Purpose: The purpose of this thesis was threefold: 1) To explore the use of text-search methods for identifying rectal cancer patients in large datasets; 2) To examine temporal trends of surgical quality indicators for rectal cancer at a single, tertiary-care institution; 3) To validate the use of administrative codes for identifying rectal cancer patients in population-based datasets. Methods: 1) A text-search algorithm was developed, validated, and applied to all pathology reports at The Ottawa Hospital (TOH) over a 15-year period. Positive records were confirmed through manual chart review, and a gold-standard cohort of all rectal cancer resections performed at TOH was created. 2) Univariate and multivariate analyses were performed to assess temporal trends and associated factors for four (4) key surgical quality indicators. 3) Previously published methods for identifying rectal cancer resections in population-based datasets were validated using the cohort of patients created in Objective 1 as a gold standard. Results: 1) The text-search algorithm had a sensitivity and specificity of 100% and 98.4%, respectively. Because of low disease prevalence, positive predictive value (PPV) was 18.6%. 2) The proportion of resections with successful lymph node retrieval improved significantly over the course of the study period. No change was demonstrated for the remaining 3 surgical quality indicators. 3) Previously described methods that utilize procedure codes to identify rectal cancer resections in large administrative datasets had a sensitivity and specificity of 89.5% and 99.9%, respectively, with a PPV of 64.9%. Conclusions: It is feasible to utilize both procedure codes and text-search methods to identify patients with surgical resections for rectal cancer in administrative datasets. However, these methods are at risk of being inaccurate and resulting cohorts should be validated. Creating large cohorts of rectal cancer patients can be useful for studying a variety of subjects, including surgical quality.

Potentially Inappropriate Prescribing (PIP) is common in Canada yet little is known about its health system costs or which PIPs have the greatest cost impact. This thesis examined the health system costs from hospitalizations, emergency department (ED) visits and medications from all PIP, and for distinct PIP. PIPs were identified in a cohort of older adults in Ontario using a subset of the STOPP/START criteria applicable to health administrative databases, and all analyses were conducted by comparing participants with and without PIP. In study one, the costs from hospitalization, ED visits and newly prescribed medications were identified using population attributable fractions. PIP was identified as responsible for a sizeable portion of all three cost categories, with hospitalization and ED visits costs most highly impacted. Study two compared the incremental costs due to PIP among four distinct PIP criteria selected based on differing frequency and crude costs to validate the use of such characteristics for priority-setting. The crude healthcare costs, as well as the cost of the drug causing the PIP and the frequency of the PIP were identified as likely key characteristics of high-impact PIP. Combined, these studies provide evidence on the overall burden of PIP, while also identifying likely characteristics of high-impact PIP. They suggest interventions at the health system level may be needed to address medication appropriateness and provide information which may be helpful to decision-makers when identifying which PIPs should be targeted for intervention, given no health system level interventions for PIP are currently in place.

Tamoxifen and aromatase inhibitors are treatment options for women with breast cancer and evidence on the risk of stroke is important in choosing between these two options. A systematic review of two randomized controlled trials and their nine related trial reports showed different methods for adverse event reporting and inconsistent estimates of stroke risk. In an observational cohort study of 5443 Ontario women, aged 66 years or older with early stage breast cancer, 86 ischemic stroke events (1.6%) occurred during follow-up of 5 years. There was no statistically significant difference in the risk of stroke between the hormone therapy groups [adjusted HR for tamoxifen compared to AI 1.330 (0.810, 2.179)]. Results were similar across cardiovascular disease risk groups and were robust to different follow up periods and analytic methods. This study suggests that there is no significant difference in stroke between these treatment options.

Tamoxifen and aromatase inhibitors are treatment options for women with breast cancer and evidence on the risk of stroke is important in choosing between these two options. A systematic review of two randomized controlled trials and their nine related trial reports showed different methods for adverse event reporting and inconsistent estimates of stroke risk. In an observational cohort study of 5443 Ontario women, aged 66 years or older with early stage breast cancer, 86 ischemic stroke events (1.6%) occurred during follow-up of 5 years. There was no statistically significant difference in the risk of stroke between the hormone therapy groups [adjusted HR for tamoxifen compared to AI 1.330 (0.810, 2.179)]. Results were similar across cardiovascular disease risk groups and were robust to different follow up periods and analytic methods. This study suggests that there is no significant difference in stroke between these treatment options.

Pour la recherche en santé publique, réutiliser les bases médicoadministratives est pertinent et ouvre de nouvelles perspectives. En pharmacoépidémiologie, ces données permettent d’étudier à grande échelle l’état de santé, les maladies ainsi que la consommation et le recours aux soins d’une population. Le traitement de ces données est cependant limité par des complexités inhérentes à la nature comptable des données. Cette thèse porte sur l’utilisation conjointe de bases de données médicoadministratives et de connaissances biomédicales pour l’étude des trajectoires de soin. Cela recouvre à la fois (1) l’exploration et l’identification des trajectoires de soins pertinentes dans des flux volumineux au moyen de requêtes et (2) l’analyse des trajectoires retenues. Les technologies du Web Sémantique et les ontologies du Web des données ont permis d’explorer efficacement les données médicoadministratives, en identifiant dans des trajectoires de soins des interactions, ou encore des contre-indications. Nous avons également développé le package R queryMed afin de rendre plus accessible les ontologies médicales aux chercheurs en santé publique. Après avoir permis d’identifier les trajectoires intéressantes, les connaissances relatives aux nomenclatures médicales de ces bases de données ont permis d’enrichir des méthodes d’analyse de trajectoires de soins pour mieux prendre en compte leurs complexités. Cela s’est notamment traduit par l’intégration de similarités sémantiques entre concepts médicaux. Les technologies du Web Sémantique ont également été utilisées pour explorer les résultats obtenus. / Reusing healthcare administrative databases for public health research is relevant and opens new perspectives. In pharmacoepidemiology, it allows to study large scale diseases as well as care consumption for a population. Nevertheless, reusing these information systems that were initially designed for accounting purposes and whose interoperability is limited raises new challenges in terms of representation, integration, exploration and analysis. This thesis deals with the joint use of healthcare administrative databases and biomedical knowledge for the study of patient care trajectories. This includes both (1) exploration and identification through queries of relevant care pathways in voluminous flows, and (2) analysis of retained trajectories. Semantic Web technologies and biomedical ontologies from the Linked Data allowed to identify care trajectories containing a drug interaction or a potential contraindication between a prescribed drug and the patient’s state of health. In addition, we have developed the R queryMed package to enable public health researchers to carry out such studies by overcoming the difficulties of using Semantic Web technologies and ontologies. After identifying potentially interesting trajectories, knowledge from biomedical nomenclatures and ontologies has also enriched existing methods of analysing care trajectories to better take into account the complexity of data. This resulted notably in the integration of semantic similarities between medical concepts. Semantic Web technologies have also been used to explore obtained results.

La non-réponse, rencontrée dans la plupart des enquêtes épidémiologiques, est génératrice de biais de sélection (qui, dans ce cas est un biais de non-réponse) lorsqu’elle est liée aux variables d’intérêt. En surveillance épidémiologique, dont un des objectifs est d’estimer des prévalences, on a souvent recours à des enquêtes par sondage. On est alors confronté à la non-réponse totale et on peut utiliser des méthodes issues de la statistique d’enquête pour la corriger. Le biais de non-réponse peut être exprimé comme le produit de l’inverse du taux de réponse et de la covariance entre la probabilité de réponse et la variable d’intérêt. Ainsi, deux types de solution peuvent généralement être envisagés pour diminuer ce biais. La première consiste à chercher à augmenter le taux de réponse au moment de la planification de l’enquête. Cependant, la maximisation du taux de réponse peut entraîner d’autres types de biais, comme des biais de mesure. Dans la seconde, après avoir recueilli les données, on utilise des informations liées a priori aux variables d’intérêt et à la probabilité de réponse, et disponibles à la fois pour les répondants et les non-répondants pour calculer des facteurs correctifs. Cette solution nécessite donc de disposer d’informations sur l'ensemble de l'échantillon tiré au sort (que les personnes aient répondu ou non) ; or ces informations sont en général peu nombreuses. Les possibilités récentes d'accès aux bases médico-administratives (notamment celles de l'assurance maladie) ouvrent de nouvelles perspectives sur cet aspect.Les objectifs de ce travail, qui sont centrés sur les biais de non-réponse, étaient d’étudier l’apport de données supplémentaires (enquête complémentaire auprès de non-répondants et bases médico-administratives) et de discuter l’influence du taux de réponse sur l’erreur de non-réponse et l’erreur de mesure.L'analyse était centrée sur la surveillance épidémiologique des risques professionnels via l’exploitation des données de la phase pilote de la cohorte Coset-MSA à l’inclusion. Dans cette enquête, en plus des données recueillies par questionnaire (enquête initiale et enquête complémentaire auprès de non-répondants), des informations auxiliaires issues de bases médico-administratives (SNIIR-AM et MSA) étaient disponibles pour les répondants mais aussi pour les non-répondants à l’enquête par questionnaire.Les résultats montrent que les données de l’enquête initiale, qui présentait un taux de réponse de 24%, corrigées pour la non-réponse avec des informations auxiliaires directement liées à la thématique de l’enquête (la santé et le travail) fournissent des estimations de prévalence en général proches de celles obtenues grâce à la combinaison des données de l’enquête initiale et de l’enquête complémentaire (dont le taux de réponse atteignait 63%) après correction de la non réponse par ces mêmes informations auxiliaires. La recherche d'un taux de réponse maximal à l’aide d’une enquête complémentaire n’apparait donc pas nécessaire pour diminuer le biais de non réponse. Cette étude a néanmoins mis en avant l’existence de potentiels biais de mesure plus importants pour l’enquête initiale que pour l’enquête complémentaire. L’étude spécifique du compromis entre erreur de non-réponse et erreur de mesure montre que, pour les variables qui ont pu être étudiées, après correction de la non-réponse, la somme de l’erreur de non-réponse de l’erreur de mesure est équivalente dans l’enquête initiale et dans les enquêtes combinées (enquête initiale et complémentaire).Ce travail a montré l’intérêt des bases médico-administratives pour diminuer l’erreur de non-réponse et étudier les erreurs de mesure dans une enquête de surveillance épidémiologique. / Nonresponse occurs in most epidemiologic surveys and may generate selection bias (which is, in this case, a nonresponse bias) when it is linked to outcome variables. In epidemiologic surveillance, whose one of the purpose is to estimate prevalences, it is usual to use survey sampling. In this case, unit nonresponse occurs and it is possible to use methods coming from survey sampling to correct for nonresponse. Nonresponse bias can be expressed as the product of the inverse of the response rate and the covariance between the probability of response and the outcome variable. Thus, two options are available to reduce the effect of nonresponse. The first is to increase the response rate by developing appropriate strategies at the study design phase. However, the maximization of the response rate can prompt other kinds of bias, such as measurement bias. In the second option, after data collection, information associated with both nonresponse and the outcome variable, and available for both respondents and nonrespondents, can be used to calculate corrective factors. This solution requires having information on the complete random sample (respondents and nonrespondents); but this information is rarely sufficient. Recent possibilities to access administrative databases (particularly those pertaining to health insurance) offer new perspectives on this aspect.The objectives of this work focused on the nonresponse bias were to study the contribution of supplementary data (administrative databases and complementary survey among nonrespondents) and to discuss the influence of the response rate on the nonresponse error and the measurement error. The analyses focused on occupational health epidemiologic surveillance, using data (at inclusion) from the Coset-MSA cohort pilot study. In this study, in addition to the data collected by questionnaire (initial and complementary survey among nonrespondents), auxiliary information from health and occupational administrative databases was available for both respondents and nonrespondents.Results show that the data from the initial survey (response rate : 24%), corrected for nonresponse with information directly linked to the study subject (health and work) produce estimations of prevalence close to those obtained by combining data from the initial survey and the complementary survey (response rate : 63%), after nonresponse adjustment on the same auxiliary information. Using a complementary survey to attain a maximal response rate does not seem to be necessary in order to decrease nonresponse bias. Nevertheless, this study highlights potential measurement bias which could be more consequential for the initial survey than for the complementary survey. The specific study of the trade-off between nonresponse error and measurement error shows that, for the studied variables and after correction for nonresponse, the sum of the nonresponse error and the measurement error is equivalent in the initial survey and in the combined surveys (initial plus complementary survey). This work illustrated the potential of administrative databases for decreasing the nonresponse error and for evaluating measurement error in an epidemiologic surveillance survey.

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Le rôle de l'exposition professionnelle aux pesticides dans la maladie de Parkinson (MP) est documenté, mais aucune étude n’a évalué l’excès de risque de MP parmi la population agricole française. De plus, peu d’études ont porté sur l’exposition non-professionnelle. A partir des bases de données du système national d’information inter-régimes de l’assurance maladie (SNNIRAM), nous avons identifié l’ensemble des cas incidents de MP en France métropolitaine (2010-2012). Nous avons comparé l’incidence et la prévalence de la MP parmi les affiliés à la Mutualité sociale agricole à celles des affiliés des autres régimes de l’assurance maladie et observé une augmentation de fréquence de MP parmi les affiliés à la MSA, notamment les exploitants agricoles. Parmi la population française métropolitaine, l’incidence de la MP augmentait avec la proportion de terres consacrées à l’agriculture dans les cantons. L’association la plus forte a été observée pour les cantons fortement viticoles. Cette association a été confirmée chez les non-agriculteurs affiliés au Régime général de l’assurance maladie. L’association avec la viticulture pourrait s’expliquer par une utilisation importante de pesticides responsable d’une exposition environnementale à proximité des exploitations. Si cette association est confirmée, la fraction de MP attribuable aux pesticides serait plus importante que si seule l’exposition professionnelle était impliquée.La sclérose latérale amyotrophique ou maladie du motoneurone (MMN) est une maladie rare de pronostic sombre et il existe peu de données sur son incidence en France. Nous avons développé un algorithme permettant d’identifier les cas de MMN à partir du SNIIRAM qui a permis d’estimer l’incidence de cette pathologie en France (2012-2014) et d’étudier sa relation avec les caractéristiques agricoles. A l’inverse de la MP, nous n’avons pas observé d’augmentation d’incidence au sein de la MSA et nous n’avons pas retrouvé d’association avec les caractéristiques agricoles. / The role of occupational exposure to pesticides in Parkinson's disease (PD) is recognized, but no studies have evaluated the excess risk of PD among the French agricultural population. In addition, few studies have examined non-occupational exposure. We used databases from the national health insurance information system (SNNIRAM) to identify incident PD cases in metropolitan France (2010-2012). We compared the incidence and prevalence of PD among affiliates of the Mutualité agricole agricole with those among affiliates of the other health insurance schemes and observed an increased frequency of PD among MSA affiliates, farmers in particular. In the French general population, the incidence of PD increased with the proportion of land devoted to agriculture in the cantons. occupational exposure was involved. The strongest association was observed for cantons with a high proportion of land devoted to vineyards. This association was confirmed in non-farmers affiliated to the General health insurance scheme. The association with vineyards may be explained by an important use of pesticides leading to environmental exposure near farms. If this association is confirmed, the fraction of PD attributable to pesticides would be greater than if only occupational exposure was involved.Amyotrophic lateral sclerosis or motor neuron disease (MMD) is a rare disease with a poor prognosis and there are few data on its incidence in France. We have developed an algorithm to identify cases of MMD in the SNIIRAM which allowed us to estimate the incidence of this disease in France (2012-2014) and to study its relationship with the agricultural characteristics. Unlike PD, we did not observe any increase of incidence among MSA members and we did not find any association with agricultural characteristics.

Les médecines complémentaires sont nombreuses et variées, leur recours est largement répandu et en hausse. Selon les pratiques, les données d’évaluation sont plus ou moins riches, mais il y a peu de conclusions consensuelles quant à leur efficacité, même en cas de littérature abondante. Nous commencerons par un état des lieux de l’adéquation des méthodes conventionnelles utilisées pour l’évaluation du médicament, à savoir de l’essai contrôlé randomisé (ECR) et des méta-analyses, pour l’évaluation des médecines complémentaires.A travers trois applications pratiques, nous réfléchirons ensuite à l’apport d’autres méthodes, moins reconnues à ce jour dans le champ de l’evidence based medecine mais pouvant apporter d’autres éclairages. En particulier, nous discuterons de l’intérêt des méthodes mixtes, des études qualitatives et de l’exploitation des grandes bases de données médico-administratives. Nous réaliserons une revue mixte sur l’évaluation de l’hypnose pour le travail et l’accouchement, une étude qualitative sur l’expérience du qi gong par des patientes hospitalisées pour anorexie mentale sévère, et nous étudierons le potentiel d’exploitation du Système National d'Information Inter Régimes de l'Assurance Maladie (SNIIRAM) pour évaluer les médecines complémentaires. Les deux premiers axes nous amèneront à questionner le choix des critères de jugement et des instruments de mesure utilisés dans les ECR et nous inciteront à accorder davantage de place et de légitimité à la perspective du patient. Plus largement, cela nous invitera à remettre en cause la suprématie traditionnellement accordée aux études quantitatives pour la remplacer par une vision non hiérarchique mais synergique des approches qualitatives et quantitatives. Le troisième axe nous permettra d’identifier les limites actuelles à l’exploitation du SNIIRAM pour l’évaluation des médecines complémentaires, à la fois sur le plan technique et sur le plan de la représentativité. Nous proposerons des mesures concrètes pour rendre possible et pertinente son exploitation dans le champ de l'évaluation des médecines complémentaires.Enfin, dans la discussion générale, nous tiendrons compte du fait que l’évaluation des médecines complémentaires n’a pas pour but d’autoriser ou non une mise sur le marché. Ainsi, contrairement à l'évaluation des médicaments, l'évaluation des médecines complémentaires ne s'inscrit pas toujours dans une visée de prise de décision. Nous soulignerons l’importance de tenir compte de la visée (visée de connaissance ou visée de décision) dans l’élaboration d’une stratégie de recherche et nous proposerons deux stratégies différentes en nous appuyant sur la littérature et les résultats issus de nos trois exemples d'application. Concernant la stratégie de recherche à visée de prise de décision, nous montrerons l’importance des étapes de définition de l’intervention, d’identification des critères de jugement pertinents, et d’optimisation de l’intervention, avant la réalisation d’essais pragmatiques visant à évaluer l’efficacité en vie réelle. Nous verrons comment la volonté d’évaluer ces pratiques nous renvoie à des défis en terme de réglementation et nous soulignerons par ailleurs la nécessité d’évaluer la sécurité de ces pratiques en développant des systèmes de surveillance adaptés. / Complementary medicines are numerous and varied, their use is widespread and increasing.Quality and quantity of evaluation data depend on the type of complementary medicines, but there are few consensual conclusions about their effectiveness, even in the case of abundant literature. We will start with an inventory of the adequacy of the conventional methods used for drug evaluation, namely randomized controlled trials (RCT) and meta-analyzes, for the evaluation of complementary medicines. Through three practical applications, we will then consider the contribution of other methods, less recognized to date in the field of evidence-based medicine but potentially contributive to shed light on other perspectives. In particular, we will discuss the advantages of mixed methods, qualitative studies and the exploitation of large health administrative databases. We will conduct a mixed-method review of the assessment of hypnosis for labor and childbirth, a qualitative study on the experience of qi gong by patients hospitalized for severe anorexia nervosa and we will study the potential of the French national health insurance database (SNIIRAM) to evaluate complementary medicines. The first two axis will lead us to question the choice of outcomes and measurement tools used in RCTs and to value and legitimate the patient's perspective. More broadly, it will invite us to question the hierarchical vision of qualitative and quantitative research that traditionally attributes supremacy to quantitative studies. It will encourage us to replace it with a synergistic vision of qualitative and quantitative approaches. The third axis will enable us to identify the current limits to the use of SNIIRAM for the evaluation of complementary medicines, both technically and in terms of representativeness. We will propose concrete measures to make its exploitation possible and relevant in the field of evaluation of complementary medicines.Finally, in the general discussion, we shall take account of the fact that the evaluation of complementary medicines is not part of a marketing authorization process. Thus, contrary to drug evaluation, complementary medicines evaluation does not always imply decision making. We will emphasize the importance of considering the aim (aim of knowledge or aim of decision) in the development of a research strategy. We will propose two different strategies based on the literature and the results from our three examples. Concerning the research strategy aimed at decision-making, we will show the importance of defining the intervention, identifying the relevant outcomes, and optimizing the intervention first, before carrying out pragmatic clinical trials to evaluate its effectiveness. We will discuss the regulatory challenges complementary medicine evaluation confronts us to, and stress the need to assess the safety of these practices by developing appropriate monitoring systems.

Pour les patients souffrants d’une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), il existe de nombreuses façons de cheminer dans le système de santé québécois. Toutefois, ces trajectoires de soins (TS) ne sont pas bien décrites dans la littérature et leur impact sur la mortalité demeure inconnu. Les objectifs du projet sont d’identifier et de caractériser les TS des patients MPOC, puis d’en évaluer l’association avec la mortalité. Pour ce faire, nous avons créé une cohorte rétrospective de 3352 Québécois, atteints d’une MPOC, ayant répondu à l’Enquête sur la santé des collectivités canadiennes (ESCC) entre 2007 et 2013. Trois banques de données administratives du Québec (RAMQ, MED-ÉCHO et RED/D) ont été jumelées aux données de l’ESCC pour mesurer les TS sur 2 ans, et ce, à l’aide de l’analyse de séquences. Les caractéristiques des patients ont été comparées entre les TS grâce au test du khi-2 et au V-test. Nous avons réalisé des modèles de Cox, bruts et ajustés pour les facteurs confondants, dans le but d’évaluer l’association entre les TS et la mortalité sur un maximum de 5 ans. Suite à l’analyse de séquences, 6 TS ont été identifiées : 1) faible utilisation des services de santé: toutes causes (44,7%); 2) utilisation moyenne des services de santé: toutes causes (27,7%); 3) grande utilisation des services de santé surtout chez l’omnipraticien: causes respiratoires (4,4%); 4) grande utilisation des services de santé surtout chez l’omnipraticien: autres causes que respiratoires (6,5%); 5) grande utilisation des services de santé surtout chez le spécialiste: autres causes que respiratoires (6,3%); 6) grande utilisation des services de santé surtout en soins aigus: toutes causes (10,4%). Les caractéristiques qui ont permis de distinguer l’appartenance des patients à une TS sont l’âge, le statut tabagique et matrimonial, le niveau d’éducation, l’indice de comorbidité et la santé perçue. Les patients des TS 2, 4 et 6 étaient significativement plus à risque de décès que les patients de la TS 1. Ainsi, une meilleure compréhension des TS et de leur association avec la mortalité pourrait aider les décideurs et les cliniciens à mieux identifier les patients à risque et allouer judicieusement les services et les ressources afin d’optimiser la gestion de la MPOC. / Patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) navigate in the healthcare system in different ways. However, those trajectories of care (ToCs) are not well described and their impact on mortality is unknown. Therefore, our research project’s objectives were to identify and characterize the ToCs of COPD patients and to evaluate the association between those ToCs and mortality. To do so, we conducted a retrospective cohort study with 3352 COPD patients living in Quebec, who answered the Canadian Community Health Survey between 2007 and 2013. Three Quebec health administrative databases (RAMQ, MED-ÉCHO and RED/D) were linked to the survey data to measure ToCs over a 2-year period, using sequence analysis. Patients’ characteristics were compared between ToCs with chi-square and V tests. At last, we evaluated the association between ToCs and death over a maximum of 5 years, using Cox models adjusted for potential confounders. Following sequence analysis, 6 ToCs were identified: 1) low use of healthcare services: all causes (44.7%); 2) medium use of healthcare services: all causes (27.7%); 3) high use of healthcare services mainly with general practitioners (GPs): respiratory causes (4.4%); 4) high use of healthcare services mainly with GPs: other causes than respiratory (6.5%); 5) high use of healthcare services mainly with specialists: other causes than respiratory (6.3%) and 6) high use of healthcare services mainly in acute care: all causes (10.4%). Patients’ characteristics that best-described the trajectories’ membership were age, smoking status, marital status, level of education, comorbidity index and, patients’ perceived health. Patients belonging to trajectories 2, 4 and 6 were significantly more at risk of death than patients belonging to the first trajectory. Thus, a better understanding of the ToCs in Quebec and their association with mortality could help policymakers and clinicians for the allocation of care and health resources, thereby promoting least fatal ToCs.