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Identificação de bactérias do complexo Burkholderia cepacia através de utilização de ferramentas computacionaisMONTEIRO, Josineide Neri 08 September 2016 (has links)
Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-21T20:32:01Z
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Previous issue date: 2016-09-08 / CAPES / O gênero Burkholderia compreende bactérias gran-negativas, aeróbicas pertencentesà classe β-proteobacteria. Estudos de 16S rDNA revelaram que o gênero Burkholderia é composto por bactérias que, apesar de intimamente relacionadas e fenotipicamente muito similares, possuem múltiplas diferenças genéticas, suficientes para permitir subdivisões em espécies ou variantes genômicas, que formam o complexo B. cepacia. Dados biológicos, especialmente os de sequenciamento genômico, vêm sendo gerados em ritmo acelerado nas últimas décadas. Com o surgimento da Bioinformática, podemos aplicar técnicas computacionais para manipular dados biológicos. O alinhamento múltiplo de sequências (MAS) é um conjunto de técnicas utilizadas para entender informações biológicas de um conjunto de sequências sendo considerada a tarefa mais comum e mais importante da bioinformática, visto que pode fornecer consideráveis informações sobre estrutura e função de genes. Os algoritmos genéticos (AGs) permitem uma simplificação na formulação e solução de problemas de otimização visto que incorporam uma solução potencial para um problema específico numa estrutura semelhante à de um cromossomo e aplicam operadores de seleção e cruzamento a essas estruturas de forma a preservar informações críticas relativas à solução do problema. O presente trabalho objetivou aplicar técnicas computacionais visando solucionar o problema de alinhamento genético de sequências biológicas de DNA de bactérias do complexo Burkholderia cepacia. As sequências analisadas (586) foram obtidas através do banco de dados GenBank do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Para alinhamento das sequências, utilizou-se as seguintes ferramentas: Clustal ômega e Kalign. Das ferramentas utilizadas, nenhuma conseguiu gerar dados de boa acurácia. Desse modo, conclui-se que existe a necessidade de desenvolvimento de novos algoritmos/ferramentas de alinhamento genético visando trabalhar com grande quantidade de dados para obtenção de uma otimização. Para o caso de várias sequências, o problema do alinhamento múltiplo é considerado NP-difícil. Desse modo, foi observado que é necessário desenvolver novos algoritmos, para sua resolução em tempo hábil buscando sempre soluções bem aproximadas da solução ótima. / The genus Burkholderia comprises gran-negative bacteria, aerobic belonging to β-proteobacteria class. 16S rDNA analyzes have revealed that the genus Burkholderia is composed of bacteria which, although closely related and phenotypically very similar, have multiple genetic enough differences to allow subdivisions species or genomic variants that constitute the B. cepacia complex. Biological data, especially the genomic sequencing, are being generated at a rapid pace in recent decades. With the emergence of bioinformatics, we can apply computational techniques to manipulate biological data. The multiple sequence alignment (MAS) is a set of techniques used to understand biological information from a set of sequences is considered the most common and most important task of bioinformatics, since it can provide considerable information about the structure and function of genes. AGs allow a simplification in the design and optimization of troubleshooting as incorporate a potential solution to a specific problem in a structure similar to a chromosome and apply selection and crossover operators such critical information to preserve the form of structures for the solution problem. This study aimed to apply computational techniques aimed at solving the genetic alignment problem of biological DNA sequences of bacteria Burkholderia cepacia complex. The sequences analyzed (586) were obtained from the GenBank database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI). For aligning the sequences, the following tools were used: Clustal omega and Kalign. The tools used, none was able to generate good data accuracy. Thus, it is concluded that there is a need to develop new algorithms / alignment tools genetic targeting working with large amounts of data to obtain an optimization. In the case of multiple sequences, the problem of multiple alignment is considered to be NP-hard. Thus, it was observed that it is necessary to develop new algorithms for its resolution in a timely manner and always seeking approximate solutions of the optimal solution.
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Otimização do fresamento de topo esférico de planos inclinados aplicando o método de algoritmos genéticosVacaro, Tiago 01 August 2013 (has links)
Esta dissertação apresenta uma aplicação de algoritmos genéticos na otimização de parâmetros de corte em uma operação de fresamento de topo esférico de planos inclinados, considerando quatro estratégias de usinagem e dois diferentes materiais dos corpos de prova (ABNT P20 e ABNT H13). O objetivo da otimização foi minimizar o tempo de usinagem, e a principal restrição técnica foi a rugosidade das superfícies usinadas. A aplicação proposta apresentou resultados satisfatórios na otimização dos parâmetros de corte, mas houve diferenças significativas nos resultados de rugosidade obtidos no modelo matemático e nos ensaios experimentais de validação. Uma análise das superfícies usinadas demonstrou que a formação das mesmas não ocorreu de forma regular e homogênea, e não foram observadas tendências claras de comportamento com relação às diferentes estratégias e materiais. Também foi observada a significativa influência de instabilidades dinâmicas durante a usinagem, cujos efeitos não são considerados no modelo matemático aplicado no problema de otimização, o que explica as diferenças observadas entre os resultados de rugosidade computacionais e experimentais. / This dissertation presents an application of genetic algorithms in the optimization of cutting parameters on a ball end milling operation of inclined planes, considering four machining strategies and two different materials of the workpieces (ABNT P20 and ABNT H13). The objective of the optimization was to minimize the machining time, and the main technical restriction was the roughness of the machined surfaces. The proposed application presented satisfactory results in the optimization of cutting parameters, but significant differences occurred between the roughness results obtained with the mathematical model and in the experimental validation. An analysis of the machined surfaces has shown that the formation of the surfaces did not occur on a regular and homogeneous way, and no clear trends with respect to different strategies and materials were observed. The significant influence of dynamic instabilities during machining was also observed, whose effects are not considered in the mathematical model applied to the optimization problem, which explains the differences observed between the results of computational and experimental roughness.
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Um agente para leilões eletronicos simultaneos heterogeneos com bens inter-relacionados / An agent for electronic simultaneous heterogeneous auctions with inter-related goodsGonzaga, Cynthia Samara de Medeiros 05 November 2006 (has links)
Orientador: Fernando Antonio Campos Gomide / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-07T11:13:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2006 / Resumo: Agentes computacionais têm um papel importante no comércio eletrônico, pois permitem um melhor aproveitamento de negociações e aumentam o grau de automação do mercado eletrônico. Agentes podem interagir entre si para atingir seus objetivos. Leilões fornecem mecanismos simples de interação e negociação entre agentes e, com o advento da Internet, estão se tomando um veículo eficaz para a realização de negociações eletrônicas intermediadas por agentes. Destaca-se nesse contexto o desenvolvimento de agentes para atuar em leilões eletrônicos simultâneos heterogêneos com bens inter-relacionados. Participar de múltiplos leilões simultaneamente traz a vantagem de permitir, por exemplo, que um agente possa monitorar preços de vários leilões e realizar o negócio naquele que se mostrar mais lucrativo. Além disso, muitas vezes a compra de bens individuais pode não fazer sentido. É o caso, por exemplo, de passagens aéreas e diárias de hotel em agências de viagem; a compra de um bem só se justifica diante da presença do outro. Com o intuito de promover e encorajar pesquisas na área de agentes atuando em leilões eletrônicos simultâneos heterogêneos com bens interrelacionados criou-se uma competição, o Trading Agent Competition-Classic (TAC-Classic). O TACClassic simula uma agência de viagem onde os agentes (participantes da competição) têm o objetivo de propor pacotes de viagem. Os bens são negociados em leilões simultâneos heterogêneos. Esta dissertação versa sobre o agente e-Agent, um dos finalistas do TAC-Classic 2005. O e-Agent utiliza técnicas de inteligência computacional em seus algoritmos de tomada de decisão. A determinação dos bens a serem comprados é realizada através de um modelo de programação linear inteira. A determinação dos valores dos lances a serem realizados é baseada em um método de previsão que determina a tendência dos valores em uma série temporal, um sistema baseado em regras fuzzy do tipo Takagi-Sugeno otimizado via um algo ritmo genético e procedimentos heurísticos. A arquitetura, as estratégias de decisão e a participação do e-Agent na competição são detalhadas e discutidas nesta dissertação / Abstract: Software agents play an important role in the electronic commerce because they allow negotiation and increase the degree of automation. To reach theil< goals, agents interact to communicate, negotiate and decide. Auctions provide a means for interaction and decision of agents especially within the Internet environment. In this context, development of agents to act in electronic simultaneous heterogeneous auctions with inter-related goods is a major issue. It is convenient for an agent to monitor multiple auctions because it increases chances and opportunities to do better deals. For example, it can compare multiple auctions prices in real time and make a bid for the cheapest one. Moreover, often it may not be meaningful to buy individual goods. This is, for example, the case of airline ticket and hotel reservation in many traveI agencies; here to buy of one good may only is justified with the presence other. To promote and encourage high quality research in the area of agents acting in electronic simultaneous heterogeneous auctions with inter-related goods, a market game, namely the Trading Agent Competition-Classic (TAC-Classic), was created. The TAC-Classic simulates a traveI agency scenario where .agents (entrants to the competition) have the goal of assembling traveI packages for their customers. The goods are traded in simultaneous heterogeneous auctions. This dissertation introduces e-Agent agent, a finalist in TAC-Classic 2005. The e-Agent uses decision-making mechanisms based on computational intelligence techniques and integer linear programming to determine the goods to be purchased. Before deciding on bid values, the agent uses a Takagi-Sugeno prediction model optimized by a genetic algorithm and heuristic procedures to compute tendencies of time series. The dissertation details the e-Agent architecture, its decision-making strategies, and reports on its performance during TAC-Classic 2005 / Mestrado / Engenharia de Computação / Mestre em Engenharia Elétrica
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Filtragem relevante para controle : uma abordagem baseada na identificação de preditoresFardin, Jussara Farias 27 July 2018 (has links)
Orientadores : Lucia Valeria Ramos de Arruda, Wagner Caradori do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-27T23:12:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2001 / Doutorado
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Sistemas classificadores para redução de perdas em redes de distribuição de energia eletricaVargas, Patricia Amancio 28 July 2018 (has links)
Orientadores : Christiano Lyra Filho, Fernando Jose Von Zuben / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-28T21:50:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2000 / Mestrado
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Implementação de controladores neurais de Kim-Lewis-Dawson com parametros otimizados por algoritmos geneticosJungbeck, Mario 29 July 2018 (has links)
Orientador: Marconi Kolm Madrid / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-29T01:08:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2001 / Mestrado
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Proposta de um agente para o jogo de dominó de 4 pontas utilizando o algoritmo expectiminimaxSilva, Endrews Sznyder Souza da 04 September 2015 (has links)
Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-06T19:37:59Z
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Previous issue date: 2015-09-04 / Não informada / Dominoes game is played by millions of people around Brazil and entire world. People usually play this game during family meetings, with friends and in universities. Dominoes game does not have universal version and rules, the way it is played can vary according its region. Although dominoes' version diversity, this game is simple. Dominoes game to is an incomplete information and non-deterministic type. Uncertainty and stochastic characteristic of this game make it difficult to solve by applying artificial intelligence techniques. Thus, this thesis proposes an agent for four-sided dominoes. This dominoes' version is played in Amazonas state. The proposed agent is based on partial expectiminimax algorithm. Partially searching the game tree generates horizon effect, and to reduce it, phase related search will be used in each round phase. Moreover, due to chance events it will be necessary probability modeling to obtain opponent's moves probability values. This thesis proposes eight strategies, which differ from each other in depth search through a round. Each strategy is evaluated against a pair, which uses the basic one and pair with strategy based on genetic algorithm. The best strategy is this work obtained 72,04% of victories in 5000 matches against the basic one, and 58,34% of victories against the strategy based on genetic algorithm. / O jogo de dominó é praticado por milhões de pessoas pelo Brasil e no mundo. As pessoas costumam praticar este jogo em reuniões familiares, círculos de amigos e nas universidades. O jogo de dominó não possui uma versão e regras universais, podendo variar de acordo com a região em que é praticado. Apesar de suas diversas variações, este jogo é simples de jogar. O dominó é um jogo de informação incompleta e não determinístico. As incertezas e a característica estocástica o fazem um jogo complexo de solucionar com as metodologias existentes na área de inteligência artificial. Nesse sentido, esta dissertação propõe uma agente para o jogo de dominó de 4 pontas. Esta versão do jogo de dominó é praticada no Amazonas. O agente proposto é baseado no algoritmo de busca expectiminimax com busca parcial. A busca parcial tem como consequência o efeito de horizonte, e para atenuar este efeito será realizada uma busca por fases dentro de uma rodada. Além disso, devido à presença dos eventos de chance nesse jogo será necessária a modelagem probabilística para os mesmos. Neste trabalho foram definidas oito estratégias com profundidades diferentes em cada fase das rodadas. Cada estratégia será testada contra a estratégia básica de jogo e contra o melhor resultado obtido pela estratégia que utiliza algoritmos genéticos. A melhor estratégia deste trabalho obteve 72,04% de vitórias em 5000 partidas, contra a estratégia básica de jogo. Contra a melhor estratégia que utiliza algoritmos genéticos o percentual de vitorias foi de 58,34 %.
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Otimização da função de avaliação de Dominó de 4 pontas utilizando Algoritmo genéticoAntonio, Nirvana da Silva, 3236-2686 21 December 2011 (has links)
Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-06-20T18:48:23Z
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Previous issue date: 2011-12-21 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The 4-sided dominoes game, popular in Amazonas State, is a variation of the dominoes game
probably originated in China. In the 4-sided dominoes, the matches are disputed between two
teams and the players must elaborate strategies based in three main objectives: scoring,
facilitate the future moves of the team and hinder the opponents’ moves. On the other hand, at
anytime the players have knowledge about the pieces held by the other players, which
characterizes the dominoes as an imperfect information game, where the search in the solution
space is more complex than in perfect information games. This work presents the
development of an intelligent agent for the 4-sided dominoes game, in which the choice of the
moves is done through an evaluation function. The evaluation function is based on
information about the present game state to make the selection of the moves according to the
objectives of the game. We proposed four possible strategies to be adopted by the intelligent
agent for the 4-sided dominoes game: a strategy that considers the three main objectives
simultaneously, a strategy that prioritizes only the player himself, a strategy that prioritizes
only the partner and a strategy that only aims to block the opponents’ moves. By prioritizing
different objectives of the game, each strategy is represented by a distinct evaluation function.
The selection of the optimal coefficients for these evaluation functions was made using
Genetic Algorithms, a search technique inspired by Darwin’s Theory of Evolution. The
evaluation criterion used to determine the best solution was the number of wins in 5,000
matches of dominoes and the optimizations were divided in three steps. Initially, for each
strategy, the genetic algorithm maximized the number of wins against a team that adopted the
basic strategy. In the second step, the strategies were optimized by playing against
themselves, where the opponent team used the coefficients optimized in the first step. In the
last step, each strategy was optimized against the other three, where these used the
coefficients optimized in the second step. Due to the stochastic nature of the genetic
algorithm, all optimizations were performed 10 times, allowing the mean and standard
deviation of the results to be obtained. With these informations, statistical tests were applied
in order to determine the significance of the number of wins. The test showed that two
strategies achieved better results than those obtained by the function developed in a previous
work. Comparing the performance between the four proposed strategies, we concluded that
the strategy covering the three main objectives of the game is superior to the others; the
strategies that emphasize only one team player have equivalent performance; and the strategy
that focuses only on hinder the opponents’ have inferior performance to the previous ones.
The best strategy optimized in this work was also evaluated against teams formed by human
players. Against experienced players, the strategy did not show satisfactory performance,
winning only 32% of matches. Nevertheless, against casual players, the intelligent agent won
in 78% of the disputed matches. / O dominó de 4 pontas, popular no Estado do Amazonas, é uma variação do jogo de dominó
possivelmente originado na China. No dominó de 4 pontas, as partidas são disputadas entre
duas duplas e os jogadores devem elaborar estratégias baseadas em três objetivos principais:
pontuar, facilitar jogadas futuras da dupla e dificultar as jogadas dos adversários. Porém, em
nenhum momento os jogadores tem conhecimento sobre as peças em posse dos demais
jogadores, o que caracteriza o dominó como um jogo de informações imperfeitas, onde a
busca no espaço de soluções é uma tarefa mais complexa do que em jogos de informações
perfeitas. Este trabalho apresenta o desenvolvimento de um agente inteligente para o jogo de
dominó de 4 pontas, cuja escolha das jogadas é feita através de uma função de avaliação. A
função de avaliação se baseia em informações sobre o estado presente de jogo para realizar a
escolha das jogadas de acordo com os objetivos do jogo. Foram propostas quatro possíveis
estratégias a serem adotadas pelo agente inteligente para o dominó de 4 pontas: uma estratégia
que considera os três objetivos principais simultaneamente, uma estratégia que prioriza
apenas o próprio jogador, uma estratégia que prioriza apenas o parceiro de dupla e uma
estratégia que somente visa bloquear as ações adversárias. Por priorizarem diferentes
objetivos do jogo, cada estratégia é representada por uma função de avaliação distinta. A
escolha dos coeficientes ótimos para estas funções de avaliação foi realizada utilizando
Algoritmos Genéticos, uma técnica de busca inspirada na Teoria da Evolução de Darwin. O
critério de avaliação usado para determinar a melhor solução foi o número de vitórias em
5000 partidas de dominó e as otimizações foram divididas em três etapas. Inicialmente, para
cada estratégia, o algoritmo genético maximizou a quantidade de vitórias contra uma dupla
que adotava a estratégia básica de jogo. Na segunda etapa, as estratégias foram otimizadas
jogando contra elas mesmas, onde a dupla adversária usou os coeficientes otimizados na
primeira etapa. Na última etapa, cada estratégia foi otimizada contra as outras três, onde estas
utilizavam os coeficientes otimizados na segunda etapa. Devido à natureza estocástica do
algoritmo genético, todas as otimizações foram executadas 10 vezes, permitindo que a média
e desvio-padrão dos resultados fossem obtidos. Com estas informações, foram aplicados
testes estatísticos para determinar a significância da quantidade de vitórias. O teste mostrou
que duas estratégias alcançaram resultados superiores à função desenvolvida em um trabalho
anterior. Comparando o desempenho entre as quatro estratégias propostas, concluiu-se que a
estratégia que abrange os três objetivos de jogo é superior às demais, as estratégias que
priorizam apenas um jogador da dupla apresentam desempenho equivalente e a estratégia que
se foca apenas em atrapalhar os adversários possui desempenho inferior às anteriores. A
melhor estratégia otimizada nesta pesquisa também foi avaliada contra duplas formadas por
jogadores humanos. Contra jogadores experientes, a estratégia não apresentou desempenho
satisfatório, ganhando apenas 32% das partidas. Porém, contra jogadores casuais, ganhou em
78% dos jogos disputados.
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Análise inversa de estruturas com utilização de algoritmos genéticos. / Inverse analysis of structures with genetic algorithm management.Francisco Augusto Pereira Leite 30 November 2006 (has links)
O Homem tem desde o passado, tentado controlar a natureza. Um dos meios utilizados para isto, é sua observação do mundo. Através desta observação, tenta entender os fenômenos da natureza para fazer teorias e modelos. Charles Darwin, em seu trabalho Teoria da Evolução das Espécies, nos dá informações para o conhecimento de uma das mais importantes leis da natureza : sobrevive para a próxima geração o individuo mais forte. O Algoritmo Genético, pesquisado neste trabalho, é o exemplo disso. John Holland fez um Algoritmo Genético baseado na teoria de Darwin, que procura pelas melhores soluções para resolver um problema específico. Nada mais do que a simulação da teoria de Darwin. Nós pretendemos neste trabalho, estudar o Algoritmo Genético de Holland e através dele, analisar uma estrutura para encontrar seus parâmetros elásticos. / The men has since the past, tryed to control the nature. One of the way utilized for this, is his observation of the world. Through his observation, tries to understand the nature\'s fenomena, to making theories and models. Charles Darwin, in his work Theories of Species Evolution, gives us informations for the knowledges of one of the most important nature\'s laws: survives to the next generation the strongest individual . The Genetic Algorithm, the search in this work, is the example of this. John Holland, did a Genetic Algorithm. based in Darwin\'s Theories, that looks for the best solutions to solve a specific problem. Nothing else, of the simulation of the Darwin\'s theories . We intend in this work, to study the Holland\'s Genetic Algorithms and through it, to analyses a structure for find its elastic parameters.
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Estudo da operação otimizada de sistema de bombeamento de água / Study of the optimization operation in the water pumping systemJorge Yutaka Ougui 05 September 2003 (has links)
Este trabalho realiza uma análise dos custos de bombeamento no Sub-sistema de abastecimento de água Jardim Cruzeiro do Sul, na cidade de São Carlos/SP. Assim, tendo em vista a atual perspectiva de racionamento de energia elétrica no país, estudos fazem-se necessários no sentido de otimizar a operação de sistemas de abastecimento de água propiciando o uso mais racional de energia elétrica. Atualmente, as companhias responsáveis pelo fornecimento de água para abastecimento comprometem grande parcela do orçamento com os custos de energia elétrica, sendo a maior parte desses custos destinados à operação de bombas. Utiliza os Algoritmos Genéticos como ferramentas na determinação da operação otimizada em termos da melhor estratégia de funcionamento das bombas, cujo problema é caracterizado pelo seu elevado grau de complexidade. / This work conducts an analysis of the pumping costs in the Sub-system of water distribution on Jardim Cruzeiro do Sul, in the city of São Carlos/SP. Thus, in view of the current perspective of rationing of electric energy in the country, studies aimed at an optimize operation of water supply systems propitiating the best rational use of electric energy. At this moment, the responsible companies of the water supply service use a great portion of the budget with the energy costs, being the largest portion of the expenses in the pumps operation. It uses the Genetic Algorithms as tools in the determination of the optimized operation in terms of the best strategy of pumps operation, whose problem is characterized for its high degree complexity.
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