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Étude de l'effet modérateur de sels sur la réaction sodium-eau, pour le "lavage" d'assemblages de combustible irradiés issus de réacteurs à caloporteur sodium / Study of the moderating effect of salts on the sodium-water reaction on the cleaning of irradiated fuel assemblies from fast neutron reactors, using fluid sodium heat transferLacroix, Marie 24 January 2014 (has links)
Dans le cadre du développement des réacteurs de génération IV, une des voies de recherche concerne le développement des réacteurs à neutron rapide à caloporteur sodium. Le CEA a pour projet la construction d'un prototype de réacteur de ce type appelé " ASTRID ". En réponse aux besoins de développement de ce prototype, des recherches sont menées sur la disponibilité et, en particulier, sur la réduction des temps de lavage du sodium résiduel des assemblages de combustible, lors de leur déchargement. En effet, le lavage étant réalisé avec de l'eau, qui est très réactive avec le sodium, celle-ci est amenée de façon très progressive pour le traitement. Une solution alternative, actuellement à l'étude au CEA, et qui fait l'objet de ce mémoire de thèse, consiste en l'utilisation de solutions aqueuses salines permettant de ralentir la cinétique de la réaction du sodium avec l'eau. Ce travail de thèse présente les différents sels évalués et tente d'expliquer leur mécanisme d'action. / Within the framework of the development of generation IV reactors one of the research tracks is related to the development of fast neutron reactors using fluid sodium heat transfer...
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Silver Nanocrystals Differing By Their Coating Agents : Unexpected Behaviors / Nanocristaux d'argent différant par leurs ligands de surface : Comportements inattendusWei, Jingjing 10 July 2015 (has links)
Au cours des dernières décennies, les nanotechnologies, c'est à dire le développement de nouvelles méthodes de synthèse et la manipulation de nanoparticules et de leurs assemblage en nanostructures plus grandes, ont connu d'important progrès. Les nanoparticules offrent un grand ratio de surface sur volume (par rapport au solide), en faisant d’elles un état de la matière condensée important de par les nouvelles propriétés physiques et chimiques qu'elles offrent et qui n'existent pas dans le solide. L'auto-organisation de particules sphériques en deux dimensions (2D) et en trois dimensions (3D) des super-réseaux est couramment observée dans la nature, où les nanoparticules ayant des diamètres et des répartitions de tailles très fines peuvent s'auto-organiser en structures ordonnées en 2D ou en 3D, appelées supracristaux. En outre, les super-réseaux de nanocristaux binaires, qui sont des co-assemblages de deux séries distinctes de nanoparticules, ont également émergé. Par rapport aux structures formées de nanoparticules à une composante unique, une variété de structures de réseaux de phase binaires de nanocristaux ont été produites, et la prédiction de ces structures repose principalement sur le principes de remplissage d'espace. Cependant, en plus des structures cristallines connues formées avec le modèle de sphère dure, comme AlB2, NaZn13, NaCl en réseaux binaires, d'autres phases telles que les types CuAu, Cu3Au et CaB6, ainsi que des structures quasi cristallines ont également été découvertes, pour lesquelles les interactions entre nanoparticules doivent être prises en compte.Dans ce manuscrit, les récents progrés faits dans les procédés de synthèse et l’étude des propriétés optiques des nanocristaux d'argent et leurs assemblages en réseaux 2D / 3D seront examinées dans le Chapitre 1. Le Chapitre 2, se concentre sur la réponse SPR des auto-assemblages 2D de nanocristaux sphériques d'argent et d'or. Les bandes SPR observées dans les spectres d'absorption mesurés sont décrites et comparées à celles calculées en utilisant la méthode d'approximation de dipôles discrets (DDA). Les résultats semblables fournies par ces deux approches montrent que les méthodes théoriques sont adaptées pour la simulation de réponse optique linéaire de réseaux 2D de nanocristaux métalliques ultrafins et peuvent être utilisés pour modéliser et prédire leurs réponses optiques. L'influence de l'agent stabilisant des nanocristaux et leur influence sur la validité des simulations DDA est également discutée. Le Chapitre 3 décrit les propriétés optiques de nanocrytaux argent dispersés dans un solvant. La bande SPR de ces nanocristaux dépend non seulement du diamètre des nanaocristaux, mais également de la nature de l'agent stabilisant. Dans le Chapitre 4, la fabrication de films minces de supracristaux d'Ag et les propriétés optiques des films obtenus avec des nanocristaux de différents diamètres et des agents de stabilisation differents sont discutées. En comparant les spectres SPR de nanocristaux d'Ag dispersés avec ceux des films supracrystallins correspondants, d'importantes variations sont observées. La différence d'énergie (ΔE), décrivant la différence entre les positions des bandes SPR entre des nanocristaux dispersés et les assemblages correspondants se révèle être principalement dépendante à la fois de la taille des nanocristaux, mais aussi des distances entre particules à l'intérieur des films supercristallins. Ces résultats montrent également un bon accord entre les propriétés optiques simulées de réseaux 2D avec des données acquises avec des films minces 3D assemblés en structures cristallines cfc. En outre, il est démontré que la distance interparticulaire de nanocristaux modulée par la longueur de chaîne alkyle de l'agent de stabilization peut aider à faire varier la position de la bande de SPR. / Over the last few decades, nanotechnology, which is the development of new methods for synthesizing and manipulating discrete nanoparticles and larger nanostructured assemblies, have made great progress. Nanoparticles provide a high surface-to-volume ratio (compared to the bulk phase), representing an important state of condensed matter, hence exhibiting novel physical and chemical properties that are not observed in their bulk state. Self-organization of spherical particles into two-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) superlattices is commonly observed in nature, where nanoparticles having similar diameters and very narrow size distributions can self-organize into 2D or in 3D ordered structures, also called supracrystals. Furthermore, binary nanocrystal superlattices, which are co-assembled from two distinct series of nanoparticles, have also emerged. Compared to the limited phase structures formed in the single-component nanoparticle superlattices, a variety of phase structures of binary nanocrystal superlattices can be produced, and the prediction of these phase structures mainly relies on the space-filling principles. However, in addition to the well-known crystal structures formed with hard sphere model, such as AlB2, NaZn13, NaCl, and laves phases in binary superlattices, other phases such as CuAu-type, Cu3Au-type, CaB6-type as well as quasicrystalline ordering were also discovered in binary nanocrystal superlattices, where nanoparticle interactions must be considered.In this manuscript, recent advances in the synthesis and optical properties of Ag nanocrystals and their assemblies into 2D/3D superlattices will be reviewed in Chapter 1. Chapter 2 focuses on the SPR response from 2D self-assemblies of both Ag and Au spherical nanocrystals. The collective SPR bands observed in the measured absorption spectra are described and compared to those calculated using dipole approximation (DDA) method. The similar results provided by these two approaches show that the theoretical DDA methods are suitable for the simulation of linear optical response of 2D superlattices made of such ultrafine metal nanocrystals and can be used to model and predict their optical responses. The influence of the nanocrystals coating agent and its influence on the validity of DDA simulations is also discussed. Chapter 3 describes the optical properties of silver nanocrytals when dispersed in a solvent. The SPR band of those nanocrystals is shown to be dependent not only on the nanaocrystal diameter, but also on the nature of the coating agent. In Chapter 4, the fabrication of thin supracrystalline films made of Ag nanocrystals is explained, and the optical properties of the as-obtained films composed of nanocrystals with varying diameters and coating agents studied. By comparing the SPR spectra of dispersed Ag nanocrystals with their assemblies of supracrystalline films, marked changes are observed. The energy discrepancy (ΔE), determined from the difference in SPR band between dispersed nanocrystals and their corresponding assemblies is shown to be mainly dependent on both the nanocrystals size and the interparticle distances within the supercrystalline films. These results also show a good agreement between simulated optical properties of 2D superlattices with data acquired with 3D thin films assembled in fcc crystalline structure. Furthermore, it is shown that the interparticle distance of nanocrystals, modulated by the alkyl chain length of the coating agents, could effectively tune the SPR band position. Chapter 5 is related to the fabrication of binary nanocrystal superlattices. Colloidal binary nanocrystal mixtures containing two distinct nanocrystals with either the same surface coating agent, called single ligand system, or with two different surface coating agents, refered as multiple ligands system, are used to grow binary nanocrystal superlattices.
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N-heterocyclic carbenes coated nanocrystals and supracrystals / Nanocristaux habillés par des carbènes N-hétérocycliques et supracristauxLing, Xiang 10 July 2015 (has links)
Les nanomatériaux ont beaucoup captivé l'attention pour leur propriétés uniques, fortement associées à leurs dimensions nanoscopiques. En particulier, les nanoparticules (NP) à base de métaux nobles (Au, Ag) présentent des propriétés mécaniques, électroniques, optiques et magnétiques particulières intéressantes pour le développement d'applications dans de nombreux domaines à fort impact sociétal. En raison de leur stabilité élevée par rapport aux autres nano- particules métalliques, les nanoparticules d'or ont été abondamment explorées pour les nanotechnologies. Ces dernières décennies, les NHC ont émergé en tant que classe essentielle de ligands neutres en chimie organométallique. Les NHC sont caractérisés par leur flexibilité synthétique élevée, leur géométrie spécifique, et une liaison métal–Ccarbène très forte dans les complexes métalliques. Toutes ces propriétés ont été largement étudiées et exploitées pour les applications en catalyse homogène et pour le développement de complexes biologiquement actifs. Par comparaison, l'utilisation des NHC dans les matériaux reste largement peu explorée. Dans ce travail, le potentiel de ligands NHC dans le domaine des nanomatériaux, comme des agents de revêtement pour le produit nanocristaux de synthèse de l'or (et l'argent), la produit de stabilisation et de l'auto-assemblage dans supracrystals ont été explorés. Tout d'abord, des complexes d'argent et d'or-NHC qui sont bien définies avec différents ligands qui sont connus comme le NHC, sont étudiés pour leur pertinence afin de générer des astable nanocristaux (NCs) dans des conditions réductrices avec un bon contrôle de la taille des nanocristaux. Nous démontrons que le Au et le Ag NCs peuvent tous être formés par la réduction des complexes métal-NHC avec les amine-boranes. L'efficacité du procédé, la taille moyenne et la taille de la répartition des nanocristaux dépendent fortement de la structure du ligand NHC. Cependant, nous démontrons dans cette partie que les différentes voies sont impliqués à générer des nanocristaux par Au ou Ag précurseurs, comme une spécifique réaction observée entre Ag-NHC et thiols conduisant à la formation de thiolates argent alors que le Au-NHC correspondant reste inchangé... / Nanomaterials have received extraordinary attention owing to their unique properties, strongly associated to their nanoscale dimensions. In particular, noble metal (Au, Ag) nanoparticles (NPs) exhibit particular mechanical, electronic, optical and magnetic properties and present a high potential for developing applications in many domains with important societal impacts. Due to their higher stability by comparison with other metal-based nanoparticles, Au NPs have been extensively investigated for research in nanotechnology. In the last decades, N-Heterocyclic carbenes (NHCs) have emerged as an essential class of neutral ligands in organometallic chemistry. NHCs are characterized by their high synthetic flexibility, their specific geometry, and a very strong metalCcarbene bond in metal complexes. All these properties have been widely studied and exploited for applications in homogeneous catalysis and for the development of biologically active complexes. By comparison, the use of NHCs in nanomaterials remains largely unexplored. In this work, the potential of NHC ligands in the field of nanomaterials, as coating agents for gold nanocrystals synthesis, stabilization and self-assembly into supracrystals has been explored. First, well-defined silver and gold–NHC complexes with different well-known NHC ligands are investigated for their relevance to generate stable nanocrystals (NCs) under reductive conditions with a good control of nanocrystals size. We demonstrate that both Au and Ag NCs can be formed by reduction of metal-NHC complexes with amine-boranes. The efficiency of the process and the average size and size distribution of the nanocrystals markedly depends on the structure of the NHC ligand. However, we demonstrate in this part that different pathways are involved to generate nanocrystals from Au or Ag precursors, as a specific reaction is observed between Ag-NHCs and thiols leading to the formation of silver thiolates whereas the corresponding Au-NHCs remain unchanged...
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Assemblage dirigé de nanocristaux métalliques / Directed assembly of metallic nanocrystalsKameche, Farid 25 September 2015 (has links)
Le contrôle de l'organisation bidimensionnel de nanoparticules est primordial dans le défi que représentent l'enregistrement magnétique et l'augmentation de la capacité de stockage. Plus particulièrement, c'est ici la diminution de la taille des bits d'informations qui est ciblée. La conséquence serait alors une augmentation de la capacité de stockage de deux à trois ordres de grandeurs. Mais pour ce faire, il est nécessaire d'avoir une organisation bidimensionnelle de nanoparticules magnétiques de taille, forme et composition contrôlée. Via deux méthodes de synthèse, des nanoalliages de CoPt et Co33Pt67 de l'ordre de 2 nm ont été synthétisées. Ces derniers ont présenté alors des températures de blocage et des champs coercitifs ne permettant pas leurs utilisations dans des applications dans l'enregistrement magnétique. Cela s'explique par le fait qu'après synthèse, ces nanoparticules sont désordonnées chimiquement. Afin d'améliorer l'ordre chimique et donc les propriétés magnétiques, des recuits thermiques ont été effectués. Il a été montré que la mise en ordre a lieu vers 400°C et que, dans le cas de nanocristaux de Co33Pt67, la forme et la taille restent inchangées. Ces derniers pourraient être utilisés dans l'enregistrement magnétique à condition de pouvoir contrôler la distance interparticulaire. C'est pourquoi nous avons utilisé des molécules organiques capables de s'auto-assembler sur surface sur de longues distances et formant des réseaux nanoporeux aptes à servir de systèmes hôte et à capter les nanoparticules. Nous avons alors montré que des nanoparticules de platine possèdent une organisation quasi-hexagonale et monoclinique à moyenne distance. / The fine control of nanoparticles bi-dimensional organization remains a main challenge for magnetic recording applications. Although the current size for a data bit is around a few tens of nanometers, it could be reduced to the nanometer scale simply through using magnetic nanoparticles. Nonetheless, intrinsic parameters of the nanoparticles such as their sizes, shapes and chemical compositions have a direct incidence on their periodic arrangement. Two different chemical routes were used to synthesize 2 nm CoPt and Co33Pt67 nanoalloys. Due to the high chemical disordering of these nanocrystals, the blocking temperature and coercive fields were lower than wished for data storage applications. In order to exhibit a higher chemical ordering, in situ annealing of these nanocrystals was carried out. It has been shown that ordering occurred around 400°C. Plus, size and shape for Co33Pt67 were kept after annealing but not for equiatomic composition. Nevertheless, only poor mesoscopic ordering between nanoparticles is observed, as reported elsewhere. This hurdle could be overcome in using organic molecules able to self-assemble on graphite and forming a porous two-dimensional supramolecular template. Thus, such template was designed and used to demonstrate that 2 nm Pt nanoparticles can locally organize in quasi-hexagonal or monoclinic lattices.
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Benthic macroinvertebrate and bryophyte assemblages in boreal springs: diversity, spatial patterns and conservationIlmonen, J. (Jari) 06 April 2009 (has links)
Abstract
In this thesis, I studied the patterns in the assemblage composition as well as the biogeography and ecology of spring macroinvertebrates and bryophytes in Finland. My main objectives were to assess the importance environmental variables to macroinvertebrate and bryophyte assemblage composition in springs at the level of multiple spatial scales. In addition, I assessed the importance of springs in the boreal mire landscape, and sought the ecological and environmental determinants of a key species in boreal springs. In a large-scale study, I also examined the concordance between macroinvertebrates and bryophytes across boreal ecoregions, and assessed how macroinvertebrate assemblage variation corresponds to terrestrially-based ecoregions.
Locally, spring macroinvertebrate assemblage structure displays high variation between different kinds of mesohabitats within springs, highlighting the importance of careful sampling of all habitat types in spring surveys. Helocrenes and other aquatic-terrestrial ecotone habitats harbour the highest species diversity and most spring-dependent species among spring habitat types. Further, spring-influenced mire patches were shown to have distinct cranefly assemblages in the mire landscape and to harbour higher cranefly diversity than mire types with lower trophic status, emphasising the importance of springs for mire biodiversity. Regionally, a red-listed spring-dependent caddisfly species appeared to be a surrogate for a high spring conservation value, indicating high overall species diversity and the occurrence of additional red-listed species.
On a large geographical scale, intersecting the boreal ecoregions, a pattern of gradual change of benthic macroinvertebrate assemblage composition from south to north was detected, largely corresponding to terrestrially-derived ecoregions. However, the physical attributes of springs also need to be taken into account in bioassessment studies. Macroinvertebrate assemblage variation also correlated with physical habitat-scale variables, but not with changes in water chemistry. In contrast, spring bryophyte assemblages showed a distinct response to variation in water chemistry, but not to variation in physical habitat characteristics. Bryophytes and insect assemblages were concordant with each other on the large geographical scale, although the concordance was rather weak. Because of their different kind of responses to the physical and chemical variables, insects and bryophytes of springs are poor surrogates for each other in boreal springs.
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Biomateriaux collagène / gélatine : des phases cristal-liquides aux matériaux hybrides / Collagen/gelatin biomaterials : from the liquid crystal phases to the hybrid materialsPortier, François 18 October 2016 (has links)
L’objectif de cette thèse a consisté à étudier in vitro des phénomènes d’auto-assemblage de molécules de collagène de type I natif, dénaturé ou modifié. Dans une première partie, nous avons analysé des solutions denses en milieu acide de collagène I et de gélatine A par microscopie à lumière polarisée et microscopie SHG résolue en polarisation (P-SHG). Nous avons ainsi mis en évidence la première mésophase obtenue à partir de gélatine. Nous avons ensuite étudié l’impact de la gélatine sur des mésophases en contre-plaqué de collagène I et montré que le collagène pouvait être subtilisé par la gélatine à hauteur de 20% sans en affecter la formation des phases en contre-plaqué. Les matrices collagène/gélatine obtenues après fibrillogenèse ont été caractérisées à différentes échelles en ayant recours à la calorimétrie différentielle (DSC), à la microscopie électronique à transmission (MET), au P-SHG et l’imagerie par résonnance magnétique (IRM). Nous avons montré que ces matrices présentent une structuration hiérarchique de type fractal et que la gélatine stabilise le collagène.Dans la seconde partie, nous nous sommes intéressés aux propriétés d’auto-assemblage de molécules de collagène I modifié avec de la rifamycine SV pour la synthèse de gels à délivrance contrôlée. Nous avons utilisé différents modes d’assemblage afin d’arriver à notre but et avons caractériser les propriétés chimiques, rhéologiques et antibiotiques des gels obtenues. Pour mieux comprendre le système, nous avons étudié la structure des assemblages de collagène modifié au sein d’un système dilué à l’aide du cryo-MET et de la microscopie à force atomique couplé à la spectroscopie infrarouge (AFMIR). / The object of this thesis was to study the in vitro self-assembly phenomena of native, denatured or modified collagen type I.In the first part, we analysed dense solutions of collagen I and gelatin A (in acidic medium) by polarized light microscopy and polarization resolved SHG microscopy (P-SHG). We have thus observed the first mesophase obtained from gelatin. We then studied the impact of gelatin on collagen I plywood mesophases and showed that collagen could be replaced by gelatin up to 20% without affecting the formation of the plywood phases.Collagen/gelatin matrices obtained after fibrillogenesis were characterized at different scales by using Differential Scanning Calorimetry (DSC), Transmission Electron Microscopy (TEM), P-SHG and Magnetic Resonance Imaging (MRI). We showed that these matrices have a hierarchical structure of fractal type and that gelatin stabilizes collagen.In the second part, we studied the self-assembly of collagen I modified with rifamycin SV for the synthesis of controlled delivery gels.We used different methods of assembly in order to reach our goal and we characterized the chemical, rheological and antibiotic properties of the obtained gels. To better understand the system, we studied the structure of modified collagen assemblies in a diluted systems with cryo-TEM and atomic force microscopy coupled with infrared spectroscopy (AFMIR).
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The quarry as sculpture : the place of makingPaton, David Anthony January 2015 (has links)
Practices of sculpture and geography have collaborated ever since Stone Age humans hoisted up rocks to point them into the air. The ephemerality of life was rendered in a circle of forms and mass that celebrated the union of sky, earth and dwelling. Through the manipulation of stone, the land became a place, it became a home, it became situated and navigable. As millennia unfolded, the land was written with the story of itself. The creativity woven into the story of place is an evolution of material collaborations. In recent decades, academic geographers have explored the realms of creativity in their work, and sculptors have critically engaged with the nature of place. I have united these disciplines in the exploration of a truth of materials. The aim of the research was to investigate the relationship between making and place. The structure of my PhD focussed on the development of a transdisciplinary research environment that could host a range of creative practices around stone-working. I developed a long-term relationship with Trenoweth Dimension Granite Quarry, working as an apprentice sawman and mason. Here, I examined the everyday practices of labour and skill development, from which emerged deeper material and human interactions, that went on to inform my sculpture and modes of making. Arguing that granite has threads of relational agency embedded within its matrix, I initiated a series of practices that made use of my emerging knowledge as a granite-quarry worker, cast within experimental sculpture, texts, performance, photography and film. By formulating my methods around the vibrancy of matter, I disclosed new materialisms and more-than-human relations. This assemblage of documentation and artwork records and reflects on a series of practices and processes in tension. This productive tension arises from a re-rendering of artisanal practice as a research method; ushering in modes of representation as loops of experience and interpretation take place across different sites, spaces and times of mediation. The objective for the PhD research was to present a critically informed practice of sculpture-as-ethnography that could not only provide a model for practice-based research in general, but also significantly expand what might be meant by stone-work. This PhD by alternative submission is presented as a Commentary with an accompanying Digital Archive website.
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The assemblage of Digital Engagement Metrics as a market device : the case of independent filmFranklin, Michael January 2016 (has links)
Digital technology has radically disrupted the established ways of organising the film industry. However, digital initiatives such as marketing and distribution strategies involving social media and online distribution have also provided means through which filmmakers manage this environment. I investigate the role of the digital data involved, which I term Digital Engagement Metrics (DEMs), in market reconfiguration. Through exploratory, longitudinal case study of market construction for independent films, the thesis articulates the interdependent combination of attributes that co-constitute DEMs' highly mobile, and multifaceted valuation capacities, and develops a conceptualisation of their role as a market device. I engage with the literature of translation, calculation, and the performativity and materiality of markets. I then develop an approach for tracing market activity to understand the interaction of networked agencies that shape the arrangement of economic transactions. My analysis is delivered in three empirical chapters, which provide rare data on the emergent digital practice of a film production company. I chart the progressive establishment of DEMs' role in the hybridisation of established market attachment frameworks, and the instantiation of new modes of coordinating market actors. I conclude that the dynamic assembly, content and distributed architecture of market arrangements involving DEMs simultaneously shape the product and enable its calculation. In addition to extending the reach of market studies into a new empirical field, I make a number of contributions to the theoretical literature. My findings bring two coordinating kinds of performativity into focus. These are the creation of felicitous conditions required to mobilise DEMs as an organisational concept, and the digital materialisation of the audience both as the market, and as a qualified property of the market object. Reading DEMs through the market devices lens renders previously hidden modes of calculation visible, and this has implications for developing assemblage-oriented research in the creative industries.
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Analyses et méthodes pour les données transcriptomiques issues d’espèces non modèles : variation de l’expression des éléments transposables (et des gènes) et variants nucléotidiques / Analyses and methods for RNAseq data from non model species : variation in transposable elements (and genes) expression and detection of single nucleotide variantsLopez-Maestre, Hélène 15 February 2017 (has links)
Le développement de la seconde génération de séquenceurs haut débit a généralisé l'accès à l'étude du transcriptome via le protocole RNAseq. Celui-ci permet d'obtenir à la fois la séquence et l'abondance des transcrits d'un échantillon. De nombreuses méthodes bioinformatiques ont été et sont encore développées pour permettre l'analyse des données issues du RNAseq et en tirer le maximum d'information. Ce type d'analyse est notamment possible sans utiliser de génome de référence, et donc pour les espèces modèles ou non-modèles, grâce à des méthodes d'assemblage. Durant ma thèse, j'ai principalement travaillé à partir de données RNA-seq issues d'espèces non modèles. Je me suis intéressée dans un premier temps à l'impacte de l'hybridation inter spécifique sur la stabilité des génomes chez les hybrides issus des croisements réciproques de D. mojavensis et D. arizonae. Nos résultats ne montrent pas une dérégulation globale, mais plutôt quelques gènes et éléments transposables qui sont spécifiquement dérégulés. La pipeline d'analyse mis en place ici sera réutilisée pour l'étude des niveaux d'expression des transcrits chez les mâles ainsi que pour les croisements issus d'autres lignées de D. mojavensis avec D. arizonae, conduisant à une fertilité variable chez les hybrides.Dans un second temps, j'ai participé à la validation du logiciel KisSplice pour la détection de SNP dans des données RNA-seq sans génome de référence. Celui-ci permet de trouver différents types de variants (épissage, indels) directement dans le graphe de de Bruijn construit à partir des lectures séquencées. J'ai également participé au développement d'outils de post-traitement permettant de prédire l'impact des SNP sur les protéines / Next-generation high throughput sequencing technologies provide efficient, rapid, and low cost access to sequencing. Its application to transcriptomes, called RNA-seq, enables the study of both the sequence and the expression of the transcripts. Many bio-informatics methods are still developed for RNA-seq data processing, trying to get the maximum out of it. Assembly methods allow us to study non-model species (no reference genome available) as well as model species. The work presented here is mostly related to RNA-seq data on non-model species.In the first study, to understand the initiation of hybrid incompatibility, we performed a genome-wide transcriptomic analysis on ovaries from parental lines and on hybrids from reciprocal crosses of \emph{D. mojavensis} and \emph{D. arizonae}. We didn't see a global deregerulation of genes or transposable element. Instead, we show that reciprocal hybrids presented specific gene categories and few transposable element families misexpressed relative to the parental lines. The analytical workflow developed for this project will be used to analyze transcriptomic data from the testis, but also to study the reciprocal crosses from other lines of D. mojavensis with D. arizonae leading to variable levels of sterility in hybrids. A second project tacked here is the identification and quantification of SNPs from RNA-seq data without a reference genome with KisSplice. Kissplice was developed to identified several type of variants (splicing events, indels) directly from the de Bruijn graph, build from the sequenced reads. We also developed other KisSplice-tools, for downstream analyses of the SNPs, including the prediction of their impact on the protein sequence
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Etude de l'auto-assemblage de sophorolipides / Self-assembly studies of sophorolipidsCuvier, Anne-Sophie 22 September 2015 (has links)
Les sophorolipides, appartenant à la famille des glycolipides produits par voie microbienne à l'échelle industrielle, possèdent un groupement COOH sensible au pH qui leur confèrent des propriétés d'auto-assemblage uniques. Dans ce travail, nous avons étudié deux variantes de cette molécules, une avec une chaîne alkyle saturée (C18:0 SL) et une avec des groupes acétyles sur la partie sucrée (C18:1a SL). Le C18:0 forme des rubans chiraux à pH < 7.5 que nous avons caractérisés avec des techniques de cryo microscopie, diffusion de la lumière, des neutrons et des rayons-X et de la RMN solide. Le composé mono-insaturé C18:1cis, étudié dans la littérature, s'auto-organise en micelles et ellipsoïdes sous les mêmes conditions que le C18:0 forme des rubans. A pH basique, la charge négative sur le COOH conduit à la formation de plaquettes pour les deux SL, C18:0 et C18:1cis. La molécule acétylée, C18:1a, ressemble dans son comportement au C18:1cis et forme des ellipsoïdes dont la longueur peut être modifiée avec le pH. Finalement, nous avons étudié l'effet du C18:0 sur la prolifération de cellules fibroblastes, pour une éventuelle application dans la cicatrisation de la peau. / Sophorolipids (SL), a family of industrially-scaled bolaform microbial glycolipids, possess a pH-sensitive COOH group and are expected to exhibit a unique self-assembly behavior. In this work, we have studied 2 different types of this molecule, whose chemical structure has been modified on the alkyl chain (leading to the saturated C18:0 SL) and on the sophorose moiety (leading to the acetylated C18:1a SL). The C18:0 SL forms chiral nanofibers only at pH below 7.5 and we have characterized them with powerful techniques such as cryo-TEM, light, neutron and X-Ray scattering and solid state NMR. Interestingly, the mono-unsaturated compound (C18:1cis) self-organizes into micelles and ellipsoids under the same conditions (pH < 7.5), as reported in the literature. At basic pH, the negative charge on the COOH group drives the self-assembly towards platelet-like objects for both, C18:0 and C18:1cis SL. The acetylated compound C18:1a resembles the C18:1cis SL and forms ellipsoids, whose length can be triggered with the pH. Finally, we have investigated cell viability tests of C18:0 SL to human cells (fibroblasts) in vitro for potential wound healing applications of this biosurfactant.
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