Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-29T10:26:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T10:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em programas de melhoramento, seja para predição do mérito genético individual ou para identificar regiões genômicas responsáveis por fenótipos de interesse econômico, o uso de informações dos marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) tem se tornado uma importante ferramenta e para tanto, diferentes métodos estatísticos têm sido empregados. Dentre os métodos comumente utilizados, destaca-se o método Lasso bayesiano (BLASSO) que, como as demais metodologias apresentadas na literatura, estima apenas o efeito dos marcadores em termos do valor médio da característica de interesse. Porém, em algumas situações, os fenótipos avaliados não possuem distribuição simétrica e, portanto, uma modelagem considerando a estimação dos efeitos de marcadores em diferentes níveis da variável de interesse pode ser mais adequada. Uma metodologia alternativa e ainda pouco explorada na seleção genômica, é a Regressão Quantílica Regularizada, a qual incorpora naturalmente o estudo de diferentes níveis da distribuição dos valores fenotípicos, bem como a seleção de variáveis e a regularização do processo de estimação. Diante do exposto, este trabalho propõe a utilização da Regressão Quantílica Regularizada, visando predizer os valores genéticos de suínos para as características de rendimento de carcaça (RCARC), espessura de bacon (EBACON) e espessura de toucinho imediatamente após a última costela na linha dorso-lombar (ETUC) em diferentes níveis da distribuição dessas variáveis. Os resultados obtidos por esta metodologia, em termos de acurácia, da classificação dos animais para seleção e efeitos de marcadores, foram comparados com aqueles advindos do método BLASSO. Para tanto, foram utilizados dados de uma população F 2, referente a 345 suínos, obtidos pelo cruzamento das raças Piau x Comercial. As funções quantílicas foram ajustadas para (r = 0,05 a r = 0,95 ), e para fins de comparação das metodologias, considerou-se nos ajustes via RQR além dos valores do parâmetro de encolhimento (λ) estimado a partir do método BLASSO, um grid de valores considerando valores variando de 0 até o valor fornecido pelo BLASSO, com intervalo de 0,5. Os modelos de regressão quantílica se apresentaram como uma alternativa interessante quando o interesse é predizer os valores genômicos dos animais, uma vez que os mesmos apresentaram valores de acurácia maiores ou iguais àqueles obtidos pelo BLASSO. Além disso, os resultados dos métodos para as variáveis ETUC e EBACON foram semelhantes e para RCARC foram diferentes no que se refere à classificação dos animais. Quanto ao padrão dos efeitos de marcadores, os resultados encontrados pelos métodos para as variáveis foram diferentes. / In breeding programs, used to predict the individual genetic merit or to identify genomic regions responsible for phenotypes of economic interest, the use of information from SNP markers (Single Nucleotide Polymorphisms) has become an important tool and due to it, different statistical methods have been employed. Among the methods commonly used for this purpose, the most used is the Bayesian Lasso method called BLASSO that, like other methods presented in the literature, only estimates the markers effect related to the average value of the characteristic of interest. However, in some situations, the evaluated phenotypes don’t have symmetrical distribution and thus a modeling considering estimation of the effect on markers in different levels of variable of interest may be more suitable. An alternative methodology and still not much explored in genomic selection, is the regularized quantile regression, which naturally includes the study of different levels of the phenotypic values distribution as well as the selection of variables and the regularization of the estimation process. Given the situation above, this paper proposes the use of regularized quantile regression, aiming to predict the genetic values of pigs for characteristics carcass yield (CY), bacon depth (BD) and midline backfat thickness immediately after the last rib dorsolumbar (LRBF) at different levels of the distribution of these variables. Moreover, the results obtained by this method, in terms of accuracy of classification and selection of animals for significance markers are compared with those arising from the usual method, (BLASSO). To obtain this result, we used data from an F 2 population of 345 pigs, obtained by crossing the Piau x Commercial race. The quantile functions were adjusted for (r = 0.05 to r = 0.95) and for comparison of methodologies, considered in RQR via adjustments in addition to the values of the shrinkage parameter (λ) estimated from the BLASSO method, a grid values are values ranging from 0 to the value provided by BLASSO with an interval of 0,5. The quantile regression models were presented as an interesting alternative when interest is to predict the genomic values of the animals, since they had higher accuracy than or equal to those obtained by BLASSO. Moreover, the results of the methods for LRBF and BD variables were similar and were CY different as regards the classification of the animals. Regarding the pattern of markers effects, the results found by the methods for the variables were different.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T09:37:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 451489 bytes, checksum: c4f3febfa6a6f7e679357a7fd09a369d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T09:37:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 451489 bytes, checksum: c4f3febfa6a6f7e679357a7fd09a369d (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O processo desenvolvimento folicular, formação e regressão do corpo lúteo (CL) são caracterizadas por intensa angiogênese. Fêmeas de três grupos genéticos foram comparadas durante o ciclo estral (Linhagem1-L1, Linhagem2-L2 e raça Piau) quanto às características reprodutivas e a expressão de genes candidatos ligados ao processo de angiogênese, fator de crescimento do endotélio vascular (VEGFA), angiopoetinas 1 e 2 (ANGPT1 e ANGPT2), receptor de tirosina quinase (TIE-2/TEK) e metaloproteinase (MMP2), por meio da técnica de PCR em tempo real. Aos 3, 5, 10 e 14 dias do ciclo as fêmeas foram abatidas para coleta de CL e aos 14 e 18 dias para coleta de células da granulosa (CG) e análise da concentração de estradiol. Registrou-se o número e o diâmetro dos folículos e o número de CL. A L1 apresentou maior comprimento do ciclo estral (P=0,0334), taxa de ovulação (P 0,0001) e diâmetro folicular aos 14 dias (P=0,0002). Já em relação à concentração de estradiol, apenas a L2 e Piau apresentaram pico aos 18 dias do ciclo estral (P=0,002). Em relação à expressão gênica das CG, os genes ANGPT1 e ANGPT2 não apresentaram diferença (P=0,7749 e P=0,6875, respectivamente) e o TEK mostrou apenas tendência à variação da expressão entre os grupos (P=0,0645). O VEGF, MMP2 e TEK apresentaram padrão de expressão gênica do CL semelhante entre grupos de animais (P=0,6739, P=0,5273 e P=0,4288 respectivamente). Em relação ao ANGPT1 e ANGPT2, a L2 e a raça Piau apresentaram maior abundância que a L1 no dia 10 (P 0,05). Entretanto na relação ANGPT2/ANGPT1 apenas a L1 apresentou aumento no dia 14 (P=0,0049). Os resultados obtidos em relação à CG demonstram a necessidade de mais estudos quanto à angiogênese folicular. Em relação ao CL, observou-se padrão diferente na expressão de genes ligados ao processo de regressão em fêmeas de diferentes grupos genéticos. Diante dos resultados obtidos conclui-se vique a linhagem comercial 1 possui maior comprimento do ciclo estral e maior fase folicular, embora apresente menor fase luteal que a raça Piau. / Follicular development process, formation, and regression of the corpus luteum (CL) are characterized by intense angiogenesis. Females from three genetic groups were compared during the estrous cycle (Line1-L1, Line2-L2 and breed Piau), the reproductive traits and the expression of candidate genes, vascular endothelium growth factor (VEGFA), Angiopoietins 1 and 2 (ANGPT1 and ANGPT2), tyrosine kinase receptor (TIE-2 / TEK), and metalloproteinase (MMP2), by PCR in real time were evaluated. Females were slaughtered at 3, 5, 10 and 14 day of the estrous cycle to collect CL and at 14 and 18 days to collect granulosa cells (GC) and to analyze estradiol concentrations. It was recorded the number and diameter of the follicles and the number of CL. The L1 showed longer estrous cycle (P=0.0334), ovulation rate (P 0.0001) and follicular diameter at 14 days (P = 0.0002). Regarding to estradiol concentrations, L2 and Piau reached a peak at 18 days of the estrous cycle (P=0.002). In adition gene expression in the CG, the ANGPT1 and ANGPT2 genes showed no difference (P=0.7749 and P=0.6875, respectively) and the TEK showed only the variation trend of expression among the groups (P=0.0645). VEGF, MMP2 and TEK showed similar pattern of expression between groups in CL (P=0.6739, P=0.5273 and P=0.4288 respectively). The L2 and the Piau breed showed greater expression than the L1 on the 10 day (P 0.05) in relation to ANGPT1 and ANGPT2. However only L1 showed an increase of the relationship ANGPT2 / ANGPT1 at day 14 ( P=0.0049). The results about gene expression in the CG demonstrate that further study on the follicular angiogenesis will be needed. Regarding CL, different pattern was observed in the expression of genes related to the regression process of different genetic groups females. Based on these results it is concluded that the commercial line 1 has a viiigreater length of the estrous cycle and higher follicular phase, although it presents lower luteal phase of that breed Piau.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-20T15:05:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 16390235 bytes, checksum: bf9c167c7ae478892635d42c1cdc9bff (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-20T15:05:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 16390235 bytes, checksum: bf9c167c7ae478892635d42c1cdc9bff (MD5) Previous issue date: 2015-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Características reprodutivas em suínos como numero de natimortos (SB), numero total de nascidos (TNB) e numero de tetos (NT) são amplamente incluídos em programas de melhoramento devido suas importâncias na indústria. Ao contrário da maioria dos estudos de associação, que consideram fenótipos contínuos com um enfoque Gaussiano, estas características são conhecidas como variáveis discretas, podendo assim, potencialmente seguir outras distribuições como a Poisson. Além disso, apesar de haver vários estudos de associação genômica ampla (GWAS) sendo realizados, somente alguns vem explorando os significados biológicos dos genes identificados nestes estudos. O presente trabalho, usando análises pós-GWAS, fornece uma valiosa fonte de informações sobre genes identificados a partir de estudos de associação para características reprodutivas. As analises de distribuição em modelos genômicos demonstraram a importância em considerar modelos de contagem para SB. Além do mais, diferentes grupos de SNPs e blocos de QTL relevantes entre e dentro de cada estudo foram identificados, direcionando para a possibilidade de diferentes grupos de genes estarem desempenhando funções biológicas relacionadas a uma única característica. Deste modo, destacamos que a diversidade genômica entre populações/ambientes deve ser observada em programas de melhoramento de modo que populações de referência especificas para cada população/ambiente sejam consideradas em estudos genômicos. Com base nestes resultados, nós demonstramos a importância das análises pós-GWAS aumentando o entendimento biológico de genes relevantes para características complexas. / Reproductive traits in pigs, such as number of stillborn (SB), total number born (TNB) and number of teats (NT), are widely included in breeding programs due their importance to the industry. As opposite to most association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, these traits are characterized as discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. In addition, even though many genome wide association studies (GWAS) have been performed, only a few studies have explored biological meanings of genes identified. The present study provided a rich information resource about genes identified using genome wide association approaches for reproductive traits. The distribution analyses in genomic models, highlighted the importance in consider counting models for SB. Moreover, different sets of relevant SNPs and QTL blocks across and within the studies were identified leading to the possibility of different set of genes playing biological roles related to a single complex trait. Thereby, we highlighted the genomic diversity across population/environments to be observed in breeding programs in such a way that population/environments specific reference populations might be considered in genomic analyses. Based on these results, we demonstrated the importance of post-GWAS analyses increasing the biological understanding of relevant genes for complex traits.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T14:24:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 829966 bytes, checksum: a8d60c6e89fcd3f90f9b32b2ba74816d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T14:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 829966 bytes, checksum: a8d60c6e89fcd3f90f9b32b2ba74816d (MD5) Previous issue date: 2016-07-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Marmoreio ou gordura intramuscular (IMF) é um componente importante da produção animal, já que é um dos principais fatores para a qualidade de carne. IMF é alcançada pela adipogênese, processo de proliferação e diferenciação de pré-adipócitos, e pela lipogênese, com a assimilação subsequente de lipídeos. A compreensão dos eventos que ocorrem durante a diferenciação de pré-adipócitos tem avançado consideravelmente nos últimos anos e baseou-se principalmente no uso de cultura de tecidos. Os modelos animais podem ser utilizados não apenas para a melhor compreensão da deposição de gordura, mas também como modelos para maior compreensão sobre os mecanismos moleculares subjacentes a determinadas condições humanas. Além disso, a diferenciação em adipócitos tem muitas implicações para doenças em humanos. É sabido que esta diferenciação envolve uma cascata transcricional, de modo que o presente estudo proporciona conhecimento sobre genes e fatores de transcrição utilizando a técnica de RT-qPCR, envolvidos na diferenciação de pré-adipócitos em adipócitos maduros comparando duas raças divergentes de suínos. Os resultados mostram que alguns genes são diferencialmente expressos entre a linhagem comercial e a raça Piau. Além disso, um estudo de expressão gênica e um estudo proteômico são fornecidos revelando os efeitos da vitamina A sobre a adipogênese em bovinos, revelando efeito negativo sobre a adipogênese. Assim, destacamos a importância da expressão gênica e dos estudos proteômicos para aumentar a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na adipogênese. / Marbling or intramuscular fat (IMF) is an important component of livestock production, as it is a major factor in the overall meat quality. IMF is achieved by adipogenesis, the process of proliferation and differentiation of preadipocytes, and lipogenesis, with the subsequent assimilation of lipid. The understanding of events that occur during preadipocyte differentiation has advanced considerably in the last few years and has relied mainly on the use of tissue culture models of adipogenesis. Animal models can be used not only for a better understanding of fat deposition in livestock, but also as models to an increased comprehension on molecular mechanisms behind human conditions. Furthermore, adipocyte differentiation has many implications for human disease conditions. It is well known that this differentiation involves a transcriptional cascade, so the present study provided knowledge about genes and transcription factors using RT-qPCR technique, involved in differentiation of preadipocytes into mature adipocytes comparing two divergent pig breeds. The results show us that some genes are differentially expressed between commercial line and Piau breed. Moreover a gene expression and a proteomic study are provided revealing the effects of vitamin A on adipogenesis in cattle, revealing the negative effect on adipogenesis. Thereby, we highlighted the importance of gene expression and proteomic studies to increase the understanding of molecular mechanisms underlying adipogenesis.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T19:00:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 240431 bytes, checksum: 153b3bb50df42114c17fa4b8d8a58a40 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T19:00:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 240431 bytes, checksum: 153b3bb50df42114c17fa4b8d8a58a40 (MD5) Previous issue date: 2005-12-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Registros de características de desempenho e reprodutivas de duas linhas puras de suínos da raça Large (L1 e L2) e uma linha (L3) formada pelo cruzamento entre linhas L1 e L2 foram utilizados para avaliar a divergência genética entre as duas linhas, estimar a heterose direta e seu comportamento ao longo das gerações, estudar a divergência genética entre grupos genéticos constituintes da linha L3, testar diferentes modelos na avaliação genética da linha L3 e avaliar a ocorrência de heterogeneidade de variâncias entre grupos genéticos e seu efeito na classificação dos animais pelo valor genético. A divergência genética foi avaliada utilizando-se técnicas de análise multivariada, as estimativas de heterose foram obtidas por meio de contrastes entre médias dos grupos genéticos e a significância estatística dos contrastes entre médias foi verificada computando-se a estatística t. As estimativas dos componentes de variâncias foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste de razão de verossimilhança foi aplicado para identificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética animal, com a ressalva de que no modelo unicaracterística se assumiram variâncias homogêneas entre os grupos genéticos, e no modelo tricaracterística foi considerada a expressão da característica em cada grupo genético como uma característica diferente. A partir do arquivo com os valores genéticos estimados dos animais com os dois diferentes modelos, obteve-se a correlação de ordem entre as classificações dos animais. As duas linhas puras avaliadas (L1 e L2) apresentaram divergência genética tanto para características de desempenho quanto para reprodutivas. A estimativa de heterose direta na geração F1 foi de 8,74% para número de leitões nascidos total (NLN), 8,50% para número de leitões nascidos vivos (NLNV), 2,41% para ganho de peso diário (GPD) e ausente para peso da leitegada ao nascimento (PLN). Os efeitos de heterose nas gerações F2 e F3 ocorreram apenas para GPD, observando redução do efeito de heterose ao longo das gerações para NLN e NLNV. Os grupos genéticos que constituem a linha L3 (F1, F2 F1xF2 e F3) apresentaram divergência genética, ressaltando-se que a análise de agrupamento indicou que eles poderiam ser agrupados em dois grupos: I constituído por F2, F1xF2 e F3, e II que engloba apenas o grupo genético F1. Nas três características (NLNV, PLN e GPD) em que se avaliou o modelo mais adequado, o tricaracterística foi o mais indicado, evidenciando-se a existência de heterogeneidade de variâncias entre os grupos genéticos avaliados. Nas três características, as maiores estimativas de herdabilidades foram obtidas no grupo genético F3 e as menores, no grupo genético F1. As correlações de ordem obtidas indicam que a heterogeneidade de variância exerce mais efeito na classificação dos animais na característica ganho de peso diário do que no número de leitões nascidos vivos e peso da leitegada ao nascimento. / Data on reproductive and performance traits of two purebred Large White lines (L1 and L2) and a crossbred line L3 (L1 X L2) were used to evaluate the genetic divergence between the two lines; estimate the direct heterosis and its effects over generations; study the genetic divergence between the genetic groups forming line L3; test different models for the genetic evaluation of line L3; and evaluate the occurrence of variance heterogeneity between genetic groups and its effect on swine classification via genetic value. The genetic divergence was evaluated using multivariate analysis; heterosis estimates were obtained by contrasts between the genetic group means; and the significance of contrasts between means was tested by t-statistics. Variance component estimates were obtained by restricted maximum likelihood (REML). REML was used to identify the most suitable model for swine genetic evaluation, with the restriction that in the one-trait model it was assumed homogeneous variances between the genetic groups, and in the three-trait model the expression of the trait in each genetic group was considered as a different trait. The order correlation between animal classification was obtained from the estimated genetic values in the two different models. The two evaluated purebred lines (L1 and L2) showed genetic divergence for both performance and reproductive traits. The estimates of direct heterosis for F1 generation was 8.74% for total born pigs (NLN), 8.50% for live born pigs (NLNV), 2.41% for daily weight gain (GPD) and absent for litter birth weight (PLN). The effect of heterosis on F2 and F3 generations only occurred for GPD, with reduction of the heterosis effect over the generations for NLN and xNLNV. The genetic groups forming L3 line (F1, F2 F1xF2 and F3) showed genetic divergence, and the grouping analysis indicated that they could be grouped in two clusters: Group I comprising F2, F1xF2 and F3, and Group II comprising only the F1 group. The three evaluated traits (NLNV, PLN and GPD) indicated the three-trait model as being the most suitable, proving the existence of variance heterogeneity between the studied genetic groups. The highest heritability estimates were obtained in the F3 group, and the lowest estimates in the F1 group, for the three traits. The order correlations indicate that the variance heterogeneity has more effect on animal classification for daily weight gain than for live born pigs and litter birth weight.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-07T08:37:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 547915 bytes, checksum: 0d374c32918995aef952077ae2859d38 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T08:37:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 547915 bytes, checksum: 0d374c32918995aef952077ae2859d38 (MD5) Previous issue date: 2015-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo deste estudo foi avaliar padrão de expressão gênica das isoformas de cadeia pesada miosina em suínos de três diferentes grupos genéticos em quatro idades. 48 machos castrados dos grupos genético Piau, Comercial e Cruzado (Comercial x Piau), foram abatidos ao nascimento, 56, 112 e 156 dias. Amostras do músculo Longissimus dorsi foram retiradas para extração de RNA. A expressão de MyHC I, IIA MyHC, MyHC IIX e MyHC IIB foram analisadas por PCR quantitativo em tempo real (qPCR). Foram observadas interações entre grupos genéticos e idades para MyHC I, MyHC IIA e MyHCIIB. A expressão de MyHC I foi significativamente diferente entre o nascimento e 56 dias em Piau e Cruzado, principalmente no Piau, que mostrou queda de 81 vezes (P <0,0001). No nascimento, a expressão de MyHC I em Piau foi cerca de 23 e 9,6 vezes maior do que em Comercial (P = 0,0028) e Cruzado (P = 0,0258), respectivamente, o que explica a maior proporção de transcritos de MyHC I em Piau. A expressão de MyHC IIA foi significativamente maior ao nascimento em comparação com 56 dias para todos os grupos genéticos, especialmente em Comercial (P <0,001, Fold Change = 16,04). A expressão de MyHC IIA aos 56 dias em Comercial foi de 3,76 (P = 0,0346) e 5,4 vezes menor (P = 0,0082) do que Cruzudos e Piau, respectivamente. A diferença na expressão de MyHC I e MyHC IIA entre grupos genéticos ao nascimento pode ser explicado pelo desenvolvimento embrionário. A expressão de MyHC IIB em relação ao nascimento, ao contrário do MyHC I e MyHC IIA, teve um aumento significativo entre as idades com valor mais elevado aos 156 dias em Comercial (P <0,001, Fold Change = 110,22) e Cruzado (P = 0,014, Fold Change = 10,49), enquanto em Piau foi aos 112 dias (P= 0,012, Fold Change = 24,34). Houve uma reversão da proporção de MyHC oxidativas (MyHC I e MyHC IIX) para MyHC glicolíticas (MyHC IIX e MyHC IIB) em todos os grupos genéticos no entanto, as taxas dessa reversão foram diferentes. A inflexão precoce em Piau e Cruzado pode ser devida à diferença no particionamento de energia submetida a síntese de proteína e/ou de lipídios, e as respectivas eficiências de síntese. Comercial e Cruzado aos 56 dias demonstra maior proporção de isoformas oxidativas do que Piau (valor de P = 0,012, P = 0,023), enquanto que a 112 e 156 dias Piau mostra maior proporção destas isoformas comparado de Comercial. A diferença de proporção MyHC entre os grupos genéticos são causados pela diferença na expressão de MyHC oxidativo. / The objective of this study was to evaluate gene expression pattern of myosin heavy chain isoforms in pigs of three different genetic groups at four ages. 48 castrated males of Piau, Commercial and Crossbred (Piau X Commercial) genetic group, slaughtered at birth, 56, 112 and 156 days. Longissimus dorsi muscle samples were taken for RNA extraction. The expression of MyHC I, MyHC IIA, MyHC IIX and MyHC IIB were analyzed by quantitative PCR (qPCR). Interactions between genetic groups and slaughtered ages to MyHC I, MyHCII A and MyHC IIB relative transcript abundance were observed. The expression of MyHC I was significantly different between birth and 56 days in Piau and Crossbred, mainly in Piau, which showed 81-fold decrease (P < 0.0001). At birth the expression of MyHC I in Piau was nearly 23 and 9.6 times greater than Commercial (P = 0.0028) and Crossbred (P = 0.0258), respectively, explaining the higher proportion of MyHC I transcripts in Piau. The expression of MyHC IIA was significantly higher at birth in comparison to 56 days for all genetic groups, especially in Commercial (P < 0.001, FC=16.04). The expression of MyHC IIA at 56 days in Commercial was 3.76 (P = 0.0346) and 5.4 times lower (P = 0.0082) than Crossbred and Piau. The difference in expression of MyHC I and MyHC IIA across genetic groups at birth can be explained by embryonic development .The expression of MyHC IIB relative to birth, contrary to MyHC I and MyHC IIA, had a significant increase across the ages with highest value at 156 days in Commercial (P < 0.001, FC = 110.22) and Crossbred (P = 0.014, FC=10.49) while in Piau was at 112 days (P = 0.012, FC = 24.34). There was a reversion of proportion of oxidative MyHC (MyHC I and MyHC IIX) to glycolytic MyHC (MyHC IIX and MyHC IIB) in all genetic groups however the rates of this reversion were different. The earlier inflexion in Piau and Crossbred may be due to the difference in partitioning of energy undergoing to protein and/or lipid synthesis, and the respective efficiencies of synthesis. Commercial and Crossbred at 56 days shows higher proportion of oxidative isoforms than Piau (P-value=0.012, P-value=0.023) while at 112 and 156 days Piau shows higher proportion of these isoforms compared to Commercial. The difference of MyHC proportions across genetic groups are caused by difference in expression of oxidative MyHC.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-20T15:08:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752976 bytes, checksum: 5dc0767b007ff80cf5270e1487a3cb18 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T15:08:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752976 bytes, checksum: 5dc0767b007ff80cf5270e1487a3cb18 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se, com este estudo, contribuir para a implementação da metodologia bayesiana na avaliação nutricional animal e analisar resultados de pesquisas para determinação da proteína bruta em dietas de suínos da raça naturalizada brasileira Piau. Para tanto, foi utilizado um banco de dados originado de um experimento realizado no ano de 2012, em que foi avaliada a exigência de proteína bruta de suínos da raça naturalizada brasileira Piau. O experimento foi conduzido por meio de em um delineamento inteiramente casulizado, sendo considerado um esquema fatorial 4 x 2 (quatro níveis de proteína bruta e dois sexos) com 24 repetições. Os tratamentos consistiram em níveis de proteína, sendo considerados 10,2%, 12,6%, 15% e 17,4% na fase inicial; 9,6%, 12,0%, 14,4% e 16,8% na fase de crescimento; e 9,0%, 10,6%, 12,2% e 13,8% na fase de terminação. Durante estas três fases de desempenho foram avaliados o consumo total de ração, consumo diário de ração, ganho de peso total, ganho de peso diário, espessura de toucinho, ganho em espessura de toucinho e conversão alimentar. Após as avaliações na fase de terminação, os animais foram abatidos e avaliados os principais cortes e medidas das carcaças. As análises estatísticas foram realizadas seguindo três modelos bayesianos, caracterizados por: Modelo I) ausência do efeito aleatório de animal; Modelo II) inclusão do efeito aleatório de animal, mas desconsiderando o parentesco entre os animais; e o Modelo III) inclusão do efeito aleatório de animal, mas considerando a matriz de parentesco entre os animais. Considerando o valor do DIC (Critério de Informação da “Deviance”), o modelo III apresentou o melhor ajuste para todas características de desempenho e carcaça, sendo utilizado para a realização das inferências sobre todos efeitos do modelo. O efeito de sexo foi significativo apenas na fase de crescimento, evidenciando diferença de desempenho entre os animais machos castrados e fêmeas nesta fase. O efeito de interação entre os níveis de proteína bruta e o sexo não foi significativo nas características avaliadas, sendo este resultado encontrado em todas fases e nas avaliações das características de carcaças, demonstrando que o desempenho das duas classes de sexo foram semelhantes dentro de cada tratamento. Os níveis de proteína bruta não influenciaram significativamente as características de desempenho avaliadas durante as fases inicial, de crescimento e terminação. Para as avaliações das características de carcaça, foi encontrado efeito significativo dos níveis de proteína bruta apenas na medida do peso da paleta, que variou de forma quadrática reduzindo até o nível de 12,07%. A metodologia bayesiana mostrou-se eficiente e de fácil interpretação, sendo indicada para avaliações nutricionais animal. A inclusão da informação de parentesco nas análises, foi de grande importância na estimação e interpretação dos efeitos incluídos no modelo. A partir dos resultados obtidos, os níveis de 10,2%, 9,6% e 9,0% de proteína bruta foram os indicados para suínos da raça naturalizada brasileira Piau nas fases inicial, de crescimento e terminação, respectivamente. / For this, we used a database originated from an experiment conducted in 2012, in which was evaluated the requirement of crude protein in pig diets of local breed Piau. Animals were assigned to treatments in completely randomized design, in a factorial system 4x2 (four levels of crude protein and both sexes) with 24 replications. Treatments were crude protein levels considering 10.2%, 12.6%, 15% and 17.4% during the initial phase; 9.6%, 12.0%, 14.4% and 16.8% during the growing phase; and 9.0%, 10.6%, 12.2% and 13.8% during the finishing phase. Were evaluated the total feed intake, daily feed intake, total weight gain, average daily gain, backfat thickness, backfat thickness gain and feed conversion. After the finishing phase, animals were slaughtered to evaluate major cuts and carcasses measures. Statistical analyzes were performed following three bayesian models, in which they were characterized by: Model I) absence of random effect of animal; Model II) inclusion of random effect of animal but without using the relationship between the animals; and the Model III) including the random effect of animal, but considering the relationship matrix. Considering the DIC (Deviance Information Criterion), Model III presented the best data fit for all performance and carcass traits; therefore, it was used to make the inferences about all model effects. The sex effect was significant only in the growing phase, showing difference on performance of barrows and gilts. The interaction effect between crude protein levels and sex was not significant in the evaluated traits, and this result was observed in all phases and carcass traits, showing that barrows and gilts performance were similar in each treatment. There were no significant influences of crude protein levels on performance of evaluated traits during the initial, growing and finishing phases. Considering the carcass traits evaluation, significant effect of crude protein levels was detected only on shoulder weight, which exponentially changed up to the level of 12.07%. The Bayesian methodology was efficient and easy of interpretation, therefore being indicated for nutritional animal evaluation. Based on these results, the 10.2%, 9.6% and 9.0% of crude protein levels were indicated for local breed Piau pigs during the initial, growing and finishing phases, respectively.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-16T15:48:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 691384 bytes, checksum: aab815327caf398b574398b645aac346 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T15:48:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 691384 bytes, checksum: aab815327caf398b574398b645aac346 (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A seleção genômica, ou seleção genômica ampla foi proposta com a finalidade de otimizar o processo de melhoramento genético utilizando simultaneamente dados fenotípicos e genotípicos por meio de marcadores SNP’s, presentes em todo o genoma. Várias metodologias têm sido implementadas, principalmente utilizando regressão linear e considerando os efeitos dos marcadores fixos (BLUP, LS, etc.) ou considerando os efeitos aleatórios (Bayes A, Bayes B, LASSO Bayesiano, dentre outras). Em geral, tais metodologias analisam cada característica individualmente, ou seja, os resultados obtidos são válidos apenas para uma única variável. Entretanto, em programas de melhoramento o interesse recai em ganhos para mais de uma característica conjuntamente. Dessa forma, desenvolver uma abordagem que trabalhe com análises que considerem várias características simultaneamente pode ser interessante, visto que poderíamos estudar um conjunto de caracteres importantes conjuntamente. Uma metodologia possível de ser utilizada para este fim é a análise fatorial (ou análise de fatores - AF). Tal metodologia permite a obtenção de variáveis latentes (fatores comuns) que representam um conjunto das variáveis originais. A partir de então, análises posteriores podem ser realizadas utilizando as variáveis latentes criadas. Diante do exposto, o principal objetivo deste trabalho foi propor a utilização da análise de fatores para criação de variáveis latentes altamente associadas às variáveis fenotípicas originais, de modo que possamos estimar o mérito genético para os indivíduos considerando várias variáveis simultaneamente. Objetivou-se também comparar os resultados obtidos com aqueles advindos das análises individuais. Para tanto, foram utilizados dados fenotípicos e genotípicos provenientes de 345 suínos obtidos pelo cruzamento das raças Piau e Comercial, oriundos da Granja de Melhoramento de Suínos do Departamento de Zootecnia da Universidade Federal de Viçosa (UFV), no período de novembro de 1998 a julho de 2001, utilizando 237 marcadores SNP’s e 41 variáveis fenotípicas. No primeiro capítulo foi aplicada a análise de fatores para verificar a estrutura de associação entre as variáveis e averiguar a que fator cada variável pertence, onde são identificados os fatores interpretáveis. No segundo capítulo, técnicas bayesianas de seleção genômica ampla foram aplicadas nas variáveis latentes interpretáveis para predição do mérito genético e seleção dos indivíduos, comparando assim os resultados com o que foi encontrado para as variáveis fenotípicas individualmente. Os resultados obtidos indicam que a aplicação da análise de fatores para obtenção de variáveis latentes que representam um conjunto de caracteres para posterior uso em seleção genômica ampla se mostrou eficiente, visto que apresentou valores de acurácia semelhantes aos encontrados considerando as análises individuais das variáveis e alta concordância entre os indivíduos selecionados considerando a variável latente e as variáveis individuais. / Genomic selection, or genome-wide selection was proposed in order to optimize breeding process using both phenotypic and genotypic data by SNP's markers, present throughout the genome. Various methodologies have been implemented mostly using linear regression and considering the effects of fixed markers (BLUP, LS, etc.) or considering the random effects (The Bayes, Bayes B, Bayesian LASSO, among others). In general, such methods analyze each feature individually, or the results obtained are valid only for a single variable. However, in breeding programs interest falls in earnings to more than one feature together. Thus, developing an approach that works with analyzes that consider various features can be simultaneously interesting, because we could study a number of important characters together. One possible method to be used for this purpose is the factor analysis (or analysis of factors - AF). This methodology allows obtaining latent variables (common factors) that represent a set of original variables. Since then, further analysis can be performed using the latent variables created. Given the above, the main objective of this work was to propose the use of factor analysis for creating highly latent variables associated with the original phenotypic variables, so that we can estimate the genetic merit for individuals considering several variables simultaneously. The objective is to also compare the results with those arising from the individual reviews. Therefore, phenotypic and genotypic data from 345 pigs obtained by crossing the breeds were used Piau and Trade, coming from the Farm Improvement Pigs Department of Animal Science of the Federal University of Viçosa (UFV), from November 1998 to July 2001, using 237 markers SNP's and 41 phenotypic variables. In the first chapter was applied to factor analysis to assess the association structure between variables and determine the factor which each variable belongs, where interpretable factors are identified. In the second chapter, Bayesian techniques of genome-wide selection were applied in interpretable latent variables to predict genetic merit and selection of individuals, and compare it to what was found for the phenotypic variables individually. The results indicate that the application of the factor analysis to obtain latent variables representing a character set for later use in genome wide selection proved to be efficient, since accuracy showed similar values to those found considering the analysis of individual variable and high agreement among the individuals selected considering the latent variable and individual variables.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T11:18:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T11:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) Previous issue date: 2004-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se, neste trabalho, detectar variantes alélicas do gene da Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração para construção de mapas de restrição e estudar as associações entre as variantes detectadas e características quantitativas avaliadas em animais F2, para possíveis aplicações em programas de melhoramento genético de suínos. A Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração (H-FABP), produto do gene FABP3, é uma proteína da família das FABPs. O gene, que está localizado no cromossomo suíno seis, foi seqüenciado em animais parentais de um cruzamento F2 entre varrões da raça nativa brasileira Piau e fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). Os animais tiveram seu DNA extraído de células brancas do sangue e amplificado por meio da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os primers usados na reação foram desenhados para amplificar os quatro éxons do gene. Os fragmentos amplificados foram seqüenciados em sequenciador automático ABI PRISM 310 (Applied biosystems). Os fragmentos gerados foram comparados com a seqüência do gene depositada no GenBank. Foram notadas divergências entre as seqüências geradas e as do GenBank, tanto em alguns animais Piau quanto em algumas fêmeas comerciais. Essas alterações serviram como marcas para associações dos polimorfismos desse gene, com características quantitativas. Construiu-se um mapa de restrição, permitindo a identificação de enzimas que reconhecessem as alterações nas seqüências analisadas. Neste estudo, utilizou-se a enzima de restrição Hinf I, que reconheceu o sítio polimórfico presente no primeiro fragmento amplificado, na posição 108, caracterizado pela deleção de uma base Timina (T). Foram genotipados 246 animais F2 por meio da reação de restrição. Dois genótipos foram identificados, sendo 198 animais HH e 48 animais Hh. O polimorfismo estudado apresentou efeito significativo para as características: peso aos 63 dias de idade (p=0,1528), idade ao abate (p=0,0110), comprimento de carcaça pelo método americano (p=0,1789), espessura de toucinho imediatamente após a última costela (p=0,0449), espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar (p=0,1199), espessura de toucinho medida na carcaça direita resfriada na região da última costela, a partir de corte transversal no carré, a 6,5cm da linha dorso-lombar (p=0,1377), comprimento do intestino (p=0,0287), peso total de copa (p=0,1623), peso da copa sem pele e sem capa de gordura (p=0,1271), peso total de carré (p=0,0442), peso de papada (p=0,0195), peso de filezinho (p=0,0867), peso de rim (p=0,0028) e pH 45 minutos após o abate (p=0,1256). Os resultados obtidos indicam que o gene da H-FABP possui potencial para aplicação em programas de seleção assistida por marcadores moleculares para características de interesse econômico na cadeia produtiva de suínos. / The objectives of this study were to identify genetic polymorphisms in the Heart Fatty Acid Binding Protein gene for construction of restriction maps and to study associations between the polymorphisms detected and quantitative traits evaluated in F2 animals, to use in genetic improvement in animal production. The Heart Fatty Acid Binding Protein (H-FABP), the product of the gene FABP3, is a protein of the family of the FABPs. This gene, that is located in the swine chromosome number six, was sequenced in parental animals of a F2 crossing between boars of the Brazilian native breed Piau and commercial sows (Landrace x Large White x Pietrain). The DNA of animals was extracted of white cells of blood and amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Primers used in the reaction were drawn to amplify four exons of the gene. The PCR products were sequenced in ABI PRISM 310 (Applied biosystems). The sequences were compared with the sequence of the gene deposited in the GenBank. Divergences between the generated sequences and the GenBank sequences were noticed in both genetics groups. A restriction map was constructed allowing the identification of enzymes that recognize the alterations in the analyzed sequences. In this study, was used enzyme of restriction Hinf I, that recognize the polymorphism in the position 108 in sequence I, characterized by the absence of a Thymine (T). Using the restriction reaction, 246 F2 animals were genotyped. Two genotypes were identified, 198 HH animals and 48 Hh animals. The polymorphism was significantly associated with: weight at 63 days of age (p=0.1528), slaughter age (p=0.0110), carcass length by the american carcass classification method (p=0.1789), backfat thickness after last rib (p=0.0449), backfat thickness between last 1st-2nd lumbar vertebrae (p=0.1199), backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (p=0.1377), intestine length (p=0.0287), total boston shoulder weight (p=0.1623), skinless and fatless boston shoulder weight (p=0.1271), loin (bone- in) weight (p=0.0442), jowl weight (p=0.0195), sirloin weight (p=0.0867), kidney weight (p=0.0028) and pH evaluated at 45 minutes after slaughter (p=0.1256). These results show that H-FABP gene has potential for application in programs of marker assisted selection for quantitative traits in swine.