Submitted by Luciana de Cenço Correa Lacerda (lulacerda2@yahoo.com.br) on 2018-06-21T19:31:05Z No. of bitstreams: 1 TESE Luciana 21.06.18 PRONTA.pdf: 1525467 bytes, checksum: a6d6df3286d60500baf769d3035234e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-06-25T18:40:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lacerda_lcc_dr_jabo.pdf: 1525467 bytes, checksum: a6d6df3286d60500baf769d3035234e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-25T18:40:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lacerda_lcc_dr_jabo.pdf: 1525467 bytes, checksum: a6d6df3286d60500baf769d3035234e1 (MD5) Previous issue date: 2018-05-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Lesões na pele podem resultar em feridas que, dependendo do tempo de reparação tissular podem ser classificadas como agudas ou crônicas, sendo crônicas aquelas que não apresentaram cicatrização dentro do período de quatro semanas. A ferida é contaminada por diferentes espécies bacterianas, sendo o sistema imunológico da pele o responsável por impedir que tais contaminações evoluam para infecções. No entanto, muitas vezes o quadro infeccioso é instalado, havendo necessidade de tratamento com antimicrobianos. Tendo em vista que o mau uso de antimicrobianos provoca resistência a multidrogas em estirpes bacterianas potencialmente patogênicas, este trabalho teve como objetivo identificar as bactérias prevalentes em feridas agudas e crônicas de cães por meio de sequenciamento da região 16S rRNA e testar a sensibilidade dos isolados a diferentes antimicrobianos. Para tanto, foram amostradas 20 feridas, sendo cada uma de um cão atendido no Hospital Veterinário da UNESP, Câmpus de Jaboticabal. De cada ferida foram obtidos dez isolados, os quais foram selecionados para o sequenciamento de DNA por meio de comparação entre os perfis genéticos obtidos pelo emprego de marcador molecular randômico. Foram sequenciados 74 isolados identificados como pertencentes a oito gêneros de bactérias gram-negativas, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp., Acinetobacter baumannii, Klebsiella spp., Kluyvera georgiana e Providencia stuartii, e três de gram-positivas, Enterococcus sp., Staphylococcus spp. e Bacillus spp. Casos de cães com feridas agudas ou crônicas, associadas a mais de um gênero bacteriano, foram de 85,7% e 30,7%, respectivamente. Isolados da espécie S. aureus apresentaram amplificação para quatro genes codificadores das enterotoxinas sea, seh, see e hlg, enquanto um isolado de B. cereus foi positivo para a presença dos genes hblA, hblC, hblD, nheA, nheB, nheC e entFM. Dois dos isolados de E. coli (6%) apresentaram o gene blaCTX-M-2 e provaram ser resistentes à cefotaxima, um antibiótico do grupo dos β-lactâmicos. Todos os isolados avaliados apresentaram resistência a pelo menos um dos antimicrobianos testados, sendo metronidazol, cefalexina e cefazolina, aqueles pelos quais os isolados mostraram maior resistência. Cinco pacientes que estavam sob antibioticoterapia no momento da coleta possuíam estirpes resistentes aos antimicrobianos pelos quais estavam sendo tratados. Tendo em vista que há uma grande diversidade bacteriana resistente à multidrogas colonizando feridas cutâneas agudas e crônicas de cães, a implantação de antibiogramas previamente à recomendação de antimicrobianos é prática imprescindível e deve ser implantada para preservação da saúde animal e, consequentemente, pública. / Skin lesions can result in cutaneous wounds that may be classified as acute or chronic depending on the period of time spent in tissue repairment. Wounds that have not healed within four weeks are generally classified as chronic. The wound is contaminated by different bacterial species and the immune system of the skin is responsible for preventing infections. Nonetheless, the infectious process is often developed and antimicrobial treatment become necessary. Considering that the misuse of antimicrobials provokes multidrug resistance in potentially pathogenic bacterial strains, this work aimed to identify prevalent bacteria in acute and chronic wounds of dogs by 16S rRNA sequencing and to test the sensitivity of the isolates to different antimicrobials. For that, 20 wounds were sampled, each one from a dog admitted at the Veterinary Hospital of UNESP, Jaboticabal, São Paulo, Brazil. From each wound ten isolates were obtained, which were selected for DNA sequencing through genetic profiles comparison by applying a random molecular marker. Seventy-five isolates were identified as belonging to eight Gram-negative bacteria genera, Proteus mirabilis, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp., Acinetobacter baumannii, Klebsiella spp., Kluyvera georgiana and Providencia stuartii, and to three gram-positive bacteria genera, Enterococcus sp., Staphylococcus spp. and Bacillus spp. Cases of dogs with acute or chronic wounds associated to more than one bacterial genus were 85.7% and 30.7%, respectively. Staphylococcus aureus isolates presented amplification to four enterotoxin encoding the genes sea, seh, see and hlg, whereas a B. cereus isolate was positive for hblA, hblC, hblD, nheA, nheB, nheC and entFM genes. Two of the E. coli isolates (6%) presented the blaCTX-M-2 gene and proved to be resistant to cefotaxime, a β-lactam antibiotic. All isolates evaluated were resistant to at least one of the antimicrobials tested, being metronidazole, cephalexin and cefazolin the ones for those the isolates showed to be more resistant. Five patients undergoing antibiotic therapy at the same period of sampling presented resistants bacterial strains to the antibiotics by which the patients were being treated. Considering that there is great multidrug resistant bacterial diversity colonizing acute and chronic cutaneous wounds of dogs, the implantation of antibiograms prior to the antimicrobials recommendation is a practice to be implemented in order to preserve animal and, consequently, public health.

Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado. / Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:26:17Z : No. of bitstreams: 1 baggio_mv_me_jabo.pdf: 512063 bytes, checksum: 11244a431e6c0f8cc5195b1c7d20e1bd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Chrysoperla externa é uma espécie de crisopídeo encontrada em diversos agroecossistemas brasileiros, capaz de se alimentar de diferentes pragas agrícolas. Em cada ambiente em que for encontrada poderá sofrer diferentes pressões seletivas do ambiente. Para a verificação das mutações genéticas presentes nas populações de C. externa podem ser usados marcadores moleculares, em especial os genes mitocondriais, que são de fácil manipulação. C. externa é de fácil criação e a mais estudada para multiplicação massal, por isso se faz necessário estudar a resposta das populações quando liberadas em ambientes diferentes, visto que estas podem não sobreviver em áreas biogeográficas distintas, inviabilizando o seu papel como agente de controle de pragas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente as populações de C. externa nos municípios de Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) e São Sebastião do Paraíso (MG). Para o gene COI foram verificados oito haplótipos, seis mutações e a maior diversidade haplotípica foi encontrada em Brotas e São Sebastião do Paraíso. Para o gene 16S foram observadas quatro mutações, seis haplótipos e a maior diversidade haplotípica ocorreu no município de São Sebastião do Paraíso. A distância genética encontrada entre as populações de C. externa não foi significativa para os dois genes analisados, evidenciando que provavelmente as populações são geneticamente compatíveis. O estudo da estrutura genética dessas populações de C. externa, de ambos os genes, mostrou que essas populações não apresentam um padrão de distribuição haplotípica. Então, talvez sejam necessários outros estudos com populações desta espécie oriundas de localidades mais distantes geograficamente dos que as utilizadas neste trabalho / Chrysoperla externa is a species of green lacewing found in several Brazilian agroecosystems able to feed on various agricultural pests. In each environment that is found may experience different environmental selective pressures. In order to verify genetic mutations in C. externa populations it may be used molecular markers, in particular mitochondrial genes, which are easy handling and extraction. C. externa is easy to create and the most studied for mass multiplication, so it is necessary to study on the response of populations when released in different environments, since they may not survive in different biogeographic areas, derailing its role as a pest controller. The objective of this study was to characterize genetically the populations of C. externa from the cities of Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) and São Sebastião do Paraíso (MG). For the COI gene it was found eight haplotypes, six mutations and greater haplotype diversity in Brotas and São Sebastião do Paraíso. In the 16S there were four mutations, six haplotypes and haplotype diversity was higher in São Sebastião do Paraíso. The genetic distance among populations of C. externa was not significant for the two genes analyzed, showing that the populations are probably genetically compatible. The study of the genetic structure of populations of C. externa, showed for both genes that these populations do not show a pattern of haplotype distribution. So, it may need further study on populations of this species originating from geographically more distant locations of those used in this work

The study of the gut microbiota of fish began in the 1930’s and since that time a considerable amount of information has been collated on its composition and diversity. These studies have revealed that the microbial communities of the fish gastrointestinal tract are generally difficult to culture on bacteriological media and mainly consist of bacteria, archaea, viruses, yeasts and protists. The bacteria appear to be the most abundant of these microbial groups and their activity may have major implications for host health, development, immunity and nutrition. Therefore, much of the most recent published research has focused on developing improved methods of identifying the extent of the bacterial diversity within the fish gut and unravelling the potential influence of these microorganisms on the health of farmed fish species. However, whilst such studies have improved our knowledge of the dominant bacterial groups present in the rainbow trout gastrointestinal tract, the limited resolution capacity of many of the methods used has meant that our understanding of their baseline composition in healthy fish remains poorly understood. In this study, the bacterial communities that inhabit the intestine, now commonly referred to as the ‘microbiome’, of farmed Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) were characterized using a culture independent high-throughput molecular sequencing method. The microbiome of the intestinal lumen and mucosa was investigated to ascertain the true extent of the bacterial diversity present in this fish species prior to further experiments. It was found that the diversity of the intestinal microbiome was greater than previous studies had reported with a total of 90 and 159 bacterial genera being identified in both the lumen and mucosal regions respectively. The dominant bacterial phyla identified in both of the regions investigated were Proteobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Bacteroidetes and Actinobacteria. Furthermore, the data collected suggested that the intestinal microbiome may be similar in structure between individual fish, and illustrate the utility of next generation molecular methods in the investigation of the fish gut microbiome. A study was conducted to examine the effect of diet on the composition of the intestinal microbiome of rainbow trout. Two diets, one control and one treatment, were prepared which were identical apart from that the treatment diet contained a microalgal component at 5% of the total formulation. These diets were fed to rainbow trout for a total of 15 weeks. At the end of the trial period a total of 12 fish, three from each of four tanks, were sacrificed from each of the control and treatment groups and their intestinal tissue was sampled in order to compare the composition of the microbiome of both groups. The results revealed that both groups of fish shared similar microbiome compositions, with the Tenericutes being by far the most dominant phylum observed. The structure of the intestinal microbiome was not significantly different between both populations of trout tested. An increased level of bacterial diversity was noted in the treatment fish, however, this was not found to be statistically significant. A limited number of bacterial taxa were discriminatory between diets and were significantly elevated in the treatment group. These taxa were predominantly lactic acid bacteria of the genera Streptococcus, Leuconstoc, Lactobacillus, Lactococcus and Weissella. The results of this study suggested that the minor difference in the diets fed resulted in a correspondingly minor alteration in the intestinal microbiome of the tested rainbow trout. This may indicate that diet composition can modify the composition of the intestinal microbiome of these fish. A further study was conducted to investigate the structure of the intestinal microbiome from groups of fish reared in both freshwater cages and aquarium systems, in order to assess whether or not fish raised in different environments share similar microbiomes. This study also employed a novel computational tool, PICRUSt, to analyse the predicted functional capacity of the microbial communities of individual fish sampled from both environments. The data collected suggested that the structure of the intestinal microbiome was similar regardless of where the fish were raised, with the Tenericutes, Firmicutes, Proteobacteria, Spirochaetae and Bacteroidetes representing the dominant bacterial phyla recorded in the rainbow trout intestine. This suggests that the host may regulate the formation of the intestinal microbiome. A significant difference was however noted in community membership between the fish populations tested, which may point to an environmental influence on the intestinal microbiome. These data suggest that both deterministic host factors and stochastic environmental influences play important roles in shaping the composition of the bacterial communities in the intestine of these fish. The PICRUSt analysis revealed that gene pathways relating to metabolism, transport and cellular processes were enhanced in all of the fish studied, which may signal an involvement of these communities in the digestive processes of rainbow trout. In conclusion, this study used high-throughput sequencing methods in order to improve our understanding of the intestinal microbiome of farmed rainbow trout, and the effect of dietary and environmental factors on its composition. This research has generated scientific information relating to baseline bacterial community compositions in healthy fish, which may be used in future experiments including screening these baselines against the effects of novel aquafeed formulations, environmental perturbations or pathogenic challenges.

Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado. / Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.

abstract: Obesity is a worldwide epidemic accompanied by multiple comorbidities. Bariatric surgery is currently the most efficient treatment for morbid obesity and its comorbidities. The etiology of obesity is unknown, although genetic, environmental, and most recently, microbiome elements have been recognized as contributors to this rising epidemic. The role of the gut microbiome in weight-loss or weight-gain warrants investigation, and bariatric surgery provides a good model to study influences of the microbiome on host metabolism. The underlying goals of my research were to analyze (i) the factors that change the microbiome after bariatric surgery, (ii) the effects of different types of bariatric surgeries on the gut microbiome and metabolism, (iii) the role of the microbiome on the success of bariatric surgery, and (iv) temporal and spatial changes of the microbiome after bariatric surgery. Roux-en-Y gastric bypass (RYGB) rearranges the gastrointestinal tract and reduces gastric acid secretions. Therefore, pH could be one of the factors that change microbiome after RYGB. Using mixed-cultures and co-cultures of species enriched after RYGB, I showed that as small as 0.5 units higher gut pH can aid in the survival of acid-sensitive microorganisms after RYGB and alter gut microbiome function towards the production of weight loss-associated metabolites. By comparing microbiome after two different bariatric surgeries, RYGB and laparoscopic adjustable gastric banding (LAGB), I revealed that gut microbiome structure and metabolism after RYGB are remarkably different than LAGB, and LAGB change microbiome minimally. Given the distinct RYGB alterations to the microbiome, I examined the contribution of the microbiome to weight loss. Analyses revealed that Fusobacterium might lessen the success of RYGB by producing putrescine, which may enhance weight-gain and could serve as biomarker for unsuccessful RYGB. Finally, I showed that RYGB alters the luminal and the mucosal microbiome. Changes in gut microbial metabolic products occur in the short-term and persist over the long-term. Overall, the work in this dissertation provides insight into how the gut microbiome structure and function is altered after bariatric surgery, and how these changes potentially affect the host metabolism. These findings will be helpful in subsequent development of microbiome-based therapeutics to treat obesity. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Microbiology 2016

Orientador: Sérgio de Freitas / Banca: Nilza Maria Martinelli / Banca: Karina Lucas da Silva Brandão / Resumo: Chrysoperla externa é uma espécie de crisopídeo encontrada em diversos agroecossistemas brasileiros, capaz de se alimentar de diferentes pragas agrícolas. Em cada ambiente em que for encontrada poderá sofrer diferentes pressões seletivas do ambiente. Para a verificação das mutações genéticas presentes nas populações de C. externa podem ser usados marcadores moleculares, em especial os genes mitocondriais, que são de fácil manipulação. C. externa é de fácil criação e a mais estudada para multiplicação massal, por isso se faz necessário estudar a resposta das populações quando liberadas em ambientes diferentes, visto que estas podem não sobreviver em áreas biogeográficas distintas, inviabilizando o seu papel como agente de controle de pragas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente as populações de C. externa nos municípios de Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) e São Sebastião do Paraíso (MG). Para o gene COI foram verificados oito haplótipos, seis mutações e a maior diversidade haplotípica foi encontrada em Brotas e São Sebastião do Paraíso. Para o gene 16S foram observadas quatro mutações, seis haplótipos e a maior diversidade haplotípica ocorreu no município de São Sebastião do Paraíso. A distância genética encontrada entre as populações de C. externa não foi significativa para os dois genes analisados, evidenciando que provavelmente as populações são geneticamente compatíveis. O estudo da estrutura genética dessas populações de C. externa, de ambos os genes, mostrou que essas populações não apresentam um padrão de distribuição haplotípica. Então, talvez sejam necessários outros estudos com populações desta espécie oriundas de localidades mais distantes geograficamente dos que as utilizadas neste trabalho / Abstract: Chrysoperla externa is a species of green lacewing found in several Brazilian agroecosystems able to feed on various agricultural pests. In each environment that is found may experience different environmental selective pressures. In order to verify genetic mutations in C. externa populations it may be used molecular markers, in particular mitochondrial genes, which are easy handling and extraction. C. externa is easy to create and the most studied for mass multiplication, so it is necessary to study on the response of populations when released in different environments, since they may not survive in different biogeographic areas, derailing its role as a pest controller. The objective of this study was to characterize genetically the populations of C. externa from the cities of Brotas (SP), Jaboticabal (SP), Rifaina (SP), São Carlos (SP), São José dos Campos (SP) and São Sebastião do Paraíso (MG). For the COI gene it was found eight haplotypes, six mutations and greater haplotype diversity in Brotas and São Sebastião do Paraíso. In the 16S there were four mutations, six haplotypes and haplotype diversity was higher in São Sebastião do Paraíso. The genetic distance among populations of C. externa was not significant for the two genes analyzed, showing that the populations are probably genetically compatible. The study of the genetic structure of populations of C. externa, showed for both genes that these populations do not show a pattern of haplotype distribution. So, it may need further study on populations of this species originating from geographically more distant locations of those used in this work / Mestre

Salmonellosis or “food poisoning” is a foodborne infection brought on by the pathogen Salmonella from the ingestion of the bacterium on contaminated foods such as vegetables. Infection from Salmonella leads to the highest incidence of hospitalizations and deaths each year, compared to any other bacterial foodborne illness. South Florida is the second largest agricultural winter vegetable producer in the United States, and contamination of vegetables is often observed in preharvest practices. A hardy bacterium, Salmonella, has been shown to live up to 6 weeks in soil and water up to 42°C without a host. The Florida Everglades is a tropical wetland that plays a large role in South Florida’s watershed. It can be divided into agricultural, conservation, and urban areas that connect Lake Okeechobee to Florida Bay by canals, swamps, and rivers. Inland canals tightly regulate water levels in South Florida as a means of flood control for residential and agricultural land. With the influences of anthropomorphic run off from agricultural and urban use, we hypothesized that microbial communities would significantly differ between three select sites in western (Collier county) versus three sites in more urban eastern Florida (Broward county): natural standing water, manmade drainage canal in agricultural areas, and manmade drainage canals in urban areas. We also hypothesized that pathogenic like Salmonella would be present in these habitats. Deep sequencing and ecological genetics analyses of the 16s rRNA V4 region yielded a total of 163,320 unique bacterial OTUs from a total of 139 samples collected monthly for one year in 2015 and part of 2016. Salmonella is not considered an abundant taxon within the microbial population. With the knowledge that Salmonella resides within the microbial population isolates were cultured from soil and water samples that were taken monthly from each site using a modified version of the Food and Drug Administration Bacterial Analytical Methods manual (FDA-BAM). The culturing resulted in 234 isolates obtained and 31 different serovars of Salmonella. Culturing showed that Salmonella favored months with high standing water and high-water temperatures that would lead to the ideal environment for survival. The most commonly occurring isolates within the sample set are those associated with agricultural animals. Though Salmonella may be a rare taxon within the microbial population given the correct environmental conditions such as warm temperatures it is possible to observe Salmonella year round within the South Florida environment.

Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado. / Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.), Lecythidaceae, é uma espécie nativa de potencial interesse para sistemas agroflorestais (SAFs) na Amazônia. Uma das dificuldades da propagação da castanheira é seu processo germinativo desuniforme, que constitui um problema no estabelecimento de mudas para cultivos. Pouco se sabe sobre os micro-organismos benéficos associados às raízes de castanheira-do-Brasil, sendo que o uso de micro-organismos promotores do crescimento vegetal pode ser uma biotecnologia positiva para a produção de mudas de qualidade. O objetivo desse trabalho foi caracterizar fenotípica e genotipicamente bactérias isoladas de raízes de castanheira-do-Brasil cultivadas e nativas e avaliar a presença de características para promoção do crescimento vegetal. Foram isoladas 303 bactérias de raízes de castanheiras em Roraima, sendo 81 oriundas da área de monocultivo de castanheira, 154 de SAF e 68 de área de floresta nativa. As bactérias foram isoladas utilizando meios semissólidos NFB, LGI, JMV e DYGS. A caracterização fenotípica dos isolados foi avaliada através das análises de proteína totais por SDS-PAGE, solubilização de fosfato de cálcio em meio sólido, solubilização de fosfato de alumínio em meio liquido e produção de ácido indol acético. Baseado nos perfis de proteínas (SDS-PAGE) foi estimado o índice de diversidade de Shannon e análise de rarefação. A caracterização genotípica foi realizada através da avaliação da presença ou ausencia do gene nifH e pelo sequenciamento parcial do 16S rRNA. Das 303 bactérias foram obtidas o perfil proteico de 290. Através da análise dos perfis proteicos foram gerados quatro dendrogramas referentes a cada meio de isolamento, JMV, LGI, DYGS e NFB. A partir desses dendrogramas, foi realizada uma seleção de bactérias a partir de grupos formados a 80% de similaridade em cada meio de isolamento, sendo selecionadas 100 bactérias. Na avaliação da diversidade em cada ambiente, os índices de diversidade foram similares para as três localidades de onde foram isoladas as bactérias. Das 100 bactérias avaliadas quanto a capacidade de solubilização de fosfato de cálcio em meio sólido, observou-se que 69% apresentaram esta característica e 90% apresentaram capacidade de solubilizar fosfato de alumínio em meio liquido. Setenta bactérias sintetizaram acido indol acético, onde 44 sintetizaram em meio sem triptofano, 61 em meio com triptofano e 35 apresentaram nos dois meios. Das 100 bactérias submetidas à amplificação da região do gene nifH apenas 18 apresentaram bandas específica de amplificação correspondente do gene nifH, sendo oito isoladas em meio semisseletivo para Azospirilum sp. (NFB e LGI), e 10 isoladas de meio não seletivo (DYGS). Entre as bactérias avaliadas, 24 se destacaram para futuros testes de inoculação na produção de mudas, por apresentarem no mínimo duas ou mais caracaterísticas de promoção do crescimento vegetal. Através da análise do gene 16S rRNA, as sequências de nucleotídeos obtidas resultaram na distribuição das bactérias em 18 gêneros distintos. Foram detectadas sequências de gêneros pertencentes às classes α-Proteobacteria, β-Proteobacteria, γ-Proteobacteria, Bacilli e Actinobacteria. Estes resultados indicam uma elevada diversidade de gêneros de bactérias endofíticas promotoras do crescimento presentes em raízes de castanheira-do-Brasil. Trata-se do primeiro trabalho de caracterização de bactérias endofíticas promotoras de crescimento em raízes de castanheira-do-Brasil.