HA-MRSA infection in comparison with a new healthcare-associated methicillin-sensitive Staphylococcus aureus (HA-MSSA), 2. to thoroughly assess the role of recent antibiotic use qualitatively and quantitatively. Methods. The time-period for our study was from October 1997 through September 2001. Applying strict criteria, we identified two groups of inpatients, one with a new HA-MRSA infection and one with a new HA-MSSA infection. We recorded demographic, clinical and antibiotic use – related data up to 30 days before the positive culture date. Results.We identified 127 and 70 patients for each group respectively. Two logistic regression models were carried out to assess the role of antimicrobial use (qualitatively and qualitatively). In model I, duration of hospital stay, presence of chronic wounds, aminoglycoside and fluoroquinolone use retained statistical significance. In model II, duration of hospital stay and history of intubation during the last month stood out as the only significant predictors of a subsequent HA-MRSA infection. No siginificant differences in outcome were noted. Conclusions. The length of exposure to the hospital environment may be the best predictor of a new HA-MRSA infection. Use of aminoglycosides and fluoroquinolones may also stand independently along with presence of chronic ulcers and exposure to surgical procedures. No independent association between quantitative antibiotic use and subsequent HA-MRSA infection was documented. As for the substudy, the antimicrobial use has been implicated as risk factor for healthcare-associated methicilin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) bloodstream infection (BSI). The aims of the study were: 1. to explore predictors of a new MRSA BSI, 2. to thoroughly assess recent antibiotic use qualitatively and quantitatively. Methods. Patients in contact with the healthcare system and MRSA BSI were compared with a methicillin-sensitive BSI group, considering events and risk factors up to 30 days before the positive culture date. Results. Twenty eight patients with MRSA BSI and 32 patients with MSSA BSI were further analyzed. In univariate analysis, significant differences were noted in specific demographic, comorbidity and hospital event-related parameters and also in mean number of antibiotics used, mean number of antibiotic-days per patient, and qualitative and quantitative use of specific classes of antibiotics. From logistic regression model I (qualitative antibiotic use), a trend was noted for duration of prior hospital stay, while, from model II (quantitative antibiotic use), mean antibiotic-days per patient emerged as the single independent predictor of HA-BSI by MRSA (p 0.03). No significant differences in outcome were noted. Conclusion. We conclude that the mean number of antibiotic-days per patient during the last month was the strongest predictor of a subsequent MRSA BSI in our patient population, more than other traditional risk factors.

Η εξέλιξη των υπολογιστών στις τελευταίες δεκαετίες και η εξάπλωση της χρήσης τους οδήγησε και στην είσοδο τους στο χώρο της εκπαίδευσης. Η παρούσα εργασία διερευνά τον τρόπο και τα χαρακτηριστικά της εμπλοκής τους στη διδακτική μιας γλώσσας, ως δεύτερης ή ξένης, και προτείνει ένα αλγοριθμικό μοντέλο που σκοπό έχει την αξιολόγηση της γραμματικότητας απλών προτάσεων της νέας ελληνικής και τον εντοπισμό συνήθων λαθών που γίνονται από μη φυσικούς ομιλητές κατά το σχηματισμό τους. / The evolution of computers in recent decades and the spread of their use led to their introduction in the field of education. This paper investigates the methods and the characteristics of their involvement in the teaching of a language as a second or foreign, and suggests an algorithmic model that aims to assess the grammaticality of simple sentences of Modern Greek and detect routine errors made ​​by non-native speakers during their formation.

Στην παρούσα εργασία παρουσιάζεται μία μελέτη για το κατά πόσο τα οικονομικά πανεπιστήμια της Γερμανίας, Γαλλίας, Ολλανδίας, ΗΠΑ και της Μεγάλης Βρετανίας, τόσο προπτυχιακά όσο και μεταπτυχιακά, χρησιμοποιούν λογισμικά πακέτα στα μαθήματα κορμού (Οικονομετρία, Στατιστική) κατά την διάρκεια της διδασκαλίας και της έρευνας. Ξέροντας ότι η επιμόρφωση των καθηγητών κατά τη διάρκεια της υπηρεσίας τους πρέπει να θεωρείται δικαίωμα του καθηγητή καθόσον αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση, τόσο για την επαγγελματική ανάπτυξη και αυτονομία του καθηγητή, όσο και για την βελτίωση της αποτελεσματικότητας του εκπαιδευτικού συστήματος, ψάξαμε και συλλέξαμε πληροφορίες για την συμβολή των λογισμικών στην διδασκαλία και την έρευνα. Ενώ υπάρχει μία σημαντική εξέλιξη των λογισμικών, εντός των οικονομικών τμημάτων, η χρήση τους είναι περιορισμένη. Πολλοί υποστηρίζουν ότι, εν μέρει, η μη χρήση των πακέτων αυτών στα οικονομικά εξηγείται από την προτεραιότητα που δίνεται στην ανάπτυξη των οικονομετρικών πακέτων και την απουσία ενός συμφωνημένου περιεχομένου για τη διδασκαλία των μαθημάτων και στα δύο επίπεδα σπουδών. / This paper presents a study on whether the economic universities in Germany, France, USA, Netherlands and Great Britain, both undergraduate and postgraduate program,use software packages in core courses such as Econometrics, Statistics etc.during the teaching and research.

Το mHealth, η χρήση δηλαδή φορητών τεχνολογιών για την βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας, είναι σήμερα ένα από τα πιο ταχέως αναπτυσσόμενα πεδία της ηλεκτρονικής υγείας (eHealth). Ο αριθμός των επαγγελματιών υγείας που υιοθετούν έξυπνα κινητά τηλέφωνα (smartphones) για την εκτέλεση πληθώρας λειτουργιών αυξάνεται συνεχώς, εξαιτίας των δυνατοτήτων και της φορητότητας που αυτά παρέχουν. Ταυτόχρονα, τα σφάλματα στη φαρμακευτική αγωγή είναι από τα πιο συνηθισμένα ιατρικά λάθη με επιπτώσεις τόσο στην υγεία του ασθενούς όσο και στις δαπάνες στην υγεία. Η χορήγηση φαρμάκων είναι μια πολύπλοκη διαδικασία, καθώς απαιτεί από τον ειδικό της υγείας την ανάλυση πληθώρας παραγόντων και την ανάκτηση, επεξεργασία και διαχείριση μεγάλου όγκου πληροφορίας. Σύμφωνα με τη βιβλιογραφία, η χρήση τεχνολογιών πληροφορικής για την υποβοήθηση των επαγγελματιών υγείας στη λήψη αποφάσεων κατά τη συνταγογράφηση, μπορεί να συμβάλει σημαντικά στη μείωση των σφαλμάτων φαρμακευτικής αγωγής. Στο πλαίσιο της παρούσας διπλωματικής εργασίας, προχωρήσαμε στη διερεύνηση και αξιολόγηση των σημαντικότερων εφαρμογών έξυπνων κινητών συσκευών για το φάρμακο, με στόχο την εξαγωγή χρήσιμων συμπερασμάτων για τα χαρακτηριστικά και τις λειτουργίες που ενσωματώνουν. Ένα από τα βασικά συμπεράσματα της έρευνας ήταν η απουσία αντίστοιχης εφαρμογής για τα φάρμακα που είναι εγκεκριμένα από τον Εθνικό Οργανισμό Φαρμάκων (ΕΟΦ). Ως εκ τούτου, προχωρήσαμε στο σχεδιασμό και την ανάπτυξη εφαρμογής για τον έλεγχο ασυμβασιών μεταξύ φαρμάκων, η οποία παρέχει επιπλέον τη δυνατότητα προβολής πληροφοριών συνταγολογίου για τα φάρμακα του ΕΟΦ. Ο σχεδιασμός της εφαρμογής έγινε λαμβάνοντας υπόψη τις ανάγκες και τις απαιτήσεις μελλοντικών χρηστών, όπως οι επαγγελματίες υγείας και οι ασθενείς, προκειμένου να διασφαλιστεί η λειτουργικότητα και η ευχρηστία της. Η εν λόγω εφαρμογή προορίζεται για έξυπνες κινητές συσκευές που διαθέτουν λειτουργικό σύστημα Android, ενώ η πληροφορία που ενσωματώνει βασίζεται αποκλειστικά στο εθνικό συνταγολόγιο του ΕΟΦ. / Mobile Health or mHealth, namely the use of mobile and wireless technologies in order to improve health services and achieve health goals, is today one of the most rapidly expanding fields of electronic health (eHealth). The number of health professionals that adopt smartphones to perform multiple tasks, during their everyday medical practice, is increasing constantly. This is due to the fact that smartphones provide advanced computing capabilities and high portability. Simultaneously, medication errors are among the most common medical errors which have negative impact both for the health of the patient and the expenditure on health sector. Drug prescribing is quite a complex procedure, considering the fact that requires the health expert to analyze multiple factors and retrieve, process, manage and digest large volume of information. According to the literature, the use of information technologies to assist health professionals in decision-making when prescribing drugs, can contribute significantly to the reduction of medication errors. In the context of our work, we explored and evaluated the major smartphone applications for drugs, aiming to the extraction of useful conclusions about the features and functions that they incorporate. One of the research key findings was the absence of a corresponding application for the drugs that are approved by the National Drug Organization of Greece. Therefore, we design and develop an application for checking drug-drug interactions which additionally provides the ability to view national formulary information about drugs. The analysis and design of the application was implemented in collaboration with future users, such as health professionals and patients, in order to ensure that will meet their needs and requirements and at the same time will remain user friendly. This application is intended for Android smart mobile devices (e.g. smartphones, tablet PCs) and the information that integrates is solely based on the national formulary of the National Drug Organization of Greece.

Magnification mammography is a special technique used in cases where breast complaints are noticed by a woman or when an abnormality is found in a screening mammogram. The carcinogenic risk in mammography is related to the dose deposited in the glandular tissue of the breast rather than the adipose, and Average Glandular Dose (AGD) is the quantity taken into consideration during a mammographic exam. Direct measurement of the AGD is not feasible during clinical practice and thus, the incident air Kinetic Energy Released per unit of MAss (KERMA) on the breast surface is used to estimate the glandular dose, with the help of proper conversion factors. Additional conversion factors adapted for magnification and tube voltage are calculated, using Monte Carlo simulation. The effect of magnification factor, tube voltage and various anode/filter material combinations on AGD, ESD and PDD is also studied. Results demonstrate that, for fixed glandularity, the estimation of AGD utilizing conversion factors depends on magnification factor, anode/filter combination and tube voltage applied. AGD was found to increase mainly with filter material’s kabsorption edge, filter’s Al thickness, anode material’s k-emission edge and tube voltage. Rh/Nb, W/Zr, W/Nb, W/Mo and Mo/Nb are combinations resulting in lower AGD and higher ESD, compared to the Mo/Mo one. / -

Σκοπός της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η επιδημιολογική μελέτη των σταφυλοκοκκικών λοιμώξεων και κυρίως των λοιμώξεων από MRSA, τόσο στο ενδονοσοκομειακό περιβάλλον, όσο και στην κοινότητα, το διάστημα 2001-2006. Κατά τη διάρκεια της μελέτης, συλλέχθηκαν συνολικά 1922 στελέχη Staphylococcus aureus από όλες τις κλινικές και από διαφορετικούς ασθενείς στο Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Πατρών (ΠΓΝΠ). Στη συνέχεια τα στελέχη ελέγχθηκαν για την παραγωγή της πρωτεΐνης PBP2α και την ύπαρξη του γονιδίου mecA για τον προσδιορισμό των ανθεκτικών στη methicillin στελεχών S. aureus (Methicillin-Resistant S. aureus, MRSA). Από το σύνολο των 1922 S. aureus, τα 757 (39.4%) χαρακτηρίσθηκαν ως MRSA. Γενικά, παρατηρήθηκε αύξηση του αριθμού των λοιμώξεων από S. aureus, με παράλληλη αύξηση του ποσοστού των MRSA λοιμώξεων, από 23% το 2001 στο 49% το 2006. Οι MRSA αποτελούν σοβαρό πρόβλημα για τα νοσοκομεία, αλλά και γενικότερα σε όλο το πληθυσμό, καθώς απομονώνονται με αυξανόμενη συχνότητα από την κοινότητα. Στο διάστημα που καλύπτει η παρούσα μελέτη, 2001-2006, το ποσοστό των στελεχών που απομονώθηκαν από την κοινότητα (Community-acquired MRSA, CA-MRSA) αυξήθηκε από 3% το 2001, σε 37% το 2006, ενώ εκείνο των ενδονοσοκομειακών στελεχών (Hospital-acquired MRSA, HA-MRSA), είναι ενθαρρυντικό ότι μειώθηκε από 20% το 2001, στο 12% το 2006. Για την επιδημιολογική μελέτη των λοιμώξεων που οφείλονται σε MRSA στελέχη, μέθοδος αναφοράς είναι η PFGE, κυρίως σε συνδυασμό και με υβριδισμό του χρωμοσωμικού DNA με ειδικούς ανιχνευτές. Oι μέθοδοι αυτές παρουσιάζουν δυσκολία στη σύγκριση των κλώνων μεταξύ των χωρών και έτσι αναπτύχθηκε η MLST, που βασίζεται στη εύρεση της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας επτά συντηρημένων γονιδίων και επιτρέπει τον προσδιορισμό των κλωνικών συμπλεγμάτων (Clonal Complex, CC) με δυνατότητα άμεσης ταυτοποίησής τους. Τα MRSA που απομονώθηκαν κατατάχθηκαν σε επτά ST/SCCmec κλώνους, τους ST80/IV, ST5/IV, ST377/V, ST30/IVvar, ST239/III, ST225/NT και ST217/NT και πέντε κλωνικά συμπλέγματα (Πίνακας 46). Στα CA-MRSA επικρατεί ο ST80/IV, με μικρό ποσοστό να ανήκει και στον πρόσφατο τύπο ST377/V, ενώ στα HA-MRSA απαντώνται κυρίως οι ST239/III και ST30/IVvar. Η PVL είναι μια τοξίνη που καταστρέφει τα λευκοκύτταρα ανοίγοντας πόρους στην κυτταρική τους μεμβράνη, προκαλεί νέκρωση ιστών και νεκρωτική πνευμονία, κυρίως σε μικρά παιδιά, και κωδικοποιείται από τα γονίδια lukS-PV και lukF-PV. Το 74% των MRSA που μελετήθηκαν το διάστημα 2001-2006, έφεραν τα γονίδια αυτά, καταγράφοντας αύξηση από 33% το 2001, σε 88% το 2006. Τα PVL-θετικά MRSA ανήκουν στους κλώνους ST80/IV και ST377/V. Τα περισσότερα PVL-θετικά CA-MRSA της μελέτης μας απομονώθηκαν από λοιμώξεις δέρματος και μαλακών μορίων, ενώ τα PVL-θετικά HA-MRSA προέρχονταν από χειρουργικά τραύματα, κυρίως σε περιπτώσεις χρήσης προσθετικών υλικών. Ένα PVL-θετικό στέλεχος, που απομονώθηκε από αιματοκαλλιέργεια, προερχόταν από οστεομυελίτιδα. Πρόκειται για πρώτη αναφορά περιστατικών οξείας οστεομυελίτιδας, με αίτιο στελέχη CA-MRSA και MSSA που παράγουν PVL. Φαίνεται ότι η παρουσία των γονιδίων lukS-PV και lukF-PV συνδέεται κυρίως με λοιμώξεις που προκύπτουν δευτερογενώς σε τραύματα και επιπολής λοιμώξεις δέρματος και μαλακών μορίων, ενώ η απομόνωση PVL-θετικού στελέχους από οστεομυελίτιδα αποτελεί ένδειξη για την εμπλοκή της τοξίνης αυτής και στη παθογένεια εν τω βάθει λοιμώξεων. Εκτός από την PVL, σημαντικοί λοιμογόνοι παράγοντες και αίτια σοβαρών κλινικών συνδρόμων στον άνθρωπο θεωρούνται και οι τοξίνες της οικογένειας των υπεραντιγόνων, όπως η τοξίνη του συνδρόμου τοξικής καταπληξίας (TSST-1) και οι εντεροτοξίνες (SEs). Το γονίδιο tst κωδικοποιεί την παραγωγή της TSST-1, ενώ το οπερόνιο egc (enterotoxin gene cluster) την έκφραση πρωτεϊνών που μοιάζουν στη δομή και αλληλουχία με τις εντεροτοξίνες. Στα MRSA της συλλογής μας, τα γονίδια tst και egc2 ανιχνεύθηκαν μόνο στον κλώνο ST30/IV και δε βρέθηκαν ποτέ να συνυπάρχουν με τα γονίδια της PVL. Ανιχνεύθηκαν και συνδυασμοί των γονιδίων tst και του οπερονίου egc στους κλώνους ST80/IV και ST239/III, που σημαίνει ότι τα γονίδια αυτά διασπείρονται με οριζόντια μεταφορά, ενώ τα γονίδια lukS-PV και lukF-PV, που εντοπίστηκαν αποκλειστικά στους κλώνους ST80/IV ST377/V και χωρίς να συνυπάρχουν με γονίδια υπεραντιγόνων, φαίνεται ότι μεταφέρονται πιο ειδικά. Προϊόν της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η ανάπτυξη μεθοδολογίας για την ποσοτικοποίηση με αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης πραγματικού χρόνου, του γονιδίου tst σε στελέχη S. aureus που ήταν ανθεκτικά στη methicillin, κατατάσσονταν σε διαφορετικούς κλώνους και έφεραν ποικίλα γονίδια τοξινών. Για τη σήμανση και παρακολούθηση των προϊόντων χρησιμοποιήθηκε το SYBR Green I (SG), που είναι μη ειδικός τρόπος σήμανσης. Η χρήση του SYBR Green I κάνει τη μέθοδο εύχρηστη, αφού μπορεί η χρωστική να προστεθεί απλά στο υπόλοιπο μίγμα της αντίδρασης και φθηνή, επειδή δε χρειάζεται να σχεδιαστούν καινούριοι, ειδικοί εκκινητές. Οι αντιδράσεις απόλυτης ποσοτικοποίησης, που πραγματοποιήθηκαν με τη συγκεκριμένη μέθοδο, είχαν υψηλή απόδοση (2.04) και τα αποτελέσματα ήταν συνεχή και επαναλαμβανόμενα, γεγονός που σημαίνει ότι μπορεί να εφαρμοσθεί στη ρουτίνα του κλινικού εργαστηρίου για τη γρήγορη ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του γονιδίου tst στα κλινικά στελέχη. Επί πλέον αποδείχθηκε με τη στατιστική ανάλυση, ότι στελέχη που απομονώθηκαν από λοιμώξεις μαλακών μορίων συνέθεταν υψηλότερα ποσά tst. Για τον υπολογισμό των λόγων έκφρασης του γονιδίου tst, στη σχετική ποσοτικοποίηση εφαρμόσθηκαν δυο μαθηματικά μοντέλα (2-ΔΔCt και Pfaffl). Συγκρίνοντας τα αποτελέσματα από τους δυο διαφορετικούς τρόπους υπολογισμού, βρέθηκαν διαφορές στα επίπεδα έκφρασης ίδιων στελεχών και καταλήξαμε στο συμπέρασμα ότι το μαθηματικό μοντέλο του Pfaffl είναι πιο ακριβές και αξιόπιστο, καθώς συνυπολογίζει την απόδοση της αντίδρασης. / The purpose of this study was to establish the clonality and evolution of CA-MRSA (Community-acquired MRSA, CA-MRSA) and HA-MRSA (Hospital-acquired MRSA, HA-MRSA), as well as the epidemiology of MRSA (Methicillin-Resistant S. aureus, MRSA) infections, during 2001-2006. In total 1922 Staphylococcus aureus strains were collected from patients with different pathologies admitted at the University Hospital of Patras. Among them 757 (39.4%) strains were MRSA. The prevalence of MRSA infections rose from 23% in 2001 to 49% in 2006. MRSA is a major problem worldwide in the nosocomial setting and the community. During 2001-2006 CA-MRSA isolated with an increasing rate from 3% in 2001 to 37% in 2006, while HA-MRSA decreased from 20% in 2001 to 12% in 2006. The epidemiological study of MRSA infections was based on PFGE, the “gold standard” of typing methods and hybridization with specific DNA probes. However, for the full characterization of a strain it is recommended the application of the multilocus sequence typing (MLST), since it is a highly discriminatory method and permits to compare the results from different laboratories. MLST represents a major advance since it relates organisms on the basis of the nucleotide sequences of ~450 bp internal fragments of seven conserved housekeeping genes resulting to the determination of Sequence Types (ST) and Clonal Complexes (CC). MRSA of our collection belonged to seven ST/SCCmec clones (ST80/IV, ST5/IV, ST377/V, ST30/IVvar, ST239/III, ST225/NT and ST217/NT) and five Clonal Complexes. Most CA-MRSA isolates belonged to ST80/IV clone and a small percentage to the newly described clone, ST377/V, while HA-MRSA strains were mainly characterized as ST239/III and ST30/IVvar clones. PVL is a bicomponent toxin associated with skin and soft tissue infections, but also with necrotizing pneumonia, especially in children. In total 74% of MRSA were positive for the PVL genes rising from 33% in 2001 to 88% in 2006. PVL-positive MRSA strains belonged to ST80/IV and ST377/V clones. Most PVL-positive CA-MRSA isolated from skin and soft tissue infections, while PVL-positive HA-MRSA isolated from surgical wounds, especially when prosthetic devices were used. In one patient acute staphylococcal osteomyelitis (AO) was diagnosed, due to MRSA carrying the PVL genes. This is the first description of CA-MRSA producing PVL as causative agents of AO suggesting that PVL-positive S. aureus can be isolated from patients with invasive musculo-skeletal infections, including acute childhood osteomyelitis, as well as among patient with skin and soft-tissue infections. Staphylococcal enterotoxins, enterotoxin-like superantigens (enterotoxin gene operon, egc) and the toxic shock syndrome toxin-1 that belong to the pyrogenic toxin superantigens (PTSAgs) are considered major virulence factors. The genotype tst/egc belonged only to ST30/IV clone and never coexisted with the PVL genes. Other combinations of genes were also detected belonging to clones ST80/IV and ST239/III, suggesting the horizontal transfer of those genes. On the contrary, the PVL genes were detected only in ST80/IV and ST377/V clones, meaning a more specific way of spread. A real-time PCR assay was developed for the quantification of tst gene in methicillin-resistant S. aureus using SYBR Green I (SG) chemistry, which is an easy and cost-effective approach to real-time, since it does not require the design of sequence specific probes and new primers. By the developed method of absolute quantification the results were reproducible and constant, meaning that the assay can be applied in the routine laboratory. The statistically significant difference of tst gene expression among strains associated with SSTIs, suggests that such strains may be the cause of TSS among patients. For the calculation of expression ratios in the relative quantification we applied two mathematical models (2-ΔΔCt and Pfaffl). Comparing ratios derived from the two mathematical methods we found variations, allowing us to suggest the use of the Pfaffl model as the more precise and reliable method.

Ακολουθώντας μακροικολογική προσέγγιση, στόχος της διατριβής είναι η μελέτη των προτύπων συγκρότησης των νησιωτικών βιοκοινοτήτων. Συγκεκριμένα, στόχος είναι η διερεύνηση των προτύπων συνεμφάνισης ειδών, των προτύπων ανομοιότητας στη σύνθεση ειδών και της επίδρασης περιβαλλοντικών παραγόντων σε αυτά, καθώς και των προτύπων εγκιβωτισμού σε νησιωτικές βιοκοινότητες. Για το σκοπό αυτό, συνέλεξα μεγάλο αριθμό δεδομένων από διάφορα νησιωτικά συστήματα του κόσμου, καταρτίζοντας πίνακες παρουσίας-απουσίας ειδών για κάθε νησιωτικό σύστημα. Στη συνέχεια προσπάθησα να αναδείξω γενικά προτύπα συγκρότησης των νησιωτικών βιοκοινοτήτων. Αρχικά, αξιολόγησα δύο δείκτες («φυσικός» δείκτης και δείκτης CS), οι οποίοι εξετάζουν τα πρότυπα συνεμφάνισης σε επίπεδο ζευγών ειδών, ως προς την καταλληλότητα τους για τη διερεύνηση των προτύπων συνεμφάνισης ειδών. Τα αποτελέσματα καταδεικνύουν ότι και οι δύο δείκτες είναι κατάλληλοι ως δείκτες διερεύνησης των προτύπων συνεμφάνισης των ειδών. Mε τη χρήση αυτών των δύο δεικτών ανιχνεύονται σημαντικά πρότυπα συνεμφάνισης ειδών σε πολύ λιγότερες περιπτώσεις σε σύγκριση με τον δείκτη C-score που εξετάζει τα πρότυπα συνεμφάνισης σε επίπεδο ολόκληρου πίνακα παρουσίας-απουσίας ειδών. Γενικά, τα περισσότερα πρότυπα συνεμφάνισης ανιχνεύονται στις νησιωτικές κοινότητες των σπονδυλωτών και των φυτών. Ακολούθως, διερεύνησα τα προτύπα ανομοιότητας στη σύνθεση ειδών διάφορων ομάδων οργανισμών σε ωκεάνια και ηπειρωτικά νησιωτικά συστήματα, σε μερικές περιπτώσεις υπό το πρίσμα των διαφορετικών ικανοτήτων διασποράς των τάξων. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η ανομοιότητα στη σύνθεση ειδών μεταξύ νησιών επηρεάζεται από την ομάδα οργανισμών που μελετάται. Τάξα με μεγάλη ικανότητα διασποράς τείνουν να έχουν χαμηλότερο βαθμό ανομοιότητας μεταξύ νησιών σε σύγκριση με άλλα τάξα με μικρότερη ικανότητα διασποράς. Η ανομοιότητα στη σύνθεση ειδών μεταξύ νησιών επηρεάζεται επίσης από τον τύπο νησιωτικού συστήματος. Τα ωκεάνια νησιωτικά συστήματα τείνουν να έχουν υψηλότερο βαθμό ανομοιότητας στη σύνθεση ειδών μεταξύ νησιών από ότι τα ηπειρωτικά νησιωτικά συστήματα (αποδείχθηκε για τις κοινότητες σαυρών). Οι διαφορές στην έκταση και η απόσταση μεταξύ των νησιών επηρεάζουν σημαντικά την ανομοιότητα στη σύνθεση ειδών μεταξύ νησιών. Οι διαφορές στο υψόμετρο επηρεάζουν σε μικρότερο βαθμό την ανομοιότητα στη σύνθεση ειδών και κυρίως φαίνεται να επιδρούν στα ωκεάνια νησιά και στις κοινότητες των τάξων με μεγάλη ικανότητα διασποράς, όπως είναι τα πτηνά και οι νυκτερίδες. Τέλος, διερεύνησα τον βαθμό εγκιβωτισμού των νησιωτικών βιοκοινοτήτων χρησιμοποιώντας τον δείκτη εγκιβωτισμού NODF. Σε συνδυασμό με ένα μηδενικό μοντέλο που διατηρεί σταθερό το άθροισμα των στηλών και των σειρών του πίνακα παρουσίας-απουσίας ειδών, ανιχνεύονται αρκετές «αντι-εγκιβωτισμένες» νησιωτικές βιοκοινότητες. Οι περισσότερες από αυτές επιδεικνύουν σημαντικό πρότυπο συνεμφάνισης ειδών. Αρκετές «αντι-εγκιβωτισμένες» βιοκοινότητες έχουν πολύ υψηλό βαθμό αντι-εγκιβωτισμού δηλαδή έχουν αρκετά νησιά τα οποία δεν έχουν κανένα κοινό είδος. Αυτό μπορεί να οφείλεται είτε στην ύπαρξη διαφορετικών δεξαμενών ειδών για τα νησιά του ίδιου νησιωτικού συστήματος είτε στη μειωμένη ικανότητα διασποράς των ειδών και κατά συνέπεια στη διαμόρφωση ξεχωριστών βιοκοινοτήτων στα νησιά. / Following a macroecological approach the aim of this thesis is the study of the assembly patterns of insular communities. In particular, the aim is to investigate species co-occurrence patterns, compositional dissimilarity patterns as well as the effect of environmental factors on those patterns and also to investigate nestedness patterns of insular communities. I collected a large number of data from various insular systems of the world, compiling species presence-absence matrices for each insular system and Ι attempted to describe general assembly patterns of insular communities. First, I evaluated the statistical properties of two metrics ("natural" and CS), that are used to examine co-occurrence patterns at the species-pair level, to determine if they can be used in the investigation of species co-occurrence patterns. The results show that both metrics can be used in the investigation of these patterns. Using the "natural" and the CS metrics, significant species co-occurrence patterns are identified in very few cases. On the contrary, using the CS metric, significant species co-occurrence patterns are identified in many cases. The majority of the significant species co-occurrence patterns are identified in the communities of vertebrates and plants. Also, I investigated compositional dissimilarity patterns of various taxa in oceanic and continental shelf insular systems, in some cases taking into account the differences in the dispersal ability among taxa. The results showed that compositional dissimilarity patterns are dependent on the taxon. Taxa with good dispersal abilities tend to have level lower levels of between-island compositional dissimilarity than taxa with poor dispersal abilities. Compositional dissimilarity patterns are also dependent on island type. Oceanic insular systems tend to have a higher level of compositional dissimilarity than continental shelf insular systems (clearly demonstrated for lizards). Inter-island distance, as well as area differences between islands, have an important effect on compositional dissimilarity between islands. Elevation differences between islands have a weaker effect on compositional dissimilarity. Significant effects of elevation differences between islands are only observed in oceanic insular systems and in the communities of taxa with good dispersal abilities such as birds and bats. Finally, I investigated the nestedness degree of insular communities. Using the NODF metric in combination with a null model that preserves the column and row sums of the species presence-absence matrix, we can detect several "anti-nested" insular communities. The majority of these communities also exhibit a significant species co-occurrence pattern. Several "anti-nested" communities have high values of the anti-nestedness index, indicating that they have many island pairs that have no species in common. A possible explanation for this is that for a given insular system there may be more than one species source pool. Poor dispersal abilities of various species can also lead to the assembly of distinct communities on different islands.