A especiação de isolados clínicos de Aspergillus ganhou relevância nos últimos anos devido à descrição de espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos. A identificação morfológica convencional não é capaz de discriminar as espécies de Aspergillus e o sequenciamento de DNA é uma técnica pouco adaptada a laboratórios clínicos. A espectrometria de massas por ionização/dessorção a laser auxiliada por matriz tempo-devoo (EM MALDI-TOF) é uma metodologia emergente que vem sendo explorada com intuito de fornecer identificação rápida e acurada de microrganismos, incluindo os fungos filamentosos de importância clínica. Entretanto, há poucos estudos avaliando a plataforma VITEK MS® para a identificação de espécies de Aspergillus. O presente estudo teve como objetivo fornecer dados adicionais sobre a performance dos sistemas do VITEK MS® e suas bibliotecas de espectros de referências (ER) In Vitro Diagnostics (IVD) e Research Use Only (RUO) para identificar as espécies de Aspergillus de relevância clínica. Uma biblioteca de ER in-house também foi construída e avaliada. Um total de 106 organismos foram avaliados por EM, incluindo 47 cepas provenientes das coleções de fungos do Westerdijk Fungal Biodiversity Institute (Holanda) e do LEMIUNIFESP, seis isolados ambientais (IMT-USP) e 53 isolados cínicos do HC-FMUSP. Foram utilizados dois protocolos de extração proteica, um recomendado pelo fabricante e outro empregando meio de cultura líquido para os isolados/cepas com baixa esporulação. Trinta e cinco organismos foram selecionadas para construir os ERs, e os 71 restantes foram usados para avaliação de desempenho das bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house. Entre os 71 organismos analisados, 91,5%, 84,5% e 100% tiveram identificação correta de gênero pelos bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Enquanto para identificação de espécie, as bibliotecas IVD, RUO e RUO+in-house mostraram 83,1%, 77,4% e 90,1% de identificações de espécie, respectivamente. Para as 16 espécies crípticas de Aspergillus analisadas, a identificação foi correta em 31,2%, 18,7% e 62,5%, pelos sistemas IVD, RUO e RUO+in-house, respectivamente. Entre as espécies crípticas resistentes aos derivados azólicos, o sistema IVD forneceu identificação correta para as espécies Aspergillus lentulus, Aspergillus calidoustus e Aspergillus sydowii. Entretanto, Aspergillus fumigatiaffinis e Neosartorya pseudofischeri foram erroneamente identificadas como Aspergillus fumigatus pelo sistema IVD. A biblioteca in-house demonstrou melhor performance, mas espécies filogeneticamente próximas como A. fumigatiaffinis e A. lentulus tiveram identificações cruzadas. Concluímos que o VITEK® MS demonstrou boa performance para a identificação das espécies de Aspergillus, porém para algumas espécies crípticas, há necessidade de melhoria das bibliotecas de espectro de referência comercializadas. Algumas espécies crípticas filogeneticamente relacionadas apresentaram espectros similares e são de difícil diferenciação por EM MALDI, mesmo com a construção de uma biblioteca de ER in-house com vários representantes de cada espécie / Aspergillus spp. identification has become more relevant in clinical practice since azoleresistant cryptic species have emerged in the last years. Conventional morphologic identification is not able to discriminate Aspergillus species and DNA sequencing is not feasible for clinical laboratories. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) is an emergent technology that has been explored to provide fast and accurate identification of microorganisms, including clinically relevant molds. However, only a few studies have explored the platform VITEK MS® for the identification of Aspergillus species. The present study aimed to provide additional data regarding the performance of the In Vitro Diagnostics (IVD) and Research Use Only (RUO) systems for the identification of Aspergillus species, including azoleresistant ones, and also to construct and to evaluate an in-house reference spectrum library. A total of 106 organisms were evaluated by MS, including 47 Aspergillus strains (Westerdijk Fungal Biodiversity Institute and LEMI-UNIFESP collections), six environmental (IMT-USP) and 53 clinical isolates (HC-FMUSP). Two protein extraction protocols were used, one recommended by the manufacturer and another with liquid broth for the organisms with poor sporulation. Thirty-five organisms were selected to construct the in-house reference spectrum library and the remaining 71 were used for the performance evaluation. Correct genus identification was provided in 91.5%, 84.5% and 100% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Correct species identification was provided in 83.1%, 77.4% and 90.1% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Among the 16 Aspergillus cryptic species, correct identification was provided in 31.5%, 18.7% and 62.5% by the IVD, RUO, and RUO+in-house reference spectrum libraries, respectively. Among the azole-resistant cryptic species, the IVD system provided correct identification for Aspergillus lentulus, Aspergillus calidoustus and Aspergillus sydowii. However, Aspergillus fumigatiaffinis and Neosartorya pseudofischeri were misidentified as Aspergillus fumigatus by the IVD system. The in-house library had better performance for the identification of Aspergillus cryptic species, but closely related taxa may be difficult to have correct differentiation by MALDI-TOF MS. In conclusion, VITEK® MS showed good performance for the identification of Aspergillus species and some azoleresistant species. However, a more robust reference spectrum library including more representatives of azole-resistant cryptic species may be necessary to achieve better identification performance of closely related taxa

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissertacaoMestrado_FernandaNAlmeida.pdf: 2657877 bytes, checksum: df5f53867efd4a6e183687ebd25aa077 (MD5) Previous issue date: 2007-03-26 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / This dissertation offers a computation approach to comparative analysis between cmpletely sequenced genomes of plant-associated bacteria. The created system was denominated ProBacter and it is composed of a relational database and computational tools for sequence analysis. The database was created from a diverse data source, including information from GenBank, TrEMBL, Interpro, COG and GO. The proteins were organized into clusters through the BBH (Bidirectional Best Hits) methodology and categorized according to the functional classification of the Xanthomonas Genome Project. Each entry displayed by the system in a friendly user interface corresponds to an information sheet with the gene and protein sequence, functional category, domain prediction, and related scientific publications, in addition to the group that it belongs, and external links. The system offers a search interface similar to other database systems with pre-formatted queries. For advanced queries, the user has access to an interface that can be used without previous knowledge of the SQL language or ProBacter s database arquiteture. The BLASTP program and two multiple sequence alignment tools, namely ClustalW and T-Coffee, were integrated into the system as well, allowing internal and external sequence comparison. In addition, the system makes available visualization tools capable of displaying the gene position inside a genome and BHH links of clusters. Also, the user is capable of adding new information for each gene in the system. ProBacter s goal is to collect information available from a large source of databases into one computational environment, organize this information and offer comparative tools for sequence analysis. / Esta dissertação resultou na implementação de uma abordagem computacional para a análise comparativa entre informações de genomas completamente seqüenciados de bactérias associadas à planta. O sistema desenvolvido foi denominado de Probacter e é composto de um banco de dados relacional e de ferramentas computacionais para a análise de seqüências, teve por finalidade agrupar as informações disponíveis em vários bancos de dados em um único ambiente, oferecer uma padronização às informações disponibilizadas e fornecer ferramentas para análises comparativas e de seqüências. O banco de dados contém informações provenientes de diversas fontes, incluindo as bases GenBank, Swiss-Prot, TrEMBL, Interpro, COG e GO. As proteínas foram organizadas dentro de grupos, utilizando a metodologia de BBH (Bidirectional Best Hit) e a anotação padronizada de acordo com a classificação funcional anteriormente descrita para o Projeto Genoma de bactérias do gênero Xanthomonas. Cada entrada disponibilizada pelo sistema numa interface amigável corresponde a uma ficha contendo informações sobre o gene e a proteína por ele codificada, incluindo a categorização funcional, a predição de domínios, a seqüência de aminoácidos da proteína, a ligação com os grupos gerados pelo BBH, referências direta a outros bancos de dados, e as publicações científicas. O sistema oferece uma interface de busca comum a bancos de dados, utilizando consultas pré-definidas. Para consultas mais elaboradas, foi desenvolvida uma interface para ser utilizada sem que o usuário tenha conhecimento prévio de linguagens como SQL e/ou da arquitetura desta base. Ferramentas de alinhamento múltiplo ClustalW e T-Coffee e o programa BLASTP também foram integradas a este sistema, permitindo que sejam feitas comparações entre seqüências internas e externas ao banco. O ProBacter integra ferramentas de visualização gráfica, que permite disponibilizar o posicionamento dos genes pertencentes a grupos no genoma de cada organismo e que permite visualizar as ligações durante a formação dos grupos formados pelo BBH. Por fim, um campo aberto é disponibilizado para que seja possível a intervenção de usuários na anotação de novas informações em determinada entrada, sendo as informações novas oferecidas gravadas diretamente no banco de dados.

Consideramos uma base de dados hospitalares constituída por informações sobre vítimas de causas externas atendidas no Pronto Socorro do Hospital Municipal Dr. Arthur Ribeiro de Saboya, no período de 01/01/02 a 11/01/03, e registradas pelo Núcleo de Atenção à Vítima de Violência deste hospital. O conjunto de dados foi avaliado sob duas abordagens: a temporal, onde estudamos o numero de eventos ao longo do tempo, e a espacial, onde consideramos a localização geográfica dos eventos. Utilizamos uma modelagem estatística baseada em processos pontuais e técnicas de ondaletas para estimar a intensidade temporal ou espacial, isto é, o numero esperado de eventos por unidade de área (na abordagem espacial) ou tempo (na abordagem temporal). Fatores como sexo, faixa etária e tipo de evento (acidentes ou agressões) também foram considerados na análise. Na análise temporal, os resultados indicam que o número esperado de ocorrências em homens é significantemente maior do que em mulheres ao longo do período de observação. O mesmo ocorre com o numero esperado de acidentes quando comparado com o de agressões. As faixas etárias que compreendem as idades de 0 a 14 anos, 15 a 29 anos, 30 a 59 anos e 60 anos ou mais também apresentam números esperados de casos significantemente diferentes entre si. Na análise espacial, escolhemos uma região do Município de São Paulo, nas proximidades do Hospital Saboya, e elaboramos mapas onde é possível identificar geograficamente os locais onde as ocorrências são mais frequentes. A intensidade estimada para o total de eventos indica uma distribuição espacial não homogênea, com grande concentração de eventos principalmente nos distritos do Jabaquara e Cidade Ademar, além de valores altos ao longo das avenidas Bandeirantes, Jabaquara e Cupecê. As intensidades espaciais relativas às agressões a homens e a mulheres, separadamente, apresentam distribuições não homogêneas. Os locais com maiores riscos de agressões a mulheres parecem estar localizados em regiões mais afastadas das grandes avenidas da região. Quando consideramos os acidentes de trânsito e de transporte para cada dia da semana, a análise indicou uma distribuição espacial e temporal heterogênea, com intensidades estimadas maiores nos fins de semana e menores na segunda e terça-feira / We consider a data set with information on victims that were assisted at the emergency room of the Dr. Arthur Ribeiro de Saboya Municipal Hospital, S~ao Paulo, Brazil, from January 1, 2002 to January 11, 2003. We analyze the data chronologically (number of events along time) and spatially (geographical location). The statistical modelling is based on point processes and wavelet techniques to estimate both temporal and spatial intensities, that is, the expected numbers of events by unit time or unit area. The results indicate that the expected number of events is greater for men than for women along the whole observation period. The same is true for the expected number of accidents and that of aggressions, the former being consistently greater than the latter. The expected numbers of events for different age groups (0 to 14, 15 to 29, 30 to 59 and 60 or more) are significantly different. A neighborhood of Saboya Hospital was considered for spatial analysis, according to which it is possible to identify regions where occurrences are most frequent. The spatial distribution of the number of events is non homogeneous with high concentration mostly on Jabaquara and Cidade Ademar districts and along some big avenues (Bandeirantes, Jabaquara and Cupec^e avenues). Spatial non homogeneity of intensities is also observed for both aggressions to men and to women. The regions with the highest risks of aggression to women seam to be located away from the big avenues. When considering traffic and transport accidents separately by each day of the week, the analysis has shown both time and spatial non homogeneous distributions of events with highest estimated intensities during weekends and lowest ones on Monday and Tuesday

Um dos problemas para desenvolvimento de trabalhos multicêntricos é a falta de protocolos padronizados compatíveis às políticas de saúde, que sejam de fácil entendimento e inserção de dados confiáveis, mesmo por pesquisadores não envolvidos no desenvolvimento do projeto. Por outro lado, algumas políticas de saúde pública não estão sintonizadas às necessidades populacionais nem aos programas de especialização, necessitando, portanto, da criação de cursos de treinamentos objetivos que garantam qualidade de entendimento dos assuntos abordados pelos protocolos. O Brasil possui grande número de portadores de deficiência visual. A reabilitação para portadores de baixa visão é pouco conhecida e praticada pela classe oftalmológica. No país, existe falta de programas de capacitação em Baixa Visão durante a residência médica e não existe sistematização do uso de protocolo multicêntrico para coletar dados confiáveis que permitam o levantamento do perfil nacional da baixa visão. A padronização, registro e intercâmbio dos dados multicêntricos necessários para estudos podem ser obtidos pela utilização de um protocolo para formação de um banco de dados nacional com grande valor para o desenvolvimento de programas em saúde pública. Este estudo teve como objetivo desenvolver e estruturar um protocolo multicêntrico para trabalhos em Baixa Visão, baseado no protocolo adotado pela OMS, com lançamento dos dados via Internet, mantendo a qualidade da informação inserida na ficha de pesquisa. Material e Método: Adequação do protocolo da OMS para a necessidade brasileira, integrado na Web. Desenvolvimento do curso básico de baixa visão, utilizando recursos de teleducação interativa. O protocolo foi preenchido por dois grupos de residentes, mas apenas um deles (grupo B) teve acesso prévio ao curso disponível na Web. O preenchimento dos protocolos foi avaliado por quatro especialistas. Para cada item da ficha de pesquisa foi atribuída uma nota segundo o grau de concordância do preenchimento com o padrão-ouro. Resultado: Foi criado um protocolo simplificado e implementado na Web que pôde ser aplicado em pacientes adultos e crianças, sua utilização não interferiu na rotina do atendimento ambulatorial. O curso foi executado pelo grupo B entre 2 e 3 dias. O nível de melhoria da qualidade das informações inseridas foi medido pela análise comparativa do preenchimento entre os dois grupos. O grupo B apresentou superioridade no preenchimento da ficha de pesquisa. Discussão: A elaboração do protocolo multicêntrico pode ser o ponto inicial para integração e intercâmbio das informações. O lançamento dos dados via Internet possibilita a formação do banco de dados que pode ser incrementado por diversos centros. A construção do programa de teleducação via Internet para a formação objetiva em Baixa Visão é uma ferramenta para difusão dos conhecimentos básicos desta especialidade, garantindo a melhoria das informações inseridas na ficha de pesquisa. A análise dos dados pode favorecer o delineamento do perfil da deficiência visual e estabelecimento de estratégias nacionais de atenção primária. Conclusão: É viável a construção de um protocolo de pesquisa multicêntrica, com dados relevantes sobre deficiência visual, orientado pela necessidade de desenvolver estratégia de política de saúde compatível com o protocolo Internacional. A utilização da Internet para lançamento dos dados possibilitou a formação do banco de dados que pode ser incrementado por diferentes centros oftalmológicos, passando a ter abrangência nacional. A construção do curso de teleducação proporcionou aumento da qualidade da inserção de dados. / One of the problems in the development of multicentric projects is the lack of standardized protocols compatible with health policies, which are easy to understand and to use in recording reliable data even by researchers not involved in developing the project. On the other hand, some public health policies are not in tune wit h the needs of the population or with specialization programs, and require the creation of objective training courses that guarantee the quality of understanding of the topics covered by the protocols. Brazil has a great number of visual impaired individuals. Rehabilitation for Low Vision patients is not well known or widely practiced by ophthalmologists. Besides a lack of professional qualification training programs in Low Vision during medical residency, there is no systematization of use of the multicentric protocol to collect reliable data in order to map out a national profile of Low Vision. Standardization, register, and interchange of the multicentric data necessary for studies can be obtained by the use of a protocol to construct a national data base that would be vital for the development of Public Health programs. This study has the objective of developing and structuring a multicentric protocol for Low Vision projects, based on the protocol adopted by the World Health Organization -WHO, with data entered via the Internet, maintaining the quality of the information inserted on the research form. Material and Method: Adaptation of the Web-integrated WHO protocol to the needs of Brazil, and development of a basic course in Low Vision using interactive Tele-Education resources. The protocol form was completed by two groups of medical residents, but only one of them (Group B) had had prior access to the course available on the Web. The answers to the protocol questions were evaluated by four specialists. For each item on the research form, a grade was attributed according to the degree of agreement with the gold standard. Result: A simplified Web-implemented protocol was developed which could be applied to adult and child patients, and its application did not interfere in the out-patient routine of patient care. The course was taken by Group B for 2 to 3 days. The level of improvement in quality of the information entered was measured by a comparative analysis between the two groups. Group B showed superiority in terms of the answers given on the research form. Discussion: The preparation of a multicentric protocol may be the starting point for the integration and exchange of information. Data insertion via the Internet enables the construction of a data bank that can be incremented by several centers. The Internet-based Tele-Education program for objective professional qualification training in Low Vision is a tool for divulging basic knowledge in this specialty, guaranteeing an improvement in the information entered on the research forms. Analysis of the data may outline the profile of visual deficiency and enable the establishment of national primary care strategies. Conclusion: the construction of a multicentric research protocol with relevant data on visual deficiency is viable, guided by the need to develop a strategy of health care policies compatible with the international protocol. The use of the Internet for data insertion has made it possible to form a data base that can receive information from different ophthalmology centers, thus presenting a national scope. The preparation of the Tele-Education course led to an improvement in the quality of data inserted.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:48:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 400741.pdf: 8197264 bytes, checksum: 06de0e14d6fe03643c75f2ccd841d590 (MD5) Previous issue date: 2008-01-30 / Diversos processos de neg?cio das organiza??es podem ser automatizados com o aux?lio de sistemas de Workflow. Alguns deles, estrategicamente importantes, necessitam de ferramentas que permitam an?lises gerenciais e auxiliem os gestores no processo de tomada de decis?o. Neste contexto, a aplica??o das t?cnicas de descoberta de conhecimento sobre os registros de execu??o das inst?ncias dos processos de neg?cio mostra-se uma pr?tica promissora. No entanto, o ambiente computacional utilizado pelas aplica??es de KDD pode ser significativamente complexo, tendo suas etapas executadas de forma independente como, por exemplo, em um ambiente orientado a servi?os. Esta arquitetura possui um problema relacionado ? troca de informa??es entre as etapas do processo, visto que cada servi?o pode ter sido escrito em linguagens diferentes e necessitar que os dados estejam dispostos em um determinado formato. Neste caso, uma vez que este formato seja ?nico, distintas aplica??es podem trabalhar utilizando mesmos dados, agregando ao procedimento com diversidade de op??es. Seguindo esta problem?tica, este trabalho versa sobre uma abordagem que visa tornar independentes duas etapas do processo de descoberta de conhecimento: a minera??o de dados e a visualiza??o dos resultados. Para isto, a solu??o proposta est? baseada no uso das tecnologias de XML e XML Schema para a defini??o de estruturas para as sa?das e entradas dos algoritmos de minera??o e t?cnicas de visualiza??o. Al?m disto, o uso de t?cnicas de XSLT contribui para que a transforma??o entre estes formatos possa ser realizada de modo automatizado. Para a valida??o da solu??o, criada com base te?rica, foram realizadas alguns testes utilizando as implementa??es de c?digo livre. A principal contribui??o deste trabalho est? na cria??o de formatos ?nicos e gen?ricos para a troca de informa??es entre as etapas citadas, bem como sua transforma??o.

Orientador: Mariângela Spotti Lopes Fujita / Banca: Helen de Castro Silva / Banca: Nair Yumiko Kobashi / Resumo: A linguagem documentária, instrumento mediador da informação documentária entre o Sistema de Informação e o usuário, tem papel fundamental no acesso à informação, proporcionando a satisfação na recuperação da informação e, conseqüentemente, a geração do conhecimento científico que contribui para desenvolvimento da ciência brasileira e para o bem-estar da sociedade. Quando a linguagem documentária não oferece compatibilidade com a linguagem de busca do usuário, compromete a qualidade da pesquisa realizada e a credibilidade do Sistema de Informação quanto à sua eficácia na recuperação da informação documentária e satisfação do usuário. Dessa maneira, a proposição é avaliar, por meio da observação do usuário, a linguagem documentária DeCS - Descritores em Ciências da Saúde, utilizada para a recuperação da informação no sistema LILACS (Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde), com o intuito de obter indicadores para delinear as estratégias de aprimoramento da linguagem na área de Fonoaudiologia. Para avaliação dessa linguagem empregou-se a técnica do protocolo verbal ou "pensar alto" (thinking aloud), tendo como sujeitos pesquisadores do Departamento de Fonoaudiologia da Faculdade de Odontologia de Bauru da Universidade de São Paulo - FOB-USP. A aplicação dessa técnica foi realizada no próprio ambiente de trabalho dos sujeitos, tendo sido verificado, anteriormente, o conhecimento de cada um deles no acesso ao sistema LILACS, bem como na utilização da linguagem DeCS. A partir de então, foram selecionados quatro sujeitos representantes das quatro especialidades formadoras da área de Fonoaudiologia: Linguagem, Voz, Motricidade Oral e Audiologia, e observados, com protocolo verbal, na tarefa de realizar a recuperação de informações, no campo de descritor de assunto da interface de busca da base de dados LILACS... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: The Indexing language, a mediator tool of the indexing information between the information system and the user, plays a crucial role in the access to information, providing a satisfaction in information retrieval and, thus, the generation of scientific knowledge which adds to the welfare of society. Hen the indexing language is not compatible with the userþs search language, it jeopardizes the quality of the research performed and the credibility of the information system as to its efficacy in retrieving indexing information and the userþs satisfaction. Therefore, the proposition is to assess, by observing the user, the DeCS - Health Sciences Descriptors indexing language, utilized for the retrieval of information in the LILACS system (LILACS - Latin American and Caribbean Health Sciences), aiming at obtaining indicators to outline strategies to improve the language in the field of Speech- Language Pathology and Audiology. The verbal protocol technique (thinking aloud) was utilized to evaluate this language, having as subjects, researchers of the Speech-Language Pathology and Audiology Department at the Dental School - University of São Paulo - FOB-USP, at Bauru, SP. This technique has been applied in the subjectsþ own working environment, being their knowledge on the access to LILACS system as well as the use of DeCS language previously verified. Then, four subjects representing the four forming specialties in the area of Speech-Language Pathology and Audiology, i.e., Language, Voice, Oral Motricity and Audiology were selected and observed, with the verbal protocol, in the task of performing information retrieval, in the field of subject descriptor of the search interface of LILACS database... (Complete abstract, click electronic address below). / Mestre

O processo de avaliação dos programas de pós-graduação brasileiros foi iniciado pela Capes na década de 1970, consolidando-se com o sistema Qualis, cujo objetivo é classificar os milhares de cursos existentes atualmente no país. Mais especificamente, são nomeadas comissões de área, cujo papel consiste na definição e aplicação de critérios para assegurar o mérito científico dos programas, no que tange à sua proposta, ao seu corpo docente, à titulação de novos mestres e doutores e à publicação da pesquisa em veículos reconhecidos. Como um reflexo do que vem acontecendo mundialmente, o periódico científico se sobressai em relação aos outros tipos de documento, como decorrência de um processo histórico que culminou nas bases de dados, tornando-se a principal fonte de informação para avaliação de produção científica. Esta pesquisa teve como objetivo geral contribuir com o processo de avaliação da produção científica nacional, por meio de análise das fontes de informação que compõem os critérios de classificação dos periódicos utilizados nas áreas de ciências sociais aplicadas. Os objetivos específicos foram: 1) identificar as fontes de informação que podem ser classificadas efetivamente como base de dados, segundo critérios específicos que permitam atestar a qualidade científica e/ou editorial periódico; 2) identificar as fontes de informação que possuem critérios de seleção específicos que permitam atestar a qualidade científica e/ou editorial dos periódicos e os disponibilizam em seus sites; 3) analisar o uso que tem sido feito dessas fontes nas diferentes áreas de avaliação dos programas de pós-graduação. Os resultados permitiram observar que das 17 fontes de informação analisadas somente 7 foram reconhecidas como bases de dados e declaram utilizar critérios de seleção de periódicos. Todas as fontes de informação que não mencionam critério de seleção eram utilizadas pela área de Ciências Sociais Aplicadas I, no triênio de 2007-2009, consistindo de fontes temáticas de Ciência da Informação e Comunicação, que deixaram de figurar entre os critérios da área no documento que os atualiza, publicado em 2012. Entre todas as áreas de avaliação que compõem a grande área de Ciências Sociais Aplicadas destacou-se o uso das bases com cobertura internacional (Web of Science e Scopus) e regional (SciELO, LATINDEX e REDALYC). Outro aspecto importante foi o uso do Fator de Impacto para classificação dos periódicos pelas áreas de Economia e Administração, Ciências Contábeis e Turismo, a partir do triênio de 2004-2006. Por fim, observou-se que, do ponto de vista dos profissionais que atuam nas bases de dados, existe uma percepção mais aguçada dos quesitos sobre a qualidade esperada de um periódico científico. Por outro lado, quem está ligado ao meio editorial e às comissões das áreas não necessariamente percebe os detalhes fundamentais à efetividade da comunicação científica, quais sejam: existência de critérios de seleção de periódicos, presença de um conselho editorial atuante, diversidade geográfica dos autores, revisores ad hoc e membros do conselho editorial e informações sobre a lista de títulos dos periódicos indexados pela fonte de informação. / The evaluation of graduation, by Capes, from 1970s, when it began a process that has been developed since then, resulting in the Qualis, whose goal is to assess thousands of postgraduate programs in Brazil. Specifically, there are trained committees, whose objective is to define and apply the criteria to ensure the scientific merit of the programs in terms of their proposal, its faculty, titration of new teachers and doctors, and the publication of research findings in recognized publishing vehicles. As a reflection of what is happening worldwide, the scientific journal stands in relation to other types of document, because of a historical process which culminated in the databases as the main source of information for evaluation of scientific production. This research aims to contribute to the process of evaluation of national scientific production, through the analysis of information sources that make up the criteria for classification of the scientific journals used in the areas of applied social sciences. The specific objectives were: 1) to identify the sources of information that can be classified effectively as a database, according to specific criteria that allow to test the scientific and/or editorial quality, 2) to identify which information sources have specific selection criteria that allow to test the scientific and/or publishing quality and if they are provided on their websites, and 3) to evaluate the use that has been made of these sources in different areas of assessment. Results showed that, from the 17 sources of information analyzed, only 7 were recognized as databases and were declaring to use criteria for selecting the scientific journals. All sources of information that were not mentioned a selection criteria were used for the area of Applied Social Sciences I in the triennium 2007-2009, consisting of thematic sources of Information Science and Communication, these sources are no longer available among the criteria in the area of the document that updates the criteria of the area, published in 2012. Among all evaluation areas that comprise the large area of applied social sciences, the use of bases with international coverage is the most important (Web of Science and Scopus) and regional (SciELO, LATINDEX and REDALYC) in most areas. Another important aspect was the use of the Impact Factor for the scientific journals classification, the areas of Economics and Business Administration, Accounting and Tourism, since the three-year period from 2004-2006. Finally, it was observed that, from the professional\'s point of view, there is a better perception regarding questions about the criteria that analyzes the expected quality of a scientific journal. On the other hand, who is linked to the editorial and area committees, cannot necessarily perceive the details that are critical to the effectiveness of scientific communication: the existence of periodic selection criteria, the presence of an active editorial board, the existence of a geographic diversity of the authors, ad hoc reviewers and editorial board members and information about the list of titles of the scientific journals indexed by the source of information.

Um dos problemas para desenvolvimento de trabalhos multicêntricos é a falta de protocolos padronizados compatíveis às políticas de saúde, que sejam de fácil entendimento e inserção de dados confiáveis, mesmo por pesquisadores não envolvidos no desenvolvimento do projeto. Por outro lado, algumas políticas de saúde pública não estão sintonizadas às necessidades populacionais nem aos programas de especialização, necessitando, portanto, da criação de cursos de treinamentos objetivos que garantam qualidade de entendimento dos assuntos abordados pelos protocolos. O Brasil possui grande número de portadores de deficiência visual. A reabilitação para portadores de baixa visão é pouco conhecida e praticada pela classe oftalmológica. No país, existe falta de programas de capacitação em Baixa Visão durante a residência médica e não existe sistematização do uso de protocolo multicêntrico para coletar dados confiáveis que permitam o levantamento do perfil nacional da baixa visão. A padronização, registro e intercâmbio dos dados multicêntricos necessários para estudos podem ser obtidos pela utilização de um protocolo para formação de um banco de dados nacional com grande valor para o desenvolvimento de programas em saúde pública. Este estudo teve como objetivo desenvolver e estruturar um protocolo multicêntrico para trabalhos em Baixa Visão, baseado no protocolo adotado pela OMS, com lançamento dos dados via Internet, mantendo a qualidade da informação inserida na ficha de pesquisa. Material e Método: Adequação do protocolo da OMS para a necessidade brasileira, integrado na Web. Desenvolvimento do curso básico de baixa visão, utilizando recursos de teleducação interativa. O protocolo foi preenchido por dois grupos de residentes, mas apenas um deles (grupo B) teve acesso prévio ao curso disponível na Web. O preenchimento dos protocolos foi avaliado por quatro especialistas. Para cada item da ficha de pesquisa foi atribuída uma nota segundo o grau de concordância do preenchimento com o padrão-ouro. Resultado: Foi criado um protocolo simplificado e implementado na Web que pôde ser aplicado em pacientes adultos e crianças, sua utilização não interferiu na rotina do atendimento ambulatorial. O curso foi executado pelo grupo B entre 2 e 3 dias. O nível de melhoria da qualidade das informações inseridas foi medido pela análise comparativa do preenchimento entre os dois grupos. O grupo B apresentou superioridade no preenchimento da ficha de pesquisa. Discussão: A elaboração do protocolo multicêntrico pode ser o ponto inicial para integração e intercâmbio das informações. O lançamento dos dados via Internet possibilita a formação do banco de dados que pode ser incrementado por diversos centros. A construção do programa de teleducação via Internet para a formação objetiva em Baixa Visão é uma ferramenta para difusão dos conhecimentos básicos desta especialidade, garantindo a melhoria das informações inseridas na ficha de pesquisa. A análise dos dados pode favorecer o delineamento do perfil da deficiência visual e estabelecimento de estratégias nacionais de atenção primária. Conclusão: É viável a construção de um protocolo de pesquisa multicêntrica, com dados relevantes sobre deficiência visual, orientado pela necessidade de desenvolver estratégia de política de saúde compatível com o protocolo Internacional. A utilização da Internet para lançamento dos dados possibilitou a formação do banco de dados que pode ser incrementado por diferentes centros oftalmológicos, passando a ter abrangência nacional. A construção do curso de teleducação proporcionou aumento da qualidade da inserção de dados. / One of the problems in the development of multicentric projects is the lack of standardized protocols compatible with health policies, which are easy to understand and to use in recording reliable data even by researchers not involved in developing the project. On the other hand, some public health policies are not in tune wit h the needs of the population or with specialization programs, and require the creation of objective training courses that guarantee the quality of understanding of the topics covered by the protocols. Brazil has a great number of visual impaired individuals. Rehabilitation for Low Vision patients is not well known or widely practiced by ophthalmologists. Besides a lack of professional qualification training programs in Low Vision during medical residency, there is no systematization of use of the multicentric protocol to collect reliable data in order to map out a national profile of Low Vision. Standardization, register, and interchange of the multicentric data necessary for studies can be obtained by the use of a protocol to construct a national data base that would be vital for the development of Public Health programs. This study has the objective of developing and structuring a multicentric protocol for Low Vision projects, based on the protocol adopted by the World Health Organization -WHO, with data entered via the Internet, maintaining the quality of the information inserted on the research form. Material and Method: Adaptation of the Web-integrated WHO protocol to the needs of Brazil, and development of a basic course in Low Vision using interactive Tele-Education resources. The protocol form was completed by two groups of medical residents, but only one of them (Group B) had had prior access to the course available on the Web. The answers to the protocol questions were evaluated by four specialists. For each item on the research form, a grade was attributed according to the degree of agreement with the gold standard. Result: A simplified Web-implemented protocol was developed which could be applied to adult and child patients, and its application did not interfere in the out-patient routine of patient care. The course was taken by Group B for 2 to 3 days. The level of improvement in quality of the information entered was measured by a comparative analysis between the two groups. Group B showed superiority in terms of the answers given on the research form. Discussion: The preparation of a multicentric protocol may be the starting point for the integration and exchange of information. Data insertion via the Internet enables the construction of a data bank that can be incremented by several centers. The Internet-based Tele-Education program for objective professional qualification training in Low Vision is a tool for divulging basic knowledge in this specialty, guaranteeing an improvement in the information entered on the research forms. Analysis of the data may outline the profile of visual deficiency and enable the establishment of national primary care strategies. Conclusion: the construction of a multicentric research protocol with relevant data on visual deficiency is viable, guided by the need to develop a strategy of health care policies compatible with the international protocol. The use of the Internet for data insertion has made it possible to form a data base that can receive information from different ophthalmology centers, thus presenting a national scope. The preparation of the Tele-Education course led to an improvement in the quality of data inserted.

Tese de Mestrado Integrado. Engenharia Informática e Computação. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T18:27:46Z No. of bitstreams: 1 Marcelo Pontes Rodrigues_Dissertação.pdf: 4635613 bytes, checksum: 9ca9b8ed781e241056c8bb8667e2ea9d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T18:27:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo Pontes Rodrigues_Dissertação.pdf: 4635613 bytes, checksum: 9ca9b8ed781e241056c8bb8667e2ea9d (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Vice Direção de Ensino, Informação e Comunicação. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Atualmente, a pesquisa da resistência do vírus da imunodeficiência humana aos antirretrovirais tem grande importância na eficácia do tratamento dos pacientes portadores do vírus. No entanto, os sistemas/ferramentas de informática e bioinformática existentes para o acompanhamento de portadores do HIV-1 não contemplam, de maneira integrada, informações sobre os perfis mutacionais de resistência do vírus, incorporando dados epidemiológicos, clínicos, laboratoriais e terapêuticos, que fornecem maiores subsídios para o sucesso da terapia antirretroviral na supressão do HIV-1. Este trabalho apresenta uma proposta de sistema informatizado, que alia a funcionalidade de um programa de monitoramento de indivíduos soropositivos, desde o diagnóstico até a terapia antirretroviral. Neste sentido, o trabalho descreve o processo de desenvolvimento de um software, aliado a um banco de dados para armazenamento das informações relacionadas ao acompanhamento dos pacientes, que permite agilidade na gestão de informações integradas para os profissionais de saúde. O monitoramento do tratamento, incluindo combinações de antirretrovirais, genotipagem do HIV-1 e sensibilidade às drogas, serão integradas com informações clínicolaboratoriais, permitindo a avaliação da eficácia do tratamento e melhoria da terapia recebida. Informações relacionadas a esquemas imunoprofiláticos e preventivos de doenças oportunistas também serão disponibilizadas. O sistema proposto prevê a utilização de interface Web, Sistema Gerenciador de Workflows Científicos, banco de dados e serviços Web, de modo a oferecer flexibilidade, gerência e interoperabilidade. Tendo como base a necessidade de uma maior agilidade na gerência dos processos, relacionados ao acompanhamento do paciente com HIV/AIDS, idealizamos uma estrutura informatizada que irá auxiliar profissionais de saúde e os pesquisadores na tomada de decisões/intervenções, relacionadas à assistência e tratamento. Desta forma, este sistema possibilitará uma diminuição de gastos com exames e antirretrovirais, assim como, uma melhoria na qualidade de vida dos portadores do HIV/AIDS. Esta ferramenta está sendo implementada para o acompanhamento de soropositivos pelo Instituto de Biologia do Exército. / Currently, the research of the resistance to human immunodeficiency virus (HIV) antiretroviral (ARV) has great importance in the efficacy of treatment of patients with HIV. However, the systems/information technology and bioinformatics tools that exist for monitoring the HIV-1 do not include, in an integrated way, information on the mutational profiles of virus resistance to information incorporating epidemiological, clinical, laboratory and treatment which give higher subsidies to the success of ARV therapy (TART) in suppressing HIV-1. This work presents a proposal for a computerized system that combines the functionality of a monitoring program for seropositive individuals, from diagnosis to TARV. In this sense, the paper describes the process of software development combined with a database for storing information related to the monitoring of patients in order to allow flexibility in the management of integrated information for health professionals. The monitoring of treatment, including combinations of ARVs, HIV-1 genotyping and drug sensitivity will be integrated with clinical and laboratory information, allowing the evaluation of the effectiveness and improving the therapy received. Related information and preventive regimens Immunoprophylactic opportunistic infections will also be available. The proposed scheme includes the use of Web interface, Scientific Workflow Management System (SGWfC), database and Web services, to offer flexibility, management and interoperability. Based on the need for greater agility in the management of processes related to monitoring of patients with HIV/AIDS, we designed a computer structure that will assist health professionals and researchers in making decisions/interventions related to care and treatment. This will also enable a reduction in costs of tests and ARV and a better quality of life of HIV/ AIDS. This tool is being implemented for the monitoring of positives by the Instituto de Biologia do Exército (IBEx).