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Caracterização de novos genes humanos envolvidos no processo de regulação da expressão de genes homeóticos / Characterization of novel human genes involved in the regulation of expression of homeotic genes

Nunes, Diana Noronha 03 September 2004 (has links)
A identidade na segmentação do corpo de diversos organismos, durante o desenvolvimento, é devida, em grande parte, à ação das proteínas homeóticas. Em especial, dois grupos de proteínas, Trithorax (trxG) e Polycomb (PcG) têm um papel fundamental na manutenção, respectivamente, da ativação e da repressão da transcrição gênica, associando-se à cromatina. A importância das PcG nos estimulou a buscar a caracterização das proteínas humanas ortólogas ao \"Enhancer of Polycomb\" (Epc) de Drosophila, até então não descritas no genoma humano. Para tanto, buscamos: - obter a sequência completa e mapear o cDNA do novo gene humano homólogo ao \"Enhancer of Polycomb\" de Drosophila; - analisar sua expressão em tecidos fetais, adultos e tumorais e fazer estudos buscando sua caracterização funcional. Encontramos, mapeamos e obtivemos a seqüência completa de dois genes humanos, ortólogos de Epc1 (10p11-22) e de Epc2 (2q21-23) de camundongo, publicando estes dados em 2001 (Camargo et al., 2001). Ambos os genes são bastante conservados entre várias espécies, sendo que o cDNA de hEPC2 humano, por exemplo, é 94% idêntico ao Epc2 de camundongo e possui 96% de identidade ao nível de proteína, sugerindo que a função do gene deve ter sido mantida durante a evolução. No entanto, as seqüências protéicas de hEPC1 e hEPC2 humanos possuem apenas 68% de identidade entre si. Portanto, é provável que após a duplicação dos parálogos, estes tenham divergido funcionalmente. A expressão de ambos os genes foi avaliada utilizando \"dot-blots\" contendo 76 mRNAs de amostras de tecidos fetais, adultos e tumorais, mostrando-se fraca e ubíqua. Análises in silico sugeriram a existência de 4 isoformas de splicing para hEPC2, as quais foram validadas por RT-PCR ou \"Northern blots\". Uma das isoformas (de 2.7 Kpb) se mostrou mais abundante em todas as linhagens tumorais estudadas através de análises de \"Northern blot\", principalmente nas linhagens de linfoma de Burkitt\'s Raji e na linhagem de leucemia pró-mielocítica HL-60. Esta isoforma é gerada através de um sítio alternativo de poli-adenilação, que reduz sua porção 3\'UTR, retirando 4 dos 5 \"elementos ricos em adenilatos e uridilatos\" (AREs), envolvidos com a degradação de mRNAs lábeis que codificam proteínas regulatórias. Estes resultados se encontram em um manuscrito recentemente submetido à publicação (anexo à tese). Interação entre hEPC2 e SMADs e sua modulação por TGF-β. Durante a montagem da seqüência completa de hEPC2, verificamos que duas ESTs patenteadas mostravam alta identidade com o gene. Estas seqüências foram descritas como sendo parte de uma nova proteína de interação com as proteínas da família SMAD, envolvidas com transdução de sinais desencadeados por TGF-β. Esta citocina por sua vez, regula a proliferação, diferenciação e morte celular. Partimos para a avaliação da possível interação entre hEPC2 e as SMADs, em colaboração com o grupo do Dr. Aristidis Moustakas, do Ludwig Institute for Cancer Research de Uppsala, Suécia. Os resultados de co-imunoprecipitação sugeriram que as SMADs 2, 3, 4, 7 e 8 interagem com hEPC2, sendo que a interação entre as SMAD2, SMAD3, SMAD4 e hEPC2 nas células tratadas com TGF-β1, mostraram uma redução na co-imunoprecipitação. Este resultado sugere que TGF-β1 modula negativamente a interação entre essas proteínas. Da mesma maneira, foi observada uma redução na interação de hEPC2 com SMAD8 após o tratamento com BMP-7. Esse resultado é ainda mais destacado para as SMADs 2 e 3. Estes dados foram observados para ambas as construções de hEPC2, o que sugere fortemente a veracidade da interação entre estas proteínas. A localização celular de hEPC2, e também sua co-localização com SMAD2 foram investigadas através de imunofluorescência indireta e confirmaram a predição do programa PSORTII, de que hEPC2 se localiza no núcleo. No entanto, não foi possível observar a co-localização entre hEPC2 e SMAD2. É possível que hEPC2 não se ligue diretamente ao DNA, necessitando se associar como parceiro de um fator de transcrição. Esta foi uma das hipóteses para a atuação de hEPC2, como um co-fator que se associe com uma das SMADs e se ligue a um elemento específico de ligação a SMAD (SBE). Para investigar essa hipótese um ensaio de gene repórter foi feito utilizando uma construção de um repórter contendo 12 repetições da seqüência CAGA (seqüência específica de ligação das SMADs 2,3 e 4) fusionado com o gene da luciferase. No entanto, este ensaio não demonstrou que a transcrição de SMAD2 é dependente de hEPC2 e o experimento deverá ser repetido. Para confirmar a interação entre hEPC2 e as SMADs, será feito um experimento de \"pull-down\". Para tal o cDNA de hEPC2 foi clonado no vetor pET-32A de expressão indutível em bactérias. A proteína recombinante já foi produzida, tendo sido induzida e posteriormente purificada em condições desnaturantes. Apesar de dezenas de genes PcG terem sido caracterizados em Drosophila, poucos destes genes foram estudados em mamíferos. Portanto, a descrição do gene hEPC2 e seus transcritos alternativos, contribui para o conhecimento de PcG humanos, indicando a associação de maior expressão de uma de suas isoformas em linhagens celulares tumorais. Em relação à interação de hEPC2 com as SMADs, é interessante observar que nenhuma outra proteína foi descrita por possuir a particularidade de interagir com as SMADs de diferentes categorias. Talvez este seja um dado importante, que indique o papel singular de hEPC2 na sinalização de TGF-β1. / The identity of body segmentation in several organisms during development is, to a large extent, due to the action of the homeotic proteins. In particular, two groups of proteins, the Trithorax (trxG) and Polycomb (PcG), have a major role in maintenance of respectively, transcription activation and repression, when associated to the chromatin. The importance of PcGs has motivated us to pursue the isolation and characterization of two new human proteins that are orthologs of the \"Enhancer of Polycomb\" (Epc) of Drosophila. To achieve this goal we undertook the task of the cloning and mapping of complete cDNA sequence of the novel genes hEPC1 and hEPC2, analyzing its expression in fetal, adult and tumoral tissues and functionally characterizing the hEPC2 protein. In 2001, we published the mapping and cloning of the complete cDNA sequences of both genes, as being orthologs of the mouse Epc1 (10p11-22) and Epc2 (2q21-23), together with the strategy used to obtain the full-length cDNAs (Camargo et al., 2001). Both genes are shown to be highly conserved among several species. Thus, the human hEPC2 cDNA is 94% identical to the mouse Epc2 and displays 96% identity at the protein level, suggesting maintenance of its function during the evolution. However, the protein sequences of the human hEPC1 and hEPC2 display only 68% identity. Therefore, it is likely that they have undergone a functional divergence after their duplication. The expression of both genes was evaluated using \"dot-blots\" containing 76 mRNAs samples from fetal, adult and tumoral tissues and is shown to be weak and ubiquitous. \"In silico\" analysis suggested the existence of 4 hEPC2 splicing isoforms that were validated by RT-PCR and/or Northern-blots. One of the isoforms (of 2.7 Kbp) is shown to be more abundant in all of the tumoral cell lines evaluated using Northern-blot analysis, mainly in the Burkit\'s Raji lymphoma and in the promyelocytic leukemia HL-60. This isoform results from the use of an alternative polyadenylation site that reduces the 3\'UTR, abolishing 4 of 5 \"adenylates and urilates rich elements\" (AREs), involved in the degradation of labile mRNAs that codify to regulatory proteins. These results have been recently submitted to publication (manuscript attached to this thesis). Interaction between the hEPC2/SMADs and its modulation by TGF-β. During the assembly of the hEPC2 full-length cDNA sequence, we found two patented ESTs that tagged a portion of the gene. These sequences were described as partial sequences of a \"new SMAD interacting protein\", involved in signal transduction of TGF-β, a cytokine that regulates cell proliferation, differentiation and death. To evaluate this putative interaction between hEPC2 and the SMADs proteins, we begun a collaboration with the TGF-β signalling group of the Dr. Aristidis Moustakas, from the Uppsala Ludwig Institute for Cancer Research, Sweden. The results of co-imunoprecipitation assays suggested that SMADs 2, 3, 4, 7 e 8 interact with hEPC2. Moreover, the interaction among SMAD2, SMAD3, SMAD4 and hEPC2 in cells treated with TGF-β1 showed decreased co-imunoprecipitation. This result suggests that TGF-β1 negatively modulates the interaction of these proteins. Likewise, we observed a reduction in hEPC2 interaction with SMAD8 upon BMP-7 treatment. This effect was even more dramatic for SMADs 2 and 3. These data were observed for both hEPC2 plasmid constructs, which strongly suggest the veracity of these proteins interaction. The cell localization of the hEPC2 protein, as well as its co-localization with the SMAD2, were investigated through indirect immunofluorescence assay, confirming the predicted localization of hEPC2 in the cell nucleus using the PSORTII program. However, we were not able to confirm the co-localization of hEPC2 and SMAD2. It is possible that hEPC2 does not bind directly to the DNA, requiring an association with a partner such as a transcription factor. This raises the hypothesis of hEPC2 having a role as a co-factor associated to one of the SMADs and binding to a \"SMAD binding element\" (SBE). To investigate this hypothesis, gene reporter assays were undertaken using a reporter construct containing 12 CAGA sequence repetitions (specific binding sequence of the SMADs 2, 3 and 4) fused to the luciferase gene. However, this assay could not demonstrate that the transcription of the SMAD is dependent on hEPC2. This experiment must be repeated. To confirm the interaction of hEPC2 and SMADs, a pull-down assay will be performed. To this end, the coding region of hEPC2 was cloned into the pET-32A bacterial inducible expression vector. The recombinant protein was already produced, having been induced and purified under denaturing conditions. Despite the dozens of PcG genes that were described in Drosophila, only a few of these genes have been characterized in mammals. Therefore, the description of the hEPC2 and its alternative transcripts is a contribution to better knowledge of the human PcGs. Regarding the hEPC2 and SMADs interaction, it\'s it is noteworthy that this is the first protein described to interact with SMADs of distinct categories. This may be an important indication of a unique role for hEPC2 in the TGF-β1 signaling pathway.
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Caracterização dos méis monoflorais de eucalipto e laranja do Estado de São Paulo pela análise polínica e físico-química / Characterization of monofloral eucalyptus honey and orange of the State of São Paulo by pollen analysis and physicochemical

Cano, Cristiane Bonaldi 05 April 2002 (has links)
A caracterização dos méis monoflorais tomou-se uma tendência mundial. Sendo assim, este trabalho apresenta o desenvolvimento e otimização de metodologias para as análises de carboidratos por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAE), para o tipo de montagem da lâmina para a realização do espectro polínico e para a determinação do conteúdo de umidade, com o intuito de caracterizar as amostras de méis monoflorais de eucalipto e laranja de algumas regiões do Estado de São Paulo. Na análise polínica foi empregado o método modificado de Iwama e Melhem (1979) para limpeza dos grãos de pólen, e para a montagem da lâmina foi realizado um estudo de comparação entre o método de Iwama e Melhem (1979) e o método proposto (Louveaux modificado, 1978), através de um teste de duas proporções. No conteúdo de umidade foi realizada a comparação de dois métodos oficiais (AOAC e EHC) através de um planejamento fatorial e um estudo da variabilidade empregando-se um planejamento hierárquico. Para a análise do conteúdo de carboidratos realizou-se a otimização das condições de análise por CLAE, empregando-se um planejamento de misturas e uma análise de regressão linear para curvas de calibração, um teste-t para estudo da recuperação e uma análise de variância (ANOVA) para comparar os conteúdos de carboidratos das duas floradas. Na análise polínica pode se observar que o método proposto (Louveaux modificado) era o mais adequado visto que este apresentava uma maior distribuição das famílias de menor freqüência. Com os espectro polínicos (pólen dominante) das amostras de méis coletadas pode-se classificar os méis como monoflorais de eucalipto e laranja. Através da análise do espectro polínico completo pode-se observar que os méis monoflorais de laranja possuem uma diversificação maior de famílias em relação aos méis monoflorais de eucalipto, sugerindo que estes méis possuem uma maior variação de néctares e grãos de pólen na sua formação, sendo que este fato pode estar relacionado às regiões de cultivo. O planejamento fatorial 22 no conteúdo de umidade sugeriu que as amostras cristalizadas interferem na medida do índice de refração. O emprego do pré-tratamento da amostra (EHC) permitiu uma diminuição nos conteúdos de umidade das amostras cristalizadas. Quando este pré-tratamento foi usado para amostras líquidas não se observaram diferenças significativas no teor de umidade. Pode-se então sugerir que o método refratométrico da Comunidade Européia de Mel (EHC) seria os mais adequados para ser usada nas amostras líquidas e cristalizada. O estudo da variabilidade dos conteúdos de umidade realizado através de um planejamento hierárquico e análise de variância (ANOVA) indicaram que existem diferenças significativas entre as fontes florais e entre as amostras de méis. Foram escolhidas como melhores condições experimentais para a determinação dos carboidratos no mel por CLAE, o uso de coluna de aminopropil de tamanho menor (15,0cm x 4,5cm), e uma temperatura de 32°C na coluna e de 35,5°C para o detector de índice de refração e uma vazão de fluxo de 1,2 mL/min. Para a fase móvel o planejamento em misturas realizado, indicou como melhor fase móvel a mistura 50:10:40(acetonitrila; água; acetato de etila). Ao realizar as curvas de calibração dos carboidratos (glicose, frutose, sacarose, turanose e maltose) pode-se observar que estas eram lineares, com R2ajust altos e precisão aceitáveis para a quantificação dos carboidratos. Foi determinada a capacidade de detecção (0,2 - 0,4%) e capacidade de quantificação (0,7 - 1,3%) para a sacarose, turanose e maltose. O estudo de recuperação média dos carboidratos sugeriu que curvas de calibração poderiam ser utilizadas com confiança para determinar os conteúdos de carboidratos. A avaliação entre as concentrações médias dos carboidratos individuais pela ANOVA e pelo teste-t ao nível de 95% de confiança dos méis monoflorais de eucalipto e laranja, sugeriu que existem diferenças significativas nas concentrações de glicose, sacarose e turanose nas amostras de méis. Desta forma pode-se classificar os méis monoflorais de eucalipto e laranja através do espectro polínico. Conclui-se que as determinações do conteúdo de umidade e carboidratos (glicose, sacarose e turanose) podem se empregados para caracterizar a origem botânica dos méis monoflorais de eucalipto e laranja. / Considering the characterization of monofloral honeys as a worldwide tendency, this study presents the development and optimization of methodologies for carbohydrate analysis by HPLC, the kind of standardization for lamina preparations for pollen analysis and the determination of moisture content in order to characterize eucalyptus and orange monofloral honey samples from some regions in São Paulo State. The modified method of Iwama and Melhem (1979) was employed for pollen analysis pollen cleaning. For lamina preparation it a comparison study was made between the Iwana and Melhem (1979) method and the proposed method (Louveaux modified) through two proportion tests. A comparison for moisture content was made between two official methods (AOAC and EHC) through a factorial desing and a study of variability through hierarchical desings. For the carbohydrate content analysis an optimization of analysis conditions for HPLC was made using mixture desing and a linear regression analysis for calibration curves, a t-test for a recovery study and a variance analysis (ANOVA) to compare the carbohydrate contents of both floral origins. In pollen analysis one can observe that the proposed Louveaux modified method was the most adequate since it showed a bigger distribution of less frequently occcoring families. With the pollen spectrum (dominant pollen) from honey samples, the monoflorals of eucalyptus and orange, can be classified. And by complete pollen spectrum analysis one can observe that orange monofloral honeys contain more diversified families relative to eucalyptus monofloral honeys, suggesting these honeys have a bigger variation of nectars and pollen grains in their formation. This fact can be related to regions of plantation. The factorial desing 22 in moisture content suggests that the crystallized samples interfere in refractive index measurements. The (EHC) sample pre-treatment led to lower moisture contents of crystallized samples. When this pre-treatment was used for liquid samples no significant differences were observed concerning moisture content. Therefore it can be suggested that the EHC refractrometric method is more appropriate to use for liquid and crystallized samples. The study of moisture content variability through hierarchical desing and variance analysis indicates significant differences among floral sources and moisture content of honey samples. The use of a aminopropil column of smaller size (15,0 cm x 4,5 cm) and a temperature of 32 ° C in the column and 35,5 ° C for the refractive index detector and a flow rate of 1.2 ml/min were the best experimental conditions chosen to determine the carbohydrates in honey by HPLC. For the mobile phase the mixture desing indicated that the best combination was 50: 10: 40( acetonitrile, water, ethyl acetate). The calibration curves of the carbohydrates (glucose, fructose, sucrose, turanose, maltose) were linear, with high R2 and had acceptable accuracy for carbohydrate quantification. 80th the detection capacity and quantification capacities were determined the former being (0.2 - 0.4%) and the latter (0.7 - 1.3 %) for sucrose, turanose and maltose. The mean recovery study of carbohydrates suggested that the calibration curves are reliable to determine carbohydrate contents. The evaluation among the mean concentrations of individual carbohydrates by ANOVA and t-test at the 95% confidence level of eucalyptus and orange monofloral honeys suggested that there are significant differences in glucose, sucrose and turanose concentration in these honey samples. In this way eucalyptus and orange monofloral honeys can be classified by the pollen spectrum. Therefore, it was concluded that the eucalyptus and orange monofloral honeys can be classified by moisture content determination and/or carbohydrate (glucose, sucrose and turanose) determination.
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Indexação de dados em domínios métricos generalizáveis / Indexing complex data in Generic Metric Domains.

Pola, Ives Renê Venturini 10 June 2005 (has links)
Os sistemas Gerenciadores de Bases de Dados (SGBDs) foram desenvolvidos para manipular domínios de dados numéricos e/ou pequenas seqüencias de caracteres (palavras) e não foram projetados prevendo a manipulação de dados complexos, como por exemplo dados multimídia. Os operadores em domínios de dados que requisitam a relação de ordem têm pouca utilidade para manipular operações que envolvem dados complexos. Uma classe de operadores que se adequa melhor para manipular esses dados são os operadores por similaridade: consulta por abrangência (``range queries') e consulta de vizinhos mais próximos (``k-nearest neighbor queries'). Embora muitos resultados já tenham sido obtidos na elaboração de algoritmos de busca por similaridade, todos eles consideram uma única função para a medida de similaridade, que deve ser universalmente aplicável a todos os pares de elementos do conjunto de dados. Este projeto propõe explorar a possibilidade de trabalhar com estruturas de dados concebidas dentro dos conceitos de dados em domínios métricos, mas que admitam o uso de uma função de distância adaptável, ou seja, que mude para determinados grupos de objetos, dependendo de algumas características universais, e assim permitindo acomodar características que sejam particulares a algumas classes de imagens e não de todo o conjunto delas, classificando as imagens em uma hierarquia de tipos, onde cada tipo está associado a uma função de distância diferente e vetores de características diferentes, todos indexados numa mesma árvore. / The DBMS were developed to manipulate data in numeric domains and short strings, not considering the manipulation of complex data, like multimidia data. The operators em data domain which requests for the total order property have no use to handle complex data. An operator class that fit well to handle this type of data are the similarity operators: range query and nearest neighbor query. Although many results have been shown in research to answer similarity queries, all use only one distance function to measure the similarity, which must be applicable to all pairs of elements of the set. The goal of this work is to explore the possibility of deal with complex data in metric domains, that uses a suitable distance function, that changes its behavior for certain groups of data, depending of some universal features, allowing them to use specific features of some classes of data, not shared for the entire set. This flexibility will allow to reduce the set of useful features of each element in the set individually, relying in the values obtainded for one or few features extracted in first place. This values will guide the others important features to extract from data.
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Desempenho da ultrassonografia e da punção aspirativa por agulha fina axilar em pacientes com carcinomas invasivos da mama: correlação com aspectos do linfonodo e características tumorais / Performance of ultrasound and axillary FNA in patients with invasive breast carcinomas: correlation with lymph node and tumor characteristics

Teixeira, Patricia Akissue de Camargo 08 August 2017 (has links)
INTRODUÇÃO: O status linfonodal da axila ainda permanece como importante fator prognóstico em pacientes com câncer de mama invasivo. Muitos estudos já relataram a importância da ultrassonografia axilar e da punção aspirativa por agulha fina (PAAF) na avaliação pré-operatória das pacientes com câncer de mama. Nossos objetivos foram avaliar as características ultrassonográficas dos linfonodos axilares relacionadas à metástase linfonodal e o papel da PAAF na avaliação pré-operatória de pacientes com câncer de mama. Nosso objetivo secundário foi avaliar se, dependendo das características dos tumores, linfonodos sem alterações na ultrassonografia poderiam ter comprometimento metastático. MÉTODOS: Este estudo foi realizado no Instituto de Radiologia e no Instituto do Câncer do HCFMUSP. Foram incluídas 182 pacientes com câncer de mama invasivo recém-diagnosticado, sendo que, destas, apenas 145 realizaram cirurgia - 74 prosseguiram direto para cirurgia e 71 realizaram tratamento neoadjuvante e após cirurgia. Foi realizada avaliação ultrassonográfica da axila ipsilateral ao tumor e punção aspirativa por agulha fina de um linfonodo selecionado pelo radiologista. Os dados ultrassonográficos dos linfonodos e os achados citológicos da PAAF foram correlacionados com os resultados anatomopatológicos da biópsia do linfonodo sentinela ou do esvaziamento axilar. RESULTADOS: Nas 74 pacientes (75 axilas) que não realizaram tratamento neoadjuvante, as características ultrassonográficas do linfonodo associadas à metástase na análise univariada foram espessamento cortical difuso e a obliteração parcial ou completa do hilo gorduroso. A sensibilidade, especificidade, acurácia, valor preditivo positivo (VPP) e valor preditivo negativo (VPN) da ultrassonografia foram, respectivamente, 72,7%, 57,1%, 64,0%, 57,1% e 72,7% (p=0,009), e da PAAF: 36,4%, 97,6%, 70,7%, 92,3% e 66,1% (p < 0,001). Incluindo apenas linfonodos alterados na ultrassonografia, obtivemos, respectivamente, sensibilidade, especificidade, acurácia, VPP e VPN de 50%, 94%, 69%, 92% 59% (p=0,001). Nenhuma PAAF de linfonodo classificado como normal na ultrassonografia teve resultado positivo. Obtivemos, nas análises das curvas ROC, um valor de corte da espessura da cortical de 2,65 mm (p < 0,001) e do tamanho do tumor pré-cirúrgico de 2,45 cm (p=0,042). Na análise multivariada, as seguintes características foram associadas à metástase linfonodal: espessura da cortical (p = 0,005), tamanho do tumor pré-cirúrgico (p = 0,030), status pré-menopausa (p = 0,017), tipo histológico não especial (p = 0,034) e localização do tumor no quadrante superolateral (p = 0,011). Construiu-se um modelo de predição de risco de metástase axilar usando estas características. Nas 71 pacientes que realizaram tratamento adjuvante, a única característica do linfonodo associada à metástase linfonodal foi a forma redonda ou irregular. Os demais resultados deste grupo não podem ser generalizados, pois não é possível separar o efeito do tratamento nesta população. CONCLUSÕES: Linfonodos axilares com espessamento cortical difuso e com obliteração parcial ou completa do hilo gorduroso estão associados à malignidade. A PAAF apresentou-se mais útil nos linfonodos alterados, com sensibilidade de 50%. Pacientes com PAAF positivas devem ser encaminhadas para esvaziamento axilar ou quimioterapia neoadjuvante. Não há benefício da realização da PAAF em linfonodos sem alterações na ultrassonografia / BACKGROUND: The lymph node status of the axilla remains an important prognostic factor in patients with invasive breast cancer. Many studies have already reported the importance of axillary ultrasonography and fine needle aspiration (FNA) in the preoperative evaluation of patients with breast cancer. Our objectives were to evaluate the ultrasound characteristics of axillary lymph nodes related to lymph node metastasis and the role of FNA in the preoperative evaluation of patients with breast cancer. Our secondary objective was to assess whether, depending on the tumor characteristics, lymph nodes that showed no change on ultrasonography could have metastatic involvement. METHODS: This study was conducted at the Institute of Radiology and the Institute of Cancer of HCFMUSP. A total of 182 patients with newly diagnosed invasive breast cancer were included, of whom only 145 had undergone surgery - 74 went straight to surgery and 71 underwent neoadjuvant treatment and after surgery. Ultrasound evaluation of the axilla ipsilateral to the tumor and fine needle aspiration of a lymph node selected by the radiologist were performed. The ultrasound data of the lymph nodes and the cytological findings of FNA were correlated with pathology results from sentinel lymph node biopsy or surgical dissection. RESULTS: In the 74 patients (75 axillae) who did not undergo neoadjuvant treatment, the ultrasound characteristics of the lymph nodes associated with metastasis in the univariate analysis were diffuse cortical thickening and partial or complete fatty hilum obliteration. The sensitivity, specificity, accuracy, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of ultrasound were respectively 72.7%, 57.1%, 64.0%, 57.1% and 72.7% (p = 0.009) and of the FNA 36.4%, 97.6%, 70.7%, 92.3% and 66.1% (p <0.001). Including only atypical lymph nodes on ultrasonography, we obtained respectively sensitivity, specificity, accuracy, PPV and NPV of 50%, 94%, 69% 92% and 59% (p = 0.001). No FNA of lymph node classified as normal on ultrasonography had a positive result. With ROC curves analysis we obtained a cut-off value of cortical thickness of 2.65 mm (p <0.001) and pre-surgical tumor size of 2.45 cm (p = 0.042). In the multivariate analysis, the following characteristics were associated with lymph node metastasis: cortical thickness (p = 0.005), preoperative tumor size (p = 0.030), premenopausal status (p = 0.017), non-special histological type and tumor location in the upper outer quadrant (p = 0.011). A predictive model of axillary metastasis risk was constructed using these characteristics. In the 71 patients who underwent adjuvant treatment the only feature of the lymph node associated with lymph node metastasis was the round or irregular shape. The other results of this group cannot be generalized since it is not possible to separate the treatment effect in this population. CONCLUSIONS: Axillary lymph nodes with diffuse cortical thickening and with partial or complete fatty hilum obliteration are associated with malignancy. FNA was more useful in atypical lymph nodes, with a sensitivity of 50%. Patients with positive FNA should be referred for axillary surgical dissection or neoadjuvant chemotherapy. There is no benefit of performing FNA in lymph nodes without changes in ultrasound
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Extração de características de imagens de faces humanas através de wavelets, PCA e IMPCA / Features extraction of human faces images through wavelets, PCA and IMPCA

Bianchi, Marcelo Franceschi de 10 April 2006 (has links)
Reconhecimento de padrões em imagens é uma área de grande interesse no mundo científico. Os chamados métodos de extração de características, possuem as habilidades de extrair características das imagens e também de reduzir a dimensionalidade dos dados gerando assim o chamado vetor de características. Considerando uma imagem de consulta, o foco de um sistema de reconhecimento de imagens de faces humanas é pesquisar em um banco de imagens, a imagem mais similar à imagem de consulta, de acordo com um critério dado. Este trabalho de pesquisa foi direcionado para a geração de vetores de características para um sistema de reconhecimento de imagens, considerando bancos de imagens de faces humanas, para propiciar tal tipo de consulta. Um vetor de características é uma representação numérica de uma imagem ou parte dela, descrevendo seus detalhes mais representativos. O vetor de características é um vetor n-dimensional contendo esses valores. Essa nova representação da imagem propicia vantagens ao processo de reconhecimento de imagens, pela redução da dimensionalidade dos dados. Uma abordagem alternativa para caracterizar imagens para um sistema de reconhecimento de imagens de faces humanas é a transformação do domínio. A principal vantagem de uma transformação é a sua efetiva caracterização das propriedades locais da imagem. As wavelets diferenciam-se das tradicionais técnicas de Fourier pela forma de localizar a informação no plano tempo-freqüência; basicamente, têm a capacidade de mudar de uma resolução para outra, o que as fazem especialmente adequadas para análise, representando o sinal em diferentes bandas de freqüências, cada uma com resoluções distintas correspondentes a cada escala. As wavelets foram aplicadas com sucesso na compressão, melhoria, análise, classificação, caracterização e recuperação de imagens. Uma das áreas beneficiadas onde essas propriedades tem encontrado grande relevância é a área de visão computacional, através da representação e descrição de imagens. Este trabalho descreve uma abordagem para o reconhecimento de imagens de faces humanas com a extração de características baseado na decomposição multiresolução de wavelets utilizando os filtros de Haar, Daubechies, Biorthogonal, Reverse Biorthogonal, Symlet, e Coiflet. Foram testadas em conjunto as técnicas PCA (Principal Component Analysis) e IMPCA (Image Principal Component Analysis), sendo que os melhores resultados foram obtidos utilizando a wavelet Biorthogonal com a técnica IMPCA / Image pattern recognition is an interesting area in the scientific world. The features extraction method refers to the ability to extract features from images, reduce the dimensionality and generates the features vector. Given a query image, the goal of a features extraction system is to search the database and return the most similar to the query image according to a given criteria. Our research addresses the generation of features vectors of a recognition image system for human faces databases. A feature vector is a numeric representation of an image or part of it over its representative aspects. The feature vector is a n-dimensional vector organizing such values. This new image representation can be stored into a database and allow a fast image retrieval. An alternative for image characterization for a human face recognition system is the domain transform. The principal advantage of a transform is its effective characterization for their local image properties. In the past few years researches in applied mathematics and signal processing have developed practical wavelet methods for the multi scale representation and analysis of signals. These new tools differ from the traditional Fourier techniques by the way in which they localize the information in the time-frequency plane; in particular, they are capable of trading on type of resolution for the other, which makes them especially suitable for the analysis of non-stationary signals. The wavelet transform is a set basis function that represents signals in different frequency bands, each one with a resolution matching its scale. They have been successfully applied to image compression, enhancement, analysis, classification, characterization and retrieval. One privileged area of application where these properties have been found to be relevant is computer vision, especially human faces imaging. In this work we describe an approach to image recognition for human face databases focused on feature extraction based on multiresolution wavelets decomposition, taking advantage of Biorthogonal, Reverse Biorthogonal, Symlet, Coiflet, Daubechies and Haar. They were tried in joint the techniques together the PCA (Principal Component Analysis) and IMPCA (Image Principal Component Analysis)
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Evolução quaternária superior e formação de gás raso em ambiente estuarino tropical: o caso do Canal de Bertioga, São Paulo. / Late Quaternary Evolution and Shallow Gas Formation in a Tropical Estuarine Environment: The Case of the Bertioga Channel, São Paulo.

Felix, Cesar Alexandre 17 September 2012 (has links)
Estudos de acumulações de gás raso e os efeitos destes fenômenos nas ondas sísmicas são objeto de trabalho de diversos pesquisadores em diferentes partes do planeta. As respostas das acumulações de gás nas ondas sísmicas se diferenciam pelas diversas frequências dos equipamentos sísmicos e trazem informações importantes no que concerne à formação e evolução dos ambientes em questão. O Canal da Bertioga se situa no litoral Sul do Estado de São Paulo, Brasil, e consiste em um ambiente de características estuarinas que conecta a plataforma continental, em sua desembocadura oceânica, e a Baixada Santista em sua desembocadura continental. Trata-se de um sistema de baixa hidrodinâmica, com profundidades máximas de 18m, e sofre influência de seus afluentes oriundos da serra do mar. Na presente pesquisa, foram utilizadas as fontes Pinger (24 kHz), Chirp (2 - 8 kHz) e Boomer (0,5 - 2 kHz) operando simultaneamente para o levantamento de dados geofísicos e amostragens superficiais com um amostrador de mandíbulas do tipo Van Veen. Foram também obtidos cinco testemunhos sedimentares, dos quais foram obtidos dados de taxa de sedimentação. O levantamento sísmico permitiu a identificação de diversas fácies acústicas de gás nos sedimentos assim como padrões de escape. Em função da identificação dos padrões de ocorrência destas formações de gás se pôde dividir o Canal da Bertioga em três setores: Estreito, Largo do Candinho e Canal Leste. No trecho denominado de Estreito as Coberturas acústicas foram predominantes com pouca variação de cota (± 3 m), os escapes de gás foram menos ocorrentes se comparados às outras áreas e se deu especialmente em forma de Pináculos de Turbidez. No Largo do Candinho predominaram as Sombras Negras e Coberturas Acústicas muito rasas, em torno de 1 a 2 m do substrato, com grande ocorrência de escape de gás do tipo Plumas Acústicas. Por fim, O Canal Leste apresentou as maiores variações nas cotas das Coberturas Acústicas, com ocorrências mais profundas (8 m em média) e escapes de gás em forma de Plumas Intrassedimentares. Foram definidas unidades estratigráficas deposicionais que contribuíram para a proposição de uma compartimentação do canal, em função dos padrões de ocorrência de gás. A fonte boomer permitiu identificar quatro unidades estratigráficas No Canal Leste, duas no Largo do Candinho e apenas uma no Estreito, neste último trecho a penetração do sinal foi especialmente comprometida em função da constante ocorrência das Coberturas Acústicas. Diante destas evidências pôde-se concluir que o Canal da Bertioga evoluiu como dois sistemas distintos, os quais foram separados durante as regressões marinhas e conectados novamente em trato de mar alto. A mudança brusca das cotas de ocorrência das Coberturas Acústicas entre o Canal Leste e o Largo do Candinho, além de evidências de falhamentos neotectônicos do Pleistoceno tardio sugerem que a conexão destes ambientes (Estreito + Largo do Candinho e Canal Leste) pode ter sido abrupta. / Studies of shallow gas accumulations and the effects of these components in the seismic waves are studied by several researchers in different parts of the world. The responses of the gas accumulations in the seismic waves are distinguished by different frequencies of seismic equipment and provide important information regarding the formation and evolution of the environments. The Channel of Bertioga is located on the southern coast of São Paulo, Brazil, and it\'s an environment with estuarine characteristics that connects the Sea of Bertioga to its oceanic mouth, and the city of Santos to it\'s continental mouth. This is a low hydrodynamic system with maximum depths of 18m, and is influenced by its tributaries from the Serra do Mar mountains. The present study was conducted with the sources Pinger (24kHz), Chirp (2 - 8 kHz) and Boomer (0.5 - 2 kHz) operating simultaneously for the geophysical survey data, surficial sediment sampling was made with a Van Veen grab. Five cores were also acquired, of which the sedimentation rate was obtained. The seismic survey allowed the identification of several buried gas facies and seepages. Regarding the patterns in the occurrence of gas formations the Bertioga Channel could be split into three sectors: The Narrow Sector, Candinho and Eastern Sector. In the Narrow part, the Acoustic Blankings were predominant with little variation in elevation (± 3 m), seepages occurred less compared to other areas and were mostly consisting of Turbidity Pinnacles. In the Candinho sector, Black Shadows and Acoustic Blankets about 1 to 2m of the substrate prevailed, with high occurrence of seepages in the form of Acoustic Plumes. Finally, the Eastern Sector had the highest changes in the levels of Acoustic Blankets, with the deepest occurrences (8m on average) and seepages in the form of Intrasedimentary Plumes. Some stratigraphic units were defined, which contributed to the previous division by the gas occurrences. The Booomer source allowed the identification of four Stratigraphic Units inthe Eastern Channel, two in the Candinho sector and only one Stratigraphic Unit in the Narrow Sector. In the last sector signal penetration was particularly compromised due to the constant occurrence of Acoustic Blankets. Given this evidence, it was concluded that the Bertioga Channel evolved as two distinct systems, which were separated during the marine regressions and re-connected during marine transgressions. The sudden change in the depths of occurrence in Acoustic Blankets between the Eastern Channel and Candinho, and evidence of neotectonic faulting in the Late Pleistocene suggest that the connection of these environments (Narrow Sector + Candinho and Canal East) may have been abrupt.
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Modélisation de comportements de conducteurs réalistes pour l'estimation de l'efficacité énergétique durant le développement des véhicules poids-lourds / Realistic driver behavior modeling for energy efficiency estimation during heavy-trucks vehicles development

Agostino, Claire d' 27 November 2014 (has links)
Dans un contexte où la consommation de carburant est un poste de coût de plus en plus important, la consommation et la vitesse moyenne d'un poids-lourds est l'une des caractéristiques clés estimées durant le développement des nouveaux véhicules. Ainsi, nous désirons créer différents modèles de conducteurs en termes de consommation et de vitesse moyenne, c'est à dire en termes de conduite rationnelle. Nous proposons une méthode en deux étapes: premièrement la reconnaissance des évènements de conduite grâce à des attributs de conduite. Puis la quantification de trois types de conduite différents sur ces évènements. Suite à ces deux étapes, nous pouvons implémenter nos résultats dans un outil qui crée différents modèles de conducteurs pour la simulation et le banc à rouleaux. Les écarts entre conducteurs se mesurent en termes de consommation de carburant et de vitesse moyenne. Le taux de classification des évènements s'étend de 74% à 91% selon le type d'évènements. Ces résultats sont dus à la nature même des données et aux similarités entre les classes, mais nous estimons que ces taux sont suffisants pour notre application. Nous obtenons également des corrélations prometteuses entre les attributs de conduite sélectionnés et l'indicateur de conduite rationnelle. Nous avons notamment porté notre étude sur les évènements classiques: les ronds-points, les péages et les arrêts. Les résultats de l'outil que nous avons développé sont pertinents. Nous pouvons désormais simuler différents types de chauffeurs. Sur nos essais en simulation, l'adaptation de seulement 10% des évènements d'un cycle découle sur un gain en consommation de 1.5% et une vitesse moyenne 3% plus élevée pour un conducteur efficace. Ces résultats sont encourageants, surtout que le travail à venir visera à augmenter la diversité des évènements couverts. / Realistic driver behavior modeling for energy efficiency estimation during heavy-trucks vehicles development Abstract: In the context where fuel consumption is a growing cost center, fuel consumption of a truck coupled with its average speed is one of the key vehicle characteristics that needs to be optimized and accurately estimated during the truck design process. Consequently, we aim to create different driver behavior models for testing trucks regarding fuel consumption and average speed issues, i.e., rational driving. We propose a two-step method to model more accurately driving behavior: first, the identification of driving events through driving features. Second, the quantification of three different driving behaviors on the recognized driving events. Then we implement our results in a tool that creates these different driving behaviors. The output of this tool is a cycle adapted to a driver type in terms of fuel consumption and average speed, and that can be used in simulation and on chassis-dynamometer. The classification of driving events reaches classification rates between 74% and 91% depending on the events. We believe that they are sufficient for our application due to the raw nature of driving events and the similarities between the different classes. We also obtain promising results concerning the correlation between driving features and rational driving index. We focus especially on typical events, namely roundabout on extra-urban roads, toll on highways and stop on urban roads. The results of the developed tool prove to be efficient since we can now simulate different driving behaviors. On our test run in simulation, adapting only 10% of the events of a cycle produces fuel savings of 1.5% and an average speed which is 3% faster for an efficient driver than a non-efficient driver. These results are promising and we need to implement other events in the future.
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Evolução quaternária superior e formação de gás raso em ambiente estuarino tropical: o caso do Canal de Bertioga, São Paulo. / Late Quaternary Evolution and Shallow Gas Formation in a Tropical Estuarine Environment: The Case of the Bertioga Channel, São Paulo.

Cesar Alexandre Felix 17 September 2012 (has links)
Estudos de acumulações de gás raso e os efeitos destes fenômenos nas ondas sísmicas são objeto de trabalho de diversos pesquisadores em diferentes partes do planeta. As respostas das acumulações de gás nas ondas sísmicas se diferenciam pelas diversas frequências dos equipamentos sísmicos e trazem informações importantes no que concerne à formação e evolução dos ambientes em questão. O Canal da Bertioga se situa no litoral Sul do Estado de São Paulo, Brasil, e consiste em um ambiente de características estuarinas que conecta a plataforma continental, em sua desembocadura oceânica, e a Baixada Santista em sua desembocadura continental. Trata-se de um sistema de baixa hidrodinâmica, com profundidades máximas de 18m, e sofre influência de seus afluentes oriundos da serra do mar. Na presente pesquisa, foram utilizadas as fontes Pinger (24 kHz), Chirp (2 - 8 kHz) e Boomer (0,5 - 2 kHz) operando simultaneamente para o levantamento de dados geofísicos e amostragens superficiais com um amostrador de mandíbulas do tipo Van Veen. Foram também obtidos cinco testemunhos sedimentares, dos quais foram obtidos dados de taxa de sedimentação. O levantamento sísmico permitiu a identificação de diversas fácies acústicas de gás nos sedimentos assim como padrões de escape. Em função da identificação dos padrões de ocorrência destas formações de gás se pôde dividir o Canal da Bertioga em três setores: Estreito, Largo do Candinho e Canal Leste. No trecho denominado de Estreito as Coberturas acústicas foram predominantes com pouca variação de cota (± 3 m), os escapes de gás foram menos ocorrentes se comparados às outras áreas e se deu especialmente em forma de Pináculos de Turbidez. No Largo do Candinho predominaram as Sombras Negras e Coberturas Acústicas muito rasas, em torno de 1 a 2 m do substrato, com grande ocorrência de escape de gás do tipo Plumas Acústicas. Por fim, O Canal Leste apresentou as maiores variações nas cotas das Coberturas Acústicas, com ocorrências mais profundas (8 m em média) e escapes de gás em forma de Plumas Intrassedimentares. Foram definidas unidades estratigráficas deposicionais que contribuíram para a proposição de uma compartimentação do canal, em função dos padrões de ocorrência de gás. A fonte boomer permitiu identificar quatro unidades estratigráficas No Canal Leste, duas no Largo do Candinho e apenas uma no Estreito, neste último trecho a penetração do sinal foi especialmente comprometida em função da constante ocorrência das Coberturas Acústicas. Diante destas evidências pôde-se concluir que o Canal da Bertioga evoluiu como dois sistemas distintos, os quais foram separados durante as regressões marinhas e conectados novamente em trato de mar alto. A mudança brusca das cotas de ocorrência das Coberturas Acústicas entre o Canal Leste e o Largo do Candinho, além de evidências de falhamentos neotectônicos do Pleistoceno tardio sugerem que a conexão destes ambientes (Estreito + Largo do Candinho e Canal Leste) pode ter sido abrupta. / Studies of shallow gas accumulations and the effects of these components in the seismic waves are studied by several researchers in different parts of the world. The responses of the gas accumulations in the seismic waves are distinguished by different frequencies of seismic equipment and provide important information regarding the formation and evolution of the environments. The Channel of Bertioga is located on the southern coast of São Paulo, Brazil, and it\'s an environment with estuarine characteristics that connects the Sea of Bertioga to its oceanic mouth, and the city of Santos to it\'s continental mouth. This is a low hydrodynamic system with maximum depths of 18m, and is influenced by its tributaries from the Serra do Mar mountains. The present study was conducted with the sources Pinger (24kHz), Chirp (2 - 8 kHz) and Boomer (0.5 - 2 kHz) operating simultaneously for the geophysical survey data, surficial sediment sampling was made with a Van Veen grab. Five cores were also acquired, of which the sedimentation rate was obtained. The seismic survey allowed the identification of several buried gas facies and seepages. Regarding the patterns in the occurrence of gas formations the Bertioga Channel could be split into three sectors: The Narrow Sector, Candinho and Eastern Sector. In the Narrow part, the Acoustic Blankings were predominant with little variation in elevation (± 3 m), seepages occurred less compared to other areas and were mostly consisting of Turbidity Pinnacles. In the Candinho sector, Black Shadows and Acoustic Blankets about 1 to 2m of the substrate prevailed, with high occurrence of seepages in the form of Acoustic Plumes. Finally, the Eastern Sector had the highest changes in the levels of Acoustic Blankets, with the deepest occurrences (8m on average) and seepages in the form of Intrasedimentary Plumes. Some stratigraphic units were defined, which contributed to the previous division by the gas occurrences. The Booomer source allowed the identification of four Stratigraphic Units inthe Eastern Channel, two in the Candinho sector and only one Stratigraphic Unit in the Narrow Sector. In the last sector signal penetration was particularly compromised due to the constant occurrence of Acoustic Blankets. Given this evidence, it was concluded that the Bertioga Channel evolved as two distinct systems, which were separated during the marine regressions and re-connected during marine transgressions. The sudden change in the depths of occurrence in Acoustic Blankets between the Eastern Channel and Candinho, and evidence of neotectonic faulting in the Late Pleistocene suggest that the connection of these environments (Narrow Sector + Candinho and Canal East) may have been abrupt.
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Caracterização dos méis monoflorais de eucalipto e laranja do Estado de São Paulo pela análise polínica e físico-química / Characterization of monofloral eucalyptus honey and orange of the State of São Paulo by pollen analysis and physicochemical

Cristiane Bonaldi Cano 05 April 2002 (has links)
A caracterização dos méis monoflorais tomou-se uma tendência mundial. Sendo assim, este trabalho apresenta o desenvolvimento e otimização de metodologias para as análises de carboidratos por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (CLAE), para o tipo de montagem da lâmina para a realização do espectro polínico e para a determinação do conteúdo de umidade, com o intuito de caracterizar as amostras de méis monoflorais de eucalipto e laranja de algumas regiões do Estado de São Paulo. Na análise polínica foi empregado o método modificado de Iwama e Melhem (1979) para limpeza dos grãos de pólen, e para a montagem da lâmina foi realizado um estudo de comparação entre o método de Iwama e Melhem (1979) e o método proposto (Louveaux modificado, 1978), através de um teste de duas proporções. No conteúdo de umidade foi realizada a comparação de dois métodos oficiais (AOAC e EHC) através de um planejamento fatorial e um estudo da variabilidade empregando-se um planejamento hierárquico. Para a análise do conteúdo de carboidratos realizou-se a otimização das condições de análise por CLAE, empregando-se um planejamento de misturas e uma análise de regressão linear para curvas de calibração, um teste-t para estudo da recuperação e uma análise de variância (ANOVA) para comparar os conteúdos de carboidratos das duas floradas. Na análise polínica pode se observar que o método proposto (Louveaux modificado) era o mais adequado visto que este apresentava uma maior distribuição das famílias de menor freqüência. Com os espectro polínicos (pólen dominante) das amostras de méis coletadas pode-se classificar os méis como monoflorais de eucalipto e laranja. Através da análise do espectro polínico completo pode-se observar que os méis monoflorais de laranja possuem uma diversificação maior de famílias em relação aos méis monoflorais de eucalipto, sugerindo que estes méis possuem uma maior variação de néctares e grãos de pólen na sua formação, sendo que este fato pode estar relacionado às regiões de cultivo. O planejamento fatorial 22 no conteúdo de umidade sugeriu que as amostras cristalizadas interferem na medida do índice de refração. O emprego do pré-tratamento da amostra (EHC) permitiu uma diminuição nos conteúdos de umidade das amostras cristalizadas. Quando este pré-tratamento foi usado para amostras líquidas não se observaram diferenças significativas no teor de umidade. Pode-se então sugerir que o método refratométrico da Comunidade Européia de Mel (EHC) seria os mais adequados para ser usada nas amostras líquidas e cristalizada. O estudo da variabilidade dos conteúdos de umidade realizado através de um planejamento hierárquico e análise de variância (ANOVA) indicaram que existem diferenças significativas entre as fontes florais e entre as amostras de méis. Foram escolhidas como melhores condições experimentais para a determinação dos carboidratos no mel por CLAE, o uso de coluna de aminopropil de tamanho menor (15,0cm x 4,5cm), e uma temperatura de 32&#176;C na coluna e de 35,5&#176;C para o detector de índice de refração e uma vazão de fluxo de 1,2 mL/min. Para a fase móvel o planejamento em misturas realizado, indicou como melhor fase móvel a mistura 50:10:40(acetonitrila; água; acetato de etila). Ao realizar as curvas de calibração dos carboidratos (glicose, frutose, sacarose, turanose e maltose) pode-se observar que estas eram lineares, com R2ajust altos e precisão aceitáveis para a quantificação dos carboidratos. Foi determinada a capacidade de detecção (0,2 - 0,4%) e capacidade de quantificação (0,7 - 1,3%) para a sacarose, turanose e maltose. O estudo de recuperação média dos carboidratos sugeriu que curvas de calibração poderiam ser utilizadas com confiança para determinar os conteúdos de carboidratos. A avaliação entre as concentrações médias dos carboidratos individuais pela ANOVA e pelo teste-t ao nível de 95% de confiança dos méis monoflorais de eucalipto e laranja, sugeriu que existem diferenças significativas nas concentrações de glicose, sacarose e turanose nas amostras de méis. Desta forma pode-se classificar os méis monoflorais de eucalipto e laranja através do espectro polínico. Conclui-se que as determinações do conteúdo de umidade e carboidratos (glicose, sacarose e turanose) podem se empregados para caracterizar a origem botânica dos méis monoflorais de eucalipto e laranja. / Considering the characterization of monofloral honeys as a worldwide tendency, this study presents the development and optimization of methodologies for carbohydrate analysis by HPLC, the kind of standardization for lamina preparations for pollen analysis and the determination of moisture content in order to characterize eucalyptus and orange monofloral honey samples from some regions in São Paulo State. The modified method of Iwama and Melhem (1979) was employed for pollen analysis pollen cleaning. For lamina preparation it a comparison study was made between the Iwana and Melhem (1979) method and the proposed method (Louveaux modified) through two proportion tests. A comparison for moisture content was made between two official methods (AOAC and EHC) through a factorial desing and a study of variability through hierarchical desings. For the carbohydrate content analysis an optimization of analysis conditions for HPLC was made using mixture desing and a linear regression analysis for calibration curves, a t-test for a recovery study and a variance analysis (ANOVA) to compare the carbohydrate contents of both floral origins. In pollen analysis one can observe that the proposed Louveaux modified method was the most adequate since it showed a bigger distribution of less frequently occcoring families. With the pollen spectrum (dominant pollen) from honey samples, the monoflorals of eucalyptus and orange, can be classified. And by complete pollen spectrum analysis one can observe that orange monofloral honeys contain more diversified families relative to eucalyptus monofloral honeys, suggesting these honeys have a bigger variation of nectars and pollen grains in their formation. This fact can be related to regions of plantation. The factorial desing 22 in moisture content suggests that the crystallized samples interfere in refractive index measurements. The (EHC) sample pre-treatment led to lower moisture contents of crystallized samples. When this pre-treatment was used for liquid samples no significant differences were observed concerning moisture content. Therefore it can be suggested that the EHC refractrometric method is more appropriate to use for liquid and crystallized samples. The study of moisture content variability through hierarchical desing and variance analysis indicates significant differences among floral sources and moisture content of honey samples. The use of a aminopropil column of smaller size (15,0 cm x 4,5 cm) and a temperature of 32 &#176; C in the column and 35,5 &#176; C for the refractive index detector and a flow rate of 1.2 ml/min were the best experimental conditions chosen to determine the carbohydrates in honey by HPLC. For the mobile phase the mixture desing indicated that the best combination was 50: 10: 40( acetonitrile, water, ethyl acetate). The calibration curves of the carbohydrates (glucose, fructose, sucrose, turanose, maltose) were linear, with high R2 and had acceptable accuracy for carbohydrate quantification. 80th the detection capacity and quantification capacities were determined the former being (0.2 - 0.4%) and the latter (0.7 - 1.3 %) for sucrose, turanose and maltose. The mean recovery study of carbohydrates suggested that the calibration curves are reliable to determine carbohydrate contents. The evaluation among the mean concentrations of individual carbohydrates by ANOVA and t-test at the 95% confidence level of eucalyptus and orange monofloral honeys suggested that there are significant differences in glucose, sucrose and turanose concentration in these honey samples. In this way eucalyptus and orange monofloral honeys can be classified by the pollen spectrum. Therefore, it was concluded that the eucalyptus and orange monofloral honeys can be classified by moisture content determination and/or carbohydrate (glucose, sucrose and turanose) determination.
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Dekompozicija neuralne aktivnosti: model za empirijsku karakterizaciju inter-spajk intervala / Decomposition of neural activity: model for empirical characterization of inter-spike intervals

Mijatović Gorana 09 October 2018 (has links)
<p>Disertacija se se bavi analizom mogućnosti brze, efikasne<br />i pouzdane klasterizacije masivnog skupa neuralnih<br />snimaka na osnovu probabilističkih parametara procenjenih<br />iz obrazaca generisanja akcionih potencijala, tzv.<br />&quot;spajkova&quot;, na izlazu pojedinih neurona. Neuralna<br />aktivnost se grubo može podeliti na periode intezivne,<br />umerene i niske aktivnosti. Shodno tome, predložena je<br />gruba dekompozicija neuralne aktivnosti na tri moda koja<br />odgovaraju navedenim obrascima neuralne aktivnosti, na<br />osnovu dobro poznatog Gilbert-Eliot modela. Modovi su<br />dodatno ra&scaron;članjeni na sopstvena stanja na osnovu osobina sukcesivnih spajkova, omogućujući finiji, kompozitni<br />opis neuralne aktivnosti. Za svaki neuron empirijski se<br />procenjuju probabilistički parametri grube dekompozicije<br />- na osnovu Gilbert-Eliotovog modela i finije dekompozicije<br />- na osnovu sopstvenih stanja modova, obezbeđujući<br />željeni skup deskriptora. Dobijeni deskriptori<br />koriste se kao obeležja nekoliko algoritama klasterizacije<br />nad simuliranim i eksperimentalnim podacima. Za generisanje<br />simuliranih podataka primenjen je jednostavan<br />model za generisanje akcionih potencijala različitih<br />oscilatornih pona&scaron;anja pobuđujućih i blokirajućih kortikalnih<br />neurona. Validacija primene probabilističkih parametara<br />za klasterizaciju rada neurona izvr&scaron;ena je na<br />osnovu estimacije parametera nad generisanim neuralnim<br />odzivima. Eksperimentalni podaci su dobijeni<br />snimanjem kortikografskih signala iz dorzalnog anteriornog<br />cingularanog korteksa i lateralnog prefrontalnog<br />korteksa korteksa budnih rezus majmuna. U okviru predloženog<br />protokola evaluacije različitih pristupa<br />klasterizacije testirano je nekoliko metoda. Klasterizacija<br />zasnovana na akumulaciji dokaza iz ansambla particija<br />dobijenih k-means klasterovanjem dala je najstabilnije<br />grupisanje neuralnih jedinica uz brzu i efikasnu implementaciju.<br />Predložena empirijska karakterizacija može da<br />posluži za identifikaciju korelacije sa spolja&scaron;njim stimulusima,<br />akcijama i pona&scaron;anjem životinja u okviru<br />eksperimentalne procedure. Prednosti ovog postupka za<br />opis neuralne aktivnosti su brza estimacija i mali skup<br />deskriptora. Računarska efikasnost omogućuje primenu<br />nad obimnim, paralelno snimanim neuralnim podacima u<br />toku snimanja ili u periodima od interesa za identifikaciju<br />aktiviranih i povezanih zona pri određenim aktivnostima.</p> / <p>The advances in extracellular neural recording techniques<br />result in big data volumes that necessitate fast,<br />reliable, and automatic identification of statistically<br />similar units. This study proposes a single framework<br />yielding a compact set of probabilistic descriptors that<br />characterise the firing patterns of a single unit. Probabilistic<br />features are estimated from an inter-spikeinterval<br />time series, without assumptions about the firing distribution or the stationarity. The first level of proposed<br />firing patterns decomposition divides the inter-spike<br />intervals into bursting, moderate and idle firing modes,<br />yielding a coarse feature set. The second level identifies<br />the successive bursting spikes, or the spiking acceleration/<br />deceleration in the moderate firing mode, yielding<br />a refined feature set. The features are estimated from<br />simulated data and from experimental recordings from<br />the lateral prefrontal cortex in awake, behaving rhesus<br />monkeys. An effcient and stable partitioning of neural<br />units is provided by the ensemble evidence accumulation<br />clustering. The possibility of selecting the number of<br />clusters and choosing among coarse and refined feature<br />sets provides an opportunity to explore and compare<br />different data partitions. The estimation of features, if<br />applied to a single unit, can serve as a tool for the firing<br />analysis, observing either overall spiking activity or the<br />periods of interest in trial-to-trial recordings. If applied to<br />massively parallel recordings, it additionally serves as an<br />input to the clustering procedure, with the potential to<br />compare the functional properties of various brain<br />structures and to link the types of neural cells to the<br />particular behavioural states.</p>
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