Le but de cette thèse consistait en l'amélioration de l'activité thérapeutique d'agents anti-radicalaires synthétiques de type nitroxyde et nitrone. Ces deux classes d'antioxydants synthétiques ont été choisies pour leur très bonne activité de piégeurs de radicaux libres, des substances particulièrement délétères et impliquées à l'heure actuelle dans un grand nombre de pathologies. Dans une première partie de ce travail, des nitroxydes ont été fonctionnalisés par des transporteurs amphiphiles dérivés de la lysine et de l'acide aspartique, puis une deuxième approche a consisté en la modification d'une nitrone, l'alphaphényl-N-tert-butyl-nitrone (PBN) par des groupements polaires et apolaires. Les études physico-chimiques ont ensuite permit de caractériser les propriétés d'auto-assemblage en milieux aqueux de ces composés ainsi que leur caractère hydrophobe et leurs propriétés antioxydantes. Enfin, des études biologiques ont mis en évidence les propriétés protectrices de ces molécules vis-à-vis des phénomènes de stress oxydant sur des modèles in vitro et in vivo.

L'activité de captage permet d'assurer l'approvisionnement en juvéniles d'huîtres creuses,C. gigas, pour de nombreux ostréiculteurs. Les professionnels du bassin d'Arcachon ont constaté une augmentation de la variabilité du nombre de naissains fixés depuis la fin des années 90. Cette thèse vise à identifier les sources d'une telle variabilité du recrutement de l'huître creuse. Cette question est abordée par une analyse originale de chacune des étapes du cycle de reproduction :un modèle DEB pour la gamétogenèse, la valvométrie pour l'émission des gamètes, des séries historiques de pêches de larves pour le stade larvaire et un modèle hydrodynamique pour la dispersion.Concernant la gamétogenèse, les résultats soulignent l'importance du paramètre de qualité du phytoplancton pour la description des variations de la fécondité. L'étude de l'émission des gamètes montre qu'elle intervient préférentiellement aux pleines mer, lors des marées de vives-eaux et pour des amplitudes thermiques quotidiennes importantes. Ces observations rendent l'émission des gamètes prévisible. Le captage à Arcachon dépend de la survie des cohortes larvaires, elle-même dépendante d'un effet climatique complexe structuré autour de la température de l'eau. Enfin, les bassins d'Arcachon et de Marennes-Olèron semblent soumis aux variations de l'apport en larves, avec une source extérieure aux zones de captage en Charente et une source interne déclinante à Arcachon. Ce déclin de l'apport en larves et l'effet climatique sont les deux sources supposées de la variabilité accrue du captage dans le bassin d'Arcachon.

Les objectifs du projet de thèse étaient: 1) d'apporter des connaissances sur le potentiel boucher et les qualités de la viande du cabri Créole, 2) de déterminer les principales conditions d'élevage et d'abattage qui influencent le potentiel boucher et les qualités de la viande. Concernant ce deuxième point le système d'alimentation et l'âge/poids d'abattage des animaux ont été les 2 principaux facteurs de variation. Deux essais ont été conduits. Le premier a mobilisé 91 chevreaux selon un dispositif factoriel 2x3 qui a permis de tester l'effet d'herbe seule versus une ration mixte (50 %) de concentré à 3 âges d'abattage: 7, 11 et 15 mois. Le deuxième essai a mobilisé 40 chevreaux alimentés recevant une ration composée d'herbe avec 0, 140, 240 ou 340 g/j d'un concentré commercial. Le principal résultat du travail de la thèse est qu'il est possible d'améliorer la vitesse de croissance (jusqu'à 85 g/j), le poids (jusqu'à 12 kg) la conformation des carcasses (jusqu'à 4 sur une note de 5) et la qualité la viande du caprin Créole au moyen de l'alimentation. L'alimentation à base d'herbe seule et les rations mixtes permettent potentiellement d'obtenir des carcasses de qualité assez similaires avec des durées d'engraissement variables. A l'intérieur des régimes herbe, le pâturage et l'auge ne conduisait pas aux mêmes résultats. En matière de qualité de la viande, il a été mis en évidence que comme chez tous les caprins, la viande de caprin Créole demeurait relativement maigre même avec des régimes riches en énergie du fait d'une accumulation préférentielle du gras dans la cavité abdominale (4-7 % du poids vif vide). En ce qui concerne les autres caractéristiques des viandes, tels que les profils d'AG et les niveaux de pH, ils sont similaires à ceux de nombreuses races. L'apport de concentrés n'a pas augmenté les AG hypercholestéromiants au sein des AGS dans la viande et a réduit le rapport n-6/n-3 sous la valeur de 4 avec un apport de 240 g de concentré soit un peu moins de 50 % de la ration. Les retombées de ce travail de thèse sont potentiellement importantes. Des bases sont jetées pour la promotion d'itinéraires techniques et de choix génétiques adaptés au contexte guadeloupéen et aussi la création d'une niche économique autour d'une viande de cabri labélisée. L'étude des qualités sensorielles, de l'impact du parasitisme dans les systèmes pâturés et l'évaluation technico-économique de nouveaux systèmes d'alimentation basés sur l'emploi des matières premières locales constituent de nouvelles pistes de recherches mises en évidence par ce travail

Epithelial cells represent the ability to polarize with an apical and basolateral domains which differ markedly in proteins, lipid composition and therefore in function. This asymmetry reflects the ability of epithelial cells to sort newly synthesized proteins and lipid to either cell surface. While the signals responsible for basolateral targeting of the proteins have been clearly understood, the situation regarding the apical sorting of proteins is more obscure. We have previously shown that differently from basolateral GPI-APs oligomerization in the Golgi apparatus is necessary for apical sorting of Glycosylphosphatidylinositol- anchored proteins (GPI-APs). Interestingly this mechanism is conserved in two different kinds of epithelial cells, MDCK and FRT cells, which exhibits a difference in the sorting of GPI-APs. However the precise mechanism leading to this event is not understood. Our previous data demonstrated that simple addition of cholesterol to MDCK cells is necessary and sufficient to induce the oligomerization and apical sorting of a basolateral GPI-AP. Whereas, in this present study in FRT cells we showed that in contrast with MDCK cells cholesterol is not an active player in the regulation of GPI- APs apical sorting. In addition, we also showed that apical and basolateral GPI-APs are not segregated in the Golgi on the bases of the cholesterol content of the surrounding membrane environment. Furthermore, we demonstrated that N- glycosylation of the protein ectodomain is critical for oligomerization and apical sorting of GPI-APs. Our data indicates that at least two mechanisms depending either on cholesterol or on N-glycosylation exist to determine oligomerization in the Golgi and sorting to the apical membrane of GPI-APs.

Le sujet de cette thèse est l'étude de la régulation de l'expression du facteur de transcription LEAFY COTYLEDON 2 (LEC2), qui est un, régulateur clé du développement de la graine d'Arabidospsis thaliana. La graine offre un mode de propagation et de protection des espèces végétales à graines, indispensable à leur survie. La graine est l'élément de base de l'agriculture, en tant que semence, et de l'alimentation humaine, aussi bien sous forme brute que sous forme transformée (farines, huiles...). Elle a aussi de très nombreuses applications industrielles dans l'industrie et les biocarburants. Le développement de la graine, comme beaucoup d'étapes nécessaires à la vie de la plante, est controlé par des phénomènes complexes, incluant des facteurs de transcription. LEC2, ainsi que 2 autres facteurs de transcription de type B3 (FUSCA 3 et ABI3) et un facteur à domaine de fixation CAAT (LEAFY COTYLEDON 1), sont les quatre facteurs clés du développement de la graine d'Arabidospsis thaliana, appelés AFLs (ABI3, FUS3, LEC1, 2). Les gènes AFLs s'expriment spécifiquement dans l'embryon et sont fortement réprimés dans les parties végétatives, par de multiples mécanismes impliquant, entre autre, des facteurs de transcription et des acteurs plus généraux modifiant la structure de la chromatine. Bien que la régulation de LEC2 ait déjà été largement étudiée, les mécanismes précis de répression ainsi que l'activation de ce gène, sont encore méconnus.Le travail présenté est basé sur un travail de délétion de promoteurs, qui a révélé l'existence de 3 boîtes de régulation, essentielles à une activité correcte du promoteur de LEC2. Deux boîtes, dont une correspondrait à une boîte de fixation de facteurs MADS et une à une boîte GAGA dans la séquence transcrite non traduite de LEC2, sont essentielles à l'activité du promoteur. La 3ème séquence, d'une longueur de 50pb, est nécessaire à la répression de LEC2 dans les parties végétatives par des mécanismes épigénétiques. La corrélation de la présence de cette boîte avec un enrichissement dans la marque H3K27me3 au locus nous a permis de rapprocher cette séquence de répression d'une PRE (Polycomb response element) de type végétal.

The four main steps of bacterial viruses (bacteriophages) lytic infection are (i) specific recognition and genome entry into the host bacterium, (ii) replication of the viral genome, (iii) assembly of viral particles, and (iv) their release, leading in most cases to cell lysis. Although the course of individual steps of the viral infection cycle has been relatively well established, the details of how viral DNA transits from the virion to the host cytoplasm and of how the cellular environment catalyzes and possibly organizes the entire process remain poorly understood.Tailed bacteriophages are by far the most abundant viruses that infect Eubacteria. The first event in their infection is recognition of a receptor on the surface of host bacterium by the phage adsorption machinery. The barriers that the infectious particle overcomes subsequently are the cell wall and the cytoplasmic membrane of bacteria. This implies a localized degradation of the wall and the flow of its double stranded DNA (dsDNA) through a hydrophilic pore in the membrane. The lineards DNA molecule is most frequently circularized in the cytoplasm followed by its replication. In this study we used bacteriophage SPP1 that infects the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis as a model system to dissect the different steps leading to transfer of the phage genome from the viral capsid to the host cell cytoplasm.normally to B. subtilis but do not trigger depolarization of the CM. Attachment of intact SPP1 particles is thus required for phage-induced depolarization.The beginning of B. subtilis infection by bacteriophage SPP1 was followed inspace and time. The position of SPP1 binding at the cell surface was imaged by fluorescence microscopy using virus particles labeled with "quantum dots". We found that SPP1 reversible adsorption occurs preferentially at the cell poles. This initial binding facilitates irreversible adsorption to the SPP1 phage receptor protein YueB,which is encoded by a putative type VII secretion system gene cluster.Immunostaining and YueB - GFP fusion showed that the phage receptor protein YueB is found over the entire cell surface. It concentrates at the bacterial poles too,and displays a punctate distribution over the sidewalls. The dynamics of SPP1 DNA entry and replication was visualised in real time by assaying specific binding of a fluorescent protein to tandem sequences present in the SPP1 genome. During infection, most of the infecting phages DNA entered and replicated near the bacterial poles in a defined focus. Therefore, SPP1 assembles a replication factory at a specific location in the host cell cytoplasm. DNA delivery to the cytoplasm depends on millimolar concentrations of Ca2+ allowing uncoupling it from the precedent steps of SPP1 adsorption to the cell envelope and CM depolarization that require only micromolar amounts of this divalent cation. A model describing the early events of bacteriophage SPP1 infection is presented.

Les organismes marins, dont les microalgues, constituent un champ d'investigation majeur pour la découverte de nouveaux médicaments anticancéreux. Pour mettre en évidence de nouvelles molécules anticancéreuses, nous avons adopté une démarche bioguidée sur des extraits de microalgues marines présentant une activité antiproliférative. Ce travail a conduit à l'isolement de la violaxanthine, pigment caroténoïde époxydé, et à la démonstration de son activité antiproliférative, cytotoxique, pro-apoptotique et pro-nécrotique sur la lignée cellulaire de cancer du sein MCF-7. Des caroténoïdes tels que la fucoxanthine sont déjà connus pour présenter une activité anticancéreuse liée à leur fonction époxyde. Cependant, cette étude est la première à montrer le potentiel de la violaxanthine.Afin d'isoler d'autres pigments microalgaux potentiellement anticancéreux, des méthodes de CLHP efficaces ont été développées pour leur analyse et leur purification. Puis, des méthodes classiques d'extraction de pigments issus de microalgues ont été comparées à des méthodes d'extraction innovantes. Cette étude a permis de montrer l'intérêt de la technologie micro-onde en termes d'efficacité et de rapidité pour l'extraction des pigments de microalgues frustulées (diatomées). Plus largement, ce travail confirme le potentiel des microalgues marines comme source de molécules anticancéreuses, et démontre l'intérêt de la technologie micro-onde pour l'extraction de molécules à activité biologique issues de produits naturels.

Dans une démarche globale de durabilité, l'aviculture doit identifier des solutions pour mieux valoriser ses intrants, réduire ses rejets et minimiser ses consommations d'énergie. Pour ce faire, le développement d'un modèle des flux d'éléments et d'énergie est la démarche la plus appropriée. Cette thèse présente donc la conception et l'application de MOLDAVI, modèle dynamique à l'échelle de l'atelier de production avicole simulant les flux d'énergie et de C, N, P, K, Cu, Zn et d'eau. MOLDAVI est composé d'un module " Animal " simulant les performances de volailles de chair (croissance, ingestion, excrétion, chaleur), d'un module " Bâtiment " producteur et consommateur d'énergie et source d'émissions gazeuses (H2O, CO2, NH3, N2O, N2, CH4) et d'un module optionnel " Parcours " sur lequel une partie des déjections est excrétée et source d'émissions gazeuses. Cependant, peu de connaissances étant disponibles sur les ateliers avec parcours, des expérimentations sur deux ateliers de production biologique de poulets de chair ont été réalisées afin d'acquérir des facteurs d'émission gazeuse (NH3, N2O, CH4) en bâtiment et sur parcours ainsi que des références sur la répartition des déjections entre le bâtiment et le parcours. A l'issue de cette thèse, MOLDAVI pourra être associé à d'autres modèles à l'échelle de l'exploitation ou encore à la méthode d'Analyse du Cycle de Vie afin d'évaluer les impacts environnementaux de systèmes existants et innovants.

Le photosystème II (PSII) est un complexe multi-protéique qui utilise l'énergie solaire pour oxyder l'eau et réduire des quinones. Le site catalytique d'oxydation de l'eau est localisé coté lumen du complexe, alors, que le site de réduction comprenant deux quinones (QA et QB) et un fer non-hémique est localisé sur le coté stromal du complexe membranaire. Dans cette thèse j'ai étudié les deux cotés accepteur et donneur d'électrons du PSII.QA*- et QB*- sont couplés magnétiquement au fer non-hémique donnant de faibles signaux RPE. Le fer non-hémique possède quatre ligands histidines et un ligand (bi)carbonate échangeable. Le formate peut échanger le ligand (bi)carbonate induisant un ralentissement dans le transfert d'électrons. Ici, je décris une modification du signal RPE de QB*- Fe2+ lorsque le formate est substitué au (bi)carbonate. J'ai aussi découvert un second signal RPE dû à la présence du formate à la place du (bi)carbonate lorsque QB est doublement réduit. De plus, j'ai trouvé que les signaux RPE natifs de QA*- Fe2+ et QB*- Fe2+ possèdent une signature intense encore jamais détectée. Tous les signaux RPE rapportés dans cette thèse devraient faciliter le titrage redox de QB par RPE. J'ai aussi observé que QB*- peut oxyder le fer non-hémique à l'obscurité en anaérobie. Cette observation implique qu'au moins dans une fraction des centres, le couple QB*-/QBH2 possède un potentiel redox plus haut que supposé. La quantification du nombre de centres où cette oxydation du fer se produit par le couple QB*-/QBH2 reste à faire. La réduction du PSII par le dithionite génère un signal modifié de QA*-Fe2+, un changement structural du PSII observé par électrophorèse. Cela peut indiquer la réduction d'un pont disulfure à l'intérieur du PSII. Concernant le site d'oxydation de l'eau, j'ai étudié la première étape de l'assemblage du site catalytique (Mn4Ca), en suivant l'oxydation du Mn2+ par RPE en bande X et haut champ. J'ai mis au point des conditions expérimentales permettant le piégeage du premier intermédiaire et j'ai aussi trouvé une incohérence avec des travaux publiés dans la littérature. J'ai aussi trouvé que le dithionite pouvait réduire le site catalytique Mn4Ca, en formant des états sur-réduits qui peuvent correspondre aux intermédiaires de l'assemblage du cluster Mn4Ca.

Porteur redox intervenant dans nombre de processus métaboliques, le NAD (nicotinamide adénine dinucléotide) est central pour les cellules vivantes. Outre son importance dans le métabolisme oxydoréductif, des données récentes suggèrent fortement d'autres rôles importants pour le NAD dans la signalisation cellulaire. Un système inductible d'enrichissement en NAD en surproduisant la quinolinate phosphoribosyltransférase (QPT) d'Escherichia coli chez Arabidopsis thaliana a permis de mettre en évidence l'implication du NAD dans les mécanismes spécifiques de défenses qui régissent les interactions plante-pathogène. Par ailleurs, une dérégulation de la synthèse de NAD sur l'étape enzymatique catalysée par la QPT endogène d'Arabidopsis thaliana souligne le rôle critique du NAD dans la balance C/N des plantes, en particulier en bouleversant l'assimilation de l'azote en conditions photorespiratoires. Ces travaux nous ouvrent à une nouvelle compréhension des mécanismes de signalisation impliquant le NAD dans les grandes fonctions métaboliques des plantes.