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Use of information on identified genes to reduce the selection bias on genetic evaluation / Use of information on identified genes to reduce the selection bias on genetic evaluation

Fonseca, Ricardo da 06 May 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-06T16:21:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 310928 bytes, checksum: 5e1c57fc1c6f578018f8a7f6ec87de43 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T16:21:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 310928 bytes, checksum: 5e1c57fc1c6f578018f8a7f6ec87de43 (MD5) Previous issue date: 2003-05-06 / Os dados disponíveis para avaliação genética são invariavelmente originados de várias gerações de seleção. Entretanto, o BLUP, que é o método escolhido para predizer valores genéticos, assume que a seleção não ocorreu. Se as avaliações genéticas são conduzidas ignorando as mudanças nas médias e variâncias devido a seleção, as predições provavelmente serão viesadas e sem variância mínima e consequentemente, alterações no ordenamento dos animais podem ocorrer. A classificação errada dos animais reduz o ganho genético por geração e causa perdas econômicas para empresas de melhoramento e criadores. O problema da seleção na avaliação genética, e essencialmente, um problema de dados perdidos. Se todos os dados utilizados para tomar as decisões de seleção são incluídos na análise as inferêrencias podem ser feitas ignorando a seleção, caso contrário, as predições não são obtidas da distribuição correta. Para verificar o impacto da inclusão da informação de genes para recuperar a informação perdida e diminuir os efeitos da seleção na avaliação genética, foi conduzido um estudo de simulação. Peso a desmama e peso aos 550 dias foram simulados. A primeira característica foi controlada por 20 genes e a segunda por 40 genes, em que os primeiros vinte genes eram compartilhados entre as duas características. As avaliações genéticas foram sempre realizadas para peso aos 550 dias sem o efeito de genes no modelo e com 20, 10, 5 e 2 genes incluídos como efeitos fixos. Cada análise foi conduzida na presença ou ausência de pre-seleção no peso a desmama. Os critérios usados para avaliar a técnica foram: ganho genético e viés. Os resultados mostraram que, de modo geral, a inclusão da informação de genes identificados como efeitos fixos no modelo de avaliação genética não contribuíram para a redução do viés devido a seleção. Em algumas gerações o viés devido a seleção foi maior quando genes identificados foram usados na avaliação genética. Essa situação ocorreu nas gerações em que 20 e 10 genes foram incluídos como efeitos fixos no modelo, não sendo observada nos casos em que 5 e 2 genes foram utilizados. Para os dois últimos casos, não se observou efeito significativo da inclusão da informação genética para quase todas as gerações. / Data available for genetic evaluation are invariably originated from several generations of selection. However, BLUP, the usual method for predict ge- netic values, assumes that selection has not occurred. If genetic evaluations are performed ignoring changes in variances and means due to selection, predictions are likely to be biased and not minimum variance and ranking alterations may occur. Misclassification of animals reduce the genetic gain per generation and causes economic losses to breeding companies and farm- ers. The selection problem in genetic evaluations is, essentially, a problem of missing data. If all data used to take selection decisions are included in the analysis, selection can be ignored, otherwise, predictions are not obtained from the correct distributions. In order to verify the impact of including sin- gle genes information to recover missing data and to reduce selection bias in the genetic evaluation, a simulation study was carried out. Weaning weight and weight at 550 days were simulated. The first trait was controlled by 20 genes and the second by 40 genes where the first twenty were shared between the traits. Genetic evaluations were always performed for weight at 550 days without single genes included in the model and with 20, 10, 5 and 2 single genes included as fixed effects. Each analysis were carried out in presence and absence of pre-selection on weaning weight. The criteria used to evaluate the technique were: genetic gains and bias. The results showed, in general, that including of the information of the identified genes as fixed effects in the genetic evaluation model did not contribute to reduce the bias due to selection. In some generations, the selection bias was larger when identified genes were used in the genetic evaluation. This situation occured in the setting which 20 and 10 identified genes were included as fixed effects in the model, not being observed in the cases which included 5 and 2 identified genes. Considering the two former cases, it was not ob- served significantly effect of including of the genetic information for nearly all generations. / Tese importada do Alexandria
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Avaliação de programas de seleção para a caprinocultura leiteira brasileira / Evaluation of breeding programs for dairy goats in brazil

Santos, Leonardo Hunaldo dos January 2013 (has links)
SANTOS, Leonardo Hunaldo dos. Avaliação de programas de seleção para a caprinocultura leiteira brasileira. 2013. 73 f. Tese (doutorado em Zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-19T17:20:06Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_lhsantos.pdf: 1042914 bytes, checksum: 92dff913eaa1c7133c61e04af515a85b (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-25T22:50:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_lhsantos.pdf: 1042914 bytes, checksum: 92dff913eaa1c7133c61e04af515a85b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T22:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_lhsantos.pdf: 1042914 bytes, checksum: 92dff913eaa1c7133c61e04af515a85b (MD5) Previous issue date: 2013 / This work aimed to evaluate the feasibility of a national breeding program for dairy goats. The genetic and economic gains for two selection schemes, one traditional that represents the overall Brazilian situation and the other using the progeny test, as proposed by the Breeding Program for Dairy Goats (CAPRAGENE) of Embrapa Goats and Sheep were compared. The economic impact of the use of bucks of the nucleus in commercial was evaluated in the traditional scheme. It was also examined the effects of intensity use of young breeding test for the scheme with progeny testing. Analyses were performed in ZPLAN, which uses a deterministic approach to estimate the genetic and economic gains for breeding programs. The traditional scheme with bucks selected in the nucleus of milk production and reproductive traits from their dams and the selection of does made with the same information for themselves and their dams, had no economic viability, not covering the costs of physical and human infrastructure for maintenance of the breeding program. The scheme using progeny tests of young bucks presented viability, with considerable genetic gains for the selection objective and the individual traits that make up this goal. The economic returns of the program outweigh the costs of the same, with a return on investment of about 20%. In this scheme, the trait of greater economic impact was milk yield followed by somatic cell count. The traditional scheme would only allow investment returns of the breeding program with high levels (>60%) for use of nucleus bucks commercial flocks. It is possible that this has no practical feasibility, principally due to the low use of artificial insemination in Brazil. The amount of use of young bucks should be between 10% and 15%. Major uses not promote substantial monetary gains to the selection objective and reduce the genetic profit the important traits as milk yield. / Com o presente trabalho objetivou-se avaliar a viabilidade de um programa nacional de melhoramento genético de caprinos leiteiros. Foram comparados os ganhos genéticos e econômicos para dois esquemas de seleção, sendo um tradicional que representa a situação geral nacional e outro utilizando o teste de progênie, conforme proposto pelo Programa de Melhoramento Genético de Caprinos Leiteiros (CAPRAGENE) coordenado pela Embrapa Caprinos e Ovinos. Em seguida, foi verificado no esquema tradicional de seleção, o impacto econômico da alteração na porcentagem de utilização de reprodutores do rebanho núcleo no estrato comercial. Averiguou-se também os efeitos da intensidade de utilização dos reprodutores jovens em teste para o esquema com teste de progênie. As análises foram realizadas utilizando o ZPLAN, que utiliza um enfoque determinístico para estimar os ganhos genéticos e econômicos para programas de melhoramento genético. O esquema de seleção tradicional, com a seleção de reprodutores do núcleo feita com base em informações reprodutivas e de produção leiteira das mães e a seleção das matrizes feitas com suas próprias informações e de suas mães, não apresentou viabilidade econômica, não cobrindo os custos com a infraestrutura física e humana para manutenção do programa de melhoramento genético. O esquema utilizando testes de progênie de reprodutores jovens apresentou viabilidade, com consideráveis ganhos genéticos para o objetivo de seleção e para as características individuais que compõem este objetivo. Os retornos econômicos do programa superou os custos do mesmo, com um retorno de investimento de cerca de 20%. Neste esquema, a característica de maior impacto econômico foi a produção de leite, seguida pela contagem de células somáticas. O esquema tradicional somente permitiria retornos de investimento do programa de melhoramento com altos níveis (>60%) de uso de reprodutores do núcleo no estrato comercial. É possível que isto não tenha viabilidade prática, principalmente devido ao baixo uso de inseminação artificial no Brasil. A intensidade de utilização dos reprodutores jovens deve estar entre 10% e 15%. Acima desses valores não se constituem ganhos monetários consideráveis ao objetivo de seleção, além da redução do lucro genético de características importantes como produção de leite.
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Estudo genético-quantitativo com os grupos genéticos formadores da raça Girolanda / Genetic-quantitative study with the genetic groups formadores of the Girolanda race

Facó, Olivardo January 2005 (has links)
FACÓ, Olivardo. Estudo genético-quantitativo com os grupos genéticos formadores da raça Girolanda. 2005. 64 f. Tese (doutorado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2005. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-22T18:14:23Z No. of bitstreams: 1 2005_tese_ofaco.pdf: 295050 bytes, checksum: 5dc005e770e84c66e2737cf8fdadbc87 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T17:47:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_tese_ofaco.pdf: 295050 bytes, checksum: 5dc005e770e84c66e2737cf8fdadbc87 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T17:47:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_tese_ofaco.pdf: 295050 bytes, checksum: 5dc005e770e84c66e2737cf8fdadbc87 (MD5) Previous issue date: 2005 / From records of genealogy and control of dairy and reproductive traits, supplied by Brazilian Association of Girolando Breeders, three studies were carried out. In the first study were investigated the effects of the treatment of lactation length information on genetic variability for milk yield in animals of several Holstein x Gir groups genetic. Estimates of (co)variance components were obtained through the method of the restricted maximum likelihood verisimilitude (REML) under animal model. The heritability estimates for milk yield were of 0.24, 0.31 and 0.27, when milk yield was adjusted by lactation length, when lactations inferior to 120 days of length were excluded and when all lactations were considered not adjusting by lactation length, respectively. It was concluded that the adjustment of milk yield by lactation length could take to mistaken practices in the comparison of Holstein x Gir genetic groups for milk yield and in the ranking of the animals by genetic merit. However, the exclusion of short lactations did not reduce the genetic variability and reduced the residual variance, contributing to the improvement of the quality of the genetic evaluations. In the second study were estimated the effects of additive difference between Holstein and Gir breeds, dominance and epistatics, for traits milk yield (PL), 305 days milk yield (PL305), lactation length (DL), calving interval (IDP), age at first calving (IPP) and milk yield by day of calving interval (PL/IDP). The estimates for the addictive genetic difference between the two breeds were significant for all the traits, except for IDP, being 3,115 ± 273 kg, 2,574 ± 226 kg, 98 ± 13 days, -236 ± 67 days and 7.5 ± 0.9 kg/day for PL, PL305, DL, IPP and PL/IDP, respectively. The dominance effects (heterotic) were also significant for all the traits, except for DL. Significant recombination loss was verified for PL and PL305. In the third study, the presence of heterogeneous variances for milk yield in Holstein x Gir crossbred cows and their consequences on animals genetic evaluations were investigated. Estimates of the components of (co)variance were obtained through the method of restricted maximum likelihood (REML) under animal model, using one-trait and three-traits models, where in the last one the milk yield from animals of the genetic groups 1/2, 5/8 and 3/4 were considered as different traits. The heritability estimate for milk yield obtained by the one-trait model was of 0.31, while for the three-traits model they were 0.19, 0.26 and 0.37 for the milk yield in the genetic groups 1/2, 5/8 and 3/4, respectively. The ranking of the animals in function of the predicted breeding values were different when were used the one-trait or three-traits models. The results shown the existence of heterogeneous variances for the lactation milk yield among the base genetic groups of Girolando Breed. / A partir de dados de genealogia, produção de leite e registro de partos de animais de vários grupos genéticos Holandês x Gir, obtidos junto à Associação Brasileira dos Criadores de Girolando, foram realizados três estudos. No primeiro estudo foram investigados os efeitos do tratamento das informações de duração da lactação sobre variabilidade genética para a produção de leite em animais de vários grupos genéticos Holandês x Gir. Estimativas dos componentes de (co)variância foram obtidas por meio do método da máxima verossimilhança restrita (REML) sob modelo animal. As estimativas de herdabilidade para produção de leite foram de 0,24, 0,31 e 0,27 quando a produção de leite foi ajustada para a duração da lactação, quando as lactações inferiores a 120 dias de duração foram eliminadas e quando todas as lactações foram consideradas sem ajuste para a duração da lactação, respectivamente. Conclui-se que o ajuste da produção de leite para a duração da lactação pode levar a práticas equivocadas na comparação de grupos genéticos Holandês x Gir para a produção de leite e na classificação dos animais por mérito genético. Porém, a eliminação das lactações curtas não reduziu a variabilidade genética e diminuiu a variância residual, contribuindo para a melhoria da qualidade das avaliações genéticas. No segundo estudo foram estimados os efeitos de diferença genética aditiva entres as raças Holandesa e Gir, de dominância e de recombinação, para as características produção de leite por lactação (PL), produção de leite até os 305 dias de lactação (PL305), duração da lactação (DL), intervalo de partos (IDP), idade ao primeiro parto (IPP) e produção de leite por dia de intervalo de partos (PL/IDP). As estimativas para a diferença genética aditiva entre as duas raças foram significativas para todas as características, exceto para o IDP, sendo estimadas em 3.115 ± 273 kg, 2.574 ± 226 kg, 98 ± 13 dias, -236 ± 67 dias e 7,5 ± 0,9 kg/dia para PL, PL305, DL, IPP e PL/IDP, respectivamente. Os efeitos de dominância (heterose) também foram significativos para todas as características, exceto para a DL. Foi verificada significativa perda por recombinação para PL e PL305. No terceiro estudo foi investigada a presença da heterogeneidade de variâncias para a produção de leite em vacas mestiças Holandês x Gir e suas conseqüências sobre a avaliação genética dos animais. Estimativas dos componentes de (co)variância foram obtidas através do método da máxima verossimilhança restrita (REML) sob modelo animal, utilizando modelo unicaráter e tricaráter, sendo neste último as produções de leite dos animais dos grupos genéticos 1/2, 5/8 e 3/4 consideradas como características diferentes. A estimativa de herdabilidade para produção de leite obtida pelo modelo unicaráter foi de 0,31, enquanto pelo modelo tricaráter estas estimativas foram de 0,19, 0,26 e 0,37 para as produções de leite nos grupos genéticos 1/2, 5/8 e 3/4, respectivamente. As classificações dos animais em função dos valores genéticos preditos foram diferentes quando foram utilizados os modelos uni ou tricaráter. Os resultados evidenciaram a existência de variâncias heterogêneas para a produção de leite entre os grupo genéticos formadores da Raça Girolando.
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Ação gênica não-aditiva de dominância na avaliação genética / Non-additive gene action of dominance on the genetic evaluation

Cunha, Elizângela Emídio 15 July 2005 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T17:21:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 471931 bytes, checksum: da9a97192fe4f4b633fae99fe73cf063 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T17:21:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 471931 bytes, checksum: da9a97192fe4f4b633fae99fe73cf063 (MD5) Previous issue date: 2005-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho teve por objetivo estudar conseqüências da ação gênica não-aditiva de dominância sobre a avaliação genética animal, no curto e médio prazos. Os dados utilizados foram provenientes de simulações em nível de genes, usando-se o Programa GENESYS na estruturação de um genoma com 600 locos bialélicos. No primeiro estudo foram propostos cinco modelos de ação gênica, que incluíram porcentuais diferentes de locos com dominância completa (d/a= +1), isto é, modelos Ad, D25, D50, D75 e D100, os quais apresentavam 0, 25, 50, 75 e 100% dos locos com desvios da dominância, nessa ordem. Adicionalmente foi simulado um sexto modelo, designado SD, que incluiu sobredominância (d/a= +2) em 50% dos locos. Os modelos com ação gênica de dominância também tiveram efeitos aditivos dos genes em todos os seus locos. A partir de cada modelo genético foram estruturadas populações-controle e de seleção fenotípica que permitiram avaliar o comportamento de diferentes parâmetros genéticos para duas características de baixa (h2= 0,10) e alta (h2= 0,60) herdabilidades. Nessas populações foram praticados apenas acasalamentos ao acaso entre seus genitores, durante 10 gerações consecutivas e discretas. Para ambas as características, constataram-se maiores valores de herdabilidade no sentido restrito, variância genotípica e variância aditiva na ausência de seleção. Verificou-se covariância entre os efeitos aditivos e de dominância, nos modelos com inclusão de desvios da dominância, predominantemente positiva sendo nas a correlação entre populações-controle e esses efeitos negativa nas populações sob seleção. A variância de dominância aumentou com o incremento no número de locos exibindo dominância, e isso implicou aumento da variância aditiva. Houve considerável variação na importância dos efeitos da dominância na variância fenotípica total (d2) de cada característica e como proporção da variância aditiva (d2a) correspondente. Modelos com menor viiiporcentagem de locos com desvios da dominância proporcionaram maior endogamia e fixação de alelos favoráveis e também maiores ganhos genéticos, no período avaliado. No segundo estudo, foram avaliados os impactos de se desconsiderarem os efeitos não-aditivos da dominância sobre a estimação de parâmetros genéticos e a predição de valores genéticos obtidos pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal aditivo unicaracterístico, empregando-se o Programa MTDFREML. Foram propostos dois modelos de ação gênica: um com apenas efeitos aditivos dos genes e o outro com aditivos e dominância completa (d/a= +1) em 100% dos locos. Em cada modelo genético, foram obtidas populações de acasalamentos e seleção ao acaso, totalizando 18.000 registros, que possibilitaram o estudo das características com herdabilidades de 0,15 (baixa), 0,30 (média) e 0,60 (alta). As estimativas dos componentes de variância e herdabilidade obtidas no modelo genético aditivo foram semelhantes aos seus valores reais, em cada característica, ao passo que, sob ação gênica de dominância, foram observadas superestimativas de todos os componentes, sobretudo da variância genética aditiva. Nesse caso, a variância de dominância não-estimada, em função do modelo adotado, foi redistribuída entre os componentes aditivo e residual estimados. Houve perda na acurácia da avaliação genética, traduzida por correlações mais baixas entre os valores genéticos preditos e verdadeiros dos animais para o modelo genético com dominância. No último capítulo, foram avaliadas duas linhagens paternas e seus cruzamentos, selecionados com base no fenótipo para a característica de herdabilidade 0,30. Foi simulado um único modelo de ações gênicas, comum a todas as populações, que incluía efeitos aditivos dos genes e dominância completa em 100 e 50% dos locos, respectivamente. As linhagens, mantidas separadas, foram selecionadas por 20 gerações e submetidas a quatro estruturas de cruzamentos entre seus indivíduos. Na primeira e na terceira, foram acasalados ao acaso machos selecionados de uma linhagem e fêmeas da outra, nas gerações 10 e 15, respectivamente. A segunda e a quarta estrutura constituíram-se de cruzamentos recíprocos aos da primeira e terceira, respectivamente. As populações cruzadas foram selecionadas por 10 e 5 gerações, conforme o cruzamento, períodos em que foram contemporâneas das linhagens. O desempenho das linhas puras e cruzadas foi avaliado, sendo constatados valores fenotípicos superiores nas populações cruzadas em relação às linhagens e pequenas diferenças quanto aos outros parâmetros investigados. Ganhos genéticos mais elevados foram obtidos em pelo menos uma linha parental ao longo de todo o período. A variância aditiva foi restaurada sob cruzamentos interpopulacionais. Não houve diferenças entre os cruzamentos e nem efeito de linha. Esses estudos indicaram a necessidade de considerar os efeitos genéticos não-aditivos de dominância na avaliação genética de características de importância econômica no melhoramento animal, sendo influenciadas pela dominância. / The objective of this work was to study consequences of the non-additive gene action of dominance on the animal genetic evaluation, in the short and medial terms. The utilized data were originated from simulations in level of genes, using the Program GENESYS to structure a genome with 600 bi-allelic loci. In the first study five models of gene action were proposed, that included different percentages of loci with complete dominance (d/a= +1), namely, models Ad, D25, D50, D75 e D100, which presented 0, 25, 50, 75 e 100% of the loci with dominance deviations, in this order. In addition, a sixth model was simulated, named of SD, that included overdominance (d/a= +2) in 50% of the loci. The models with dominance gene action also had additive effects of the genes in all their loci. Starting from each genetic model were structured unselected populations and phenotypic selection ones which allowed to evaluate the behavior of different genetic parameters in two traits of low (h2= 0.10) and high (h2= 0.60) heritabilities. In these populations only random matings were practiced between their genitors, along 10 consecutive and discrete generations. For both traits, were obtained higher values of narrow sense heritability, genotypic variance and additive variance in the absence of selection. It was verified covariance between the additive and dominance effects, in the models that included dominance deviations, being the correlation between these effects predominantly positive in the unselected populations and negative in the populations under selection. The dominance variance augmented with the increase in the number of loci exhibiting dominance and this implicated increase of the additive variance. There was considerable variation in the importance of the dominance effects in the total phenotypic variance (d2) of each trait and how proportion of the correspondent additive variance (d2a). Models with smaller percentage of loci with dominance deviations promoted larger inbreeding and fixation of favorable alleles and also xilargest genetic gains, in the evaluated period. In the second study, were evaluated the impacts of to ignore the dominance non-additive effects on the estimation of genetic parameters and prediction of genetic values, using the restricted maximum likelihood method, under single trait additive animal model, by the Program MTDFREML. Two gene action models were proposed: one with only additive effects of the genes and the other with additives and complete dominance (d/a= +1) in 100% of the loci. In each genetic model, populations of matings and selection at random were generated, by six consecutive and discrete generations, resulting in 18,000 registers, which made possible to study the traits with heritabilities of 0.15 (low), 0.30 (mean) and 0.60 (high). The estimates of the variance components and heritability obtained in the additive genetic model were similar to the real values, in each trait, while, under dominance gene action, overestimates were observed for all components, mainly to the additive genetic variance. In this case, the non-estimated dominance variance, due to the adopted model, was redistributed between the additive and residual components estimated. There was loss in the accuracy of the genetic evaluation, translated by smallest correlations between the predicted genetic values and true ones of the animals for the genetic model with dominance. In the last chapter, were evaluated two parental lines and their crosses, selected by phenotype to the trait with heritability 0.30. Only one genes actions model was simulated, common to all populations, that included additive effects of genes and complete dominance in 100 e 50% of the loci, respectively. The lines, kept separated, were selected per 20 generations and submitted to four structures of crosses between their individuals. In the first and third ones, males selected of one line were mated at random with females selected of the other, in the generations 10 and 15, respectively. The second and fourth structures were composed of reciprocal crosses to those of the first and third schemes, respectively. The crossbred populations were selected per 10 and 5 generations, conform the cross, periods in that they were contemporaneous of the lines. The performance of the pure lines and their crossbreds was evaluated, being verified higher phenotypic values in the crossbred populations when compared to the lines and small differences for the others parameters. Larger genetic gains were obtained in at least one parental line along all period. The additive variance was restored under interpopulational crosses. There were xiinot differences between the crosses and nor line effect. These studies indicated the necessity of to consider the non-additive genetic effects of dominance into the genetic evaluation of traits of economic importance in the animal improvement, being influenced by dominance.
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Heterogeneidade de variância na avaliação genética de bovinos da raça Nelore / Heterogeneity of variance in genetic evaluation of Nelore cattlen

Balieiro, Júlio Cesar de Carvalho 23 January 2001 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-27T18:23:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294022 bytes, checksum: 9561e70812a4a6423354a4e6a2cd4bd3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-27T18:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294022 bytes, checksum: 9561e70812a4a6423354a4e6a2cd4bd3 (MD5) Previous issue date: 2001-01-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram analisados 44.454 registros de peso à desmama, 28.493 registros de peso ao sobreano e 28.399 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano. As características de crescimento foram transformadas utilizando as seguintes funções: logaritmo na base dez, raiz quadrada, (observação - média da subclasse do grupo contemporâneo)/desvio-padrão amostral da subclasse e observação/desvio-padrão amostral da subclasse. As transformações por meio das funções de padronização da média e desvio- padrão amostral da subclasse do grupo contemporâneo e a divisão pelo desvio-padrão amostral da subclasse do grupo contemporâneo apresentaram resultados não-significativos (P > 0,05) e as transformações logarítmica e raiz quadrada, significativos bem como (P < 0,05), as características para o teste em de escala Bartlett. original, As resultados estimativas de herdabilidades direta para peso à desmama em escala original e transformadas pelas funções padronização da média e desvio-padrão amostral da subclasse do grupo contemporâneo e a divisão pelo desvio-padrão amostral da subclasse do grupo contemporâneo foram, respectivamente: 0,30, 0,33, e 0,33. As estimativas de herdabilidades materna para peso à desmama em escala original e transformadas foram, respectivamente: 0,04, -0,08 e -0,08. As estimativas de herdabilidades direta para peso ao sobreano em escala original e transformadas pelas funções foram, respectivamente: 0,44, 0,49 e 0,49. As estimativas de herdabilidades direta para ganho de peso em escala original e transformadas pelas funções foram, respectivamente: 0,26, 0,27 e 0,27. As variâncias das subclasses de grupo contemporâneo foram utilizadas para dividir os registros de peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso de desmama ao sobreano em níveis de baixa, média e alta variabilidade. As médias dos registros de peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso, bem como os componentes de variância genética, residual e fenotípica, aumentaram com o incremento dos níveis de variabilidade dos grupos contemporâneos. As estimativas de herdabilidades direta para peso à desmama em escala original e transformadas em níveis de baixa, média e alta variabilidade foram, respectivamente, 0,29, 0,29 e 0,29 (escala original); 0,28, 0,26 e 0,26 (padronização); e 0,28, 0,26 e 0,26 (divisão pelo desvio-padrão amostral). As estimativas de herdabilidades materna para peso à desmama em escala original e transformadas em níveis de baixa, média e alta variabilidade foram, respectivamente, respectivamente: 0,03, 0,07 e 0,07 (escala original); 0,07, 0,10 e 0,07 (padronização); e 0,07, 0,10 e 0,07 (divisão pelo desvio- padrão amostral). As estimativas de herdabilidades para peso ao sobreano em escala original e transformada em níveis de baixa, média e alta variabilidade foram, respectivamente: 0,22, 0,35 e 0,41 (escala original); 0,21, 0,32 e 0,38 (padronização); e 0,21, 0,32 e 0,38 (divisão pelo desvio-padrão amostral). As estimativas de herdabilidades para ganho de peso da desmama ao sobreano em escala original e transformadas em níveis de baixa, média e alta variabilidade foram, respectivamente: 0,22, 0,28 e 0,27 (escala original); 0,22, 0,29 e 0,27 (padronização); e 0,22, 0,29 e 0,27 (divisão pelo desvio-padrão amostral). Os componentes de variância genética, em análises de características múltiplas, foram maiores que os obtidos em análises de característica única, e os componentes de variância residual foram menores, resultando em estimativas de herdabilidades maiores. As correlações de Pearson entre os valores genéticos e as correlações de Spearman entre as ordens de classificação dos touros e das vacas, obtidas em análises de característica única, para os registros de peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso, em escala original e transformadas, foram próximas à unidade, o que evidencia que os animais seriam classificados de maneira similar. As correlações de Pearson entre os valores genéticos e as correlações de Spearman entre as ordens de classificação dos reprodutores, obtidas em análises de características múltiplas, foram próximas à unidade, para os registros peso ao sobreano e ganho de peso, o que indica que os animais seriam classificados de maneira similar entre os diferentes níveis de variabilidade. As correlações de Pearson entre os valores genéticos e as correlações de Spearman entre as ordens de classificação das vacas, obtidas em análises de características múltiplas, foram medianas para os registros peso ao sobreano e ganho de peso, o que indica que os animais seriam classificados de maneira diferente entre os três níveis de variabilidade. / Data of 44,454, 28,493 and 28,399 records weaning weight, overyearling weight and postweaning gain, respectively, were analyzed. The growth traits were transformed using the following functions: base 10 logarithm, square root, standardization, and expressed as a ratio of the phenotypic standard deviation of the contemporary group. The original and transformed scale using the functions base 10 logarithm and square root had a significant effect (P<0.05) to Bartlett’s test, while standardization and expressed as ratio of the phenotypic standard deviation did not have significant effect (P>0.05). The direct heritability estimates for weaning weight in original and transformed scale by standardization and expressed as ratio of the phenotypic standard deviation were, respectively, 0.30; 0.33; 0.33. The matermal heritability estimates for weaning weight in original and transformed scale were, respectively, 0.04; - 0.08; -0.08. The heritability estimates for overyearling weight in original and transformed scale were, respectively, 0.44; 0.49; 0.49. The heritability estimates for postweaning gain in original and transformed scale were, respectively, 0.26; 0.27; 0.27. The variances of the subclasses of contemporary group were used to divide the records of weaning weight, overyearling weight and postweaning gain in three variability levels: low, mediun and high. The averages of records of weaning weight, overyearling weight and postweaning gain, as well as, the components of genetic, residual and phenotypic variances increased with the increase of the variability levels of the contemporary groups. The components of genetic variance, for the multitraits analyses, were larger than the obtained in single traits models, and the components of residual variance were smaller, resulting in heritability estimates larger. The Pearson and Spearman correlations between the genetic values and the rank order of the bulls and cows classification of obtained in single traits analyses, for weaning weight, overyearling weight and postweaning gain, in original and transformed scale, were closed the unit, indicating that the animals would be classified in a similar way. The Pearson and Spearman correlations between the genetic values and the the rank order of the bulls classification, obtained in analyses of multitrait models, were close to the unit too, for overyearling weight and postweaning gain, indicating that the animals would be classified in a similar way among the different variability levels. The Pearson and Spearman correlations between the genetic values and the rank order of the cows classification, obtained in analyses of multitrait models were medium, for overyearling weight and postweaning gain, indicating that the animals would be classified in different way in the three variability levels.
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Avaliação genética de características de desempenho e reprodutivas em suínos / Genetic evaluation in reproductive and performance traits of swines

Torres Filho, Rodolpho de Almeida 09 March 2001 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-07-05T17:42:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395012 bytes, checksum: 25a839219fb50fd2e2aae41ded8706f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-05T17:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395012 bytes, checksum: 25a839219fb50fd2e2aae41ded8706f4 (MD5) Previous issue date: 2001-03-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Registros referentes a conversão alimentar, idade para atingir 100 kg, espessura de toucinho corrigida para 100 kg (características de desempenho), idade da porca no primeiro parto, número de leitões nascidos, total e vivos, peso de leitegada no nascimento (características reprodutivas), de uma linha em desenvolvimento de suínos da raça Large White, foram utilizados na estimação de componentes de (co)variância, pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para verificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética animal, sendo no modelo 1 incluído o efeito genético direto; no 2, os efeitos genéticos direto e materno; no 3, os efeitos direto e comuns de leitegada; e no 4, os efeitos direto, materno e comuns de leitegada. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram obtidas por meio da regressão das médias dos valores genéticos das características em função do ano de nascimento do animal. Para avaliar os critérios de seleção foram estimadas correlações de ordem entre os valores genéticos dos indivíduos. Constatou-se que a inclusão do efeito materno, do efeito permanente de meio ou de ambos no modelo correspondeu a valores maiores de log e L. O teste da razão de verossimilhança indicou, para as características de desempenho e idade no primeiro parto, o modelo 4 como o mais adequado, e, para as características de leitegada, o modelo 1. As herdabilidades direta e total apresentaram valores altos a médios (respectivamente) para as características de desempenho (0,13 a 0,55) e valores médios para as características reprodutivas (0,16 a 0,34). A herdabilidade materna foi geralmente baixa, e as correlações entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, o que evidenciou o antagonismo entre esses efeitos. As correlações genéticas entre as características de desempenho e reprodutivas foram bastante variadas, tanto em sinal (positiva ou negativa) como em magnitude. Esses resultados indicam que esses dois grupos de características não são independentes e devem ser utilizados em avaliações multicaracterísticas, para que essas correlações possam ser melhor empregadas genética em dos programas de melhoramento. As estimativas de tendência efeitos diretos mostraram progresso considerável para as características de desempenho e pouco para as de leitegada. Tendo em vista que as tendências, para todas as características estudadas, fo ram favoráveis, ressalta- se a possibilidade de se obterem ganhos genéticos, simultaneamente, em características de desempenho e reprodutivas. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno foram de baixa magnitude e até negativas. As correlações de ordem entre as características de cada grupo (desempenho e reprodutivas) foram, em geral, favoráveis, enquanto as estimativas obtidas nos pares formados entre uma característica de cada grupo não tiveram relação definida entre os ordenamentos dos valores genéticos preditos. / Records of a Large White breed swines were used to estimate (co)variance components, by the Restricted Maximum Likelihood method (REML) for feed:gain ratio, age to reach 100 kg, backfat thickness corrected for 100 kg (performance traits), dam age at first calving, number of piglets born alive, total number of born piglets and birth litter weight (reproductive traits). The likelihood ratio test was applied to verify which model was more adapted to the animal genetic evaluation, in the model 1 the direct genetic effect was included; in the model 2, the direct and maternal genetic effects were included; in the model 3, the direct and common litter effects; and the model 4, the direct, maternal and common litter effects. Genetic direct and maternal trends estimates were obtained by regressing genetic values averages on dam birth year. Order correlations among the animals genetic values were used to evaluate the selection criteria. It was verified that the inclusion of maternal effect, permanent environmental effect or both effects in the model corresponded to higher log e L values. The likelihood ratio test showed that, for performance traits and age at first calving, the model 4 was more adapted and, for the litter traits, the model 1. The direct and total heritabilities showed high to medium values (respectively) for the performance traits (0.13 to 0.55) and medium values for the reproductive traits (0.16 to 0.34). The maternal heritability was generally low and the correlations among the additive direct and maternal genetic effects were, in general, high and negative, indicating the antagonism among these effects. The genetic correlations among the performance and reproductive traits were variable in signal (positive or negative) and magnitude. These results indicate that both traits groups were not independent and can be used for multitrait evaluations, so that these correlations can be better used in genetic improvement programs. Genetic direct trend estimates showed good progress for the performance traits and small progress for the litter traits. It should be emphasized that there is a possibility to obtain genetic gain, simultaneously, for performance and reproductive traits, because the trends, for all stud ied traits, were positive. Genetic maternal trend estimates showed very small progress and were even negative. Order correlations among the performance and reproductive traits of each group were, in general, positive, while the estimates from pairs formed in a trait of each group did not show a defined relation among the orders of predict genetic values. / Dissertação importada do Alexandria
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Utilização de modelos de regressão aleatória na avaliação genética de animais da raça Girolando / Genetic evaluation of Girolando animals using random regression models

Freitas, Marcelo Silva de 14 February 2003 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-11T14:25:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 271648 bytes, checksum: 2d1d3914b878d60c6b0f6c263bd09c94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-11T14:25:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 271648 bytes, checksum: 2d1d3914b878d60c6b0f6c263bd09c94 (MD5) Previous issue date: 2003-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos desse estudo foram estimar parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle, utilizando modelos de regressão aleatória e avaliá-los comparativamente ao modelo de ajuste da produção até 305 dias, pela avaliação genética de animais da raça Girolando. Para isso, utilizaram-se 6.840 registros de produção de leite no dia do controle de 973 vacas primíparas da raça Girolando, filhas de 154 touros, em 50 rebanhos supervisionados, no período de 1989 a 2002, pelo serviço de controle leiteiro da Associação Brasileira dos Criadores de Girolando, além de registros da produção de leite na lactação até 305 dias de 726 vacas Girolando primíparas, filhas de 108 touros, de diferentes composições raciais Holandês x Gir. Três modelos de regressão aleatória foram gerados a partir de modificações no termo exponencial (a 3 exp -0,05t ) da função de WILMINK, para verificar o efeito das modificações nesse termo nas estimativas dos componentes de variância e dos parâmetros genéticos. No modelo W05, o valor –0,05 foi mantido, enquanto os modelos W06 e W10 usaram os valores –0,068 e – 0,10, respectivamente, em substituição ao valor –0,05, que é o padrão da função. O modelo W05 mostrou-se superior aos demais modelos, pois obteve as menores estimativas de variância residual, valores mais adequados de herdabilidade para cada dia de controle, maiores valores, em geral, de correlações genéticas entre os dias de controle, uma menor incidência de estimativas negativas de correlação entre os controles no início e no final da lactação, além do maior valor do Log máximo da função de verossimilhança. Com isso, esse modelo foi considerado como o que possibilitou o melhor ajuste da produção de leite no dia do controle dos animais da raça Girolando. No estudo comparativo entre os modelos de regressão aleatória e de produção até 305 dias, as menores estimativas de componentes de variância foram obtidas pelo modelo de regressão aleatória. A estimativa obtida pelo modelo de regressão aleatória, para a herdabilidade até 305 dias, foi 0,31, enquanto a estimativa obtida pelo modelo de produção até 305 dias foi 0,24. Foram observadas alterações significativas nas classificações pelos valores genéticos, de touros e vacas, entre os modelos comparados nesse estudo, confirmando as baixas correlações de ordem, observadas entre essas classificações. Apesar dessas mudanças nas classificações, o ajuste da produção de leite pela utilização de modelo de regressão aleatória oferece diversas vantagens para a predição dos valores genéticos dos animais, como, por exemplo, o maior número de observações por animal, que pode contribuir para maior confiabilidade das avaliações genéticas dos animais dessa raça. / The purposes on this study were estimate test-day milk yield genetic parameters, using random regression models and compare then to a 305d lactation model, by the genetic values of Girolando animals. Data comprising 6,840 test-day milk yield records of 973 Girolando primiparous cows, daughters of 154 bulls, in 50 herds supervised, between 1989 and 2002, by the Girolando Brazilian Association’s milk recording service, and full lactation records of 726 Girolando cows, daughters of 108 bulls, from diferents genetic compositions. Three random regression models were generated from changes over the WILMINK function’s exponential term (a 3 exp -0,05t ), to verify the effect caused by these changes on that term over variance components and genetic parameters estimates. The –0.05 value was kept on the W05 model. However, W06 and W10 models used the values –0.068 and – 0,10, respectively, instead of the –0.05 value, which is the function’s default. W05 model showed the lowest residual variance estimates, better test-day heritability values, greater test-day correlation values, a lower number of negative genetic correlation between test-days in the beginning and in the end of the lactation, and a greater maximum Log of the likelyhood function value. These results led to the conclusion that the W05 model had the best fit to Girolando’s test-day milk yield. On the comparative study between random regression and 305d lactation models, the lowest variance components were obtained by the random regression model. Heritability estimates obtained by the randomregression model and by the full lactation model, for milk yield up to 305d, were 0.31 and 0.24, respectively. Significant changes were observed in bulls and cows breeding value rankings between models, confirming the low rank correlation estimates. However, milk yield fit using a random regression model can bring some advantages like more records per animal, which can improve the reliability of Girolando animals genetic evaluations.
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Avaliação genética na presença de heterogeneidade utilizando dados simulados / Genetic evaluation with heterogeneity across herds, using simulation

Carneiro, Antonio Policarpo Souza 31 March 2003 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T16:24:50Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 230332 bytes, checksum: 5b41a9ec99d8c6835507f9f522bb1e8c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T16:24:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 230332 bytes, checksum: 5b41a9ec99d8c6835507f9f522bb1e8c (MD5) Previous issue date: 2003-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os objetivos deste trabalho foram simular estruturas de dados similares às condições reais observadas em rebanhos bovinos em relação a heterogeneidade; comparar os resultados das análises que consideram ou não a presença da heterogeneidade; quantificar o real efeito da heterogeneidade sobre a avaliação genética e seleção de touros, vacas e progênies, além de verificar a relação entre heterogeneidade e conexidade genética dos dados. Foram simulados vários conjuntos de dados formados por 75 touros, 3750 vacas e 7500 progênies, distribuídos em 15 rebanhos, por intermédio do programa Genesys (EUCLYDES, 1996). Quatro estruturas de heterogeneidade foram simuladas: rebanhos com heterogeneidade para todos os parâmetros tanto genéticos quanto fenotípicos - RHTP; rebanhos com médias genéticas similares e demais parâmetros heterogêneos - RMGS; rebanhos com heterogeneidade fenotípica - RHF e rebanhos sem heterogeneidade - RSH. Os rebanhos foram agrupados em três níveis: alta, média e baixa variabilidade. Foram simulados quatro graus de conexidade genética entre os níveis de variabilidade: 0%, 20%, 40% e 100% de conexidade genética (CG-0, CG-20, CG-40 e CG-100). Os arquivos de dados foram utilizados em análise de característica única que não considerava a heterogeneidade. Também, efetuou-se análise de características múltiplas, onde a produção em cada nível de variabilidade foi analisada como uma característica diferente, considerando- se, portanto, a heterogeneidade. As estimativas de variância genética e herdabilidades foram subestimadas para a estrutura de dados RHTP, mesmo nas análises de características múltiplas e para conjuntos de dados com alto grau de conexidade. Para as estruturas de dados que não apresentavam heterogeneidade para médias genéticas (RMGS, RHF e RSH), estas estimativas foram próximas dos valores simulados. Os valores genéticos preditos nas diferentes estruturas de dados foram comparados com os valores genéticos verdadeiros, através das correlações de ordem e de Pearson. Para RHTP, estas correlações foram inferiores a 50%, exceto para os valores genéticos de touros com 100% de conexidade entre os níveis de variabilidade. Para RMGS e RHF, as correlações foram altas e próximas às obtidas para dados sem heterogeneidade (RSH). Valores baixos para as correlações de Pearson indicam baixa acurácia na predição dos valores genéticos, enquanto baixas correlações de ordem indicam que a ordem de classificação dos animais com base nos valores genéticos preditos e verdadeiros é diferente. Conseqüentemente, classificados, animais com menor incorretamente, entre os valor animais genético poderão geneticamente ser superiores, prejudicando a eficiência da seleção. A heterogeneidade de média genética entre rebanhos prejudicou a acurácia da predição dos valores genéticos de touros e, principalmente de vacas e progênies, mas a heterogeneidade para outros parâmetros, não influenciou a avaliação genética dos animais. A análise de características múltiplas não foi eficiente para eliminar os problemas da heterogeneidade sobre a avaliação genética e o grau de conexidade dos dados influenciou os resultados das análises, apenas quando os rebanhos tinham médias genéticas heterogêneas. Assim, verificou-se que o problema da heterogeneidade sobre as avaliações genéticas é devido, basicamente à presença de médias genéticas diferentes entre rebanhos. / The objectives of this study were to simulate data structures similar to the real conditions observed in bovine herds according to parameters heterogeneous; to compare the results of the analysis that account or not for heterogeneity; to quantify the true effect of heterogeneity on the genetic evaluation and selection of bulls, cows and progenies, and to verify the relationship between parameters heterogeneous and genetic connectness of the data. It were simulated several groups of data formed by 75 bulls, 3750 cows and 7500 progenies, distributed in 15 herds, through the program Genesys (EUCLYDES, 1996). Four parameters heterogeneous structures were simulated: herds with heterogeneity for all the parameters, genetic and phenotypic - RHTP; herds with genetic means similar and the other parameters heterogeneous - RMGS; herds with heterogeneity phenotypic - RHF and herds without heterogeneity - RSH. Herds were grouped in three levels: high, mean and low variability. It were simulated four degrees of genetic connectness between the variability levels: 0%, 20%, 40% and 100% of genetic connectness (CG-0, CG-20, CG-40 and CG-100). Data files were used in single-trait analysis that didn't account for parameters heterogeneous. Also, it was carried out a multiple-trait analysis in which the production in each variability level was analyzed as a different trait. The estimates of genetic variance and heritability were underestimated for the data structure RHTP, even in the multiple-trait analysis and for groups of data with high connectness degree. For the structures of data that didn't present heterogeneity for genetic means (RMGS, RHF and RSH), these estimates were close to the simulate values. The estimated breeding values in the different structures of data were compared with the true breeding values, through rank correlations and Pearson correlations. For RHTP, these correlations were lower than 50%, except for the breeding values of bulls with 100% of connectness between the variability levels. For RMGS and RHF, correlations were high and close to values obtained for data without heterogeneity (RSH). Low values for Pearson correlations indicate low accuracy in the prediction of breeding values, while low rank correlations indicate that the ranking of animals based on estimated and true breeding values is different. Consequently, animals with smaller breeding value may be included, incorrectly, among the animals genetically superiors, harming the efficiency of selection. The heterogeneity of genetic mean between herds harmed the accuracy of breeding value predictions of bulls and, mainly of cows and progenies, but the heterogeneity for other parameters, didn't influence the genetic evaluation of the animals. The multiple- trait analysis was not efficient to eliminate the problems of parameters heterogeneous on genetic evaluation. The degree of connectness of the data influenced the results of the analysis, just when the herds had heterogeneous genetic means. Like this, it was verified that the problem of parameters heterogeneous about the genetic evaluations is due, basically to the presence of different genetic means between herds. / Tese importada do Alexandria
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Avaliação de estratégias de genotipagem em situações de incerteza de paternidade e seu impacto sobre as avaliações genômicas em bovinos de corte / Evaluation of genotyping strategies in situations of uncertainty paternity and impact on genomic evaluation in beef cattle

Tonussi, Rafael Lara [UNESP] 14 December 2016 (has links)
Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-18T17:45:01Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1385325 bytes, checksum: ea9dbc49d8fec3ee26a2a139e1dd0baf (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão on 2017-01-23T19:14:45Z (GMT) / Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-24T10:46:09Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Reprodutores múltiplos (RM) é o sistema de manejo mais comum em produção de bovinos de corte principalmente devido a facilidade e baixo custo de manejo. No entanto, RM não permite a identificação de paternidade, tornando o pedigree incompleto um dos principais obstáculos para avaliações genéticas precisas. Existe um crescente interesse na investigação do uso de dados genômicos em modelos com paternidade incerta, visando aumentar a acurácia e diminuir o viés nas avaliações genéticas. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a aplicação do BLUP e single step genomic BLUP (ssGBLUP) em diferentes cenários com paternidade incerta utilizando dados simulados e reais em bovinos de corte. Foram simulados genótipos, pedigree e fenótipos para idade ao primeiro parto (IPP) e peso aos 550 dias (P550) utilizando herdabilidades baseadas em dados reais (0,12 para IPP e 0,34 para P550). O genoma foi simulado com um comprimento total de 2.333 cM, com 735.293 marcadores bialélicos e 7.000 QTL distribuídos aleatoriamente ao longo dos 29 cromossomos. Foi assumido que os QTLs explicaram 100% da variância genética. Para QTL, a quantidade de alelos variou aleatoriamente de dois a quatro por loci. Foram estudados cenários com 0%, 25%, 50%, 75% e 100% de RM e foram testados quatro tipos de escalas entre as matrizes G e A22. A acurácia e viés foram calculados para cincos grupos: ALL = todos os animais; BULL = apenas touros; GEN = animais genotipados, FEM = fêmeas e YOUNG = machos jovens. O uso da informação genômica no modelo (ssGBLUP) apresentou acurácia maior (variando de 0,31 a 0,97) do que o BLUP tradicional (variando de 0,05 a 0,97), especialmente no grupo YOUNG. No estudo com dados reais, todos os modelos incluíram grupos de contemporâneos e classe de idade da vaca como efeitos fixos. A acurácia do valor genético (EBV / GEBV) foi calculada em cada cenário para oito grupos de animais: ALL = todos os animais, BULL = apenas touros com dez ou mais progênies; GEN = animais genotipados, GENwithPHEN = animais genotipados com fenótipos, GENwithoutPHEN = animais genotipados sem fenótipos, YOUNG = machos e fêmeas jovens sem fenótipos, YwithoutGEN = animais jovens sem fenótipos e genótipos e YwithGEN = animais jovens sem fenótipos e com genótipos. As acurácias do EBV (método BLUP) variaram de 0,02 a 0,46 para P455 e 0,04 a 0,18 para IPP, enquanto que as acurácias do GEBV (ssGBLUP) variaram de 0,13 a 0,48 para P455 e 0,16 a 0,33 para IPP. Os resultados obtidos com dados simulados e reais mostraram que acurácias do EBV e GEBV diminuíram à medida que as proporções de RM aumentaram. Além disso, o uso da informação genômica na avaliação genética pelo ssGBLUP aumentou a acurácia da avaliação, especialmente para animais com menos informações e para animais jovens. / Multiple service sire (MS) is the most common mating system in extensive beef production systems mainly due the facility and low management cost. However, MS does not allow the paternity identification, which makes the incompleteness of pedigree one of the main obstacles for accurate genetic evaluations. There is a grown interest to investigate the use of genomic data in uncertain paternity models aiming to increase the accuracy and to decrease bias in genetic evaluations. Therefore, the objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) under different scenarios of uncertain paternity, using simulated and real data in beef cattle population. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). The simulated genome had a total length of 2,333 cM, with 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci ranged randomly from two to four. Uncertain paternity scenarios using 0%, 25%, 50%, 75%, and 100% were studied. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; YOUNG = young males. The use of genomic information in the model (ssGBLUP) provided more accurated prediction (ranging from 0.31 to 0.97) than traditional BLUP (ranging from 0.05 to 0.97), especially in the YOUNG group. In real data, all models included contemporary groups and age at calving in classes as fixed effects. The accuracy of the estimated breeding value (EBV/GEBV) prediction was calculated in each scenario with eight groups of animals: ALL = all animals in the population, BULL = only bulls with ten or more progenies; GEN = genotyped animals, GENwithPHEN = genotyped animals with phenotypes, GENwithoutPHEN = genotyped animals without phenotypes, YOUNG = male and female young animals without phenotypes, YwithoutGEN = young animals without phenotypes and genotypes, and YwithGEN = young animals without phenotypes and with genotypes. Accuracies of EBV (BLUP method) ranged from 0.02 to 0.46 for W450 and 0.04 to 0.18 for AFC, while the accuracies of GEBV (ssGBLUP) ranged from 0.13 to 0.48 for W450 and 0.16 to 0.33 for AFC. The results obtained in simulated and real data showed that EBV and GEBV accuracy decreased as the proportion of MS increased. Additionally, the use of genomic information in the genetic evaluation by ssGBLUP increases the accuracy of evaluation, especially for animals with few number of information, such as young animals. / FAPESP: 2013/25910-0
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Simulação de diferentes estratégias de seleção na bubalinocultura leiteira

Seno, Leonardo de Oliveira [UNESP] 19 December 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-19Bitstream added on 2014-06-13T20:45:17Z : No. of bitstreams: 1 seno_lo_dr_jabo.pdf: 566971 bytes, checksum: 0c5e0aebf798c4c7055349396b4889f3 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo teve como objetivo avaliar a viabilidade genéticaeconômica de execução de diferentes estratégias de seleção, em uma população simulada de bubalinos leiteiros, no sentido, de selecionar dentre as opções a melhor estratégia. No processo de tomada de decisão, avaliou-se o impacto das estratégias no valor genético médio, coeficiente de endogamia, variância genética, além de examinar a relação custo-benefício, por meio dos indicadores determinísticos, valor presente líquido (VPL) e razão benefício-custo (B/C). Os efeitos dos aumentos no número de rebanhos que participam de um programa de controle leiteiro (CL) e na porcentagem de inseminação artificial (IA), também foram avaliados. As estratégias analisadas envolveram seleção baseada em: 1) valores aleatórios, sem a adoção de IA (SA); 2) valores aleatórios, com a adoção de IA (SAIA); 3) valores fenotípicos (SF); e 4) teste de progênie (TP). O aumento na porcentagem de rebanhos participantes de programas de CL pode promover a obtenção de maiores ganhos genéticos nas estratégias de TP e SF. A introdução de TP na bubalinocultura poderia proporcionar ganhos genéticos relevantes na população. A receita obtida com a venda de leite foi incrementada em função do aumento no número de rebanhos nas estratégias de TP e SF. A utilização de IA aumenta a conexão entre os rebanhos, promovendo a melhor difusão do material genético superior na população e consequentemente, aumento na receita obtida com a venda de leite. A aplicação das estratégias de seleção SF e TP em uma população de bubalinos leiteiros na Região Sudeste do Brasil mostraram-se viáveis de acordo com os critérios do VPL e da razão B/C. / The aim of this study was to evaluate the genetic-economic feasibility of the execution of different selection strategies, in a simulated population of dairy buffaloes, in order to choose the best strategy. In the decision process it was evaluated the impact of the strategies using the change in the true breeding value, inbreeding coefficient, variance of true breeding values, as well as to examine the relation cost-benefit from a deterministic approach, net present value (VPL) and benefit-cost ratio (B/C). The effect of the increase in the number of herds that participate on a program of milk recording and in the percentage of artificial insemination (IA) was also evaluated. The strategies analysis involved: 1) selection based on random values, without AI (SA); 2) selection based on random values, with AI (SAIA); 3) phenotypic selection (SF); and 4) progeny test (TP). The increase in the percentage of participant herds in program of milk recording can promote high genetic profits in the strategies TP and SF. The introduction of TP in dairy buffaloes could provide genetic improvement to the population. The profit obtained with the milk sales has increased because of in the number of herds under strategies SF and TP. The use of IA increases the connection between herds, promoting the best diffusion of the superior genetic material in the population and, consequently, increase profit obtained with milk sales. The application of the strategies SF and TP in a dairy buffaloes population in the Southeastern Region of Brazil showed feasibility according to the criteria of the VPL and B/C ratio.

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