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Parâmetros e tendências genéticas para características morfofuncionais em equinos da raça crioula participantes da competição freio de ouro / Genetic parameters and trends for biometrics and morphofunctional traits for criola horse breed animals participants of freio de ouro

Souza, Diego Costa de 31 August 2016 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Crioula horse breed is considered as a symbol of the State of Rio Grande do Sul and has considerable economic importance for the State. Originating from the Andalusian breed is considered an extremely docile and multifunctional animal, used in activities with livestock and in sport activities like polo, races and other activities. However, little is known about breeding programs in this breed. The objective of this study was to estimate the genetic trend and the heritability coefficients for the biometric and morphofunctional characteristics, height of the withers (AC), thoracic perimeter (PT), circumference of cannon bone (CC), morphology (MOR), gait proof (AND), figure proof (FIG), turns on legs and to sliding stop proof (VSPESB), separate cattle proof (MAN) and field proof (CAM), as well as the genetic correlation between them, for a population of Crioula horse breed. Informations from 350 animals (170 males and 180 females), born between the years 1989 and 2011, participants of the Freio de Ouro (golden brake) competition in the years 1998-2015 were used. To estimate the components of (co)variance an animal model and the methodology of Bayesian Inference using the Gibbs sampler method were used. The heritability coefficients for AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN and CAM were 0.42, 0.39, 0.55, 0.40, 0.37, 0.25, 0, 33, 0.38, and 0.17, respectively and suggest that is possible to obtain genetic gains through phenotypic selection for the following traits: AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB and MAN. The genetic correlation coefficients estimated ranged from -0.76 (MOR and MAN) to 0.91 (AC and CC). The negative correlation between morphology and high hose suggest that special attention must be pay at the selection process because to improve of one can promote deterioration of the other. The estimated genetic trends practically null for the biometric and morphofunctional traits studied, suggest that the genetic gain was irrelevant over the years. / O cavalo Crioulo considerado como símbolo do Rio Grande do Sul, tem considerável importância econômica para o estado. Originário da raça Andaluza é respeitado como um animal extremamente dócil e multifuncional, utilizado para montaria em cavalgadas, serviço com pecuária, Polo, Hipismo entre outras atividades. Entretanto, pouco se conhece sobre programas de melhoramento genético que venham sendo implementados nesta raça. O objetivo deste trabalho foi estimar a tendência genética e os coeficientes de herdabilidade para as características biométricas e morfofuncionais, altura da cernelha (AC), perímetro torácico (PT), circunferência de canela (CC), morfologia (MOR), andadura (AND), figura (FIG), voltas sobre patas e esbarradas (VSPESB), mangueira (MAN) e campo (CAM), bem como a correlação genética entre elas, para uma população de equinos da raça Crioula. Foram utilizadas informações de 350 animais (170 machos e 180 fêmeas), participantes das competições do Freio de Ouro nos anos de 1998 a 2015, nascidos entre os anos de 1989 e 2011 com idades entre três e doze anos. Para estimar os componentes de (co)variâncias utilizou-se a metodologia da Inferência Bayesiana através do método de amostradores de Gibbs. Os coeficientes de herdabiladade para AC, PT, CC, MOR, AND, FIG, VSPESB, MAN e CAM foram,0,42, 0,39, 0,55, 0,40, 0,37, 0,25, 0,33, 0,38 e 0,17, respectivamente. As estimativas de correlações genéticas estimadas variaram entre, -0,76 (MOR e MAN) e 0,91 (AC e CC). As estimativas de herdabilidade mostram que é possível obter ganhos genéticos futuros, através da seleção fenotípica das características de AC, PT, CC, MOR, AND, VSPESB e MAN. A correlação negativa e alta entre morfologia e mangueira mostra que se deve ter atenção ao selecionar uma das características, pois, ao melhorá-la estará logo piorando a outra. A análise da estimativa de tendências genéticas apresentou-se praticamente nula para as características biométricas e morfofuncionais estudadas, indicando que o ganho genético foi praticamente irrelevante ao longo dos anos.
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Impacto da IATF (inseminação artificial em tempo fixo) sobre características de importância econômica em bovinos Nelore / Impact of FTAI (fixed-time artificial insemination) on traits of economic importance in Nelore cattle

Nogueira, Camilla de Souza [UNESP] 20 March 2017 (has links)
Submitted by Camilla de Souza Nogueira (camilla.snogueira@hotmail.com) on 2017-04-13T20:48:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Camilla_de_Souza_Nogueira.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-18T14:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nogueira_cs_me_jabo.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nogueira_cs_me_jabo.pdf: 1143218 bytes, checksum: 572de02b17f467258e157b0bd4dfb1e8 (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A produção de carne no Brasil cresce constantemente, assim como as exigências do mercado e dos consumidores, que fazem a pecuária de corte estar sempre em busca de estratégias tecnológicas e de manejo para garantir maior retorno econômico da atividade. Aliado ao melhoramento genético, o uso da inseminação artificial em tempo fixo (IATF) ganha destaque na produção comercial. O objetivo deste estudo foi comparar grupos de progênies oriundas de IATF e de monta natural (MN), a fim de avaliar o impacto da tecnologia reprodutiva no peso a desmama (PD), ganho de peso pós-desmama (GPD), perímetro escrotal (PE) e musculatura (MUS), além de verificar a idade ao primeiro parto (IPP) e tempo de permanência (TP) das fêmeas em rebanhos Nelore criados em sistema extensivo. Os dados avaliados foram provenientes de seis fazendas participantes do programa de melhoramento genético Nelore Qualitas, utilizou-se registro de 65.086 animais. Análises estatísticas dos dados foram realizadas pelo procedimento GLM e as médias ajustadas foram comparadas entre os grupos, G_MN (grupo de progênies oriundas de MN) e G_IA (grupo de progênies oriundas de inseminação artificial), a partir do teste de Tukey-Kramer no programa SAS. A concentração de nascimentos, em ambos os grupos, ocorreu entre agosto e novembro, período com maior oferta de pastagem, o que resultou maior potencial de desempenho das progênies ao desmame. Os touros apresentaram papel fundamental no desempenho das progênies, sendo aquelas oriundas de IA mais eficientes (p<0,001) nas características estudadas. Os fenótipos do grupo G_IA para PD, GPD, PE e MUS foram 187,02 kg, 81,69 kg, 24,09 cm e 3,92, respectivamente, e com valores genéticos iguais a 4,64 kg, 7,48 kg, 0,49 cm e 0,23, respectivamente. Estes resultados apresentaram fenótipos e valores genéticos superiores (p<0,001) aos do grupo G_MN, 180,8 kg, 69,81 kg, 23,68 cm e 3,78 e 0,04 kg, 0,05 kg, -0,01 cm e 0,02, respectivamente. A tendência genética para as características avaliadas apresentaram-se positivas em ambos os grupos, porém com superioridade ao grupo G_IA, indicando a importância do uso de biotecnologia reprodutiva nos rebanhos a fim de garantir aumento do mérito genético dos animais e maior retorno econômico da atividade para os produtores. Para IPP, as fêmeas mais precoces foram do grupo G_MN, sugerindo falta de correlação genética com as características presentes no índice de seleção e que o uso de IATF não interfere na precocidade. O contrário acontece com a característica TP, a qual apresentou maior resultado em fêmeas do grupo G_IA, sugerindo maior retorno econômico da atividade em rebanhos que utilizam biotecnologia reprodutiva. A rentabilidade econômica apresentou-se eficiente com a utilização de IATF nos rebanhos estudados. / Meat production in Brazil is constantly growing, as well as the requirements of the market and consumers, which makes the making beef cattle to be always in search of technological strategies and management to ensure greater economic return to activity. Allied to genetic breeding, the use of fixed-time artificial insemination (FTAI) acquires emphasis in commercial production. The aim of this study was to compare progeny groups of FTAI and natural breeding (NB), in order to evaluate the reproductive technology impact in weaning weight (WW), postweaning weight gain (PWG), scrotal perimeter (SP) and musculature (MUS), besides checking the age at first calving (AFC) and time of permanency (TP) of females of Nelore herd created in extensive system. The data evaluated came from six farms that participate in the Nelore Qualitas breeding program, and it was used a register of 65,086 animals. Statistical analyzes of the data were performed by the GLM procedure and the adjusted means were compared between the groups, G_MN (group of progenies born by NB) and G_IA (group of progenies born by TFAI), by the Tukey-Kramer test in the SAS program. The concentration of births in both groups occurred between August and November, a period with greater pasture supply, which resulted in progeny’s greater performance potential at weaning. The bulls presented a fundamental role in the progeny performance, and those from AI were more efficient (p<0.001) in the studied traits. The phenotypes of the G_IA group for WW, PWG, SP and MUS were 187.02 kg, 81.69 kg, 24.09 cm e 3.92, respectively, and with genetic values equal to 4.64 kg, 7.48 kg, 0.49 cm e 0.23, respectively. These results showed phenotypes and higher genetic values (p <0.001) than those of the G_MN group, 180.8 kg, 69.81 kg, 23.68 cm and 3.78 and 0.04 kg, 0.05 kg, -0.01 cm and 0.02, respectively. The genetic tendency for the characteristics evaluated were positive in both groups, but superior in the G_IA group, which shows the importance of the reproductive biotechnology’s use in the herds, in order to guarantee the increase of the animals’ genetic merit and a greater economic return of the activities to the producers. For AFC, the earliest females were from the G_MN group, which suggest a lack of genetic correlation of the characteristics present in the selection index, and that the use of IATF does not interfere the precocity. The opposite occurs with the TP, which presented higher results in females of the G_IA group, and suggests a greater economic return of the activity in herds that use reproductive biotechnology. The economic profitability was efficient with the use of FTAI in the herds studied.
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Persistência da lactação e Influência da estrutura de dados sobre a estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite de bovinos da raça Holandesa

Sousa Júnior, Severino Cavalcante de [UNESP] 24 February 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:45:22Z : No. of bitstreams: 1 sousajunior_sc_dr_jabo.pdf: 1454758 bytes, checksum: 5d233cf3c874be7d7b3c671f43249a20 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Para o presente estudo foram utilizadas 3.202 primeiras lactações, de vacas da raça Holandesa pertencentes a quatro fazendas da região Sudeste, registradas semanalmente, com o objetivo de verificar a influência da estrutura de dados de produção de leite no decorrer da lactação, sobre os parâmetros genéticos estimados por modelos de regressão aleatória. Foram testados quatro arquivos contendo estruturas diferentes de dados. O arquivo de controles semanais (CS) contava com 122.842 controles, o arquivo mensal (CM) com 30.883 controles, o bimestral (CB) com 15.837 controles, e por fim, o arquivo de controles trimestrais (CT) continha de 12.702 controles. O modelo utilizado foi o de regressão aleatória, e como aleatórios foram considerados os efeitos genético aditivo e o de ambiente permanente de animal. A ordem das funções de covariância para estes dois efeitos foi de sexta ordem para efeito genético aditivo e de sétima ordem para o efeito de ambiente permanente, com variâncias residuais heterogêneas a estrutura de variâncias residuais foi modelada por meio de uma “step function” O modelo teve como efeito fixo os grupos de contemporâneos (GC) comuns para todos os arquivos de dados. Os GC foram compostos por fazenda, mês e ano do controle,e como co-variável a idade da vaca ao parto (regressão linear e quadrática) e o número de dias em lactação (regressão fixa para a média populacional). Todos os arquivos de dados estudados foram analisados incluindo arquivo de genealogia composto por 4.380 animais com 3202 mães e 228 touros. As estimativas de herdabilidades para produção de leite apresentaram tendências semelhantes entre os arquivos de dados analisados, com maior semelhança entre os bancos CS, CM e CB. As estimativas de herdabilidade para produção de leite no dia do controle (PLDC) do banco CT apresentou pequenas diferenças, em relação aos demais... / To this study the first 1293 Holstein dairy lactation registered weekly were used, having cows belonging to four farms in the Southeast region of Brazil, aiming verify the milk production data structure influence during lactation under genetic parameters estimated by random regression models. Four files with different data structures were tested. The week control files (CS) counted with 122,842 controls; the month files (CM), 30,883 controls; the bimestrial (CB) had 15,837 controls and finally the quarterly (CT) had 12,702 controls. It was used the random regression model and, as random, the genetic additive and the animal permanent environmental effects were considered. The covariance function to these two effects was the sixth grade to the genetic effect additive and the seventh grade to the permanent environmental effect, having heterogeneous residual variances, and the residual variance structure was modeled by a “step function”. The model had as the fixed effect the contemporaneous groups (GC) commons to all data set, GC were compounded by farm, month, and year of control. The co-variable was the cow age at birth (linear and quadratic regression) and the milking days (fixed regression to the population average). All evaluated data files presented genealogy file composed by 4,380 animals having 1,416 mothers and 228 bulls. The estimate of heritability presented tendencies similar among the analyzed data, having the higher similarity CS, CM and CB. The CT presented small differences in the estimate of heritability when compared to the others. The CB data file presented all the analyzed genetic parameters estimative with the same tendency and magnificence of the CS and CM, allowing the milk control in a CB structure, random regression model in genetic evaluations speaking. The genetic values (VG) to partial milking period production were predicted (MRA100, MRA200, MRA300 e MRA90_305) ...(Complete abstract click electronic access below)
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Persistência da lactação e Influência da estrutura de dados sobre a estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite de bovinos da raça Holandesa /

Sousa Júnior, Severino Cavalcante de. January 2010 (has links)
Resumo: Para o presente estudo foram utilizadas 3.202 primeiras lactações, de vacas da raça Holandesa pertencentes a quatro fazendas da região Sudeste, registradas semanalmente, com o objetivo de verificar a influência da estrutura de dados de produção de leite no decorrer da lactação, sobre os parâmetros genéticos estimados por modelos de regressão aleatória. Foram testados quatro arquivos contendo estruturas diferentes de dados. O arquivo de controles semanais (CS) contava com 122.842 controles, o arquivo mensal (CM) com 30.883 controles, o bimestral (CB) com 15.837 controles, e por fim, o arquivo de controles trimestrais (CT) continha de 12.702 controles. O modelo utilizado foi o de regressão aleatória, e como aleatórios foram considerados os efeitos genético aditivo e o de ambiente permanente de animal. A ordem das funções de covariância para estes dois efeitos foi de sexta ordem para efeito genético aditivo e de sétima ordem para o efeito de ambiente permanente, com variâncias residuais heterogêneas a estrutura de variâncias residuais foi modelada por meio de uma "step function" O modelo teve como efeito fixo os grupos de contemporâneos (GC) comuns para todos os arquivos de dados. Os GC foram compostos por fazenda, mês e ano do controle,e como co-variável a idade da vaca ao parto (regressão linear e quadrática) e o número de dias em lactação (regressão fixa para a média populacional). Todos os arquivos de dados estudados foram analisados incluindo arquivo de genealogia composto por 4.380 animais com 3202 mães e 228 touros. As estimativas de herdabilidades para produção de leite apresentaram tendências semelhantes entre os arquivos de dados analisados, com maior semelhança entre os bancos CS, CM e CB. As estimativas de herdabilidade para produção de leite no dia do controle (PLDC) do banco CT apresentou pequenas diferenças, em relação aos demais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To this study the first 1293 Holstein dairy lactation registered weekly were used, having cows belonging to four farms in the Southeast region of Brazil, aiming verify the milk production data structure influence during lactation under genetic parameters estimated by random regression models. Four files with different data structures were tested. The week control files (CS) counted with 122,842 controls; the month files (CM), 30,883 controls; the bimestrial (CB) had 15,837 controls and finally the quarterly (CT) had 12,702 controls. It was used the random regression model and, as random, the genetic additive and the animal permanent environmental effects were considered. The covariance function to these two effects was the sixth grade to the genetic effect additive and the seventh grade to the permanent environmental effect, having heterogeneous residual variances, and the residual variance structure was modeled by a "step function". The model had as the fixed effect the contemporaneous groups (GC) commons to all data set, GC were compounded by farm, month, and year of control. The co-variable was the cow age at birth (linear and quadratic regression) and the milking days (fixed regression to the population average). All evaluated data files presented genealogy file composed by 4,380 animals having 1,416 mothers and 228 bulls. The estimate of heritability presented tendencies similar among the analyzed data, having the higher similarity CS, CM and CB. The CT presented small differences in the estimate of heritability when compared to the others. The CB data file presented all the analyzed genetic parameters estimative with the same tendency and magnificence of the CS and CM, allowing the milk control in a CB structure, random regression model in genetic evaluations speaking. The genetic values (VG) to partial milking period production were predicted (MRA100, MRA200, MRA300 e MRA90_305) ...(Complete abstract click electronic access below) / Orientadora: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientadora: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Doutor
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Parâmetros genéticos para características de importância zootécnica em bovinos da raça senepol / Genetic parameters for characteristics of zootechinical importance in senepol cattle

Martins, Taynara Raimundo 19 September 2018 (has links)
Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-11-19T11:21:59Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Taynara Raimundo Martins - 2018.pdf: 8253406 bytes, checksum: a7da32a235e58e0bd75d8ec73ca6bb5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-19T11:43:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Taynara Raimundo Martins - 2018.pdf: 8253406 bytes, checksum: a7da32a235e58e0bd75d8ec73ca6bb5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-19T11:43:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Taynara Raimundo Martins - 2018.pdf: 8253406 bytes, checksum: a7da32a235e58e0bd75d8ec73ca6bb5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-09-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The search for more efficient and profitable production systems is well connected with the choice of genetic resources that optimize genetic trinomics, nutrition and sanity. Measuring the density of the resources, we have a Senepol breed, an adapted taurine, which represents an interesting option of use. As this breed as controller of genetic parameters for economic aspects is non-existent, the focus of this work is the estimation of the genetic parameters of the growth, reproductive and carcass traits of Senepol cattle. The parameters for the traits of birth weight (BW), weight at 120 days of age (W120), weaning weight (WW), yearling age weight (YW), scrotal circumference overhead (SC), backfat thickness (BF), rib eye area (REA) and slaughter conformation at yearling age (SCY). The themes were used, group of contemporaries, and age of cow at birth as covariate. maternal and residual permanent environment. As for post-weaning characteristics, the maternal genetic effect of the permanent environment and the age of the cow as a covariate were not included. Consider null covariance between the direct and maternal twins. The (co) variance components were obtained, using the GIBBS2F90 software, assuming an animal model for 4 traits (BW, W120, WW and YW) and another one for 5 traits (YW, SC, BF, REA and SCY). The following statistics were obtained for BW (0.19), W120 (0.22), WW (0.15), YW (0.23), SC (0.25), BF (0.11), REA (0.26) and SCY (0.12) indicated the probability of genetic selection and incorporation in the herd. As for the occurrence of maternal herds for BW (0,09), W120 (0,11) and WW (0,10), genetic alterations of the progenies were recorded. Genetic variations between growth variables ranged from 0.49 to 0.94 and between growth traits, the rate of change from 0.17 to 0.81. Genetic conditions between reproductive and starting traits were low from 0.02 to 0.17. The coefficients of genetic correlations, in general, were favorable. The result is that there is a genetic variability among cattle of the breed and that the selection of the genetic gene is part of the selection process. This study will make it possible to better delineate the Senepol breed breeding program, thus providing a better response to breed selection. / A busca por sistemas de produção mais eficientes e rentáveis, está inteiramente relacionada com a escolha de recursos genéticos que otimizem o trinômio genética, nutrição e sanidade. Mediante a diversidade desses recursos, tem-se a raça Senepol, um taurino adaptado, que representa uma interessante opção de utilização. Como nessa raça as estimativas de parâmetros genéticos para características de interesse econômico são escassas, o foco deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos das características de crescimento, reprodutivas e de carcaça de bovinos da raça Senepol. Foram estimados parâmetros genéticos para as características de peso ao nascer (PN), peso aos 120 dias de idade (P120), peso a desmama (PD), peso ao sobreano (PS), perímetro escrotal ao sobreano (PES), espessura de gordura subcultânea (EGS), área de olho de lombo (AOL) e conformação frigorífica ao sobreano (CFS). Dois modelos foram utilizados, sendo um para as características pré-desmama, que incluiu como efeito fixo, grupo de contemporâneos, e idade da vaca ao parto como covariável (efeito linear e quadrático) e como efeitos aleatórios foram considerados os efeitos genéticos direto, materno, ambiente permanente materno e residual. Já para as características pós-desmama, não foi incluso o efeito genético materno, de ambiente permanente materno. Considerou- se covariância nula entre os efeitos genéticos diretos e maternos. Os componentes de (co)variância foram obtidos, empregando-se o software GIBBS2F90, assumindo um modelo animal para 4 características (PN, P120, PD e PS) e outro para 5 características (PS, PES, EGS, AOL e CFS). As estimativas de herdabilidades diretas encontradas para PN (0,19), P120 (0,22), PD (0,15), PS (0,23), PES (0,25), EGS (0,11), AOL (0,26) e CFS (0,12) foram de baixa a média magnitude e indicaram possibilidade de seleção genética e incorporação no rebanho. Já as estimativas de herdabilidades maternas para PN (0,09), P120 (0,11) e PD (0,10) de baixa magnitude, indicando efeitos genéticos das matrizes no desempenho das progênies. As correlações genéticas das características de crescimento variaram de 0,49 a 0,94 e entre as características de crescimento, carcaça e reprodutiva variaram de 0,17 a 0,81. As associações genéticas entre as características reprodutivas e de carcaça foram baixas 0,02 a 0,17. Os coeficientes de correlações genéticas, de modo geral, foram favoráveis. Esses resultados apontam que há variabilidade genética entre os bovinos da raça Senepol e que ao selecionar para determinada característica de crescimento, haverá seleção nas demais, indicando a possibilidade de progresso genético se as mesmas forem incluídas como critérios de seleção. Este estudo possibilitará que seja melhor delineado o programa de melhoramento genético da raça Senepol no Brasil, proporcionando assim, uma maior resposta a seleção na raça.
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Avaliação genética de bovinos Nelore para pesos até a desmama sob modelos com diferentes estruturas de grupos de contemporâneos / Genetic evaluation of Nelore cattle for weights before weaning using different comtemporany groups structures

PÁSCOA, Lillian 08 July 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Lillian Pascoa.pdf: 1515217 bytes, checksum: 2cddf8e0acaa3cd41225727107c6f820 (MD5) Previous issue date: 2011-07-08 / Data from 72,731 Nelore calves were used to estimate (co)variances and predict breeding values for actual and adjusted weight for 120 and 210 days of age using different contemporary group structures. Males and females calves born from 1985 to 2005 belonging to 40 herds participating in the Nelore Brasil Program were analysed. Ten models were used including five different contemporary group (GC) structures, judged by coefficient of determination, residual variance and by the Akaike (AIC), Bayesian (BIC) and modified Akaike (CAIC) information criteria. The GLM procedure of SAS was used to carry out the analyses. All effects in the model were significant (P<0.001) for the traits analyzed. The inclusion of semester or trimester of birth in the composition of GC was more appropriate than when it was estimated independently as this took into account interactions with the other effects in the GC. Sex of calf (SB) and age of cow at calving (CIVP) had similar effects across models suggesting independence from other effects in these models. In all models, the effect of age of the calf was greater than the other effects tested. The use of actual weights in models without SB in GC allowed for better genetic connectivity between GC, and higher accuracy in the genetic evaluations. The estimates of (co)variance and genetic parameters were similar among models but the information criteria (BIC, CAIC) indicated that the most adequate model considered GC as a random effect, constituted by the effects of herd, year of birth, management group and the effect of trimester of birth with the effect of calf sex independent from GC. For each model animals were classified by their genetic value (VG), subdivided into categories (animals without progeny, bulls and cows). For both weights (actual and adjusted) VG were similar considering contemporary group as fixed or random, with sex included or not in its composition and with greater differences between models with actual and adjusted weights. Accuracy was similar among compared models within each category, bulls having more accurate VG predictions than cows. Spearman correlation coefficients for animal rank using direct and maternal VGs and simple (Pearson) correlations for accuracies among different models were all high and significant (P<0.001) with the greatest difference observed comparing models with actual and adjusted weights. For bulls, the classification of individuals with actual weights in models with random GC was more adequate. Removal of animals without adjusted weights or in contemporary groups with less than five individuals would lead to the elimination of animals which would contribute to the genetic gain in the population. / Com o objetivo de estimar (co)variâncias e predizer valores genéticos de pesos reais e padronizados aos 120 e 210 dias de idade sob modelos com diferentes estruturas de grupos de contemporâneos, analisaram-se dados de 72.731 bezerros Nelore, machos e fêmeas, nascidos de 1985 a 2005, em 40 rebanhos integrantes do Programa Nelore Brasil da ANCP. Foram comparados 10 modelos incluindo cinco diferentes estruturas de grupos de contemporâneos (GC), julgados pelo coeficiente de determinação, variância residual e pelos critérios de informação de Akaike (AIC), Bayesiano (BIC) e modificado de Akaike (CAIC). O procedimento GLM do SAS foi utilizado para as análises. Todos os efeitos incluídos nos modelos foram significativos (P<0,001) para as características analisadas. A inclusão do efeito do semestre ou trimestre de nascimento na composição dos GC resultou mais apropriada que sua estimativa independente por levar em conta as interações com os demais efeitos no GC. Os efeitos de sexo do bezerro (SB) e idade da vaca ao parto (CIVP) mostraram-se estáveis nos modelos, indicando independência dos demais efeitos. Em todos os modelos, a contribuição do efeito de idade do bezerro foi maior em relação aos demais efeitos testados. O uso de pesos reais sob modelos sem o efeito SB no GC constitui alternativas que permitiriam melhor conexidade genética entre GC, e maior acurácia das avaliações genéticas. As estimativas de (co)variâncias e parâmetros genéticos foram similares entre os modelos, porém os critérios de informação (BIC, CAIC) indicaram que o modelo mais adequado foi o que considerou o grupo de contemporâneos como efeito aleatório, sendo este constituído pela concatenação dos efeitos de rebanho, ano de nascimento, grupo de manejo e efeito de trimestre de nascimento, e com efeito do sexo do bezerro independente do GC. Para cada modelo os animais foram classificados por seus valores genéticos (VG), subdivididos por categorias (animais sem progênie, touros e vacas). Para ambos os pesos, reais e padronizados, os VG foram semelhantes entre os modelos com grupo de contemporâneos fixo ou aleatório, incluindo ou não sexo em sua composição e com diferenças maiores de VG entre modelos com pesos reais ou padronizados. As magnitudes dos valores de acurácia entre os modelos comparados foram similares dentro de cada categoria, sendo que os touros apresentaram predições de VG mais acuradas e as vacas menos. Os coeficientes de correlação de posto na classificação dos animais pelos seus VG diretos e maternais e de correlação simples para valores de acurácia por diferentes modelos foram todos altos e significativos (P<0,001) e maior diferença foi observada entre a comparação de modelos com pesos reais ou padronizados. Para touros, a classificação dos indivíduos que possuem pesos reais em modelos com GC aleatório foram mais adequadas. Desconsiderar das análises animais sem pesos padronizados ou pertencentes a grupos de contemporâneos com menos de cinco indivíduos, promove a exclusão de animais que contribuem para o ganho genético da população.
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Genomic Prediction for Quantitative Traits: Using Kernel Methods and Whole Genome Sequence Based Approaches / Genomische Vorhersage für quantitative Merkmale: Verwendung von Kernel-Methoden und Verfahren, die auf vollständigen Genomsequenzen basieren

Ober, Ulrike 28 September 2012 (has links)
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