Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-05-10T18:14:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação versão final- Valcely Costa.pdf: 419092 bytes, checksum: eed5feacc077fcaac7b6b7008bbf718a (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-05-10T18:23:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação versão final- Valcely Costa.pdf: 419092 bytes, checksum: eed5feacc077fcaac7b6b7008bbf718a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-10T18:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação versão final- Valcely Costa.pdf: 419092 bytes, checksum: eed5feacc077fcaac7b6b7008bbf718a (MD5) Previous issue date: 2018-03-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The present study had as objective evaluates the zootechnical performance of ducks (Cairinamoschatadomesticus) Creole lineage in diets with different levels of available phosphorus. The experimentwasaccomplished in theSectionofAvicultureofUniversityofAgrarianSciencesofthe Federal UniversityofAmazon - UFAM, located in the South sectionoftheAcademical Campus, Manaus - AM. Weused 240 ducks, distributed in 24 picketswithwater and feed ad libitum. Two hundred and forty ducks of the Creole lineage was used, distributed in twenty-four pickets with water and ration ad libitum. The Experimental Delineatewasused Casual Entirely (DIC), being the constituted treatments of six phasic nutritional plans (initial, growth and termination) with different levels of available phosphorus (Nut Plan 1 - 0.65, 0.60 and 0.55, Nut Plan 2 - 0.60, 0.55 and 0.50, Nut Plan 3 - 0.55, 0.50 and 0.45, Nut Plan 4 0.50, 0.45 and 0,40, Nut Plan 5 - 0.45, 0.40 and 0.35, and Nut Plan 6 - 0.40, 0.35 and 0.30), with 4 replicates of 10 birds each. The duckshadweeklyevaluationsand, after 90 days, eightbirds (four males and four females) of each treatment, were slaughtered for carcass evaluation. The collected data were submitted to the variance analysis and the averages compared by the test of Tukey to 5% of significance, using the using the SAS statistical program. There were no differences (P>0.05 ) in performance. In the carcass characteristics, the highest levels of available phosphorus had a positive influence (P<0.05) on the growth of Creole ducks, where the difference between the sexes was due to the better feeding efficiency of males in relation to females in the same period . For the mineral composition, significant differences (P<0.05) were observed for % calcium, phosphorus% and relation Ca: P. The nutritional plan 2 (initial = 0.60%, growth = 0.55% and term = 0.50%) presented the most adequate nutritional requirements of phosphorus available for ducks in confinement, observing the best results of performance of carcass, commercial cuts and deposition of minerals in the bones. / O presente estudo teve como objetivo avaliar o desempenho zootécnico de patos (Cairina moschata domesticus)linhagem crioula em dietas com diferentes níveis de fósforo disponível. O experimento foi realizado no Setor de Avicultura da Faculdade de Ciências Agrárias da Universidade Federal do Amazonas - UFAM, situado no setor Sul do Campus Universitário, Manaus – AM. Foram utilizados 240 patos, distribuídos em 24 boxes com água e ração ad libitum. Utilizou-se o Delineamento Experimental Inteiramente Casualizado (DIC), os tratamentos foram constituídos de seis planos nutricionais fásicos (inicial, crescimento e terminação) com diferentes níveis de fósforo disponível (Plano Nut. 1 – 0,65; 0,60 e 0,55; Plano Nut. 2 – 0,60; 0,55 e 0,50; Plano Nut. 3 – 0,55; 0,50 e 0,45; Plano Nut. 4 – 0,50; 0,45 e 0, 40; Plano Nut. 5 – 0,45; 0,40 e 0,35; e Plano Nut. 6 – 0,40; 0,35 e 0,30), com 4 repetições de 10 aves cada. As aves tiveram avaliações de desempenho semanais e após 90 dias, foram abatidas para avaliação de carcaça. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo teste de Tukey a 5% de significância, utilizando o programa estatístico SAS. Não foram observadas diferenças(P>0,05) no desempenho. Nas características de carcaça, os níveis mais elevados de fósforo disponíveis apresentaram influência positiva (P<0,05) no crescimento de patos crioulos, onde a diferença observada entre os sexos foram devidas a melhor eficiência alimentar dos machos em relação as fêmeas no mesmo período. Para a composição mineral, foram observadas diferenças significativas (P<0,05) para o% de cálcio,% de fósforo e relação Ca:P. O plano nutricional 2 (inicial = 0,60%; crescimento = 0,55% e término = 0,50%) apresentou os mais adequados requisitos nutricionais de fósforo disponível para patos crioulos em confinamento, observandosemelhores resultados de desempenho de carcaça, cortes comerciais e deposição de minerais nos ossos.

Orientador: Nilva Kazue Sakomura / Resumo: O objetivo deste estudo foi determinar a capacidade máxima de consumo, por meio da coleta de dados de consumo de ração das aves. E desta forma, ajustar equações que correlacionassem as características físicas de um alimento com a capacidade do trato gastrointestinal de frangos de corte, matrizes pesadas e poedeiras em diferentes fases de criação. Foram conduzidos 8 ensaios, sendo 4 ensaios com frango de corte, nas fases inicial, crescimento, terminação e o último para validação. Dois ensaios com matrizes pesadas e outros dois com poedeiras, nas fases de pré-postura e produção de ovo, sendo que em cada ensaio foram utilizados 225 animais. O delineamento foi inteiramente casualizado (DIC) com cinco diluentes e 5 níveis de diluição, totalizando 25 tratamentos e nove repetições contendo uma ave cada. Os tratamentos consistiram em uma dieta controle (sem inclusão de diluente) e as demais dietas com níveis graduais de cada diluente (2.5; 5; 10 e 15% para frangos de corte e poedeiras; 0; 10; 20; 30 e 40% para matrizes pesadas). Os diluentes utilizados foram a fibra de celulose, a serragem, a casca de arroz, a areia e a vermiculita. Os períodos experimentais aplicados ao estudo com frango de corte foram de 14 dias cada (1 a 14 dias; 15 a 28 dias e 29 a 45 dias), para matrizes pesadas e poedeiras foram de 28 dias cada ensaio. Nos ensaios foram mensurados o consumo diário e o peso vivo das aves. Foram realizadas análises laboratoriais que permitissem simular o comportamento físico do d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: - The objective of this study was to determine the maximum food intake capacity by collecting feed intake data from birds. Thus, to fit equations that correlates the physical characteristics of a food with the capacity of the gastrointestinal tract of broilers, broiler breeders and laying hens in different rearing phases. Eight trials were conducted, four trials with broiler chicken in the initial, growth, final and last for validation. Two trials with broiler breeders and two with laying in the rearing and egg - production phases, and 225 animals were used in each test. The design was completely randomized (DIC) with five diluents and 5 dilution levels, totaling 25 treatments and nine replicates containing one bird each. The treatments consisted of a control diet (without diluent inclusion) and the other diets with gradual levels of each diluent (2.5, 5, 10 and 15% for broilers and laying hens; 0, 10, 20, 30 and 40% for broiler breeders). The diluents used were cellulose fiber, sawdust, rice husk, sand and vermiculite. The experimental periods applied to the study with broiler chicken were 14 days each (1 to 14 days; 15 to 28 days and 29 to 45 days), for broiler breeders and laying hens were 28 days each trial. In the trials the daily food intake and body weight of the birds were measured. Laboratory analyzes were performed to simulate the physical behavior of diluent and diluted diets in the gastrointestinal tract of each animal category and its phase. Therefore, using mult... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.

A criptosporidiose é considerada uma das principais infecções por protozoários em aves, e já foi descrita em mais de 30 espécies de aves de várias Ordens, como Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis. Além dessas espécies, há vários genótipos distintos geneticamente das espécies de Cryptosporidium já descritas em aves, como os genótipos I, II, III e IV de aves. Há vários relatos de infecção por Cryptosporidium nos tratos gastrintestinal, respiratório e na bursa de Fabricius, resultando em perdas econômicas e mortalidade. O objetivo desse estudo foi a detecção de Cryptosporidium e sua caracterização molecular, em amostras de fezes de aves domésticas e de aves exóticas mantidas em cativeiro no Brasil. Foram coletadas 966 amostras de fezes de 18 famílias de aves. As amostras foram conservadas em solução de dicromato de potássio 2,5% a 4º C, até o processamento. Para purificação e concentração dos oocistos, foi utilizada a técnica de centrífugo-flutuação em solução de Sheather seguida de análise microscópica, em 463 amostras, por meio da técnica de coloração negativa com verde malaquita e de extração do DNA genômico dos oocistos, em amostra positivas à microscopia, ou, alternativamente, a extração de DNA foi realizada, sem a realização prévia de microscopia, em outras 503 amostras. A análise molecular foi realizada por meio da reação de nested-PCR, para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e do gene da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 47 (4,86 %) amostras. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação das três espécies que infectam aves: C. galli> em canário (Serinus canaria), galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) e calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis e C. baileyi em galinha doméstica (G. g. domesticus), Cryptosporidium genótipo I de aves em pavão azul (Pavocristatus) e canário (Serinus canaria), Cryptosporidium genótipo III de aves em agapornis (Agapornis roseicolis) e calopsita (N. hollandicus) e Cryptosporidium genótipo II de aves em avestruzes (Struthio camelus). / Cryptosporidiosis is considered a major protozoan infection in birds, and has been described in more than 30 species of birds of various orders, as Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are considered valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and Cryptosporidium meleagridis. Besides these species, there are several genotypes genetically distinct from the species of Cryptosporidium described in birds, as avian genotypes I, II, III and IV. There are several reports of gastrointestinal, respiratory and bursa of Fabricius infections in birds, resulting in major economic losses and mortality. The aim of this study was the detection and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in fecal samples of domestic birds and in exotic birds kept in captivity in Brazil. A total of 966 samples from 18 families of birds were collected and stored in 2.5% potassium dichromate solution at 4º C until processing. Oocysts were purified in Sheather sugar solution following microscopic analyses, in 463 samples, by malachite green negative stain and extraction of genomic DNA of oocysts in samples positive by microscopy or, alternatively, DNA extraction was accomplished without previous microscopic analyses in another 503 samples. Molecular analyses were performed using n-PCR for amplification of fragments of the 18S subunit of rRNA gene and of the actin gene. It was observed amplification for Cryptosporidium DNA fragments in 47 (4.86%) samples. Sequencing of amplified fragments and phylogenetic analyses allowed the identification of the three species that infect birds: C. galli in canaries (Serinus canaria), domestic chicken (Gallus gallus domesticus) and calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis and C. baileyi in domestic chicken (G. g. domesticus), Cryptosporidium avian genotype I in peacock (Pavo cristatus) and canary (Serinus canaria), Cryptosporidium avian genotype III in agapornis (Agapornis roseicolis) and cockatiel (N. hollandicus), and Cryptosporidium avian genotype II in ostriches (Struthio camelus).

Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.

Submitted by Lucas Bocchini Rodrigues Alves null (lucasbocchini@gmail.com) on 2017-12-05T19:45:59Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Lucas_Bocchini_Rodrigues_Alves.pdf: 48834271 bytes, checksum: 5031c0180284664e9a7c99d9701586b4 (MD5) / Submitted by Lucas Bocchini Rodrigues Alves null (lucasbocchini@gmail.com) on 2017-12-11T18:47:10Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Lucas_Bocchini_Rodrigues_Alves.pdf: 48834271 bytes, checksum: 5031c0180284664e9a7c99d9701586b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Karina Gimenes Fernandes null (karinagi@fcav.unesp.br) on 2017-12-13T11:36:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rodriguesalves_lb_jabo.pdf: 48291587 bytes, checksum: dba569cb90d71bd85abca6cc394cb228 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-13T11:36:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rodriguesalves_lb_jabo.pdf: 48291587 bytes, checksum: dba569cb90d71bd85abca6cc394cb228 (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / RESUMO – Salmonella Gallinarum (SG) é um patógeno hospedeiro-específico que causa o tifo aviário, doença sistêmica severa que é considerada uma das principais preocupações da indústria avícola mundial. Quando infecta a ave, SG utiliza mecanismos de evasão para sobreviver e replicar no interior de macrófagos. Nesse contexto, os genes phoPQ codificam o sistema regulatório de dois componentes (PhoPQ) que regula genes de virulência responsáveis pela adaptação de Salmonella spp. a fatores antimicrobianos como baixo pH, peptídeos antimicrobianos e baixas concentrações de cátions bivalentes. No presente estudo, objetivou-se investigar a função desses genes para SG. Assim, uma estirpe de SG com genes phoPQ defectivos (SG ∆phoPQ) foi construída e sua patogenicidade avaliada em aves poedeiras de 20 dias de vida susceptíveis ao tifo aviário. SG ∆phoPQ não causou sinais clínicos nem mortalidade em aves desafiadas oralmente, sendo não-patogênica. Ademais, essa estirpe não foi recuperada de fígados e baços. Por outro lado, aves desafiadas subcutaneamente com a estirpe mutante tiveram alterações patológicas discretas a moderadas e baixas contagens bacterianas em tecidos de fígado e baço. A partir dos dados, observa-se que SG ∆phoPQ é atenuado para aves o que sugere que ambos os genes são importantes durante a infecção sistêmica em aves por SG. / ABSTRACT – Salmonella Gallinarum (SG) is a host-restrict pathogen that causes fowl typhoid, a severe systemic disease that is one of the major concerns to the poultry industry worldwide. When infecting the bird, SG makes use of evasion mechanisms to survive and to replicate within macrophages. In this context, phoPQ genes encode a two-component regulatory system (PhoPQ) that regulates virulence genes responsible for adaptation of Salmonella spp. to antimicrobial factors such as low pH, antimicrobial peptides and deprivation of bivalent cations. Herein, we aimed to investigate the role of the mentioned genes to SG. Thus, a phoPQ-depleted SG strain (SG ∆phoPQ) was constructed and its virulence assessed in twenty-day-old laying hens susceptible to fowl typhoid. SG ∆phoPQ did cause neither clinical signs nor mortality in birds orally challenged, being non-pathogenic. Furthermore, this strain was not recovered from livers or spleens. On the other hand, chickens challenged subcutaneously with the mutant strain had discreet to moderate pathological changes and also low bacterial counts in liver and spleen tissues. These findings show that SG ∆phoPQ is attenuated to susceptible chickens and suggest that both genes are important during chicken systemic infection by SG.

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-30T17:44:33Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lídia Lopes Ferreira - 2014.pdf: 1260925 bytes, checksum: 03a2aa3e9040ec4dda5594021745a719 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-30T17:44:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lídia Lopes Ferreira - 2014.pdf: 1260925 bytes, checksum: 03a2aa3e9040ec4dda5594021745a719 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-30T17:44:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Lídia Lopes Ferreira - 2014.pdf: 1260925 bytes, checksum: 03a2aa3e9040ec4dda5594021745a719 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-09-02 / The chlamydiosis or ornithosis is a major zoonosis of avian origin and it is important for poultry breending. This study was carried out in order to investigate the presence of Chlamydophila psittaci in pigeons (Columba livia), turkeys (Meleagris gallopavo domesticus), broilers and free-range chickens (Gallus gallus domesticus) and to estimate the occurrence of infected animals in the Center-Souther region of the State of Goias. Cloacal and tracheal swabs were colleted fron 120 pigeons captured near farms, 300 broiler chickens, 240 turkeys and 240 free-range chickens, analyzed by polymerase chain reaction (PCR). We obtained by the PCR, 6,7% (8/120) positive trachea and cloaca swabs in pigeons, 5,8% (7/120) positive tracheas swabs, and 17,5 % (21/120) positive cloacal swabs, totaling 30% (36/120) of birds infected with C. psittaci. We did not detect the bacterium in samples from broilers and turkeys. We found 17,5% (42/240) positive free-range chickens, being 8,3% (20/240) positive trachea and cloaca swabs, 6,7% (16/240) positive swabs and 2,5% (6/240) cloacal swabs. We concluded that the birds as well free- range chickens are carries of C. psittaci while broilers and turkeys were not infected. / A clamidiose ou ornitose é uma das principais zoonoses de origem aviária e de importância para criações de aves domésticas. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de pesquisar a presença de Chlamydophila psittaci em pombos (Columba livia), perus (Meleagris gallopavo domesticus), frangos de corte, galinhas caipiras (Gallus gallus domesticus) e estimar a ocorrência desses animais infectados na região Centro-Sul do Estado de Goiás. Foram capturados 120 pombos nas proximidades de agroindústrias, realizados 120 suabes traqueiais e 120 cloacais, também foram coletadas em 300 frangos de corte, 300 amostras de suabes cloacais e 300 de traqueiais. Em 240 perus foram realizados 240 suabes traqueiais e 240 cloacais e 240 suabes cloacais e 240 traqueais de galinhas caipiras de pequenas propriedades e feiras livres, os quais foram analisados por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR). Obteveram-se pela PCR, 6,7% (8/120) pombos positivos para traqueias e cloacas, 5,8% (7/120) apenas para suabes de traqueia, 17,5% (21/120) apenas para suabes de cloacas, totalizando 30% (36/120) de aves infectadas com C. psittaci. Nas amostras oriundas de frangos de corte e de perus não se detectou a bactéria. Foram encontrados 17,5% (42/240) de galinhas caipiras positivas, sendo 8,3% (20/240) amostras positivas para traqueias e cloacas, 6,7% (16/240) apenas para suabes de traqueias e 2,5% (6/240) somente para suabes de cloacas. Conclui-se que os pombos assim como as galinhas caipiras deste estudo são portatores de C. psittaci, enquanto aos frangos e perus avaliados, não estavam infectados.

A criptosporidiose é considerada uma das principais infecções por protozoários em aves, e já foi descrita em mais de 30 espécies de aves de várias Ordens, como Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis. Além dessas espécies, há vários genótipos distintos geneticamente das espécies de Cryptosporidium já descritas em aves, como os genótipos I, II, III e IV de aves. Há vários relatos de infecção por Cryptosporidium nos tratos gastrintestinal, respiratório e na bursa de Fabricius, resultando em perdas econômicas e mortalidade. O objetivo desse estudo foi a detecção de Cryptosporidium e sua caracterização molecular, em amostras de fezes de aves domésticas e de aves exóticas mantidas em cativeiro no Brasil. Foram coletadas 966 amostras de fezes de 18 famílias de aves. As amostras foram conservadas em solução de dicromato de potássio 2,5% a 4º C, até o processamento. Para purificação e concentração dos oocistos, foi utilizada a técnica de centrífugo-flutuação em solução de Sheather seguida de análise microscópica, em 463 amostras, por meio da técnica de coloração negativa com verde malaquita e de extração do DNA genômico dos oocistos, em amostra positivas à microscopia, ou, alternativamente, a extração de DNA foi realizada, sem a realização prévia de microscopia, em outras 503 amostras. A análise molecular foi realizada por meio da reação de nested-PCR, para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e do gene da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 47 (4,86 %) amostras. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação das três espécies que infectam aves: C. galli> em canário (Serinus canaria), galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) e calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis e C. baileyi em galinha doméstica (G. g. domesticus), Cryptosporidium genótipo I de aves em pavão azul (Pavocristatus) e canário (Serinus canaria), Cryptosporidium genótipo III de aves em agapornis (Agapornis roseicolis) e calopsita (N. hollandicus) e Cryptosporidium genótipo II de aves em avestruzes (Struthio camelus). / Cryptosporidiosis is considered a major protozoan infection in birds, and has been described in more than 30 species of birds of various orders, as Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are considered valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and Cryptosporidium meleagridis. Besides these species, there are several genotypes genetically distinct from the species of Cryptosporidium described in birds, as avian genotypes I, II, III and IV. There are several reports of gastrointestinal, respiratory and bursa of Fabricius infections in birds, resulting in major economic losses and mortality. The aim of this study was the detection and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in fecal samples of domestic birds and in exotic birds kept in captivity in Brazil. A total of 966 samples from 18 families of birds were collected and stored in 2.5% potassium dichromate solution at 4º C until processing. Oocysts were purified in Sheather sugar solution following microscopic analyses, in 463 samples, by malachite green negative stain and extraction of genomic DNA of oocysts in samples positive by microscopy or, alternatively, DNA extraction was accomplished without previous microscopic analyses in another 503 samples. Molecular analyses were performed using n-PCR for amplification of fragments of the 18S subunit of rRNA gene and of the actin gene. It was observed amplification for Cryptosporidium DNA fragments in 47 (4.86%) samples. Sequencing of amplified fragments and phylogenetic analyses allowed the identification of the three species that infect birds: C. galli in canaries (Serinus canaria), domestic chicken (Gallus gallus domesticus) and calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis and C. baileyi in domestic chicken (G. g. domesticus), Cryptosporidium avian genotype I in peacock (Pavo cristatus) and canary (Serinus canaria), Cryptosporidium avian genotype III in agapornis (Agapornis roseicolis) and cockatiel (N. hollandicus), and Cryptosporidium avian genotype II in ostriches (Struthio camelus).

Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.