Les organismes asexués constituent un cas particulier en écologie évolutive spécialement intéressant pour étudier les processus d'adaptation. La reproduction sexuée est avantageuse puisqu'elle maintient un polymorphisme et une diversité génétique importants, mais elle l'est moins si on prend en compte ses coûts. La persistance de plusieurs lignées hybrides asexués au sein de taxa indépendants, parfois anciennes, amène à s'interroger sur ce mode de reproduction : avantages, risques d'extinction des complexes d'hybridation. Nous avons étudié le cas des grenouilles vertes européennes présentes en France, où l'on retrouve le complexe P. esculentus, très commun, ainsi que le complexe P. grafi, localisé dans le Sud du pays. Ces lignées hybrides sont particulières car elles ont un mode de reproduction unisexué appelé hybridogénèse. Les différents taxa de grenouilles vertes se ressemblent tant que leur distinction est difficile, et nécessite des analyses génétiques. Ainsi, une nouvelle méthode PCR-RFLP basée sur la région ITS2 a été mise au point, permettant une affiliation fiable des taxa du complexe P. esculentus. Puis, les marqueurs microsatellites ont été testés comme outils d'identification taxonomique, sans succès, à cause d'un manque de spécificité, ainsi qu'à la situation complexe des peuplements français. Le fardeau génétique porté par les génomes clonaux ridibundus a été évalué lors d'un élevage expérimental, où des têtards de P. rididundus possédant soit 50% de leur génome clonal ou 0% n'ont montré aucune différence de performances larvaires. Dans cette même expérimentation, la fitness de l'hybride P. kl. grafi a été comparée à ces deux espèces parentales. Les hybrides ont montré des performances intermédiaires, meilleures que P. perezi, mais inférieures à P. ridibundus. Lors de l'étude de l'utilisation de l'habitat, nous avons pu mettre en évidence une répartition différentielle des grenouilles vertes du complexe P. esculentus en fonction du type d'habitat, et observer de nouveaux facteurs influençant leur abondance tels l'altitude, la distance à la rivière, le taux de nitrates, l'alcalinité, les duretés. Nous avons observé la relation entre le type d'habitat et la capacité d'acclimatation chez les hybrides P. esculentus au stade larvaire, et les performances révèlent que les têtards forestiers semblent généralistes en s'accommodant du changement de milieu, tandis que ceux originaires de prairie semblent localement adaptés à leur milieu. Ces résultats nous amènent à discuter du devenir évolutif des grenouilles vertes et a proposer des perspectives, afin d'affiner nos connaissances de ces complexes et d'aider à la prise de décision quant aux habitats à prioriser en termes de gestion conservatoire.

L’écotoxicité de nanoparticules de dioxyde de cérium (CeO2 NP) en milieu dulçaquicole a été évaluée à l’aide (i) d’essais monospécifiques standardisés et (ii) de chaînes trophiques expérimentales exposées en microcosme. Aucune toxicité n’a été observée chez Nitzschia palea et Chironomus riparius en conditions monopsécifiques. Une inhibition de croissance a été observée chez les amphibiens Xenopus laevis et Pleurodeles waltl., ainsi qu’une toxicité aiguë chez le xénope et une génotoxicité dose-dépendante chez le pleurodèle. Les expositions en microcosme ont mis en évidence une toxicité aiguë chez le pleurodèle, des modifications des communautés bactériennes, une diminution de la décomposition de la litière, ainsi que des effets tératogènes chez le chironome. Les effets observés varient suivant la nature des CeO2 NP étudiées. L’utilisation d’un système biologique complexe permet l’étude des mécanismes de toxicité dans des conditions plus représentatives des conditions environnementales. / The ecotoxicity of cerium dioxide nanoparticles (CeO2 NPs) was studied on freshwater organisms (i) in standardized monospecific conditions and (ii) on experimental trophic chains exposed in microcosms. No toxicity was observed on Nitzschia palea and Chironomus riparius in monospecific conditions. Growth inhibition was observed on the amphibian species Xenopus laevis and Pleurodeles waltl., as well as acute toxicity and dose-dependent genotoxicity observed on Xenopus and Pleurodeles, respectively. Microcosm experiments revealed acute effects on Pleurodeles, changes in bacterial communities, a decrease in leaf litter decomposition and teratogenicity on chironomids. The observed effects vary depending on the type of CeO2 NPs. The use of complex biological system enables the study of toxicity mechanisms in environmentally relevant conditions.

Les amphibiens montrent depuis maintenant plusieurs années des signes très inquiétants de déclins, et ce sur tous les continents. Dans ce contexte, l'acquisition de connaissances concernant ces espèces est une étape essentielle à la prise de bonnes mesures de conservation. L'ADN environnemental est une méthode d'inventaire émergente qui gagne en popularité rapidement, mais tester cette méthode avec plusieurs espèces demeure une étape importante afin de mieux comprendre ses limites et bénéfices. Ce projet de maîtrise vise à explorer cette méthode avec trois espèces de salamandres de ruisseaux au Québec (Gyrinophilus porphyriticus, Desmognathus fuscus et Eurycea bislineata), dans l'objectif de se prononcer sur son efficacité avec ce groupe d'espèces d'intérêt particulier. La méthode d'ADNe a ainsi été comparée à la méthode traditionnelle de fouille active des ruisseaux pour la détection (présence/absence des espèces) et pour l'aspect quantitatif. Pour les trois espèces, les résultats montrent que l'ADNe a non seulement été détecté dans l'ensemble des ruisseaux où l'espèce a été observée par fouille active, mais également dans neuf ruisseaux où la fouille active n'avait pas réussi à détecter l'espèce. Les résultats concernant la nature quantitative de l'ADNe ne sont pas très concluants, car la relation entre la concentration d'ADNe et la densité des salamandres était faible, voire inexistante avec notre modèle. Ce résultat n'est cependant pas surprenant considérant la forte variabilité des données de concentration d'ADNe. Ainsi, nous concluons que la méthode d'ADNe peut être un outil fort intéressant pour la détection de ces trois espèces de salamandres dans les ruisseaux du sud du Québec. Puisque l'aspect quantitatif de l'ADNe n'est pas au point pour l'instant, l'avenir des inventaires de ces trois amphibiens semble se situer dans une utilisation partagée des deux méthodes, de manière à favoriser les forces de chacune et d'éviter leurs lacunes. / Amphibians have been showing worrying signs of decline on all continents for several years now. In this context, the acquisition of knowledge regarding these species is an essential step leading to good conservation measures. Environmental DNA is an emerging survey method that is rapidly gaining in popularity and testing this method with several species remains an important step in order to better understand its limitations and benefits. This research aims to explore this method with three species of stream-dwelling salamanders in Quebec (Gyrinophilus porphyriticus, Desmognathus fuscus and Eurycea bislineata), with the objective of evaluating its effectiveness with this group of species of high interest from a conservation point of view. Hence, the eDNA method was compared to the traditional method of active stream search for detection (presence/absence of species) as well as for the quantitative aspect. For all three species, results show that eDNA was detected in all streams where the species was observed by active search. In addition, eDNA was detected in nine streams where the species were not detected by active search. The results regarding the quantitative nature of eDNA are not very conclusive, as the relationship between eDNA concentration and salamander density was weak to non-existent with our model. This result is not surprising considering the high variability of the eDNA concentration data. Thus, we conclude that the eDNA method can be a very valuable tool for the detection of these three salamander species. Since the quantitative aspect of eDNA does not seem to be useful, the future of stream-dwelling salamander surveys seems to lie in a shared use of both methods, so as to make the most of the strengths of each and avoid their weaknesses.

Les plantes envahissantes sont considérées comme l'une des plus grandes menaces sur les espèces, mais leurs impacts sur les amphibiens demeurent peu connus. L’objectif de ce projet est de déterminer l’effet de l’établissement du roseau commun (Phragmites australis) sur la répartition des amphibiens et sur leur développement larvaire. Il est présumé que cette plante s'accapare l'espace et les ressources disponibles en produisant une importante biomasse, qu’elle peut modifier l’hydrologie des marais et la structure des communautés d’amphibiens. J’ai évalué les facteurs influençant la répartition des amphibiens selon les caractéristiques des étangs et du paysage dans 50 sites envahis ou non à divers degrés. Des expériences ont également été menées afin d’étudier les répercussions de trois densités de roseau sur des têtards de la Grenouille des bois (Lithobates sylvaticus) et sur la qualité de son habitat. Mes résultats suggèrent que le roseau à forte densité ralentit le développement larvaire de la grenouille des bois et influence les assemblages phytoplanctoniques. Cependant, il n’y a aucune relation entre la densité de la plante et la survie, la morphologie des têtards et les caractéristiques biotiques et abiotiques de l’eau. Dans notre aire d’étude, le paysage autour des étangs a une plus grande influence sur la répartition des amphibiens que l'établissement du roseau. Toutefois, la probabilité d’assèchement est plus élevée lorsque la plante est établie en grande quantité, ce qui, si l’envahissement s’intensifie, aura un effet néfaste sur la survie des têtards et mettra en péril la persistance des populations. / Invasive plants are considered one of the greatest threats to species, but their impact on amphibians is still poorly understood. The objective of this project is to determine the effect of the establishment of common reed (Phragmites australis) on amphibian distribution and larval development. It is thought that this plant monopolizes space and resources by producing a large biomass, and may alter wetland hydrology and amphibian community structure. I evaluated the factors influencing amphibian distribution according to the characteristics of ponds and the surrounding landscape in 50 sites invaded or not by reeds to varying degrees. Experiments were also conducted to study the impacts of three reed densities on wood frog tadpoles (Lithobates sylvaticus) and the quality of their habitat. My results suggest that high reed density slows wood frog larval development and influences phytoplankton assemblages. However, there is no relationship between, plant density and survival, tadpole morphology and water biotic and abiotic characteristic. In our study area, the landscape surrounding ponds has a greater influence on amphibian distribution than does reed establishment. However, the desiccation probability is higher when the plant is established in high quantities, which, if the invasion intensifies, will have an adverse effect on tadpole survival and therefore population persistence.

Les plantes envahissantes sont considérées comme l'une des plus grandes menaces sur les espèces, mais leurs impacts sur les amphibiens demeurent peu connus. L’objectif de ce projet est de déterminer l’effet de l’établissement du roseau commun (Phragmites australis) sur la répartition des amphibiens et sur leur développement larvaire. Il est présumé que cette plante s'accapare l'espace et les ressources disponibles en produisant une importante biomasse, qu’elle peut modifier l’hydrologie des marais et la structure des communautés d’amphibiens. J’ai évalué les facteurs influençant la répartition des amphibiens selon les caractéristiques des étangs et du paysage dans 50 sites envahis ou non à divers degrés. Des expériences ont également été menées afin d’étudier les répercussions de trois densités de roseau sur des têtards de la Grenouille des bois (Lithobates sylvaticus) et sur la qualité de son habitat. Mes résultats suggèrent que le roseau à forte densité ralentit le développement larvaire de la grenouille des bois et influence les assemblages phytoplanctoniques. Cependant, il n’y a aucune relation entre la densité de la plante et la survie, la morphologie des têtards et les caractéristiques biotiques et abiotiques de l’eau. Dans notre aire d’étude, le paysage autour des étangs a une plus grande influence sur la répartition des amphibiens que l'établissement du roseau. Toutefois, la probabilité d’assèchement est plus élevée lorsque la plante est établie en grande quantité, ce qui, si l’envahissement s’intensifie, aura un effet néfaste sur la survie des têtards et mettra en péril la persistance des populations. / Invasive plants are considered one of the greatest threats to species, but their impact on amphibians is still poorly understood. The objective of this project is to determine the effect of the establishment of common reed (Phragmites australis) on amphibian distribution and larval development. It is thought that this plant monopolizes space and resources by producing a large biomass, and may alter wetland hydrology and amphibian community structure. I evaluated the factors influencing amphibian distribution according to the characteristics of ponds and the surrounding landscape in 50 sites invaded or not by reeds to varying degrees. Experiments were also conducted to study the impacts of three reed densities on wood frog tadpoles (Lithobates sylvaticus) and the quality of their habitat. My results suggest that high reed density slows wood frog larval development and influences phytoplankton assemblages. However, there is no relationship between, plant density and survival, tadpole morphology and water biotic and abiotic characteristic. In our study area, the landscape surrounding ponds has a greater influence on amphibian distribution than does reed establishment. However, the desiccation probability is higher when the plant is established in high quantities, which, if the invasion intensifies, will have an adverse effect on tadpole survival and therefore population persistence.