Hem dut a terme l'estudi de la flora i la vegetació de la l'Alta Garrotxa, territori situat a la part oriental de la serralada pirinenca que abasta aproximadament les terres compreses entre el curs mitjà del riu Fluvià i la frontera francesa. Hem diferenciat en el terriotri 3 sectors ben definits pel que fa a les seves característiques bioclimàtiques i paisatgístiques: Sector Nordoccidental, Sector Central i Sector Sudoriental. En el catàleg florístic del territori donem per a cada àxon una relació crítica de citacions fetes per autors anteriors i assenyalem la seva distribució al territori i la seva caracterització fitocenològica, biològica i corològica. Hem reconegut en la flora del territori un total 1480 tàxons que corresponen a un total de 1354 espècies diferents. D'entre les novetats florístiques, cal remarcar, per una banda tant la presència d'espècies termòfiles mediterrànies com la d'espècies montanes o boreo-alpines. Hem abordat també la caracterització global de la flora mitjançant l'elaboració d'espectres corològics i biològics que abasten el conjunt del territori de manera global i també per nivells altitudinals. Hem realitzat també un estudi, tipificació i catalogació de les comunitats vegetals del territori utilitzant el mètode sigmatista. De la seva major part en donem almenys un inventari i aportem, en un annex a part, un total de 45 taules de vegetació. Hem realitzat també la cartografia de la coberta vegetal de la zona, que hem distribuït en dos mapes interrelacions presentats a escala aproximada 1:50.000: un mapa de vegetació clàssic i un mapa dels usos del sòl

Aquest treball es centra en l'estudi de la regeneració vegetativa en els estadis inicials del desenvolupament de Quercus coccifera, Q. humilis, Q. ilex i Q. suber, analitzant la capacitat de rebrotada després de l'eliminació de la biomassa aèria. S'ha realitzat una descripció, a nivell histològic, de l'ontogènesi del nus cotiledonar des de l'embrió fins a la plàntula de mig any d'edat de Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex. Així mateix, s'ha analitzat el contingut de midó i de nitrogen a la primavera, l'estiu i l'hivern en diferents parts de les plàntules de les quatre espècies, avaluant, alhora, l'efecte de la tala. D'altra banda, també s'ha estudiat la biometria de les glans, la capacitat de germinació i el creixement de les plàntules de les quatre espècies de Quercus.A partir dels resultats s'ha comprovat que les glans de Q. suber, en general, són més grans, tant en diàmetre com en longitud, i tenen un pes superior, mentre que les de Q. ilex són més petites i pesen menys. En les quatre espècies estudiades, el pes de la llavor està determinat per la longitud i el diàmetre, si bé, també hi ha un cert efecte de l'espècie. Amb les dades obtingudes de les tres variables de la gla s'ha calculat una funció discriminant a partir de la qual es pot determinar, amb un alt grau d'encert, a quina espècie pertany una determinada gla coneixent la mida i el pes.En relació a la capacitat de germinació, en Q. coccifera i Q. ilex la germinació depèn del pes de la gla, mentre que en Q. humilis i Q. suber és independent. Així mateix, també s'ha comprovat que el pes de la llavor afecta positivament en el creixement de les plàntules de tres i sis mesos d'edat. Possiblement un major pes de la gla implica un contingut de substàncies de reserva més elevat, i per tant representa un major subministrament de nutrients cap a la planta, repercutint així en el seu creixement inicial. En plàntules de nou mesos d'edat ja no s'ha trobat relació entre el pes de la gla i el creixement de la planta, la qual cosa es podria explicar pel fet que les substàncies de reserva de la llavor s'han esgotat. Pel que fa al creixement de la plàntula, les plàntules de Q. ilex han tingut la major taxa de creixement per quasi totes les variables estudiades. En aquesta espècie, al principi de l'experiment la grandària de les plàntules ha estat baixa, però al final han crescut més que les de les altres espècies. Les plàntules de Q. coccifera han presentat la menor taxa. En les plàntules de les quatre espècies s'ha constatat, també, que la biomassa del sistema radicular és superior a la de l'aeri. Les plàntules de Q. coccifera i Q. humilis han tingut una relació BA/BR (biomassa aèria/biomassa radicular) més baixa que les de Q. ilex i Q. suber. En espècies mediterrànies s'ha relacionat sovint una baixa relació BA/BR com una adaptació a la sequera. No obstant això, Q. humilis és una espècie que viu en zones més humides que la resta d'espècies estudiades.En referència a la regeneració vegetativa, amb aquest estudi es demostra que les plàntules de les quatre espècies tenen una elevada capacitat d'emissió de rebrots, quan s'elimina la biomassa aèria per sobre la zona d'inserció dels cotilèdons. Tanmateix, el grau de supervivència difereix segons l'espècie i la intervenció. Així, per exemple, les plàntules de Q. ilex han presentat una major mortalitat tant en la primera com en la segona tala, mentre que en Q. humilis i Q. suber la supervivència de les plàntules ha disminuït després de talar dues vegades. En el cas de Q. coccifera el grau de supervivència és bastant similar tant en la primera com en la segona intervenció. La tala successiva afecta negativament al vigor dels rebrots en Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex. Ara bé, en el cas de Q. suber s'ha trobat que els rebrots emesos després de talar dues vegades han estat més grans que els obtinguts després d'una sola tala. Després de tallar la biomassa aèria per sobre la zona d'inserció dels cotilèdons, els rebrots s'originen a partir de les gemmes del nus cotiledonar. L'estudi de l'ontogènesi del nus cotiledonar ens ha permès de constatar que el patró de desenvolupament d'aquest en Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex és similar, però difereix del descrit per a Q. suber. En les tres primeres espècies el nus cotiledonar pràcticament no s'allarga i només es desenvolupen gemmes cotiledonars just en l'axil·la del pecíol cotiledonar. En aquest sentit, cal ressaltar que en el cas de Q. coccifera i Q. ilex les gemmes es formen després de germinar la gla, mentre que en Q. humilis i Q. suber són ja presents en l'embrió. Tal i com també s'ha descrit en Q. suber, en l'estadi de plàntula, en Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex a l'axil·la de la gemma cotiledonar proliferen noves gemmes, de tal manera que es formen plaques de gemmes. Les anàlisis del contingut de midó han permès de determinar que el sistema radicular de les plàntules de Q. coccifera, Q. humilis, Q. ilex i Q. suber conté aproximadament un 90% del midó de tota la planta. Concretament de les diferents fraccions del sistema radicular (nus cotiledonar, 11 pimers centímetres de l'arrel i resta de l'arrel) la major concentració de midó es troba ens els 11 primers cm de l'arrel, que en el cas de Q. suber correspon al nus cotiledonar. Quant a les estacions, a l'estiu la concentració de midó de la part aèria i radicular disminueix en Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex, si bé es recuperen a l'hivern. En canvi en el cas de Q. suber els nivells més baixos de midó s'han obtingut a l'hivern. La tala provoca una disminució dels nivells de midó, ja que una part d'aquest és mobilitzat per a la síntesi dels nous brots. En les quatre espècies la major proporció de midó mobilitzat és en els primers 11 cm de l'arrel, és a dir, el nus cotiledonar en el cas de Q. suber. Per tant, amb aquest estudi es reafirma que el nus cotiledonar de Q. suber és un lignotúber. Tanmateix, Q. coccifera, Q. humilis i Q. ilex no presenten cap lignotúber o estructura especialitzada en la rebrotada, si bé el fet de tenir gemmes i substàncies de reserva els confereix igualment una elevada capacitat per rebrotar. En relació al nitrogen, en les quatre espècies el sistema radicular presenta aproximadament el 70% del nitrogen total de la planta. A l'estiu, la concentració de nitrogen del sistema radicular de Q. humilis i Q. suber és més baixa que a l'hivern, mentre que en Q. coccifera i Q. ilex els valors són bastant similars en ambdues estacions. La tala no provoca una davallada dels nivells de midó, això possiblement es degui a que les plàntules van rebre continuament un aport de nitrogen a través de l'aigua de reg. / Esta tesis se centra en el estudio de la regeneración vegetativa en estadios iniciales del desarrollo de Q. Coccifera, Q. Humilis, Q. Ilex y Q. Suber, analizando, también, la capacidad de respuesta de las plántulas de las diferentes especies frente a la eliminación de la biomasa aérea. Concretamente se han llevado a cabo un análisis histológico del nudo cotiledonar para determinar la presencia de las yemas y un análisis cuantitativo de las sustancias de reserva, almidón y nitrógeno, de diferentes partes de la planta, incluyendo, también, un seguimiento estacional. Paralelamente, en dichas especies se ha estudiado la biometría de las bellotas, la capacidad de germinación y el crecimiento de las plántulas de las cuatro especies de Quercus.A partir de los resultados obtenidos se ha comprobado que las bellotas de Q. Suber , en general, son más grandes y tienen un peso superior que las del resto de especies estudiadas. De hecho, parece que el peso fresco de la bellota está determinado por el diámetro y la longitud, si bien también hay un cierto efecto de la especie. Asimismo, después de la germinación el peso de la bellota influye positivamente en el crecimiento de las plántulas, pero al cabo de nueve meses este es totalmente independiente del peso de la semilla.Las plántulas de Q. Ilex tienen la tasa de crecimeinto más elevada que el resto de las especies, si bien al principio del experimento los valores de crecimiento han sido bastante bajos. Las plántulas de Q. Coccifera han presentado la menor tasa de crecimiento. Las plántulas de las cuatro especies tienen una relación BA/BR (biomasa aérea/biomasa radicular) baja, concretamente Q coccifera y Q. Humilis tienen una biomasa radicular tres veces superior a la aérea.Cuando se elimina la parte aérea por encima de la zona de inserción de los peciolos cotiledonares, las plántulas de Q. Coccifera, Q. Humilis y Q. ilex rebrotan a partir de las yemas del nudo cotiledonar. En este sentido, las plántulas de Q. ilex han presentado una elevada mortalidad después de la primera y segunda tala. También se ha comprobado que la tala repetida afecta negativamente a la supervivencia y al vigor del rebrote en Q. coccifera, Q. humilis Q. ilex. No obstante para Q. suber sólo disminuye la supervivencia. De hecho en esta especie los rebrotes emitidos después de la segunda tala tienen un mayor tamaño que los emitidos en la primera tala.En referencia al nudo cotiledonar, en Q. coccifera y Q. ilex las yemas cotiledonares se desarrollan después de la germinación, mientras que en Q. humilis y Q. suber estas ya están presentes en el embrión. En el nudo cotiledonar de plántulas de Q. coccifera, Q. humilis y Q. ilex hay una proliferación de yemas, formando placas. En este sentido el patrón de desarrollo del nudo cotiledonar de Q. coccifera, Q. humilis y Q. ilex es similar, pero difiere al descrito para Q. suber (Molinas y Verdaguer, 1993). En las tres primeras especies el nudo cotiledonar prácticamenta no se alarga y sólo se desarrollan yemas cotiledonares en las axilas de los peciolos cotiledonares.Los análisis de las sustancias de reserva han demostrado que el sistema radicular de las plántulas de Q. coccifera, Q. humilis y Q. suber contiene aproximadamente el 90% del almidón total. En relación, a las estaciones, en verano la concentración de almidón de la parte aérea y subterránea de las plántulas de Q. coccifera, Q. humilis y Q. ilex, recuperándose los valores en invierno. En el caso de la parte subterránea de plántulas de Q. suber los niveles de almidón más bajos se han obtenido en invierno. Cuando se elimina la parte aérea la concentración de almidón de la parte radicular de las cuatro especies disminuye, porque una parte de este carbohidrato es movilizado para la síntesis de los nuevos brotes.Por otra parte, este estudio del parón de distribución y de movilización del almidón en Q. suber ha permitido confirmar que el nudo cotiledonar, en esta especie, es un lignotuber. Sin embargo, en Q. coccifera, Q. humilis y Q. ilex no se puede describir la formación de un lignotuber o de una estructura especializada para el rebrote en el estadio de plántula, si bien la presencia de yemas y de almidón en el sistema radicular les confiere una elevada capacidad para emitir rebrotes.Por lo que se refiere al nitrógeno, el sistema radicular contiene en porcentaje la mayor cantidad de nitrógeno aproximadamente el 70% del nitrógeno total. En verano la concentración de nitrógeno del sistema radicular de Q. humilis y Q. suber es más baja que en invierno, mientras que en Q. coccifera y Q. ilex los niveles de nitrógeno son similares en las dos estaciones. / This thesis focuses on vegetative regeneration in the first stages of development of Quercus coccifera, Q. humilis, Q. ilex and Q. suber. One goal is to provide a histological description of the ontogeny of the cotyledonary node from embryo to six-month-old seedling for Q. coccifera, Q. humilis and Q. ilex. Starch and nitrogen content were analysed in spring, summer and winter in different parts of the seedling in four Quercus species. The effect of pruning was also analyzed. Furthermore, the acorn biometry, germination capacity and seedling growth in the four species were studied. The results show that Q. suber acorns are, in general, larger, in both length and diameter, and weigh more than the others. In these species, acorn length and diameter determine weight, but there is also a species effect. The germination capacity of Q. coccifera and Q. ilex depends on acorn weight, whereas in Q. humilis and Q. suber, it is independent of weight. This study also demonstrates that acorn weight affects positively the growth of 3 and 6-month-old seedlings, but in 9-month-old seedling there is no relationship between the weight of the seed and the seedling growth.In reference to seedling growth, Q. ilex seedlings show the highest growth rate of all the studied variables. In all four species, the root biomass is greater than the aerial biomass. With regard to vegetative regeneration, this study demonstrates that the seedlings of the four species show a high sprouting capacity when the aerial biomass is removed above the cotyledonary node. However, seedling survival depends on the species and the pruning intervention. Repeated pruning reduces Q. coccifera, Q. humilis and Q. ilex sprout vigour. But, in Q. suber sprout size after the second pruning is greater than it is after the first pruning. After removing the aerial biomass above the cotyledonary node, sprouts develop from cotyledonary node buds. The anatomy of the cotyledonary node is similar for Q. coccifera, Q. humilis and Q. ilex, but it differs from that described for Q. suber. The cotyledonary nodes of the first three species hardly elongate at all and cotyledonary buds only develop in the axils of the cotyledonary petiole. These buds are present at the embryo stage in Q. humilis and Q. suber, but are not visible in Q. coccifera and Q. ilex. At the seedling stage, the cotyledonary buds of Q. coccifera, Q. humilis and Q. ilex multiply, forming bud clusters. The starch analyses show that the root system of Q. coccifera, Q. humilis, Q. ilex and Q. suber contain about 90% of the total plant starch. In the different fragments of the root system (the cotyledonary node, the first 11cm of the root and the rest of the root) the main starch concentration is in the first 11 cm of root which, in the case of Q. suber, corresponds to the cotyledonary node. With regard to the season, in summer the starch levels in the aerial parts and the roots of the plants decrease in Q. coccifera, Q. humilis and Q. ilex, but these levels recover in winter. In contrast, the starch concentrations in Q. suber are at their lowest in winter. Pruning causes a reduction in starch levels, because the starch is mobilised to synthesize the new sprouts. In all four species the main proportion of starch mobilised is from the first 11 cm of root, which, for Q. suber, is the cotyledonary node. So this study confirms that the cotyledonary node in Q. suber is a lignotuber. However, Q. coccifera, Q. humilis, Q. ilex do not have any lignotuber or specialised sprouting structure, although the presence of buds and substance reserves give them a high sprouting capacity. In reference to nitrogen content, the root systems of the four species contain approximately 70% of the total nitrogen. In summer, the root system nitrogen concentration for Q. humilis and Q. suber is lower than it is in winter, whereas in Q. coccifera and Q. ilex the values are similar in the two seasons. Pruning does not cause any decrease in nitrogen levels, probably because the seedlings received a continuous supply of nitrogen as they were irrigated.

This thesis is a study of the structure and development of the young radicular system of Quercus suber. The work is focused on the sprouting capacity of the radicular system of the seedling, the development and organization of the root apex and the differentiation of the endodermis / S’estudia l’estructura i el desenvolupament del sistema radicular juvenil de Quercus suber. El treball se centra en l’estudi de l’ontogènesi del sistema radicular atenent a la capacitat de rebrotar que presenten les plàntules a partir de la part hipogea, en la caracterització de l’arrel primària, emfasitzant l’organització del meristema radicular, la formació del sistema vascular i el desenvolupament de les arrels laterals de primer ordre i, en la descripció de la diferenciació de l’endodermis en quan és una capa que suberitza

El gènere Cheirolophus Cass. (Asteraceae, Cardueae) comprèn unes 27-30 espècies amb una distribució que abasta principalment la conca mediterrània i la regió macaronèsica. Mentre que al continent aquest grup ha experimentat una diversificació relativament modesta, aproximadament 20 espècies han estat descrites als arxipèlags de Canàries i Madeira, constituint un cas paradigmàtic de radiació en illes oceàniques. L’objectiu d’aquesta tesi és l’estudi d’aquest gènere des dels punts de vista filogeogràfic, citogenètic i de biologia de la conservació, amb una èmfasi especial a investigar el procés de diversificació que va tenir lloc als arxipèlags macaronèsics. A partir d’un mostreig que inclou tota la diversitat d’espècies reconeguda actualment per a Cheirolophus, s’han realitzat anàlisis filogenètiques i de datació molecular que ens han permès inferir la història evolutiva del grup amb força precisió. La diversificació d’aquest gènere hauria començat cap a mitjan miocè o finals d’aquesta època, amb una història evolutiva inicialment molt marcada pels esdeveniments climàtics ocorreguts durant aquest període a la conca mediterrània i que haurien jugat un paper important en la migració cap a la part més occidental de la regió. El procés de radiació als arxipèlags macaronèsics hauria succeït a un ritme extraordinàriament ràpid, amb una de les taxes d’especiació en plantes més ràpides observades en illes fins al present. Les anàlisis filogeogràfiques realitzades indiquen que l’illa de Tenerife ha tingut un paper essencial en aquest intens procés de diversificació que, segons les nostres dades, hauria estat impulsat per esdeveniments de diferenciació al·lopàtrica, introgressió i adaptació ecològica incipient. La radiació de Cheirolophus a la Macaronèsia també s’ha estudiat mitjançant una aproximació poblacional amb marcadors hipervariables AFLP. El resultat d’aquestes anàlisis indica una estructura genètica amb un patró geogràfic marcat i un fort aïllament genètic entre les poblacions, combinació que podria haver potenciat el procés d’especiació. Els estudis de citogenètica molecular han revelat que el gènere Cheirolophus va experimentar un augment molt important en el nombre de marcatges 35S del DNA ribosòmic, fenomen que té lloc des del mateix inici de la diversificació del grup a la Mediterrània. Aquest patró, que contrasta amb la disminució de la quantitat de DNA nuclear observada durant l’evolució del gènere, indica un particular dinamisme genòmic, que podria estar relacionat amb la capacitat de radiació insular d’aquest grup. Finalment, dues espècies de Cheirolophus de distribució ibèrica –Ch. sempervirens i Ch. uliginosus– també han estat estudiades des d’un punt de vista filogeogràfic i de biologia de la conservació. Cheirolophus sempervirens presenta un clar patró nord-sud de diversitat genètica i d’estructura genètica que suggereix l’efecte de les glaciacions a la seva història evolutiva. L’estructura filogeogràfica de Ch. uliginosus és més complexa, possiblement deguda a una llarga història evolutiva in situ i a les conseqüències de la fragmentació i la pèrdua recent d’individus en algunes poblacions. En aquesta mateixa espècie, s’ha reportat nivells significativament baixos de diversitat genètica associats a la mida petita d’algunes poblacions, la qual cosa podria estar afectant negativament la seva capacitat (fitness) reproductiva. / The genus Cheirolophus Cass. (Asteraceae, Cardueae) comprises around 27-30 species mainly distributed in the Mediterranean Basin and the Macaronesian region. The diversification of this group of plants in the continent has been relatively modest, but approximately 20 species have been described in the Canarian and Madeiran archipelagos, constituting a paradigmatic example of radiation on oceanic islands. The objective of this thesis is to study the genus from the point of view of phylogeography, cytogenetics and conservation biology, particularly focusing on the diversification process occurred on Macaronesian archipelagos. Based on a sampling that includes the whole species diversity accepted for Cheirolophus, we performed phylogenetic and molecular dating analyses, resulting on a solid inference of the evolutionary history of the group. The diversification of this genus probably started around Mid-Late Miocene, showing an initial evolutionary history significantly shaped by the climatic events occurred during this period in the Mediterranian basin, probably involved as well in the migration process to the western part of the region. The time-calibrated phylogeny suggest that Macaronesian radiation was an extraordinarily fast proces, showing one of the highest speciation rates ever found on plants from oceanic islands. Phylogeographic analyses indicate that Tenerife Island played an important role in this explosive diversification process that according to our data could have been driven by allopatric differentiation, incipient ecological adaptation and introgression events. The radiation of Cheirolophus on the Macaronesian archipelagos was also investigated using a population approach based on AFLP markers. The results of these analyses indicate a genetic structure showing a strong geographic pattern and a considerable genetic isolation among the populations, a combination that may have boosted the speciation process. Molecular cytogenetic studies have revealed that Cheirolophus has undergone a significant increase in the number of 35S rDNA loci, a phenomenon starting just after the diversification of the genus in the Mediterranean region. This pattern, which contrasts with the gradual genome downsizing observed during the evolution of the genus, indicates certain genomic dynamism in the genus, maybe related to the ability for island radiation showed by this group. Finally, two Cheirolophus species distributed in the Iberian Peninsula –Ch. sempervirens and Ch. uliginosus– have also been studied from a phylogeographic and conservation biology point of view. Cheirolophus sempervirens shows a clear north-to-south pattern of genetic diversity and genetic structure, suggesting the effect of Pleistocene glaciation on its evolutionary history. The phylogeographic structure of Ch. uliginosus is more complex, possibly due to a long in situ evolutionary history and the consequences of the fragmentation and individuals loss recently happened in some populations. In the same species, significantly lower genetic diversity levels have been reported on small-sized populations, a fact that might be negatively affecting their reproductive fitness.

La sequía es una de las situaciones más perjudiciales para el crecimiento y la supervivencia de las plantas. Sin embargo, las plantas han desarrollado estrategias para afrontar dichas condiciones, incluyendo el rápido incremento de ácido abscísico (ABA). Se ha popularizado que las raíces son el órgano capaz de detectar la deshidratación en el substrato, aumentando los niveles de ABA. En esta tesis se ha estudiado la capacidad de las raíces en sintetizar ABA y la implicación del transporte desde tejidos aéreos. La evidencia presentada en esta tesis sugiere que las raíces de las plantas cítricas no constituyen una fuente relevante de ABA y por el contrario, siendo las hojas responsables de mantener la acumulación de ABA en las raíces deshidratas. Además, se sugiere que las hojas juegan un papel clave en detectar el déficit hídrico y por tanto en desencadenar la acumulación de ABA en hojas y en raíces. / Water deficit is one of the most detrimental conditions for plant growth and survival. However, plants have developed several strategies to cope with this condition including the rapid accumulation of abscisic acid (ABA). For years, it has been assumed that dehydration is perceived by roots which stimulate the ABA increase which is further transported to leaves to regulate the stomatal aperture. In this thesis, this model is questioned since several lines of evidence indicate that roots could not sustain larger increases of ABA. Here it is provided evidence that roots of Citrus plants are not an important source of ABA under water deficit and conversely, leaves sustain the accumulation of ABA in those dehydrated roots. Furthermore, data present here suggest that leaves are key not only in providing ABA to roots but also in triggering the water stress responses which lead to the ABA accumulation in both, leaves and roots.

La hibridació és un fenomen molt freqüent en plantes, però els híbrids solen ser estèrils. Existeixen barreres reproductives que dificulten l’intercanvi genètic entre espècies, però, no obstant, aquest acaba tenint lloc. Això genera moltes preguntes, com ara les següents. Quines solen ser aquestes barreres i, sobretot, com aconsegueixen ser superades? Quin paper hi té l’aïllament geogràfic? En zones de muntanya, s’ha proposat la vicariància com a procés clau en la diversificació de les plantes, però realment és la vicariància el procés que contribueix majoritàriament a la diversificació de plantes en els hàbitats de muntanya? L’objectiu d’aquesta tesi és trobar respostes a aquestes preguntes i per això tractarem les diferents qüestions en diversos grups de plantes que s’hi ajusten en base a estudis previs. Els grans temes que abordem amb aquesta idea són els següents: i) processos d’especiació per hibridació en un grup citogenèticament complex d’espècies de muntanya, la secció Triplinervium del gènere Saxifraga (Saxifragaceae), ii) híbrids F1 i el seu tractament taxonòmic: caracterització i tipificació de Jacobaea ×mirabilis (Asteraceae), iii) hibridació i introgressió en endemismes de muntanya, una possible amenaça per a la conservació? Estudi sobre les dues espècies del gènere Rhaponticum (Asteraceae) dels Alps: R. heleniifolium i R. scariosum, i iv) diversificació del gènere Artemisia (Asteraceae) a l’alta muntanya europea: quins són els factors que hi han contribuït de manera més decisiva? Els resultats obtinguts en les diferents publicacions d’aquesta tesi mostren que les principals fonts de diversificació en plantes són l’intercanvi genètic (hibridació i introgressió) i les mutacions cromosòmiques (com guanys, pèrdues o reestructuracions de braços cromosòmics, que poden acabar derivant en casos de disploïdia). Per contra, l’aïllament geogràfic per se no genera diversificació, però permet la fixació de noves combinacions cromosòmiques per processos de coll d’ampolla, o bé facilita o impedeix el contacte entre diferents espècies, és a dir, determina quines espècies poden acabar hibridant. En els casos que hem estudiat, i a diferència del que se sol postular, s’ha pogut constatar, a més, que la poliploïdia no és la font més comuna d’origen de noves espècies, sinó que l’especiació sol tenir lloc en el mateix nivell de ploïdia, ja sigui després d’una hibridació (especiació híbrida homoploide o hibridació introgressiva) o bé per canvi del nombre cromosòmic bàsic (disploïdia). / Hybridization is widespread in plants, but only infrequently results in viable or fertile offspring. There are reproductive barriers, which hamper the genetic exchange between species, but, nevertheless, this ends up taking place. This generates many questions such as the following: What are usually these barriers, and, especially, how do plants achieve to overcome them? What role does geographical isolation play? In mountain regions, vicariance has been proposed as a key process on plants diversification, but is it actually vicariance the process that mainly contributes to plant diversification on mountain habitats? The aim of this thesis is to find answers to these questions, and therefore we will deal the different issues with several plant groups according to previous studies. The major topics addressed with this idea are the following: i) hybrid speciation processes in a cytogenetically complex group of mountain species, section Triplinervium of genus Saxifraga (Saxifragaceae), ii) F1 hybrids and their taxonomic treatment: characterization and typification of Jacobaea ×mirabilis (Asteraceae), iii) hybridization and introgression on mountain endemic plants, a possible threat to conservation? Study about the two alpine species of Rhaponticum genus (Asteraceae): R. heleniifolium and R. scariosum and, iv) diversification of European high mountain Artemisia (Asteraceae): what are the factors that have contributed in the most decisive way? The results obtained in the different publications of this thesis show that the main sources of diversification in plants are genetic exchange (hybridization and introgression) and chromosomic mutations (like gains, losses or chromosome arms restructuration, which can end up to dysploidy cases). Conversely, geographical isolation per se does not generate diversification, but it allows the establishment of new chromosomal combinations by bottleneck processes and/or impedes or facilitates contacts between different species, i.e. determining which species can hybridize. In the cases we studied, unlike what is usually postulated, it has been additionally shown that polyploidy is not the most common source of origin of new species, but rather speciation took place on the same ploidy level, either after hybridization (homoploid hybrid speciation or introgressive hybridization) or by changing the basic chromosome number (dysploidy).

Els diferents treballs presentats en aquesta tesi han permès aprofundir en diversos aspectes relacionats amb el maneig de plantacions de cirerer per a fusta de qualitat en un context mediterrani, així com en uns altres més purament relacionats amb processos hidrològics, fisiològics o ecològics i amb la metodologia utilitzada per la mesura d'aquests. En el primer capítol es van testar els efectes que poden tenir sobre la producció de fusta el tipus de sòl (argilenc amb escàs percentatge d'elements gruixuts, enfront de sorrenc amb elevat percentatge d'elements gruixuts), el reg per degoteig (reg enfront de no reg) i el llaurat del sòl (llaurat mecànic enfront de vegetació espontània). Els resultats van mostrar que tant el tipus de sòl com el reg van tenir efectes significatius, mentre que el llaurat de sòl no va suposar increments notables en el increment en el volum de fusta. L'extrapolació dels resultats a tot el torn de plantació va permetre establir que, si la tendència observada es manté, el torn de plantació pot ser massa elevat per al sòl de tipus sorrenc, mentre que s'aconseguiria una reducció del voltant de deu anys al aplicar el reg, independentment del tipus de sòl. D'altra banda, la valoració econòmica i ecològica dels resultats del llaurat del sòl va permetre establir una forta reducció dels costos associats i una alta diversitat de la vegetació herbàcia acompanyant, amb els beneficis associats que aquesta última podria portar amb si. En el següent capítol es va estudiar la partició de la pluja amb un disseny experimental d'alta resolució espacial i temporal (que va permetre estudiar els processos a diferents escales), i amb un seguiment de l'estructura forestal i el clima com a possibles factors explicatius. Mentre que certes pluges d'escassa magnitud van provocar elevades intercepcions de pluja, els resultats a escala global (acumulat per a tot el període d'estudi) van indicar una baixa capacitat d'intercepció de la plantació, amb el que això pot suposar en matèria de reg. Des del punt de vista metodològic, es va posar de manifest que deu pluviòmetres per mesurar la trascolaciò són suficients per recollir la variabilitat espacial d'aquesta variable a l'escala global. En el tercer i quart capítol així com en l'annex, es va avaluar la transpiració i la seva relació amb variables ambientals (evapotranspiraciò i contingut hídric del perfil de sòl) i estructurals de la vegetació, d'una banda, i diversos aspectes metodològics relacionats amb l'us de sensors de flux de saba per estimar la transpiració, per una altra. Com a resultats més importants, es va posar de manifest el control estomàtic de la transpiració per a rangs concrets de contingut hídric del sòl, així com de la utilitat de les podes per millorar l'eficiència en l'ús de l'aigua a escala de plantació (capítol 3). En relació als aspectes metodològics, es va confirmar que alguns mètodes àmpliament utilitzats en altres espècies per estimar l'àrea conductora no van ser vàlids per a l'espècie estudiada. D'altra banda, es van establir els perfils radials i azimutals de la densitat de flux de saba (capítol 4) i es va comprovar que no considerar la variació que l'àrea conductora té al llarg del període vegetatiu pot suposar importants errors en l'estimació de la transpiració (annex). Finalment, en el capítol cinc, gràcies a l'us d'isòtops estables de l'aigua, es va arribar a la conclusió que, encara que les arrels fines dels arbres es van presentar al llarg del tot el perfil de sòl (0-100 cm), l'extracció principal d'aigua en l'època vegetativa es va produir fonamentalment de les capes superficials, unes vegades a 25 cm de profunditat i unes altres a menor profunditat. Aquest patró d'extracció d'aigua, juntament amb el similar observat per a la vegetació herbàcia acompanyant, va semblar indicar una competència per l'ús de l'aigua entre els arbres i les herbàcies. D'altra banda, els resultats en el sòl de pitjor qualitat agronòmica (el de tipus sorrenc indicat en el primer paràgraf d'aquest resum), amb taxes transpiratives molt baixes en les condicions de no reg, van indicar que la tècnica isotòpica podria ser no adequada en aquestes condicions, on la mescla de les aigües del xilema i floema invalidaria l'assumpció inicial de la relació directa entre l'aigua de xilema i l'aigua del sòl. / Los diferentes trabajos presentados en esta tesis han permitido profundizar en diversos aspectos relacionados con el manejo de plantaciones de cerezo para madera de calidad en un contexto mediterráneo, así como en otros más puramente relacionados con procesos hidrológicos, fisiológicos ó ecológicos y con la metodología utilizada para el monitoreo de éstos. En el primer capítulo se testaron los efectos que pueden tener sobre la producción de madera el tipo de suelo (arcilloso con escaso porcentaje de elementos gruesos frente a arenoso con porcentaje elevado de elementos gruesos), el riego por goteo (riego frente a no riego) y el laboreo del suelo (laboreo mecánico frente a vegetación espontánea). Los resultados mostraron que tanto el tipo de suelo como el riego tuvieron efectos significativos, mientras que el laboreo no supuso incrementos notables en el volumen maderable. La extrapolación de los resultados a todo el turno de plantación permitió establecer que, si la tendencia observada se mantiene, el turno de plantación puede ser demasiado elevado para el suelo de tipo arenoso con porcentaje elevado de elementos gruesos, mientras que se lograría una reducción de alrededor de diez años al aplicar el riego, independientemente del tipo de suelo. Por otra parte, la valoración económica y ecológica de los resultados del laboreo del suelo permitió establecer una fuerte reducción de los costes asociados y una alta diversidad de la vegetación herbácea acompañante, con los beneficios asociados que esta última puede traer consigo. En el segundo capítulo se estudió la partición de la lluvia con un diseño experimental de alta resolución espacial y temporal, además de un seguimiento de la estructura forestal y las variables meteorológicas como posibles factores explicativos de la variabilidad espacio-temporal. Mientras que ciertas lluvias de escasa magnitud provocaron elevadas pérdidas por interceptación, los resultados para todo el periodo de estudio indicaron una baja capacidad de interceptación de la plantación, con lo que ello puede implicar en materia de riego. Desde el punto de vista metodológico, se puso de manifiesto que diez pluviómetros son suficientes para recoger la variabilidad espacial de la trascolación a escala de parcela. En el tercer y cuarto capítulos, así como en el anejo, se evaluó la transpiración y su relación con las variables ambientales (evapotranspiración y contenido hídrico del perfil de suelo) y estructurales de la vegetación. Así mismo, se analizaron diversos aspectos metodológicos relacionados con el empleo de sensores de flujo de savia para estimar la transpiración. Como resultados más destacables se puso de manifiesto el control estomático de la transpiración para rangos concretos de contenido hídrico del suelo, así como de la utilidad de las podas para mejorar la eficiencia en el uso del agua a escala de plantación (capítulo 3). En lo que se refiere a los aspectos metodológicos, se confirmó que algunos métodos ampliamente utilizados en otras especies para estimar el área conductora, no fueron válidos para la especie estudiada. Por otro lado, se establecieron los perfiles radiales y azimutales de la densidad de flujo de savia (capítulo 4) y se comprobó que no considerar la variación a lo largo del período vegetativo del área conductora puede suponer importantes errores en la estimación de la transpiración (anejo). Por último, en el capítulo cinco, gracias al empleo de isótopos estables del agua, se llegó a la conclusión de que, aunque las raíces finas de los árboles se localizaron a lo largo del todo el perfil de suelo (0-100 cm), la extracción de agua durante el período vegetativo se produjo principalmente de las capas más superficiales, unas veces a 25 cm de profundidad y otras a menor profundidad. Este patrón de extracción de agua, junto con un patrón similar observado para la vegetación herbácea acompañante, pareció indicar una competencia por el uso del agua entre los árboles y las herbáceas. Finalmente, las tasas transpirativas tan bajas obtenidas en condiciones de no riego en los árboles situados en el suelo de peor calidad agronómica (el de tipo arenoso indicado en el primer párrafo de este resumen), indicaron que la técnica isotópica podría ser no adecuada en dichas condiciones, ya que una posible mezcla de las aguas del xilema y floema, en estas condiciones de estrés severo, invalidaría la asunción inicial del método de una relación directa entre el agua del xilema y el agua del suelo. / All different works presented in this thesis have allowed a further study of some of the main aspects related to the management of wild cherry tree plantations for timber production under Mediterranean climatic conditions. Moreover, key hydrological, physiological and ecological processes have been monitored and the methodology used for that purpose tested. Within the first chapter, the potential effects of soil type (clay-loam texture with negligible presence of gravels versus sandy-loam texture with high proportion of gravels), irrigation (drip irrigation versus rainfed conditions) and soil tillage (soil tillage versus spontaneous herbaceous plants leaved to grow) on timber volume were tested. Results showed that both soil type and irrigation had significant effects on the timber volume increase, whereas soil tillage did not. Extrapolation of these results to the future allowed setting that, if the observed tendency is maintained, the rotation length will be too high for the sandy soil, whereas a reduction of ten years in the rotation length will be obtained if irrigation is applied, regardless the soil type. On the other hand, the economic and ecological assessment of soil tillage results allowed establishing a strong reduction of the associated costs and high herbaceous vegetation diversity, with the potential related benefits the latter could imply. In the following chapter rainfall partitioning was studied by using an experimental design of high spatial and temporal resolution, together with the monitoring of forest structure and climate variables as potential driving factors. While certain rainfall events of low magnitude caused high interception losses, results at global scale (the accumulated value for the whole study period) indicated a low rainfall interception capacity for the plantation. From a methodological point of view, it was showed that ten tipping buckets were sufficient to collect the spatial variability of throughfall at the global scale. Within chapters three and four and in the annex, stand transpiration and its dependency with environmental (evapotranspiration and soil water content) and forest structural variables were assessed in one hand, and in the other, certain methodological aspects related to the use of sap flow sensors were evaluated. As for the most relevant results, the linear relationship between transpiration and soil water content, and the ability of branch pruning to improve the water use efficiency at stand scale, are highlighted (chapter 3). With regards to methodological aspects, it was confirmed that some methods widely used in other species to estimate the sapwood area were not suitable for the specie under study. In addition, radial and azimuthal profiles of the sap flux density were defined (chapter 4), and it was confirmed that the non consideration of the variation of the sapwood area along the vegetative period may cause relevant errors in the transpiration estimates (annex). Finally, in chapter five, thanks to the use of stable water isotopes, it could be concluded that, even though fine tree roots were observed all through the soil profile (0-100 cm), the root water extraction during the vegetative period was mainly obtained from soil superficial layers, sometimes from 25 cm depth, and some other times from more superficial depths. This water uptake pattern for wild cherry tree, together with that similar one observed in the spontaneous vegetation, is likely to be an indication of water use competence between trees and herbaceous plants. On the other hand, results from the lowest agronomic quality soil (that of sandy texture indicated in the first paragraph of this summary), with very low tree transpiration rates under rainfed conditions, seemed to indicate that water isotopes technique can be inadequate for such conditions, where the mixture of xylem and phloem waters may invalidate the assumption of a direct linkage between xylem and soil waters.

El cáncer de mama es el más frecuente en las mujeres de todo el mundo. Existen evidencias epidemiológicas y, sobretodo, experimentales de que los factores ambientales, especialmente los nutricionales, tienen un papel en la etiología y desarrollo de esta enfermedad. Por otra parte, se ha descrito el adelantamiento de la pubertad como factor de riesgo de cáncer de mama, así como que el momento en que se produce la menarquia viene determinado, en gran parte, por el estado nutricional del individuo. El objetivo de este trabajo ha sido estudiar los efectos moduladores de las dietas hiperlipídicas de aceite de maíz (M20), rica en PUFA n-6, y de aceite de oliva virgen extra (mO20), rica en MUFA n-9 y compuestos bioactivos, administradas desde la etapa prepuberal o la edad adulta, sobre la maduración sexual y la carcinogénesis mamaria experimental, así como algunos de los mecanismos moleculares por los cuales se podrían ejercer dichos efectos. Se ha utilizado como soporte experimental el modelo de tumores mamarios inducidos en ratas hembra Sprague-Dawley con el carcinógeno químico 7,12-dimetilbenz(a)antraceno. Los resultados de este trabajo muestran un efecto diferencial de las dietas hiperlipídicas sobre el peso y la masa corporal de los animales, que aumentaron por efecto de la dieta M20. Por el contrario, la dieta mO20 no modificó estos parámetros, y según los resultados obtenidos podría ser debido, al menos en parte, a que favorecería la disipación de la energía disminuyendo, por tanto, su almacenamiento. Por otro lado, ambas dietas hiperlipídicas adelantaron el inicio de la pubertad, aunque el efecto fue superior en el caso de la de aceite de maíz, observándose clínica, morfológica y molecularmente, una maduración sexual a edad más temprana. Asimismo, la caracterización morfológica y molecular de la glándula mamaria reveló un posible aumento de la susceptibilidad a la transformación neoplásica por efecto de les dietas hiperlipídicas, principalmente la M20, que aumentó el número de estructuras epiteliales indiferenciadas, parámetros relacionados con la proliferación celular e índices de estrés oxidativo. En cuanto al estudio de la carcinogénesis, se ha constatado que la dieta rica en aceite de maíz ejerció un claro efecto estimulador, fundamentalmente promotor, de la carcinogénesis mamaria experimental que se manifestó en un menor tiempo de latencia, mayor número de animales afectados, y el elevado contenido y volumen tumorales, así como unas características tumorales de mayor grado histopatológico, necrosis tumoral y reacción estromal. Por su parte, la dieta rica en aceite de oliva mostró una influencia similar a la de la dieta normolipídica en una primera fase del estudio, mientras que para períodos más largos se observó un débil efecto estimulador. A pesar de ello, los adenocarcinomas de los animales alimentados con dicha dieta fueron de menor histopatológico de malignidad que los de la dieta M20. En relación a los mecanismos mediante los cuales las dietas ejercerían sus efectos se hallaría la disminución de la capacidad antioxidante en glándula mamaria, aunque dicha situación no se observó en tumores. Por otra parte, la determinación del perfil de expresión génica mediante microarrays mostró un efecto diferencial de ambas dietas. Así, la dieta rica en aceite de maíz, pero no la de aceite de oliva, disminuyó la expresión de genes implicados en la respuesta inmunitaria y la apoptosis tanto en glándula mamaria como en tumores. En conclusión, los datos obtenidos muestran una clara influencia de la dieta rica en PUFA n-6 sobre la maduración sexual y la carcinogénesis mamaria experimental, mientras que la rica en aceite de oliva virgen extra muestra un efecto más parecido a la dieta control normolipídica, y pone de relevancia la trascendencia de los hábitos dietéticos desde edades tempranas. / Breast cancer is the most common malignancy in women worldwide. Several epidemiological and, mainly, experimental evidences have shown that environmental factors, especially nutritional ones, have a role in the etiology and development of this disease. Furthermore, advance of puberty have been described as a risk factor for breast cancer, as well as that time of menarche is determined, largely, by the nutritional status. The aim of this work was to study the modulatory effects of diets high in corn oil (M20), rich in n-6 PUFA, and extra virgin olive oil (mO20), rich in n-9 MUFA and bioactive compounds, administered from prepuberty or in adulthood, on sexual maturation and experimental mammary carcinogenesis, as well as some of the molecular mechanisms by which such effects could be exerted. The experimental model of mammary tumors chemically induced with 7,12-dimethylbenz(α)anthracene (DMBA) in the female Sprague-Dawley rat has been used. The results of this work showed a differential effect of these high fat diets on body weight and mass, which were increased by the M20 diet. On the contrary, the diet rich in olive oil (mO20) did not modify such parameters, and the data obtained indicate that this could be due, at least in part, to an effect on energy dissipation therefore decreasing its storage. Moreover, both high fat diets advanced puberty onset, such effect being stronger by the high corn oil diet. Thus, animals fed the M20 diet showed clinical, morphological and molecular parameters of earlier sexual maturation. Furthermore, morphological and molecular characterization of the mammary gland suggested an increase in the susceptibility to neoplastic transformation by both high fat diets, especially the M20, which increased the number of undifferentiated epithelial structures, parameters related to cell proliferation, and oxidative stress indexes. In relation to the carcinogenesis study, results indicated that the high corn oil diet exerted a clear stimulating effect on experimental breast cancer, mainly in the promotion stage. Such effect was observed by the lower latency time, higher number of tumor-bearing animals, and the increased tumor yield and volume, in addition to the anatomopathological characteristics (higher histological degree, necrosis and stromal reaction). On the other hand, the diet rich in olive oil had a similar influence than the low fat control diet in the first stages of the study, whereas for longer periods it showed a weak stimulatory effect. Nevertheless, adenocarcinomas from animals fed the high olive oil diet displayed a lower histopathological degree of tumor malignancy than those from the M20 diet. In relation to the mechanisms by which high fat diets could exert their effects we found a decrease in the antioxidant capacity in the mammary gland, although such decrease was not observed in adenocarcinomas. Moreover, determination of gene expression profile by microarrays revealed a clear differential effect of the high fat diets. Thus, the diet rich in corn oil, but not high olive oil diet, decreased the expression of genes related to immune response and apoptosis, both in mammary gland and in tumors. In conclusion, the results of this work showed a clear influence of the diet rich in n-6 PUFA on sexual maturation and experimental mammary carcinogenesis, whereas the diet rich in extra virgin olive oil had an effect similar to that of the low fat control diet, highlighting the importance of dietary habits from an early age.

Pendent / El objetivo principal de este trabajo es la aplicación de técnicas de inoculación de platnas de abeto de Douglas (Pseudotsuga menziesii (Mirb.)Franco) con hongos ectomicorrícicos seleccionados para las condiciones españolas, con el objetivo de mejorar la calidad de planta de reforestación. Primeramente se ha realizado un proceso de selección de hongos por hábitat, especie asociada, capacidad de crecimiento en cultivo y formación de micorrizas in vitro. Sobre un total de 48 cepas probadas pertenecientes a 36 especies, se han seleccionado 32 cepas en 24 especies por su capacidad micorrícica en cultivo puro. Las técnicas de inoculación de plantas producidas en contenedor han incluïdo inóculo vegetativo, miceli incluído en gel de alginato e inóculo de esporas aplicados a distintas dosis. El inóculo vegetativo de Hebeloma crustuliniforme, Laccaria bicolor, L. laccata y Lyophyllum decastes ha resultado efectivo en la formación de ectomicorrizas, con dosis óptimas variables. La producción de micelio incluído en gel de alginato ha mostrado un grado variable de tolerancia de determinados hongos a las concentraciones elevadas de CaCI2 utilitadas para polimerizar el alginato y al almacenamiento en frío. La formación de micorrizas con este tipo de inóculo se obtuvo únicamente con L. bicolor que resultó efectivo a bajas dosis de aplicación. El inóculo de esporas se obtubo principalmente a partir de hongos hipogeos de fructificación regular en plantaciones adultas de abeto de Douglas. Los esporocarpos de Rhizopogon subareolatus y Melanogaster ambiguus proporcionaron un elevado número de esporas que fueron efectivas en la formación de ectomicorrizas a dosis relativamente bajas. Adicionalmente, se ha iniciado el desarrollo de técnicas de inoculaciones dobles con hongos ectomicorrícicos seleccionados. los resultados in vitro han permitido determinar la capacidad colonizadora relativa y la inducción de la formación de raíces cortas de distintas especias de hongos. Los resultados obtenidos en estas condiciones indican que L. Bicolor y R. subareolatus son hongos de elevada capacidad competitiva.Las inoculaciones mixtas en condiciones de contenedor han resultado en una proporción variable de plantas con dos hongos simbiontes coexistiendo en el mismo sistema radicular, dependiendo de la concentración inicial de cada hongo. Finalmente, se ha iniciado el desarrollo de bioensayos con el objetivo de determinar la infectividad natural de suelos de plantación y su receptividad a las distintas especies de hongos introducidas. Los resultados se discuten en relación a su aplicabilidad en el proceso de selección de hongos adaptados a las condiciones ecológicas de las zonas a repoblar.

Tesi realitzada al Centre de Recerca en Agrigenòmica (CRAG) / The diversity of life forms around us is astounding: a walk in the woods, or even down the street, shows us organisms of different morphologies: two legs, four legs, wings; different capacity of interaction with our environment: plants photosynthesizing while bacteria break down our garbage. How can life take on so many forms? While there is some increase of genes when comparing the most simple eukaryotes to the most complex ones it is clear that organism complexity is not the result of the number of genes. Therefore is has been postulated that the complexity of an organism arises from the complexity of its gene regulation, rather than the number of genes. This regulation must come then from the non-gene part of the genome. We now know that genes constitute but a small portion of genomes, (about 5% of the human genome). The advent of whole-genome sequencing has enabled us to get a more complete picture of what is in a genome, and with that has come the surprise that a significant part of all genomes characterized is constituted of transposable elements (TEs). Transposable elements are mobile genetic sequences, meaning that they have the capacity to change their position within the genome of a single cell. The goal of my dissertation has been to investigate the role of TEs in plants and their impact on gene and genome evolution. For this I have taken two approaches. The first is a study in the newly sequenced genome of Cucumis melo, an important crop plant in Spain. In the context of this project I have characterized the transposon landscape in the genome, and identified TE related polymorphisms between seven different varieties. This project has of interest the fact that this is an important plant for agriculture and domestication is a particularly relevant evolutionary context in which to study the impact of transposons, as the lines analyzed come from different geographic and selection backgrounds. In the context of this project I have developed a pipeline for genome annotation, and a software for detection of polymorphisms using next-generation paired-end sequencing data. This yielded insight into the dynamics of transposon evolution in this genome, and the selective forces that have shaped the transposon landscape. To our knowledge this is the first analysis that uses polymorphic TEs to investigate differential chromosomal distribution of recent and old transposons, and thus revealing at an intra-species scale the timeline of selection. The results obtained are promising for studying the contribution of mobile elements to the evolution of two genetically similar yet phenotypically different cultivated varieties. In order to study the impact of transposition on gene regulation, I investigated MITE families which have amplified a transciption factor binding site (TF BS) in the model plant Arabidopsis thaliana. This project focuses on the potential impact on gene regulation networks of the redistribution of this TFBS, a phenomenon that has been described for various master TF in animals but not yet to my knowledge in plants. This study combines in silico analysis with molecular data such as microarrays and ChIP, and is a striking example of one of the many manners in which TEs can impact gene regulation. The work in this dissertation highlights the contradictory nature of transposable elements: on one hand, they are invasive, and on the other, are the source of essential innovations. Here we provide insight as to the functions they play in plant genome evolution.