Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-20Bitstream added on 2014-06-13T18:29:29Z : No. of bitstreams: 1 venturini_gc_me_jabo.pdf: 314438 bytes, checksum: 32a3f00b923881d721cf605c82c08d7c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Objetivou-se estimar parâmetros genéticos e fenotípicos da produção de ovos total e parcial em aves de postura por meio de modelos de dimensão finita e infinita, visando à seleção das aves para a característica produção de ovos. Utilizou-se dados de fêmeas, nascidas a partir de três incubações, provenientes de uma geração de uma linhagem de poedeiras, desenvolvida pela EMBRAPA Suínos e Aves em Concórdia, SC. A produção de ovos foi avaliada individualmente por meio do número de ovos, a partir de 20 até 70 semanas de idade. As produções foram divididas em períodos, sendo que cada período consistiu em três semanas de produção. As características estudadas foram os registros parciais nos períodos e o registro total da produção de ovos (PTOTAL). Para análise em modelo animal uni e bicaracterística, utilizou-se o programa computacional MTDFREML. Maior herdabilidade foi estimada para o período de 20 a 22 semanas de idade (P1) e PTOTAL (0,33 ± 0,07 e 0,23 ± 0,06). Correlações genéticas entre os períodos parciais e PTOTAL variaram de 0,42 ± 0,15 (PTOTAL com P2, de 20 a 22 semanas de idade) até 1,00 (PTOTAL com P9 e P11, de 44 a 46 e 50 a 52 semanas de idade, respectivamente). A correlação de Spearman entre as ordens dos 43 galos quanto aos valores genéticos para produção de P9, P10 (de 47 a 49 semanas de idade) e de P11 com PTOTAL foi significativa (p<0,001) para P9 e P11, igual a 1,00 e para P10 (p<0,0028), igual a 0,99. Concluiu-se que o registro parcial de ovos para os períodos P9, P10 e P11 poderiam ser considerados no processo de seleção visando à produção total de ovos. Porém, devido os mesmos apresentarem baixas estimativas de herdabilidade (0,06; 0,12 e 0,10, respectivamente para P9, P10 e P11) a seleção seria mais eficiente considerando o PTOTAL. Portanto, seria recomendada a seleção baseada na produção total de ovos, pois a mesma... / The aim was to estimate genetic and phenotypic parameters for total and partial records of egg production of laying hens using finite and infinite-dimension models, with a view to selecting birds for egg production. Data on females born from three incubations, from a generation of an egg-laying strain developed by EMBRAPA Suínos e Aves, Concórdia, SC, were used. Egg production was evaluated individually as the number of eggs produced between the ages of 20 and 70 weeks. The production was divided into three-week periods. The traits studied were the partial records for each period (P1 to P17) and the total recorded egg production (PTOTAL). For analysis in one and two-trait animal models, the MTDFREML software was used. Higher heritabilities were estimated for the periods of 20 to 22 weeks of age (P1) (0.33 ± 0.07) and PTOTAL (0.23 ± 0.06). The genetic correlations between the partial periods and PTOTAL ranged from 0.42 ± 0.15 (P1) to 1.00 (for P9 and P11, representing 44-46 and 50-52 weeks of age, respectively). Spearman’s correlation between the ranks of the 43 sires, regarding the genetic values for production in P9, P10 (47-49 weeks of age) and P11 in relation to PTOTAL, was significant and equal to 1.00 (P<0.001) for P9 and P11 and equal to 0.99 (P<0.0028) for P10. Although highly correlated with PTOTAL, these periods had low heritability estimates in two-trait analysis (0.06, 0.12 and 0.10, respectively for P9, P10 and P11). Thus, selection based on these partial periods would be inefficient and basing it on total egg production would be recommended, since this presented higher heritability estimates. To estimate the covariance functions using random regression models, the DXMRR option in the DFREML statistical software was used. The most appropriate model regarding goodness-of-fit of the egg production data in these laying hens was the one composed of third-order... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 225296 bytes, checksum: d002b20836b6d51ee31c358241176510 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A total of 17,985 animals, within 8,746 quails from UFV1 strain and 9,239 from UFV2 strain, belonging to the Poultry Breeding Program of UFV were used to evaluate the effect of inbreeding on body weight characteristics at 28 and 42 days of age and egg production. The MTDFNRM (Multiple Trait Derivative Free Numerator Relationship Matrix) software, a system component of MTDFREML (Boldman et al., 1995), was used to process the records of the quails in numerical codes, so the identification number of the quail was always greater than the identification number of their parents, and to obtain the coefficient of inbreeding of it quail. The complete pedigree file was used to analyze the genetic structure of the population by mean of ENDOG v. 4.5 software (Gutiérrez and GOYACHE, 2008). The UFV1 strain showed an average F of 0.54%, anaverage relationship coefficient of 1.27% and 0.25% of increment or new inbreeding. The percentage of inbred this strain was 30.85% with an average F of 1.73%, ranging from 0.1% to 26.6%. The effective population size was 200.38 quails. The UFV2 strain showed an average F of 0.76%, an average relationship coefficient of 1.83% and 0.30% of increment or new inbreeding. The percentage of inbred quails for this strain was 45.54%, with an average F of 1.67%, ranging from 0.1% to 25.8%. The effective population size was 164.42. Inbreeding did not affect body weight at 28 and 42 days and egg production. The UFV genetic group 2 showed a lower effective population size, larger increment or new inbreeding, smaller effective population size than UFV1, requiring more accurate control in mating of the selected quails. / Foram utilizados dois grupos genéticos de codornas da subespécie Coturnix coturnix coturnix, totalizando 17985 aves, sendo 8746 da linhagem UFV1 e 9239 da linhagem UFV2, pertencentes ao Programa de Melhoramento de Codornas da Universidade Federal de Viçosa, com o objetivo de avaliar o efeito da endogamia nas características peso corporal das aves aos 28 e 42 dias de idade e produção de ovos. Utilizou-se o programa computacional MTDFNRM ("Multiple Trait Derivative Free Numerator Relationship Matrix"), componente do sistema MTDFREML (Boldman ET AL., 1995) para transformação dos registros dos animais em códigos numéricos, de modo que o número do animal sempre fosse maior que o número dos pais, e obter o coeficiente de endogamia das aves. O arquivo de pedigree completo foi utilizado para análise da estrutura genética da população, executada pelo programa ENDOG v. 4.5 (Gutiérrez E Goyache, 2008). O Grupo Genético UFV 1 apresentou um F médio de 0,54%, coeficiente de relação médio de 1,27% e 0,25% de incremento de endogamia. Do total de animais, 30,85% são endogâmicos, com um F médio de 1,73%, variando de 0,1% a 26,6 %. O tamanho efetivo encontrado foi de 200,38. O Grupo Genético UFV 2 apresentou um F médio de 0,76%, coeficiente de relação médio de 1,83% e 0,30% de incremento de endogamia. Do total de animais, 45,54% são endogâmicos, com um F médio de 1,67%, variando de 0,1% e 25,8 %. O tamanho efetivo encontradofoi de 164,42. A endogamia não influenciou nenhuma das características estudadas (peso corporal aos 28 e 42 dias e produção de ovos). O Grupo Genético UFV 2 apresentou menor tamanho efetivo, maior incremento de endogamia , menor número efetivo de fundadores e de ancestrais do que o UFV 1, requerendo maior controle nos acasalamentos das codornas selecionadas para reprodução.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-03-17T19:54:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludmilla Costa Brunes - 2017.pdf: 3462124 bytes, checksum: 72074a72cd1437ba4f2f20135e930ac9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-20T13:48:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludmilla Costa Brunes - 2017.pdf: 3462124 bytes, checksum: 72074a72cd1437ba4f2f20135e930ac9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:48:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludmilla Costa Brunes - 2017.pdf: 3462124 bytes, checksum: 72074a72cd1437ba4f2f20135e930ac9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / The reproductive efficiency in cattle herds, as well as the anticipation of puberty, has positive effects on zootechnical indexes and on the profitability of production systems. Thus, the aim of this study was to estimate the genetic parameters and the genetic and phenotypic trends for growth, carcass, and reproductive traits in a Nellore cattle herd under selection for sexual precocity, given age at first conception and age at first calving as selection criterion. Furthermore, this study also aimed to evaluate, using multivariate analyzes, which traits, among growth, carcass and visual scores, better discern early pregnancy. Genetic parameters were estimated for birth weight (BW), weight at 120 (W120), 210 (W210), 365 (W365) and 450 (W450) days of age, average daily gain pre-weaning and post-weaning (ADGPRE e ADGPOS), rib eye area (REA), backfat thickness (BF), rump fat thickness (RF), marbling (MAR), hot carcass weight (HCW), weight of edible portion (WEP), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (LG), days open (DO), calving interval (CI), real fertility (RF), cumulative productivity (CP), relation to weaning (RW), age at first conception (AFCo) and age at first calving (AFCa). Data were provided by Vera Cruz Ranch and the National Association of Breeders and Researchers (ANCP). The covariance components were estimated using the Restricted Maximum Likelihood method, available on BLUPF90 package, in univariate and bivariate analyzes using animal model. The heritability estimated for BW (0.39), W120 (0.32), W210 (0.31), W365 (0.33), W450 (0.34), ADGPRE (0.23), ADGPOS (0.27), REA (0.39), BF (0.34), RF (0.34), MAR (0.38), HCW (0.39), WEP (0.39), SC365 (0.33), SC450 (0.33), LG (0.23), DO (0.34), CI (0.23), RF (0.21), CP (0.25), RW (0.26), AFCo (0.21) and AFCa (0.24) indicated the possibility of genetic selection. The maternal heritability estimated for BW (0.06), W120 (0.08), W210 (0.07), W365 (0.05), W450 (0.11), ADGPRE (0.12), ADGPOS (0.08), SC365 (0.07) and SC450 (0.03) indicated genetic effects of the dam on the progeny performance, until the post-weaning phase, for growth traits. The genetic correlations estimated within growth traits, between growth and carcass traits, within carcass traits and reproductive trait were favorable and of moderate magnitude. The traits that indicate sexual precocity showed genetic correlation coefficients ranging from -0.51 to -0.15, -0.62 to -0.33 and -0.61 to 0.14, between growth, carcass and reproductive traits, respectively. Genetic correlation coefficients were, in most cases, favorable. The genetic trends obtained showed, in general, the effectiveness of the adopted selection criteria with satisfactory genetic gains. Selection for sexual precocity, based on age at first conception, shall promote opposite direction genetic changes on growth, carcass and reproductive traits, which is the desirable effect. Birth weight, fat thickness, bone structure, musculature, rib depth, tail and rump insertion were the traits that presented greater discrimination power for early pregnancy. Thus, these traits can be used as such management targeting criteria and decision-making practices, in order to enable animals to express early pregnancy, guiding the breeders in selecting females for sexual precocity. / A eficiência reprodutiva de bovinos, bem como a antecipação da puberdade, traz efeitos positivos nos índices zootécnicos e também na rentabilidade dos sistemas de produção. Assim, objetivou-se neste estudo estimar os parâmetros genéticos e tendências genéticas e fenotípicas para características de crescimento, carcaça e reprodutivas, em um rebanho de bovinos da raça Nelore sob seleção para precocidade sexual, tendo como critério de seleção as características de idade à primeira concepção e ao primeiro parto. Além disso, objetivou-se também avaliar, através de análises multivariadas, dentre as características de crescimento, carcaça e escores visuais, quais discriminam a prenhez precoce. Foram estimados os parâmetros genéticos para as características de peso a nascer (PN), peso aos 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365) e 450 (P450) dias de idade, ganho médio diário pré e pós-desmame (GMDPRE e GMDPOS), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EG), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), marmoreio (MAR), peso da carcaça quente (PCQ), peso da porção comestível (PPC), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), período de serviço (PS), intervalo de parto (IDP), fertilidade real (FR), produtividade acumulada (PAC), relação do peso à desmama (RD), idade à primeira concepção (IPC) e idade ao primeiro parto (IPP). Os dados foram fornecidos pela Fazenda Vera Cruz e pelo Programa de Melhoramento Genético Nelore Brasil, coordenado pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). Os componentes de (co)variância foram obtidos por meio do método de Máxima Verossimilhança Restrita, disponível no pacote BLUPF90, em análises uni e bicaracterísticas, utilizando o modelo animal. As estimativas de herdabilidade obtidas para PN (0,39), P120 (0,32), P210 (0,31), P365 (0,33), P450 (0,34), GMDPRE (0,23), GMDPOS (0,27), AOL (0,39), EG (0,34), EGP8 (0,34), MAR (0,38), PCQ (0,39), PPC (0,39), PE365 (0,33), PE450 (0,33), PG (0,23), PS (0,34), IDP (0,23), FR (0,21), PAC (0,23), RD (0,25), IPC (0,21) e IPP (0,24) indicaram possibilidade de seleção genética e incorporação no rebanho. As estimativas de herdabilidade materna para PN (0,06), P120 (0,08), P210 (0,07), P365 (0,05), P450 (0,11), GMDPRE (0,12), GMDPOS (0,08), PE365 (0,07) e PE450 (0,03) indicaram efeitos genéticos das matrizes no desempenho das progênies até a fase pós-desmame, para características de crescimento. As correlações genéticas estimadas entre as características de crescimento, entre crescimento e carcaça, entre as características de carcaça e entre as reprodutivas apresentaram valores de moderada magnitude, sendo todos favoráveis. As características indicadoras de precocidade sexual apresentaram coeficientes de correlação genética variando de -0,51 a - 0,15; de -0,62 a -0,33; e de -0,61 a 0,14, com as características de crescimento, carcaça e reprodutivas, respectivamente. Os coeficientes de correlação genética foram, na maior parte dos casos, favoráveis. As tendências genéticas obtidas no presente estudo demonstraram, de modo geral, a eficácia da utilização dos critérios de seleção adotados, com ganhos genéticos satisfatórios. A seleção para precocidade sexual, com base na idade à primeira concepção, deverá promover mudanças genéticas no sentido contrário nas características de crescimento, carcaça e reprodutivas, sendo este efeito desejável. As características de peso ao nascer, espessura de gordura, ossatura, musculatura, profundidade, inserção da cauda e garupa foram as que apresentaram maior poder de discriminação para a prenhez precoce. Assim, essas características podem ser utilizadas como critérios de direcionamento de manejo e tomada de decisões práticas, a fim de possibilitar que os animais expressem prenhez precoce, orientando o criador na seleção prática de fêmeas para precocidade sexual.

O objetivo do presente trabalho foi estudar a influência do uso da somatotropina bovina (bST) sobre a produção de leite e a avaliação genética de bovinos da raça Holandesa. Para análise foram utilizados dados referentes a 474 touros e observações referentes a 3341 lactações de 1271 vacas, provenientes da Agropecuária Agrindus - S.A no estado de São Paulo no período de 1999 a 2003. Análise de variância (método dos quadrados mínimos) foi realizada pelo procedimento GLM do SAS® (2003), visando identificar o efeito da classe de aplicação do bST sobre a produção de leite aos 305 dias de lactação (PL305). Os valores genéticos preditos dos touros (PBV), componentes de variância e herdabilidade para a característica PL305 foram estimados utilizando-se um modelo animal a partir de duas análises; na primeira incluiu-se o efeito do bST como fixo e na segunda o referido efeito foi ignorado. Foram calculadas correlações de Spearman entre PBV dos touros para quatro conjuntos de touros avaliados: a) todos os touros; b) os melhores 20%; c) os melhores 10% e d) os melhores 5%. As médias da PL305 para as classes de bST foram 9175,11kg - sem bST, 9530,94kg - de 11 a 20 aplicações, 10150,57kg - de 21 a 30 aplicações e 11089,89 Kg de 31 a 59 aplicações. As herdabilidades foram respectivamente de 0,26±0,00 e 0,23±0,00 para as duas análises e as correlações entre os valores genéticos preditos para os conjuntos de touros a, b, c e d foram, respectivamente, 0,9484, 0,9829, 0,9752 e 0,8974. A análise de variância demonstrou as médias de PL305 aumentaram significativamente (P<0,0001), com o aumento do número de aplicações do bST. Os coeficientes de herdabilidade, embora relativamente baixos, indicam possível ganho genético, por meio de seleção, para produção de leite. As altas correlações de Spearman entre os valores genéticos dos touros, considerando-se ou não o uso do bST no modelo, indicam que o uso desta tecnologia não interfere na classificação dos touros avaliados geneticamente. / The aim of this study was to investigate the influence of the use of the bovine somatotropin (bST) on the milk production and the bovine genetic evaluation of Holstein cattle. Data regarding 474 bulls and observation concerning 3341 lactations of 1271 cows from the Agrindus Agriculture and Cattle Raising S.A. in the state of São Paulo, Brazil, between 1999 and 2003 were used for the analysis. The variance analysis (the minimum square method) was performed by the GLM procedure of the SAS® (2003) for identify the effects of the application class of the bST on the milk production at 305 days of lactation (PL305). For the bulls, the predicted breeding values (PBV), variance components and heritability for the PL305 characteristic were estimated using an animal model from two analyses; in the first, the bST was considered as fixed effect and in the second, the effect of bST was ignored. Spearman correlations between PBV for four sets of evaluated bulls were calculated: a) all bulls; b) the best 20%; c) the best 10% and d) the best 5%. The PL305 averages for the bST classes were 9175.11kg without bST; 9530.94kg from 11 to 20 applications; 10150.57kg from 21 to 30 applications; and 11089.89kg from 31 to 59 applications. The heritabilities were 0.26±0.00 and 0.23±0.00 respectively for both analyses and the correlations between the PBV for a, b, c, and d bull sets were, respectively, 0.9484, 0.9829, 0.9752 and 0.8974. The variance analysis demonstrated that the PL305 averages increased significantly (P<0.0001) with the increase of number of bST applications. The heritability coefficients, although relatively low, indicate a possible genetic gain, by selection, for milk production. The Spearman high correlations between the PBV of bulls, considering or not the bST use in the model, indicate that the use of this technology does not interfere in the genetically evaluated bulls classification.

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos da raça Nelore. Foram analisados 58.032 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 46.032 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 45.844 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano ajustados para 345 dias (GP), originários de três rebanhos distintos. Os dados foram submetidos a dois métodos de análises: no primeiro, processaram-se análises unicaracterísticas para os rebanhos individuais e para o conjunto formado pelos três rebanhos, e análises tri-características para os dados de cada rebanho, em que as mesmas características foram consideradas como variáveis distintas. Foi utilizado o programa GIBBS2F90, sob abordagem bayesiana. As estimativas dadas pelas médias dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,09 a 0,24, 0,24 a 0,44 e 0,09 a 0,31, respectivamente. Nesta mesma ordem, as correlações genéticas das mesmas características nos diferentes ambientes variaram de 0,88 a 0,93, 0,85 a 0,98 e 0,75 a 0,97. As correlações entre as DEPs dos touros nos ambientes variaram de 0,97 a 0,99, 0,69 a 0,95 e 0,77 a 0,98 para PD, PS e GP, respectivamente. No segundo método, utilizou-se um modelo de regressão aleatória para descrever alterações nos valores genéticos dos animais em função do gradiente ambiental, formado pelos grupos contemporâneos. As análises foram feitas pelo programa INTERGEN, também sob enfoque bayesiano. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,06 a 0,44, 0,19 a 0,63 e 0,20 a 0,40, respectivamente. As correlações genéticas entre intercepto e inclinação das normas de reação foram de 0,75, para PD, 0,76 para PS e 0,34 para GP. As correlações entre os valores genéticos dos touros nos ambientes variaram de -0,38 a 0,99, 0,79 a 1,00 e 0,68 a 0,99 para PD, PS e GP, respectivamente. Os resultados de ambos os métodos apontaram efeito da interação genótipo x ambiente sobre as características nos rebanhos incluídos neste estudo, especialmente sobre a classificação dos touros. / The objective of the present study was to evaluate the genotype by environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and post-weaning weight gain in Nellore cattle. It were analyzed 58,032 records of weaning weight adjusted for 205 days (PD), 46,032 records of post-weaning weight adjusted for 550 days (PS) and 45,844 records of post-weaning weight gain adjusted for 345 days (GP), originated from three distinct herds. Those data were analyzed applying two different methods: in the first proceeding, the data set of the three herds separately and the data set composed by all herds in one was submitted to single-trait analysis, while a three-trait analysis considered the same trait as a distinct variables in different herds. The variance components were estimated by GIBBS2F90, under bayesian inference. The estimates given by the means of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged from 0.09 to 0.24, 0.24 to 0.44 and 0.09 to 0.31, respectively. In the same sequence, the genetic correlation among the same traits in different environments varied from 0.88 to 0.93, 0.85 to 0.98 and 0.75 to 0.97. The correlation between sire\'s EPDs in the environments ranged from 0.97 to 0.99, 0.69 a 0.95 and 0.77 to 0.98 for PD, PS and GP, respectively. In the second method, a random regression model was performed in order to describe changes in breeding values as a function of the gradient environment, arranged by contemporary groups. The analyses were performed by INTERGEN, also under bayesian inference. The estimates of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged 0.06 to 0.44, 0.19 to 0.63 and 0.20 to 0.40, respectively. The genetic correlation between level and slope of reaction norms were 0.75 for PD, 0.76 for PS and 0.34 for GP. The correlation between sire\'s breeding values in the environments ranged from - 0.38 to 0.99, 0.79 to 1.00 and 0.68 to 0.99 for PD, PS and GP, respectively. The results of both methods shown effect of genotype by environment interaction over the traits in herds included in this study, especially over the ranking of sires.

Os objetivos deste trabalho foram estimar parâmetros genéticos, com os modelos mistos reprodutor e animal, para características reprodutivas contínuas e discretas, bem como, predizer os valores genéticos dos reprodutores para características reprodutivas contínuas e discretas em ovinos da raça Santa Inês. Foram analisadas as características reprodutivas intervalo de partos (IDP, N=1.066), fertilidade ao parto (FP, N=1.006) e número de cordeiros ao parto (NCP, N=3.593) de ovinos com partos ocorridos entre os anos de 1998 a 2005. A característica FP foi expressa na forma de fêmeas paridas em relação às fêmeas cobertas, sendo codificada como \"1\" se pariu e \"0\", caso contrário e NCP, representou o número de crias nascidas por ovelha parida, codificada como \"1\" (simples) e 2 (múltiplos). O modelo reprodutor apresentou a característica de superestimar as herdabilidades para as características reprodutivas em relação ao modelo animal. As estimativas de herdabilidades, obtidas por modelo animal linear, foram 0,12, 0,23 e 0,16 para NCP, FP e IDP, respectivamente. As estimativas de herdabilidades, obtidas por modelo animal de limiar, foram 0,16, 0,15 e 0,10 para NCP, FP e IDP, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas pelo uso de modelo animal linear, foram 0,13 (entre NCP e FP) e -0,21 (entre NCP e IDP). Já as estimativas das correlações genéticas, quando utilizado modelo animal de limiar, foram 0,81 (entre NCP e FP) e -0,52 (entre NCP e IDP). As correlações entre os valores genéticos preditos para 258 reprodutores avaliados variaram de 0,4835 a 0,8561 entre os modelos reprodutor e animal obtidos por metodologia linear e de limiar. Este fato sugere a existência de alterações significativas nas classificações dos valores genéticos preditos dos reprodutores em função do tipo de modelo e da metodologia utilizada na avaliação genética. / The aims of this study were evaluated genetic parameters with sire and animal mixed models, to continuous and discreet reproductive traits, as well as predict sires breeding values to continuous and discreet reproductive traits in Santa Inês ewes breed. The traits analyzed in this study were lambing interval (LI, N = 1,066), fertility (FR, N = 1,006) and number of lambs born (NLB, N = 3,593) of ewes with birth occurred among 1998 to 2005. The FR trait was expressed in form of delivered females in respect to sheltered females, been codified as \"1\" delivered and \"0\" otherwise. The NLB trait represented the number of fully formed lambs born per ewe lambing, codified as \"1\" (simple) and \"2\" (multiples). The sire model showed super estimate comportment in respect to animal model for reproductive traits heritabilities. The estimates of heritability obtained by linear animal model were 0.12, 0.23 and 0.16 for NLB, FR and LI, respectively. The estimates of heritability obtained by threshold animal model were 0.16, 0.15 and 0.10 for NLB, FR and LI, respectively. The estimates of genetic correlations using linear animal model were 0.13 (between NLB and FR) and -0,21 (between NLB and LI). However, the estimates of genetics correlations using threshold animal model were 0.81 (between NLB and FR) and -0,52 (between NLB and LI). The Pearson correlations between predicted breeding values for 258 sires varying by 0.4835 to 0.8561 between sire and animal models obtained by linear and threshold methodology. This fact suggest the existence of significative changes on sires predicted breeding values classifications by virtue of model type and used methodology on genetic evaluation.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 508483 bytes, checksum: ed19e15dac174ba29cb7068c7f83a289 (MD5) Previous issue date: 2013-04-26 / The objective of this work was to verify the efficiency of Box-Cox and Blom scores transformations in correcting the phenotypic heterogeneity of variance adjusted weights of cattle Tabapuã the Brazilian Northeast to the factors producing regions, ages and sex. We used data Tabapuã the Brazilian Northeast, collected from 1970, from the control of weight development Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ) with information concerning the weights adjusted to 205, 365 and 550 days of age. The Box-Cox and Blom scores transformations were used in an attempt to correct the heterogeneity of variances for the factors of production regions, ages and sex. Bartlett's test was applied before and after the transformation of the data to see if there was a reduction of heterogeneity of phenotypic variances. The Blom scores transformation was effective in reducing the coefficients of skewness and kurtosis and was more appropriate than the Box-Cox transformation to correct the phenotypic heterogeneity of variance between production regions, ages and sex, since produced significantly more favorable results. / O objetivo deste trabalho foi verificar a eficiência das transformações de Box- Cox e escores de Blom na correção da heterogeneidade de variâncias fenotípicas dos pesos ajustados de bovinos da raça Tabapuã do Nordeste brasileiro para os fatores regiões de produção, idades e sexos. Foram utilizados dados da raça Tabapuã do Nordeste brasileiro, coletados a partir de 1970, provenientes do controle de desenvolvimento ponderal da Associação Brasileira de Criadores de Zebuíno (ABCZ) com informações relativas a pesos ajustados para 205, 365 e 550 dias de idade. As transformações em escores de Blom e Box-Cox foram utilizadas na tentativa de corrigir a heterogeneidade de variâncias para os fatores regiões de produção, idades e sexos. O teste de Bartlett foi aplicado antes e após a transformação dos dados para verificar se houve redução da heterogeneidade de variâncias fenotípicas. A transformação em escores de Blom foi efetiva na redução dos coeficientes de assimetria e curtose e mostrou-se mais adequada do que a transformação de Box-Cox para correção da heterogeneidade de variâncias fenotípicas entre regiões de produção, idades e sexos, uma vez que apresentou um maior número de resultados favoráveis.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-10-06T12:24:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T12:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) Previous issue date: 2016-05-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Foram utilizados 5.796 registros de perfis parasitológico (ovos por grama de fezes - OPG) e histológico (contagem de eosinófilos sanguíneos – EOSI; e volume globular - VG), para obtenção da resposta à resistência ao parasitismo Haemonchus contortus ao longo do tempo, oriundos de 138 caprinos da raça Crioula com idades variando de 173 a 307 dias, pertencentes a empresa francesa INRA (Institut National de Recherche Agronomique) na Unité de Recherches Zootechniques (URZ) localizada em Guadalupe (Antilhas Francesa), coletados no período de 2009 a 2013. A primeira análise destes dados foi contrastar diferentes modelos estatísticos (repetibilidade - REP; e regressão aleatória - MRA) para uma avaliação genética relacionada à resistência de caprinos Crioulos infectados artificialmente com 10.000 larvas L3 de Haemonchus contortus, em 2 etapas (Desafio 1 - correspondente à imunização do animal ao parasita; e Desafio 2 - correspondente à resposta da imunização adquirida pelo animal após a primeira infecção artificial) e observados durante 56 dias. Para o MRA o ajuste ocorreu por meio de funções polinomiais de Legendre para a curva fixa (kf), efeito genético aditivo (ka) e de ambiente permanente (kp) considerando as ordens dois (função linear) e três (função quadrática) para descrever as estruturas de (co)variâncias em função do tempo. Por meio do software WOMBAT, os modelos (REP e MRA) foram comparados pelos critérios de informação de Akaike (AIC) e Bayesiano de Schwarz (BIC). Estes avaliadores de qualidade destacou no Desafio 1, os seguintes MRA com as ordens: 3,2,3 para OPG; 3,3,2 para EOSI e 2,2,3 para VG como sendo os mais plausíveis para descrever geneticamente a curva de resistência de caprinos Crioulos inoculados com Haemonchus contortus. Já para o Desafio 2, os MRA com as ordens: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectivamente para as características OPG, EOSI e VG foram ressaltado para a mesma finalidade. Na segunda análise destes dados para ambos os Desafios (1 e 2) foi realizada a identificação de genes associados aos mecanismos de resistência em caprinos Crioulos ao Haemonchus contortus, por meio um Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS) para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Todos os animais avaliados neste estudo foram genotipados utilizando o chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) contendo 53.347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism ou polimorfismo de nucleotídeos de base única). E após o controle de qualidade, os genótipos de todos os indivíduos passaram a ter 46.643 SNPs, onde foram incluídos no GWAS. As associações que mostraram significativas foram identificadas através de modelos lineares mistos e ajustados separadamente para cada Desafios (1 e 2) utilizando a função GWAS do pacote rrBLUP do software R. No Desafio 1 foram encontrados sete SNPs (no cromossomo 4, 6, 11 e 17) e no Desafio 2 foram reportados cinco SNPs (nos cromossomos 3, 8, 9 e 24). A anotação dos genes candidatos foi realizada nas posições destes marcadores significativos, onde o principal cromossomo em termos de número de genes anotados foi o seis (Desafio 1) e o oito (Desafio 2) para a característica de interesse OPG. Uma vez que a infecção de Haemonchus contortus provoca danos graves no intestino em animais infectados, resultando num processo de inflamação e também a perda de sangue (ou anemia), o uso destes genes anotados é grande importância, pois os mesmos podem ser analisados sob um ponto de vista para uma resposta imunológica integrada. / A total of 5.796 records of parasitological (fecal eggs count - FEC) and histological (counting blood eosinophils - EOSI, and packed cell volume - PCV) profiles were used to study the genetic resistance to Haemonchus contortus parasitism in Creole goats belonging to French company INRA (Institut National de Recherche Agronomique) in Unité de Recherches Zootechniques (URZ) located in Guadeloupe (French West Indies). The datasets were collected in the period between 2009 to 2013. The first analysis consisted in comparing statistical models (repeatability - REP, and random regression - MRA) for genetic evaluation related to the resistance of Creole goats artificially infected with 10.000 larvae L3 of Haemonchus contortus. The infection occurred in 2 steps (Challenge 1 - corresponding to the immunization of the animal to the parasite; and Challenge 2 - corresponding to the immunization response acquired by the animal after the first artificial infection). The MRA were fitted by Legendre polynomials assumed to the fixed curve (kf), additive genetic effect (ka) and permanent environmental (kp) considering the two orders (linear function) and three (quadratic function) to describe the structures of (co) variance as a function of time. The analyses were performed by using WOMBAT software, being the models compared through Akaike Information (AIC) and Bayesian Schwarz (BIC) Criteria. For Challenge 1, the following MRA with orders: 3,2,3 for FEC; 3,3,2 for EOSI e 2,2,3 for PCV were the most plausible to describe genetic variation in goats in relation to the resistance to Haemonchus contortus. For Challenge 2, the MRA with orders: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectively for the characteristics FEC, EOSI e PCV, presented the best fitting. The second analysis was performed to identify genes associated with resistance mechanisms in the Creole goats to Haemonchus contortus through Genome-Wide Association Study (GWAS) for fecal eggs count (FEC). All animals in this study were genotyped using the chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) containing 53,347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). Significant associations were identified by linear mixed models fitted separately for each Challenges (1 and 2) using the function rrBLUP of R software. At Challenge 1 were found seven significant SNPs (on chromosome 4, 6, 11 and 17); and at Challenge 2 were reported five significant SNPs (on chromosomes 3, 8, 9 and 24). Candidate gene annotation study was performed in the positions of these significant markers. Chromosome 6 was the most relevant in terms of the number of annotated genes, since a total of six (Challenge 1) and eight (2 Challenge) genes were associated to FEC. These genes are related to inflammation process and loss of blood (or anemia), which are symptoms of Haemonchus contortus infection. These identified genes can be submitted to future studies aiming to elucidate the integrated immune response to this parasitism.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410459 bytes, checksum: 9aa898e3c647385d90a7cb5f69a130fc (MD5) Previous issue date: 2008-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The data used in this study originates from 26835 and 27447 observations, from 3909 and 4040 meat quails of the UFV-1 and UFV-2 lineage, respectively, pertaining to the Program of Genetic Improvement of Poultry of the Federal University of Viçosa. The characteristic physical weight was evaluated in the two lineages, 1, 7, 14, 21, 28, 35 and 42 days of age, through random regression models. The modeling of the residual variance was evaluated first through classes of age, grouped as follows: CL1: homogeneous; CL2: 1 and 7-42 days; CL3: 1, 7 and 14-42 days; CL4: 1, 7, 14 and 21- 42 days; CL5: 1, 7, 14, 21 and 28-42 days; CL6: 1, 7, 14, 21, 28 and 35-42 days; CL7: 1, 7, 14, 21, 28, 35 and 42 days old and, subsequently, the adjustment order of the Legendre polynomial functions applied to the random regression models, were gradually increased (orders varying from 3 to 6), aiming to determine the least order of each random effect, which is necessary to describe (co)variance structures in function of time. Comparing the residue models through classes, increases were found in Loge L, significant (P <0,01) to the Liklihood Ratio Test (LRT), with an increase in the number of heterogeneous classes (CL7). In accordance with all the criteria used to evaluate the adjustment quality, the model considering homogeneity (CL1) of residual variances appeared unsuitable, as well as unicharacteristic (UNI) analysis model. The variance estimates, herdability and correlations were influenced by the modeling of the residual varaiance and by the polynomial adjustment function. The use of a Legendre polynomial function with orders 6 for a straight additive genetic effect and 5 for a constant animal effect, for lineage UFV-1 and 6 for both random effects on lineage UFV-2, must be used in the genetic evaluation of the growth curve of these quails. So, the heterogeneity use of residual variance and the appropriate adjustment order to each random effect to model the variances associated to the curve of the growth quail meat if it is necessary. / Os dados utilizados neste estudo são provenientes de 26835 e 27447 observações, de 3909 e 4040 codornas de corte das linhagens UFV-1 e UFV-2, respectivamente, pertencentes ao Programa de Melhoramento Genético de Aves da Universidade Federal de Viçosa. A característica peso corporal foi avaliada nas duas linhagens, aos 1, 7, 14, 21, 28, 35 e 42 dias de idade, por meio de modelos de regressão aleatória. A modelagem da variância residual foi avaliada primeiramente por meio de classes de idades, agrupadas como se seguem: CL1: homogênea; CL2: 1 e 7-42 dias; CL3: 1, 7 e 14-42 dias; CL4: 1, 7, 14 e 21-42 dias; CL5: 1, 7, 14, 21 e 28-42 dias; CL6: 1, 7, 14, 21, 28 e 35-42 dias; CL7: 1, 7, 14, 21, 28, 35 e 42 dias de idade e, posteriormente, as ordens de ajuste das funções polinomiais de Legendre, aplicadas aos modelos de regressão aleatória, foram gradualmente aumentadas (ordens variando de 3 a 6), visando determinar a ordem mínima de cada efeito aleatório, necessária para descrever as estruturas de (co)variâncias em função do tempo. Comparando as modelagens do resíduo por meio de classes, observaram-se aumentos no Loge L, significativos (P<0,01) pelo teste da razão de verossimilhança (LRT), com o aumento do número de classes heterogêneas (CL7). De acordo com todos os critérios utilizados para avaliar a qualidade de ajuste, o modelo considerando homogeneidade (CL1) de variâncias residuais mostrou-se inadequado, assim como o modelo de análise unicaracterística (UNI). As estimavas de variâncias, herdabilidades e correlações foram influenciadas pela modelagem da variância residual e pelo ajuste da função polinomial. A utilização de uma função polinomial de Legendre com as ordens 6 para efeito genético aditivo direto e 5 para efeito permanente de animal, para a linhagem UFV-1 e 6 para ambos efeitos aleatórios para a linhagem UFV-2, devem ser utilizados na avaliação genética da curva de crescimento dessas codornas. Portanto, a utilização de heterogeneidade de variância residual e a ordem de ajuste adequada a cada efeito aleatório para modelar as variâncias associadas à curva de crescimento de codornas de corte se fazem necessárias.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2141668 bytes, checksum: b7f9269723d229ff78c781b127e1558b (MD5) Previous issue date: 2011-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Data from the herd of goat industry, Federal University of Viçosa were used to evaluate the factors that influence milk production on the control (PLDC) and content of the Milk constituents (percentages of protein, fat, lactose and total solids in days of collection) in dairy goats fitness, define the best model of random regression using Legendre polynomials orthogonal to the first lactation in Alpine goats and check the effect of different control intervals (7, 14, 21 and 28 days) on genetic evaluation of Alpine goats. The editing of the data was performed using the SAS program, recoding and correction of the pedigree was made using the program RENPED. The program WOMBAT was used in all genetic evaluations. The program RENPED was used to calculate the area under the curve of breeding values for ranges from 7 to 210 and 7 to 290 days of production, resulting accumulated genetic values, A210 and A290 respectively. The Pearson and Spearman correlations were obtained using the SAS program. It was concluded that there is variation in the factors that significantly influenced each trait studied and each race. In genetic evaluation using random regression models, it is recommended to use only the covariate age of dam at kidding, avoiding the use of fixed effect of birth order. The random regression model using orthogonal Legendre polynomials more suitable for genetic evaluation of Alpine goat breed used was fixed regression of order 4, the regression of additive genetic effects of order 2, the regression of permanent environmental effects of order 7 and at least Five classes of residual variance. The prior study of the best model for genetic evaluation of a herd is very important to increase the precision and accuracy of the analysis. Range of controls to evaluate the milk production of Alpine goat breed using random regression models, must be seven days for breeding and improvement programs with high technical level. / Dados do rebanho do setor de caprinocultura da Universidade Federal de Viçosa foram utilizados para avaliar os fatores que influenciam a produção de leite no dia do controle (PLDC) e teor dos constituintes do leite (porcentagens de proteína, gordura, lactose e extrato seco total no dia da coleta) em caprinos de aptidão leiteira, definir o melhor modelo de regressão aleatória, utilizando polinômios ortogonais de Legendre, para primeira lactação de cabras Alpinas e verificar o efeito de diferentes intervalos de controle (7, 14, 21 e 28 dias) sobre a avaliação genética de cabras Alpinas. A edição dos dados foi feita utilizando o programa SAS, a recodificação e correção de erros do pedigree foi feita utilizando o programa RENPED. O programa WOMBAT foi utilizado em todas as avaliações genéticas. O programa RENPED foi utilizado para calcular a área abaixo da curva de valores genéticos dos animais para intervalos de 7 a 210 e 7 a 290 dias de produção, gerando os valores genéticos acumulados, a210 e a290 respectivamente. As correlações de Pearson e Spearman foram obtidas utilizando o programa SAS. Concluiu-se que existe variação quanto aos fatores que influenciaram significativamente cada característica estudada e cada raça. Em avaliações genéticas, utilizando modelos de regressão aleatória, recomenda-se a utilização apenas da covariável idade da cabra ao parto, evitando o uso do efeito fixo de ordem de parto. O modelo de regressão aleatória utilizando polinômios ortogonais de Legendre mais indicado para avaliação genética dos caprinos da raça Alpina utilizados, foi regressão fixa de ordem 4, a regressão de efeitos genéticos aditivos de ordem 2, a regressão de efeitos de ambiente permanente de ordem 7 e ao menos 5 classes de variância residual. O estudo do melhor modelo de análise previamente à avaliação genética de um rebanho é imprescindível para aumentar a precisão e acurácia das análises. Intervalos de controles para avaliar a produção de leite de caprinos da raça alpina utilizando modelos de regressão aleatória, devem ser de sete dias para programas de melhoramento e criatórios com alto nível de tecnificação.