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Diversidade genética e análise dialélica em trigo (Triticum aestivum (L.) Thell) / Genetic diversity and diallelic analysis in wheat (Triticum aestivum (L.) Thell)Assmann, Isidoro Carlos 08 December 1997 (has links)
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Previous issue date: 1997-12-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nove genótipos de trigo (Anahuac, BH 1146, Trigo BR 10 - Formosa, Trigo BR 26 - São Gotardo, CEP 24 - industrial, EMBRAPA 15, EMBRAPA 16, EMBRAPA 21 e EMBRAPA 22), seus F 1 e recíprocos, constituindo um dialelo completo, foram plantados, em maio de 1995, no campo Experimental do Setor de Agronomia da UFV. A parcela constituiu de duas linhas de 1,0 m, espaçadas por 0,30 m entre linhas e 0,10 m entre plantas. As características avaliadas foram: ciclo (do plantio ao espigamento); altura da planta; número de espigas por planta; número de espiguetas estéreis por planta e por espiga; número de espiguetas férteis por planta e por espiga; número de grãos por planta, por espiga e por espigueta; peso de grãos por planta e de mil grãos; e produtividade por parcela e por hectare. A diversidade genética dos genótipos foi avaliada pela distância generalizada de Mahalanobis, com os genótipos Anahuac e Trigo BR 26 - São Gotardo apresentando a menor distância e os genótipos BH 1146 e Trigo BR 26 - São Gotardo, a maior distância. Pelos agrupamentos, segundo os métodos do vizinho mais próximo e de Tocher, foi possível formar quatro grupos. Os genótipos de trigo irrigado (Anahuac, Trigo BR 10 - Formosa e Trigo BR 26 - São Gotardo) formaram um grupo, enquanto o outro genótipo de trigo irrigado (EMBRAPA 22) formou um grupo isoladamente. Os genótipos mais altos (BH 1146 e CEP 24 - Industrial) formaram um outro grupo, enquanto os genótipos de trigo de estatura intermediária (EMBRAPA 15, EMBRAPA 16 e EMBRAPA 21) formaram o quarto grupo. A dispersão gráfica dos genótipos, assim como suas distâncias, foram apresentadas pela metodologia de Singh (1981). A altura da planta explicou mais de 92% da variabilidade genética existente entre os genitores. Para a análise dialélica, utilizaram-se as metodologias de Hayman (1954) e Griffing (1956). Os efeitos da capacidade geral de combinação foram maiores que os da capacidade específica e os recíprocos, para os caracteres estudados. Os genótipos BH 1146, Trigo BR 26 - São Gotardo e EMBRAPA 22 apresentaram os maiores efeitos positivos da capacidade geral de combinação. Para a maioria dos caracteres estudados, o efeito genético aditivo não foi o mais importante, segundo a metodologia de Hayman (1954). A herança dos caracteres estudados mostrou ser oligogênica. / Nine genotypes of wheat (Anahuac, BH 1146, BR 10 – Formosa, Trigo BR 26 – São Gotardo, CEP 24 – Industrial, EMBRAPA 15, EMBRAPA 16, EMBRAPA 21 e EMBRAPA 22) their F 1 and reciprocals, constituting a complete diallel, were planted on May 1992, on the experimental field of the Agronomic Section of the UFV, Minas Gerais State, Brazil. The plots in the blocks were of 2 lines with 1.0 m, spaced at 0.30 m among lines and 0.10 m among plants. The characters evaluated were: cycle (from planting to hearing), plant height, and number of spikes by plant, number of sterile spikelets by spike and by plant, number of fertile spikelets by spike and by plant, number of grains by plant, by spike; and by spikelet, weight of grains by plant, and of a thousond grains, and productivity by hectere. The genetic diversity of the genotypes were evaluated by the Generalized Distance of Mahalanobis, and the genotypes Anahuac and Trigo BR 26 – São Gotardo presented the shortest distance and the genotypes BH 1146 and Trigo BR 26 – São Gotardo presented the greatest distance. According to the grouping analysis using the closest neighbor method and the Tocher method, it was possible to form four groups. The irrigated wheat genotypes (Anahuac, Trigo BR 10 – Formosa and BR 26 – São Gotardo) formed a group, while the irrigated wheat genotype (EMBRAPA 22) formed a single group. The genotypes with the higher plants (BH 1146 and CEP 24 – Industrial) formed another group and the genotypes of wheat of intermediary height (EMBRAPA 15, EMBRAPA 16 and EMBRAPA 21) formed the fourth and bot group. The graphic dispersion of the genotypes, as well as their distances, were presented according to Singh (1981) methodology. The plant hight explained more than 92% of the genetic variability of the parent plants. For the diallelic analyhsis, the methodologies of Griffing (1956) and Hayman (1954) were used. The general capacity effects of combination were greater than those of the specific capacity, and of the reciprocal, for the studied characters. The genotypes BH 1146, Trigo BR 26 – São Gotardo and EMBRAPA 22 presented the greatest positive effects of the general capacity of combination. For almost all of the studied characters, tha additive genetic effect was not the most important one, according to the methodology of Hayman (1954). The heritage of the studied characters showed to be oligogenic. / Tese importada do Alexandria
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Herança da resistência a Phytophthora infestans, de características de frutos e seleção de genótipos resistentes na geração F5 de cruzamento interespecífico em tomateiro / Inheritance of late blight resistance, estimate of genetic parameters and selection of resistant genotypes in the F5 derived from an interespecific cross of tomatoAbreu, Flávia Barbosa 29 July 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foi realizado neste trabalho um cruzamento interespecífico de tomateiro entre a cultivar Santa Clara (Lycopersicon esculentum) e o acesso do Banco de Germoplasma de Hortaliças da UFV BGH 6902 (Lycopersicon hirsutum),
resistente a Phytophthora infestans, responsável por causar uma das mais importantes doenças da cultura do tomateiro, requeima, para a qual não existe variedade resistente. Os genitores, as gerações F1, F2, RC1 e RC2 foram utilizados para estudar a herança da resistência a P. infestans, e estimar os parâmetros genéticos associados à resistência. Através da análise da área abaixo da curva de progresso da doença, constatou-se que a herança é do tipo poligênica e que existe dominância controlando o caráter, porém, pela análise de médias, o efeito aditivo foi o mais importante. A herdabilidade do caráter é baixa, mas existe possibilidade de selecionar indivíduos resistentes em gerações segregantes. Estudou-se também a herança de características de frutos como peso, comprimento, largura de frutos concluindo-se que a herança destas é do tipo quantitativa. A característica pilosidade de frutos é de herança monogênica e segue o padrão de segregação 3:1 (com pilosidade/sem pilosidade), com dominância completa do alelo que condiciona a presença de pilosidade nos frutos. Foi estudada a correlação existente entre a severidade de requeima e características medidas nos frutos: peso, comprimento e largura de frutos, e verificou-se que estas características não estão correlacionadas com a resistência a P. infestans. Por meio de gráfico de dispersão gerado pelo estudo de componentes principais, foi possível visualizar o comportamento das seis populações estudadas ( Santa Clara , BGH6902, F1, F2, RC1 e RC2) e identificou- se, também, que a característica peso de frutos não foi importante para a explicação da variabilidade genética estudada. Com avanço da geração F2, via SSD, conseguiram-se genótipos da população F5 que foram avaliados quanto à resistência a P. infestans. Esta resistência foi encontrada em níveis superiores à média do genitor BGH6902. Além disso, foram identificados os melhores
genótipos pelo método de seleção entre e dentro de famílias, que poderão ser utilizados na continuidade deste programa de melhoramento. / Interespecific crossing between tomato cultivar 'Santa
Clara' (Lycopersicon esculentum) and the access BGH 6902 (Lycopersicon hirsutum), resistant to Phytophthora infestans, causal agent of late blight, one of the most important tomato diseases, for which resistant variety doesn't exist. The parents,
F1, F2, BC1 and BC2 generations were used to study the heritability of P. infestans resistance and estimate the genetics parameters. By area under the disease progress curve, it was concluded that heritage is polygenic and there is a dominance controlling the character, however, by media analysis the additive value was more important. The heritability is low, even though there is the possibility to
select resistant genotypes in segregating generations. The heritage of fruit characters such as weight, length and width, was studied and it was concluded that the heritage is quantitative. Presence of trichomes have monogenic heritage
and follow the pattern 3:1 of segregation (with trichomes/without trichomes), with
complete dominance of the allele to trichomes presence. The correlation among late blight severity and fruit characters was studied and it was verified that there isn't correlation among these characters and late blight resistance. By graphic
dispersion of principal components study, it was possible to see the behavior of the generations ('Santa Clara', BGH6902, F1, F2, BC1 e BC2) and it was identified that weight of fruits wasn't important to explain the genetic variability. Advancing
generations by SSD, F5 genotypes were obtained which were evaluated for late blight resistance, and resistance in superior levels was found comparing with BGH 6902. The best genotypes by the method of within-between families selection was identified as well, which may be used in the continuity of this breeding program.
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Estudo genético de linhas puras e cruzadas de suínos / Genetic study of swine purebred and crossbred linesTorres Filho, Rodolpho de Almeida 12 December 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-12-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Registros de características de desempenho e reprodutivas de duas linhas puras de suínos da raça Large (L1 e L2) e uma linha (L3) formada pelo cruzamento entre linhas L1 e L2 foram utilizados para avaliar a divergência genética entre as duas linhas, estimar a heterose direta e seu comportamento ao longo das gerações, estudar a divergência genética entre grupos genéticos constituintes da linha L3, testar diferentes modelos na avaliação genética da linha L3 e avaliar a ocorrência de heterogeneidade de variâncias entre grupos genéticos e seu efeito na classificação dos animais pelo valor genético. A divergência genética foi avaliada utilizando-se técnicas de análise multivariada, as estimativas de heterose foram obtidas por meio de contrastes entre médias dos grupos genéticos e a significância estatística dos contrastes entre médias foi verificada computando-se a estatística t. As estimativas dos componentes de variâncias foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste de razão de verossimilhança foi aplicado para identificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética animal, com a ressalva de que no modelo unicaracterística se assumiram variâncias homogêneas entre os grupos genéticos, e no modelo tricaracterística foi considerada a expressão da característica em cada grupo genético como uma característica diferente. A partir do arquivo com os valores genéticos estimados dos animais com os dois diferentes modelos, obteve-se a correlação de ordem entre as classificações dos animais. As duas linhas puras avaliadas (L1 e L2) apresentaram divergência genética tanto para características de desempenho quanto para reprodutivas. A estimativa de heterose direta na geração F1 foi de 8,74% para número de leitões nascidos total (NLN), 8,50% para número de leitões nascidos vivos (NLNV), 2,41% para ganho de peso diário (GPD) e ausente para peso da leitegada ao nascimento (PLN). Os efeitos de heterose nas gerações F2 e F3 ocorreram apenas para GPD, observando redução do efeito de heterose ao longo das gerações para NLN e NLNV. Os grupos genéticos que constituem a linha L3 (F1, F2 F1xF2 e F3) apresentaram divergência genética, ressaltando-se que a análise de agrupamento indicou que eles poderiam ser agrupados em dois grupos: I constituído por F2, F1xF2 e F3, e II que engloba apenas o grupo genético F1. Nas três características (NLNV, PLN e GPD) em que se avaliou o modelo mais adequado, o tricaracterística foi o mais indicado, evidenciando-se a existência de heterogeneidade de variâncias entre os grupos genéticos avaliados. Nas três características, as maiores estimativas de herdabilidades foram obtidas no grupo genético F3 e as menores, no grupo genético F1. As correlações de ordem obtidas indicam que a heterogeneidade de variância exerce mais efeito na classificação dos animais na característica ganho de peso diário do que no número de leitões nascidos vivos e peso da leitegada ao nascimento. / Data on reproductive and performance traits of two purebred Large White lines (L1 and L2) and a crossbred line L3 (L1 X L2) were used to evaluate the genetic divergence between the two lines; estimate the direct heterosis and its effects over generations; study the genetic divergence between the genetic groups forming line L3; test different models for the genetic evaluation of line L3; and evaluate the occurrence of variance heterogeneity between genetic groups and its effect on swine classification via genetic value. The genetic divergence was evaluated using multivariate analysis; heterosis estimates were obtained by contrasts between the genetic group means; and the significance of contrasts between means was tested by t-statistics. Variance component estimates were obtained by restricted maximum likelihood (REML). REML was used to identify the most suitable model for swine genetic evaluation, with the restriction that in the one-trait model it was assumed homogeneous variances between the genetic groups, and in the three-trait model the expression of the trait in each genetic group was considered as a different trait. The order correlation between animal classification was obtained from the estimated genetic values in the two different models. The two evaluated purebred lines (L1 and L2) showed genetic divergence for both performance and reproductive traits. The estimates of direct heterosis for F1 generation was 8.74% for total born pigs (NLN), 8.50% for live born pigs (NLNV), 2.41% for daily weight gain (GPD) and absent for litter birth weight (PLN). The effect of heterosis on F2 and F3 generations only occurred for GPD, with reduction of the heterosis effect over the generations for NLN and xNLNV. The genetic groups forming L3 line (F1, F2 F1xF2 and F3) showed genetic divergence, and the grouping analysis indicated that they could be grouped in two clusters: Group I comprising F2, F1xF2 and F3, and Group II comprising only the F1 group. The three evaluated traits (NLNV, PLN and GPD) indicated the three-trait model as being the most suitable, proving the existence of variance heterogeneity between the studied genetic groups. The highest heritability estimates were obtained in the F3 group, and the lowest estimates in the F1 group, for the three traits. The order correlations indicate that the variance heterogeneity has more effect on animal classification for daily weight gain than for live born pigs and litter birth weight.
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Influência de obstáculos naturais na divergência de populações de Astyanax bimaculatus na bacia do rio Doce - MG / Geographic isolation and patterns of variation of Astyanax bimaculatus (Pisces, Characidae) in the Doce river basin (State of Minas Gerais)Paiva, Samuel Rezende 13 August 2001 (has links)
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Previous issue date: 2001-08-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o objetivo de avaliar os efeitos de obstáculos naturais na estruturação de populações em espécies de peixes de pequeno porte, foram analisados os padrões de semelhança molecular (marcadores do tipo RAPD- PCR) e morfológica (caracteres morfométricos e merísticos) em cinco amostras (cada uma de N=50) isoladas por cachoeiras ou barragens da espécie Astyanax bimaculatus (lambari-de-rabo-amarelo, tambiú), em dois afluentes do rio Doce, Minas Gerais (rios Casca e Matipó). Uma amostra adicional em outro afluente do rio Doce (rio Santo Antônio) foi realizada como controle para estimar os parâmetros de divergência genética na bacia. O padrão de variação de 28 loci permitiu caracterizar uma perda de alelos (25% dos loci) no rio Casca e conseqüente diminuição da variabilidade intrapopulacional (menor índice de heterozigosidade e porcentagem de loci polimórficos) em relação aos outros afluentes. No nível interpopulacional foi observado uma diferenciação genética significativa entre todos os três afluentes do rio Doce analisados (p<0,00001), com 21% da variância total obtida na AMOVA observada entre esses três afluentes (p<0,01806). Apenas uma das barreiras geográficas analisadas (localizada no rio Casca) foi efetiva populações à jusante e à montante (p<0,0016). na diferenciação das No rio Matipó, as populações localizadas à jusante e à montante da barragem são geneticamente similares (p<0,6469), e subsidiam a recomendação de adoção de mecanismos de transposição naquele empreendimento, para permitir a continuidade de fluxo gênico. No rio Casca, o padrão de variação de dois caracteres merísticos corroboraram os resultados das análises moleculares. Contudo, a Análise Discriminante Independente do Tamanho realizada com os 15 caracteres morfométricos não foi capaz de diferenciar claramente as populações, o que sugere a presença de apenas uma espécie do complexo A. bimaculatus na bacia do rio Doce. Com base nos dados, pode-se concluir que a diferenciação genética e morfológica de A. bimaculatus do rio Doce não está necessariamente associada à presença de cachoeiras, e que depende de fatores demográficos e/ou históricos dos obstáculos geográficos. / To evaluate the effects of natural barriers in the process of population structure of small-sized species, it was carried out analyses on molecular similarity (with RAPD-PCR markers) and morphologic patterns (morphometric and meristic characters) in five samples (each 2n=50) isolated by waterfalls and dams Astyanax of bimaculatus (lambari-de-rabo-amarelo, tambiú) in two tributaries of the rio Doce basin, State of Minas Gerais (rio Casca and rio Matipó). An additional sample from Santo Antonio was added to the analysis for a broader overview of genetic divergence in the basin. The rio Casca was characterized by 25% loss of alleles (out of 28 loci), with decrease of within population levels of variation (lower heterozigosity polymorphic loci) relative to the other samples. index proportion of Genetic differentiation among tributaries was significative (p<0,00001) and represented 21% of total variance (p<0,01806). We concluded that only one of the analyzed barriers (in rio Casca) was an effective factor for the differentiation of populations (p<0,0016). In rio Matipó, the populations were genetically similar (p<0,6469) suggested the need for maintenance of high levels of gene flow. and In rio Casca, the patterns of variation of meristic characters was consistent with molecular data. As a whole, however, the size-independent discriminant analysis based on 15 morphometric characters did not differentiate the populations, showing the existence of only one species of the A. bimaculatus species complex in the rio Doce basin. The pattern of variation of data suggested that the genetic and morphologic variation of A. bimaculatus in the rio Doce basin was not necessarily associated to waterfalls and that they instead result as an interaction of demographic and historic factors associated to geographic obstacles.
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Gestão do conhecimento no planejamento de contratações de soluções em TI em Instituições Federais de Ensino Superior do Brasil: um diagnóstico usando análise envoltória de dados / Knowledge management in planning contracting IT solutions in Federal Institutions of Higher Education of Brazil:a diagnosis using Data Envelopment AnalysisAraújo, Beatriz Duarte Lima de January 2016 (has links)
ARAÚJO, Beatriz Duarte Lima de. Gestão do conhecimento no planejamento de contratações de soluções de TI em Instituições Federais de Ensino Superior do Brasil: um diagnóstico usando análise envoltória de dados. 2016. 138f. – Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Ceará, Programa de Pós-Graduação em Políticas Públicas e Gestão da Educação Superior, Fortaleza (CE), 2016. / Submitted by Gustavo Daher (gdaherufc@hotmail.com) on 2017-01-04T12:58:04Z
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Previous issue date: 2016 / In the present social conjuncture, with fast transformations in all areas, is important that the knowledge and the business tactics work together in the organization. Federal institutions of higher education need a special view about the implantation and use of knowledge management, because of their peculiarities of teaching and governance. The acquisition planning of information technology lacks the support that woud enable a great improvement in the activities. This study has as general goal analyze the efficiency of IFES in Brazil concerning the knowledge management in information technology hiring, using for this purpose the method Data Envelopment Analysis (DEA), and Charnes, Cooper e Rhodes (CCR) model results-oriented. Moreover are presented the notion of KM, the leading theorists models about the theme, some types of diagnosis of KM related for public administration, as well as the notion of DEA. The study is the kind survey with quantitative approach. Regarding the goals is a descriptive research, applying a questionnaire based in the model created for Batista (2006). The questionnaire was applied to the managers of IT of 103 organizations of higher education in Brazil. Among the institutions to whom the questionnaire were sent, 86 responded. In the descriptive analysis are presented the results of the research showing the characterization of the IFES, like how the process hiring of technology solutions works, and how the initiatives of knowledge management are used to give suport to them. Among the 86 institutions analyzed according the Software Frontier Analyst, 57 were regarded efficient and 29 were regarded as not efficient. Are presented the benchmarkings, wich the inefficients IFES must consider for the improvement of their planning in IT, as well as they ought to evaluate the factors of entry and output analyzeds always with the goal of advance in the use of knowledge of management as suport for the hiring of IT solutions. / Para a atual conjuntura social, com rápidas transformações em todas as áreas, é importante que o conhecimento esteja integrado aos processos de negócios da organização. As instituições federais de ensino superior necessitam de uma visão especial quanto à implantação dos processos e práticas de Gestão do Conhecimento (GC), devido às suas particularidades em seu ambiente de ensino e também em sua área administrativa. O planejamento de aquisições de Tecnologia da Informação (TI) na IFES carece de ferramentas de apoio, que possibilitem a otimização e melhoria de suas atividades. Assim sendo, este estudo tem como objetivo geral analisar a eficiência relativa das IFES do Brasil quanto ao uso da gestão do conhecimento no planejamento das contratações de soluções de TI, utilizando o método de Análise Envoltória de Dados (DEA), e o modelo Charnes, Cooper e Rhodes (CCR), orientados aos resultados. Ademais, são apresentados os conceitos de GC, os principais modelos teóricos acerca do tema, alguns modelos de diagnóstico de GC voltados para a Administração pública e suas principais práticas, a relação com a Tecnologia Informação, uma contextualização acerca do planejamento das contratações de TI e a GC, bem como os principais conceitos relacionados ao método DEA. O estudo, por ser de levantamento, caracteriza-se como sendo do tipo survey, com abordagem quantitativa. No tocante aos objetivos é uma pesquisa descritiva, no qual foi aplicado questionário baseado no Instrumento para Avaliação da Gestão do Conhecimento na Administração Pública, modelo este criado por Batista (2006). O instrumento foi aplicado aos gestores das áreas de TI das 103 instituições Federais de Ensino Superior do Brasil. Das instituições às quais o questionário foi enviado, 86 enviaram as informações solicitadas. Na análise descritiva são apresentados os resultados da pesquisa mostrando a caracterização das IFES respondentes, como funciona o processo de planejamento das contratações de soluções de TI nas IFES pesquisadas, as iniciativas de gestão do conhecimento e práticas de gestão do conhecimento usadas como suporte ao planejamento das contratações de TI das IFES que responderam à pesquisa. Dentre as 86 instituições analisadas, de acordo com o software Frontier Analyst, 57 foram consideradas eficientes e 29 IFES foram classificadas como ineficientes. São também apresentados os benchmarkings, os quais as 29 IFES consideradas ineficientes devem tomar como referência para melhorar sua eficiência no planejamento das contratações de TI, bem como as potenciais melhorias que as IFES devem avaliar nos fatores de entrada e saída analisados, para que possam melhorar sua eficiência relativa no que diz respeito ao uso da gestão do conhecimento como suporte ao planejamento das contratações de soluções de TI.
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Predição fenotípica em cana-de-açúcar via modelos multivariados com dados de espectroscopia no infravermelho próximo / Phenotypic prediction in sugarcane using multivariate models with data from near infrared spectroscopyFernandes, Jaqueline Gonçalves 24 February 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-07-27T15:17:42Z
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Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A produção da cana-de-açúcar desempenha papel fundamental na economia do país. Para o desenvolvimento de variedades que atendam as necessidades atuais e também as necessidades futuras é essencial buscar métodos de fenotipagem que proporcionem maior facilidade de utilização, além de rapidez, exatidão e consistência. Visando contribuir para o desenvolvimento de novas estratégias de fenotipagem, esse trabalho teve como objetivo principal construir modelos de predição fenotípica utilizando calibração multivariada. Foram construídos modelos empregando regressão por quadrados mínimos parciais (PLS), regressão por componentes principais (PCR), Ridge Regression (RR- BLUP) e Lasso bayesiano (BLASSO) a partir de dados obtidos com espectroscopia na região infravermelho próximo (NIR) em diferentes tipos de amostras de cana-de-açúcar. Esses modelos foram construídos com o objetivo de predizer o teor de fibra (FIB), o teor de sacarose aparente (PC) e o teor de lignina (LIG). O conjunto de calibração foi composto por 166 clones e o de previsão por 20 clones. Os valores de FIB, PC e LIG variaram respectivamente de 8,36% a 22,53%, 1,78% a 16,89% e 13,79% a 21,08%. Os modelos RR- BLUP e BLASSO apresentaram coeficientes de correlação entre 0,70 e 0,91, valores superiores ou iguais aos dos modelos PLS, que por sua vez foram superiores aos dos modelos obtidos por PCR. Para predição de PC e FIB é aconselhável utilizar amostras de colmo devido ao maior poder preditivo além de ser mais viável devido à maior praticidade quando comparado com as amostras de bagaço. Foi possível construir um modelo eficiente para predizer LIG utilizando amostras de bagaço seco. Todos os modelos escolhidos apresentaram bom desempenho para ranquear os melhores clones de acordo com os caracteres em estudo, apresentando medidas elevadas de acurácia, medidas pequenas da taxa de falso positivo e boa precisão. / Sugar cane production plays an important role in the economy of a country. In order to develop varieties that meet the current and the future needs, it is essential to find phenotyping methods that are fast, exact, consistent and easy to be used. Aiming at contributing to the development of new phenotyping strategies, the objective of this study was to build models for phenotypic predictions using multivariate calibration. Models using regression by partial least squares (PLS), principal component regression (PCR), Ridge Regression (RR-BLUP) and Bayesian Lasso (BLASSO) were built, using data obtained with Near-Infrared Spectroscopy (NIRS) from different types of sugarcane samples. These models were constructed in order to predict the fiber (FIB), the apparent sucrose (PC) and lignin (LIG) contents. The calibration group was composed of 166 clones, and the prediction group was composed of 20 clones. The amounts of FIB ranged from 8.36% to 22.53%, from 1.78% to 16.89% for PC and from 13.79% to 21.08% for LIG. The RR-BLUP and BLASSO models showed correlation coefficients between 0.70 and 0.91. Those values are higher than or equal to the PLS models, which in turn were higher than those of the models obtained by PCR. For PC and FIB predictions, it is recommended to use cane stalk samples due to its greater predictive power and feasibility when compared to the bagasse samples. It was possible to build an efficient model to predict LIG using dry sugar cane bagasse samples. All selected models showed good performance when ranking the best clones according to the characters studied. Furthermore, the models presented high accuracy measurements, small false positive rate measurements and good accuracy.
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Análise biométrica de acessos de Capsicum chinense Jacq. com ênfase na diversidade genética / Biometric analysis of Capsicum chinense Jacq access with emphasis on genetic diversityOliveira, Ana Carolina Ribeiro de 23 February 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-27T16:43:09Z
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Previous issue date: 2016-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os estudos de divergência genética são fundamentais para subsidiar ações de conservação, de utilização dos recursos genéticos e posterior aplicação em programas de melhoramento, visando à obtenção de genótipos superiores. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a diversidade genética de acessos de pimenta, Capsicum chinense Jacq., por meio de técnicas multivariadas de agrupamentos utilizando os métodos hierárquicos (UPGMA e Ward) e de otimização (Tocher e Tocher modificado). O experimento foi conduzido na área experimental do setor de olericultura do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa (UFV), sob delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições e uma planta por parcela. Foram avaliados 11 acessos de C. chinense registrados no Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH/UFV), com base em 11 caracteres. Os resultados indicaram pelos métodos hierárquicos a formação de dois grupos, sendo que 72,73% dos acessos pertenciam ao grupo I e 27,27% ao grupo II; e ambas as estruturas de agrupamento foram validadas pelo coeficiente de correlação cofenética (r). Os métodos de otimização, Tocher e Tocher modificado, reuniram os acessos em seis e quatro grupos, respectivamente, revelando maior diversidade dos acessos em relação aos métodos anteriores. Assim, independente do método utilizado foi possível identificar os acessos mais divergentes e, consequentemente, contribuir para futuras pesquisas de cruzamento buscando híbridos com maior efeito heterótico. / Studies of genetic diversity are essential to subsidize conservation actions, utilization of genetic resources and subsequent application in breeding programs aimed at obtaining superior genotypes. Thus, this study aimed to evaluate the genetic diversity of pepper accessions, Capsicum chinense Jacq., through multivariate clustering techniques using hierarchical methods (UPGMA and Ward) and optimization (Tocher and modified Tocher). The experiment was conducted in the experimental area of the horticulture sector of the Department of Plant Science at the Universidade Federal de Viçosa (UFV), under completely randomized design with four replications and one plant per plot. They evaluated 11 accessions of C. chinense recorded at the Germplasm Bank (BGH/UFV), based on 11 characters. The results indicated by hierarchical methods the formation of two groups, with 72.73% of the accessions belonging to the group I and 27.27% in group II; both grouping structures were validated by cophenetic correlation coefficient (r). The optimization methods, Tocher and modified Tocher, gathered the accessions in six and four groups, respectively, revealing greater diversity of accessions compared to the previous methods. Thus, regardless of the method used it was possible to identify the most divergent access and, consequently, contribute to future researches seeking cross hybrids with greater heterotic effect.
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Seleção de variáveis no estudo da diversidade genética via análise de procrustes / Variables selection in the study of genetic diversity by procrustes analysisPontes, Daiana Salles 24 February 2016 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-08-04T16:12:51Z
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Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Para o sucesso de um programa de melhoramento é indispensável que população de trabalho disponha de variabilidade genética de forma que a prática de seleção seja viável. Nesse sentido, a avaliação da divergência genética têm sido de grande importância por fornecerem parâmetros para a identificação de combinações híbridas cujo cruzamento proporcione maior efeito heterótico e maior probabilidade de recuperar genótipos superiores nas gerações segregantes. O estudo sobre diversidade genética elucida relações genéticas, quantifica ou prediz o nível de variabilidade total existente e sua distribuição entre indivíduos, acessos de bancos de germoplasma, linhagens e cultivares ou dentro de populações e espécies. Conhecimento que tem proporcionado, dentre outras coisas, importantes contribuições ao melhoramento genético, ao gerenciamento de bancos de germoplasma e à conservação de recursos genéticos. Assim, o interesse maior, em estudos de caracterização da diversidade genética das espécies vegetais, animais e de microrganismos consiste na identificação de grupos de genótipos similares de forma que a maior diferença entre os grupos formados seja realçada. Para isso, algumas técnicas multivariadas, como análise discriminante, componentes principais, análise de coordenadas e de agrupamento podem ser utilizadas nesse tipo de estudo. Contudo, de modo geral, tais técnicas ainda exigem a utilização de todas as variáveis para a avaliação dos indivíduos/acessos, o que nem sempre é possível devido ao alto custo ou mesmo o grau de dificuldade envolvido na obtenção de determinadas variáveis. É necessária, portanto, a aplicação de algum método de seleção de variáveis ou de um critério de seleção baseado em alguma técnica analítica, como é o caso do critério apresentado por Jolliffe (1972). Baseado na técnica de componentes principais, esse critério é usualmente utilizado na determinação da importância relativa de caracteres no estudo da diversidade de modo que caracteres de menor importância serão desconsiderados do estudo. Há também outra metodologia baseada em Análise de Procrustes ainda pouco utilizada em estudos de diversidade genética, sobretudo para este fim, por meio da qual é possível selecionar variáveis com base no padrão de dissimilaridade ou similaridade entre acessos. Desta forma, este trabalho tem por objetivo propor um critério baseado em Análise de Procrustes como nova possibilidade para a seleção de variáveis no estudo da diversidade genética. Em seguida, comparar o critério apresentado com o critério proposto por Jolliffe (1972) - ambos os critérios estabelecidos por meio do uso de componentes principais. Para elucidar a teoria apresentada, foram consideradas informações de 40 acessos de café Conilon avaliados em Sooretama/ES no ano 2000 segundo 16 caracteres agronômicos. As técnicas apresentadas neste trabalho demonstram ser vantajosas na seleção (ou descarte) de variáveis proporcionando relevante contribuição para os estudos sobre diversidade genética. A técnica apresentada, baseada em análise de Procrustes, torna-se uma alternativa mais eficaz do que o uso do critério de Jolliffe (1972) para fins de estudo da diversidade genética. / For the success of a breeding program, it is essential the existence of genetic variability in the base population so that selection practice can be feasible. In this context, the evaluation of genetic diversity have been very important because gives parameters to identify hybrid combinations whose cross provides the greatest heterotic effect and the highest probability of recovering superior genotypes in segregating generations. The study about genetic diversity aims to elucidate genetic relationships, quantify or predict the level of total variability existing and its distribution among genotypes, accessions of germplasm banks, landraces and cultivars or within populations and species. This knowledge have provided, among other things, important contributions to genetic breeding, the management of germplasm banks and the conservation of genetic resources. So, the main interest in characterization studies of genetic diversity of vegetable, animals and microorganisms species consists of identifying groups of similar genotypes, so that the largest difference between groups formed is highlighted. Some multivariate techniques such as discriminant analysis, principal component analysis, coordinate analysis and cluster analysis can be used in these studies. However, in general, these techniques still require the use of all variables for evaluation of genotypes - accessions, which is not always possible due to high cost or even the degree of difficulty involved in obtaining some variables. Thus, it is required the application of a variables selection method or a selection criterion based in an analytical technique, such as the criterion presented by Jolliffe (1972). Based on principal component technique, this criterion is commonly used to determine the relative importance of traits in diversity study, so that less important traits will be eliminated of the study. There is also another methodology based on Procrustes analysis still little used in genetic diversity studies, particularly for this purpose. By this methodology is possible to select variables based on the pattern of dissimilarity or similarity among accessions. Thus, this work aims to propose a criterion based on Procrustes analysis as a new possibility to select variables in genetic diversity study. Then, compare the criterion proposed with the criterion presented by Jolliffe (1972) - both criteria established through the use of principal components. To elucidate the theory presented, it was used the information from 40 accessions of Conilon coffee evaluated in Sooretama/ ES in the year 2000 regarding to 16 agronomic traits. The techniques presented in this work demonstrated to be advantageous in the selection (or discarding) of variables and consequently providing relevant contributions for genetic diversity study. The technique presented, based on Procrustes analysis, it becomes an alternative more effective than the criterion of Jolliffe (1972) for genetic diversity study.
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Desenvolvimento de modelos de regressão multivariada para determinação de ésteres de forbol em sementes de Jatropha curcas L. usando espectroscopia e quimiometria / Development of regression multivariate models for phorbol esters determination in Jatropha curcas L. seeds using spectroscopy and chemometricsRoque, Jussara Valente 17 July 2015 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-06T12:46:25Z
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Previous issue date: 2015-07-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A construção de modelos de calibração multivariada usando espectroscopias na região do infravermelho próximo (NIR) e ultravioleta (UV), aliada à regressão por quadrados mínimos parciais (PLS), para estimar as concentrações de ésteres de forbol (PEs) em acessos/progênies de Jatropha curcas L. foi o objetivo deste trabalho. A composição da fase móvel para a separação dos compostos via cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) foi otimizada através de um planejamento composto central (CCD) com duas variáveis. A partir disso, análises cromatográficas foram realizadas para determinar a concentração dos PEs que foi expressa em mg mL-1 de equivalente de forbol-12-miristato- 13-acetato (PMA). Os espectros foram obtidos a partir de diferentes materiais: semente com e sem a casca, óleo e extrato do óleo. Os espectros NIR foram obtidos na faixa de 4000 a 10000 cm-1, os espectros UV, na faixa de 210 a 350 nm e os espectros UV-VIS- NIR, na faixa de 250 a 1000 nm. Os modelos foram construídos empregando a regressão PLS e dois algoritmos para seleção de variáveis foram testados: o algoritmo genético (GA) e o método de seleção dos preditores ordenados (OPS). Os modelos obtidos para a semente sem casca e para o óleo, tanto no NIR quanto no UV-VIS-NIR, não foram satisfatórios. A partir dos espectros NIR obtidos via refletância difusa foi possível construir um modelo para a semente com casca após seleção de 130 variáveis com o OPS. Os parâmetros do modelo foram: RMSEP de 0,48; Rp de 0,49; RPD de 0,66 e erro relativo médio na predição de 18,63%. A partir dos espectros UV de absorbância do extrato do óleo, foi possível construir um modelo após seleção de 85 variáveis com o OPS. Os parâmetros do modelo foram: RMSEP de 0,23; Rp de 0,96; RPD de 2,67 e erro relativo médio na predição de 9,26%. O modelo construído para predições a partir da casca pode ser usado para triagem e o modelo construído a partir do extrato do óleo pode ser usado para prever com exatidão os teores de PEs. O método OPS, em todos os casos, proporcionou a construção de modelos mais simples e preditivos quando comparados aqueles obtidos pela seleção de variáveis utilizando o GA. Assim, o método de referência para quantificação de ésteres de forbol pode ser substituído pelos modelos obtidos, uma vez que são mais simples, rápidos e ambientalmente corretos. / The building of multivariate calibration models using near infrared (NIR) and ultraviolet (UV) spectroscopies, using partial least squares (PLS) to estimate the concentrations of phorbol esters (PEs) in genotype/progeny of Jatropha curcas L. was the goal of this work. The composition of the mobile phase for separating compounds via high performance liquid chromatography (HPLC) was optimized through a central composite design (CCD) with two variables. Based on this, chromatographic analysis were performed to determine the concentration of PEs that was expressed in mg mL-1 phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA) equivalent. Spectra data were obtained from different materials: seed shell, kernel, oil and oil extract. The NIR spectra were obtained in the range 4000-10000 cm-1, UV spectra in the range 210-350 nm, and UV-VIS-NIR spectra in the range 250-1000 nm. The models were built using the PLS regression and two algorithms for variable selection were tested: Genetic Algorithm (GA) and the Ordered Predictors Selection (OPS). The models obtained for kernel and oil, in both regions, NIR and UV-VIS-NIR, were not satisfactory. Based on the NIR spectra obtained by diffuse reflectance, was possible to building a model for the seed shell after selection of 130 variables with OPS. The model parameters were: RMSEP 0.48; Rp 0.49; RPD of 0.66 and medium relative error in the prediction of 18.63%. From oil extract UV absorbance spectra, was possible to build a model after selection of 85 variables with OPS. The model parameters were: RMSEP 0.23; Rp 0.96; RPD of 2.67 and medium relative error in the prediction of 9.26%. The model built for predictions from seed shell can be used for screening and the model built from the oil extract can be used to accurately predict the PEs content. The OPS method, in all cases, provided the building simpler and predictive models when compared to those obtained by the selection of variables using the GA. Thus, the reference method for the quantification of phorbol esters may be replaced by the models obtained, because they are simple, fast and environmentally friendly.
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Análise estatística multivariada aplicada à avaliação sensorial de alimentos / Multivariate statistical analysis applied to sensory evaluation of foodCarneiro, Joel Camilo Souza 24 November 2005 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-11-09T17:19:25Z
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Previous issue date: 2005-11-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia / Os dados experimentais obtidos por YOKOTA (2005), referentes a 14 cachaças envelhecidas, avaliadas quanto a 13 atributos sensoriais pelo método Análise Descritiva Quantitativa (ADQ), foram submetidos à análise estatística pelas técnicas multivariadas: variáveis canônicas, análise de componentes principais e análise de fatores. Apresentou-se os programas necessários para execução dos procedimentos estatísticos no sistema Statistical Analysis System (SAS) e enfatizou-se, além dos referidos procedimentos, a interpretação e discussão dos resultados. O objetivo do presente trabalho foi detalhar a aplicação das referidas técnicas multivariadas na análise de dados provenientes da avaliação sensorial descritiva. O texto desta tese foi redigido em três artigos, cada um ilustra uma das técnicas e apresenta os programas para execução das análises no SAS, independentemente. A conclusão de cada artigo relaciona os resultados obtidos com os dos outros artigos. Observou-se, pelos resultados, que as três técnicas foram eficientes, pois permitiram a redução no conjunto de informação de 13 atributos para um número bem menor de dimensões e estas retiveram a maior proporção da variância total dos dados originais. Em variáveis canônicas foram necessárias apenas duas dimensões (duas variáveis canônicas) que retiveram 91,58% da variância. Em componentes principais e análise de fatores houve a redução para quatro dimensões (componentes ou fatores) que retiveram 88,69% da variância. Foi possível, também, avaliar a importância ou influência dos atributos sobre as primeiras dimensões consideradas na caracterização e comparação entre as cachaças. Nas três análises, a primeira e a segunda dimensão foram influenciadas por atributos relacionados à madeira e ao teor alcoólico, respectivamente. Ficou, então, evidenciado que os resultados das três técnicas foram equivalentes e que o teor alcoólico e as características atribuídas pela madeira são importantes na avaliação de cachaça envelhecida. A análise por variáveis canônicas apresentou algumas vantagens em relação aos componentes principais, ou seja, as primeiras variáveis canônicas retiveram maior proporção da varAnálise estatística multivariada aplicada à avaliação sensorial de alimentosiância do que os primeiros componentes e o agrupamento entre as cachaças similares foi mais consistente. Portanto, recomenda-se que para avaliar dados obtidos por Análise Descritiva Quantitativa, em que as informações são obtidas com repetições, seja utilizada preferencialmente a análise por variáveis canônicas. Já a análise por componentes principais é mais apropriada para conjuntos de dados sem repetições, ou seja, em que há apenas uma observação por variável em cada indivíduo avaliado. A rotação efetuada na análise de fatores facilitou a interpretação dos resultados em comparação à analise de componentes principais. Porém, não se pode dizer que a análise de fatores seja melhor, pois estas técnicas não são concorrentes. Enquanto na análise de componentes principais a ênfase é explicar a variância, na análise de fatores o objetivo é tentar explicar as covariâncias. Os resultados obtidos no presente estudo foram satisfatórios para as três técnicas empregadas, o que nos leva a concluir pela recomendação do emprego de tais técnicas a outros dados também obtidos por Análise Descritiva Quantitativa, com as seguintes ressalvas: (a) aplicar variáveis canônicas e análise de fatores preferencialmente à análise de componentes principais; (b) verificar se os resultados serão satisfatórios no sentido de permitir concluir conforme o presente estudo. / This work illustrates the application of three multivariate techniques, factor analysis, principal component analysis and analysis by canonical variables, applied to sensory evaluation of food. The data used was obtained by YOKOTA (2005), who evaluated 14 commercial cachaça brands in relation to 13 sensory attributes, using Quantitative Descriptive Analysis (QDA). The programs necessary to apply the statistical procedures using the Statistical Analysis System (SAS) were presented and emphasis was given to interpretation and discussion of the results. The goal of the present work was to furnish details on how to apply these multivariate techniques to analyses data obtained from descriptive sensory evaluation of food. This thesis comprised three articles, each one illustrating one of the techniques applied and presenting the programs to run SAS analysis. The conclusion of each article provides the results presented in the other articles. The results showed that the three techniques were efficient as they allowed the reduction of 13 attributes to a smaller dimension, still retaining a large proportion of the variance from the initial dataset. Canonical variables analysis showed that only two canonical variables retained 91.58% of the total variance, while principal component analysis and factor analysis showed that only four dimensions (components or factors) retained 88.69% of the total variance. It was also possible to evaluate the importance or influence of the attributes on the first dimensions considered in the characterization and comparison of the cachaça brands. Attributes related to wood and alcoholic content, respectively, influenced the first and second dimensions in all three analyses. Results from the three techniques were equivalent in that they all showed that wood attributes and alcoholic content are important when evaluating aged cachaça. Canonical variables analysis had some advantages over the principal component analysis since the first canonical variables retained a greater proportion of the total variance than the first principal components, with the clustering of the brands into groups being more consistent. It was concluded that canonical variables analysis should be used for data with repetitions, i.e., when for each attribute, more than one observation is available per subject (cachaça brand in our study). On the other hand, principal component analysis should be used when there are no repetitions. Although principal components and factor analysis are not competing techniques, the rotation applied in factor analysis did help the interpretation of results. While in principal component analysis, emphasis is on explaining variances, in factor analysis the goal is to explain co-variances. The results obtained in the present study were satisfactory for the three techniques used. Thus, the use of these techniques to other data also obtained by Quantitative Descriptive Analysis is recommended, with the following observations: (a) canonical variables and factor analysis should be applied instead of principal component analysis; (b) verify if satisfactory results were obtained.
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