Salmonella é uma bactéria Gram-negativa, que compreende cerca de 2.500 sorotipos, muitos dos quais relevantes para humanos e animais; contamina alimentos e água, apresentando-se como um grande problema de saúde pública em todo o mundo. Causa infecção acompanhada de diferentes manifestações clínicas, mais comumente gastroenterite, e pode progredir, embora menos frequentemente, para septicemia e morte, especialmente em indivíduos jovens. Também é responsável pela febre entérica, caracterizada pela disseminação da bactéria pelo sistema reticuloendotelial via macrófagos para linfonodos, fígado e baço. O presente trabalho realizou um levantamento bibliográfico com vistas a averiguar os principais aspectos relativos à Salmonella discutidos na última década. Constatou-se que, no geral, os sorotipos mais prevalentes são S. Enteritidis, seguida de S. Typhimurium e, em regiões em desenvolvimento, há alta prevalência de S. Typhi e ,em menor proporção, de S. Paratyphi A. Em publicações que relatam surtos provocados por salmonelas, S. Typhimurium é o sorotipo mais prevalente, seguido de S. Enteritidis. Os fatores de virulência mais referidos são hil, spv, sop, sif, sse e inv. A resistência a antimicrobianos utilizados no tratamento de salmonelose é bastante discutida e são apontadas altas taxas de resistência e, inclusive, multirresistência principalmente à ampicilina, cloranfenicol e tetraciclina. Os antimicrobianos mais indicados atualmente para tratamento de salmonelose são ciprofloxacina e ceftriaxona, ainda que estudos apontem para o desenvolvimento de resistência a estes fármacos. Outros antimicrobianos indicados são cefixima, ceftazidima e imipenem, embora recomendados apenas em casos de falha no tratamento com fluoroquinonas e cefalosporinas de terceira geração, devido a fatores como alto custo e maior propensão ao desenvolvimento de efeitos colaterais. Os genes que intermediam a resistência a antimicrobianos estão normalmente contidos em plasmídios ou integrons, especialmente integron classe 1, os quais podem também estar abrigados em plasmídios ou no cromossomo da bactéria, especialmente em uma região chamada de ilha genômica 1 de Salmonella (SGI1). Os principais genes que conferem resistência a antimicrobianos mencionados são: drf, aad, tet, str, sul e flo. A resistência a antimicrobianos também é conferida por enzimas beta-lactamases de amplo espectro, cujos principais genes responsáveis por sua codificação são blaCTM-X, blaTEM e blaPSE. Na epidemiologia da salmonelose, os vetores mais relevantes para a contaminação pela bactéria são ovos, principalmente, além de carne bovina e leite, frutas, vegetais especialmente o tomate , carne aviária e suína. Como medidas profiláticas, são indicadas práticas de higienização de alimentos e utensílios utilizados em seu preparo e a lavagem das mãos após a manipulação de comida, assim como boas práticas de fabricação na cadeia de produção de alimentos. Em regiões em que a febre entérica é prevalente, recomenda-se o consumo de água engarrafada ou após fervimento e cuidado com a água utilizada para lavagem de frutas e verduras a serem ingeridas. Com relação à salmonelose em cães, há poucas publicações a respeito; dentre estas, há dois temas preferencialmente discutidos: a associação da contaminação de Salmonella pelo homem via cão de estimação ou contato com ração ou guloseimas caninas; e a resistência a antimicrobianos de salmonelas isoladas em cães. / Salmonella is a Gram-negative bacteria comprising around 2.500 serotypes, many of these relevant to human and animals; the pathogen contaminates food and water, posing as a major public health concern worldwide. It causes an infection with variable clinical manifestations, most commonly gastroenteritis. Although less frequently, the disease can progress, to septicemia and death, especially in young individuals. It is also responsible for enteric fever, characterized by the spread of the bacteria by the reticuloendothelial system via macrophages to lymph nodes, liver and spleen. The present work constitutes a literature review and intent to inquire the main aspects related to Salmonella discussed in the last decade. It was verified that, generally, the most prevalent serotypes are S. Enteritidis, followed by S. Typhimurium; in developing regions, S. Typhi and, in a lesser proportion, S. Paratyphi A are highly prevalent. In Salmonella´s outbreaks reports, S. Typhimurium is the most prevalent serotype mentioned, followed by S. Enteritidis. The virulence factors most pointed are hil, spv, sop, sif, sse and inv. Salmonellosis treatment failures caused by antimicrobial resistance are very discussed and high rates of resistance are pointed, including multidrug resistance, mainly to ampicillin, chloramphenicol and tetracycline. Currently, the drugs most indicated to treat salmonellosis are ciprofloxacin and ceftriaxone, even though studies point to the development of resistance to these drugs. Others antimicrobials indicated are cefixime, ceftazidime and imipenem, although they are recommended only in cases of fluoroquinonas and thirdgeneration cephalosporins treatment failure, due to cost and greater propensity to the development of side effects, etc. Antimicrobial resistance genes are normally harbored in plasmids and integrons, especially class 1 integron, which can also be housed in plasmids or within the chromosome, particularly in a region called Salmonella genomic island 1 (SGI1). The main antimicrobial resistance genes mencioned are: drf, aad, tet, str, sul and flo. The antimicrobial resistance is also conferred by extended-spectrum beta-lactamase enzymes, and the major genes involved in their prodution are blaCTM-XN, blaTEM and blaPSE. According to salmonellosis epidemiology, the most relevant vectors for the bacteria´s contamination are eggs, mainly, and also beef and milk, fruits, vegetables especially tomatoes , chicken and swine meat. As prophylaxis measures, it is recommended efficient hygiene practices in the preparation of food and washing hands and utensils properly after handling food, as well as good manufacturing practices in food production chain. In regions where enteric fever is prevalent, it is recommended the ingestion of bottled or boiling water and attention to the water used to clean fruits and vegetables. There are few studies about the subject. Among these, there were two mainly discussed themes: the association between man´s contamination by Salmonella through direct contact with dogs or dry dog food and dog treats; and the investigation of antimicrobial resistance among Salmonella isolated in dogs.

Introdução: As enzimas do grupo AmpC degradam cefalosporinas e cefamicinas e não são inibidas pelo ácido clavulânico, sulbactam ou tazobactam. Podem ser codificadas por genes de localização plasmidial ou cromossômica. A sua detecção tem importância epidemiológica, pois a expressão concomitante à perda de porinas em Enterobactérias pode levar à resistência aos carbapenêmicos, fármacos amplamente utilizados no tratamento de infecções graves. Os relatos de detecção de AmpC plasmidial no Brasil são escassos, mas a análise do perfil de sensibilidade de Escherichia coli isoladas de casos de infecções urinárias de pacientes atendidos em um laboratório privado da cidade de São Paulo, no período de 2006 à 2010, evidenciou um aumento considerável de resistência à cefoxitina, um marcador para expressão de AmpC plasmidial. Em 2006 a frequência era de 0,03% e em 2011 foi de 0,65%. Uma das hipóteses para esse aumento é a disseminação de clones ou de genes que codificam AmpC, transferidos em plasmídeos. Objetivo: Caracterizar os determinantes genéticos em E. coli com fenótipo compatível com produção de AmpC plasmidial. Material e métodos: Foram estudadas todas as E. coli isoladas de cultura de urina, não sensíveis à cefoxitina, detectadas no Fleury Medicina e Saúde em São Paulo, no período de 02 de janeiro a 01 de fevereiro de 2012. Os isolados foram avaliados fenotipicamente quanto à pureza, identificação da espécie e bloqueio enzimático com discos de cefoxitina e ceftazidima adicionados de ácido fenilborônico. A presença de genes que codificam AmpCs plasmidiais foi avaliada utilizando-se dois métodos distintos de PCR. Foi realizado o sequenciamento dos genes detectados. O desempenho do bloqueio enzimático com ácido fenilborônico foi determinado utilizando-se a PCR como padrão ouro. O perfil plasmidial e a clonalidade foram avaliados respectivamente por lise alcalina e ERIC-PCR. Resultados e conclusões: De um total de 2.494 E. coli 12 albergavam genes de AmpC plasmidial; a frequência de AmpC plasmidial foi portanto de 1,8% em pacientes hospitalizados 0,46% em pacientes ambulatoriais. O sequenciamento dos genes que codificam AmpCs plasmidiais evidenciou tratarem-se de 11 blaCMY-2 e uma blaCMY-4. O melhor desempenho do teste fenotípico com cefoxitina, ceftazidima e ácido fenilborônico foi obtido quando utilizados um mínimo de 5 mm de diferença entre o halo de inibição com o disco adicionado de ácido fenilborônico e puro para cefoxitina e ceftazidima. Com esses parâmetros a sensibilidade foi de 100,0%, a especificidade de 100%, o valor preditivo positivo 100 % e valor preditivo negativo 100%. Foi observada a presença e disseminação de três grupos clonais de E. coli produtoras de CMY entre hospitais na cidade de São Paulo. / Introduction: AmpC enzymes can degrade cephalosporins and cephamycins and are not inhibited by clavulanic acid, sulbactam or tazobactam. They can be encoded by genes of plasmid or chromosomal location. Detecting these enzymes is epidemiologically important because their expression and concomitant porins loss in Enterobacteriaceae can lead to resistance to carbapenems, antimicrobials widely used to treat serious infections. Reports of detection of plasmidial AmpCs in Brazil are scarce, but the analysis of the susceptibility profile of Escherichia coli isolated from cases of urinary tract infection in patients attended in a private laboratory, located at the city of São Paulo, from 2006 to 2010 indicated a considerable increase in cefoxitin resistance, a marker for plasmidial AmpC expression. In 2006 the rate was 0.03% and in 2011 it was 0.65%. One hypothesis for this increase was the spread of clones or genes encoding AmpC transferred into plasmids. Objective: To characterize the genetic determinants in E. coli presenting a phenotype consistent with plasmidial AmpC production. Material and Methods: We studied all E. coli not susceptible to cefoxitin isolated in urine cultures at Fleury Medicine and Health, in São Paulo, during the period from January 2nd to February 1st 2012. The isolates were phenotypically evaluated for purity, species identification and enzymatic blockage with cefoxitin and ceftazidime disks with added phenylboronic acid. The presence of genes encoding plasmidial AmpCs was evaluated using two different PCR methods. Sequencing of the genes detected was obtained. The performance of the enzymatic blockage with phenylboronic acid was determined using PCR as a gold standard. The plasmid profile and clonality were evaluated respectively by alkaline lysis and ERIC-PCR. Results and conclusions: Among 2,494 E. coli isolates, 12 had genes encoding for plasmidial AmpC; consequently the frequency of plasmidial AmpC in E. coli was 1.8% in inpatients and 0.46% in outpatients. Sequencing of the genes encoding plasmidial AmpCs showed them to be blaCMY-2 and just one blaCMY-4. The better performance of the phenotypic test was obtained when at least 5 mm inhibition zone difference was observed between the disc of cefoxitin and ceftazidime with added phenylboronic acid. With these parameters the sensitivity was 100%, specificity 100%, positive predictive value 100% and negative predictive value 100%. The presence and the dissemination of three clonal groups of CMY producing E. coli was observed among hospitals located at the city of São Paulo

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Resumo: A salmonelose é uma das doenças de origem alimentar mais frequentes no mundo, causando diferentes sintomas, de acordo com o hospedeiro. Salmonella spp. é um dos principais micro-organismos patogênicos que contaminam frangos e seus derivados, representando um grande risco à saúde pública, tanto pelos seus fatores de virulência como pela multirresistência aos antimicrobianos. Assim, o objetivo desse trabalho foi caracterizar o potencial patogênico de Salmonella spp. isoladas de frangos obtidos no varejo, através da análise do perfil de virulência e resistência bacteriana aos antimicrobianos e sanitizantes utilizados na indústria e comércio varejista. Foram analisadas 56 isolados de Salmonella spp., com a identificação de 13 sorovares diferentes, sendo S. Enteritidis (42,8%) o mais frequente. Todos os isolados apresentaram os genes de virulência invA, sipB, sipD, sopB, ssaR, sifA, sitC, iroN, tolC, flgK, fljB e flgL. Os genes sopD e spvB estavam ausentes em cinco (8,9%) e 21 (37,5%) isolados, respectivamente. Foi observada a produção de biofilme em 27 (48,2%) isolados, sendo 13 (48,1%) cepas classificadas como fraca produtoras, 12 (44,4%) como moderadas e 2 (7,4%) foram classificadas como fortes produtoras. Nenhum isolado apresentou a enzima β-lactamase de espectro estendido (ESBL), porém detectou-se a presença de dos genes blaCMY-2 e blaNDM em 4 (7,1%) e 42 (75%) dos isolados, respectivamente. Em relação a ação dos sanitizantes, 90% dos isolados foram eliminados na concentração... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Salmonellosis is one of the most common foodborne diseases in the world, causing different symptoms, according to the host. Salmonella spp. is one of the main pathogenic microorganisms that contaminate chickens and their derivatives, representing a great risk to public health, both for their virulence factors and for the multiresistance of antimicrobials. Thus, the objective of this work was to characterize the pathogenic potential of Salmonella spp. isolated from chickens, by analyzing the virulence profile and bacterial resistance to the antimicrobials and sanitizers used in the industry. We analyzed 56 strains of Salmonella spp., with S. Enteritidis (42.8%) being the most frequent. All isolates showed the virulence genes invA, sipB, sipD, sopB, ssaR, sifA, sitC, iroN, tolC, flgK, fljB and flgL. The sopD and spvB genes were absent in five (8.9%) and 21 (37.5%) isolates, respectively. Biofilm production was observed in 27 (48.2%) isolates, where 13 (48.1%) strains were classified as weak produced, 12 (44.4%) as moderate and 2 (7.4%) were classified as strong producers. No single isolate presented the extended-spectrum β-lactamase enzyme (ESBL), but detected a presence of the blaCMY-2 and blaNDM genes in 4 (7.1%) and 42 (75%) isolates, respectively. Regarding the action of the sanitizers, 90% of the isolates were eliminated in the concentration of 0.23% of peracetic acid and 0.44% of sodium hypochlorite, both before and after the sonication process. The isolates of Salmonella... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A mastite representa um grande desafio na pecuária leiteira, visto que é uma das afecções que mais acometem o rebanho bovino ocasionando grande impacto econômico. As bactérias são importantes agentes associados à enfermidade, sendo que as mais comumente encontradas são as do gênero Staphylococcus, associadas tanto às manifestações clínicas quanto subclínicas. A terapia antimicrobiana é usualmente requerida como tratamento, auxiliando as defesas do animal para a eliminação do agente invasor, sendo assim, de suma importância monitorar a sensibilidade dos patógenos aos antimicrobianos. Visto que a resistência aos medicamentos utilizados tem se tornado frequente, há a necessidade de estudos mais abrangentes sobre o assunto. Desta forma, o presente estudo avaliou 300 isolados de Staphylococcus provenientes de amostras de leite de bovinos com mastite clínica e/ou subclínica de propriedades de exploração leiteira. A espécie mais detectada nas análises foi S. aureus, e dentre os genes que codificam para adesinas e biofilmes os mais frequentes foram (eno, fib e fnbA) e (bap, icaA, icaD). A combinação mais frequente no tocante às adesinas foi eno-fib-fnbA, e para os biofilmes foram bap e bap-icaD. Os maiores índices de resistência foram verificados para os antimicrobianos betalactâmicos (amoxicilina, ampicilina e penicilina). Identificou-se as maiores frequências de sensibilidade para cefalotina, seguida pela oxacilina e gentamicina, e não foi detectada relação de concordância da oxacilina com os betalactâmicos. Avaliou-se a concentração mínima inibitória (MIC) para ampicilina, gentamicina, oxacilina e penicilina, para todas as cepas resistentes no antibiograma. Posteriormente, investigou-se os genes responsáveis pela codificação de resistência antimicrobiana, com os genes femA e femB sendo os mais comuns, porém o gene femA não foi detectado em todas as cepas de S. aureus. Os genes mecA e bla<//i>Z foram identificados, porém em baixa frequência, e o homólogo de mecA, o mecALGA251, somente em duas cepas. As informações obtidas podem ajudar em diferentes aspectos acerca dos perfis dos microrganismos no tocante aos fatores de virulência dos mesmos, permitindo novas abordagens relativas a terapias e medidas de prevenção à mastite. / Mastitis represents a major challenge in dairy farming, since it is one of the affections that most impact the cattle herd, causing great economic distress. Bacteria are important agents associated with the disease, and the most commonly found are those of the genus Staphylococcus, associated with both clinical and subclinical manifestations. Antimicrobial therapy is usually required as a treatment, assisting the animal\'s defenses to eliminate the invading agent, and it is therefore of paramount importance to monitor the susceptibility of pathogens to antimicrobials. Since resistance to drugs commonly used has become frequent, there is a need for more comprehensive studies on the subject. Thus, the present study evaluated 300 isolates of Staphylococcus from samples of dairy cattle from dairy farms. The most prevalent species in the analyses were S. aureus, and among the genes coding for adhesins and biofilms the most frequent combinations were (eno, fib and fnbA) and (bap, icaA, icaD). The most frequent combination for adhesins was eno-fib-fnbA, and for biofilms they were bap and bap-icaD. The highest resistance indices were verified for betalactam antibiotics (amoxicillin, ampicillin and penicillin). The highest frequencies of sensitivity were identified for cephalothin, followed by oxacillin and gentamicin, and no concordance relationship was found between oxacillin and betalactam. Minimum inhibitory concentration (MIC) for ampicillin, gentamicin, oxacillin and penicillin were performed for all strains resistant to the antibiogram. Subsequently, the genes responsible for the encoding of antimicrobial resistance were investigated, with the femA and femB genes being the most common, but the femA gene was not detected in all strains of S. aureus. The mecA and blaZ genes were identified, but at low frequency, and the mecA homolog, mecALGA251, was only found in two strains. The information obtained can help in different aspects about the microorganisms\' profiles regarding their virulence factors, allowing new approaches to therapies and mastitis prevention measures.

Os prejuízos causados por Escherichia coli patogênica para aves (APEC) na produção de aves é justificativa de pesquisas realizadas no mundo todo há décadas. Recentemente, o potencial zoonótico e a multirresistência das cepas desse patotipo têm sido alvo frequente dos trabalhos realizados com APEC. O objetivo desse trabalho foi caracterizar 225 cepas APEC isoladas de perus condenados por aerossaculite em abatedouros em relação à resistência a 14 antimicrobianos, perfil de virulência e grupos filogenéticos. 92% das amostras apresentaram perfil de multirresistência (MDR) e os índices mais altos de resistência foram a sulfonamidas (94%), tetraciclina (83%), eritromicina (82%), estreptomicina (60%), amoxicilina (53%) e ácido nalidíxico (48%). Metade das cepas foram classificadas no grupo filogenético B2 (50%), seguido por B1 (28,6%), grupo A (17,1%) e grupo D (4,8%). Os genes de virulência pesquisados tiveram prevalência de iroN (95%), iss (93%), cvi/cva (67%), iucD (67%), tsh (56%), irp2 (51%), ibeA (31%), vat (24%), neuS (19%), astA (17%) e papC (15%). Considerando o potencial zoonótico e a associação a um maior número de genes de virulência quando comparadas aos outros grupos filogenéticos, as cepas B2 foram selecionadas para pesquisa de integrons de classe 1 e clonalidade. As 112 amostras B2 eram pertencentes a 83 diferentes perfis ERIC, sendo classificadas como multiclonais. Os integrons de classe 1 estiveram presentes em 107 isolados (95,5%). Esses resultados demonstram que a maioria das cepas pesquisadas pertencia ao grupo mais virulento (B2) e relacionado a cepas ExPEC humanas. Aliado ao alto índice de multirresistência encontrado, esses dados sugerem que as aves podem servir como reservatório de cepas patogênicas e multirresistentes, tanto para humanos como para animais, reforçando a ideia de que as aves representem importante papel na cadeia epidemiológica das ExPEC. / Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) has been studied for decades because of its economic impact on the poultry industry. Recently, the zoonotic potential of APEC and multidrug-resistant strains have emerged. The aim of this study was to investigate the virulence profile, phylogenetic background and antimicrobial resistance in 225 strains of Escherichia coli isolated from turkeys presenting airsacculitis. The results showed that 92% of strains presented a multidrug-resistance (MDR) profile, and the highest levels of resistance were to sulfamethazine (94%), tetracycline (83%). Half of these strains (112/225) were classified in phylogenetic group B2, followed by groups B1 (28.6%), A (17.1%) and D (4.8%). The prevalence of virulence genes was as follows: iroN (95%), iss (93%), cvi/cva (67%), iucD (67%), tsh (56%), irp2 (51%), ibeA (31%), vat (24%) neuS (19%), astA (17%) and papC (15%). Considering the zoonotic potential and association to a greater number of virulence genes when compared to other phylogenetic groups, B2 strains were selected for screening of class 1 integrons and clonality. The 112 samples belonging to 83 ERIC profiles and classified as multiclonal. Class 1 integrons were present in 107 isolates (95.5%).These results demonstrate that the majority of the investigated strains belonged to group B2, which is more virulent and is related to human ExPEC strains. Coupled with the high rate of multidrug-resistance found, these data suggest that turkeys may serve as a reservoir for pathogenic and multidrug-resistance strains, for humans and animals, reinforcing the idea that poultry plays an important role in the epidemiological chain of ExPEC.

Enterococcus são associados à microbiota intestinal de mamíferos e aves. Além dos primatas apresentarem estreita relação evolutiva com seres humanos, é pouco conhecido o impacto da resistência antimicrobiana associada às bactérias comensais, como os enterococos. O trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar enterococos isolados de amostras fecais de macacos-prego (Sapajus nigritus) em relação a determinantes de resistência e virulência. As amostras foram coletadas de animais vivendo em cativeiro no Zoológico de Sapucaia do Sul (ZOO) e selvagens, nas cidades de São Sebastião do Caí (SSC) e Santa Cruz do Sul (SCS). As espécies isoladas foram identificadas utilizando a técnica de MALDI-TOF. Estas foram testadas frente a 12 antimicrobianos através do método disco difusão. Genes que conferem resistência à tetraciclina (tetM, tetL e tetS), fluoroquinolonas (gyrA), eritromicina (msrC e ermB) e virulência (agg, esp, cylA, ace e gelE) foram detectados por PCR. Foram identificados 296 isolados de Enterococcus sp. oriundos de 24 amostras fecais de macacos-prego. Destes, 137 eram oriundos de amostras de SSC, 86 de SCS e 73 do ZOO. A espécie mais encontrada foi E. faecalis (42,6 %), seguida de E. hirae (29,4 %) e E. faecium (15,5 %). Cento e noventa e nove amostras (67,2 %) apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos. As amostras apresentaram menos suscetíveis para rifampicina (46,3 %), tetraciclina (26,0 %) e eritromicina (22,3 %). Entre os isolados, E. faecalis (69,0 %) apresentou as maiores frequências de suscetibilidade reduzida. Em relação ao local de coleta, 69,3 % dos isolados das amostras SSC apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos, 69,7 % dos isolados das amostras SCS e 60,2 % dos isolados das amostras do ZOO, sendo atribuído perfil de múltipla resistência a 29 isolados de SSC, 6 isolados SCS e 8 de ZOO. As amostras ZOO apresentaram maiores índices para os genes de resistência msrC (81,8 %), gyrA (60,7 %) e tetL (44,4 %). Para o gene tetM os isolados de SCS apresentaram maior frequência (100 %). As amostras SSC e SCS apresentaram as maiores porcentagens para o gene gelE (100 %). Para esp (3,5 %), ace (93,0 %) e agg (10,5 %), as amostras SCS apresentaram as maiores porcentagens. As presenças de determinantes de resistência e virulência nas amostras foram atribuídas tanto à ação antropogênica encontrada no habitat dos macacos como através do próprio resistoma ambiental. Ainda, a proximidade dos animais com o ser humano demonstrou ser uma das principais fontes de disseminação de resistência bacteriana. / Enterococcus is associated with the intestinal microbiota of mammals and birds. In addition to primates having a close evolutionary relationship with humans, the impact of antimicrobial resistance associated with commensal bacteria, such as enterococci, is little known. The objective of this work was to identify and characterize isolates of enterococci from faecal samples of black capuchin monkey (Sapajus nigritus) in relation to determinants of resistance and virulence. The samples were collected from animals living in the Sapucaia do Sul Zoo (ZOO) and wild, in the cities São Sebastião do Caí (SSC) and Santa Cruz do Sul (SCS). The isolated species were identified using the MALDI-TOF technique. These were tested against 12 antimicrobials using the disc diffusion method. Genes that confer resistance to tetracycline (tetM, tetL and tetS), fluoroquinolones (gyrA), erythromycin (mrsC and ermB) and virulence (agg, esp, cylA, ace and gelE) were detected by PCR. It were identified 296 isolates of Enterococcus sp. from 24 faecal samples of S. nigritus. Of these, 137 were from SSC samples, 86 from SCS and 73 from ZOO. The most common species was E. faecalis (42.6 %), followed by E. hirae (29.4 %) and E. faecium (15.5 %). One hundred and ninety-nine samples (67.2%) presented reduced antimicrobial susceptibility. The samples were less susceptible to rifampicin (46.3%), tetracycline (26.0%) and erythromycin (22.0%). Among the isolates, E. faecalis (69.0%) had the highest frequencies of reduced susceptibility. Regarding the collection site, 69.3% of the SSC isolates presented reduced susceptibility to antimicrobials, 69.7% of the isolates from the SCS samples and 60.2% from the isolates from the ZOO samples, with a multiple resistance profile 29 SSC isolates, 6 SCS isolates and 8 ZOO isolates. The ZOO samples presented higher indices for the resistance genes msrC (81.8%), gyrA (60.7%) and tetL (44.4%). For the tetM gene the SCS isolates showed a higher frequency (100%). The SSC and SCS samples showed the highest percentages for the gelE gene (100%). For esp (3.5%), ace (93.0%) and agg (10.5%), the SCS samples presented the highest percentages. The presences of resistance and virulence determinants in the samples were attributed both to the anthropogenic action found in the monkey habitat and through the environmental resistance itself. Furthermore, the proximity of animals to humans has been shown to be one of the main sources of dissemination of bacterial resistance.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Estudos anteriores do nosso grupo reforçaram a evidência recente e inesperada de sazonalidade e determinação meteorológica na incidência das Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS, anteriormente chamadas “Infecções Hospitalares”. No entanto, nenhuma pesquisa até o momento associou esses agravos à temperatura e umidade nos diversos setores de um hospital. Com o objetivo de preencher esse hiato no conhecimento sobre epidemiologia das IRAS, realizamos um estudo ecológico baseado na avaliação de temperatura e umidade em áreas assistenciais. Resumidamente, oito termo-higrômetros foram afixados em diferentes unidades do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, e dois outros foram utilizados de forma móvel para os demais setores de internação desse mesmo hospital. Os resultados obtidos serão comparados com: (a) dados informados por estação meteorológica no município de Botucatu; (b) indicadores de incidência de IRAS; (c) Indicadores de incidência de microrganismos multidroga-resistentes. O estudo teve duração de 12 meses. A análise estatística envolveu modelos multivariados de regressão de Poisson e Regressão Logística. Os resultados demonstraram que, apesar de haver diferença significativa, temperatura e umidade no interior do hospital (mesmo em áreas climatizadas) variam em associação estatisticamente significante com os parâmetros medidos em estação meteorológica. Apesar do pouco tempo de observação, foi possível constatar associação entre temperatu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Previous studies by our group have reinforced recent and unexpected evidence of seasonality and meteorological determination in the incidence of Healthcare-Associated Infections (HAI’s, formerly called “Nosocomial infections.") However, no research to date has associated these conditions with temperature and humidity. In order to fill this gap in the knowledge on HAI epidemiology, we carried out an ecological study based on the evaluation of temperature and humidity in care areas. In summary, eight thermohygrometers were posted in different units of the teaching hospital of Botucatu Medical School (“Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu”). The results obtained would be compared with: (a) data reported by meteorological station in the city of Botucatu, (b) incidence of HAI; (c) incidence of multidrug-resistant microorganisms. The study lasted 12 months. Statistical analysis involved multivariate Poisson regression and logistic regression models. The results showed that, although there is a significant difference, temperature and humidity inside the hospital (even in climatized areas) vary in a statistically significant association with the parameters measured in meteorological station. Despite the short observation period, it was possible to verify the association between temperature and HAI (including multidrug-resistant microorganisms) in the Intensive Care Unit (ICU), wards for non-critically ill patients and Surgical Theater. Taken together, our findin... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

The environment is increasingly recognised as a key player in the emergence and mobilisation of antibiotic resistance, which negatively impacts human health, healthcare systems, and farming practices worldwide. Recent work has demonstrated concentrations of antibiotics in the natural environment may select for resistance in situ, but a scarcity of meaningful data has prevented rigorous environmental risk assessment of antibiotics. Without such data, mitigation strategies, such as improved antibiotic stewardship or environmental discharge limits, cannot be effectively designed or implemented. This thesis designed and developed two methods for determining effect concentrations of antibiotics in complex microbial communities, thereby generating a significant amount of data to address this knowledge gap. Minimal selective concentrations (MSCs) were determined in long term selection experiments for four classes of antibiotic at concentrations as low as 0.4 μg/L, which is below many measured environmental concentrations. Lowest observed effect concentrations were determined using a short term, growth based assay which were highly predictive of MSCs. A novel finding was significant selection for cefotaxime resistance occurred at a wide range of antibiotic concentrations, from 125 μg/L - 64 mg/L, which has important clinical implications. Determination of MSC in single species assays was also shown to be a poor predictor of MSC in a complex microbial community. Co-selection for antimicrobial resistance was demonstrated in selection experiments and through improved understanding of class 1 integron evolution, assessing selective effects on resistance gene acquisition using a novel PCR method and next-generation sequencing. In the final study, a novel resistance determinant (UDP-galactose 4-epimerase) conferring cross-resistance to biocides and antibiotics was discovered, providing a target for further study. These findings indicate selection and co-selection for antimicrobial resistance is likely to occur in the environment, and provides the means to rapidly generate further data to aid in the development of appropriate mitigation strategies.

O uso de antimicrobianos de forma terapêutica, preventiva e promotora de crescimento trouxe inúmeras vantagens para a avicultura mundial, entretanto a utilização excessiva dos antimicrobianos e de maneira indevida tem estimulado um aumento no número de micro-organismos resistentes. Entre eles, destaca-se o Campylobacter jejuni, bactéria frequentemente associada a enterites em humanos, sendo o frango a principal reservatório e fonte de transmissão deste patógeno para o homem. A transmissão de bactérias resistentes entre animais e seres humanos pode resultar em infecções multirresistentes e insucesso no tratamento terapêutico, sendo a exposição continua destes micro-organismos a esses medicamentos o fator mais importante na origem da resistência. Diante desse cenário, objetivou-se nesse trabalho investigar e caracterizar, através de métodos fenotípico e genotípico, a susceptibilidade antimicrobiana de 54 isolados de C. jejuni coletados em diferentes etapas do processamento da carne de frango de matadouro-frigoríficos da região do Rio Grande do Sul. Para a determinação do MIC, os isolados foram testados frente aos seguintes antimicrobianos: ácido nalidíxico, ciprofloxacina, cloranfenicol, eritromicina, gentamicina e tetraciclina. Dos 54 isolados de C. jejuni, 94,4% foram resistentes a ciprofloxacina, 83,3% ao ácido nalidíxico, 51,8% a tetraciclina e 48% a eritromicina. Todos os isolados foram sensíveis a gentamicina e ao cloranfenicol. Doze isolados foram resistentes a três classes diferentes de antibióticos, sendo assim considerados multi-resistentes. Para verificar a presença da mutação gênica da Região Determinante de Resistência à Quinolona (RDRQ) no gene gyrA, foi realizado sequenciamento gênico de 31 isolados considerados resistentes por métodos fenotípicos. Todos os isolados possuíam a mutação Tre-86-Ile na RDRQ do gene gyrA, que confere resistência às fluoroquinolonas, confirmando a predominância dessa mutação em Campylobacter spp. resistentes a esses antimicrobianos. A ocorrência do gene de resistência à tetraciclina foi verificada por PCR. Dos 28 isolados considerados resistentes por métodos fenotípicos, 42,8% possuíam o gene tet(O), que confere resistência as tetraciclinas. Os resultados mostram um alto nível de resistência antimicrobiana em C. jejuni evidenciando a necessidade da implementação de políticas de uso prudente de antimicrobianos na medicina veterinária. / The use of antimicrobials in a therapeutic, preventive and growth promoting way has brought numerous advantages to the world poultry industry; however, the excessive and undue use of antimicrobials has stimulated an increase in the number of resistant microorganisms. Among them, we highlight Campylobacter jejuni, a bacterium frequently associated with enteritis in humans, with chicken being the main reservoir and source of transmission of this pathogen to man. The transmission of resistant bacteria between animals and humans can result in multi resistant infections and failure in therapeutic treatment, and the continued exposure of these microorganisms to these drugs is the most important factor in the source of resistance. Therefore, the aim of this study was to investigate and characterize, through phenotypic and genotypic methods, the antimicrobial susceptibility of 54 C. jejuni isolates collected at different stages of the processing of chicken meat from slaughterhouse in Rio Grande do Sul. For MIC determination, strains were tested against the following antimicrobials: nalidixic acid, ciprofloxacin, chloramphenicol, erythromycin, gentamicin and tetracycline. Of the 54 isolates of C. jejuni, 94.4% were resistant to ciprofloxacin, 83.3% to nalidixic acid, 51.8% to tetracycline and 48% to erythromycin. All isolates were sensitive to gentamicin and chloramphenicol. Twelve strains were resistant to three different classes of antibiotics, thus being considered multi resistant. To verify the presence of the gene mutation of the Quinolone Resistance Determinant Region (QRDR) in the gene gyrA, gene sequencing of 31 strains considered resistant by phenotypic methods was performed. All strains had the Tre-86-Ile mutation in the QRDR of the gyrA gene, which confers resistance to fluoroquinolones, confirming the predominance of this mutation in Campylobacter spp. resistant to these antimicrobials. The occurrence of tetracycline resistance gene was verified by PCR. Of the 28 strains considered resistant by phenotypic methods, 42.8% had the tet(O) gene. The results show a high level of antimicrobial resistance in C. jejuni that evidences the need for implementation of policies in the prudent use of antimicrobials in veterinary medicine.

Aim: This thesis aims to explore and investigate the level and process of adoption of Antimicrobial Stewardship Programmes (ASPs) and factors influencing their implementation in Saudi Ministry of Health (MOH) hospitals. The findings of this study will provide hospitals and policy makers with evidence-based recommendations on how barriers to ASPs adoption can be overcome, which will ultimately improve antimicrobial use and reduce antimicrobial resistance (AMR). Method: A mixed method approach was carried out using both qualitative and quantitative research methods. Semi-structured interviews were conducted with healthcare professionals in three Saudi hospitals to explore the enablers and barriers to their adoption of ASPs. A survey was then developed based on these findings to investigate the level of hospitals' adoption of ASPs and factors influencing their implementation at a national level. Further, a case study using in-depth interviews was utilised to understand the process of ASP adoption in a Saudi hospital, and how adoption challenges were addressed. Finally, a self-administered questionnaire was used to examine patients' knowledge and perceptions of antimicrobial use and resistance, and to evaluate the institutional role of patient education on antimicrobial use in two Saudi hospitals. The overall methodology of the research is summarised in Figure I. Results: Despite the introduction of a national ASP strategy, adoption of ASPs in Saudi MOH hospitals remains low. Organisational barriers such as the lack of senior management support, lack of supportive IT infrastructure and the shortage of ASP team members hinder hospitals' efforts to adopt ASPs. Further barriers relate to the lack of formal enforcement by MOH and the physicians fears of patients' complications and clinical liability. Patients admitted to Saudi hospitals lack knowledge and perceptions of AMR, and the adoption of ASPs may improve hospitals' role in patients' education. Conclusions: Despite the established benefits of ASPs, their adoption in Saudi MOH hospitals remains low. Urgent action is needed to address the strategies priorities associated with AMR, including access to antimicrobials, antimicrobial stewardship and education and research. Policy makers are urged to consider making ASPs adoption in hospitals a regulatory requirement supported by national guidelines and surveillance programmes. It is essential to increase the provision of ID and infection control residency and training programmes to meet the extreme shortage of ID physicians, pharmacists, microbiologists and infection control practitioners. Higher education institutions and teaching hospitals are required to introduce antimicrobial prescribing and stewardship competencies into undergraduate Medical, Pharmacy, Dental, Nursing and Veterinary curriculum, as well as introduction of AMR topics in order to increase knowledge and awareness of ASPs and AMR. Collaboration between ASPs adopting and non-adopting hospitals is essential to share implementation experience, strategies and solutions to overcome barriers. Healthcare specialised associations are needed to be part of AMR conversation and guide healthcare professionals' training and accreditation. Multiple stakeholders should be actively part of the conversations around tacking AMR. Primary care, secondary care, community pharmacies and policy makers should strive to create a shared culture of responsibility among all healthcare partners to improve antimicrobial therapy and reduce risks of AMR.