Resumo: Foram estimados parâmetros genéticos para a produção de leite, gordura e proteína no dia do controle de primeiras lactações de búfalas leiteiras por meio de análises uni e multicaracterística de regressão aleatória. Para os modelos de regressão aleatória unicaracterística foram analisadas as 1.433 primeiras lactações de búfalas. Para as características em estudo, foram considerados nos modelos utilizados, os efeitos aleatórios genético aditivo, de ambiente permanente e o residual. Como efeitos fixos, foram considerados o grupo contemporâneo e o número de ordenha (1 ou 2 ordenhas). Os efeitos linear e quadrático da covariável idade da vaca ao parto e a curva média de lactação da população, estão modelados por polinômios ortogonais de Legendre de terceira ordem. Os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente foram estimados por meio de regressão aleatória sobre polinômio ortogonais de Legendre de terceira à sexta ordem. Os resultados indicam que são requeridos polinômios de Legendre de baixa ordem para modelar a estrutura de (co)variância genética e de ambiente permanente. As estimativas de herdabilidade das características em estudo foram moderadas, o que poderia ajudar no processo de seleção dos animais para obtenção de ganhos genéticos. As estimativas das correlações genéticas foram altas entre controles, indicando que seja qual for o critério de seleção adotado, ganhos genéticos indiretos são esperados em toda a curva de lactação. Para o modelo de regressão aleatória multivariada foi analisado o mesmo banco de dados e as mesmas pressuposições do modelo unicaracaterística. No que se refere à modelagem dos efeitos aleatórios, utilizouse, em todas as características, polinômios de Legendre de terceira ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic parameters for milk, fat and protein yields in the test day were estimated for the first lactations of dairy buffaloes by using single- and multiple-trait random regression analyses. To the single-trait analyses were analyzed 1,433 first lactations. The models included as random effects: additive genetic, permanent environment and residual and as fixed effects: contemporary group, number of milkings (one or two), linear and quadratic effects of the covariable age of the buffalo at birth and mean lactation curve of the population, modeled using Legendre orthogonal polynomials of third order. The random regression effects of genetic and permanent environment were estimated by random regression with Legendre orthogonal polynomials from third to sixth orders. The results indicate that low order polynomials are required to model the structure of genetic and permanent environment (co)variances. The heritability estimates of the traits studied were moderated, it permits to do selection of animals to obtain genetic gain. The genetic correlation estimates were high among test-days, indicating that the selection aims may be different, but indirect genetic gain for all the lactation curve was expected. To the model of multiple-trait random regression, the same data was analyzed, with the same presuppositions of the single-trait model. To model the random effects, Legendre polynomials of third and fourth order were used, to genetic effects and permanent environment, respectively. The residual variances were modeled considering four residual classes grouped as: 1, 2-3, 4-8, 9-10 months of lactation. The results indicate that the heritabilities estimates of the traits presented enough genetic variance to be selected. The estimates of the variance components may be used to implement a BLUP evaluation in a Brazilian buffalo population. The genetic correlations among test-days for a trait ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Milthon Muñoz Berrocal / Banca: Henrique Nunes Oliveira / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadate / Banca: Leonardo de Oliveira Seno / Doutor

Resumo: Foram estimados parâmetros genéticos da produção de leite acumulada até os 305 dias de lactação (P305) de 1.946 búfalas da raça Murrah no decorrer da idade ao parto utilizando os modelos de repetibilidade, multi-característica e de regressão aleatória (MRA), e correlações de ordem entre os valores genéticos para a P305 nas diferentes idades ao parto preditos pelos modelos de regressão aleatória e de repetibilidade e para a P305 acumulada até os 8 anos de idade, considerando diferentes intensidades seletivas, número de filhas e sua distribuição nos rebanhos. Também foram estimados parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle (PLDC) de 1.433 primeiras lactações de búfalas da raça Murrah utilizando MRA. Os modelos de repetibilidade e multi-característica incluíram para a P305 os efeitos fixos de grupo de contemporâneos composto por rebanho, ano e estação do parto, número de ordenhas (1 ou 2 ordenhas diárias) e o efeito linear e quadrático da covariável idade da vaca ao parto e os efeitos aleatórios de animal, ambiente permanente e residual, com exceção do efeito de ambiente permanente para o segundo modelo. No MRA, as análises tanto para a P305 quanto para a PLDC foram realizadas por meio de um modelo uni-característica de regressão aleatória, considerando os mesmos efeitos aleatórios e fixos dos modelos de repetibilidade e multi-característica. No entanto, para a PLDC o GC foi composto por rebanho, ano e mês do controle. Uma regressão ortogonal de terceira ordem foi usada para modelar a trajetória média da população e os efeitos genéticos aditivos e de ambiente permanente. O MRA considerando um polinômio de Legendre de terceira ordem para os efeitos genético aditivo e de ambiente permanente e uma função de variância de segunda ordem (3.3.fv2) foi o mais adequado para o ajuste... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic parameters were estimated for accumulated 305-day milk yields (P305) of 1,946 Murrah buffaloes in different ages of calving using repeatability, multi-trait and random regression models (RRM) and Spearman correlation among the breeding values for P305 in different ages of calving predicted using RRM and repeatability models and for accumulated P305 until 8 years old, considering different selective intensities, number of daughters and its distribution in herds. Were also estimated genetic parameters for first lactation test day milk yields (PLDC) of 1,433 Murrah buffaloes using RRM. repeatability and multi-trait models for the P305 included the fixed effects of contemporary group, composed by herd, year and season of calving, milking frequency (1 or 2), age at calving as covariable with linear and quadratic effect and animal, permanent environmental and residual random effects, with exception of the permanent environmental effect for the second model. In the RRM, the analyses for the P305 and PLDC were both achieved through a uni-trait model of random regression, included the same random effects and fixed effects of the repeatability and multi-trait models. However, for the PLDC the contemporary group was composed by herd, year and month of test. A third order regression on Legendre orthogonal polynomial of milk yields was used to model the population mean trend and the additive genetic and permanent environmental regressions. The RRM with a third order covariance function for genetic and permanent environmental effects and a second order variance function (3.3.fv2) was indicated as the best for P305. Heritability estimated for RRM to P305 ranges from 0.19 (6 years) to 0.23 (11 years) and for multi-trait ranged from 0.13 (6 years) to 0.36 (4 years). Heritability estimated for repeatability model was 0.20. Genetics and phenotypic correlation among the P305 in different ages... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientadora: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientadora: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Mestre

Resumo: Sabendo que o processo de transformação do músculo em carne no estágio postmortem é largamente governado pela proporção de distintos tipos de fibras, e tendo em vista a necessidade de suprir as demandas do setor da pecuária bem como as exigências do consumidor por um produto de maior qualidade, inclusive da carne, o presente projeto objetivou relacionar a maciez da carne do músculo Longissimus dorsi (LD) com a expressão gênica e protéica das isoformas da cadeia pesada da miosina (MHC) em dois grupos genéticos de bovinos. Foram analisados 28 bovinos jovens de dois grupos genéticos, 14 Nelores e 14 Canchins. Os animais receberam a mesma dieta, o mesmo manejo no mesmo ambiente, com a finalidade de mantê-los no mesmo estado fisiológico. Atingindo o tempo pré-estabelecido de confinamento de 140 dias, os animais foram abatidos e amostras do músculo LD foram coletadas para análise da maciez da carne e também para a quantificação das expressões gênicas e protéicas das isoformas de MHC através das técnicas de RT-qPCR e de separação eletroforética (SDS-PAGE) respectivamente. O grupo Canchim apresentou maior maciez da carne em relação ao grupo Nelore em ambas as metodologias utilizadas, força de cisalhamento e índice de fragmentação miofibrilar, bem como uma menor expressão gênica da isoforma de MHC 2X. Foi verificada uma correlação negativa da expressão das isoformas 2A e 2X e uma correlação positiva da expressão da isoforma de MHC Slow com a maciez da carne nos dois grupos genéticos. Os resultados sugerem que a menor maciez da carne do grupo Nelore em relação ao grupo Canchim possa estar relacionada com a maior expressão gênica da isoforma de MHC 2X no grupo Nelore / Abstract: Knowing that the meat tenderness process that turns muscle in meat on postmortem are largely governed by the proportion of different fiber types, and in view of the need to supply the needs of livestock industry and consumer demands for a higher quality product, including meat, this project aimed to relate meat tenderness of Longissimus dorsi muscle (LD) with gene and protein expression of myosin heavy chain (MHC) isoforms in two genetic groups of cattle. Twenty-eight steers of two genetic groups, 14 Nellores and 14 Canchins were used. The animals received the same feed, the same management in the same environment, in order to keep them in the same physiological state. After 140 days of feedlot, the animals were slaughtered and LD muscle samples were collected for meat tenderness analysis and also for gene and protein expression quantification of MHC isoforms using RT-qPCR and electrophoretic separation (SDS-PAGE) technique, respectively. The Canchim group had better meat tenderness in relation to Nellore group in both methodologies used, shear force and myofibrillar fragmentation index and lower MHC 2X isoform gene expression. It was observed a negative correlation between 2A and 2X isoforms expression and a positive correlation of MHC Slow isoform expression to meat tenderness in the two genetic groups. The results suggest that lower meat tenderness of Nellore group in relation to Canchim group may be related to higher gene expression of MHC 2X isoform in Nellore group / Orientador: Henrique Nunes De Oliveira / Coorientadora: Maeli Dal Pai Silva / Banca: Robson Francisco Carvalho / Banca: Rafael da Costa Cervieri / Mestre

Resumo: Parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle (PLDC) de primeiras lactações de vacas da raça Holandesa foram estimados utilizando os modelos multicaracterísticas e modelos de regressão aleatória (MRA). Para os modelos multicaracterísticas foram analisados 15.896 controles mensais de produção de leite de 1.820 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa. As análises foram realizadas por meio de sete modelos: multicaracterísticas padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros 2,3 e 4 componentes principais genéticos e três modelos utilizando análise de fatores com 2,3 e 4 fatores. Para todos os modelos foram considerados os efeitos aleatórios genético aditivo e residual, e os efeitos sistemáticos do grupo de contemporâneo e da idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrática) e do número de dias em lactação (efeito linear). A matriz de (co)variâncias residual, para todos os modelos, foi assumida ter posto completo. Os resultados indicam que somente dois componentes principais são requeridos para modelar a estrutura de (co)variâncias genéticas entre as produções de leite no dia do controle. Além disso, o modelo de posto reduzido diminui consideravelmente o número de parâmetros, sem reduzir a qualidade de ajuste. Para os MRA foram analisados 152.145 controles semanais de produção de leite de 7.317 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa, provenientes de rebanhos da região Sudeste do Brasil. As produções de leite no dia do controle (PLDC) foram consideradas em 44 classes semanais de dia em lactação. Os grupos de contemporâneos foram definidos como rebanho-ano-semana do controle compondo 2.539 classes e, contendo, no mínimo, seis animais. O modelo utilizado incluiu os efeitos aleatórios genético aditivo direto, de ambiente permanente e o residual. Foram considerados como efeitos fixos, o grupo de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic parameters for first lactation test-day milk yields of Holstein cattle were estimated using multivariate and random regression models (RRM). For multivariate model a total of 15,896 individual monthly test-day milk yields (10 test-days), from 1,820 complete first lactations of Holstein cattle. A standard multivariate analysis, reduced rank analyses fitting the first 2, 3 and 4 genetic principal components, and analyses that fitted a factor analytic structure considering 2, 3 and 4 factors, were carried out. All models included also fixed effects of the contemporary groups, age of cow (linear and quadratic effects) and days in milk (linear effect). The residual covariance matrix was assumed to have full rank throughout. The results indicate that only two principal components are required to model the genetic covariance structure among the test-days milk yield. Furthermore, reduced rank model allows decreasing the number of parameter without reducing the goodness of fit considerably. For RRM A total of 152,145 weekly test-day milk yield records from 7,317 first lactations of Holstein cows distributed across 93 herds in southeastern Brazil were analyzed. Test-day milk yields were classified into 44 weekly classes of days in milk (DIM). The contemporary groups were defined as herd-year-week of test-day. The model included direct additive genetic, permanent environmental and residual effects as random and fixed effects of contemporary group and age of cow at calving as covariable. Mean trends were modeled by a cubic regression on orthogonal polynomials of DIM, and additive genetic and permanent environmental effects were estimated using B-splines. Residual variances were modeled by step function with 6 variance classes. Although all the model selection criteria utilized indicated the model employing cubic B-splines to both random effects, with 6 knots, a more parsimonious model ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Coorientador: Roberto Augusto de Almeida Torres Júnior / Banca: Fabyano Fonseca e Silva / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Doutor

Resumo: Parâmetros genéticos para o fluxo lácteo medido no dia do controle (FLDC) de primeiras lactações de vacas da raça Holandesa foram estimados utilizando modelos de dimensão finita (TDM) e modelos de regressão aleatória. Para os TDM foram analisadas 10 características por meio de modelos uni e bi e multi-características e de repetibilidade, que continham como aleatórios, o efeito genético aditivo e o efeito residual e, como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos e as covariáveis idade da vaca ao parto. A variável número de dias em lactação foi incluída somente no modelo de repetibilidade. Para os MRA, foram considerados os efeitos aleatórios genético aditivo direto, de ambiente permanente e o residual. Foram considerados como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos, os efeitos linear e quadrático da covariável idade da vaca ao parto e a curva média de lactação da população, modelada por meio de polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem. Os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por meio de regressão aleatória sobre polinômios ortogonais de Legendre e por meio de funções b-splines. Diferentes estruturas de variâncias residuais foram testadas, por meio de classes contendo 1, 7, 10, 20 e 43 variâncias residuais, para os MRA modelados por meio de polinômios de Legendre. Já, para os MRA modelados por funções b-splines, a estrutura residual foi considerada heterogênea, contendo 7 classes de variâncias. Os MRA foram comparados usando o teste de razão de verossimilhança, o critério de informação de Akaike e o critério de informação de Bayesiano de Schwarz. As estimativas de herdabilidade (h2) para os FLDC variaram de 0,23 a 0,32 nas análises unicaracterísticas, de 0,24 a 0,32 nas bi-características e de 0,28 a 0,37 nas multicaracterísticas. Os valores de h2 estimados variaram no decorrer da... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Flow milk genetic parameters to the first lactation test-day milk yields of Holstein cattle were estimated using Test-day models (TDM) and Random regression models (RRM). Ten TDM differents traits were analyzed using uni, bi and multi-trait and repeatability animal models, that included the additive genetic as random effect and the fixed effects of contemporary group, age of cow (linear and quadratic) as covariables. The days in milk (linear) variable was included only at repeatability model. To RRM were included the additive genetic, permanent environmental and residual as random effects, the fixed effects of contemporary group, age of cow as covariable (linear and quadratic effects) and a 4th-order Legendre orthogonal polynomials of days in milk, to model the mean trend. The additive genetic and permanent environmental effects were fitted by Legendre orthogonal polynomials and b-splines functions. Different structures of residual variances were used, through the variances classes containing 1, 7, 10, 20, and e 43 residual variances, to the models fitted by Legendre orthogonal polynomials. Moreover, for the RRM fitted by b-splines-functions, the residual estructure was considered heterogeneous, having 7 variance classes. The RRM were compared by Likelihood ratio test, Bayesian and Akaike's information criteria. The heritability estimated ranged from 0.23 to 0.32 by uni-trait analyses, from 0.24 to 0.32 by bi-traits analyses and from 0.28 to 0.37 by multi-trait analyses. The h2 estimates varied during the lactation being the highest estimate at the fourth month. The estimate obtained by the repeatability model was 0.27, and a repeatability estimate of 0.66. For the MRA fitted by Legendre orthogonal polynomials, related to the residual variance, the best model the one that deemed 7 residual classes. For the additive and permanent environmental effects, the having 3th-order... (Complete abstract click electronic access below) / Orientadora: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientadora: Lenira El Faro Zadra / Banca: Laila Talarico Dias Teixeira / Banca: Anibal Eugênio Vercesi Filho / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Doutor

Resumo: Para o presente estudo foram utilizadas 3.202 primeiras lactações, de vacas da raça Holandesa pertencentes a quatro fazendas da região Sudeste, registradas semanalmente, com o objetivo de verificar a influência da estrutura de dados de produção de leite no decorrer da lactação, sobre os parâmetros genéticos estimados por modelos de regressão aleatória. Foram testados quatro arquivos contendo estruturas diferentes de dados. O arquivo de controles semanais (CS) contava com 122.842 controles, o arquivo mensal (CM) com 30.883 controles, o bimestral (CB) com 15.837 controles, e por fim, o arquivo de controles trimestrais (CT) continha de 12.702 controles. O modelo utilizado foi o de regressão aleatória, e como aleatórios foram considerados os efeitos genético aditivo e o de ambiente permanente de animal. A ordem das funções de covariância para estes dois efeitos foi de sexta ordem para efeito genético aditivo e de sétima ordem para o efeito de ambiente permanente, com variâncias residuais heterogêneas a estrutura de variâncias residuais foi modelada por meio de uma "step function" O modelo teve como efeito fixo os grupos de contemporâneos (GC) comuns para todos os arquivos de dados. Os GC foram compostos por fazenda, mês e ano do controle,e como co-variável a idade da vaca ao parto (regressão linear e quadrática) e o número de dias em lactação (regressão fixa para a média populacional). Todos os arquivos de dados estudados foram analisados incluindo arquivo de genealogia composto por 4.380 animais com 3202 mães e 228 touros. As estimativas de herdabilidades para produção de leite apresentaram tendências semelhantes entre os arquivos de dados analisados, com maior semelhança entre os bancos CS, CM e CB. As estimativas de herdabilidade para produção de leite no dia do controle (PLDC) do banco CT apresentou pequenas diferenças, em relação aos demais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To this study the first 1293 Holstein dairy lactation registered weekly were used, having cows belonging to four farms in the Southeast region of Brazil, aiming verify the milk production data structure influence during lactation under genetic parameters estimated by random regression models. Four files with different data structures were tested. The week control files (CS) counted with 122,842 controls; the month files (CM), 30,883 controls; the bimestrial (CB) had 15,837 controls and finally the quarterly (CT) had 12,702 controls. It was used the random regression model and, as random, the genetic additive and the animal permanent environmental effects were considered. The covariance function to these two effects was the sixth grade to the genetic effect additive and the seventh grade to the permanent environmental effect, having heterogeneous residual variances, and the residual variance structure was modeled by a "step function". The model had as the fixed effect the contemporaneous groups (GC) commons to all data set, GC were compounded by farm, month, and year of control. The co-variable was the cow age at birth (linear and quadratic regression) and the milking days (fixed regression to the population average). All evaluated data files presented genealogy file composed by 4,380 animals having 1,416 mothers and 228 bulls. The estimate of heritability presented tendencies similar among the analyzed data, having the higher similarity CS, CM and CB. The CT presented small differences in the estimate of heritability when compared to the others. The CB data file presented all the analyzed genetic parameters estimative with the same tendency and magnificence of the CS and CM, allowing the milk control in a CB structure, random regression model in genetic evaluations speaking. The genetic values (VG) to partial milking period production were predicted (MRA100, MRA200, MRA300 e MRA90_305) ...(Complete abstract click electronic access below) / Orientadora: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientadora: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Doutor