Cette thèse propose d’interroger les formes historiques, sociales et institutionnelles de construction du handicap psychique. En partant du cas des ITEP de Gironde, elle s’interroge plus particulièrement sur les processus d’assignation des jeunes dans ces établissements et sur les arrière-plans (sociaux, familiaux…) qui concourent à leur désignation comme handicapés psychiques (loi de 2005). Mais alors que les regards s’orientent vers les conséquences des handicaps (pour les compenser), notre recherche étudie, a contrario, les racines du handicap psychique comme autant de verdicts cachés qui pèsent sur la potentialité d’être – ou non – orienté en ITEP. La thèse ouvre trois axes de recherche. Le premier, réalise un diagnostic historique. Cinq associations gestionnaires d’ITEP de Gironde sont étudiées, à partir d’entretiens menés avec les directeurs et les pères fondateurs de ces associations. Il s’agit de mettre en relation l’histoire de l’émergence du handicap psychique avec l’histoire du développement successif du tissu associatif girondin. Le deuxième axe consiste en une caractérisation sociale des jeunes d’ITEP à partir d’un recueil de données sociales dans chacun des 20 ITEP de la Gironde (965 jeunes étudiés). L’étude de l’agencement complexe des caractéristiques des jeunes d’ITEP montre qu’être handicapé psychique se pose en terme fort différents selon l’origine sociale des familles et éclaire une première forme d’assignation. Le troisième axe d’analyse s’appuie sur l’observation ethnographique du fonctionnement des Equipes Pluridisciplinaires d’Evaluation (EPE) à la MDPH de la Gironde durant une année. L’examen des procédures d’orientation mises en place, montre que le handicap psychique se construit entre troubles du psychisme et difficultés socio-familiales. La mise en relation de ces trois niveaux d’analyse, permet de mieux comprendre comment se construit le handicap psychique, les masques successifs qui invisibilisent les processus d’assignation et l’idéologie qui les légitime. En plus d’être exilés sur le seuil d’une vie ordinaire, les jeunes handicapés psychiques sont exilés sur le seuil d’un espace potentiel de représentation. / This thesis proposes to investigate the psychological disability construction, based on three axes: historical, social and institutional. Studying ITEP (Pedagogic and Educative Therapeutic Institute) from Gironde, we interrogated the assignation process of the teenagers in these facilities and their backgrounds (social, familial, etc) that leads them to be designed as psychologically disabled people (2005 law). Consequently, when the collective attention is focused on the consequences of being handicapped to compensate, we want to study the origins of psychological disability that conduct them – or not – to be oriented in an ITEP. First, we realized an historical diagnosis. We studied five organisations managing ITEP by interviewing their directors, in order to compare the historical beginning of psychological disabilities and the development of Gironde organisations. The second axe consists of a social characterisation of ITEP teenagers by studying social data in all 20 Gironde ITEP (a pool of 965 teenagers). The study of the complex arrangement of ITEP teenager characteristics show that being psychologically disabled is affected by family social origins, showing a first assignation form. The third analytic axis is an ethnographic observation about how the Multidisciplinary Evaluation Team (EPE) operates in Gironde MDPH during a year. The results of this orientation procedure show how psychological disabilities is built between psychic disorder and social-family difficulties. Linking these three analytic parts allows for a better understanding about how the psychological disability is constructed, all invisible steps of the assignation processes and what legitimates them. In addition to having difficulties living an ordinary life, all conditions are combined to prevent these psychologically disabled teenagers and their families to have a space dedicated to social representation.

L’objectif de ce travail de thèse est de voir dans quelle mesure la motivation participe à l’engagement des processus attentionnels pour la sélection et le traitement des informations lors d’une activité de recherche visuelle. Lorsque la recherche visuelle est orientée par un but (comme une consigne) le comportement visuel d’exploration est modifié (sélection et traitement des informations). La recherche d’information suppose également un engagement de l’individu pour atteindre le but fixé en mettant en place des comportements adaptés. Cet engagement traduit une motivation qui est ici appréhendée au travers de la théorie de l’assignation d’objectif (Locke & Latham, 1990, 2002; Latham & Locke, 2007). Une tâche de recherche visuelle d’une cible spécifique, nommée par sa catégorie sur-ordonnée parmi des distracteurs de catégorie sémantique différente, associée à une consigne spécifique (de vitesse, de précision ou de faire de son mieux) ont été utilisées pour répondre aux objectifs de recherche. Les objectifs des travaux présentés ici étaient de (1) rendre compte de l’effet de l’assignation d’objectif sur le comportement de recherche, (2) étudier la relation entre l’objectif assigné et la spécificité de la tâche et (3) observer l’effet du contexte sémantique sur l’assignation d’objectif. Les trois expériences menées ont permis de mettre en évidence une relation entre la motivation et l’attention sur le comportement visuel de recherche. Ce travail de thèse ouvre sur des perspectives de recherche dans des situations plus écologiques comme les sites web ou les jeux vidéo. / The aim of this study was to explore the link between motivation and attentional processes in regards to selection and information processes during visual-search task. When the visual search is goal driven (i.e., with an instruction) visual search behavior is changed (selection and information processes). During visual search, the individual need to be committed in order to reach the assigned goal by using a strategic behavior. This commitment could be defined as motivation as described in the Goal Setting theory (Locke & Latham, 1990, 2002; Latham & Locke, 2007). A visual search task was designed in which participants had to find a specific word, denominated by its super-ordinated category, among distractors. A specific instruction (speed, accuracy or do your best) was added in order to specify the goal of the search. The aims of this work were to (1) reveal the effect of the goal setting on search behavior, (2) study the relationship between the goal setting and the characteristic of the task and (3) observe the effect of semantic context on goal setting. The three experiments allow us to observe a relationship between motivation and attention on visual search behavior. This research concludes on the possibilities to lead more experiments on ecological environment like websites or video games.

La structuration en thèmes est un domaine de recherche très prisé dans le traitement automatique du langage naturel car elle est le point de départ de plusieurs applications comme la recherche d’information, le résumé automatique et la modélisation des thèmes. Dans cette thèse, nous avons proposé un système de structuration automatique des journaux d’informations. Notre système contient deux modules : segmentation thématique et titrage. La segmentation thématique consiste à effectuer un pavage de l’émission en segments thématiquement homogènes. Ces derniers, sont généralement identifiés par des étiquettes anonymes, c’est alors le rôle du module de titrage d’affecter un titre à chaque segment.Ces travaux ont permis plusieurs contributions originales tel que l’exploitation conjointe de la distribution des mots et des locuteurs (cohésion de la parole) ainsi que l’utilisation des relations sémantiques de type diachronique. Après l’étape de segmentation, nous proposons d’apparier chaque segment avec les articles de presse du même jour. Le titre associé au segment est celui de l’article le plus proche thématiquement. Finalement, nous avons proposé deux nouvelles métriques d’évaluation, l’une pour la segmentation thématique et l’autre pour le titrage. Les expériences sont menées sur trois corpus caractérisés par leur richesse et leur diversité. Ils sont constitués de 168 journaux télévisés issus de 10 chaînes françaises transcrits automatiquement. / The topic structuring is an area that has attracted much attention in the Natural Language Processing community. Indeed, topic structuring is considered as the starting point of several applications such as information retrieval, summarization and topic modeling.In this thesis, we proposed a generic topic structuring system i.e. that has the ability to deal with any TV Broadcast News.Our system contains two steps: topic segmentation and title assignment. Topic segmentation consists in splitting the document into thematically homogeneous fragments. The latter are generally identified by anonymous labels and the last step has to assign a title to each segment.Several original contributions are proposed like the use of a joint exploitation of the distribution of speakers and words (speech cohesion) and also the use of diachronic semantic relations. After the topic segmentation step, the generated segments are assigned a title corresponding to an article collected from Google News during the same day. Finally, we proposed the evaluation of two new metrics, the first is dedicated to the topic segmentation and the second to title assignment.The experiments are carried out on three corpora. They consisted of 168 TV Broadcast News from 10 French channels automatically transcribed. Our corpus is characterized by his richness and diversity.

Le neurofeedback (NF) suscite actuellement un vif intérêt dans la prise en charge du trouble déficitaire de l’attention avec hyperactivité (TDAH) chez l’enfant. Proposée comme méthode alternative à la médication par de nombreux cliniciens, notamment aux États-Unis, le NF est une intervention non-invasive de type électrophysiologique qui repose sur l’apprentissage par conditionnement opérant de l’autorégulation d’ondes cérébrales déviantes. Les études empiriques qui étayent cette pratique font toutefois l’objet de virulentes critiques de la part de spécialistes dans le domaine du TDAH en raison de résultats systématiquement positifs mais non spécifiques, auxquels s’ajoutent de nombreuses lacunes méthodologiques. Les travaux de cette thèse visent à appliquer une méthodologie stricte de type essai clinique contrôlé avec assignation aléatoire afin d’isoler les effets particuliers du NF, en appliquant un protocole d’entraînement propre au déficit primaire sous-tendant le TDAH, soit l’inhibition motrice, dans le but d’évaluer la spécificité de cette intervention. Dans un premier temps, les connaissances relatives à la nosologie du TDAH, à ses principaux traitements, au NF et aux capacités d’inhibition chez l’enfant ayant un TDAH sont présentées (Chapitre 1). Ensuite, les études réalisées dans le cadre de cette thèse sont exposées. Dans l’étude initiale, la spécificité du NF est évaluée sur les capacités d’inhibition grâce à des mesures subjectives, soit des questionnaires de comportements complétés par les parents, ainsi que des mesures objectives, à savoir des tâches neuropsychologiques (Chapitre 2). Afin de préciser davantage les conséquences d’un entraînement à l’autorégulation d’ondes cérébrales, l’étude subséquente s’est intéressée à l’impact neurophysiologiques de l’amélioration des capacités d’inhibition, par le biais d’une étude en potentiels évoqués employant une tâche de performance continue de type Stop-signal (Chapitre 3). Les principaux résultats reflètent un recrutement sous optimal, avec une puissance statistique insuffisante pour réaliser des statistiques quantitatives de groupe. Néanmoins, l’appréciation des données selon une approche d’étude de cas multiples permet de mettre en évidence la présence d’une réponse placebo sur les capacités d’inhibition suite à un entraînement en NF. Finalement, les implications de la taille de l’échantillon, ainsi que les limites et les critiques de ces études sont discutées au Chapitre 4. / In recent years, there has been a lively interest in the use of neurofeedback (NF) as an alternative treatment to pharmacotherapy in pediatric Attention-deficit hyperactivity disorder (ADHD). NF is defined as an operant conditioning procedure whereby an individual learns to self-regulate electrical brain activity. Yet, empirical studies supporting its practice are harshly criticized in the field of ADHD research due to systematic unspecific positive results associated to numerous methodological flaws. Studies presented in this dissertation aim at applying a randomized placebo-controlled clinical trial to the investigation of NF specific effects. In order to further establish treatment specificity, we trained the participants using a NF protocol characteristic to motor-inhibition functioning since it has repeatedly been described as the core deficit in ADHD. The fist part of this thesis comprises a brief review of knowledge concerning ADHD, principal treatments offered for this disorder, NF research in pediatric ADHD and inhibition abilities in these children (Chapter 1). Following are the two studies conducted as part of this dissertation. In the initial study, effects of NF training are investigated on inhibition capacities by means of behavior rating scales and neuropsychological tests (Chapter 2). With the aim of further defining the consequence of training to self-regulate ones brain activity, the subsequent study looks at the neurophysiologic impact of improving inhibition capacities with an event-related potential study using a Stop-signal continuous performance task (Chapter 3). The principal results reveal a non optimal recruitment, with insufficient statistical power, thus precluding quantitative group statistics. Nevertheless, appreciating the data from a multiple case study perspective enables to suggest that a placebo response could be at play following NF training, such as measured by improvements on inhibition capacities. Finally, the implications of such a small sample size, limits and critics of these studies are discussed in Chapter 4.

L’hybridation est un processus aux conséquences diverses sur l’évolution des espèces qui est difficile à étudier lorsque les espèces se distinguent mal au niveau morphologique. Afin de comprendre le rôle de l'hybridation dans l’évolution du complexe d’espèces des chênes blancs européen, nous avons utilisé des outils de la génétique des populations pour quantifier les flux de gènes interspécifiques contemporains et étudier le système de reproduction de quatre espèces. Un protocole d'analyse génétique rapide a été développé et des méthodes d’assignations génétiques, permettant de déterminer l’espèce de chaque arbre et d’identifier les hybrides, ont été testées par simulations. Cette méthode a été appliquée en populations naturelles révélant un pourcentage d'hybrides variant de 10 à 30% en fonction des populations et impliquant tous les couples d'espèces. Nous avons montré que les effectifs des espèces dans les parcelles influencent la dynamique d'hybridation et la directionalité de l'introgression. Nous avons étudié le système de reproduction de ces espèces en croisements contrôlées et en forêt pour expliquer le maintien des espèces malgré la présence de flux de gènes interspécifiques. L'existence de plusieurs barrières reproductives contribue à un isolement partiel des espèces qui dépend principalement de barrières pré-reproductives et prézygotiques. Une analyse de paternité pratiquée sur des descendances récoltées en forêt montre que l'hybridation de première génération est rare mais que ces hybrides F1 sont fertiles et se reproduisent principalement avec l'une des espèces parentales, produisant de nombreux rétrocroisements qui expliquent le fort pourcentage d'hybrides observé dans les populations naturelles étudiées. L'hybridation et l'introgression sont donc des processus à l'œuvre chez les chênes qui contribuent à l'évolution du complexe d'espèces. / Hybridisation is a complex process with diverse consequences on species evolution. Hybridisation is difficult to study when species are not clearly morphologically distinguished. Our aim was to study the role of hybridisation in the evolution of the European white oak species complex. We used population genetic tools to quantify contemporary interspecific gene flow and to study the mating system of four oak species. A fast genetic analysis protocol was developed and genetic assignment methods were first tested by simulation and then used to determine the species of each tree and to identify hybrids. These methods revealed that hybrid percentages were between 10 to 30% depending on the natural population studied and that all species pairs were involved. We showed that the census number of species in the stands had an influence on hybridisation dynamics and on introgression direction. We studied the mating system of these species in controlled crosses and in the forest to understand the maintenance of species despite interspecific gene flow. Several reproductive barriers contribute to a partial isolation of species, mostly pre-reproductive and prezygotic. A paternity analysis of maternal progenies sampled in the forest showed that first generation hybridisation was rare but that F1 hybrids were fertile and were mating mostly with one of the two parental species, creating numerous backcrosses that explain the high percentages of hybrids observed in the natural populations studied. Hybridisation and introgression are active processes in oaks and contribute to the evolution of the species complex.

Les avancées des nouvelles techniques de séquençage (NGS) ont permis dans le cadre des études en écologie microbienne de passer de l'analyse de quelques centaines de séquences par étude à des centaines de millions de séquences. Cette différence quantitative des données produites a induit des différences qualitatives quant aux études réalisées. En effet, avec le changement du type de données, les approches classiques d'analyse ne peuvent être appliquées et il est devenu nécessaire de définir de nouvelles stratégies en tenant compte des contraintes que posent ces données. Alors qu'il était possible d'insérer classiquement quelques dizaines de séquences issues des techniques de première génération dans des phylogénies expertisées, le nombre de séquences généré aujourd'hui par les NGS à chaque expérience rend cette tâche irréalisable et nécessite la mise en place de nouvelles stratégies et l'utilisation d'outils adaptés. Par ailleurs, les outils disponibles d'analyse de la diversité microbienne adaptés aux amplicons de nouvelle génération, implémentent des approches probabilistes et/ou de recherche de similitude pour l'identification des séquences environnementales. L'approche phylogénétique quant à elle, bien qu'elle soit la plus robuste, n'est pas utilisée pour l'annotation taxonomique de ce type de données du fait de ses besoins en temps et en ressources de calcul. Au-delà de l'approche d'annotation taxonomique, les nouvelles techniques de séquençage posent également le problème de la qualité des séquences produites et son impact sur l'estimation de la diversité. Ainsi, ce travail de thèse avait pour objectif la définition d'une stratégie d'analyse bioinformatique de données de séquençage massif dans le contexte de l'étude de la diversité microbienne, en tenant compte des limitations imposées par les ressources informatiques actuelles (matérielles et logicielles) d'un côté, et de l'avantage des méthodes phylogénétiques par rapport aux autres approches d'annotation taxonomique. Ce travail a donné lieu au développement d'une chaîne de traitement proposant une série d'analyses allant des séquences brutes jusqu'à la visualisation des résultats, tout en replaçant les séquences environnementales dans un contexte évolutif. L'approche développée a été optimisée pour la gestion de gros volumes de données, et a été comparée en terme de précision d'affiliation aux autres approches communément utilisées en écologie microbienne. Les tests et simulations ont montré qu'à partir d'une taille d'amplicons de 400 pb, l'affiliation phylogénétique avait les meilleurs résultats mais aussi, que la qualité de cette affiliation différait selon la région hypervariable ciblée. La chaîne de traitements mise en place a ensuite été par implémentée dans un contexte de calcul à haute performance, notamment sur un cluster de calcul, pour proposer un service web dédié à l'analyse de la diversité microbienne. / The characterization of microbial community structure via SSU rRNA gene profiling has been greatly advanced in recent years by the introduction of NGS amplicons, leading to a better representation of sample diversity at a lower cost. This progress in method development has provided a new window into the composition of microbial communities and sparked interest in the members of the rare biosphere. Concurrently, the processing of such amount of data has become an important bottleneck for the effectiveness of microbial ecology studies, and a multitude of analysis platforms have been developed for the handling of these data. As implemented, these tools have a steep learning curve for the biologist who is not computationally inclined, as they require extensive user intervention and consume many CPU hours due to dataset analysis and complexity, which can present a significant barrier to researchers. Moreover, although phylogenetic affiliation has been shown to be more accurate for the taxonomic assignment of NGS reads, the existing tools assign taxonomy by either a similarity search or a probabilistic approach, with the phylogenies being restricted to samples' comparison. Beyond the taxonomic assignment, the new sequencing technologies also arise the problem of the quality of the generated sequences and its impact on the richness estimation. In this work, we aimed to define a strategy for the bioinformatic analysis of high-throughput sequences in order to depict the microbial diversity, taking into account both the limitations imposed by current computer resources (hardware and software), and the advantage of the phylogenetic methods over the other taxonomic annotation approaches. This work has led to the development of a pipeline offering a set of analyzes ranging from raw sequences processing to the visualization of the results, while replacing the environmental sequences in an evolutionary framework. The developed approach was optimized for managing large volumes of data, and has been compared in term of the accuracy of taxonomic assignment to the approaches commonly used in the field of microbial ecology. This pipeline was then used to the developement of a dedicated web server for high-throughput sequencing analysis, that relies on a computing cluster and performs large-scale phylogeny-based analyses of rRNA genes with no need for specialized informatics expertise, and uses the phylogenies for both the taxonomy assessment and the delineation of monophyletic groups to highlight clades of interest.

La propulsion a��robie �� grande vitesse est depuis longtemps identifi��e comme l'un des prochains sauts technologiques �� franchir dans le domaine des lanceurs spatiaux. Cependant, les v��hicules hypersoniques (HSV) fonctionnant dans des domaines de vitesse extr��mement ��lev��es, de nombreuses contraintes et incertitudes entravent les garanties des propri��t��s des contr��leurs. L'objet de cette th��se est d'��tudier la synth��se de commande d'un tel v��hicule.Pour commencer, il s'agit de d��finir un mod��le repr��sentatif d'un HSV exploitable pour la commande. Dans ce travail, nous construisons deux mod��les de HSV. Un pour la simulation en boucle ferm��e, et le second afin de poser pr��cis��ment le probl��me de commande.Nous proposons ensuite une synth��se de commande de la dynamique longitudinale dans le plan vertical de sym��trie. Celle-ci est robuste aux incertitudes de mod��lisation, tol��rante �� des saturations, et n'excite pas les dynamiques rapides n��glig��es. Ses propri��t��s sont ��valu��es sur diff��rents cas de simulation. Puis, une extension est propos��e afin de r��soudre le probl��me de commande simultan��e des dynamiques longitudinale et lat��rale, sous les m��mes contraintes.Ce r��sultat est obtenu par une assignation de fonction de Lyapunov, suite �� une ��tude des dynamiques longitudinale et lat��rale. Par ailleurs, pour traiter les erreurs de poursuite dues aux incertitudes de mod��lisation, nous nous int��ressons au probl��me de r��gulation asymptotique robuste par retour d'��tat. Nous montrons que cette r��gulation peut ��tre accomplie en stabilisant le syst��me augment�� d'un int��grateur de la sortie. Ceci constitue une extension de la structure de contr��le proportionnel-int��gral au cas des syst��mes non lin��aires.

Le neurofeedback (NF) suscite actuellement un vif intérêt dans la prise en charge du trouble déficitaire de l’attention avec hyperactivité (TDAH) chez l’enfant. Proposée comme méthode alternative à la médication par de nombreux cliniciens, notamment aux États-Unis, le NF est une intervention non-invasive de type électrophysiologique qui repose sur l’apprentissage par conditionnement opérant de l’autorégulation d’ondes cérébrales déviantes. Les études empiriques qui étayent cette pratique font toutefois l’objet de virulentes critiques de la part de spécialistes dans le domaine du TDAH en raison de résultats systématiquement positifs mais non spécifiques, auxquels s’ajoutent de nombreuses lacunes méthodologiques. Les travaux de cette thèse visent à appliquer une méthodologie stricte de type essai clinique contrôlé avec assignation aléatoire afin d’isoler les effets particuliers du NF, en appliquant un protocole d’entraînement propre au déficit primaire sous-tendant le TDAH, soit l’inhibition motrice, dans le but d’évaluer la spécificité de cette intervention. Dans un premier temps, les connaissances relatives à la nosologie du TDAH, à ses principaux traitements, au NF et aux capacités d’inhibition chez l’enfant ayant un TDAH sont présentées (Chapitre 1). Ensuite, les études réalisées dans le cadre de cette thèse sont exposées. Dans l’étude initiale, la spécificité du NF est évaluée sur les capacités d’inhibition grâce à des mesures subjectives, soit des questionnaires de comportements complétés par les parents, ainsi que des mesures objectives, à savoir des tâches neuropsychologiques (Chapitre 2). Afin de préciser davantage les conséquences d’un entraînement à l’autorégulation d’ondes cérébrales, l’étude subséquente s’est intéressée à l’impact neurophysiologiques de l’amélioration des capacités d’inhibition, par le biais d’une étude en potentiels évoqués employant une tâche de performance continue de type Stop-signal (Chapitre 3). Les principaux résultats reflètent un recrutement sous optimal, avec une puissance statistique insuffisante pour réaliser des statistiques quantitatives de groupe. Néanmoins, l’appréciation des données selon une approche d’étude de cas multiples permet de mettre en évidence la présence d’une réponse placebo sur les capacités d’inhibition suite à un entraînement en NF. Finalement, les implications de la taille de l’échantillon, ainsi que les limites et les critiques de ces études sont discutées au Chapitre 4. / In recent years, there has been a lively interest in the use of neurofeedback (NF) as an alternative treatment to pharmacotherapy in pediatric Attention-deficit hyperactivity disorder (ADHD). NF is defined as an operant conditioning procedure whereby an individual learns to self-regulate electrical brain activity. Yet, empirical studies supporting its practice are harshly criticized in the field of ADHD research due to systematic unspecific positive results associated to numerous methodological flaws. Studies presented in this dissertation aim at applying a randomized placebo-controlled clinical trial to the investigation of NF specific effects. In order to further establish treatment specificity, we trained the participants using a NF protocol characteristic to motor-inhibition functioning since it has repeatedly been described as the core deficit in ADHD. The fist part of this thesis comprises a brief review of knowledge concerning ADHD, principal treatments offered for this disorder, NF research in pediatric ADHD and inhibition abilities in these children (Chapter 1). Following are the two studies conducted as part of this dissertation. In the initial study, effects of NF training are investigated on inhibition capacities by means of behavior rating scales and neuropsychological tests (Chapter 2). With the aim of further defining the consequence of training to self-regulate ones brain activity, the subsequent study looks at the neurophysiologic impact of improving inhibition capacities with an event-related potential study using a Stop-signal continuous performance task (Chapter 3). The principal results reveal a non optimal recruitment, with insufficient statistical power, thus precluding quantitative group statistics. Nevertheless, appreciating the data from a multiple case study perspective enables to suggest that a placebo response could be at play following NF training, such as measured by improvements on inhibition capacities. Finally, the implications of such a small sample size, limits and critics of these studies are discussed in Chapter 4.

Les avancées des nouvelles techniques de séquençage (NGS) ont permis dans le cadre des études en écologie microbienne de passer de l'analyse de quelques centaines de séquences par étude à des centaines de millions de séquences. Cette différence quantitative des données produites a induit des différences qualitatives quant aux études réalisées. En effet, avec le changement du type de données, les approches classiques d'analyse ne peuvent être appliquées et il est devenu nécessaire de définir de nouvelles stratégies en tenant compte des contraintes que posent ces données. Alors qu'il était possible d'insérer classiquement quelques dizaines de séquences issues des techniques de première génération dans des phylogénies expertisées, le nombre de séquences généré aujourd'hui par les NGS à chaque expérience rend cette tâche irréalisable et nécessite la mise en place de nouvelles stratégies et l'utilisation d'outils adaptés. Par ailleurs, les outils disponibles d'analyse de la diversité microbienne adaptés aux amplicons de nouvelle génération, implémentent des approches probabilistes et/ou de recherche de similitude pour l'identification des séquences environnementales. L'approche phylogénétique quant à elle, bien qu'elle soit la plus robuste, n'est pas utilisée pour l'annotation taxonomique de ce type de données du fait de ses besoins en temps et en ressources de calcul. Au-delà de l'approche d'annotation taxonomique, les nouvelles techniques de séquençage posent également le problème de la qualité des séquences produites et son impact sur l'estimation de la diversité. Ainsi, ce travail de thèse avait pour objectif la définition d'une stratégie d'analyse bioinformatique de données de séquençage massif dans le contexte de l'étude de la diversité microbienne, en tenant compte des limitations imposées par les ressources informatiques actuelles (matérielles et logicielles) d'un côté, et de l'avantage des méthodes phylogénétiques par rapport aux autres approches d'annotation taxonomique. Ce travail a donné lieu au développement d'une chaîne de traitement proposant une série d'analyses allant des séquences brutes jusqu'à la visualisation des résultats, tout en replaçant les séquences environnementales dans un contexte évolutif. L'approche développée a été optimisée pour la gestion de gros volumes de données, et a été comparée en terme de précision d'affiliation aux autres approches communément utilisées en écologie microbienne. Les tests et simulations ont montré qu'à partir d'une taille d'amplicons de 400 pb, l'affiliation phylogénétique avait les meilleurs résultats mais aussi, que la qualité de cette affiliation différait selon la région hypervariable ciblée. La chaîne de traitements mise en place a ensuite été par implémentée dans un contexte de calcul à haute performance, notamment sur un cluster de calcul, pour proposer un service web dédié à l'analyse de la diversité microbienne.

La propulsion aérobie à grande vitesse est depuis longtemps identifiée comme l'un des prochains sauts technologiques à franchir dans le domaine des lanceurs spatiaux. Cependant, les véhicules hypersoniques (HSV) fonctionnant dans des domaines de vitesse extrêmement élevées, de nombreuses contraintes et incertitudes entravent les garanties des propriétés des contrôleurs. L'objet de cette thèse est d'étudier la synthèse de commande d'un tel véhicule.Pour commencer, il s'agit de définir un modèle représentatif d'un HSV exploitable pour la commande. Dans ce travail, nous construisons deux modèles de HSV. Un pour la simulation en boucle fermée, et le second afin de poser précisément le problème de commande.Nous proposons ensuite une synthèse de commande de la dynamique longitudinale dans le plan vertical de symétrie. Celle-ci est robuste aux incertitudes de modélisation, tolérante à des saturations, et n'excite pas les dynamiques rapides négligées. Ses propriétés sont évaluées sur différents cas de simulation. Puis, une extension est proposée afin de résoudre le problème de commande simultanée des dynamiques longitudinale et latérale, sous les mêmes contraintes.Ce résultat est obtenu par une assignation de fonction de Lyapunov, suite à une étude des dynamiques longitudinale et latérale. Par ailleurs, pour traiter les erreurs de poursuite dues aux incertitudes de modélisation, nous nous intéressons au problème de régulation asymptotique robuste par retour d'état. Nous montrons que cette régulation peut être accomplie en stabilisant le système augmenté d'un intégrateur de la sortie. Ceci constitue une extension de la structure de contrôle proportionnel-intégral au cas des systèmes non linéaires. / High speed airbreathing thrust has been known for a long time as one of the next technological step to be overcome in space launchers domain. However, HyperSonic Vehicles (HSV) speed operating ranges being extremely high, numerous constraints and uncertainties restrict the ensuring of control properties. The purpose of this thesis is to study control synthesis for such a vehicle.First, it concern the definition of a HSV model for controlling purpose. In this work is constructed two HSV models. One in order to effect closed loop simulation, and the other in order to precisely establish the control problem.Then, is proposed a control synthesis for the longitudinal dynamics restricted to the symmetric vertical plane. It is robust to modelling uncertainties, allows saturation, and does not excite neglected fast dynamics. Its properties are evaluated on different cases of simulation. Next, an extension is proposed in order to solve the problem of controlling simultaneously longitudinal and lateral dynamics, under the same constraints.This result is obtained by the use of control Lyapunov functions, following the study of longitudinal and lateral dynamics. Furthermore, in order to solve tracking errors due to modelling uncertainties, the problem of robust asymptotic regulation by state feedback has been addressed. It is shown that such a regulation can be achieved by stabilizing the system augmented by an output integrator. This constitutes an extension for nonlinear systems of the proportional-integral control structure.