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Dans cette thèse, nous proposons une amélioration de l'automatisation des preuves dans l'assistant de preuve Coq. Cette automatisation est obtenue en intégrant à Coq les procédures de décision pour la logique propositionnelle, l'égalité et l'arithmétique linéaire constituant le noyau du solveur SMT Alt-Ergo. Cette intégration est réalisée en utilisant la technique de preuve par réflexion, qui consiste à développer en Coq ces algorithmes et à prouver formellement leur correction de manière à les exécuter directement dans l'assistant de preuve. Comme les algorithmes formalisés en Coq sont exactement ceux utilisés dans le noyau d'Alt-Ergo, notre travail permet également d'augmenter considérablement la confiance que l'on peut avoir dans ce dernier. En particulier, il utilise un algorithme original de combinaison de l'égalité modulo une théorie, inspiré de la combinaison de Shostak et appelé CC(X), et dont la justification est relativement complexe.Notre développement Coq est utilisable sous la forme de tactiques qui permettent de valider automatiquement des formules combinant logique propositionnelle, égalité et arithmétique. Afin que ces tactiques soient le plus efficaces possibles, nous avons attaché une grande importance aux performances de notre implantation Coq, et en particulier à l'utilisation de structures de données efficaces courantes, dont nous proposons ici une bibliothèque. / In this thesis, we propose new automation capabilities for the Coq proof assistant. We obtain this mechanization via an integration into Coq of decision procedures for propositional logic, equality reasoning and linear arithmetic which make up the core of the Alt-Ergo SMT solver. This integration is achieved through the reflection technique, which consists in implementing and formally proving these algorithms in Coq in order to execute them directly in the proof assistant. Because the algorithms formalized in Coq are exactly those in use in Alt-Ergo's kernel, this work significantly increases our trust in the solver. In particular, it embeds an original algorithm for combining equality modulo theory reasoning, called CC(X) and inspired by the Shostak combination algorithm, and whose justification is quite complex. Our Coq implementation is available in the form of tactics which allow one to automatically solve formulae combining propositional logic, equality and arithmetic. In order to make these tactics as efficient as may be, we have taken special care with performance in our implementation, in particular through the use of classical efficient data structures, which we provide as a separate library.

L'automatisation de la numérisation est une étape indispensable au développement de la mesure tridimensionnelle, et ce, dans différents domaines :<br />- en milieu industriel, afin d'accélérer les procédures de contrôle de pièces,<br />- en archéologie et en biologie, pour l'étude de collections de plusieurs centaines voire milliers d'objets (dont l'acquisition est pour le moment impossible en raison du temps nécessaire, et donc du coût).<br />Dans ce mémoire, nous détaillons tout d'abord les différents systèmes d'acquisition et de positionnement existants, en détaillant les avantages et inconvénients de chaque système. Nous présentons ensuite la méthodologie mise en place pour guider l'opérateur dans ces choix ainsi que l'outil d'aide mis en place afin de formaliser cette méthodologie. Puis nous argumenterons de la nécessité de l'automatisation de la numérisation 3D en illustrant les limites et les contraintes des solutions actuellement en place. Des exemples d'application de la méthodologie sont décrits à travers différentes études de cas, mettant en évidence le temps d'intervention de l'opérateur. Ensuite, les méthodes d'automatisation de l'acquisition existantes sont décrites, en expliquant leurs limites face à notre problématique. Deux méthodes sont ensuite proposées : la première définit une planification de vues hors-ligne à partir d'un modèle de référence tandis que la seconde calcule la meilleure position suivante sans aucune information a priori sur l'objet. Ces deux méthodes permettent une numérisation complète d'un objet sans intervention d'un opérateur. Afin de tester ces méthodes, un environnement de simulation a été implémenté, ainsi qu'un prototype. Enfin, les résultats obtenus sont présentés et comparés à une numérisation manuelle.

Cette thèse s'intéresse à la conception de systèmes complexes d'automatisation sûrs de fonctionnement dont l'évaluation est basée sur des scénarios. Pour déterminer un système optimal, il est important de disposer d'outils de modélisation et d'évaluation rapides ainsi que des algorithmes d'optimisation adaptés au sein d'une méthodologie globale de conception. Cette méthodologie doit également permettre d'étudier l'impact des défaillances sur le comportement final du système contrôlé. Dans ce cadre, la détermination d'un architecture matérielle, son optimisation vis-à-vis de critères comme la longueur minimale des scénarios et le nombre de combinaisons de scénarios sont considérés. Nous proposons une modélisation fonctionnelle et dysfonctionnelle utilisant les scénarios de modes de défaillances. Le niveau de détail considéré est suffisamment fin pour décrire différentes possibilités d'agencements des composants utilisables ainsi que plusieurs types de composants. Si la modélisation fonctionnelle est facile à appréhender, la modélisation dysfonctionnelle tenant compte des scénarios est plus difficile. Afin de répondre à ce problème, nous proposons un modèle graphique baptisé "Arbre de défaillances multiples amélioré" permettant de modéliser, à l'aide d'opérateurs temporels et de relations entre modes de défaillances, ce comportement dysfonctionnel. L'application de cette méthodologie à un système de ferroutage est présentée. Les résultats obtenus pour les fonctionnalités liées au problème de l'incendie et du désarrimage sont comparés avec une méthode classique d'évaluation afin de montrer l'efficacité de l'approche proposée. L'intégration de ces travaux dans un logiciel dédié à la conception de systèmes d'automatisation (plate forme ALoCSyS : Atelier Logiciel de Conception de Systèmes Sûrs) est décrite.

Thèse doctorat : Automatique, Traitement du signal, Génie Informatique : Nancy 1 : 2004. / Titre provenant de l'écran-titre.

Thèse (D. en informatique cognitive)--Université du Québec à Montréal, 2005. / En tête du titre: Université du Québec à Montréal. Bibliogr.: f. [172]-186. Publié aussi en version électronique.

Th. doct.-ing.--Lille 1, 1979. N°: 229.

Au cours des dernières années, l’automatisation en bactériologie clinique est devenue très importante du fait de l’augmentation constante du nombre d’échantillons mais nécessite tout de même des améliorations. Une revue a été rédigée pour présenter les nouveaux challenges et opportunités dans la surveillance et la détection des bactéries multi-résistantes. Premièrement nous avons testé de nouveaux outils technologiques innovants permettant la lecture plus précoce des antibiogrammes grâce à des scanners de haute résolution d’images: scanner Advencis Bio-System Incubator et le Scan® 1200 et de réaliser l’ensemencement des antibiogrammes en automatique sur un automate déjà existant le PREVI® Isola (bioMérieux, Marcy l’Etoile, France). Dans un second temps, une analyse rétrospective de la résistance aux antibiotiques observés sur l’hôpital la Timone à Marseille a été réalisé entre 2014 et 2016. Nous avons développer un logiciel d’interprétation automatique des phénotypes basé sur la reconnaissance d’images pour lequel un brevet a été rédigé : le logiciel « ANTI-LOGIC ». Le but de notre troisième travail a été de participer au développement d’une PCR en temps réel permettant de détecter le gène mcr-1. Puis, nous avons travaillé sur des souches multi-résistantes afin de tester un panel constitué de 29 à 32 antibiotiques. Pour la détection des souches résistantes à la colistine, un milieu de culture sélectif a été mis au point et nous avons essayé de trouver une alternative thérapeutique par l’étude de combinaisons d’anciens antibiotiques (colistine-sulfadiazine) pour le traitement et la décolonisation avant greffe fécale de patients infectés ou colonisés par des BMR. / In the last few years, automation in clinical microbiology has become very important due to the constant increase of samples but they need to be improved. A review of the literature was performed to expose the new challenges and the new opportunities in the surveillance and the detection of multi-drug resistance bacteria.For that purpose, we conduct a thorough search to test new innovative technological tools for reading earlier AST with high-resolution image scanner: Advencis Bio-System Incubator and the Scan® 1200 and to carry out the automatic seeding of AST with the PREVI® Isola system (bioMérieux, Marcy l’Etoile, France). In a second step, the retrospective analysis of antibiotic resistance and phenotypes observed at La Timone hospital in Marseille was carried out between 2014 and 2016. We have developped a new software for the automatic interpretation of phenotypes based on image recognition protected by a patent: the "ANTI-LOGIC" software. The aim of our third work was to participate on the development of a real-time PCR to detect the mcr-1 gene. We then worked on multi-resistant strains with Gram-negative bacteria, we have tested a large panel of 29-32 antibiotics to see if we are in a therapeutic stalemate. For the detection of colistin resistant strains, a selective culture medium has been developed. In order to finish this part, with the appearance of colistin-resistant strains, we tried to find a therapeutic alternative by studying combinations of old antibiotics (colistin-sulfadiazine) for the treatment and decolonization before faecal transplantation of patients infected or colonized by multi-resistant bacteria

Les bactéries Gram-négatif possèdent une structure d'enveloppe, ainsi que des pompes d'efflux (i.e., systèmes de transport actif permettant de détoxifier la cellule bactérienne) qui les rendent naturellement résistantes aux antibiotiques. Ces deux caractéristiques constituent de véritables barrières qui s'opposent à l'accumulation d'une grande variété d'antibiotiques près de leur cible, à l'intérieur de la bactérie. La perturbation des mécanismes s’opposant à l’accumulation d’antibiotiques par des agents chimiosensibilisants représente une stratégie prometteuse.L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre les mécanismes d'inhibition de la résistance qui s’oppose à l’accumulation d’antibiotiques chez les bactéries Gram- négatif.Dans un premier temps l'activité de divers agents chimiosensibilisants synthétiques a été caractérisée. Trois dérivés ont été identifiés pour augmenter significativement l'activité synergique avec les antibiotiques, préalablement observée avec le géraniol. Ces dérivés ont montré une activité inhibitrice des pompes d'efflux ou perméabilisatrice de la membrane externe, pouvant être à l'origine des synergies observées.Dans un second temps, une méthode de criblage a été mise au point, en permettant la détection spécifique des agents chimiosensibilisants tout en décrivant leur mécanisme d'action.Ces travaux de thèse ont participé à proposer une solution thérapeutique brevetée au stade pré-clinique. Ils ont en outre permis de mettre en place des outils originaux pour identifier de nouveaux chimiosensibilisants, mais aussi pour mieux comprendre comment perturber les barrières s'opposant à l'accumulation d'antibiotiques. / Gram-negative bacteria are naturally resistant to many classes of antibiotics thanks to their ability to control the accumulation of drugs. Decreasing membrane barrier permeability and producing efflux pumps that expel drugs outside bacteria, represent the prevalent mechanisms of this resistance. One of the most promising solutions consists in restoring antibiotic activity by targeting such barriers to accumulation, with chemosensitizers.The purpose of my PhD was to better understand the inhibition of resistance that opposes the accumulation of antibiotics in Gram-negative bacteria.In the first stage of the study, the activity of various synthetic chemosensitizers has been characterized. Three compounds were identified to significantly increase the synergistic activity with antibiotics, that was previously observed with geraniol. These derivatives showed an efflux pump inhibition or an outer membrane permeabilization effect, that could be related to the observed synergy.In the second stage of the study, a screening method has been developed for the specific detection of chemosensitizers, while describing their mechanism of action.This work participated in proposing a patented therapeutic solution in the preclinical stage. This study has led to new tools to identify novel chemosensitizers, but also to better understand how to impair the barriers opposing the accumulation of antibiotics.