Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias mención Ciencias Animales / La diarrea neonatal bovina provocada por Cryptosporidium parvum, es una enfermedad parasitaria que produce grandes pérdidas económicas en los rebaños lecheros del mundo. Su principal signo es la presentación de diarrea en bovinos neonatales. menores a 30 días de edad y se caracteriza a una profusa eliminación de ooquistes. El descubrimiento del gen que traduce para la glicoproteína de 60 kDa (gp60) de C. parvum que posee dentro de su genoma un segmento polimórfico hipervariable de codones que traducen para el aminoácido serina, ha servido para el desarrollo de herramientas de epidemiologia molecular por su utilidad para caracterizar distintas subpoblaciones a través de la caracterización de distintos subtipos. En Chile no existen investigaciones basadas en esta glicoproteína y por lo tanto resultó interesante para este trabajo, determinar el o los subtipos presentes en una muestra de heces de bovinos neonatales que presentaron diarrea. Se utilizaron 36 muestras de heces pertenecientes a dos regiones biogeográfica del país: Región Metropolitana (RM) y Región de Los Ríos (RR); previamente diagnósticas como positivas a Cryptosporidium spp mediante tinción de Zielh-Neelsen modificado (ZNm). Las muestras presentaban distinto grado de parasitosis y fueron sometidas a una prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa convencional (PCR) del gen SSU 18S rDNA (18S) para confirmar su positividad. Veinte y nueve (29/36) muestras resultaron positivas a 18S. Las muestras negativas fueron sometidas a una PCR control de amplificación que resultó en la presencia de 5/7 muestras no amplificadas. Las 29 muestras positivas a 18S fueron sometidas a una PCR para amplificar un fragmento del gen gp60, la cual resultó en 15/29 muestras positivas a este gen. Los amplicones producidos en la PCR gp60, fueron secuenciados y analizados mediante programas bioinformáticos. La caracterización molecular dio como resultado la presencia de un reducido número de subtipos de C. parvum: IIaA15G2R1 (13), IIaA17G2R1 (1) y IIaA17G4R1 (1). La presencia del subtipo IIaA15G2R1 concuerda con la literatura internacional en ser el mayormente representado, siendo el único subtipo presente en las muestras de la RR y estar presente en 3/5 de las muestras de la RM. El subtipo IIaA17G2R1 solo ha sido 13 mencionado en dos oportunidades en la literatura internacional en bovinos neonatales, haciendo que esta descripción sea la tercera a nivel mundial. El subtipo IIaA17G4R1 solo ha sido descrito en humanos en la literatura revisada y, por lo tanto, este trabajo haría su primera descripción en bovinos neonatales. Ambos subtipos solo se presentaron en la RM (2/5). Además este estudio confirma la utilidad de la técnica de ZNm al ser más sensible que la PCR 18S en detectar la presencia de Cryptosporidium spp. El presente trabajo fue el primero en determinar el subtipo de C. parvum mediante el secuenciamiento de fragmentos de gp60 en el país y caracterización molecular a través de técnicas bioinformáticas. / Neonatal calf diarrhea caused by Cryptosporidium parvum, it is a parasitic disease that produce mayor economic loses in worldwide dairy herds. The principal sign is diarrhea in preweaned calves accompanied with profuse oocyst shedding. The discovering of the gene that traduce for the 60 kDa glycoprotein of C. parvum which have a polymorphic hypervariable serine codon fragment, has served for the development of molecular epidemiology tools because the utility in the characterization of subpopulations using different subtypes. There are not such investigations in Chile based in this gene and that was interesting for the author of this work to determine different subtype presents in a small sample of feces from neonatal calves. Using 36 samples from two biogeographical districts: Región Metropolitana (RM) and Región de Los Ríos (RR), previously modified Ziehl Neelsen (mZN) positive, distinct parasitic level was present in the samples and a conventional SSU 18S rDNA (18S) Polymerase Chain Reaction (PCR) was made to confirm Cryptosporidium spp. Twenty nine (29/36) samples was 18S positive. Negative samples was submitted to PCR amplification control that turned out in 5/7 not amplified samples. 18S positive samples, was submitted to gp60 PCR that result in 15/29 positive samples. Amplicons produced, were sequenced and analyzed by bioinformatics suites. Molecular characterization of the amplicons shows a reduced number of C. parvum subtypes in the samples: IIaA15G2R1 (13), IIaA17G2R1 (1) y IIaA17G4R1 (1). Presence of the IIaA15G2R1 subtype it is accord with de international scientific communications, the most representative C. parvum subtype. This was confirming in RR, which was the unique subtype describe and in RM was present in 3/5 samples. Subtype IIaA17G2R1 only has mentioned twice in neonatal calf, turning this investigation in the third description of the subtype worldwide. Subtype IIaA17G4R1 only been divulgated once in humans, therefore, this investigation would be the first characterization in bovines worldwide. Both subtype was presents in RM but not in RR. Further, this scientific work confirms the utility of mZN over 18S in terms of sensibility. This actual investigation was the first in it type 15 to characterize C. parvum subtypes in Chile by the sequencing and analyzing of gp60 gene fragments amplicons. / Financiamiento: Proyecto Fondecyt 1121035.

Resumo: Nesta pesquisa foram investigados aspectos anatômicos e biométricos da face flexora dos dígitos de 20 novilhas mestiças da raça Nelore, com idades entre 24 e 36 meses, criadas em sistema extensivo. O material foi proveniente de matadouro sob Fiscalização do Serviço de Inspeção Oficial e mantido sob congelamento a -18°C até o momento da dissecação. Após tricotomia e limpeza das regiões distais ao metacarpo e metatarso, as faces palmar e plantar dos dígitos foram dissecadas in natura e as estruturas anatômicas identificadas e medidas com auxílio de paquímetro universal. As mensurações foram feitas em milímetros (mm) e incluíram o comprimento, a largura e a espessura das estruturas anatômicas digitais. A técnica de dissecação in natura foi considerada útil para a execução deste estudo e as estruturas identificadas e mensuradas incluíram os ligamentos acessórios distais dos paradígitos, ligamentos anulares palmares e plantares, bainha digital tendínea, ligamentos anulares proximais e distais, ligamentos interdigitais distais, tendões flexores digitais superficiais e profundos e a manica flexoria. Os dados biométricos obtidos indicam diferenças (p≤0,05) entre membros, antímeros e dígitos, especialmente nas estruturas anatômicas localizadas distalmente. Devido à escassez de estudos biométricos sobre o assunto, os achados deste trabalho podem servir como valores de referência para a faixa etária de novilhas avaliadas e contribuir em pesquisas morfológicas futuras / Abstract: In the present work anatomic and biometric studies of the distal aspect in the flexor aspect of digits were carried out for 20 cross-breed heifer of Nelore breed aging around 24-36 months raised in an extensive regiment. The materials came from shamble under the Official Fiscalization of Inspect Service and were kept under freezing at -18°C until dissection. After the clipper and cleaning the distal areas, from metacarpus to metatarsus, the structures were dissected and measured by using a universal caliper rule (mm) on length (proximal-distal), widht (abaxial-axial) and thickness (dorso-palmar or dorso-plantar). The dissected structures included the paradigits distal accessories ligaments, palmar and plantar annular ligaments and tendon digital sheath, proximal and distal annular ligaments, interdigital distal ligament, superficial digital flexor tendon and deep digital flexor tendon and manica flexoria. The measured data indicate differences (p≤0,05) among the limb, right, left and respective digits mainly in the more distal analyzed structures. Due to scarcity of biometric studies about this topic, the data found in this work might be useful as a reference for the analyzed group, as well in the anatomic detailed structures which are essential to understanding many of the pathological process of locomotor apparatus in cattle / Orientador: José Wanderley Cattelan / Coorientador: Silvana Martinez Baraldi Artoni / Banca: Julio Carlos Canola / Banca: Claudia Acosta Duarte / Mestre

Orientador: César Roberto Esper / Banca: marcelo Emilio Beletti / Banca: Pietro Sampaio Baruselli / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Humberto Tonhati / Resumo: Este estudo teve como objetivo acompanhar o processo de desenvolvimento testicular desde a fase indiferenciada até sua completa formação. Embriões e fetos de vacas da raça Nelore (Bos taurus indicus) foram obtidos em frigoríficos. Imediatamente após o abate das fêmeas, o útero era aberto e os embriões e fetos coletados. As gônadas e os embriões menores foram fixados em Bouin e processados para microscópica óptica convencional. Foi realizada a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) dos embriões cujo sexo não pode ser identificado macroscopicamente. A crista gonádica foi observada, primeiramente, em um embrião de 1,0 cm de comprimento. Em embriões com 2,5 cm de comprimento, a presença da albugínea permitiu a identificação do sexo. A espessura média da albugínea variou de 29,1 a 558,5 mm. O mediastino encontra-se localizado centralmente. Houve uma diminuição no espaço ocupado pelos cordões testiculares de 63,7 para 42,0% do volume total dos testículos. O seu diâmetro variou de 31,7 a 48,8 mm. O diâmetro das células germinativas (e dos seus núcleos) foi de 12,3 (6,6) a 16,9 (14,2) mm. A quantidade de células germinativas, por corte transversal de cordão, diminuiu de um máximo de 2,8 para 0,8. O número total de células germinativas aumentou de 16, no princípio da colonização da gônada, para 18,3 x 106 no final do estudo. O número de células de Sertoli, por corte transversal de cordão, variou de 10,0 a 16,2. Os resultados obtidos mostram que a origem e a formação dos testículos nos embriões e fetos de vacas da raça Nelore (Bos taurus indicus), ocorrem de forma muito semelhante à descrita para Bos taurus taurus. / Abstract: The aim of this study was to accompany the process of testicular development from the indifferentiable phase to its complete formation. Embryos and fetuses of Nelore breed cows (Bos taurus indicus) were obtained in slaughterhouses near the Uberlandia city, Minas Gerais. As soon as the females were slaughtered, the uterus was opened and the embryos and fetuses gathered. The gonads and the smaller embryos were fixed in Bouin's fixative and afterwards processed for conventional optical microscopy. It was carried out the PCR (Polymerase Chain Reaction) from parts of embryos whose sex could not be identified macroscopically. The gonadal ridge was observed firstly in a 1.0 cm long embryo. In 2.5 cm long embryos the presence of the albuginea allowed the sex identification. The mean thickness of the albuginea ranged from 29.1 to 558.5 mm. Gradually increase of vascularization of the albuginea and parenchyma was observed. The mediastinum was located centrally. There was a decrease in the space occupied by the testicular cords, from 63.7 to 42.0 % of the total testes volume. Its diameter ranged from 31.7 to 48.8 mm. The diameter of germinal cells (and their nuclei) ranged from 12.3 (6.6) to 16.9 914.2) mm. The quantity of germinal cells by cross section of cord decreased from a maximum of 2.8 to 0.86. The total number of germinal cells was from 16 at the beginning of colonization of the gonad to 18.3 x 106 at the end of the study. The number of Sertoli's cells by cross section of cord ranged from 10.0 to 16.2. The results showed that the origin and formation of testes in embryos and fetuses from Nelore breed cows (Bos taurus indicus) does occur in a very similar way to what is described for Bos taurus taurus. / Doutor

Resumo: O temperamento bovino é uma característica geralmente definida por um conjunto de comportamentos dos animais em relação ao homem. Essa característica influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com características de desempenho e qualidade de carcaça e ter relação com aspectos facilitadores do dia a dia do manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. O temperamento (T) apresenta estimativas de herdabilidade de moderadas a baixas e é influenciado por práticas de manejo e condições ambientais, sendo importante o conhecimento de tais fatores para ações de seleção. O relacionamento de características de desempenho, como ganho de peso pós-desmama (GPD) e de biotipo por escores visuais, como conformação (C), precocidade (P) e musculosidade (M), vem sendo utilizado em diversos programas de melhoramento visando a melhor identificar animais de conformação produtiva superior pela associação de desempenho com tipo morfológico. Neste trabalho foram utilizados 33.967 registros de escores de temperamento, GPD, C, P e M de animais da raça Nelore controlados pelo programa de melhoramento genético da Lagoa da Serra Ltda. (PAINT®). Os dados foram analisados utilizando modelo animal, com análises uni e bi-catacterísticas, pelo método de máxima verossimilhança restrita, em que se estimaram parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais para as características, e verificaram os benefícios do uso da medida de temperamento em um programa de melhoramento genético. As herdabilidades estimadas foram 0,18 l 0,02; 0,26 l 0,03; 0,28 l 0,03; 0,33 l 0,03 e 0,35 l 0,03 para T, GPG, C, P e M, respectivamente. Os valores de correlação genética entre temperamento e as outras características mostraram-se de pequena magnitude, mas favoráveis. Os resultados demonstraram que as características podem responder à seleção e que há tendência de resposta correlacionada. / Abstract: Bovine temperament is a trait generally defined by a set of behaviors of the animals in relation to man. This trait has demonstrated influence on productive potential of herds, due to its correlation with performance and quality of carcass traits, as well as a day by day relation with aspects of handling, welfare and security of animals and employees, besides significant reduction on investments or rationalization of these in other production system areas. Temperament has heritability ranging from moderate to low and it is affected by handling practices and environmental conditions, so, it is important to know such factors for selection issues. The relationship between performance traits, as weight gain after weaning (GPD) and biotype for visual scores, as conformation (C), precocity (P) and musculature (M), has been used by several breeding programs aiming better identification of animals showing good productive conformation through the association of performance with morphological traits. Data of score of temperament, GPD, C, P and M recorded on 33,967 Nelore animal pertaining to PAINT®, the Lagoa da Serra Ltda. breeding program were used. The data were analyzed using an animal model, by the Restricted Maximum Likelihood method to estimate genetic, phenotypic and environmental parameters for T, GPD, C, P and M. Uni and bi-trait analyses were carried out for T and GPD, C, P and M to estimate genetic correlation and heritabilites of these traits. The estimates of heritability were 0.18 l 0.02; 0.26 l 0.03; 0.28 l 0.03; 0.33 l 0.03 and 0.35 l 0.03 for T, GPG, C, P and M, respectively. The values of genetic correlation between temperament and the other traits were low, but favorable. The results demonstrated that the traits could respond to selection and, that selection for T could show indirect response on productive traits. / Orientadora: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Luiz Alberto Fires / Banca: Maurício Mello de Alencar / Banca: Joanir Pereira Eler / Mestre

Orientador: Alexandre Amstalden Moraes Sampaio / Coorientador: Antonio Sérgio Ferraudo / Coorientador: Wignez Henrique / Banca: Guilherme Fernando Alleoni / Banca: Selma de Fátima Grossi / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Com objetivo de explorar os padrões de desempenho em confinamento de animais da raça Nelore, quando comparados com outras raças, foram levantados resultados experimentais individuais de bovinos terminados em confinamento, desenvolvidos em diferentes instituições de pesquisa do Sudeste e do Sul do Brasil. Estes compuseram um banco de dados com animais machos castrados e não castrados e com as variáveis: peso na entrada e na saída do confinamento, nível de concentrado na dieta, tempo de confinamento, ingestão de matéria seca (em kg/dia, em porcentagem do peso vivo e em função do peso metabólico), ganho de peso e eficiência alimentar. Primeiramente, os dados foram submetidos à análise de agrupamento por método hierárquico que permitiu uma divisão dos animais em 18 grupos. Posteriormente, a análise de fatores permitiu compreender a natureza e a extensão dos efeitos das diferentes variáveis de desempenho, condensando a informação relevante contida na variabilidade total dos dados originais em três fatores. A seguir, foram adicionados ao banco de dados mais onze experimento, os quais foram analisados conjuntamente utilizando-se a análise de modelos mistos considerando cada experimento como um fator aleatório e, para tal, os animais foram divididos em 4 grupos genéticos, denominados: NELORE (apenas animais da raça Nelore); COMPOSTO (raças Canchim, Santa Gertrudes e Brangus); ZEBU (raças Gir e Guzerá); e EUROPEU (raças Caracu, Hereford e Aberdeen Angus). Foram observadas semelhanças no ganho de peso, quando comparados os animais não castrados e castrados de um mesmo grupo. As ingestões de matéria seca dos animais castrados dos grupos Nelore, Composto e Zebu não apresentaram diferenças estatísticas significativas quando comparados aos animais não castrados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Whit objective to explore the patterns of feedlot performance of Nellore, when compared with other breeds, individual experimental results were collected from feedlot cattle, conducted at different research institutions in Southeast and South Brazil, which comprised a database of male animals castrated and intact and with the variable weight input and output of confinement, the concentrate level in diet, confinement time, dry matter intake (kg / day, percentage of body weight and function of metabolic weight), weight gain and feed efficiency. First, databases were analyzed by hierarchical clustering method that allowed for a division into 18 groups of animals. After this the factor analysis allowed us to understand the nature and extension of the effects of different performance variables condensing the relevant information contained in the total variability of the original data into three factors. The following were added to the database, eleven further experiments which were analyzed together using the mixed model analysis considering each experiment as a random factor, and for this, the animals were divided into four genetic groups, namely: NELLORE (only Nellore); COMPOST (Canchim, Santa Gertrudis and Brangus); ZEBU (Gir and Guzerá) and EUROPEAN (Caracu, Hereford and Aberdeen Angus). Similarities were observed in weight gain when compared to the intact and castrated animals of the same group. The dry matter intake of the Nellore's castrated groups, Zebu and Compost, showed no difference from intact animals. The intact animals of groups European and Compost are more efficient in converting dry matter intake on weight gain, when compared to the castrated animals of their groups. Castrated animals did not differ from the Nellore group in food efficiency. For the exploratory analysis was not possible to characterize... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo - comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Juliana Meola / Resumo: Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / Abstract: The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known / Mestre

Orientador: Mauricio Mello de Alencar / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Resumo: Um maneira de identificar regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é por meio de genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). Essas assinaturas de seleção podem ser identificadas principalmente pelas frequências alélicas, altas e não usuais, dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs, por meio do software AlphaPhase. A reconstrução dos haplótipos e a detecção de assinaturas de seleção recentes foram realizadas por meio do software Sweep v1.1, que faz uso da aplicação da metodologia da homozigose do haplótipo estendido (EHH). A identificação dos genes foi realizada pela localização das regiões de assinaturas de seleção por meio da plataforma Gbrowse UMD 3.1 e a anotação funcional foi conduzida com o auxílio da ferramenta de classificação funcional de genes, disponível no programa DAVID. Foram detectadas mais de 2000 regiões de possíveis assinaturas de seleção recente e 545 genes posicionais. Vários genes foram relacionados com crescimento, metabolismo muscular e adiposo, características reprodutivas e sistema imunológico. Os resultados encontrados podem auxiliar o avança das pesquisas na raça Nelore, como o estudo de associação ampla do genoma das regiões significativas com os fenótipos das características de interesse / Abstract: One way to identify genomic regions controlling complex traits under selection is by genotyping on high density platforms of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Selection signatures can be identified mainly by allele frequencies, unusual high, of adjacent loci to favorable mutations. With the purpose to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle genome, 796 individuals were genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip, which has more than 777,000 SNPs and, after that, phase of SNPs were inferred by AlphaPhase 1.1. Haplotypes reconstruction and detection of recent selection signatures were realized using Sweep v1.1, applying Extended Haplotype Homozygosity methodology (EHH). Gene identification was performed by the location of selection signatures regions through the Gbrowse UMD 3.1 platform and the functional annotation was made using the tool of the functional classification of genes, available in the software DAVID. We detected more than 2,000 possible regions of recent selection signatures and 545 positional genes. Several genes were related to growth, muscle and fat metabolism, immune and reproductive characteristics. These results may help the progress of research in Nellore cattle, as the study of genome-wide association of significant regions with the phenotypes of interest / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: O presente estudo foi desenvolvido a fim de detectar associações entre polimorfismos conhecidos nos genes relacionados com o tecido adiposo e a precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas 1.085 novilhas precoces e não precoces provenientes de fazendas participantes do programa de melhoramento genética da Conexão Delta G. Foram utilizados SNPs do painel de 777.000 SNPs do High Density Bovine SNP BeadChip, localizados dentro da região dos genes candidatos e com uma distância de até 5 Kb, pois sabe-se que com essa distância há desequilíbrio de ligação (LD). Apenas 445 novilhas, precoces e não precoces, foram genotipadas, nas outras 640 foi utilizado o número médio de cópias de cada alelo na população genotipada. Para a análise estatística foram utilizados modelos lineares. Os programas fastPHASE e GenomeStudio foram utilizados para a reconstrução dos haplótipos e análise do LD a partir da estatística r². Foram analisados 54 genes candidatos e um total de 443 SNPs, dentre esses 370 eram formadores de 83 haplótipos e o restante dos SNPs foram estudados isoladamente. As análises estatísticas revelaram que apenas dois haplótipos formados por dois e quatro SNPs localizados no gene FABP4 e PPP3CA e um SNP isolado no gene PPP3CA, tiveram efeito significativo ao nível de p<0,05 para a precocidade sexual. Com isso, pode-se concluir que os genes FABP4 e PPP3CA influenciam a precocidade sexual e, podem desse modo serem considerados em programas de seleção que visem melhorias na precocidade sexual de animais da raça Nelore / Abstract: The aim of this study was to evaluate possible associations between known polymorphisms in genes related to adipose tissue and sexual precocity in Nellore cattle. 1,085 precocious and non-precocious heifers belonging to Delta G Connection (Conexão Delta G) breeding program were analyzed. A subset of SNPs from the panel of High Density Bovine SNP BeadChip of 777,000 SNPs was evaluated. This subset of SNPs is located within a region of candidate genes with a distance up to 5 Kb, since it is considered that in this distance there is linkage disequilibrium (LD). Only 445 precocious and non-precocious heifers were genotyped, for the remained 640, the average number of copies of each allele from the genotyped population, was used. The statistical evaluation was made by linear models. To analyze the reconstruction of haplotypes and LD presence, the fastPHASE and GenomeStudio softwares were used, using r2 procedure. In total, 54 candidate genes and 443 SNPs were analyzed. Among these SNPs, 370 formed 83 haplotypes while the remained SNPs were studied separately. The statistical analyses revealed that only two sets of haplotypes, formed by two and four SNPs located on FABP4 and PPP3CA, and one isolated SNP on PPP3CA gene, had significant effect (p<0.05) for the sexual precocity trait. These results indicate that FABP4 and PPP3CA genes have an influence on sexual precocity of the animals and should be considered in selection breeding programs in Nellore cattle to evaluate this trait / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Foi avaliado o efeito da seleção para crescimento, usando como critério o peso em diferentes idades, ganhos de pesos e índices de seleção, sobre o consumo de energia de animais Nelore, usando um procedimento determinístico. Para o cálculo da resposta à seleção direta e correlacionada, foram estimados parâmetros genéticos por meio de modelos de regressão aleatória. O arquivo de dados, provenientes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), continha registros de peso dos 120 dias até a idade adulta (seis anos de idade) dos animais. A exigência de energia foi calculada por meio de um procedimento determinístico, antes e após a seleção, utilizando os pesos e ganhos de pesos dos animais em equações modificadas do NRC. O efeito da seleção foi avaliado para todos os pesos padrões e ganhos de pesos usualmente utilizados, assim como para 10 tipos de índices de seleção (IND1 a IND10), os quais diferiram entre si pela ponderação dada nos pesos até o abate (positivos) e no peso adulto (PA) (negativos). Adicionalmente, utilizando como parâmetros os índices reprodutivos e de mortalidade para a raça Nelore e, utilizando os dados médios de peso por idade dos animais dos rebanhos estudados como base, foram criados rebanhos simulados, numericamente estáveis. Utilizando-se desses dados, foi possível comparar a quantidade de energia total exigida com o total de quilogramas de carne produzidos para três sistemas de produção: cria, recria e engorda para diferentes categorias animais, antes e após a seleção. O cálculo foi realizado para machos em sistema de produção de cria e completo; fêmeas na fase reprodutiva e para todos os animais em um sistema de cria, recria e engorda. O modelo de regressão aleatória definido como o mais adequado, foi o que considerou os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The selection effect for growth on energy requirement of Nelore animals was evaluated using a deterministic process. The evaluation was made considering weights at different ages and also different selection indices. To calculate direct and correlated response of selection, the genetic parameters were obtained by random regression models. The complete data, from Nelore Cattle Breeding Program (NCBP) had ages from 120 days to mature weight of animals (six years old). The energy requirement was calculated by a deterministic process, before and after selection using weights and weights gains of animals in modified NRC equations. The selection effect was assessed considering all the weights and weights gains usually used in a breeding program and using ten different selection indices (IND1 to IND10) as well, which were different from each other by the sign of the weight, positive for weights until slaughtering and negative for mature weight (MW). Besides, a stable herd was calculated considering reproductive and mortality values of Nellore cattle, and also using the average weight in each age of all the animals. With this information a comparison was possible among the total energy consumption and kilos of meet produced, in three systems of production: cow-calf; growth and slaughtering considering different animals category before and after selection. The evaluation was done for males in a complete and cow-calf system of production; females in a reproduction stage and for all the animals in a complete system of production. The regression model that was considered the most appropriate, was defined as direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects adjusted by an order of quadratic, quadratic, quartic and quadratic polynomials, respectively, and modeled by 5 classes of residual... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor