A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY® Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares , mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore. / The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due to environmental issues, the demand of consumer markets for meat quality and strict sanitary standards of the international market. These factors increase the importance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of this study was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values of a commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY® V3) in the genetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeye area, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with a relationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis were performed. Single trait model was performed only for each observed phenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecular breeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion of molecular information in genetic evaluation provided increases on the accuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, for replacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animals classified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstrated highest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic change rate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thickness and 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusion of molecular breeding values, even when estimated from low density genetic markers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selection of best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animal breeding programs for Nellore cattle.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T16:38:24Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 619572 bytes, checksum: c1d04820225a12c3d12c15ec4d7c4d11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T16:38:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 619572 bytes, checksum: c1d04820225a12c3d12c15ec4d7c4d11 (MD5) Previous issue date: 2016-07-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O objetivo deste trabalho foi utilizar a metodologia de modelos mistos na predição do potencial genético de populações segregantes e na seleção de progênies visando ao melhoramento do feijão-preto. A partir de cruzamentos em esquema de dialelo parcial 5 x 7, 35 populações foram obtidas e avançadas em bulk até a geração F2. Na geração F3, essas populações foram avaliadas na safra de inverno de 2014, utilizando o delineamento de blocos casualizados. A partir de dados de plantas individuais quanto à produção de grãos (PG) e ao diâmetro do hipocótilo (DH), foram utilizadas as metodologias de Jinks e Pooni e a baseada em modelos mistos, para a predição do potencial dessas populações na extração de linhagens superiores. Vinte dessas populações constituíram a base (C0) para um programa de seleção recorrente. De cada uma dessas populações foram selecionadas 19 plantas com maiores valores de DH, dando origem a 380 progênies de feijão-preto. Essas progênies foram avaliadas por duas gerações, F3:4 (seca 2015) e F3:5 (inverno 2015), quanto a arquitetura de plantas (ARQ), severidade de mancha-angular (MA), produtividade de grãos (PROD) e aspecto comercial de grãos (AG). Para predição do valor genético das progênies, foi utilizado o índice de seleção com efeito de progenitor, população, progênie e geração (ISPPPG). Com base nos valores genéticos preditos e no índice de seleção aditivo, foram selecionadas, independentemente da população de origem, as 40 progênies com o maior potencial para a extração de linhagens superiores. Também foi selecionada a melhor progênie de cada uma das 20 populações, as quais serão recombinadas para dar origem ao ciclo um (C1) do Programa de Seleção Recorrente. Considerando a avaliação das populações F3, observou-se a presença de variabilidade genética entre elas para as características DH e PG. A acurácia seletiva em nível de média de populações foi de 88,19% para DH e 84,36% para PG, enquanto a acurácia na seleção individual de plantas apresentou valores inferiores a 26%. A eficiência com a seleção pelo BLUP (Melhor Predição Linear Não Viesada) entre e dentro de populações foi de apenas 1% para essas duas características. A metodologia de Jinks e Pooni e a baseada em modelos mistos foram equivalentes na predição do potencial das populações segregantes. Considerando as características PROD, ARQ, MA e AG, avaliadas nas progênies, observou-se efeito significativo de progênie, de população (exceto para AG) e de progênie x geração (exceto para ARQ). Obtiveram-se acurácias acima de 85% para todas as características, com o uso do ISPPPG na predição do valor genético das progênies. Com o índice de seleção aditivo foi obtida predição de ganhos desejados simultâneos para as quatro características. O uso de modelos mistos mostrou-se promissor no melhoramento do feijoeiro. / This work aims the use of mixed models methodology in predicting the potential of segregating populations and selection of progenies at black bean breeding program. From crosses in partial diallel scheme (5 x 7), 35 population were obtained and advanced in bulk to F3 generation, which were evaluated in 2014 winter season, in a randomized block design. From data of individual plants for grain production (GP) and hypocotyl diameter (HD), I used the methodologies of Jinks and Pooni and the mixed models to predict the potential from those populations in order to extract superior lines. Twenty population composed the base (C0) of a recurrent selection program. From each of these populations, nineteen plants with higher HD values were selected to give rise to 380 black coat seeds progenies. These progenies were evaluated for two generations F3:4 (drought 2015) and F3:5 (winter 2015) regarding plant architecture (ARQ), angular-leaf-spot severity (ALS), grain yield (GY) and commercial aspect (GA). I used the selection index with parents, populations, progenies and generations effects (SIPPPG) to predict the genetic value of the progenies. Based on genetic values predicted and through the additive index, I selected 40 progenies with the greatest potential for superior lines extraction, regardless the source population. I also selected the best progeny of each of the 20 population, which will be combined to give rise the cycle one (C1) of the Recurrent Selection Program. There was genetic variability among F3 population regarding GP and HD. The average level selective accuracy of population was 88.19% to HD and 84.36% to GP, while the individual selective accuracy presented values lower than 26%. The efficiency with the BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) selection among and within populations was only 1% for both characteristics. The methodology of Jinks e Pooni and the methodology based on mixed models were similar in predict the potential of segregating population. Considering GY, ARQ, ALS and GA, there was significant progeny effect, population effect (except for GA) and progeny x generation effect (except for ARQ). Accuracies above 85% were obtained for all characteristics using the SIPPPG in predicting the progenies genetic values. I got simultaneous desired predicted gains for the four characteristics. The use of mixed models shows promise in bean breeding programs.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T17:52:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T17:52:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As informações de populações e de progênies obtidas por meio do método Bulk Dentro de Progênies (BDP) devem serem consideradas para a prática da seleção, visto que, a probabilidade de obtenção de progênies superiores dentro de populações superiores, é elevada. Assim, o método de seleção BLUP- SIPPPG (BLUP associado ao esquema BDP e ao índice de seleção usando os efeitos de genitores, populações, progênies e gerações) foi desenvolvido com o intuito de abarcar todos os efeitos da estrutura global do programa de melhoramento de espécies autógamas. Contudo, a seleção de progênies em gerações iniciais do programa de melhoramento reflete no uso do método com restrições de informações. Neste sentido, objetivou-se com este trabalho avaliar os efeitos entre populações e progênies endogâmicas que compõem o índice BLUP- SIPPPG, por meio das informações de populações F 3 e de progênies F 2:3 via índice denominado BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progenies) para a seleção de progênies de soja (Capítulo I); incluir as informações de gerações das populações F 2 nas análises via índice denominado de BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progenies and Generations), e ainda, comparar a eficiência da acurácia de seleção das progênies entre ambos os índices apresentados (Capítulo II). Para isso, três populações F 2 ’s, oriundas de três híbridos F 1 ’s resultantes de cruzamentos entre os progenitores TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrino RR, UFVS Turqueza RR e M7908 RR, foram avaliadas em casa de vegetação, utilizando o delineamento experimental em blocos ao acaso (DBC) com três repetições. Cada planta F 2 foi colhida separadamente originando 204 progênies F 2:3 , as quais foram plantadas em dois locais, utilizando para cada local o delineamento experimental de blocos incompletos desbalanceados, com três repetições e nove testemunhas adicionais. Avaliou-se as características frequentistas do programa de melhoramento genético da soja, com o intuito de selecionar as progênies com maiores produtividades de grãos. Os dados foram submetidos à análise, via software Selegen–REML/BLUP. Assim concluiu-se que: i) A adoção do método BLUP-SIPP favoreceu a estimação dos parâmetros genético e ambientais, além do entendimento da distribuição da variância genotípica entre e dentro de populações F 3 ; ii) a variação da população apresentou contribuição majoritária para a variância fenotípica total, na avaliação de progênies de soja F 2:3 nos dois índices utilizados; iii) os métodos BLUP-SIPP e BLUP- SIPPG contribuíram para a predição de valores genotípicos mais acurados; iv) a inclusão do efeito da geração de população F 2 , via modelo BLUP-SIPPG, não implicou em aumento dos valores das acurácias seletivas para progênie, refletindo em ausência de ganhos com a seleção quando adotou-se o modelo BLUP-SIPP. / The progeny and populations information obtained by the bulk method within progenies should be considered for selection practice, since the probability of obtaining superior progenies within upper populations is high. Thus, the BLUP- SIPPPG selection method (BLUP associated with the bulk method within progenies scheme and the selection index using the effects of parents, populations, progenies and generations effects) was developed in order to encompass all the effects of the global structure of the plant breeding program autogamous species. However, the selection of progenies in early generations of the breeding program reflects the use of the method with information restriction. In this sense, the objective of this work was to evaluate the effects between populations and inbred progenies that make up the index BLUP- SIPPPG, through information F 3 populations and progenies F 2:3 via index called BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progeny effects) for selection F 2:3 soybean progenies (Chapter I); to include information of generations F 2 populations in the analysis via index called BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progeny and Generations effects), and further, to compare the efficiency of the progeny selection accuracy from both presented indexes (Chapter II). For that, three F 2 's populations, from three F 1 's hybrids resulting from crosses between parent TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrine RR, UFVS Turqueza RR and M7908 RR were evaluated in a greenhouse, using the experimental design in random blocks (DBC) with three replications. Each F 2 plant was harvested separately giving 204 F 2:3 progenies, which were planted in two locations using for each location the experimental design of incomplete unbalanced blocks, with three replications and nine additional witnesses. We evaluated the frequentist characteristics of the breeding program of soybeans, in order to select the progenies with higher grain yield. The data were analyzed via Selegen-REML / BLUP software. Thus it was concluded that: i) the adoption of BLUP-SIPP method favored the estimate of genetic and environmental parameters, beyond the understanding of the distribution of genotypic variance within and between F 3 populations; ii) the variation of the population showed a major contribution to the total phenotypic variance in the F 2:3 progenies evaluation in the two used indexes; iii) the BLUP-SIPP and BLUP-SIPPG methods contributed to a more accurate prediction of genotypic values; iv) the inclusion of the effect of generation F 2 population, via BLUP-SIPPG model did not result in increased values of accuracies selective for progeny, reflecting the absence of earnings from the selection when it was adopted the BLUP-SIPP model.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-27T11:41:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 376017 bytes, checksum: 40339e192628ee46bcc68029ed1095bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-27T11:41:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 376017 bytes, checksum: 40339e192628ee46bcc68029ed1095bd (MD5) Previous issue date: 2001-02-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com base no banco de dados usado na avaliação genética, em nível nacional, da raça Tabapuã, objetivou-se verificar a importância de efeitos maternos e a influência da heterogeneidade de variâncias na avaliação genética de bovinos de corte. Dados de pesos corrigidos aos 120, 240 e 420 dias de idade, referentes a estratificados 35.478, com 34.303 base no e 26.892 animais, desvio-padrão respectivamente, fenotípico dos foram grupos de contemporâneos, com peso aos 120 dias, em três classes: baixo (< 14,9 kg), médio (de 14,9 a 18,3 kg) e alto (>18,3 kg) desvios-padrão. Avaliaram-se modelos com e sem efeitos maternos pelo teste da razão de verossimilhança. Em análises de característica única geral, as herdabilidades diretas foram de 0,17, 0,15 e 0,12, em modelos co m efeitos maternos, e de 0,28, 0,29 e 0,15, em modelos sem efeitos maternos, para pesos aos 120, 240 e 420 dias, respectivamente. Os efeitos maternos mostraram-se mais importantes nos pesos nas fases da pré-desmama e da desmama, com herdabilidades de 0,13 e 0,17, respectivamente. Constatou-se antagonismo entre os efeitos genéticos direto e materno, com correlações de – 0,40, - 0,48 e – 0,21 para pesos aos 120, 240 e 420 dias, respectivamente. No estudo da heterogeneidade de variâncias recorreu- se à utilização de transformações para a escala logarítmica e à padronização, dividindo-se o valor do registro pelo desvio-padrão fenotípico da classe. Ao constatar a ineficiência das transformações, realizaram-se análises de características múltiplas, sendo o peso, em cada classe de desvio-padrão fenotípico, considerado característica distinta. Nas análises de múltiplas características, em que o peso foi considerado característica distinta em cada classe de desvio-padrão fenotípico, constatou-se que variâncias genéticas e residuais aumentaram com o aumento do desvio-padrão fenotípico da classe, implicando herdabilidades nas classes de baixo, médio e alto desvio -padrão fenotípico iguais, respectivamente, a 0,26, 0,32 e 0,37 (peso aos 120 dias), 0,28, 0,35 e 0,35 (peso aos 240 dias) e 0,14, 0,18 e 0,18 (peso aos 420 dias). As correlações genéticas entre o mesmo peso, nas classes de baixo e alto desvios- padrão fenotípicos (classes representativas de ambientes mais contrastantes), foram inferiores a 0,80. As correlações entre os valores genéticos, obtidos de análises múltiplas e de análise geral (sem as classes), foram superiores a 0,93. Nas classes de maior desvio-padrão fenotípico, foram observados maiores médias e desvios-padrão dos valores genéticos dos reprodutores. Ao selecionar 10% dos melhores reprodutores, observou-se maior percentual de touros em comum, classificados por análise de característica geral (sem as classes), quando comparados com os classificados na classe de alto desvio -padrão das análises de características múltiplas. / Data of Tabapuã cattle were used to verify the influence of maternal effects and heterogeneity of variance on genetic evaluation of beef cataleto. Data of adjusted weight of 35,478, 34,303 and 26,892 animals, at 120, 240 and 420 days of age, respectively, were used to classify contemporary groups among three classes of phenotypic standard deviation: low (< 14.9 kg), medium (from 14.9 to 18.3 kg) and high (> 18.3 kg). The likelihood ratio test was applied to evaluate models with or without maternal effects. In a general analysis with single trait, the direct heritabilities were 0.17, 0.15 and 0.12, in the models with maternal effects, and 0.28, 0.29 and 0.15 in the models without maternal effects, for weightsat 120, 240 and 420 days, respectively. The inclusion of the maternal effects was more important on pre-weaned and weaned weights, with heritabilities of 0.13 and 0.17, respectively. An antagonism between genetic direct and maternal effects was verified, with correlations of -0.40, -0.48 and – 0.21 for weights at 120, 240 and 420 days, respectively. The data were transformed to base 10 logarithmic and standardized as a ratio of the phenotypic standard deviation of the class. Data transformation did not eliminate the heterogeneity of variance among classes. Multiple trait analysis, considering each class of phenotypic standard deviation as a distinct trait, were realized. The genetic and residual variances increased with the increase on phenotypic standard deviation of the class. Heritabilities on low, medium and high standard deviation classes were 0.26, 0.32 and 0.37 (weight at 120 days), 0.28, 0.35 and 0.35 (weight at 240 days) and 0.14, 0.18 and 0.18 (weight at 420 days), respectively. Genetic correlations between the same weight, on low and high phenotypic standard deviation, were lower than 0.80. The correlations between breeding values, obtained from multiple analysis, and from general analysis (without classes), were greater than 0.93. In the classes of higher phenotypic standard greater means and standard deviations of the sire’s breeding values deviation were observed. Selecting 10% of the top sires, it was observed a greater percentage of common sires, classified by general trait analysis (without classes), when compared with sires classified on the high standard deviation class of the multiple traits analysis. / Tese importada do Alexandria

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Crioula horse breed is considered as a symbol of the State of Rio Grande do Sul and has considerable economic importance for the State. Originating from the Andalusian breed is considered an extremely docile and multifunctional animal, used in activities with livestock and in sport activities like polo, races and other activities. However, little is known about breeding programs in this breed. The objective of this study was to estimate the genetic trend and the heritability coefficients for the biometric and morphofunctional characteristics, height of the withers (AC), thoracic perimeter (PT), circumference of cannon bone (CC), morphology (MOR), gait proof (AND), figure proof (FIG), turns on legs and to sliding stop proof (VSPESB), separate cattle proof (MAN) and field proof (CAM), as well as the genetic correlation between them, for a population of Crioula horse breed. Informations from 350 animals (170 males and 180 females), born between the years 1989 and 2011, participants of the Freio de Ouro (golden brake) competition in the years 1998-2015 were used. To estimate the components of (co)variance an animal model and the methodology of Bayesian Inference using the Gibbs sampler method were used. The heritability coefficients for AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN and CAM were 0.42, 0.39, 0.55, 0.40, 0.37, 0.25, 0, 33, 0.38, and 0.17, respectively and suggest that is possible to obtain genetic gains through phenotypic selection for the following traits: AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB and MAN. The genetic correlation coefficients estimated ranged from -0.76 (MOR and MAN) to 0.91 (AC and CC). The negative correlation between morphology and high hose suggest that special attention must be pay at the selection process because to improve of one can promote deterioration of the other. The estimated genetic trends practically null for the biometric and morphofunctional traits studied, suggest that the genetic gain was irrelevant over the years. / O cavalo Crioulo considerado como símbolo do Rio Grande do Sul, tem considerável importância econômica para o estado. Originário da raça Andaluza é respeitado como um animal extremamente dócil e multifuncional, utilizado para montaria em cavalgadas, serviço com pecuária, Polo, Hipismo entre outras atividades. Entretanto, pouco se conhece sobre programas de melhoramento genético que venham sendo implementados nesta raça. O objetivo deste trabalho foi estimar a tendência genética e os coeficientes de herdabilidade para as características biométricas e morfofuncionais, altura da cernelha (AC), perímetro torácico (PT), circunferência de canela (CC), morfologia (MOR), andadura (AND), figura (FIG), voltas sobre patas e esbarradas (VSPESB), mangueira (MAN) e campo (CAM), bem como a correlação genética entre elas, para uma população de equinos da raça Crioula. Foram utilizadas informações de 350 animais (170 machos e 180 fêmeas), participantes das competições do Freio de Ouro nos anos de 1998 a 2015, nascidos entre os anos de 1989 e 2011 com idades entre três e doze anos. Para estimar os componentes de (co)variâncias utilizou-se a metodologia da Inferência Bayesiana através do método de amostradores de Gibbs. Os coeficientes de herdabiladade para AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN e CAM foram,0,42, 0,39, 0,55, 0,40, 0,37, 0,25, 0,33, 0,38 e 0,17, respectivamente. As estimativas de correlações genéticas estimadas variaram entre, -0,76 (MOR e MAN) e 0,91 (AC e CC). As estimativas de herdabilidade mostram que é possível obter ganhos genéticos futuros, através da seleção fenotípica das características de AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB e MAN. A correlação negativa e alta entre morfologia e mangueira mostra que se deve ter atenção ao selecionar uma das características, pois, ao melhorá-la estará logo piorando a outra. A análise da estimativa de tendências genéticas apresentou-se praticamente nula para as características biométricas e morfofuncionais estudadas, indicando que o ganho genético foi praticamente irrelevante ao longo dos anos.

Submitted by Camilla de Souza Nogueira (camilla.snogueira@hotmail.com) on 2017-04-13T20:48:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Camilla_de_Souza_Nogueira.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-18T14:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nogueira_cs_me_jabo.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nogueira_cs_me_jabo.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A produção de carne no Brasil cresce constantemente, assim como as exigências do mercado e dos consumidores, que fazem a pecuária de corte estar sempre em busca de estratégias tecnológicas e de manejo para garantir maior retorno econômico da atividade. Aliado ao melhoramento genético, o uso da inseminação artificial em tempo fixo (IATF) ganha destaque na produção comercial. O objetivo deste estudo foi comparar grupos de progênies oriundas de IATF e de monta natural (MN), a fim de avaliar o impacto da tecnologia reprodutiva no peso a desmama (PD), ganho de peso pós-desmama (GPD), perímetro escrotal (PE) e musculatura (MUS), além de verificar a idade ao primeiro parto (IPP) e tempo de permanência (TP) das fêmeas em rebanhos Nelore criados em sistema extensivo. Os dados avaliados foram provenientes de seis fazendas participantes do programa de melhoramento genético Nelore Qualitas, utilizou-se registro de 65.086 animais. Análises estatísticas dos dados foram realizadas pelo procedimento GLM e as médias ajustadas foram comparadas entre os grupos, G_MN (grupo de progênies oriundas de MN) e G_IA (grupo de progênies oriundas de inseminação artificial), a partir do teste de Tukey-Kramer no programa SAS. A concentração de nascimentos, em ambos os grupos, ocorreu entre agosto e novembro, período com maior oferta de pastagem, o que resultou maior potencial de desempenho das progênies ao desmame. Os touros apresentaram papel fundamental no desempenho das progênies, sendo aquelas oriundas de IA mais eficientes (p<0,001) nas características estudadas. Os fenótipos do grupo G_IA para PD, GPD, PE e MUS foram 187,02 kg, 81,69 kg, 24,09 cm e 3,92, respectivamente, e com valores genéticos iguais a 4,64 kg, 7,48 kg, 0,49 cm e 0,23, respectivamente. Estes resultados apresentaram fenótipos e valores genéticos superiores (p<0,001) aos do grupo G_MN, 180,8 kg, 69,81 kg, 23,68 cm e 3,78 e 0,04 kg, 0,05 kg, -0,01 cm e 0,02, respectivamente. A tendência genética para as características avaliadas apresentaram-se positivas em ambos os grupos, porém com superioridade ao grupo G_IA, indicando a importância do uso de biotecnologia reprodutiva nos rebanhos a fim de garantir aumento do mérito genético dos animais e maior retorno econômico da atividade para os produtores. Para IPP, as fêmeas mais precoces foram do grupo G_MN, sugerindo falta de correlação genética com as características presentes no índice de seleção e que o uso de IATF não interfere na precocidade. O contrário acontece com a característica TP, a qual apresentou maior resultado em fêmeas do grupo G_IA, sugerindo maior retorno econômico da atividade em rebanhos que utilizam biotecnologia reprodutiva. A rentabilidade econômica apresentou-se eficiente com a utilização de IATF nos rebanhos estudados. / Meat production in Brazil is constantly growing, as well as the requirements of the market and consumers, which makes the making beef cattle to be always in search of technological strategies and management to ensure greater economic return to activity. Allied to genetic breeding, the use of fixed-time artificial insemination (FTAI) acquires emphasis in commercial production. The aim of this study was to compare progeny groups of FTAI and natural breeding (NB), in order to evaluate the reproductive technology impact in weaning weight (WW), postweaning weight gain (PWG), scrotal perimeter (SP) and musculature (MUS), besides checking the age at first calving (AFC) and time of permanency (TP) of females of Nelore herd created in extensive system. The data evaluated came from six farms that participate in the Nelore Qualitas breeding program, and it was used a register of 65,086 animals. Statistical analyzes of the data were performed by the GLM procedure and the adjusted means were compared between the groups, G_MN (group of progenies born by NB) and G_IA (group of progenies born by TFAI), by the Tukey-Kramer test in the SAS program. The concentration of births in both groups occurred between August and November, a period with greater pasture supply, which resulted in progeny’s greater performance potential at weaning. The bulls presented a fundamental role in the progeny performance, and those from AI were more efficient (p<0.001) in the studied traits. The phenotypes of the G_IA group for WW, PWG, SP and MUS were 187.02 kg, 81.69 kg, 24.09 cm e 3.92, respectively, and with genetic values equal to 4.64 kg, 7.48 kg, 0.49 cm e 0.23, respectively. These results showed phenotypes and higher genetic values (p <0.001) than those of the G_MN group, 180.8 kg, 69.81 kg, 23.68 cm and 3.78 and 0.04 kg, 0.05 kg, -0.01 cm and 0.02, respectively. The genetic tendency for the characteristics evaluated were positive in both groups, but superior in the G_IA group, which shows the importance of the reproductive biotechnology’s use in the herds, in order to guarantee the increase of the animals’ genetic merit and a greater economic return of the activities to the producers. For AFC, the earliest females were from the G_MN group, which suggest a lack of genetic correlation of the characteristics present in the selection index, and that the use of IATF does not interfere the precocity. The opposite occurs with the TP, which presented higher results in females of the G_IA group, and suggests a greater economic return of the activity in herds that use reproductive biotechnology. The economic profitability was efficient with the use of FTAI in the herds studied.

A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY&reg; Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares , mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore. / The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due to environmental issues, the demand of consumer markets for meat quality and strict sanitary standards of the international market. These factors increase the importance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of this study was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values of a commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY&reg; V3) in the genetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeye area, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with a relationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis were performed. Single trait model was performed only for each observed phenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecular breeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion of molecular information in genetic evaluation provided increases on the accuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, for replacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animals classified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstrated highest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic change rate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thickness and 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusion of molecular breeding values, even when estimated from low density genetic markers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selection of best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animal breeding programs for Nellore cattle.

A disponibilidade de informações baseadas nos marcadores genéticos surgiu como oportunidade de aprimorar os programas de melhoramento animal pela incorporação desses efeitos nas avaliações genéticas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos comparar modelos que consideraram ou não os efeitos dos marcadores para a estimação dos valores genéticos dos animais, bem como estimar os efeitos de substituição alélica dos marcadores por seis metodologias distintas (regressão múltipla bayesiana, regressão de cumeeira bayesiana, Bayes A, Bayes B, Bayes C&pi; e LASSO bayesiano) e avaliar o impacto da inclusão desses efeitos na acurácia das estimativas dos valores genéticos e os conflitos de seleção existentes aos serem comparadas as classificações dos animais com base nos valores genéticos clássicos e nos valores genéticos assistidos por marcadores. Dados de 83.404 animais pertencentes a um programa de seleção de animas da raça Nelore, mensurados para peso na desmama, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal e escore de musculosidade, que corresponderam a 116.652 animais na matriz de parentesco, foram utilizados. Do total de animais com informações fenotípicas e genealógicas disponíveis, apenas 3.160 foram genotipados para 106 marcadores do tipo SNP. Os resultados obtidos para a comparação de modelos não demonstraram vantagens claras da inclusão conjunta dos efeitos poligênicos e dos marcadores nos modelos de avaliação genética, entretanto, os modelos que incluíram apenas o efeito dos marcadores tiveram os piores ajustes e desempenhos preditivos. As diferenças observadas entre as estimativas dos efeitos de substituição alélica dos marcadores pelas diferentes metodologias analisadas se devem à maneira como cada método regulariza esses efeitos. A incorporação das informações dos marcadores nas avaliações genéticas proporcionou, no geral, um aumento na acurácia das estimativas dos valores genéticos, especialmente para os tourinhos de reposição. Ao serem comparados os 20% melhores animais classificados com base no valor genético clássico e no valor genético assistido por marcadores, os maiores conflitos de seleção foram observados para os touros e tourinhos genotipados. Em suma, o presente projeto demonstrou que, embora a utilização de painéis de marcadores de muito baixa densidade não altere a capacidade preditiva dos modelos de avaliação genética, esses têm impacto na acurácia das estimativas dos valores genéticos. / The availability of molecular markers information turned out to be an opportunity to improve animal breeding programs, by the inclusion of those effects in the estimation of breeding values. Under that perspective, the aims of present research were to compare genetic evaluation models that assumed or not markers effects on the estimation of breeding values, as well estimate the allelic substitution effects of SNP markers applying six different methodologies (Bayesian multiple regression, Bayesian ridge regression, Bayes A, Bayes B, Bayes C&pi; and Bayesian Lasso) and evaluate the impact of these effects on the reliability of breeding values and the divergences on animals classification based on classical breeding values and marker assisted breeding values. Data of 83,404 animals belonging to a Nellore beef cattle (Bos indicus) selection program, measured for post-weaning gain, scrotal circumference and muscle score, corresponding to 116,562 animals on the relationship matrix, were used. From those animals, a set of 3,160 animals with phenotypic and genealogy data available, was genotyped for a panel of 106 SNP markers. Model comparison results did not demonstrate clearly the advantage of assuming polygenic and markers effects together in genetic evaluation models, however, models that considered only markers effects presented the worst global fit and predictive ability. Differences observed on the markers effects estimates were due the shrinkage process applied by each method. The incorporation of markers information on genetic evaluations provided, in general, increases on the reliability of breeding values, mainly for replacement young animals. Comparing the 20% best animals classified by classical breeding value and marker assisted breeding value, the highest divergences were observed to sires and young bulls that were genotyped. Summarizing, although this research showed that the inclusion of very low density SNP chip information was not able to improve the predictive ability of genetic evaluation models, they increased the reliability of breeding values estimates.

O grande potencial da genômica em benefício do melhoramento genético aplicado é a utilização direta das informações de marcadores de DNA na seleção, de forma a permitir igual ou maior eficiência seletiva, maior rapidez na obtenção de ganhos genéticos e redução de custos de fenotipagem, em comparação com a seleção tradicional. Esta era genômica está trazendo novas oportunidades para os melhoristas florestais, porém desafios ainda existem para o uso operacional da Seleção Genômica Ampla. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade preditiva de características de crescimento volumétrico de modelos de SGA previamente construídos para características de crescimento volumétrico e qualidade da madeira com uma população elite de melhoramento genético da International Paper do Brasil que atuou como população de treinamento. Os modelos preditivos foram aplicados em quatro populações de candidatos à seleção constituídos por testes de progênies e teste clonal de Eucalyptus com características contrastantes do ponto de vista de relacionamento genético com a população na qual os modelos foram desenvolvidos: (1) três populações compostas por indivíduos geneticamente relacionados com a população de descoberta e (2) uma população composta por indivíduos geneticamente não relacionados com a população de descoberta. Posteriormente, as quatro populações de avaliação, compostas por 100 indivíduos genotipados em cada uma, foram utilizadas para construir novos modelos preditivos e validações cruzadas realizadas entre estas populações. Foram utilizados para as análises SNPs com frequência de declaração de genótipo (call rate) &ge; 0.90 e MAF (menor frequência alélica) &ge; 0.01, totalizando 29.090 marcadores. O modelo preditivo previamente elaborado para população elite da International Paper apresentou capacidades preditivas que variaram de -0,296 para o caráter Altura em população geneticamente não relacionada até 0,440 para o caráter DAP em uma população geneticamente relacionada. Com os modelos desenvolvidos com as quatro populações genotipadas, e realizando seleção de marcas com base nos seus efeitos, as maiores capacidades preditivas foram obtidas por um número de SNPs médio que variou de 1371 para volume e IMA a 1467 para DAP. Usando esta abordagem, a capacidade preditiva maximizada para DAP foi de 0,744, 0,727 para altura, 0,751 para volume e 0,752 para IMA. Acurácias preditivas maximizadas, foram em seguida estimadas ao utilizar o menor número de SNPs selecionados. Com 237 SNPs acurácias da ordem de 0,660 para DAP, 0,555 para altura, 0,743 para volume e 0,743 para IMA foram obtidas. Embora estes resultados sugerem que a SGA teria bom resultado somente entre indivíduos geneticamente relacionados, uma análise conjunta dos dados utilizados para o desenvolvimento dos modelos preditivos anteriormente gerados com os dados das quarto populações aqui avaliadas, se faz necessária para alcançar resultados mais conclusivos. Adicionalmente, a abordagem de seleção de marcas para maximizar a capacidade preditiva ou acurácia deverá ser melhor avaliada à luz do seu impacto na medida que a SGA venha a ser praticada em futuras gerações de seleção. / The potential of genomics to the benefit of applied breeding is the direct use of DNA markers information for selection, allowing equal or higher selection efficiency, higher genetic gains per unit time and cost reduction in phenotyping, when compared with traditional selection based on phenotypic data. Researchers have proposed a new selection method called genome-wide selection (GWS), which has been successfully applied in livestock genetics and promises to revolutionize the improvement of perennial species with long life cycles. This genomic era is bringing new opportunities to forest breeders, but major challenges still need to be overcome for the operational use of GWS. Thus, this study aimed to assess the predictive ability of GWS models previously built for volume growth and wood quality traits based on an elite breeding population of International Paper in Brazil who served as discovery or training population. Predictive models were applied to four populations composed by progeny and clonal trials with contrasting characteristics from the standpoint of relatedness to the training population: (1) a population of individuals genetically related to the training population and (2) a population of individuals genetically unrelated to the training population. Subsequently, the four populations evaluated, with 100 genotyped individuals each, were used to build new models which were cross validated among them. Only SNPs with call rate &ge; 0.90 and MAF (minor allele frequency) &ge; 0.01 were used totaling 29,090 markers. Model previously developed yielded predictive abilities ranging from a lower -0.296 for height growth in genetically unrelated population to 0.440 for DBH and 0.219 for height in a genetically related population. With the GWS models built with the four genotyped populations and applying SNP marker selection based on their estimated effect the highest predictive capabilities were obtained when using an average number of SNPs ranging from 1371 for volume and MAI, to 1467 for DBH. The average predictive ability was maximized at 0.744 for DBH, 0.727 for height growth, 0.751 for volume and 0.752 for MAI. Maximized accuracies were obtained using the smallest number of SNPs with highest effects. With 237 selected SNPs accuracies around 0.660 for DBH, 0.555 for height, 0.743 for volume and 0.743 for MAI were obtained. While these results suggest that GWS should work well only across related individuals, a combined analysis of the data from the previous models with those of the four tested populations is necessary to reach more conclusive results. Furthermore, the approach of SNP marker selection to maximize predictive ability or accuracy is one that is still controversial and should be better evaluated in light of its impact as GWS is practiced in further generations of selection.

O grande potencial da genômica em benefício do melhoramento genético aplicado é a utilização direta das informações de marcadores de DNA na seleção, de forma a permitir igual ou maior eficiência seletiva, maior rapidez na obtenção de ganhos genéticos e redução de custos de fenotipagem, em comparação com a seleção tradicional. Esta era genômica está trazendo novas oportunidades para os melhoristas florestais, porém desafios ainda existem para o uso operacional da Seleção Genômica Ampla. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade preditiva de características de crescimento volumétrico de modelos de SGA previamente construídos para características de crescimento volumétrico e qualidade da madeira com uma população elite de melhoramento genético da International Paper do Brasil que atuou como população de treinamento. Os modelos preditivos foram aplicados em quatro populações de candidatos à seleção constituídos por testes de progênies e teste clonal de Eucalyptus com características contrastantes do ponto de vista de relacionamento genético com a população na qual os modelos foram desenvolvidos: (1) três populações compostas por indivíduos geneticamente relacionados com a população de descoberta e (2) uma população composta por indivíduos geneticamente não relacionados com a população de descoberta. Posteriormente, as quatro populações de avaliação, compostas por 100 indivíduos genotipados em cada uma, foram utilizadas para construir novos modelos preditivos e validações cruzadas realizadas entre estas populações. Foram utilizados para as análises SNPs com frequência de declaração de genótipo (call rate) &ge; 0.90 e MAF (menor frequência alélica) &ge; 0.01, totalizando 29.090 marcadores. O modelo preditivo previamente elaborado para população elite da International Paper apresentou capacidades preditivas que variaram de -0,296 para o caráter Altura em população geneticamente não relacionada até 0,440 para o caráter DAP em uma população geneticamente relacionada. Com os modelos desenvolvidos com as quatro populações genotipadas, e realizando seleção de marcas com base nos seus efeitos, as maiores capacidades preditivas foram obtidas por um número de SNPs médio que variou de 1371 para volume e IMA a 1467 para DAP. Usando esta abordagem, a capacidade preditiva maximizada para DAP foi de 0,744, 0,727 para altura, 0,751 para volume e 0,752 para IMA. Acurácias preditivas maximizadas, foram em seguida estimadas ao utilizar o menor número de SNPs selecionados. Com 237 SNPs acurácias da ordem de 0,660 para DAP, 0,555 para altura, 0,743 para volume e 0,743 para IMA foram obtidas. Embora estes resultados sugerem que a SGA teria bom resultado somente entre indivíduos geneticamente relacionados, uma análise conjunta dos dados utilizados para o desenvolvimento dos modelos preditivos anteriormente gerados com os dados das quarto populações aqui avaliadas, se faz necessária para alcançar resultados mais conclusivos. Adicionalmente, a abordagem de seleção de marcas para maximizar a capacidade preditiva ou acurácia deverá ser melhor avaliada à luz do seu impacto na medida que a SGA venha a ser praticada em futuras gerações de seleção. / The potential of genomics to the benefit of applied breeding is the direct use of DNA markers information for selection, allowing equal or higher selection efficiency, higher genetic gains per unit time and cost reduction in phenotyping, when compared with traditional selection based on phenotypic data. Researchers have proposed a new selection method called genome-wide selection (GWS), which has been successfully applied in livestock genetics and promises to revolutionize the improvement of perennial species with long life cycles. This genomic era is bringing new opportunities to forest breeders, but major challenges still need to be overcome for the operational use of GWS. Thus, this study aimed to assess the predictive ability of GWS models previously built for volume growth and wood quality traits based on an elite breeding population of International Paper in Brazil who served as discovery or training population. Predictive models were applied to four populations composed by progeny and clonal trials with contrasting characteristics from the standpoint of relatedness to the training population: (1) a population of individuals genetically related to the training population and (2) a population of individuals genetically unrelated to the training population. Subsequently, the four populations evaluated, with 100 genotyped individuals each, were used to build new models which were cross validated among them. Only SNPs with call rate &ge; 0.90 and MAF (minor allele frequency) &ge; 0.01 were used totaling 29,090 markers. Model previously developed yielded predictive abilities ranging from a lower -0.296 for height growth in genetically unrelated population to 0.440 for DBH and 0.219 for height in a genetically related population. With the GWS models built with the four genotyped populations and applying SNP marker selection based on their estimated effect the highest predictive capabilities were obtained when using an average number of SNPs ranging from 1371 for volume and MAI, to 1467 for DBH. The average predictive ability was maximized at 0.744 for DBH, 0.727 for height growth, 0.751 for volume and 0.752 for MAI. Maximized accuracies were obtained using the smallest number of SNPs with highest effects. With 237 selected SNPs accuracies around 0.660 for DBH, 0.555 for height, 0.743 for volume and 0.743 for MAI were obtained. While these results suggest that GWS should work well only across related individuals, a combined analysis of the data from the previous models with those of the four tested populations is necessary to reach more conclusive results. Furthermore, the approach of SNP marker selection to maximize predictive ability or accuracy is one that is still controversial and should be better evaluated in light of its impact as GWS is practiced in further generations of selection.