Orientador: Marcos Rogério André / Coorientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Karina Paes Bürger / Banca: Ana Patrícia Yatsuda Natsui / Resumo: Coxiella burnetii é uma bactéria Gram-negativa intracelular obrigatória, que além de considerado agente zoonótico causador da Febre Q em vários países do mundo, foi classificado como um potencial agente de bioterrorismo. Bovinos, ovinos e caprinos representam as fontes de infecção mais frequentemente associadas à ocorrência da enfermidade em humanos, entretanto animais selvagens também podem atuar como importantes fontes de infecção. Desta forma, o presente estudo tem como objetivo investigar a ocorrência de Coxiella burnetii em ruminantes domésticos e selvagens no Brasil. Para tal, 188 amostras de sangue de cervídeos (143 Blastocerus dichotomus, 11 Ozotocerus bezoarticus, 27 Mazama gouazobira, 4 M. bororo e 3 M. americanum), capturados nos estados de MS, SP e MG, foram submetidas à extração de DNA e, subsequentemente, à nested (n)PCR para C. burnetii baseada no elemento de inserção repetitivo IS1111 do gene heat shock protein (htpAB). Além disso, 169 amostras de soro de cervídeos foram submetidas à Reação de Imunofluorescência para detecção de anticorpos IgG anti-C. burnetii. Amostras de soros de bovinos apresentando desordens reprodutivas foram submetidas às Reações de Vírus Neutralização para BoHV-1 e BVD, Soroaglutinação Microscópica para Leptospira spp., Reação de Imunofluorescência Indireta for C. burnetii e Toxoplasma gondii, e Ensaio de Imunoabsorção Enzimática Indireto para Neospora caninum e Trypanosoma vivax. Todas as amostras de sangue mostraram-se negativas na nP... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Coxiella burnetii is an obligate intracellular Gram-negative bacterium, which, in addition to being considered a zoonotic agent that causes Q fever in several countries of the world, has been classified as a potential bioterrorism agent. Cattle, sheep and goats represent the most frequent sources of infection associated with the occurrence of the disease in humans, however, wild animals can also act as important sources of infection. In this way, the present study aims to investigate the occurrence of Coxiella burnetii in domestic and wild ruminants in Brazil. To this end, 188 cervus blood samples (143 Blastocerus dichotomus, 11 Ozotocerus bezoarticus, 27 Mazama gouazobira, 4 M. bororo and 3 M. americanum), captured in the states of MS, SP and MG, were subjected to DNA extraction and, subsequently to the nested (n) PCR for C. burnetii based on the heat shock protein (htpAB) gene IS1111 insertion element. In addition, 169 cervical serum samples were submitted to Immunofluorescence Reaction for the detection of anti-C. burnetii IgG antibodies. Adicionaly, samples of bovine sera presenting reproductive disorders were submitted to the Virus Reaction Neutralization for BoHV-1 and BVD, Microscopic Soroagglutination for Leptospira spp., Indirect Immunofluorescence Reaction for C. burnetii and T. gondii, and Indirect Enzyme Immunoabsorption Assay for N caninum and T. vivax. All blood samples were negative in nPCR, evidencing absence of circulating DNA of C. burnetii in the sampled c... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Iveraldo dos Santos Dutra / Banca: Ana Carolina Borsanelli / Banca: Vera Lúcia Lorenzetti Magalhães Curci / Resumo: A periodontite é uma infecção multifatorial já descrita em diferentes espécies, dentre elas os ruminantes domésticos. Em bovinos, a doença relaciona-se, dentre outros fatores, a uma microbiota potencialmente patogênica que, em sua maioria, encontra-se alojada no biofilme bucal destes animais. Biofilmes são estruturas organizadas, nas quais os constituintes convivem em cooperativismo metabólico e oferecem benefícios para a sobrevivência da microbiota local. Estas formações podem ser classificadas em supragengivais ou subgengivais, e quando mineralizadas, resultam na formação do cálculo. O cálculo supragengival em bovinos é visualizado como um depósito fortemente aderido ao dente, pigmentado de marrom ou preto que no ser humano e em outras espécies já foi descrito como um fator predisponente às doenças periodontais. O objetivo do presente estudo foi caracterizar estrutural e quimicamente o biofilme supragengival de bovinos utilizando-se das técnicas de microscopia eletrônica de varredura (MEV) e espectroscopia de dispersão de energia (EDS), respectivamente, e relacionar os achados ao quadro clínico bucal dos animais (presença de periodontite). Foram coletados 11 dentes primeiro-molares de diferentes animais; cinco amostras sem pigmentação visível, e seis amostras pigmentadas de preto, que foram submetidas inicialmente a MEV, e posteriormente, foram selecionadas três áreas aleatórias para realização da EDS. Os resultados da MEV revelaram formações estruturais com presença de áre... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontitis is a multifactorial infection already existing in different species, among them domestic ruminants. In bovines, this disease is related, among other factors, to a potentially pathogenic microbiota that, for the most part, is housed in the oral biofilm of the animals. Biofilms are organized structures that favor the survival of the local microbiota. Biofilms can be classified as supragingival or subgingival, and when mineralized, they form the dental calculus. The supragingival calculus in bovines is visualized as pigmented brown or black deposit, already described in humans as a predisposing factor to periodontal diseases. The aim of this study was to characterize the structural and chemical the supragingival biofilm of bovines using scanning electron microscopy (SEM) and energy dispersive spectroscopy (EDS), respectively, and to relate them to the clinical status of the animals (periodontitis). Eleven premolars teeth were collected; five non-pigmented samples, and six black pigmented samples, were initially submitted to SEM and, subsequently, to EDS. SEM images revealed irregular structures similar to mineral deposits. The EDS results showed a relation between the presence of iron (p<0,014) and magnesium (p<0,001) with the occurrence of periodontitis. Regarding pigmentation, carbon (p<0,039), manganese (p<0,007) and iron (p<0,015) were the statistically significant elements. The results of the comparison between the elements, regardless of the periodontal condi... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Marcos Rogério André / Banca: Ana Patrícia Yatsuda Natsui / Banca: Rosangela Zacarias Machado / Resumo: Embora espécies de Anaplasma spp. sejam agentes Rickettsiales altamente difundidos em ruminantes domésticos e selvagens, com ampla distribuição mundial, poucos estudos foram realizados até momento com o intuito de detectar e/ou investigar a diversidade de Anaplasma spp. circulantes em bovinos em Moçambique. No presente estudo, ensaios sorológicos e moleculares foram utilizados para investigar a ocorrência de Anaplasma spp. em 219 bovinos amostrados nos distritos de Boane, Magude, Matutuíne, Moamba e Namaacha em Maputo, Moçambique. No teste iELISA para detecção de anticorpos IgG anti- A. marginale, 86,3% (189/219) das amostras mostraram-se soropositivas. Em ensaios de qPCR para os genes msp1β de A. marginale e msp2 para A. phagocytophilum, 97,3% (213/219) e 2,74% (6/219) dos animais mostraram-se positivos, respectivamente. A combinação de dois protocolos diferentes de cPCR baseados no gene 16S rRNA evidenciou 100% de amostras positivas para Anaplasma spp. Sequências de 16S rRNA filogeneticamente relacionadas a A. platys, A phagocytophilum, 'Candidatus Anaplasma boleense', A. centrale, A. marginale e A. ovis foram detectadas neste estudo. Inferências filogenéticas baseadas nos genes msp4 e msp5 posicionaram as sequências obtidas no clado de A. marginale, com a evidência de circulação de 1 e 2 haplótipos diferentes para cada gene, respectivamente. Anaplasma sp. filogeneticamente associado a A. platys foi evidenciado nas análises filogenéticas baseadas nos genes 16S rRNA e groEL.... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Although species of Anaplasma spp. are widespread Rickettsiales agents in domestic and wild ruminants, showing a worldwide distribution, few studies have been conducted in order to detect and/or investigate the diversity of Anaplasma spp. circulating in cattle in Mozambique. In the present study, serological and molecular tests were used to investigate the occurrence of Anaplasma spp. in 219 bovine sampled in the districts of Boane, Magude, Matutuíne, Moamba and Namaacha in Maputo, Mozambique. In the iELISA test for detection of IgG antibodies to A. marginale, 86.3% (189/219) of the samples were positive. In quantitative Real-time PCR tests targeting the msp1β genes of A. marginale and msp2 for A. phagocytophilum, 97.3% (213/219) and 2.74% (6/219) of the animals were positive, respectively. The combination of two different protocols of conventional PCR targeting the 16S rRNA gene evidenced 100% of positive samples for Anaplasma spp. Sequences of 16S rRNA phylogenetically related to A. platys, A. phagocytophilum, 'Candidatus Anaplasma boleense', A. centrale, A. marginale and A. ovis were detected in this study. Phylogenetic analysis based on msp4 and msp5 genes positioned the obtained sequences in the clade of A. marginale, with the evidence of circulation of 1 and 2 different haplotypes for each gene, respectively. Anaplasma sp. phylogenetically related to A. platys was evidenced in the phylogenetic analyses based on the 16S rRNA and groEL genes. In conclusion,a high diversit... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: O objetivo deste trabalho foi estimar funções de covariância utilizando modelos de regressão aleatória para a análise de medidas repetidas de pesos de bovinos Brahman do Brasil. Parâmetros genéticos foram estimados para 88.788 registros de peso do nascimento aos 744 dias de idade de 17.499 animais provenientes do banco de dados da Associação Brasileira de Criadores de Zebuínos (ABCZ). Os modelos incluíram, como aleatórios, os efeitos genéticos aditivo direto e materno, e ambiente permanente do animal, como fixo o efeito de grupo contemporâneos, e como covariável a idade da vaca ao parto (quadrática) aninhada a classe de idade do animal. As análises de regressão aleatória foram realizadas utilizando polinômio ortogonal de Legendre de quarta ordem para modelar as tendências da média populacional. As variâncias residuais foram modeladas por uma função homogênea e com cinco níveis de classes de idade. Os modelos foram comparados pelos critérios de informação bayesiano de Schwarz (BIC) e Akaike (AIC). O melhor modelo indicado pelos critérios foi o que considerou o efeito genético aditivo direto ajustado por um polinômio quadrático, o efeito genético materno por cúbico, e o efeito de ambiente permanente do animal por cúbico, e a heterogeneidade de variâncias residuais (5 níveis) . As estimativas de herdabilidade para o efeito direto foram maiores ao início e ao final do período estudado, com valores de 0,47 ao nascimento, 0,38 aos 60 e 120 dias, 0,53 aos 205 dias, 0,70 aos 365 dias, 0,76 aos 550 e 0,52 aos 744 dias de idade. As estimativas de herdabilidade materna foram máximas ao nascimento (0,16). As correlações genéticas de maneira geral, exceto para pesos ao nascimento, variaram de moderadas a altas diminuindo conforme o aumento da distância entre as idades. Maior eficiência na seleção para peso pode ser obtida considerando os pesos próximos à desmama ... / Abstract: The objective of this study was to estimate covariance functions using random regression models for repeated measures analysis of weights of Brahman cattle in Brazil. Genetic parameters were estimated for 88,788 records from birth to 744 days of age of 17,499 animals from the database of the Brazilian Association of Zebu Breeders (ABCZ). The models included the random additive direct genetic effects and maternal permanent environment and the animal, as the fixed effect of contemporary group and the covariate age at calving (quadratic) nested class of the animal's age. Regression analyzes were performed using random orthogonal Legendre polynomials of fourth order to model trends in population mean. The residual variances were modeled by a homogeneous function with five levels and age classes. The models were compared by the information criteria Schwarz Bayesian (BIC) and Akaike (AIC). The best model indicated by what criteria was considered the direct genetic effect adjusted by a quadratic polynomial, the maternal genetic effect for cubic and permanent environmental effect of the animal by Cubic, and heterogeneity of residual variances (5 levels). Heritability estimates for direct effect were higher at the beginning and end of the study period, with values of 0.47 at birth, 0.38 at 60 and 120 days to 205 days 0.53, 0.70 at 365 days, 0.76 and 0.52 at 550 to 744 days of age. The maternal heritability estimates were maximal at birth (0.16). Genetic correlations in general, except for birth weights ranged from moderate to high decreases as the distance increases between the ages. Efficiency of selection for weight can be obtained by considering the weights near weaning period in which the estimates of genetic variance and heritability were growing / Mestre

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Aline Costa de Lucio Prado / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Beatriz da Costa Aguiar Alves Reis / Resumo: Doses de sêmen enriquecidas com espermatozoides portadores do cromossomo X são utilizadas na inseminação artificial (IA) e na produção in vitro de embriões (PIVE). Todavia ensaios de campo, utilizando este tipo de sêmen, demonstraram redução na taxa de prenhez, que pode ser justificada pelas injúrias espermáticas durante o processo de sexagem, além de alterações no DNA, interferindo na expressão de genes paternos, afetando o desenvolvimento embrionário e acarretando perda gestacional após 90 dias. Assim, os objetivos desse trabalho foram: comparar a taxa de clivagem e de blastocistos produzidos in vitro utilizando sêmen convencional e sêmen com espermatozoides sexados por citometria de fluxo e verificar a existência de diferenças na expressão de genes relacionados ao reconhecimento da gestação (AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-1, mPGES-2, TNF-α) em embriões produzidos in vitro utilizando os dois tipos de sêmen. Os embriões bovinos foram produzidos por fecundação in vitro, quarenta e oito horas após a fecundação foi avaliada a taxa de clivagem, e no sétimo dia após a fecundação foi avaliada a taxa de blastocisto. Posteriormente esses blastocistos foram submetidos à extração de RNA para a avaliação da expressão gênica. Não foi observada diferença significativa (P>0,05) para as taxas de clivagem e blastocisto entre os grupos experimentais. Em relação ao padrão de expressão, a citometria de fluxo não alterou os níveis de transcritos dos genes AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-2 e TNF-α sugerindo que embriões produzidos com espermatozoides sexados por citometria de fluxo não possuem alterações prejudiciais em genes envolvidos no reconhecimento da gestação. Porém o gene mPGES-1 foi 4,54 vezes menos expresso nos embriões produzidos com espermatozoides sexados por citometria de fluxo, sugerindo a possibilidade de ocorrência de perda gestacional, pois estudos ... / Abstract: Doses of semen enriched with carriers of X chromosome sperm are used in artificial insemination (AI) and in embryos produced in vitro (PIVE). However, field studies using this type of semen demonstrated a reduction in pregnancy rate, which can be justified by injuries during sperm sexing and alterations in DNA, interfering with the expression of paternal genes affecting embryonic development and resulting in pregnancy loss after 90 days. The aims of this study were to compare the cleavage and blastocyst rates produced in vitro using conventional semen and sexed semen by flow cytometry, and check differences in the expression of genes related to pregnancy recognition (AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-1, mPGES-2, TNF-α ) in embryos produced in vitro using the two types of semen. Bovine embryos were produced by in vitro fertilization, forty eight hours after fertilization the cleavage rate was evaluated, and on the seventh day after fertilization the blastocyst rate was performed. Subsequently, these blastocysts were subjected to RNA extraction for evaluation of gene expression. No significant differences (P>0.05) for cleavage and blastocyst rates between the experimental groups were observed. Related to the expression pattern, the flow cytometry did not alter the transcript levels of AKR1B1, PTGS1, PTGS2, mPGES-2 e TNF-α genes, suggesting that embryos produced with sexed semen by flow cytometry do not have detrimental changes in genes involved in pregnancy recognition. However the mPGES-1 gene was expressed 4,54 times less in embryo produced with sexed semen by flow cytometry, suggesting the possibility of pregnancy loss, since studies suggest that are required levels of expression of mPGES for maintenance and recognition of pregnancy / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Coorientador: Henner Simianer / Banca: Fábio Ricardo pablos de Souza / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Marcos Eli Buzanskas / Resumo: Análises de assinaturas de seleção são ferramentas úteis para identificação de padrões genômicos estabelecidos devido às interações humanas com animais domésticos. Em algumas situações, a estratificação dentro de uma raça permite a comparações genômicas entre subpopulações para elucidar assinaturas de seleção. O presente estudo teve o objetivo de analisar a estratificação existente em uma população experimental de bovinos da raça Nelore com três linhas de seleção e revelar assinaturas de seleção pertinentes à seleção direcional para aumento no peso ao sobreano. Para estes fins, foram utilizados animais genotipados com o painel de alta densidade de SNPs (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), sendo 674 animais pertencentes à duas linhas mantidas sob seleção direcional para aumento do peso ao sobreano e 89 animais pertencentes a uma linha mantida sob seleção estabilizadora, baseada na mesma característica. A estratificação populacional foi avaliada pela análise de escalonamento multidimensional da matriz de distâncias genômicas e também pela análise da ancestralidade individual estimada a partir da matriz de marcadores. As assinaturas de seleção foram avaliadas com três métodos complementares, o índice de fixação de Wright (FST), a homozigose do haplótipo estendido entre populações (XP-EHH) e o escore de integração dos haplótipos (iHS). As diferentes abordagens utilizadas na avaliação da estrutura de populações apresentaram elevada consistência, revelando separação da população e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Analyses of selection signatures are valuable tools to identify genomic patterns formed by the interaction between humans and domestic animals. In some situations, the within-breed stratification enables genomic comparisons between groups of the same breed in order to study genetic mechanisms underlying given phenotypes under selection. The current study aimed to analyze the genomic stratification in an experimental population of Nellore cattle that keeps three selection lines, and highlight selection signatures pertinent to the practiced directional selection. To this end, was used a sample of animals genotyped with high density SNPs panel (Illumina® BovineHD beadchip - 777K), being 674 animals from two lines kept under directional selection for higher yearling body weight and 89 animals from one line kept under stabilizing selection based on the same trait. The population structure was assessed with multidimensional analysis based on the genomic distances matrix and with Admixture analyses based on genotype matrix. Selection signatures scans were based on three complementary methods the Wright's fixation index (FST), Cross Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH) and the integrated Haplotype score (iHS). The different approaches used in order to assess the population structure were largely consistent, revealing the population separation in three clusters equivalent to the three selection lines. The line under stabilizing selection was represented by an isolated c... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Josineudson Augusto II Vasconcelos Silva / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Padro Munari / Banca: Rúsbel Raul Aspilcueta Borquis / Resumo: O desempenho medido por características de produção de leite e de eficiência reprodutiva são os principais critérios de seleção nos rebanhos leiteiros devido às consequências diretas na rentabilidade econômica do sistema. O objetivo deste trabalho foi identificar as variáveis que representem a maior parte da variação fenotípica e genética, além de estimar os parâmetros genéticos de características de produção e reprodução. Foram analisados registros de 5.217 matrizes da raça Holandesa utilizando análise de componentes principais (ACP) e análise de fatores (AF). As características avaliadas foram: produção de leite aos 305 dias de lactação (P305), produção de leite por dia de intervalo de partos (PLIEP) e pico de lactação (PICO), intervalo da data do parto ao primeiro cio (I1C), intervalo da data do parto a última cobertura (IUC), intervalo de partos (IP) e duração da gestação (DG). A estrutura de associação das características foi verificada utilizando os métodos ACP e AF para extrair novas variáveis a partir da matriz de correlação dos fenótipos por meio do software estatístico SAS®. Os resultados indicaram que ACP e AF extraíram três e quatro variáveis latentes retendo 81,5 e 88,9% da variação total dos dados, respectivamente. As características que tiveram maior participação nos componentes e fatores selecionados foram P305, PLIEP, PICO, IUC e IP. A característica DG apresentou independência frente ao conjunto de variáveis avaliadas. Parâmetros genéticos foram estimados ut... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The main causes of discard in dairy herds are the milk production and the reproductive efficiency traits due to direct consequences on economic profitability of the system. These two groups of characteristics are interconnected, occurring correlated response when selected some of them. The aim of this study was to evaluate the structure of phenotypic and genetic associations in addition to estimate genetic parameters of production and reproduction traits. Records of 5,217 Holstein cows were analyzed using principal component analysis (PCA) and factor analysis (FA). The traits studied were: 305-day accumulative milk yield (Y305), milk yield per day of calving interval (MYCI) and peak yield (PY), interval between calving and first estrus (CFE) interval between calving and last service (CLS), calving interval (CI), and gestation length (GL).The association structure of the traits was verified using the ACP and AF methods to extract new variables from the phenotypes correlation matrix using statistical software SAS®. The results indicate that ACP and AF managed to extract three and four latent variables explained 81 and 88.9% of the total variance of the dataset, respectively. The principal component analysis was more efficient than the analysis of factors, get summarize the information in fewer latent variables. Genetic parameters were estimated using six different models: standard multi-trait model and five reduced rank models fitting the first 2, 3, 4, 5 and 6 genetic principa... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: André Luís Ferreira Lima / Coorientador: Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: Renato Irgang / Banca: Ignácio Aguilar / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As corridas de homozigose, do inglês "Runs of homozygosity" (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal's genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retain... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Patrícia Tholon / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Danísio Prado Munari / Abstract: Temperament is a trait of notable economic relevance, due to its association with management and productive trait, and can be used as a selection criterion of cattle, requiring identification of environmental factors that influence, as well as the verification of genetic variability and the interrelationship with the other characteristics of interest to the production system. The objective of this study was to estimate genetic, phenotypic and environmental parameters using four measures of temperament evaluated on Canchim cattle. The temperament measures used were: flight speed (TS), composite score of temperament (ECT), total score of temperament (ET) and reactivity (REAT). This study analyzed 2090 information of Canchim cattle from the Canchim farm belonging to Embrapa Pecuária Sudeste, located at São Carlos, SP. The temperament traits were analyzed using an animal model, through bi-trait analyzes. For all traits, the contemporaries group (CG) was formed by animals born in the same year and belonging to the same sex. The evaluations were carried out during the weaning, yearling and long yearling phases. The temperament measures showed heritability estimates ranging from 0,07 (0,142) (TS at weaning) to 0,36 (0,240) (TS at yearling) values of moderate to low magnitude that were influenced by management practices and environmental conditions, being important knowledge such factors for selection actions. The genetic correlation estimates were higher for ETxREAT (1.00 at long ye... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: As medidas de temperamento possuem notória relevância econômica devido a sua associação com características de interesse produtivo. Essas medidas podem ser utilizadas como critérios de seleção de bovinos, requerendo identificação de fatores ambientais que as influenciem, assim como a verificação de variabilidade genética e a inter-relação destas com as demais características de interesse ao sistema de produção. O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais de quatro medidas de avaliação do temperamento de bovinos da raça Canchim. As medidas de temperamento utilizadas foram: tempo de saída (TS), escore composto de temperamento (ECT), escore total (ET) e reatividade (REAT). Neste trabalho foram analisadas 2090 informações de bovinos da raça Canchim provenientes da fazenda Canchim, pertencente à Embrapa Pecuária Sudeste, situada na cidade de São Carlos, SP. As características foram analisadas utilizando-se um modelo animal, por meio de análises bi-característica. Para todas as características, o grupo de contemporâneos (GC) foi formado por animais nascidos no mesmo ano e pertencentes ao mesmo sexo. As avaliações foram realizadas durante as fases de desmama, ano e sobreano. As medidas de temperamento apresentaram estimativas de herdabilidade que variaram de 0,07 (0,142) (TS na desmama) a 0,36 (0,240) (TS, ao sobreano). As baixas magnitudes das estimativas indicam que as características são influenciadas principalmente por práticas de manejo e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Noeme Sousa Rocha / Banca: Julio Lopes Sequeira / Banca: Germano Francisco Biondi / Banca: Rosilene Fressatti / Banca: Antonio Carlos Faria dos Reis / Resumo: Quanto menor o intervalo de tempo entre o achado post mortem e o diagnóstico da tuberculose, mais rapidamente se estabelecerão prioridades de ação frente a decisão sanitária a ser tomada pela Inspeção de Produtos de Origem Animal quanto a carcaça em questão. A citologia por ser um método rápido, de fácil realização e de baixo custo sendo importante instrumento na clínica bovina, especialmente quando usada em conjunto com achados físicos. Foram avaliadas amostras de 41 fragmentos de linfonodos de bovinos de matadouro-frigorífico com avaliação macroscópica e coletado material para exame histológico, citológico e cultura bacteriológica e parte delas analisadas pelo PCR. De 17 linfonodos sem lesões típicas de tuberculose em 9 visualizaram-se células gigantes de Langhans; 4 isolaram-se o M. bovis; sendo duas destas PCR positivo e 4 citologias sugestivas de tuberculose. Resultados deste estudo indicam que nem todos os animais infectados têm lesões macroscópicas observadas na linha de abate. Permitem também concluir que há a necessidade do uso de métodos laboratoriais no auxílio do diagnóstico da tuberculose em matadouros-frigoríficos. / Abstract: The short the time gap between the post mortem found and the tuberculosis diagnosis, the faster wil the action priorities be established towards the sanitary decision to be made by slaughter surveillance concerning the carcass in the issue. Cytology being a fast, rather feasible and low-cost method and important tool in bovine practice, especially when used in conjunction with the physical findings. 41 samples of fragments from bovine lymph nodes coming from slaughterhouse have been analyzed macroscopically and material for histological, cytological and bacteriologic culture has been collected, part of wich has been analyzed by the PCR. Of the 17 lymph nodes with no TB lesions, 9 present giant Langhans cells; in 4 was the M. bovis isolated, 2 of those being PCR positive, and 4, TB suggestive cytology. Results from this study indicate that not all infected animals have macroscopic lesions observed at slaughter line; allowing as well to be concluded, that there is a need for use of laboratorial methods in assisting the diagnosis of tuberculosis in slaughterhouse. / Doutor