Les colloïdes sont utilisés dans de nombreuses applications médicales tels les agents de contraste en IRM ou l'immuno-agglutination magnétique dans le diagnostic. Pour en améliorer leurs performances, l'interaction entre les particules et les milieux biologiques – en particulier les protéines – a été étudiée depuis plus de 150 ans, mais ce phénomène n'est toujours pas correctement décrit. La première partie de cette thèse est dédiée à une des applications des colloïdes : la détection de protéines cible. Basée sur l’orientation d’agrégats magnétiques anisotropes, une nouvelle méthode a été mise au point, permettant de mesurer un signal d'agrégation uniquement proportionnel à la quantité de protéines à doser, la limite de détection est donc abaissée. Cette technique a été validée sur un système réel : la protéine C-réactive. La seconde partie de cette thèse est consacrée à l’adsorption des protéines sur les colloïdes. Le premier objectif a été la mise au point d'un protocole de mesure capable de fournir des données fiables, l'adsorption a ainsi pu être caractérisée sur un système modèle, l'albumine de sérum bovin sur la silice. Les mesures obtenues ont ainsi permis de lever certains paradoxes et de proposer un nouveau modèle d’adsorption. Enfin, ces connaissances ont permis de comprendre comment des protéines, en s’adsorbant sur deux particules, agrègent les colloïdes. En quantité suffisante, elles peuvent également les protéger de l’agrégation, ouvrant la voie à une nouvelle méthode de stabilisation des particules. / Colloids are used in many applications such as contrast agents in MRI or magnetic immuno-agglutination in diagnosis. To improve their performance, the interaction between particles and biological media – in particular proteins – has been studied for more than 150 years, nevertheless this phenomenon is still not well described. The first part of this thesis is dedicated to an application of colloids: detection of target proteins. Based on orientation of anisotropic magnetic aggregates, a new method has been developed, which generates a signal of aggregation, directly proportional to the amount of protein in the sample: lowering the detection limit. This technique has been validated on a real system: C-reactive protein. The second part is dedicated to protein adsorption on colloids. The first objective was the development of a protocol to obtain reliable measurements, adsorption could then be characterized in a model system: bovine serum albumin and silica. Results obtained were thus able to dismiss certain paradoxes and to propose a new model. Ultimately the studies reveal how proteins, by adsorbing between two particles, aggregate colloids. In sufficient quantities, they can also protect against aggregation, enabling a new method of particle stabilization.

Les produits laitiers d’aujourd’hui contiennent souvent des polysaccharides qui permettent de les texturer et de les stabiliser. La compréhension et le contrôle de ces mélanges sont essentiels pour la fabrication et le développement de nouveaux produits. Le carraghénane est un polysaccharide sulfaté provenant des algues. Il existe principalement trois types de carraghénanes : le λ-carraghénane, le κ-carraghénane (KC) et l’ τ-carraghénane (IC). Les deux derniers sont ceux utilisés pour notre étude. Le KC et l’IC présentent une transition pelote-hélice en dessous d’une température critique qui dépend du type et de la concentration de cations. Dans la conformation hélice, les chaînes peuvent s’agréger, puis gélifier. La caséine est la protéine majoritaire du lait. Dans le lait, elle est présente sous forme d’un complexe stabilisé par le phosphate de calcium colloïdal (CCP). Le caséinate de sodium (SC) est obtenu à partir de la caséine native en enlevant le CCP par acidification, puis par addition de soude. Dans l’eau, les particules de SC ont un rayon de 11nm et sont constituées d’environ 15 molécules de caséines. Les mêmes particules peuvent être formées par chélation du CCP par le triphosphate de sodium. Elles sont alors appelées submicelles de caséines. Le projet de cette thèse vise à approfondir les connaissances sur la nature des interactions dans les systèmes mixtes caséinates/carraghénane. Ce mélange est un modèle pour certains produits laitiers. Les principaux résultats de cette étude sont les suivants : Etude des mélanges de SC et de KC sous forme pelote. Nous avons établi un diagramme de phase à l’aide de la microscopie confocale à balayage laser (MCBL), de la spectroscopie UV et de la rhéologie. Deux domaines ont été définis : un domaine biphasique aux fortes concentrations de SC où la séparation de phase est ségrégative et un domaine monophasique aux faibles concentrations des deux composés. Dans les mélanges monophasiques ou biphasiques, nous avons observé des agrégats riches en protéines qui sont irréversibles. Ces agrégats contiennent très peu de carraghénane et ont un impact sur la viscosité du mélange. La teneur en protéine dans ces agrégats augmente linéairement avec l’augmentation de la concentration de KC mais est indépendante de la concentration de SC. Cette fraction est également influencée par le pH et la force ionique. Gélification des mélanges monophasiques de SC et de KC. Les caséines n’influencent pas la température critique de gélification, mais augmentent la température critique de fonte ainsi que le module du gel. Nous avons montré que le système forme un gel mixte. Ce gel mixte contient deux types de liaisons : des liaisons entre SC-KC et des liaisons entre KC-KC purs. La compétition entre ces deux types d’interactions dépend de la force ionique et de la nature du sel. Etude comparative des SC et des submicelles de caséines. On n’observe aucune différence entre les deux systèmes, à part la diminution de la température critique de gélification due au triphosphate de sodium. Etude comparative de KC et d’IC en présence de SC. La séparation de phase ségrégative des mélanges d’IC est déplacée vers les hautes concentrations de SC. Le pourcentage d’agrégats dans le mélange est négligeable. On observe également la présence d’un gel mixte, mais de module plus faible. En conclusion, cette thèse a permis de mieux comprendre le comportement complexe des carraghénanes dans les suspensions de caséines, ce qui devrait permettre le développement plus rationnel de certains produits laitiers. / The carrageenan is a sulphated polysaccharide extracted from red algae. In a acqueous solution carrageenan change its conformation when we cool from a coil to a helix, this coil-helix transition is thermoreversible. In generally, Helical carrageenan aggregates and can form a gel. Rheology shows that carrageenan forms gel during cooling at a critical gelation temperature Tc and that upon heating, the gel melts at a critical melting temperature Th. These critical temperatures depend on the nature and the concentration of kations that are present in the solution, but not on the carrageenan concentration. The shear modulus depends both on nature and concentration of salt and on the carrageenan concentration. Casein is the major milk protein component and consist of 4 kinds of casein molecules: alpha s1, alpha s2, beta and kappa casein. In milk, the caseins form a large complex with a size of about 200nm. This complex is stabilized by colloidal calcium phosphate. SC (sodium caséinate) can be prepare by precipitation of casein micelles at pH 4, washing the precipitate to remove the colloidal calcium phosphate and returning to pH 7 by adding NaOH. The SC is present in water in the form of small particles with a radius of about 11 nm that contain approximately 15 casein molecules. The objective of this work is to study the structure and mechanical properties of SC/carrageenan (kappa carrageenan (KC) and iota carrageenan (IC)) mixtures and to better understand the nature of the interaction between them. mixtures of KC and SC show a segregative phase separation at high concentrations of either. Cluster containing mostly SC and little KC are formed by association between KC and SC. With time, the clusters flocculate and precipitate, but they can be redisperse in solution by heating and shaking. The fraction of protein in the clusters depends on the pH, the ionic strength and the KC concentration, but very little on the protein concentration. During cooling, SC associates with helical KC and forms a mixed network. These mixed gels have two types of crosslinks: links between protein free KC chain sections and links involving of proteins. The break up of these two types of bonds can be seen during the melting process depending on the relative amounts of SC and KC. The gel strength depends on the KC and SC concentration and also the type and the concentration of salt. Mixtures of τ-carrageenan (IC) and sodium caseinate (SC) were investigated and the results are compared with a similar study of mixture of κ-carrageenan (KC) and SC. Segregative phase separation was observed at high biopolymer concentrations and the binodal was determined. At low IC concentrations SC formed aggregates involving a very small amount of IC that were characterized with light scattering. The influence of adding SC on the gelation of IC during cooling and the shear modulus of the gels, was studied in the presence of NaCl or KCl. The main conclusion of this work is that SC binds to both IC and KC, in the coil conformation as well as in the helix conformation, but that its effect on the rheology is much weaker for IC than for KC.

Le lactosérum, co-produit de la transformation fromagère, peut être valorisé en concentrant ses protéines par ultrafiltration (UF). Le principal inconvénient de l’UF est le colmatage des membranes, notamment par les protéines et le phosphate de calcium, qui entraîne une réduction des performances du procédé. Depuis quelques années, il est reconnu que les membranes peuvent être colmatées par des cellules bactériennes et des biofilms lors de l’UF du lactosérum. De nombreux auteurs ont souligné la présence de biofilms sur les membranes et investigué différents paramètres régissant la diversité bactérienne de ces biofilms. Toutefois, aucune étude n’a encore démontré l’impact concret du colmatage bactérien sur les performances de l’UF du lactosérum. L’objectif général de cette étude était donc de quantifier les baisses de performance causées par le dépôt de cellules bactériennes et la formation de biofilms lors du l’UF du lactosérum. Le premier objectif a démontré que le dépôt de cellules bactériennes pouvait exacerber les baisses de flux causées par le colmatage des protéines sériques en UF frontale, alors qu’il avait peu d’effet sur le colmatage minéral. Une neutralisation partielle des charges électrostatiques entre les bactéries et les protéines réduirait les répulsions et entraînerait la formation d’un gâteau de particules plus compact sur la membrane. Les résultats du deuxième objectif ont permis de confirmer, en UF tangentielle de lactosérum doux, que le colmatage bactérien provenant de la microflore intrinsèque du système de filtration pouvait diminuer les flux de perméation après 18 h de filtration. Le colmatage bactérien a augmenté la résistance hydraulique des membranes, permettant le calcul de résistances spécifiques au colmatage bactérien (Rbio) qui représentaient de 31 à 44% de la résistance totale de la couche de colmatage. Ces résultats démontrent que le colmatage bactérien peut influencer négativement les performances de l’UF du lactosérum et soulignent l’importance de développer des solutions pour mitiger ce colmatage. / Whey, the main co-product of cheese manufacturing, can be valorized through protein concentration by ultrafiltration (UF). The main drawback of UF is fouling, mainly by protein and calcium phosphate, which lowers the process performance. It has recently been acknowledged that membranes can also be fouled by bacterial cells and biofilms during whey UF. Numerous authors have demonstrated the presence of biofilms on membranes and investigated many parameters that can modulate the bacterial diversity of these biofilms. However, the impact of biofouling on the performance of whey UF is still unknown. The general objective of this study was therefore to quantify the loss of performance caused by bacterial cell deposition and biofilm formation during whey UF. The first objective demonstrated that bacterial cell deposition could increase the flux drop caused by whey protein fouling during dead-end UF, while it had minor effects on mineral fouling. Partial neutralization of bacterial cells and protein electrostatic charges may have reduced repulsions led to the formation of a more compact cake. The results of the second objective confirmed, during crossflow UF of sweet whey, that biofouling from the intrinsic microflora of the filtration system could lower permeation fluxes after 18 h of filtration. Biofouling also increased membrane hydraulic resistances, allowing the calculation of biofouling-specific resistances (Rbio), which accounted for 31 to 44% of the total fouling layer resistances. These results demonstrate that biofouling can negatively affect the performance of whey processing by UF and highlight the need for solutions to mitigate biofouling.

L’agrégation des valeurs qui doivent être gardées confidentielles tout en garantissant la robustesse du processus et l’exactitude du résultat est nécessaire pour un nombre croissant d’applications. Divers types d’enquêtes, telles que les examens médicaux, les référendums, les élections, ainsi que les nouveaux services de Internet of Things, tels que la domotique, nécessitent l’agrégation de données confidentielles. En général,la confidentialité est assurée sur la base de tiers de confiance ou des promesses de cryptographie, dont les capacités ne peuvent être évaluées sans expertise.L’ambition de cette thèse est de réduire le besoin de confiance dans les autorités, de même que la technologie, et d’explorer les méthodes d’agrégations de données à grande échelle, qui garantissent un degré élevé de confidentialité et ne dépendent ni de tiers de confiance ni de cryptographie. Inspiré par BitTorrent et Bitcoin, les protocoles P2P sont considérés. La première contribution de cette thèse est l’extension du protocole d’agrégation distribuée BitBallot dans le but de couvrir les agrégations dans les réseaux P2P comprenant des pairs adversaires avec un comportement défaillant ou byzantin. Les changements introduits permettent éventuellement de maintenir un résultat précis en présence d’une minorité adversaire. Les limites de scalabilité rencontrées conduisent à la deuxième contribution dans le but de soutenir les agrégations à grande échelle. Inspiré par BitBallot et BitTorrent, un nouveau protocole distribué appelé ADVOKAT est proposé.Dans les deux protocoles, les pairs sont affectés aux noeuds feuilles d’un réseau de superposition d’une structure arborescente qui détermine le calcul des agrégats intermédiaires et restreint l’échange de données. La partition des données et du calcul entre un réseau de pairs équipotent limite le risque de violation de données et réduit le besoin de confiance dans les autorités. Les protocoles fournissent une couche middleware dont la flexibilité est démontrée par les applications de vote et de loterie. / Aggregation of values that need to be kept confidential while guaranteeing the robustness of the process and the correctness of the result is necessary for an increasing number of applications. Various kinds of surveys, such as medical ones, opinion polls, referendums, elections, as well as new services of the Internet of Things, such as home automation, require the aggregation of confidential data. In general, the confidentiality is ensured on the basis of trusted third parties or promises of cryptography, whose capacities cannot be assessed without expert knowledge.The ambition of this thesis is to reduce the need for trust in both authorities and technology and explore methods for large-scale data aggregations, that ensure a high degree of confidentiality and rely neither on trusted third parties nor solely on cryptography. Inspired by BitTorrent and Bitcoin, P2P protocols are considered.The first contribution of this thesis is the extension of the distributed aggregation protocol BitBallot with the objective to cover aggregations in P2P networks comprising adversarial peers with fail-stop or Byzantine behaviour. The introduced changes allow eventually to maintain an accurate result in presence of an adversarial minority.The encountered scalability limitations lead to the second contribution with the objective to support large-scale aggregations. Inspired by both BitBallot and BitTorrent, a novel distributed protocol called ADVOKAT is proposed.In both protocols, peers are assigned to leaf nodes of a tree overlay network which determines the computation of intermediate aggregates and restricts the exchange of data. The partition of data and computation among a network of equipotent peers limits the potential for data breaches and reduces the need for trust in authorities. The protocols provide a middleware layer whose flexibility is demonstrated by voting and lottery applications.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Le thème de notre recherche porte sur l'oral 3 de l'épreuve d'agrégation externe d'éducation physique et sportive, à travers laquelle nous avons étudié le statut et la place de la vidéo dans la formation des agrégés. Nous avons choisi d'utiliser le cadre de la sociologie des sciences et techniques développée par Madeleine Akrich, Bruno Latour et Michel Callon (1992), afin de répondre à notre question de départ. Une des hypothèses principales est qu'il y aurait une chaîne de traduction constituée par un réseau permettant d'engager un changement dans la façon d'utiliser l'outil vidéo en fonction des compétences attendues pour enseigner l'EPS. Ce changement serait initié par un traducteur. Afin de reconstituer le réseau existant permettant de réaliser la traduction, c'est-à-dire la conduite du changement, nous avons réalisé des entretiens auprès des membres de jury de l'oral 3, du président de jury de l'agrégation en poste entre 2003 et 2006, d'un inspecteur général en éducation physique et sportive, des directeurs de l'ENS Cachan section EPS, des agrégatifs en EPS de l'ENS Cachan, ainsi que des enseignants formateurs à cette épreuve. Ces entretiens ont été complétés par la passation d'un questionnaire sur place à Fontainebleau, entre 2004 et 2007 afin de comprendre comment ces futurs agrégés utilisent la vidéo et la place qu'ils lui accordent durant cette épreuve. Ainsi l'analyse de ces données permet d'exposer les différentes étapes pour comprendre comment s'élabore la traduction. / Our research deals with one of the oral examinations of the Physical Education "agrégation externe" studying the status and importance of video in the trainee teachers's training. We have chosen to use the Science and Technology studies framework developed by Madeleine Akrich, Bruno Latour and Michel Callon (1992) in order to answer our initial question. One of the main hypothesis being the fact that there would be translation links constitutes by a network which enables to start a change in the way of using the video tool according to the skills which are expected in the teaching of Physical Education. This change would be initiated by a translator. In order to piece together the way the translation is being carried out by the translation, that is to say to chieve to change, we interviewed the Oral 3 jury, the president of the jury from 2003 to 2006, a chief Education Officer in Physical Education, headmasters and students of the Cachan Ecole Normale Supérieure in Physical education. These people were interviewed in Fontainebleau from 2004 to 2007 thanks to a questionnaire in order to know how the students used the video and how important the video was to them during this roal examination. Therefore, the analysis of these data enable us to present the different steps leading to a better understanding of how the translation is achieved.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L'objectif principal de cette recherche est d'analyser les effets de l'agrégation sur la prévision de la demande. Cet effet est examiné par l'analyse mathématique et l’étude de simulation. L'analyse est complétée en examinant les résultats sur un ensemble de données réelles. Dans la première partie de cette étude, l'impact de l'agrégation temporelle sur la prévision de la demande a été évalué. En suite, Dans la deuxième partie de cette recherche, l'efficacité des approches BU(Bottom-Up) et TD (Top-Down) est analytiquement évaluée pour prévoir la demande au niveau agrégé et désagrégé. Nous supposons que la série désagrégée suit soit un processus moyenne mobile intégrée d’ordre un, ARIMA (0,1,1), soit un processus autoregressif moyenne mobile d’ordre un, ARIMA (1,0,1) avec leur cas spéciales. / Demand forecasting performance is subject to the uncertainty underlying the time series an organisation is dealing with. There are many approaches that may be used to reduce demand uncertainty and consequently improve the forecasting (and inventory control) performance. An intuitively appealing such approach that is known to be effective is demand aggregation. One approach is to aggregate demand in lower-frequency ‘time buckets’. Such an approach is often referred to, in the academic literature, as temporal aggregation. Another approach discussed in the literature is that associated with cross-sectional aggregation, which involves aggregating different time series to obtain higher level forecasts.This research discusses whether it is appropriate to use the original (not aggregated) data to generate a forecast or one should rather aggregate data first and then generate a forecast. This Ph.D. thesis reveals the conditions under which each approach leads to a superior performance as judged based on forecast accuracy. Throughout this work, it is assumed that the underlying structure of the demand time series follows an AutoRegressive Integrated Moving Average (ARIMA) process.In the first part of our1 research, the effect of temporal aggregation on demand forecasting is analysed. It is assumed that the non-aggregate demand follows an autoregressive moving average process of order one, ARMA(1,1). Additionally, the associated special cases of a first-order autoregressive process, AR(1) and a moving average process of order one, MA(1) are also considered, and a Single Exponential Smoothing (SES) procedure is used to forecast demand. These demand processes are often encountered in practice and SES is one of the standard estimators used in industry. Theoretical Mean Squared Error expressions are derived for the aggregate and the non-aggregate demand in order to contrast the relevant forecasting performances. The theoretical analysis is validated by an extensive numerical investigation and experimentation with an empirical dataset. The results indicate that performance improvements achieved through the aggregation approach are a function of the aggregation level, the smoothing constant value used for SES and the process parameters.In the second part of our research, the effect of cross-sectional aggregation on demand forecasting is evaluated. More specifically, the relative effectiveness of top-down (TD) and bottom-up (BU) approaches are compared for forecasting the aggregate and sub-aggregate demands. It is assumed that that the sub-aggregate demand follows either a ARMA(1,1) or a non-stationary Integrated Moving Average process of order one, IMA(1,1) and a SES procedure is used to extrapolate future requirements. Such demand processes are often encountered in practice and, as discussed above, SES is one of the standard estimators used in industry (in addition to being the optimal estimator for an IMA(1) process). Theoretical Mean Squared Errors are derived for the BU and TD approach in order to contrast the relevant forecasting performances. The theoretical analysis is supported by an extensive numerical investigation at both the aggregate and sub-aggregate levels in addition to empirically validating our findings on a real dataset from a European superstore. The results show that the superiority of each approach is a function of the series autocorrelation, the cross-correlation between series and the comparison level.Finally, for both parts of the research, valuable insights are offered to practitioners and an agenda for further research in this area is provided.

En 1865, V. Duruy, ministre de l’Instruction publique nommé par Napoléon III, organise un cursus intermédiaire entre l’enseignement primaire et l’enseignement secondaire. Cet « enseignement secondaire spécial » doit pouvoir fournir à la Nation des cadres intermédiaires pour l’industrie, le commerce et l’agriculture. Conséquemment, cette filière appelle dans ses rangs des enseignants spécifiques et V. Duruy, souhaitant donner ses lettres de noblesse à cette nouvelle formation, crée trois agrégations distinctes. Il fonde également à Cluny une École normale chargée de former le nouveau personnel tout en laissant également l’opportunité à des candidats libres de se présenter à ce nouveau concours. À partir de 1881, l’enseignement secondaire spécial subit plusieurs réformes et il est transformé en 1891 en enseignement moderne. L’École normale ferme ses portes et les agrégations spéciales sont supprimées. La dernière session du concours a lieu en 1893. De 1866 à cette date, 468 candidats auront réussi une agrégation spéciale. Dans une période qui s’étend de 1866 à 1914, notre travail de recherche se propose tout d’abord de partir à la rencontre de ce personnel enseignant méconnu. En nous appuyant sur les dossiers personnels des agrégés spéciaux, nous examinerons tout d’abord leurs origines sociale, scolaire et géographique puis leurs parcours tant dans la vie professionnelle que dans la sphère privée. L’étude s’attache ensuite à suivre ces professeurs dans leur quotidien afin d’apprécier leur niveau de vie. Enfin, l’historiographie ayant souvent souligné que les agrégés classiques affichaient souvent du mépris vis-à-vis des catégories subalternes, il s’agira de mettre en lumière la place occupée, tant dans l’Université que dans la société, par les agrégés spéciaux. / In 1865, Victor Duruy, Minister of State Education appointed by Napoleon III, puts in place an intermediate course between primary and secondary education. This “Special Secondary Education” was meant to provide the nation with intermediate executives for the industry, trade and agriculture. Consequently, this sector called up in its ranks specific teachers and, wishing this new training to be officially recognized, V. Duruy created three distinct agrégations. He also founded at Cluny a Teacher Training College or École normale in charge of training the new staff while giving the opportunity to external candidates to take this new examination. From 1881 onwards the Special Secondary Education underwent several reforms, until 1891 when it became Modern Education. The Teacher Training College closed down and the special agrégations were stopped. The last exam session took place in 1893. From 1866 to that date, 468 candidates will have passed the special agrégation. For a period which extends from 1866 to 1914, our research work suggests first of all getting to know this neglected teaching staff. Relying on the special agrégés’ personal files, we will first study their social, academic and geographical origins, then their personal routes both in their professional and private lives. The study will next attempt to follow these teachers in their everyday life in order to assess their standard of living. Finally, historiography having pointed out that the standard agrégés often showed contempt towards lower grade social groups, our task will be to highlight the place either in the University or in society the special agrégés held.

Malgré la découverte du c-di-GMP en 1987, ce n’est que durant la dernière décennie que l’importance de ce messager secondaire dans la régulation des phénotypes bactériens a été exposée. Synthétisé par des diguanylate cyclases (DGC) et dégradé par des phosphodiestérases spécifiques (PDE), le c-di-GMP est prédit pour être un messager secondaire très répandu chez les bactéries et pratiquement exclusif à celles-ci. Le c-di-GMP est particulièrement reconnu pour son rôle dans la transition des bactéries motiles et planctoniques vers la formation de biofilm chez les bactéries à Gram négatif telles qu’Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa et Vibrio cholerae. De plus, le c-di-GMP est impliqué dans la régulation de l’expression de certains facteurs de virulence chez certaines bactéries. Ainsi, il est possible de révéler les mécanismes de régulation de certains phénotypes importants par l’étude de la signalisation à c-di-GMP dans une bactérie donnée. Clostridium difficile est une bactérie pathogène causant des diarrhées nosocomiales, des colites et pouvant causer des décès chez l’Homme. Les phénotypes impliqués dans la pathogenèse de C. difficile et leur régulation demeurent en grande partie méconnus. Le génome de C. difficile 630 était prédit être capable de coder pour 37 DGC et PDE putatives, un nombre en apparence élevé pour une bactérie à Gram positif. L’objectif global de mon doctorat était de déterminer si la signalisation à c-di-GMP était fonctionnelle chez C. difficile puis de déterminer le rôle du c-di-GMP chez cette bactérie. Dans un premier projet, mes travaux de doctorat ont permis de démontrer que la majorité des 37 DCG et PDE putatives chez C. difficile 630 sont fonctionnelles. Les 31 DCG et PDE les plus conservées dans les différentes souches de C. difficile ont été exprimées dans V. cholerae afin d’évaluer indirectement leur capacité de synthèse et de dégradation du c-di-GMP en mesurant leur impact sur motilité et la formation de biofilm de V. cholerae. La surexpression d’une DGC chez V. cholerae réduit la motilité par flagelle et augmente la formation de biofilm, alors que l’inverse est observé lors de la surexpression d’une PDE. De plus, l’activité d’une DCG, CD1420 (renommée DccA, CD630_14200), et une PDE, CD0757 (renommée CD630_07570) a été démontrée plus explicitement par des essais enzymatiques in vitro. Ainsi, ce projet a exposé l’important potentiel de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile, jusqu’alors étudiée presque exclusivement chez les bactéries à Gram négatif. Dans un deuxième projet, mes travaux de doctorat ont permis de démontrer le rôle des pili de type IV (T4P) dans l’agrégation de C. difficile et la régulation de leur expression par un riborégulateur à c-di-GMP. Les riborégulateurs sont des structures ARN situées dans la région 5’UTR des gènes capables de réguler l’expression des gènes en aval en fonction de la liaison d’un métabolite spécifique. Parmi les 16 riborégulateurs à c-di-GMP prédits dans le génome de C. difficile 630, le riborégulateur c-di-GMP-II Cdi2_4 est situé en amont du locus principal de synthèse de T4P. Mes travaux ont permis de montrer que l’augmentation de la concentration de c-di-GMP intracellulaire se traduit par une augmentation de l’expression des gènes de T4P, la formation de T4P à la surface des cellules et l’agrégation dépendante des T4P. De plus, le mécanisme de régulation du riborégulateur Cdi2_4 a été démontré in vitro. La liaison du c-di-GMP au riborégulateur Cdi2_4 prévient la formation d’un terminateur transcriptionnel et favorise ainsi la transcription des gènes de T4P en aval. Depuis la mise en évidence de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile dans la première partie de mon doctorat, un certain nombre de phénotypes régulés par c-di-GMP chez cette bactérie ont pu être déterminés ou prédits. Notamment, le c-di-GMP inhibe la transcription des gènes des flagelles en se liant au riborégulateur c-di-GMP-I Cd1 en amont et inhibe indirectement la production des toxines TcdA et TcdB. La démonstration de l’effet positif du c-di-GMP sur l’agrégation des cellules via les T4P, dans la deuxième partie de mon doctorat, contribue à notre compréhension de la signalisation à c-di-GMP chez C. difficile. Il apparait que le c-di-GMP inhibe la motilité et favorise la formation de structures pluricellulaires chez C. difficile à l’instar de plusieurs bactéries, néanmoins par des mécanismes de régulation distincts.