Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-27Bitstream added on 2014-06-13T20:43:05Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rj_dr_jabo.pdf: 607358 bytes, checksum: 1336bea4603875e3ea34e119f6764b26 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o objetivo de desenvolver um modelo adequado para a avaliação genética da raça Gir Leiteiro (GL) utilizando-se as produções no dia do controle (PDC), foram analisados registros de controle leiteiro de primeiras lactações de vacas da raça GL e cruzadas com Holandês. Primeiramente, as PDC foram analisadas por modelos multicaracterísticas, onde a produção em cada um dos 10 meses da lactação foi considerada como uma característica diferente. Compararam-se sete modelos: multicaracterísticas padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros 2, 3 ou 4 componentes principais genéticos e três modelos considerando-se uma estrutura de análise fatorial para a matriz de covariâncias genéticas, com 2, 3 ou 4 fatores. Entre os modelos comparados, aquele ajustando os dois primeiros componentes principais foi o melhor de acordo com os critérios de comparação, e diminuiu consideravelmente o número de parâmetros estimados e o tempo gasto para a convergência. Entretanto, ainda assim o número de parâmetros a ser estimado permaneceu grande. Em um segundo estudo, foram comparados modelos de regressão aleatória cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre ou funções Splines lineares. A variância residual foi modelada por 1, 5 ou 10 classes. Cinco classes modelaram as mudanças nas variâncias residuais adequadamente e foram utilizadas na comparação dos modelos. O modelo que utilizou polinômios de Legendre de grau 3 para o efeito genético aditivo e 4 para o de ambiente permanente foi o melhor modelo de acordo com os critérios DIC e BIC. Entretanto, a alta correlação de rank (0,998) entre este modelo e aquele aplicando polinômios de Legendre de grau 3 para os efeitos genético aditivo e de ambiente... / In order to develop a suitable model for genetic evaluation of Dairy Gyr breed (DG) using test-day yields (TD), first lactation TD records from purebred DG and crossbred (DG x Holstein) cows were analyzed. First, the TD were analyzed by multivariate models, where the production in each of the 10 months was considered to be a different trait. The following seven models were compared: standard multivariate model, three reduced rank models fitting the first 2, 3 or 4 genetic principal components, and three models considering a 2-, 3- or 4-factor structure for the genetic covariance matrix. Among the models compared, that one fitting the first two principal components was the best according to the model selection criteria, and markedly reduced the number of parameters estimated and the time spent to reach convergence. However, the number of parameters to be estimated remained high. In a second study, random regression models (RRM) in which additive genetic and permanent environmental effects were modeled using orthogonal Legendre polynomials or linear Spline functions, were compared. Residual variances were modeled considering 1, 5, or 10 classes. Five classes fitted the changes in residual variances adequately and were used for model comparison. According to the DIC and BIC criteria, a model using third-degree and fourth-degree Legendre polynomials for additive genetic and permanent environmental effects, respectively, provided the best fit. However, the high rank correlation (0.998) between this model and that applying third-degree Legendre polynomials for additive genetic and permanent environmental effects, indicates that practically the same bulls would be selected by both models. Therefore, the latter model, which is less parameterized, was used in the other studies components of the thesis. In the following... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Arione Augusti Boligón / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Parâmetros genéticos para produção de leite acumulada até 305 dias (P305) e para produções no dia do controle (PLDC) de varias lactações da raça Gir Leiteiro foram estimados utilizando modelos de regressão aleatória (MRA).Primeiramente, as P305 em várias idades foram analisadas por meio de um modelo de repetibilidade (REP) e de MRA. Com base nos critérios de comparação, o modelo contendo 3, 3 e 4 ordens de ajuste, respectivamente, para os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente, com quatro classes de variâncias residuais, foi o que promoveu o melhor ajuste aos dados de produção de leite ao longo da vida produtiva. Altas correlações de ordem entre os valores genéticos, associadas às coincidências na classificação dos 5% de touros com maior valor genético para P305 nas diferentes idades estimados pelos MRA e pelo REP, indicaram haver pouca variação na classificação dos touros independente do modelo adotado. As produções de leite em diferentes idades podem ser analisadas como a mesma característica. Em um segundo estudo foram analisadas as PLDC das duas primeiras lactações por meio de MRA bi-características, cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem, considerando uma estrutura de cinco classes de variâncias residuais. As estimativas médias de heredabilidade (h2) para as PLDC variaram de 0,24 a 0,38 e de 0,29 a 0,41 na primeira e segunda lactação, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre as PLDC 1, 5 e 10 da primeira lactação com todos os controles das duas lactações foram positivas, sendo maiores com os controles adjacentes dentro da primeira lactação e entre controles de ordem equivalente entre lactações. A seleção com base nas PLDC do meio da primeira lactação aparece como uma estratégia de seleção... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study estimates the genetic parameters for 305-day cumulative yield (305d) and test day yield (TD) of several lactations of Gyr dairy cattle using random regression models (RRM). Firstly, 305d at various ages were analyzed using repeatability (REP) and random regression (RRM) models. Based on the comparison criteria, the 3rd, 3rd and 4th order models fitted best the milk yield data along cattle productive life for the random additive genetic and permanent environmental effects, with four classes of residual variances, respectively. High order correlations between genetic values associated with coincidences in the ranking of 5% of bulls with high genetic value for 305d at different ages estimated by REP and RRM, indicate that there is little variation in bull rankings regardless of the adopted model. Milk yield should be considered as same trait at any age. In a second study, TD of the first two lactations were analyzed using two-trait RRM whose additive genetic and permanent environmental effects were fitted by a fourth order Legendre orthogonal polynomials, considering a five-class residual variance structure. The mean heritability estimates (h2) for the TD varied from 0.24 to 0.38 and 0.29 to 0.41 for the first and second lactation, respectively. Estimates of genetic correlations between TD1, 5 and 10 of the first lactation and all controls of the two lactations were positive and higher with the adjacent controls within the first lactation and between controls of same order between lactations. The selection based on TD of the middle of the first lactation appears as an important selection strategy in order to change lactation curve shape for the first and second lactation. In the final study, the genetic parameters for 305d and two persistence measurements (PS1 and PS2) were estimated using a two-trait RRM. The estimates for h2 were 0.19, 0.12 and 0.41... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Ricardo da Fonseca / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: José Fernando Garcia / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: João Cláudio do Carmo Panetto / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / Abstract: The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production / Doutor

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: André Luís Ferreira Lima / Coorientador: Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Coorientador: Renato Irgang / Banca: Ignácio Aguilar / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: As corridas de homozigose, do inglês "Runs of homozygosity" (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal's genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retain... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-01-22Bitstream added on 2014-06-13T19:42:43Z : No. of bitstreams: 1 gonzalezherrera_lg_dr_jabo.pdf: 1332870 bytes, checksum: 3ed1635fd3223cd54e07fd6270135e04 (MD5) / Parâmetros genéticos para produção de leite acumulada até 305 dias (P305) e para produções no dia do controle (PLDC) de varias lactações da raça Gir Leiteiro foram estimados utilizando modelos de regressão aleatória (MRA).Primeiramente, as P305 em várias idades foram analisadas por meio de um modelo de repetibilidade (REP) e de MRA. Com base nos critérios de comparação, o modelo contendo 3, 3 e 4 ordens de ajuste, respectivamente, para os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente, com quatro classes de variâncias residuais, foi o que promoveu o melhor ajuste aos dados de produção de leite ao longo da vida produtiva. Altas correlações de ordem entre os valores genéticos, associadas às coincidências na classificação dos 5% de touros com maior valor genético para P305 nas diferentes idades estimados pelos MRA e pelo REP, indicaram haver pouca variação na classificação dos touros independente do modelo adotado. As produções de leite em diferentes idades podem ser analisadas como a mesma característica. Em um segundo estudo foram analisadas as PLDC das duas primeiras lactações por meio de MRA bi-características, cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem, considerando uma estrutura de cinco classes de variâncias residuais. As estimativas médias de heredabilidade (h2) para as PLDC variaram de 0,24 a 0,38 e de 0,29 a 0,41 na primeira e segunda lactação, respectivamente. As estimativas das correlações genéticas entre as PLDC 1, 5 e 10 da primeira lactação com todos os controles das duas lactações foram positivas, sendo maiores com os controles adjacentes dentro da primeira lactação e entre controles de ordem equivalente entre lactações. A seleção com base nas PLDC do meio da primeira lactação aparece como uma estratégia de seleção... / This study estimates the genetic parameters for 305-day cumulative yield (305d) and test day yield (TD) of several lactations of Gyr dairy cattle using random regression models (RRM). Firstly, 305d at various ages were analyzed using repeatability (REP) and random regression (RRM) models. Based on the comparison criteria, the 3rd, 3rd and 4th order models fitted best the milk yield data along cattle productive life for the random additive genetic and permanent environmental effects, with four classes of residual variances, respectively. High order correlations between genetic values associated with coincidences in the ranking of 5% of bulls with high genetic value for 305d at different ages estimated by REP and RRM, indicate that there is little variation in bull rankings regardless of the adopted model. Milk yield should be considered as same trait at any age. In a second study, TD of the first two lactations were analyzed using two-trait RRM whose additive genetic and permanent environmental effects were fitted by a fourth order Legendre orthogonal polynomials, considering a five-class residual variance structure. The mean heritability estimates (h2) for the TD varied from 0.24 to 0.38 and 0.29 to 0.41 for the first and second lactation, respectively. Estimates of genetic correlations between TD1, 5 and 10 of the first lactation and all controls of the two lactations were positive and higher with the adjacent controls within the first lactation and between controls of same order between lactations. The selection based on TD of the middle of the first lactation appears as an important selection strategy in order to change lactation curve shape for the first and second lactation. In the final study, the genetic parameters for 305d and two persistence measurements (PS1 and PS2) were estimated using a two-trait RRM. The estimates for h2 were 0.19, 0.12 and 0.41... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-16Bitstream added on 2014-06-13T19:24:32Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_mbd_dr_jabo.pdf: 786611 bytes, checksum: 3c4c4423ce0ad7536fd2c581e6e11536 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG) / Raças zebuínas (Bos taurus indicus) e seus cruzamentos têm papel fundamental na pecuária brasileira, e a raça Gir, em especial, acrescenta rusticidade e produtividade nas suas descendentes leiteiras. A produção in vitro de embriões bovinos é uma biotécnica de alto valor econômico, que, aliada à utilização de sêmen sexado para cromossoma X, possibilita a multiplicação com fêmeas de valor genético superior. Foram realizados dois experimentos com o objetivo de avaliar a produção in vitro (PIV) de embriões de doadoras da raça Gir na Fazenda Experimental da EPAMIG, em Uberaba, MG. O experimento 1 (EXP 1) visou verificar o efeito da ablação do folículo dominante sobre os resultados da PIV. No experimento 2 (EXP 2) os efeitos da estação do ano, idade da doadora, DNA mitocondrial materno e efeito do touro sobre a PIV foram estudados. No EXP 1, 42 multíparas e primíparas foram submetidas à aspiração de oócitos (OPU) a partir dos 15 dias pós-parto e a intervalos de 21 dias, sendo efetuada (65 sessões de OPU) ou não (115 sessões de OPU) a ablação do folículo dominante 3 dias antes da aspiração. Das 198 aspirações realizadas foram coletados 3.884 oócitos viáveis, que resultaram em 1.114 blastocistos. O número médio de oócitos viáveis aspirados e de blastocistos por sessão foi de 20,0 ± 10,6 e de 5,70 ± 4,9, respectivamente. Não foram identificados efeito da ordem de parto e aspiração, do dia após o parto para início da coleta e da condição corporal da doadora nos resultados da PIV. No entanto, a produção de blastocistos por sessão foi superior (5,65±1,02 vs. 3,78±0,97) nas vacas que sofreram ablação do folículo dominante (p<0,05). No EXP 2 foram avaliadas 363 aspirações de 85 doadoras fertilizadas com 23 touros diferentes que geraram 6.084 oócitos viáveis, 2.537 embriões, 1.105 gestações... / Zebu breeds (Bos taurus indicus) and its crosses have an essential role on the Brazilian cattle industry, and the Gyr breed, especially, incorporates hardiness and productivity onto its dairy descendants. The in vitro production of bovine embryos is a biotechnique of high economic value, which, combined to the use of sex-sorted semen bearing X chromosomes, allows for the multiplication of superior genetic value dams. Two experiments were conducted to evaluate the in vitro production (IVP) of embryos from Gyr donor cows at the EPAMIG Research Farm in Uberaba, MG, Brazil. Experiment 1 (EXP 1) aimed to verify the effect of ablation of the dominant follicle on IVP results. In experiment 2 (EXP 2), the effects of season, donor age, mitochondrial DNA and sire on IVP were studied. In EXP 1, 42 multiparous and primiparous cows underwent ovum pick up (OPU) after removal (65 OPU sessions- DFR) or non removal (115 OPU sessions- Control) of the dominant follicle 3 days before aspiration, starting from 15 days postpartum at approximately 21 day-intervals. Of the 180 OPU sessions performed, 3,884 viable oocytes were collected, which resulted in 1,114 blastocysts. The overall average numbers of oocytes aspirated and viable blastocysts per session were 20.0 ± 10.6 ± 4.9 and 5.70, respectively. OPU session, parity, calving to OPU interval and donor body condition did not influence IVP results. However, the production of blastocysts per session was higher (5.65 ± 1.02 vs. 3.78 ± 0.97) in DFR-cows (P <0.05). In EXP 2, a total of 363 OPU sessions from 85 donors was studied. Semen from 23 different bulls was used for in vitro fertilization, yielding 6,084 viable oocytes, 2,537 embryos and 1,105 pregnancies overall. Thirty and sixty-day day pregnancy rates after embryo transfer were 41.7% and 39.5%, respectively... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-11. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:47Z : No. of bitstreams: 1 000845533.pdf: 2245393 bytes, checksum: 5278ffe65b8b2c74810887e8684ffc07 (MD5) / A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeito parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos / The genetic basis of physiological processes underlying milk production traits are not completely understood, and few causal genes and markers associated with these traits have been reported to date. The emergence of the genomics era, efforts for the discovery of single nucleotide polymorphisms (SNPs) are numerous. These markers allow for establishing relationships between differences in economically important traits and specific genomic coordinates. These relationships are confirmed in genome-wide association studies (GWAS), which provide knowledge about genes and chromosomal segments affecting traits of interest that can be further explored in systems biology. Inferences about genomic localtions that are potentially implicated in phenotypic differences rely on a reference genome assembly where genes are annotated. However, genome assembly is a complex task that is prone to errors, and cases of wrong positioning of nucleotide sequences are not rare. Therefore, this thesis aimed at assessing candidate misassembled regions in the reference bovine genome assembly and performing a GWAS for milk traits in Gir cattle (Bos indicus), including milk, protein and fat yield, percentage of protein and fat, and age at first calving, targeting the identication of genomic regions that are potentially related to important aspects of fertility and milk production

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Rui da Silva Verneque / Coorientador: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Annaiza Braga Bignardi / Banca: Anibal Eugênio Vercesi Filho / Resumo: Com o objetivo de desenvolver um modelo adequado para a avaliação genética da raça Gir Leiteiro (GL) utilizando-se as produções no dia do controle (PDC), foram analisados registros de controle leiteiro de primeiras lactações de vacas da raça GL e cruzadas com Holandês. Primeiramente, as PDC foram analisadas por modelos multicaracterísticas, onde a produção em cada um dos 10 meses da lactação foi considerada como uma característica diferente. Compararam-se sete modelos: multicaracterísticas padrão, três modelos de posto reduzido ajustando os primeiros 2, 3 ou 4 componentes principais genéticos e três modelos considerando-se uma estrutura de análise fatorial para a matriz de covariâncias genéticas, com 2, 3 ou 4 fatores. Entre os modelos comparados, aquele ajustando os dois primeiros componentes principais foi o melhor de acordo com os critérios de comparação, e diminuiu consideravelmente o número de parâmetros estimados e o tempo gasto para a convergência. Entretanto, ainda assim o número de parâmetros a ser estimado permaneceu grande. Em um segundo estudo, foram comparados modelos de regressão aleatória cujos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por polinômios ortogonais de Legendre ou funções Splines lineares. A variância residual foi modelada por 1, 5 ou 10 classes. Cinco classes modelaram as mudanças nas variâncias residuais adequadamente e foram utilizadas na comparação dos modelos. O modelo que utilizou polinômios de Legendre de grau 3 para o efeito genético aditivo e 4 para o de ambiente permanente foi o melhor modelo de acordo com os critérios DIC e BIC. Entretanto, a alta correlação de rank (0,998) entre este modelo e aquele aplicando polinômios de Legendre de grau 3 para os efeitos genético aditivo e de ambiente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In order to develop a suitable model for genetic evaluation of Dairy Gyr breed (DG) using test-day yields (TD), first lactation TD records from purebred DG and crossbred (DG x Holstein) cows were analyzed. First, the TD were analyzed by multivariate models, where the production in each of the 10 months was considered to be a different trait. The following seven models were compared: standard multivariate model, three reduced rank models fitting the first 2, 3 or 4 genetic principal components, and three models considering a 2-, 3- or 4-factor structure for the genetic covariance matrix. Among the models compared, that one fitting the first two principal components was the best according to the model selection criteria, and markedly reduced the number of parameters estimated and the time spent to reach convergence. However, the number of parameters to be estimated remained high. In a second study, random regression models (RRM) in which additive genetic and permanent environmental effects were modeled using orthogonal Legendre polynomials or linear Spline functions, were compared. Residual variances were modeled considering 1, 5, or 10 classes. Five classes fitted the changes in residual variances adequately and were used for model comparison. According to the DIC and BIC criteria, a model using third-degree and fourth-degree Legendre polynomials for additive genetic and permanent environmental effects, respectively, provided the best fit. However, the high rank correlation (0.998) between this model and that applying third-degree Legendre polynomials for additive genetic and permanent environmental effects, indicates that practically the same bulls would be selected by both models. Therefore, the latter model, which is less parameterized, was used in the other studies components of the thesis. In the following... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Banca: José Camisão de Souza / Banca: José Luiz Moraes Vasconcelos / Banca: Naiara Zoccal Saraiva / Banca: Cássia Maria Barroso Orlandi / Resumo: Raças zebuínas (Bos taurus indicus) e seus cruzamentos têm papel fundamental na pecuária brasileira, e a raça Gir, em especial, acrescenta rusticidade e produtividade nas suas descendentes leiteiras. A produção in vitro de embriões bovinos é uma biotécnica de alto valor econômico, que, aliada à utilização de sêmen sexado para cromossoma X, possibilita a multiplicação com fêmeas de valor genético superior. Foram realizados dois experimentos com o objetivo de avaliar a produção in vitro (PIV) de embriões de doadoras da raça Gir na Fazenda Experimental da EPAMIG, em Uberaba, MG. O experimento 1 (EXP 1) visou verificar o efeito da ablação do folículo dominante sobre os resultados da PIV. No experimento 2 (EXP 2) os efeitos da estação do ano, idade da doadora, DNA mitocondrial materno e efeito do touro sobre a PIV foram estudados. No EXP 1, 42 multíparas e primíparas foram submetidas à aspiração de oócitos (OPU) a partir dos 15 dias pós-parto e a intervalos de 21 dias, sendo efetuada (65 sessões de OPU) ou não (115 sessões de OPU) a ablação do folículo dominante 3 dias antes da aspiração. Das 198 aspirações realizadas foram coletados 3.884 oócitos viáveis, que resultaram em 1.114 blastocistos. O número médio de oócitos viáveis aspirados e de blastocistos por sessão foi de 20,0 ± 10,6 e de 5,70 ± 4,9, respectivamente. Não foram identificados efeito da ordem de parto e aspiração, do dia após o parto para início da coleta e da condição corporal da doadora nos resultados da PIV. No entanto, a produção de blastocistos por sessão foi superior (5,65±1,02 vs. 3,78±0,97) nas vacas que sofreram ablação do folículo dominante (p<0,05). No EXP 2 foram avaliadas 363 aspirações de 85 doadoras fertilizadas com 23 touros diferentes que geraram 6.084 oócitos viáveis, 2.537 embriões, 1.105 gestações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Zebu breeds (Bos taurus indicus) and its crosses have an essential role on the Brazilian cattle industry, and the Gyr breed, especially, incorporates hardiness and productivity onto its dairy descendants. The in vitro production of bovine embryos is a biotechnique of high economic value, which, combined to the use of sex-sorted semen bearing X chromosomes, allows for the multiplication of superior genetic value dams. Two experiments were conducted to evaluate the in vitro production (IVP) of embryos from Gyr donor cows at the EPAMIG Research Farm in Uberaba, MG, Brazil. Experiment 1 (EXP 1) aimed to verify the effect of ablation of the dominant follicle on IVP results. In experiment 2 (EXP 2), the effects of season, donor age, mitochondrial DNA and sire on IVP were studied. In EXP 1, 42 multiparous and primiparous cows underwent ovum pick up (OPU) after removal (65 OPU sessions- DFR) or non removal (115 OPU sessions- Control) of the dominant follicle 3 days before aspiration, starting from 15 days postpartum at approximately 21 day-intervals. Of the 180 OPU sessions performed, 3,884 viable oocytes were collected, which resulted in 1,114 blastocysts. The overall average numbers of oocytes aspirated and viable blastocysts per session were 20.0 ± 10.6 ± 4.9 and 5.70, respectively. OPU session, parity, calving to OPU interval and donor body condition did not influence IVP results. However, the production of blastocysts per session was higher (5.65 ± 1.02 vs. 3.78 ± 0.97) in DFR-cows (P <0.05). In EXP 2, a total of 363 OPU sessions from 85 donors was studied. Semen from 23 different bulls was used for in vitro fertilization, yielding 6,084 viable oocytes, 2,537 embryos and 1,105 pregnancies overall. Thirty and sixty-day day pregnancy rates after embryo transfer were 41.7% and 39.5%, respectively... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Maria Dulce (mdulce@ndc.uff.br) on 2014-01-29T18:06:51Z No. of bitstreams: 1 Medrado, Joana-Tese-2013.pdf: 4446067 bytes, checksum: 6afc4b2013fd2cc463ae99c29c5f02c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-29T18:06:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Medrado, Joana-Tese-2013.pdf: 4446067 bytes, checksum: 6afc4b2013fd2cc463ae99c29c5f02c3 (MD5) Previous issue date: 2013 / Esta tese investiga o processo de industrialização da pecuária no Brasil Central entre os anos de 1898 e 1928 quando são instalados os frigoríficos no Brasil e quando acontecem as principais importações de reprodutores bovinos da Índia (realizadas por criadores fluminenses e mineiros do Triângulo) gerando polemica com aqueles criadores que defendiam as raças europeias ou a seleção genética do gado bovino nacional. Tais incrementos tecnológicos e produtivos - que fortaleceram o mercado de carne e o mercado de reprodutores em um contexto de aumento das demandas por este alimento no mercado interno e externo - foram os elementos consagrados na escassa historiografia sobre o tema, para definir os marcos da modernização rural brasileira em uma clara adoção do "viés tecnológico" e da "ética do melhoramento". Para recontar essa história reavaliamos o conceito de modernização rural reperiodizando o debate. Analisamos o pensamento sobre o tema no final do século XVIII com a disseminação de livros e manuais sobre o "melhoramento das economias rústicas", para entender o que havia de continuidade e ruptura com o ideal de uma "fazenda moderna" no alvorecer do século XX, baseada nos saberes da zootecnia, veterinária e agronomia gestados ao longo do XIX. Mais do que um avanço de saberes zootécnicos ou resposta automática às demandas do mercado, a mudança no sistema criatório de pastoreio para pecuária reflete uma conjugação de fatores, dentre os quais a disputa por poder entre as elites rurais que queriam voz e espaço no Estado republicano. Nesse sentido vincularam a defesa da pecuária aos seus projetos de nação e modernização rural. / This dissertation investigates the process of industrialization of livestock in central Brazil between the years of 1898 and 1928, when refrigerators are installed in Brazil and when happen the main imports of breeding cattle from India (conducted by “fluminense” farmers and “mineiros” from the Triangle), generating controverse with those the creators who defended the European breeds or the genetic selection in national cattle. Such technological and productive development – which strengthened the market of meat and cattle breeding in a context of increased demands for this food in domestic and foreign markets – were established as the principal elements in the historiography researches on the subject, used to define the milestones of rural modernization in Brazil reflecting a clear option for “technological bias” and “ethic of improvement” as the principal references. To retell this story, we reevaluate the concept of rural modernization, reviving the discussion. We analyze the thinking on the subject, started in the late eighteenth century – with the spread of books and manuals about “improving economies rustic” – to understand continuity and rupture with the ideal of a “modern farm” as the beginning of twentieth century, improved with the knowledge of animal husbandry, veterinary and agronomy gestated during the 1900s. More than a zootecnic knowledge advance or an automatic response to market demands, the change in the system of breeding livestock (pastoreio to pecuária) reflects a combination of factors, such as the power struggle between the rural elites who wanted to be politically represented in the Republic. Accordingly, the connected the defense of their livestock to their national projects, including rural modernization.