Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-06-09T17:21:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-07-01T15:59:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-01T15:59:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoInteracaoGenotipo.pdf: 279642 bytes, checksum: ca38ac1ef76751a154ac0126db7c8d5e (MD5) Previous issue date: 2009 / Foram simuladas estruturas de dados em modelos mistos representando o teste de 100 reprodutores, sendo cada reprodutor acasalado com 10 matrizes (total de 1000 matrizes), originando em cada acasalamento 2 proles, totalizando 2000 proles (vinte proles por reprodutor). De cada combinação reprodutor e matriz, dez proles tiveram seu fenótipo expresso no ambiente de baixa produção (Estrato 1) e, a outra metade, no ambiente de alta produção (Estrato 2). A simulação foi realizada de forma a representar diferentes situações de presença de heterogeneidade de variâncias, combinando-se as origens da heterogeneidade, de natureza genética e ambiental. Na presença de heterogeneidade residual, o valor estimado para o componente de variância residual, considerando homogeneidade de variâncias se aproximou do valor médio das variâncias entre os estratos. Houve superestimação, também, do componente de variância genético aditivo. Ao simular heterogeneidade de variância de origem genética, observou-se que a estimação desse componente situou-se em valor intermediário aos simulados. Nessa situação, o componente de variância residual estimado foi próximo do valor simulado, indicando que a heterogeneidade de variâncias quando proveniente de fatores genéticos, não interfere, substancialmente, sobre e estimação do componente de variância residual. Na simulação de dados com presença de heterogeneidade tanto de origem genética quanto ambiental (estrutura de dados 4), conduziu a estimação de componentes de variâncias intermediários aos valores simulados em cada estrato. Assim, observa-se que, mesmo quando os reprodutores apresentam proles bem distribuídas em ambos os estratos, a heterogeneidade de variância proveniente de fatores não genético provoca distorções sobre a estimação da variância genética aditiva. Mas por outro lado, quando a heterogeneidade de variância é decorrente de fatores genéticos, não há grande interferência sobre a estimativa da variância residual, tal comportamento pode ser explicado pela incorporação da matriz de parentesco na estimação do componente de variância genético aditivo, possibilitando discriminar melhor a origem da diferenças entre variâncias. Na estrutura onde a variância residual foi heterogênea a estimativa de herdabilidade foi menor em relação à estrutura de homogeneidade de variâncias. Por outro lado, quando somente a variância genética aditiva foi heterogênea, a estimativa de herdabilidade, considerando-se apenas o estrato de alta variabilidade genética, foi inflacionada pela superestimação da variância genética aditiva. No entanto, a estimativa de herdabilidade obtida, desconsiderando essa fonte de heterogeneidade de variância, foi próxima à situação de homogeneidade de variância, indicando que, quando os reprodutores possuem boa distribuição de proles em diferentes ambientes, as estimativas relacionadas ao efeito genético são ponderadas pelo desempenho dos animais em cada ambiente. As correlações de Spearman e de Pearson entre os valores genéticos preditos dos reprodutores, para todas as situações, foram maiores que 0,90. O resultado indica que, mesmo havendo presença de heterogeneidade de variância genética e/ou ambiental, se os reprodutores possuem proles bem distribuídas entre os ambientes (estratos heterogêneos) a classificação do mérito genético não se altera, o que era esperado, pois em análises unicarácter, quando ocorre uma fonte de viés na avaliação genética, ela é comum a todos os indivíduos. Na situação em que foi imposta a estrutura de dados à presença de heterogeneidade de variância residual com número de número desigual de proles por reprodutor nos estratos, provocou superestimação dos componentes de variância. Porém mesmo havendo alteração na magnitude dos valores genéticos preditos para os reprodutores, a heterogeneidade de variância não alterou a classificação entre os reprodutores todas as correlações de ordem foram próximas à unidade. O efeito da heterogeneidade de variância, oriunda de fatores ambientais, ocasiona em maiores distorções sobre a avaliação genética animal, em relação, quando a mesma é proveniente de causas genéticas. A conexidade genética entre diferentes ambientes, dilui o efeito da heterogeneidade de variância, tanto de origem genética, quanto ambiental, na predição de valores genéticos dos reprodutores. / Were simulated data structures in mixed models accounting for the progeny test of 100 sires, each sire mated with 10 dam (total of 1,000 dam), giving in each mating 2 offsprings, totaling 2,000 offsprings (twenty offsprings per sire). Combination of each sire and dam, ten offsprings had their phenotype expressed in the environment of low production (Stratum 1) and the other half, the environment of high production (Stratum 2). The simulation was performed in order to represent different situations of the presence of heterogeneity of variances, mixing up the origins of the heterogeneity of genetic and environmental effect. In the presence of residual heterogeneity, the estimated value for the residual variance component, whereas homogeneity of variance approached the average of the variances between the strata. Overestimation was also of the additive genetic variance. Simulate the heterogeneity of variance of genetic effect, it was observed that the estimation of this component has been simulated in the intermediate value. In this situation, the component of variance was close to the estimated residual value simulated, showing that the heterogeneity of variances when from genetic factors, not interfere, substantially, and on estimation of the variance residual. In simulation data with the presence of both heterogeneity of genetic origin as environment, led to estimation of variance components intermediate to the values simulated in each stratum. Thus, it appears that even when the breeding offsprings have well distributed in both strata, the heterogeneity of variance from genetic factors do not distort the estimation of additive genetic variance. On the other hand, when the heterogeneity of variance is due to genetic factors, there is little interference on the estimation of residual variance component, this behavior can be explained by the incorporation of the matrix of kinship in the estimation of the additive genetic variance, allowing better discriminate the origin of differences between variances. In the structure where the residual variance was heterogeneous the estimate of heritability was lower in relation to the structure of homogeneity of variances. Furthermore, when only the additive genetic variance was heterogeneous, the estimation of heritability, considering only the layer of high genetic variability, was inflated by overestimation of additive genetic variance. However, the estimate of heritability obtained, ignoring this source of heterogeneity of variance, was close to the situation of homogeneity of variance, indicating that when the sires have good distribution of offspring in different environments, estimates related to the genetic effect is weighted by performance of the animals in each environment by Spearman correlations and Pearson between predicted breeding values of sires, for all situations, were higher than 0.90. This result indicates that even with the presence of heterogeneity of genetic variance and / or environmental, is the offsprings per sire are well distributed among environments (heterogeneous strata) the rank of genetic merit does not change. When a source of bias in genetic evaluation, it is common to all individuals. In the situation that was imposed on the structure of data the presence of heterogeneity of residual variance with an unequal number of offsprings per sire in the strata, caused overestimation of the variance components. But even with changes in the magnitude of predicted breeding values for breeding, the heterogeneity of variance did not alter the ranking among all sires in order correlations were close to unity. The effect of heterogeneity of variance, come from environmental factors, leads to major distortions on animal genetic evaluation, for, when it comes to genetic sources. A genetic conexity between different environments, dilutes the effect of heterogeneity of variance, both genetic origin, as environmental, prediction of genetic value of breeding.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-27T11:41:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 376017 bytes, checksum: 40339e192628ee46bcc68029ed1095bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-27T11:41:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 376017 bytes, checksum: 40339e192628ee46bcc68029ed1095bd (MD5) Previous issue date: 2001-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com base no banco de dados usado na avaliação genética, em nível nacional, da raça Tabapuã, objetivou-se verificar a importância de efeitos maternos e a influência da heterogeneidade de variâncias na avaliação genética de bovinos de corte. Dados de pesos corrigidos aos 120, 240 e 420 dias de idade, referentes a estratificados 35.478, com 34.303 base no e 26.892 animais, desvio-padrão respectivamente, fenotípico dos foram grupos de contemporâneos, com peso aos 120 dias, em três classes: baixo (< 14,9 kg), médio (de 14,9 a 18,3 kg) e alto (>18,3 kg) desvios-padrão. Avaliaram-se modelos com e sem efeitos maternos pelo teste da razão de verossimilhança. Em análises de característica única geral, as herdabilidades diretas foram de 0,17, 0,15 e 0,12, em modelos co m efeitos maternos, e de 0,28, 0,29 e 0,15, em modelos sem efeitos maternos, para pesos aos 120, 240 e 420 dias, respectivamente. Os efeitos maternos mostraram-se mais importantes nos pesos nas fases da pré-desmama e da desmama, com herdabilidades de 0,13 e 0,17, respectivamente. Constatou-se antagonismo entre os efeitos genéticos direto e materno, com correlações de – 0,40, - 0,48 e – 0,21 para pesos aos 120, 240 e 420 dias, respectivamente. No estudo da heterogeneidade de variâncias recorreu- se à utilização de transformações para a escala logarítmica e à padronização, dividindo-se o valor do registro pelo desvio-padrão fenotípico da classe. Ao constatar a ineficiência das transformações, realizaram-se análises de características múltiplas, sendo o peso, em cada classe de desvio-padrão fenotípico, considerado característica distinta. Nas análises de múltiplas características, em que o peso foi considerado característica distinta em cada classe de desvio-padrão fenotípico, constatou-se que variâncias genéticas e residuais aumentaram com o aumento do desvio-padrão fenotípico da classe, implicando herdabilidades nas classes de baixo, médio e alto desvio -padrão fenotípico iguais, respectivamente, a 0,26, 0,32 e 0,37 (peso aos 120 dias), 0,28, 0,35 e 0,35 (peso aos 240 dias) e 0,14, 0,18 e 0,18 (peso aos 420 dias). As correlações genéticas entre o mesmo peso, nas classes de baixo e alto desvios- padrão fenotípicos (classes representativas de ambientes mais contrastantes), foram inferiores a 0,80. As correlações entre os valores genéticos, obtidos de análises múltiplas e de análise geral (sem as classes), foram superiores a 0,93. Nas classes de maior desvio-padrão fenotípico, foram observados maiores médias e desvios-padrão dos valores genéticos dos reprodutores. Ao selecionar 10% dos melhores reprodutores, observou-se maior percentual de touros em comum, classificados por análise de característica geral (sem as classes), quando comparados com os classificados na classe de alto desvio -padrão das análises de características múltiplas. / Data of Tabapuã cattle were used to verify the influence of maternal effects and heterogeneity of variance on genetic evaluation of beef cataleto. Data of adjusted weight of 35,478, 34,303 and 26,892 animals, at 120, 240 and 420 days of age, respectively, were used to classify contemporary groups among three classes of phenotypic standard deviation: low (< 14.9 kg), medium (from 14.9 to 18.3 kg) and high (> 18.3 kg). The likelihood ratio test was applied to evaluate models with or without maternal effects. In a general analysis with single trait, the direct heritabilities were 0.17, 0.15 and 0.12, in the models with maternal effects, and 0.28, 0.29 and 0.15 in the models without maternal effects, for weightsat 120, 240 and 420 days, respectively. The inclusion of the maternal effects was more important on pre-weaned and weaned weights, with heritabilities of 0.13 and 0.17, respectively. An antagonism between genetic direct and maternal effects was verified, with correlations of -0.40, -0.48 and – 0.21 for weights at 120, 240 and 420 days, respectively. The data were transformed to base 10 logarithmic and standardized as a ratio of the phenotypic standard deviation of the class. Data transformation did not eliminate the heterogeneity of variance among classes. Multiple trait analysis, considering each class of phenotypic standard deviation as a distinct trait, were realized. The genetic and residual variances increased with the increase on phenotypic standard deviation of the class. Heritabilities on low, medium and high standard deviation classes were 0.26, 0.32 and 0.37 (weight at 120 days), 0.28, 0.35 and 0.35 (weight at 240 days) and 0.14, 0.18 and 0.18 (weight at 420 days), respectively. Genetic correlations between the same weight, on low and high phenotypic standard deviation, were lower than 0.80. The correlations between breeding values, obtained from multiple analysis, and from general analysis (without classes), were greater than 0.93. In the classes of higher phenotypic standard greater means and standard deviations of the sire’s breeding values deviation were observed. Selecting 10% of the top sires, it was observed a greater percentage of common sires, classified by general trait analysis (without classes), when compared with sires classified on the high standard deviation class of the multiple traits analysis. / Tese importada do Alexandria

MUNIZ, Lorena Mirelle Santos. Associação genética entre a mudança de peso vivo e características relacionadas à fertilidade e à habilidade materna de ovelhas Santa Inês. 2016. 96 f. Tese (Doutorado em Zootecnia)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016 / Submitted by Aline Mendes (alinemendes.ufc@gmail.com) on 2017-01-18T20:54:01Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_lmsmuniz.pdf: 6678931 bytes, checksum: 726bdafc2862a3655fe80abfe10e37f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-01-19T11:55:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_lmsmuniz.pdf: 6678931 bytes, checksum: 726bdafc2862a3655fe80abfe10e37f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-19T11:55:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_lmsmuniz.pdf: 6678931 bytes, checksum: 726bdafc2862a3655fe80abfe10e37f2 (MD5) Previous issue date: 2016 / As Santa Inês is the breed with the largest number of animals available in Brazil, which makes it the maternal base of the country's meat sheep industry, and in the moment that signals to need to increase the effective size of the flocks, to meet the suppressed domestic demand by meat lamb, evaluate the reproductive performance of this breed is a fundamental issue. As in meat production, much emphasis is given to growth traits over those of fertility, the aim of this study was to investigate a possible association between the change in body weight in the pre- and post-partum, and traits related to fertility and maternal ability of Santa Ines sheep. The analyzed traits were mating weight (MW), lambing weight (LW) and weight of the ewe at weaning of their lambs (WW), number of lambs born per ewe (NLB), number of lambs weaned per ewe (NLW), total weight of lambs born per ewe (LWB) and total weight of lambs weaned per ewe (LWW), weight change between mating and lambing (WC1 = (LW – MW)/(lambing date – mating date)) and weight change between lambing and weaning (WC2 = (WW – PP)/(weaning date – lambing date)) of 2,166 ewes, from 2004 to 2010. Four multivariate animal models were analyzed: 1) Limiar2 x Linear2 (NLB, NLW, WC1 and WC2), 2) Linear4 (LWB, LWW, WC1 and WC2), 3) Linear3 x Limiar2 (MW, LW, WW, NLB and NLW) and 4) Linear5 (MW, LW, WW, LWB and LWW) by Bayesian inference with THRGIBBS1F90 and GIBBS2F90 software. The heritabilities for NLB, NLW, LWB, LWW, WC1, WC2, MW, LW and WW were 0.24, 0.24, 0.15, 0.10, 0.07, 0.01, 0.40, 0.44 and 0.44, respectively. The mode estimation for genetic correlation between WC1 and WC2 was equal to 1.0. Genetic correlations of WC1 and WC2 with the traits NLB, NLW, LWB and LWW tended to be negative. We conclude that ewes which do not show major changes in their body weight, in the period close to lambing, are more efficient and should be selected to improve flock productivity. This aspect should be associated with a greater number of lambs weaned per ewe. / Por ser a raça com maior número de animais disponíveis no Brasil, o que a torna a base materna da ovinocultura de corte do país, e no momento que se sinaliza para necessidade do aumento do tamanho efetivo dos rebanhos, para atender a demanda interna reprimida por carne ovina, avaliar o desempenho reprodutivo da raça Santa Inês é um tema fundamental. Como na exploração para corte, muita ênfase é dada às características de crescimento em detrimento daquelas de fertilidade, o objetivo deste estudo foi verificar uma possível associação entre a mudança de peso vivo, nos períodos pré e pós-parto, e características relacionadas à fertilidade e habilidade materna de ovelhas da raça Santa Inês. Foram analisadas as características peso à cobrição (PC), peso ao parto (PP) e peso ao desmame das crias (PDES), número de crias nascidas por matriz (NCN), número de crias desmamadas por matriz (NCD), peso total de crias nascidas por matriz (PTCN) e peso total de crias desmamadas por matriz (PTCD), mudança de peso entre a cobrição e o parto (MUD1 = (PP – PC)/(data do parto – data da cobertura)) e mudança de peso vivo entre o parto e o desmame (MUD2 = (PDES – PP)/(data do desmame – data do parto)) de 2.166 ovelhas, no período de 2004 a 2010. Quatro modelos animal multivariados foram analisados: 1) Limiar2 x Linear2 (NCN, NCD, MUD1 e MUD2), 2) Linear4 (PTCN, PTCD, MUD1 e MUD2), 3) Linear3x Limiar2 (PC, PP, PDES, NCN e NCD) e 4) Linear5 (PC, PP, PDES, PTCN e PTCD) por meio de inferência bayesiana com os softwares THRGIBBS1F90 e GIBBS2F90. As herdabilidades para NCN, NCD, PTCN, PTCD, MUD1, MUD2, PC, PP e PDES foram 0,24; 0,24; 0,15; 0,10; 0,07; 0,01; 0,40; 0,44 e 0,44, respectivamente. A estimativa da moda para a correlação genética entre MUD1 e MUD2 foi igual a 1,0. As correlações genéticas de MUD1 e MUD2 com as características NCN, NCD, PTCN e PTCD tenderam a ser negativas. Conclui-se que ovelhas que não apresentam grandes mudanças em seu peso vivo, nos períodos próximo ao parto, são mais eficientes e devem ser selecionadas para melhoria da produtividade do rebanho. Deve-se associar a isto um maior número de cordeiros desmamados por matriz.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-23T10:53:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T10:53:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279904 bytes, checksum: 3991609e08cd53a2c2254ee8b5c15f1d (MD5) Previous issue date: 1999-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dados de suínos Duroc, Landrace e Large White foram utilizados para estimar componentes de (co)variância para tamanho de leitegada ao nascimento e ao desmame, peso de leitegada ao nascimento e aos 21 dias de idade e mortalidade do nascimento ao desmame, pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para se verificar qual o modelo mais adequado na avaliação genética animal: o modelo1, que continha o efeito genético direto; o 2, que continha os efeitos genéticos direto e materno; o 3, que continha o efeito direto e permanente de meio; e o 4, que incluía os efeitos direto, materno e permanente de meio. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram obtidas por meio da regressão das médias dos valores genéticos das características em função do ano de nascimento da porca. As herdabilidades direta e total apresentaram valores baixos a médios: 0,00 a 0,30 e 0,00 a 0,22, respectivamente, destacando a importância da seleção com base nas informações de parentes para o melhoramento genético destas características. A herdabilidade materna foi geralmente baixa: 0,00 a 0,17; e as correlações entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, evidenciando antagonismo entre estes efeitos. As correlações genéticas entre as características de peso e tamanho de leitegada foram positivas. Já as correlações genéticas entre essas características e taxa de mortalidade tenderam a ser negativas. Esses resultados indicam que devem ser utilizados procedimentos multivariados para que tais correlações não sejam desprezadas. Constatou-se que a inclusão do efeito materno, efeito permanente de meio ou de ambos, tendeu a obter valores maiores de loge L. O teste da razão de verossimilhança indicou diferentes modelos para diferentes características e raças, sendo o modelo 4 o mais adequado para a maioria das características. As estimativas de tendência genética dos efeitos diretos mostraram que pouco ou praticamente nenhum progresso ocorreu nas características de leitegada, e houve até mesmo tendências genéticas negativas, evidenciando a dificuldade de se obter ganhos genéticos expressivos nas características reprodutivas, concordando com as baixas herdabilidades apresentadas pelas mesmas. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno apresentaram-se, em geral, negativas, possivelmente em função das correlações genéticas negativas entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno. / Data of Duroc, Landrace and Large White breeds were used to estimate (co)variance components for birth litter size and at weaning, birth litter weight and at 21 days of age and mortality, from birth to weaning, using restricted maximum likelihood methodology. The likelihood ratio test was applied to verify, for each breed and trait, which model was more adapted, the model 1, that contains the direct genetic effect, the model 2, that contains the direct and maternal genetic effects, the model 3, that contains the direct and permanent environmental effect, and the model 4, that includes the effects direct, maternal and permanent environmental. Genetic direct and maternal trends estimates were obtained by regressing genetic values averages on dam birth year. The direct and total heritabilities had small to medium values, .00 to .30 and .00 to .22, respectively, highlighting the importance of relatives information in the selection program for improving these traits. The maternal heritability was generally low, .00 to .17; and the correlations among the additive direct and maternal genetic effects were, in general, high and negative, evidencing antagonism among these effects. The genetic correlations among litter weigh and size traits were positive. The genetic correlations between those traits and mortality rate tended to be negative. These results indicate that should be used multivariate methodologies that do not despise such correlations. The inclusion of the genetic maternal effect, permanent environmental effect or both effects, tended to obtain larger values of ln L. The likelihood ratio test indicated different models for different traits and breeds, and the model 4 was more adapted for most of the traits. Genetic direct trends estimates showed no progress or very small progress for litter traits, and in some cases there were even negatives, indicating the difficulty to get high genetic gain in reproductive traits, in agreement with small heritabilities presented by them. Genetic maternal trends estimates were, in general, negatives, possibly in function of negatives genetics correlations among direct and maternal genetic additive effect.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-24T16:47:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 321006 bytes, checksum: 35881acc62a22486ad12f2680c3b6cde (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T16:47:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 321006 bytes, checksum: 35881acc62a22486ad12f2680c3b6cde (MD5) Previous issue date: 2000-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Registros de produção de leite de vacas da raça Holandesa foram utilizados na verificação da efetividade da inclusão da interação reprodutor x rebanho no modelo, como fator de ajustamento de heterogeneidade de variância entre rebanhos, bem como na verificação do efeito dessa interação sobre a acurácia dos valores genéticos dos reprodutores avaliados. Com base no desvio-padrão fenotípico da produção de leite, ajustada a 305 dias de lactação e à idade adulta da vaca, os rebanhos foram estratificados em três classes: alto (>1375 kg), médio (1165 a 1375 kg) e baixo (<1165 kg) desvios- padrão fenotípicos. Componentes de variância para produção de leite em cada classe de desvio-padrão fenotípico, em análise geral e, ainda, em análise de características múltiplas, em que se considerou cada classe de desvio-padrão fenotípico como características diferentes, foram estimados pela máxima verossimilhança restrita, utilizando-se dois modelos animais que diferiam apenas na ausência e na presença da interação reprodutor x rebanho. O teste da razão de verossimilhança foi utilizado na verificação da efetividade da inclusão da interação no modelo. As médias da produção de leite e os componentes de variância, de modo geral, aumentaram da classe de baixo para a classe de alto desvio-padrão fenotípico. As estimativas de componentes de variância, obtidas pelo modelo que incluía a interação reprodutor x rebanho, foram ligeiramente menores do que as dos modelos sem interação, exceto na variância residual, cujas estimativas, nos dois modelos, foram bastante próximas. As estimativas de herdabilidade, obtidas pelos dois modelos (0,197 a 0,350), foram próximas entre si, enquanto maiores estimativas foram observadas na classe de maior desvio-padrão fenotípico. Em análise de características múltiplas, as estimativas de componentes de variância, de modo geral, foram maiores, quando comparadas com as obtidas de análise de característica simples, exceto pelas variâncias residuais, que foram próximas nas duas situações, resultando em maiores estimativas de herdabilidades nas análises de características múltiplas (0,251 a 0,362). As correlações genéticas, para produção de leite, entre as classes de desvios-padrão fenotípicos foram todas próximas da unidade. A proporção da variância fenotípica da produção de leite, devido à variância da interação reprodutor x rebanho, em análises de características simples e múltiplas, oscilou de 2,2 a 4,4%, e os logaritmos naturais das funções de verossimilhanças aumentaram significativamente, quando se incluía a interação reprodutor x rebanho no modelo. As médias dos valores genéticos preditos dos reprodutores avaliados, para produção de leite, aumentaram da classe de baixo para a classe de alto desvio-padrão fenotípico. Houve pequena superestimação na acurácia dos valores genéticos preditos dos reprodutores, para produção de leite, quando não se incluía a interação reprodutor x rebanho, superestimação que não foi maior em razão da boa distribuição das progênies dos reprodutores entre os rebanhos avaliados. / Yield records of Holstein cows were used to verify the effectiveness of including sire-by-herd interaction in the model of analysis in a adjusting for heterogeneous variances between herds and also to verify the interaction effect on accuracy of sire breeding values. Milk yield adjusted for 305 days of lactation and age of the cow, were used to classify the herds among three classes of phenotypic standart deviation: high, medium and low classes. Variance components for milk yield in phenotypic standard deviation classes and all data and still, in analyses in multitrait models, considering the milk yield in each class of phenotypic standard deviation as being different traits, were estimated using restricted maximum likelihood methodology through two animal models, either not fitting or fitting a sire-by-herd interaction term. Likelihood ratio test was used to verify the effectiveness of including a sire-by-herd interaction effect in the model. Average milk yield and the variance components, increased from high phenotypic standard deviation class. Variance components estimates were smaller, when the sire-by-herd interaction was fitted, however, residual variance component, were similar for both models. Heritability estimates for milk yield obtained no fitting and fitting to interaction term in the model, were close, highest estimates were obtained for the class of high phenotypic standard deviation. From multitrait models, the estimates of variances components were larger then estimates to univariate analysis, except for residual variance component, which were close, resulting in higher heritability estimates. Genetic correlation among milk yield between classes of phenotypic standard deviation were close to unity. The proportion of the phenotypic variance due interaction sire-by-herd variance in the univariate and multitrait analysis, fluctuated in 2.2 to 4.4 percent. The logarithms of the likelihood functions were highest fitting a sire- by-herd interaction, for all cases. The breeding values average to sires was highest to the class of high phenotypic standard deviation. Fitting the interaction term in the model, reduced the accuracy of breeding value, this reduction don't was greater, because of the distribution of daughters of the sires in the several herds studied. In evaluation of sires, is important to identify the cause of heterogeneity of variances between herds, and also, to verify the distribution of daughters of sire between herds.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-16Bitstream added on 2014-06-13T18:29:30Z : No. of bitstreams: 1 guidolin_dgf_me_jabo.pdf: 239613 bytes, checksum: 25503ca97d099f8707e7f0c6cd325324 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A identificação de interação genótipo-ambiente em bovinos de corte pode auxiliar o processo de seleção, aumentando a eficiência da avaliação genética de reprodutores submetidos à ambientes distintos. Características medidas pós-desmame estão mais sujeitas aos efeitos da interação genótipoambiente do que na fase pré-desmame. Assim, o objetivo deste trabalho foi verificar a existência do efeito da interação genótipo-ambiente sobre os pesos corporais aos 365 (P365), 450 (P450) e aos 550 (P550) dias de idade de bovinos Nelore criados nos estados de Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Pará e São Paulo. Os componentes de (co)variância, parâmetros genéticos e os valores genéticos preditos foram estimados para cada característica, por estado e para o conjunto total de dados, pelo método da máxima verossimilhança restrita. Correlações de Spearman entre as classificações dos touros por estado quanto ao valor genético para cada característica ou considerando cada estado individualmente e em conjunto (todos os estados), assim como a correlação genética entre observações da mesma característica, medida em dois estados distintos foram utilizadas para avaliar o efeito da interação genótipo-ambiente sobre as características estudadas. Correlações de Spearman não significativas indicaram mudança de posição na classificação de touros e conseqüente existência de interação genótipo-ambiente. A ocorrência desta interação também foi constatada em algumas ocasiões por estimativas de correlação genética entre observações da mesma característica em estados diferentes, para P365 foi observada indícios de interação entre SP e GO (0,71), SP e MT (0,68) e também entre SP e PA (-0,11), para P450, MT e MG (-0,28), GO e PA (0,62) e SP e PA (0,66), para a característica P550, MT e MG (-0,38), MG e PA (0,73), MG e SP (-0,34) e para... / The properly identification of genotype-environment interaction in beef cattle herds can help the selection process and improve genetic evaluation of sires submitted in different environments. Post weaning traits may be more influenced by the genotype-environment interactions than others. So, this paper objective was verify genotype-environment interaction in, beef cattle, body weight at 365 (P365), 450 (P450) and 550 (P550) days of age in herds distributed in six Brazilian states, Goiás (GO), Mato Grosso (MT), Mato Grosso do Sul (MS), Minas Gerais (MG), Pará (PA) and São Paulo (SP). Genetic parameters, (co)variance components and genetic values were estimated for each trait, each state and for all states together, using maximum restricted likelihood method. Spearman correlations among sire’s classifications due to its genetic value, for each trait, by state individually or in group (using data from all states), genetic correlation between the same trait measured in two different states were used to evaluate genetic-environment interaction over the traits studied. Non significant Spearman’s correlation indicated position changes at sires classification and consequently genotype-environment interaction. This interaction occurrence was also observed between genetic correlations of the same trait measured in two different states. Genetic correlation for P365, between SP and GO states were (0, 71), SP and MT (0, 68) and also between SP and PA (-0, 11). For P450, MT and MG (-0, 28), GO and PA (0, 62) and SP and PA (0, 66). P550, MT and MG (-0, 38), MG and PA (0, 73), MG and SP (-0, 34) and SP and PA (-0, 86). There so, selection conduced considering data obtained in one state could be different than one based in others. Beef cattle summary organized by state would be indicated if this one would be economically viable.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-19Bitstream added on 2014-06-13T20:45:17Z : No. of bitstreams: 1 seno_lo_dr_jabo.pdf: 566971 bytes, checksum: 0c5e0aebf798c4c7055349396b4889f3 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo teve como objetivo avaliar a viabilidade genéticaeconômica de execução de diferentes estratégias de seleção, em uma população simulada de bubalinos leiteiros, no sentido, de selecionar dentre as opções a melhor estratégia. No processo de tomada de decisão, avaliou-se o impacto das estratégias no valor genético médio, coeficiente de endogamia, variância genética, além de examinar a relação custo-benefício, por meio dos indicadores determinísticos, valor presente líquido (VPL) e razão benefício-custo (B/C). Os efeitos dos aumentos no número de rebanhos que participam de um programa de controle leiteiro (CL) e na porcentagem de inseminação artificial (IA), também foram avaliados. As estratégias analisadas envolveram seleção baseada em: 1) valores aleatórios, sem a adoção de IA (SA); 2) valores aleatórios, com a adoção de IA (SAIA); 3) valores fenotípicos (SF); e 4) teste de progênie (TP). O aumento na porcentagem de rebanhos participantes de programas de CL pode promover a obtenção de maiores ganhos genéticos nas estratégias de TP e SF. A introdução de TP na bubalinocultura poderia proporcionar ganhos genéticos relevantes na população. A receita obtida com a venda de leite foi incrementada em função do aumento no número de rebanhos nas estratégias de TP e SF. A utilização de IA aumenta a conexão entre os rebanhos, promovendo a melhor difusão do material genético superior na população e consequentemente, aumento na receita obtida com a venda de leite. A aplicação das estratégias de seleção SF e TP em uma população de bubalinos leiteiros na Região Sudeste do Brasil mostraram-se viáveis de acordo com os critérios do VPL e da razão B/C. / The aim of this study was to evaluate the genetic-economic feasibility of the execution of different selection strategies, in a simulated population of dairy buffaloes, in order to choose the best strategy. In the decision process it was evaluated the impact of the strategies using the change in the true breeding value, inbreeding coefficient, variance of true breeding values, as well as to examine the relation cost-benefit from a deterministic approach, net present value (VPL) and benefit-cost ratio (B/C). The effect of the increase in the number of herds that participate on a program of milk recording and in the percentage of artificial insemination (IA) was also evaluated. The strategies analysis involved: 1) selection based on random values, without AI (SA); 2) selection based on random values, with AI (SAIA); 3) phenotypic selection (SF); and 4) progeny test (TP). The increase in the percentage of participant herds in program of milk recording can promote high genetic profits in the strategies TP and SF. The introduction of TP in dairy buffaloes could provide genetic improvement to the population. The profit obtained with the milk sales has increased because of in the number of herds under strategies SF and TP. The use of IA increases the connection between herds, promoting the best diffusion of the superior genetic material in the population and, consequently, increase profit obtained with milk sales. The application of the strategies SF and TP in a dairy buffaloes population in the Southeastern Region of Brazil showed feasibility according to the criteria of the VPL and B/C ratio.

Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-18T17:45:01Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1385325 bytes, checksum: ea9dbc49d8fec3ee26a2a139e1dd0baf (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão on 2017-01-23T19:14:45Z (GMT) / Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-24T10:46:09Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Reprodutores múltiplos (RM) é o sistema de manejo mais comum em produção de bovinos de corte principalmente devido a facilidade e baixo custo de manejo. No entanto, RM não permite a identificação de paternidade, tornando o pedigree incompleto um dos principais obstáculos para avaliações genéticas precisas. Existe um crescente interesse na investigação do uso de dados genômicos em modelos com paternidade incerta, visando aumentar a acurácia e diminuir o viés nas avaliações genéticas. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a aplicação do BLUP e single step genomic BLUP (ssGBLUP) em diferentes cenários com paternidade incerta utilizando dados simulados e reais em bovinos de corte. Foram simulados genótipos, pedigree e fenótipos para idade ao primeiro parto (IPP) e peso aos 550 dias (P550) utilizando herdabilidades baseadas em dados reais (0,12 para IPP e 0,34 para P550). O genoma foi simulado com um comprimento total de 2.333 cM, com 735.293 marcadores bialélicos e 7.000 QTL distribuídos aleatoriamente ao longo dos 29 cromossomos. Foi assumido que os QTLs explicaram 100% da variância genética. Para QTL, a quantidade de alelos variou aleatoriamente de dois a quatro por loci. Foram estudados cenários com 0%, 25%, 50%, 75% e 100% de RM e foram testados quatro tipos de escalas entre as matrizes G e A22. A acurácia e viés foram calculados para cincos grupos: ALL = todos os animais; BULL = apenas touros; GEN = animais genotipados, FEM = fêmeas e YOUNG = machos jovens. O uso da informação genômica no modelo (ssGBLUP) apresentou acurácia maior (variando de 0,31 a 0,97) do que o BLUP tradicional (variando de 0,05 a 0,97), especialmente no grupo YOUNG. No estudo com dados reais, todos os modelos incluíram grupos de contemporâneos e classe de idade da vaca como efeitos fixos. A acurácia do valor genético (EBV / GEBV) foi calculada em cada cenário para oito grupos de animais: ALL = todos os animais, BULL = apenas touros com dez ou mais progênies; GEN = animais genotipados, GENwithPHEN = animais genotipados com fenótipos, GENwithoutPHEN = animais genotipados sem fenótipos, YOUNG = machos e fêmeas jovens sem fenótipos, YwithoutGEN = animais jovens sem fenótipos e genótipos e YwithGEN = animais jovens sem fenótipos e com genótipos. As acurácias do EBV (método BLUP) variaram de 0,02 a 0,46 para P455 e 0,04 a 0,18 para IPP, enquanto que as acurácias do GEBV (ssGBLUP) variaram de 0,13 a 0,48 para P455 e 0,16 a 0,33 para IPP. Os resultados obtidos com dados simulados e reais mostraram que acurácias do EBV e GEBV diminuíram à medida que as proporções de RM aumentaram. Além disso, o uso da informação genômica na avaliação genética pelo ssGBLUP aumentou a acurácia da avaliação, especialmente para animais com menos informações e para animais jovens. / Multiple service sire (MS) is the most common mating system in extensive beef production systems mainly due the facility and low management cost. However, MS does not allow the paternity identification, which makes the incompleteness of pedigree one of the main obstacles for accurate genetic evaluations. There is a grown interest to investigate the use of genomic data in uncertain paternity models aiming to increase the accuracy and to decrease bias in genetic evaluations. Therefore, the objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) under different scenarios of uncertain paternity, using simulated and real data in beef cattle population. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). The simulated genome had a total length of 2,333 cM, with 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci ranged randomly from two to four. Uncertain paternity scenarios using 0%, 25%, 50%, 75%, and 100% were studied. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; YOUNG = young males. The use of genomic information in the model (ssGBLUP) provided more accurated prediction (ranging from 0.31 to 0.97) than traditional BLUP (ranging from 0.05 to 0.97), especially in the YOUNG group. In real data, all models included contemporary groups and age at calving in classes as fixed effects. The accuracy of the estimated breeding value (EBV/GEBV) prediction was calculated in each scenario with eight groups of animals: ALL = all animals in the population, BULL = only bulls with ten or more progenies; GEN = genotyped animals, GENwithPHEN = genotyped animals with phenotypes, GENwithoutPHEN = genotyped animals without phenotypes, YOUNG = male and female young animals without phenotypes, YwithoutGEN = young animals without phenotypes and genotypes, and YwithGEN = young animals without phenotypes and with genotypes. Accuracies of EBV (BLUP method) ranged from 0.02 to 0.46 for W450 and 0.04 to 0.18 for AFC, while the accuracies of GEBV (ssGBLUP) ranged from 0.13 to 0.48 for W450 and 0.16 to 0.33 for AFC. The results obtained in simulated and real data showed that EBV and GEBV accuracy decreased as the proportion of MS increased. Additionally, the use of genomic information in the genetic evaluation by ssGBLUP increases the accuracy of evaluation, especially for animals with few number of information, such as young animals. / FAPESP: 2013/25910-0

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipos x ambientes sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos de corte da raça Nelore. Foram analisados 45.697 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 34.773 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 34.753 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano (GP), originários de três fazendas localizadas nas regiões sudeste e centro-oeste do Brasil. Os componentes de variância foram estimados utilizando-se o programa MTDFREML. Os dados foram submetidos a análises de duas formas distintas: primeiramente processaram-se análises de características únicas para os dados de cada fazenda e para conjuntos de dados formados por pares de fazendas. Em seguida, processaram-se análises de características múltiplas, em que a mesma característica foi considerada como variáveis distintas em cada par de fazendas. A partir da obtenção dos valores genéticos dos animais, foram calculadas as diferenças esperadas na progênie (DEPs) dos mesmos, bem como as correlações de Pearson entre os valores das DEPs dos touros para as três características estudadas. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade variaram de 0,17 a 0,33 para a característica PD, 0,31 a 0,48 para a característica PS e 0,11 a 0,32 para a característica GP. Os coeficientes de correlação genética encontrados variaram de 0,82 a 1,00, enquanto as correlações de Pearson entre as DEPs dos touros variaram de 0,89 a 0,99. Os resultados levam a sugerir pequeno ou nenhum efeito da interação genótipo x ambiente nos rebanhos incluídos neste estudo. / The objective of the present study was to evaluate the genotype x environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and weight gain post-weaning in Nellore beef cattle herds. There were analyzed 45,697 data of weaning weight adjusted to 205 days (PD), 34,773 data of post-weaning weight adjusted to 550 days (PS) and 34,753 data of weight gain post-weaning (GP), which were collected from three farms localized in southwest and middle-east of Brazil. The variance components were estimated by MTDFREML. Those data were analyzed applying two different methods: the first proceeding was of considering single traits to the data of each farm and also to the data-set originated by pair of farms. The second method was performing the analysis of multiple traits once the same trait was considered as a distinct variable in each pair of farms. Since genetic values were obtained there were calculated the expected breeding values (EPD) of the sires as the Pearson correlations between the EPD values and the traits analyzed. The estimative of heritability coefficients ranged from 0.17 to 0.33, 0.31 to 0.48 and 11 to 0.32 to PD, PS and GP respectively. The genetic correlations varied from 0.82 to 1.00, while the Pearson correlation between the EPDs ranged from 0.96 to 0.99. The results suggest a modest or inexistent genotype x environment interaction effect in the herds evaluated.

O objetivo do presente trabalho foi estudar a influência do uso da somatotropina bovina (bST) sobre a produção de leite e a avaliação genética de bovinos da raça Holandesa. Para análise foram utilizados dados referentes a 474 touros e observações referentes a 3341 lactações de 1271 vacas, provenientes da Agropecuária Agrindus - S.A no estado de São Paulo no período de 1999 a 2003. Análise de variância (método dos quadrados mínimos) foi realizada pelo procedimento GLM do SAS® (2003), visando identificar o efeito da classe de aplicação do bST sobre a produção de leite aos 305 dias de lactação (PL305). Os valores genéticos preditos dos touros (PBV), componentes de variância e herdabilidade para a característica PL305 foram estimados utilizando-se um modelo animal a partir de duas análises; na primeira incluiu-se o efeito do bST como fixo e na segunda o referido efeito foi ignorado. Foram calculadas correlações de Spearman entre PBV dos touros para quatro conjuntos de touros avaliados: a) todos os touros; b) os melhores 20%; c) os melhores 10% e d) os melhores 5%. As médias da PL305 para as classes de bST foram 9175,11kg - sem bST, 9530,94kg - de 11 a 20 aplicações, 10150,57kg - de 21 a 30 aplicações e 11089,89 Kg de 31 a 59 aplicações. As herdabilidades foram respectivamente de 0,26±0,00 e 0,23±0,00 para as duas análises e as correlações entre os valores genéticos preditos para os conjuntos de touros a, b, c e d foram, respectivamente, 0,9484, 0,9829, 0,9752 e 0,8974. A análise de variância demonstrou as médias de PL305 aumentaram significativamente (P<0,0001), com o aumento do número de aplicações do bST. Os coeficientes de herdabilidade, embora relativamente baixos, indicam possível ganho genético, por meio de seleção, para produção de leite. As altas correlações de Spearman entre os valores genéticos dos touros, considerando-se ou não o uso do bST no modelo, indicam que o uso desta tecnologia não interfere na classificação dos touros avaliados geneticamente. / The aim of this study was to investigate the influence of the use of the bovine somatotropin (bST) on the milk production and the bovine genetic evaluation of Holstein cattle. Data regarding 474 bulls and observation concerning 3341 lactations of 1271 cows from the Agrindus Agriculture and Cattle Raising S.A. in the state of São Paulo, Brazil, between 1999 and 2003 were used for the analysis. The variance analysis (the minimum square method) was performed by the GLM procedure of the SAS® (2003) for identify the effects of the application class of the bST on the milk production at 305 days of lactation (PL305). For the bulls, the predicted breeding values (PBV), variance components and heritability for the PL305 characteristic were estimated using an animal model from two analyses; in the first, the bST was considered as fixed effect and in the second, the effect of bST was ignored. Spearman correlations between PBV for four sets of evaluated bulls were calculated: a) all bulls; b) the best 20%; c) the best 10% and d) the best 5%. The PL305 averages for the bST classes were 9175.11kg without bST; 9530.94kg from 11 to 20 applications; 10150.57kg from 21 to 30 applications; and 11089.89kg from 31 to 59 applications. The heritabilities were 0.26±0.00 and 0.23±0.00 respectively for both analyses and the correlations between the PBV for a, b, c, and d bull sets were, respectively, 0.9484, 0.9829, 0.9752 and 0.8974. The variance analysis demonstrated that the PL305 averages increased significantly (P<0.0001) with the increase of number of bST applications. The heritability coefficients, although relatively low, indicate a possible genetic gain, by selection, for milk production. The Spearman high correlations between the PBV of bulls, considering or not the bST use in the model, indicate that the use of this technology does not interfere in the genetically evaluated bulls classification.