Cracídeos são aves neotropicais frugívoras e de grande porte. Englobam 50 espécies e 10 gêneros que podem ser agrupados em mutuns, jacus e jacutingas, aracuãs e Mutum Cornuto. Filogenias moleculares e estudos biogeográficos dos cracídeos estão disponíveis para as relações intergenéricas da família e entre as espécies de mutuns. Entretanto, não estão disponíveis dados moleculares para o estudo dos jacus e jacutingas. Os jacus e jacutingas englobam 23 espécies em 04 gêneros [Aburria, Chamaepetes, Penelope e Penelopina] com distribuição do México à Argentina. Neste estudo, definimos as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Penelope, incluindo 13 espécies e 13 kb de seqüências de DNA mitocondrial e nuclear (análises Bayesiana e de Máxima Parcimônia) e entre as espécies do gênero Aburria (com Pipile), incluindo 5 espécies e 2,7 kb de seqüências de DNA mitocondrial (análises Bayesiana, de Máxima Verossimilhança e de Máxima Parcimônia). Nossos resultados mostraram Penelope como grupo monofilético e Pipile como grupo parafilético. Sugerimos que as espécies de Pipile sejam transferidas para o gênero Aburria, o gênero mais antigo. Em Penelope, as subespécies de Penelope obscura aparecem como grupo parafilético. Sugerimos que sejam consideradas como espécies válidas. No estudo evolutivo de Cracidae, as datações de tempo de divergência indicam que a diversificação dos jacus e jacutingas ocorreu do Mioceno ao Pleistoceno. As transgressões marinhas, o soerguimento dos Andes e suas conseqüências nas bacias dos rios sulamericanos, a formação da Laguna Amazônica e especializações de habitat parecem ser os principais fatores que influenciaram na diversificação dos jacus e jacutingas. / Cracids are large frugivorous Neotropical birds. Comprise 10 genera and 50 species that can be grouped as currasows, chachalacas, guans and Horned Guan. Molecular phylogenetic and biogeographic studies in this family were already performed for intergeneric relationships and among curassows species. Molecular data for intrageneric relationships for guans were not available. Guans comprise 23 species of four genera [Aburria, Chamaepetes, Penelope, and Penelopina] that range from México to Argentina. We estimated the phylogenetic relationships among species of the genus Penelope, including 13 species and about 13kb of mitochondrial and nuclear DNA (Bayesian and Maximum Parsimony) and among species of the genus Aburria (plus Pipile), including 5 species and about 2,7 kb of mitochondrial DNA (Bayesian, Maximum Likelihood and Maximum Parsimony). Results indicate Penelope as monophyletic and Pipile as paraphyletic group. Therefore, we suggest that Pipile should be merged with Aburria, the oldest described genus. For the genus Penelope: Penelope obscura, with three subspecies sampled, appears as paraphyletic group. We suggest that they should be considered as valid species. Molecular dating of divergence time was estimated. The diversification among guans seems to have occurred from Miocene to Pleistocene. Marine transgression, the rise of the Andes, and the subsequent changes in river basins in south America, formation of Amazon Lagoon and habitat specializations seems to be the major factors affecting guan diversification.

O gênero Aburria pertence à família Cracidae e tem como grupo irmão os gêneros Penelope e Penelopina. É composto por cerca de sete táxons, distribuídos por todos os países do continente sul-americano (exceto Chile e Uruguai) e na Ilha de Trinidad. Em geral, habitam florestas tropicais úmidas, matas de altitude e matas de galeria do cerrado, e utilizam as copas das árvores como habitat preferencial. Os representantes do gênero Aburria são caracterizados por possuir a face nua e um topete bem desenvolvido (exceto Aburria aburri), uma barbela na região do pescoço, e a plumagem negra com brilho iridescente. A taxonomia e a sistemática do gênero Aburria Reichenbach (1853) são controversas e até hoje não há um consenso acerca do número de táxons válidos. Poucos foram os estudos que contemplaram adequadamente a variação individual e geográfica dos táxons, além da dificuldade encontrada em descrever as cores das ceras e dos apêndices, desde as primeiras descrições. O presente trabalho teve como objetivo revisar a taxonomia alfa das espécies, redefinindo os táxons terminais e suas respectivas distribuições geográficas. Foram analisados 302 exemplares do gênero Aburria, conservados em via seca e depositados nas principais coleções ornitológicas do Brasil e do exterior. Foram tomados caracteres qualitativos e quantitativos, da morfologia externa. De acordo com os resultados obtidos e segundo o Conceito Filogenético de Espécie, os táxons do gênero Aburria foram diagnosticados em sete espécies plenas: Aburria aburri (Lesson, 1828), Aburria cujubi (Pelzeln, 1858), Aburria cumanensis (Jacquin, 1784), Aburria grayi (Pelzeln, 1868), Aburria jacutinga (Spix, 1825), Aburria nattereri (Reichenbach, 1862) e Aburria pipile (Jacquin, 1784). As diagnoses foram estabelecidas principalmente, pelo conjunto de caracteres qualitativos. Os caracteres mais informativos estão relacionados ao formato e coloração das penas do topete, formato e coloração da barbela e o padrão do espelho branco nas asas. A partir desses resultados, foram redefinidas as suas distribuições geográficas, importantes para detectar lacunas de amostragem, bem como subsidiar os correntes e futuros trabalhos de conservação. / The genus Aburria Reichenbach, 1853, belongs to the family Cracidae, representing the sister-taxon of the genera Penelope and Penelopina. It includes about seven taxa occurring in all South American countries (except for Chile and Uruguay), as well as in the Trinidad island. These birds are associated to forest habitats (humid Tropical forests, forests at high elevations and gallery forests in the Cerrado), showing habitat preference for the canopy in such formations. The taxa of the genus Aburria are characterized by the nude face and a well developed crest (except for Aburria aburri), a wattle on the neck and the black, shiny and iridescent plumage. The taxonomy and systematics of the genus Aburria are controversial, and there is not a consensus regarding how many valid taxa it includes. Only a few studies provided insights to individual and geographic variation, and properly describing the coloration of the ornaments and nude areas of the face has been a difficult task already observed in the first historical descriptions. The present study brings a taxonomic revision of the genus Aburria, aiming to redefine its taxa and their geographic distribution. A sample of 302 stuffed specimens of Brazilian and international institutions was examined considering qualitative and quantitative characters of external morphology. On the basis of the Phylogenetic Species Concept, the present analysis allowed the recognition of seven full species: Aburria aburri (Lesson, 1828), Aburria cujubi (Pelzeln, 1858), Aburria cumanensis (Jacquin, 1784), Aburria grayi (Pelzeln, 1868), Aburria jacutinga (Spix, 1825), Aburria nattereri (Reichenbach, 1862) e Aburria pipile (Jacquin, 1784). The most informative characters to the diagnosis of these taxa are related to color and shape of the crest feathers, color and shape of the wattle, and the white pattern of the wings. Based on these data, the range of the Aburria species were redefined, representing important information to the detection of sampling gaps, as well as to the delineation of conservation programs.

O gênero Aburria pertence à família Cracidae e tem como grupo irmão os gêneros Penelope e Penelopina. É composto por cerca de sete táxons, distribuídos por todos os países do continente sul-americano (exceto Chile e Uruguai) e na Ilha de Trinidad. Em geral, habitam florestas tropicais úmidas, matas de altitude e matas de galeria do cerrado, e utilizam as copas das árvores como habitat preferencial. Os representantes do gênero Aburria são caracterizados por possuir a face nua e um topete bem desenvolvido (exceto Aburria aburri), uma barbela na região do pescoço, e a plumagem negra com brilho iridescente. A taxonomia e a sistemática do gênero Aburria Reichenbach (1853) são controversas e até hoje não há um consenso acerca do número de táxons válidos. Poucos foram os estudos que contemplaram adequadamente a variação individual e geográfica dos táxons, além da dificuldade encontrada em descrever as cores das ceras e dos apêndices, desde as primeiras descrições. O presente trabalho teve como objetivo revisar a taxonomia alfa das espécies, redefinindo os táxons terminais e suas respectivas distribuições geográficas. Foram analisados 302 exemplares do gênero Aburria, conservados em via seca e depositados nas principais coleções ornitológicas do Brasil e do exterior. Foram tomados caracteres qualitativos e quantitativos, da morfologia externa. De acordo com os resultados obtidos e segundo o Conceito Filogenético de Espécie, os táxons do gênero Aburria foram diagnosticados em sete espécies plenas: Aburria aburri (Lesson, 1828), Aburria cujubi (Pelzeln, 1858), Aburria cumanensis (Jacquin, 1784), Aburria grayi (Pelzeln, 1868), Aburria jacutinga (Spix, 1825), Aburria nattereri (Reichenbach, 1862) e Aburria pipile (Jacquin, 1784). As diagnoses foram estabelecidas principalmente, pelo conjunto de caracteres qualitativos. Os caracteres mais informativos estão relacionados ao formato e coloração das penas do topete, formato e coloração da barbela e o padrão do espelho branco nas asas. A partir desses resultados, foram redefinidas as suas distribuições geográficas, importantes para detectar lacunas de amostragem, bem como subsidiar os correntes e futuros trabalhos de conservação. / The genus Aburria Reichenbach, 1853, belongs to the family Cracidae, representing the sister-taxon of the genera Penelope and Penelopina. It includes about seven taxa occurring in all South American countries (except for Chile and Uruguay), as well as in the Trinidad island. These birds are associated to forest habitats (humid Tropical forests, forests at high elevations and gallery forests in the Cerrado), showing habitat preference for the canopy in such formations. The taxa of the genus Aburria are characterized by the nude face and a well developed crest (except for Aburria aburri), a wattle on the neck and the black, shiny and iridescent plumage. The taxonomy and systematics of the genus Aburria are controversial, and there is not a consensus regarding how many valid taxa it includes. Only a few studies provided insights to individual and geographic variation, and properly describing the coloration of the ornaments and nude areas of the face has been a difficult task already observed in the first historical descriptions. The present study brings a taxonomic revision of the genus Aburria, aiming to redefine its taxa and their geographic distribution. A sample of 302 stuffed specimens of Brazilian and international institutions was examined considering qualitative and quantitative characters of external morphology. On the basis of the Phylogenetic Species Concept, the present analysis allowed the recognition of seven full species: Aburria aburri (Lesson, 1828), Aburria cujubi (Pelzeln, 1858), Aburria cumanensis (Jacquin, 1784), Aburria grayi (Pelzeln, 1868), Aburria jacutinga (Spix, 1825), Aburria nattereri (Reichenbach, 1862) e Aburria pipile (Jacquin, 1784). The most informative characters to the diagnosis of these taxa are related to color and shape of the crest feathers, color and shape of the wattle, and the white pattern of the wings. Based on these data, the range of the Aburria species were redefined, representing important information to the detection of sampling gaps, as well as to the delineation of conservation programs.

Cracídeos são aves neotropicais frugívoras e de grande porte. Englobam 50 espécies e 10 gêneros que podem ser agrupados em mutuns, jacus e jacutingas, aracuãs e Mutum Cornuto. Filogenias moleculares e estudos biogeográficos dos cracídeos estão disponíveis para as relações intergenéricas da família e entre as espécies de mutuns. Entretanto, não estão disponíveis dados moleculares para o estudo dos jacus e jacutingas. Os jacus e jacutingas englobam 23 espécies em 04 gêneros [Aburria, Chamaepetes, Penelope e Penelopina] com distribuição do México à Argentina. Neste estudo, definimos as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Penelope, incluindo 13 espécies e 13 kb de seqüências de DNA mitocondrial e nuclear (análises Bayesiana e de Máxima Parcimônia) e entre as espécies do gênero Aburria (com Pipile), incluindo 5 espécies e 2,7 kb de seqüências de DNA mitocondrial (análises Bayesiana, de Máxima Verossimilhança e de Máxima Parcimônia). Nossos resultados mostraram Penelope como grupo monofilético e Pipile como grupo parafilético. Sugerimos que as espécies de Pipile sejam transferidas para o gênero Aburria, o gênero mais antigo. Em Penelope, as subespécies de Penelope obscura aparecem como grupo parafilético. Sugerimos que sejam consideradas como espécies válidas. No estudo evolutivo de Cracidae, as datações de tempo de divergência indicam que a diversificação dos jacus e jacutingas ocorreu do Mioceno ao Pleistoceno. As transgressões marinhas, o soerguimento dos Andes e suas conseqüências nas bacias dos rios sulamericanos, a formação da Laguna Amazônica e especializações de habitat parecem ser os principais fatores que influenciaram na diversificação dos jacus e jacutingas. / Cracids are large frugivorous Neotropical birds. Comprise 10 genera and 50 species that can be grouped as currasows, chachalacas, guans and Horned Guan. Molecular phylogenetic and biogeographic studies in this family were already performed for intergeneric relationships and among curassows species. Molecular data for intrageneric relationships for guans were not available. Guans comprise 23 species of four genera [Aburria, Chamaepetes, Penelope, and Penelopina] that range from México to Argentina. We estimated the phylogenetic relationships among species of the genus Penelope, including 13 species and about 13kb of mitochondrial and nuclear DNA (Bayesian and Maximum Parsimony) and among species of the genus Aburria (plus Pipile), including 5 species and about 2,7 kb of mitochondrial DNA (Bayesian, Maximum Likelihood and Maximum Parsimony). Results indicate Penelope as monophyletic and Pipile as paraphyletic group. Therefore, we suggest that Pipile should be merged with Aburria, the oldest described genus. For the genus Penelope: Penelope obscura, with three subspecies sampled, appears as paraphyletic group. We suggest that they should be considered as valid species. Molecular dating of divergence time was estimated. The diversification among guans seems to have occurred from Miocene to Pleistocene. Marine transgression, the rise of the Andes, and the subsequent changes in river basins in south America, formation of Amazon Lagoon and habitat specializations seems to be the major factors affecting guan diversification.

The Trinidad Piping Guan, Pipile pipile synonym Aburria pipile (Jaquin, 1784) is the only endemic Cracid on the island of Trinidad. The species is currently listed as Critically Endangered and is considered to be in ‘on-going decline’ by the IUCN, BirdLife International and Cracid Specialist Group. This study aims to examine aspects of genetic variation and the evolution of the mitochondrial genome in the Trinidad Piping Guan utilising, for the first time, samples collected from individuals in the wild and reference specimens of the genus Pipile sourced from museum collections. In this study the complete mitochondrial genome of the Trinidad Piping Guan was sequenced for the first time. Analysis of intra-specific variation of wild Trinidad Piping Guan individuals using single nucleotide polymorphisms demonstrates extremely limited variation within the genes of the mitochondrial genome and nuclear gene intron sequences. Limited variation within this population is consistent with both historical and contemporary contractions of populations within a restricted island system, which may have serious implications for the future of this species in terms of both genetic diversity and conservation management. Phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome of the Trinidad Piping Guan enabled placement of the genus Pipile within the Galliforme evolutionary tree for the first time, and subsequently places the genus within the broader context of the Aves class. Mito-genomic analysis confirms that the Cracids are one of the basal Galliforme clades, and sister taxa to the Megapodidae. Phylogenetic placement of the Pipile genus is basal to that of the Crax species within the Cracidae family, indicative of an earlier evolutionary origin of the Piping Guans. The inclusion of the Trinidad Piping Guan, in the avian evolutionary tree using the whole mitochondrial genomes expands the current genetic phylogeny of the Cracid family, yielding a better understanding of evolutionary relationships among the Galliforme order and the diversification of modern avian lineages. This study has established novel molecular techniques for the analysis of mitochondrial DNA in historical specimens of the genus Pipile from museum reference collections. The analysis of inter-specific relationships within the genus Pipile has clarified the evolutionary and biogeographic relationships between the Piping Guan species. Additionally, the Trinidad Piping Guan is genetically defined for the first time as an evolutionarily significant unit, which represents a unique evolutionary pathway within this important genus in a closed island system on the island of Trinidad.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OLIVEIRA_JUNIOR_Paulo_2012.pdf: 2558678 bytes, checksum: a031764ca6a58411f3a5fd0752aac91f (MD5) Previous issue date: 2012-06-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / Several critically endangered species and subspecies have been saved from extinction in recent years by Ex Situ conservation strategies. However, captive populations are generally small and exposed to the effects of genetic drift, inbreeding and founder effects. Thus, a major challenge for long-term reproduction of these animals is to reduce the loss of heterozygosity and of allelic diversity. The genetic management can guide the matings to maintain the genetic variation as high as possible in the population. It can be achieved by calculating the genetic distance between the specimens, which is performed using molecular biology techniques. The Black-fronted Piping-Guan, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), is an endemic bird of the Atlantic Forest that is threatened of extinction due to the drastic destruction of this biome and the heavy hunting pressure. Among the suggested conservation actions for this species are the development of an Ex Situ conservation program with the goal of making reintroductions in areas where it has become extinct, as well as the maintenance of these captivity stocks controlled by a studbook. Here we have genotyped and analyzed 146 individuals from the five main breeding facilities. The results demonstrated five genetically differentiated populations of Black-fronted Piping-Guan, but their levels of genetic variability were very similar. However when these levels are compared with other species, the data suggest that the genetic variation is lower than desirable to reach the objectives proposed by the Ex Situ conservation programs. Pairing tables and genetic rankings were constructed and indicated kinship and levels of genetic variability of each bird. It was possible to identify the best pairs to be mated and individuals that were adequate for reintroductions. / Diversas espécies e subespécies criticamente ameaçadas foram salvas da extinção nos últimos anos por meio de estratégias de conservação Ex Situ. Porém, as populações de cativeiro são geralmente pequenas, e quanto menor uma população, mais exposta ela se torna aos efeitos da deriva genética, endocruzamento e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução em longo prazo desses animais é amenizar a perda de diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode orientar os acasalamentos de maneira a manter na população a maior variação genética possível através do cálculo da distância genética entre os espécimes, que é realizado por técnicas de biologia molecular. A jacutinga, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), é uma ave endêmica da Mata Atlântica que está ameaçada de extinção devido à drástica destruição deste bioma e à forte pressão de caça. Dentre as ações de conservação sugeridas para esta espécie estão o desenvolvimento de um programa de conservação Ex Situ visando a reintrodução em áreas nas quais ela se tornou extinta e a manutenção desses estoques em cativeiro controlados por um studbook. Foram genotipados e analisados 146 indivíduos oriundos de cativeiro. Os resultados demonstram 5 populações diferenciadas geneticamente de jacutinga, mas seus níveis de variabilidade genética são bastante semelhantes. Entretanto quando esses níveis são comparados com outras espécies, os dados sugerem que a variação genética está abaixo do desejável para se alcançar os objetivos propostos pelos programas de conservação Ex Situ. Tabelas de pareamento e rankings genéticos foram construídos e indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética de cada ave. Com eles foi possível apontar os melhores pares a serem acasalados e os indivíduos que estão aptos a serem reintroduzidos.