221 |
Inference in stochastic systems with temporally aggregated dataFolia, Maria Myrto January 2017 (has links)
The stochasticity of cellular processes and the small number of molecules in a cell make deterministic models inappropriate for modelling chemical reactions at the single cell level. The Chemical Master Equation (CME) is widely used to describe the evolution of biochemical reactions inside cells stochastically but is computationally expensive. The Linear Noise Approximation (LNA) is a popular method for approximating the CME in order to carry out inference and parameter estimation in stochastic models. Data from stochastic systems is often aggregated over time. One such example is in luminescence bioimaging, where a luciferase reporter gene allows us to quantify the activity of proteins inside a cell. The luminescence intensity emitted from the luciferase experiments is collected from single cells and is integrated over a time period (usually 15 to 30 minutes), which is then collected as a single data point. In this work we consider stochastic systems that we approximate using the Linear Noise Approximation (LNA). We demonstrate our method by learning the parameters of three different models from which aggregated data was simulated, an Ornstein-Uhlenbeck model, a Lotka-Voltera model and a gene transcription model. We have additionally compared our approach to the existing approach and find that our method is outperforming the existing one. Finally, we apply our method in microscopy data from a translation inhibition experiment.
|
222 |
Rôle protecteur de l'estradiol contre les conséquences systémiques et cellulaires dans un modèle d'apnées obstructives du sommeil : implication des récepteurs nucléaires ERalpha et ERß / Protective role of estradiol against systemic and cellular consequences in a sleep apnea model : implication of nuclear receptors ERalpha and ERßLaouafa, Sofien 14 May 2018 (has links)
L'apnée du sommeil (AS) induit des variations constantes d'oxygénation artérielle (hypoxie intermittente – HI) qui affectent environ 5 à 7 % de la population. Il se produit une augmentation du stress oxydatif (production d'espèces réactives de l'oxygène - ROS), augmentant les risques cardiovasculaires, neurologiques et métaboliques. Les études épidémiologiques démontrent que la prévalence d'AS est inférieure chez les femmes que chez les hommes, mais après la ménopause la prévalence augmente pour atteindre le même niveau que chez les hommes. L'oestradiol (E2) est un puissant agent antioxydant, mais son rôle éventuel dans le traitement ou la prévention de l'AS n'est pas exploité. Toutefois, l'oestradiol (associé ou non à la progestérone) permet de réduire l'AS chez les femmes ménopausées. Les ROS peuvent être produites par les mitochondries, la NADPH oxydase et/ou la Xanthine oxydase. La mitochondrie est le plus important producteur de ROS (90% de l'oxygène consommé) et son dysfonctionnement est très préjudiciable. L'oestradiol est une cible de la mitochondrie à travers ses récepteurs nucléaires alpha et bêta (ERα et ERβ) qui sont capables de moduler le fonctionnement de la mitochondrie et diminuer la production de ROS. Nous avons testé l'hypothèse dans un modèle animal ovariectomisé exposé à une HI, que l'estradiol et ses agonistes spécifiques ERα et Erβ sont capables de limiter le stress oxydatif cérébral, la dysfonction mitochondriale et l'apparition des désordres systémiques. Nos résultats ont permis de montrer que l'estradiol est capable d'éviter l'augmentation de la pression artérielle et la survenue de désordres respiratoires causés par l'HI. De plus, l'HI augmente le stress oxydatif cérébral en augmentant l'activité d'enzymes pro-oxydantes et en diminuant l'activité d'enzymes antioxydantes. L'estradiol permet de prévenir l'augmentation du stress oxydatif. On retrouve également une dysfonction de la chaine respiratoire mitochondriale dans le cortex en HI qui est préservée de manière différente par le traitement avec les modulateurs sélectifs des récepteurs ERα et ERβ (SERMs). Nous avons montré que ERβ joue un rôle dans le contrôle cardio-respiratoire et la fonction mitochondriale dans le cerveau. Nos résultats apportent une meilleure compréhension du rôle de l'estradiol comme agent protecteur contre l'apnée du sommeil et ses conséquences associées. L'utilisation d'agonistes spécifiques nous renseigne sur le rôle que tient chaque récepteur dans la protection induite par l'estradiol contre la dysfonction mitochondriale. L'utilisation du remplacement hormonal avec de l'estradiol ou des SERMs peut constituer une thérapie efficace contre l'apnée du sommeil et ses conséquences / Sleep apnea (SA) induces constant changes of arterial oxygenation (Intermittent hypoxia - IH) that affect about 5 to 7% of the general population. IH increases oxidative stress (production of reactive oxygen species – ROS) and lead to cardiovascular, neurological and metabolic risks. Epidemiological studies show that the prevalence of SA is lower in women than in men, but after menopause the prevalence increases to the same level that in men. Estradiol (E2) is a potent antioxidant, but its potential role in the treatment or prevention of SA is not exploited. However, estradiol (with or without progesterone) can reduce SA in postmenopausal women. ROS can be produced by mitochondria, NADPH oxidase and/or Xanthine oxidase. Mitochondria is the most important producer of ROS (90% of oxygen consumed) and its dysfunction is very detrimental. Estradiol is a target of mitochondria through its mitochondria alpha and beta (ERα et ERβ) that are able to modulate mitochondrial function and decrease ROS production. We tested the hypothesis in ovariectomized animal model exposed to IH, that estradiol and its specific receptor ERα and ERβ agonists are able to limit cerebral oxidative stress, mitochondrial dysfunction and the appearance of systemic disorders. Our results have shown that estradiol is able to avoid the increase of blood pressure and the occurrence of respiratory disorders caused by IH. Furthermore, IH increases cerebral oxidative stress by increasing activity of pro-oxidant enzymes and decreasing activity of antioxidant enzymes. Estradiol prevents against the increase of oxidative stress. There is also a mitochondrial respiratory chain dysfunction in the cortex by IH, that is preserved differently by treatment with selective ERα and ERβ receptor modulators (SERMs). We have shown that ERβ plays an important role in cardiorespiratory control and mitochondrial function in the brain. Our results provide a better understanding of the role of estradiol as a protective agent against sleep apnea and its associated consequences. The use of specific agonists informs us on the role of each receptors in estradiol-induced protection against mitochondrial dysfunction. The use of hormone replacement with estradiol or SERMs may be an effective therapy against sleep apnea and its consequences
|
223 |
Rôle de Vanin-1 dans l'intéraction hôte-microbiote et la physiopathologie des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) / The role of Vanin-1 in host-microbiota interaction and the pathophysiology of inflammatory bowel diseases (IBD)Maltese, Michaël 20 December 2016 (has links)
Les interactions entre l’épithélium et le microbiote jouent un rôle central dans la mise en place et le maintien de l’homéostasie intestinale notamment via la production de facteurs qui influencent le microenvironnement. L’ecto-pantéthéinase épithéliale Vanin-1 (Vnn1) produit du pantothénate (vitB5) et de la cystéamine dans la voie de dégradation du Coenzyme A. Dans des modèles expérimentaux chez la souris nous avons révélé un rôle de Vnn1 dans l’inflammation intestinale, et chez l’homme nous avons décrit la surexpression de VNN1 chez les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI). Afin de comprendre l’impact de l’expression de Vnn1 sur l’homéostasie et l’inflammation intestinale, nous avons généré la souris transgénique ViVA (Villin-Vanin) qui surexprime de façon constitutive Vnn1 sous le contrôle du promoteur Villin dans les cellules épithéliales intestinales. La souris ViVA est protégée de la colite induite au DSS et cette protection est associée à une diminution des dommages épithéliaux plutôt qu’a une réduction de l’inflammation. Une étude en microarrays sur la muqueuse colique micro-disséquée au laser nous a permis d’identifier des signatures géniques témoignant d’une meilleure préservation de l’intégrité de la muqueuse au cours d’une colite induite au DSS chez les souris ViVA; ainsi qu’un meilleur état de santé des colonocytes ViVA à l’état physiologique par rapport à des contrôles. / The interaction between microbiota and the epithelium play a key role in establishing and maintaining intestinal homeostasis by the production of factors influencing the environment. The ecto-pantetheinase Vanin-1 (Vnn1) produces pantothenate (vitB5) and cysteamine in the coenzyme A degradation pathway. Using mouse models, we highlighted the role of Vnn1 in intestinal inflammation and we described the overexpression of VNN1 in IBD patients. Thus, VNN1 is a marker of IBD. To understand the impact of Vnn1 expression on intestinal homeostasis, we developed the ViVA transgenic mouse (Villin-Vanin) constitutively overexpressing Vnn1 under the control of the villin promoter. The ViVA mouse is protected from DSS induced colitis with less epithelial damage rather than a reduction of inflammation. A microarray study on microdissected colonocytes allowed us to identify genes expression signatures associated to the preservation of mucosal integrity in the ViVA mouse under DSS treatment and a better health status on ViVA colonocytes at the basal state.
|
224 |
The biomechanics of rugby place kickingAtack, Alexandra January 2016 (has links)
Approximately 45% of the points scored in international Rugby Union matches are the result of place kicks (Quarrie & Hopkins, 2015). However, the key technique characteristics underpinning this skill are not well understood. The aim of this thesis was therefore to investigate rugby place kicking technique and performance, and understand how these differ between successful and less successful place kickers. In order to objectively quantify place kick performance outcome from data collected in a laboratory environment, a novel performance measure representative of the maximum distance that any given place kick could be successful from was developed. This measure combined initial ball flight data with previously published aerodynamic forces and was shown to predict ball location with a mean error of 4.0%. Full body motion capture and ground reaction force data were then collected from 33 experienced (amateur to senior international level) kickers and three groups of kickers were identified based on their performance outcome: long, short, and wide-left kickers. Differences were observed in the initial ball flight characteristics between the three groups and specific aspects of technique were then analysed to understand how these different performance outcomes were achieved. The long and wide-left kickers used different strategies to achieve comparable forward kicking foot velocities and initial ball velocities. The wide-left kickers used a hip flexor strategy: greater positive hip flexor work which was facilitated by a stretch across the trunk at the top of the backswing, followed by longitudinal rotation throughout the downswing. In contrast, the long kickers used a knee extensor strategy: greater positive knee extensor work and a more consistent trunk orientation throughout the downswing. Although both strategies led to comparably high initial ball velocity magnitudes, the hip flexor strategy led to greater longitudinal ball spin and an initial ball velocity vector directed towards the left-hand-side. Kickers who achieve fast ball velocities but miss left could potentially benefit from technical interventions to address their trunk kinematics or development of their kicking knee extensor involvement. The long kickers achieved faster kicking foot and initial ball velocities than the short kickers. The long kickers took a more angled and faster approach to the ball compared with the short kickers. This enabled the pelvis to be less front-on at the top of the backswing, meaning that the kicking foot was further away from the ball at this point and subsequently travelled a longer path to initial ball contact. The long kickers also demonstrated greater horizontal whole-body CM deceleration between support foot contact and initial ball contact and performed greater hip flexor and knee extensor positive work than the short kickers during the downswing. Kickers who cannot generate fast ball velocities could potentially benefit from interventions to their approach direction and velocity, or from development of their kicking hip flexor and knee extensor involvement. This thesis has provided a comprehensive understanding of rugby place kicking technique and recommendations for both coaching practice and research.
|
225 |
Stratégies de thermorégulation liées aux contraintes physiologiques et environnementales chez le manchot royal (Aptenodytes patagonicus) / Thermoregulation strategies related to physiological and environmental constraints in king penguin (Aptenodytes patagonicus)Lewden, Agnès 20 October 2017 (has links)
Les espèces endothermes amphibies font face à de fortes contraintes durant leurs séjours en mer dont l’augmentation des coûts de thermorégulation. La recherche alimentaire du manchot royal (Aptenodytes patagonicus) s’étend sur plusieurs jours alternant des plongées profondes de chasse et des périodes de repos à la surface de l’eau correspondant à deux stratégies de thermorégulation différentes. Durant les plongées, l’hypothermie des tissus suggère une économie d’énergie visant à augmenter la durée d’apnée. Cependant, l’utilité de la réaugmentation des températures corporelles durant les périodes de repos reste méconnue. Alors que la digestion débute durant les plongées, nous supposons que le stockage des acides gras dans les tissus adipeux périphériques ne peut se faire que par le retour à normothermie de ces tissus. Nous avons testé cette hypothèse en maintenant des individus équipés d’enregistreurs de températures (périphériques et interne) dans une piscine d’eau de mer afin d’étudier les variations de températures en fonction de l’état nutritionnel des manchots. De plus, nous avons mesuré, par respirométrie, les dépenses énergétiques en fonction des températures corporelles. Enfin, nous avons étudié les variations de flux sanguins à l’aide de thermographie infra-rouge afin de comprendre le retour à normothermie des tissus périphériques et les coûts énergétiques associés. / The energetic cost of foraging activities in King Penguin (Aptenodytes patagonicus) consists to reach favourable areas, realizes depth diving to attempt fish patch and resting in high latitude cold water. Several studies have shown that resting in cold water could be represent a more expensive cost than realized depth diving. Indeed, this paradox is probably linked with contrasting thermoregulation processes. During daylight, a general hypothermia occurs and is believed to reduce energy expenditure. At sunrise occurs a re-warming to normothermia, contributing to increase heat-loss during the night. We hypothesise an energetic conflict between thermoregulation and digestive processes. During daylight, the organism may be unable to assimilate the end product of prey digestion (free fatty acids) inside the peripheral subcutaneous adipose tissues (SAT), because skin is no more blood perfused. During the night, re-warming and re-connecting to blood circulation peripheral tissues could be inevitable to end the assimilation of FFA inside the SAT. In a first step, we have reproduced the conditions of a resting night at sea and events of rewarming skin temperature, using a sea water tank in which king penguins equipped with internal temperature loggers were maintained several days. In a second step, we have tested a generalisation of our hypothesis studying body temperature variations on penguins fast and feed. Finally, we have measured the cost to maintain normothermia in cold water with respirometry measures and investigated peripheral vasodilation with body temperature variations and infrared thermography.
|
226 |
Leucémie myélomonocytaire chronique : rôle des molécules Dok-1 et Dok-2 en tant que suppresseurs de tumeur / Chronic myelomonocytic leukemia : role of Dok-1 and Dok-2 proteins as tumor suppressorsCoppin, Emilie 06 February 2015 (has links)
Mon travail de thèse s'est intéressé au rôle des protéines Dok-1 et Dok-2 dans l'hématopoïèse physiologique chez la CSH et dans l'hématopoïèse pathologique dans le cas de la leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC). Ce sont des régulateurs négatifs de la voie de signalisation RAS/MAPK, activée en réponse à des facteurs activant les récepteurs tyrosine kinase. La double inactivation des gènes Dok1 et Dok2 (Dok DKO) cause un syndrome myéloprolifératif assimilé à la forme myéloproliférative (MP) de la LMMC. Les anomalies génétiques de la LMMC identifiées sont nombreuses et souvent non spécifiques. Le gène RAS est cependant retrouvé muté dans 30% des cas de LMMC MP. Nous avons identifié des variants nucléotidiques de DOK1 et DOK2. La mutation DOK2 L238P a fait l'objet d'études fonctionnelles démontrant qu'il s'agit d'un mutant perte de fonction haplo-insuffisant, induisant une augmentation de la prolifération cellulaire, corrélée avec la LMMC MP.J'ai également étudié l'hématopoïèse précoce du modèle murin Dok DKO, me permettant de démontrer que ces protéines sont des régulateurs de la quiescence des CSH et du cycle cellulaire des progéniteurs myéloïdes engagés dans la différenciation.Les protéines Dok-1 et Dok-2 jouent un rôle dans la régulation de la quiescence et la prolifération des CSH et des progéniteurs hématopoïétiques. Leur dérégulation pourrait jouer un rôle dans la pathogenèse de la LMMC, attestant leur fonction de suppresseur de tumeur. Il serait intéressant de lier leur fonction chez la CSH à la LMMC en elle-même et de mieux définir les mécanismes par lesquels les protéines Dok-1 et Dok-2 interviennent dans la leucémogenèse. / My work focused on the roles of Dok-1 and Dok-2 proteins in physiological hematopoiesis in the CSH and pathological hematopoiesis in the case of chronic myelomonocytic leukemia (CMML). They are negative regulators of the RAS/MAPK signaling pathway, activated upon receptor tyrosine kinase (RTK) triggering. Moreover, Dok1 and Dok2 gene ablation (Dok DKO) in mice induces a myeloproliferative syndrome illustrating myeloproliferative (MP) form of CMML. This MP-CMML subtype is primarily characterized by alterations of genes encoding for proteins involved in RAS pathway, found in 30% of MP-CMML cases.We have identified DOK1 and DOK2 nucleotide variants. The DOK2 L238P mutationhas been functionally studied, demonstrating that DOK2 L238P is an haploinsufficient loss of function mutant, inducing increased cell proliferation, correlated to MP-CMML phenotype.I also studied early hematopoiesis in Dok1 / Dok2 double KO (Dok DKO) mice. This model allowed us to demonstrate that Dok-1 and Dok-2 proteins act as switch regulators of HSC between quiescence and cell cycle entry. Moreover, they negatively regulate cell cycle in myeloid committed progenitors.Thus, Dok-1 and Dok-2 proteins appear to play an important role in the regulation of HSC quiescence and proliferation, as well as hematopoietic progenitors. Their deregulation by haploinsufficient mutation may play a role in the pathogenesis of the CMML, attesting to their function as tumor supressors. Finally, it would be interesting to link their function in HSCs to CMML pathogenesis and to further define the mechanisms by which Dok-1 and Dok-2 proteins are involved in leukemogenesis.
|
227 |
Rôle de la protéine tyrosine kinase 7 dans le cancer colorectal et la polarité planaire cellulaire / Role of PTK7 in planar cell polarity and colorectal cancerMartinez, Sébastien 24 June 2016 (has links)
La voie de signalisation WNT/PCP, couramment associée à la polarité planaire cellulaire, joue un rôle fondamental dans la morphogenèse chez les vertébrés. Parmi les différents composants protéiques de la voie WNT/PCP, on retrouve la protéine tyrosine kinase 7 (PTK7), dont les fonctions restent encore très peu décrites. Au cours de ma thèse, j’ai montré que PTK7 interagissait avec le récepteur tyrosine kinase ROR2. Ce complexe, après fixation du ligand WNT5A, induit la migration de fibroblastes embryonnaires murins via l’activation de JNK. Au cours du développement embryonnaire du xénope, Ptk7 interagit de manière fonctionnelle avec Ror2, et contrôle l’expression de la protocadhérine Papc ainsi que la morphogénèse. De plus, en utilisant une approche de Tissue MicroArray, réalisée sur des patients atteints de cancers colorectaux, j’ai pu montrer que PTK7 était retrouvé surexprimé chez 34% des patients, et que cette surexpression était un facteur de mauvais pronostic. Dans des lignées cellulaires issues de cancers colorectaux, la suppression de PTK7 par shRNA entraine une diminution de la migration des cellules tumorales, mais n’impacte pas leur prolifération et leur résistance aux drogues anticancéreuses. Dans un modèle de xénogreffe murin, la suppression de PTK7 induit une diminution du développement tumoral et l’expression de ce dernier, dans des cellules négative pour PTK7, entraine une augmentation de l’apparition de métastases chez les animaux injectés. Ce travail apporte de nouveaux éclaircissements sur le du récepteur PTK7 dans la voie de signalisation WNT/PCP, et le définit comme potentiel biomarqueur et cible thérapeutique dans le cancer colorectal. / The non-canonical WNT/planar cell polarity (WNT/PCP) pathway plays important roles in morphogenetic processes in vertebrates. Among WNT/PCP components, protein tyrosine kinase 7 (PTK7) is a tyrosine kinase receptor with poorly defined functions lacking catalytic activity. We show that PTK7 associates with receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 2 (ROR2) to form a heterodimeric complex in mammalian cells and physically and functionally interact with the non-canonical WNT5A ligand, leading to JNK activation and cell movements. In the Xenopus embryo, Ptk7 functionally interacts with Ror2 to regulate protocadherin papc expression and morphogenesis. Furthermore, we show that Ptk7 is required for papc activation induced by Wnt5a and that Wnt5a stimulates the release of the Ptk7 intracellular domain, which can translocate into the nucleus and activate papc expression. Moreover, using a Tissue MicroArray produced from CRC patients we correlated PTK7 expression with pathological features and patient outcome. PTK7 was significantly up-regulated in CRC tissue, and its overexpression was found in 34% of patients. In CRC cell lines, shRNA PTK7 reduced migration, but did not affect cell proliferation and resistance to drugs. In a xenograft mouse model, downregulation of PTK7 led to reduced tumor growth, whereas its overexpression in PTK7-negative cancer cells led to increased metastatic events. This work reveals novel molecular mechanisms of action of PTK7 in non-canonical WNT/PCP signaling that may promote cell and tissue movements and define PTK7 expression as a potential prognostic biomarker and a novel therapeutic target in CRC.
|
228 |
Rôle de la pantéthéinase épithéliale Vanin-1 dans l'inflammation intestinale / Vanin-1 and its role in intestinal inflammationGensollen, Thomas 23 September 2014 (has links)
Les cellules épithéliales produisent des facteurs influençant la réponse inflammatoire intestinale. L'étude de la contribution de ces facteurs à l'homéostasie des tissus est devenue essentielle à la compréhension des maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICIs). Vanin-1 est une enzyme épithéliale qui produit des facteurs solubles dans les tissus dont l'intestin en réponse à un stress. Nous avons identifié Vanin-1 comme facteur de susceptibilité et marqueur des MICIs chez l'homme. La création d'une souris mutante nous a permis d'identifier des mécanismes d'action potentiels de Vanin-1 dans les tissus. Vanin-1 pourrait un jour être exploité pour développer une stratégie thérapeutique contre les MICIs. / Intestinal epithelial cells have recently been identified as producing factors influencing grandly the curse of intestinal inflammation. It became of a great importance, therefore, to identify the contribution of epithelial molecules to inflammatory bowel diseases (IBD). Vanin-1 is an epithelial enzymes which release soluble factors in tissues such as gut. This study identifies Vanin-1 as a marker and a susceptibility factor of IBD. By producing a mutant mice, we identified potential mechanisms by which Vanin-1 could act in tissues. It is hoped that Vnn1 can be exploited to develop future therapeutic strategies against IBD.
|
229 |
Analysis of various aspects of Salmonella pathogenesis / Analyse de différents aspects de la pathogenèse de SalmonellaZhao, Weidong 10 January 2014 (has links)
Salmonella Typhimurium est un pathogène intracellulaire dont la virulence repose sur l'expression de protéines effectrices qui sont transportées dans les cellules hôtes infectées. Dans la cellule cette bactérie réside dans un compartiment appelé SCV (Salmonella-containing vacuole). Au cours de l'infection, la protéine effectrice SifA est transportée du cytosol bactérien à celui de la cellule infectée. Après sa translocation SifA est retrouvée à la surface de la SCV et des tubules. Cette protéine est constituée de deux domaines distincts. Le domaine N-terminal interagit avec la protéine hôte SKIP. Le domaine C-terminal a une structure similaire à d'autres protéines bactériennes possédant une activité d'échange de nucléotide guanine (GEF). Cependant on ignore si le domaine C-terminal contribue aux fonctions de SifA dans la virulence de Salmonella et, si c'est le cas, si il exerce une activité GEF sur une protéine de l'hôte. Nous avons utilisé un modèle de souris invalidée pour SKIP pour montrer que SKIP est un médiateur du rôle de SifA dans la virulence de Salmonella et que SifA à également un rôle qui est indépendant de son interaction avec SKIP. Ce dernier est porté par le domaine C-terminal de SifA. Nous avons montré que ce domaine de SifA se lie à la petite GTPase Arl8b, une protéine lysosomale. Le domaine C-terminal de SifA et Arl8b sont importants pour le recrutement de LAMP1 sur les SCVs et les tubules associés. L'utilisation d'une lignée cellulaire invalidée pour l'expression d'Arl8b a montré une prolifération réduite de Salmonella. Ces résultats nous permettent de proposer un modèle pour le rôle du domaine C-terminal de SifA dans la virulence de Salmonella. / The virulence of the intracellular pathogen Salmonella Typhimurium relies on the expression of bacterial effector proteins that are translocated into infected host cells. This bacterium resides and proliferates in a host-cell compartment named the Salmonel-la-containing vacuole (SCV). Following translocation in the infected host cells, the effector protein SifA localizes onto the SCV and SCV-associated membrane tubules. This protein is made of two distinct domains. The SifA N-terminal domain interacts with the host-cell protein SKIP. The SifA C-terminus has a fold similar to other bacterial effector proteins having a guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity. Indeed, SifA binds preferentially a GDP-bound form of RhoA but does not stimulate GDP disso-ciation. Therefore it remains unknown whether the SifA C-terminus contributes to the functions of SifA in Salmonella virulence and, if it does, whether it has a GEF activity towards a host protein. We used a model of SKIP knockout mice to show that SKIP mediates susceptibility to Salmonellosis and to establish that SifA also contributes to Salmonella virulence independently of its interaction with SKIP. We next identified that the SifA C-terminal domain supports this contribution. We have further showed that the SifA C-terminus binds the small GTPase Arl8b and that both SifA C-terminus and activated Arl8b are important for the recruitment of LAMP1 on SCVs and associated tubules. Using an Arl8b knock down cell line, we observed that the absence of Arl8b results in a reduced proliferation of wild-type Salmonella. Finally, we proposed a model for the role of the SifA C-terminus in Salmonella virulence.
|
230 |
Origine de l'apparition d'auto-anticorps dans la polyarthrite rhumatoïde / Origin of autoantibodies in Rheumatoid ArthritisArnoux, Fanny 10 December 2015 (has links)
La Polyarthrite Rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune chronique qui détruit les articulations. Les auto-anticorps (AAc) les plus spécifiques sont dirigés contre des protéines citrullinées (ACPA). Environ 30% des patients ont des AAc dirigés contre la protéine B-Raf. Les ACPA sont des IgG produits sans réponse lymphocytaire T (LT) détectable contre les protéines citrullinées. Les enzymes PAD, responsables de la citrullination, sont la cible d’AAc dans la PR. Les LT pourrait être dirigés contre les PAD. Les LB produiraient des IgG contre les PAD et les protéines citrullinées, du fait qu’elles soient fixées aux PAD durant leur citrullination. Pour tester ce modèle, nous avons injecté des PAD à des souris et suivi les LT et les Ac anti-PAD ainsi que les ACPA. Nous avons montré que l’immunisation par PAD induit des LT anti-PAD, des Ac anti-PAD ainsi que des Ac anti-peptides de fibrinogène citrulliné.B-Raf est une ser/thr kinase de la voie des MAPK impliquée dans l’inflammation et l’activation des LT. Les LT de patients PR ont une sur-activation de la voie des MAPK, induisant une rupture de tolérance envers les auto-antigènes. Notre hypothèse est que des mutations du gène BRAF pourraient être à l’origine des AAc anti-B-Raf. Nous avons identifié la présence d’une mutation du gène BRAF entrainant la substitution de la valine en alanine en position 600 (V600A) qui est trouvée en plus grande quantité dans les cellules du sang périphérique et les LT des patients PR. V600A n’est pas corrélée à la présence d’AAc anti-B-Raf, mais augmente l’activité kinase de B-Raf qui pourrait activer la voie des MAPK dans les LT et une rupture de tolérance envers les auto-antigènes. / Rheumatoid Arthritis (RA) is a chronic inflammatory autoimmune joint disease. RA most specific autoantibodies (AAb) recognize citrulline proteins (ACPA). 30% of patients with RA have anti-B-Raf AAb. ACPA are IgG that arise in the absence of associated T cell responses. PAD enzymes, responsible for the citrullination, are also targets of AAb in RA. We thus propose a mechanism to explain the emergence of ACPA. We hypothesize that anti-citrullinated protein immunization arises because, at first, PAD is recognized by T cells, which, in turn help the production of AAb to neighbor proteins citrullinated by PAD. To test this model, we primed mice with PAD proteins and looked for immune response to PAD and citrullinated proteins. We found that PAD immunization leads to T cell response, Ab anti-PAD as well as anti-citrullinated fibrinogen peptides Ab production. Anti-PAD immunization could induce anti-citrullinated protein immunization.B-Raf, a ser-thr kinase of the MAPK signalling pathway, is involved in inflammation and in T cell activation. An overexpression of B-Raf is observed in T cells from RA patients increasing T cell activation to autoantigens. Our hypothesis is that BRAF gene mutations could trigger a rupture of tolerance and AAb production in RA. We have identified a BRAF mutation, a valine residue at position 600 is substituted by an alanine (V600A). V600A is found more often and at greater quantities in patients with RA, noteworthy in their T cells. This mutation does not correlate with Anti-B-Raf AAb presence but this is a strong enhancer of B-Raf kinase activity. This could lead to abnormal T cells activation and explain tolerance rupture in RA.
|
Page generated in 0.0151 seconds