Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, Programa de Pós-Graduação em Desenvolvimento Sustentável, 2018. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-05-17T16:53:42Z No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-05-21T15:21:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-21T15:21:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_SheilaNaraBorgesdaSilva.pdf: 1443727 bytes, checksum: 945b24673cb24a4a608435aff547aa9e (MD5) Previous issue date: 2018-05-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / As infecções causadas por microrganismos Gram-negativos são crescentes e preocupantes. Neste contexto, os peptídeos antimicrobianos (PAMs) representam uma classe de moléculas com potencial para atuar como agentes de controle microbiano, pois podem apresentar diferentes atividades funcionais no controle de infecções. A utilização desses compostos associados a diferentes estratégias terapêuticas, como a sua incorporação em sistemas de liberação controlada, pode ser um caminho viável na busca de novos agentes antimicrobianos. No presente trabalho foi realizada a produção heteróloga em sistema procarioto utilizando vetor de expressão pET25b+ modificado de dois peptídeos: Synoeca-MP e Mastoparano-MO, em diferentes construções - com sítio de clivagem e sem este sítio, fusionados a duzentas repetições da sequência codificadora da elastin-like polypeptide (ELP). Após a expressão heteróloga e produção de quatro litros de cada uma das construções, o material foi purificado por histerese térmica, em ciclos a 37ºC e a 4ºC. Seguido desse processo, foi realizada a clivagem da tag de ELP, confirmada por MALDI TOF. Os peptídeos produzidos heterologamente e aqueles produzidos quimicamente, foram avaliados quanto a sua atividade contra uma cepa resistente de K. peneumoniae (KPC1410503). Os testes apresentaram MIC de 80µM com Synoeca-MP-DP, comparado a 40 µM do mesmo peptídeo sintético, enquanto os Mastoparanos, tanto o biossintetizado quanto o sintético não apresentaram resultados de inibição microbiana in vitro. / Infections caused by Gram-negative microorganisms are increasing and worrying. In this context, antimicrobial peptides (AMPs) represent a class of molecules with potential to act as microbial control agents, once they can show many different functional activities and act in infections control. The use of these compounds associated with different therapeutic strategies, such as their incorporation in controlled release systems, may be a viable path in the search for new antimicrobial agents. In the present work the heterologous production was carried out in a prokaryotic system using the modified pET25b+ expression vector. Two peptides: Synoeca-MP and Mastoparano-MO, in different constructions - with the cleavage site and without this site, fused to two hundred replicates of the elastin-like polypeptide (ELP) coding sequence. After the heterologous expression and production of four liters of each construction, the samples were purified by thermic hysteresis, in different cycles of 37ºC and 4ºC. After this procedure, the cleavage of the tag of ELP was performed and confirmed by MALDI TOF. Biosynthesized and synthetically produced peptides were tested their activity against a resistant strain of K. peneumoniae (KPC1410503). The tests showed MIC of 80 μM with Synoeca-MP-DP, compared to 40 μM of the same synthetic peptide, while the biosynthesized and synthetic mastoparans presented no results of microbial inhibition in vitro.

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-05-23T18:55:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação PPGCB.Diego Marques.versão final.ficha catalográfica.pdf: 1282275 bytes, checksum: f4bfca3ba7307797524e0ed6deece88a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-23T18:55:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação PPGCB.Diego Marques.versão final.ficha catalográfica.pdf: 1282275 bytes, checksum: f4bfca3ba7307797524e0ed6deece88a (MD5) Previous issue date: 2015-02-28 / FACEPE / O peixe amazônico tambaqui (Colossoma macropomum) é uma das espécies comerciais mais importantes da atividade piscícola no Brasil ocupando a terceira posição no “ranking” nacional. Doenças são as principais causas de perdas em piscicultura intensiva. A pressão que as técnicas de cultivo exercem sobre o organismo do peixe, torna-o suscetível a ação de patógenos. Dentre os patógenos de importância para a piscicultura destacam-se as bactérias pertencentes ao gênero Aeromonas, sendo agentes etiológicos de diversas patologias, com capacidade de gerar surtos de mortalidades em criações de peixes. O nosso grupo de pesquisa identificou iniciamente a lectina presente no soro do tambaqui (ComaSeL). Lectinas são proteínas ou glicoproteínas que se ligam especifica e reversivelmente a carboidratos. O objetivo deste trabalho foi isolar e identificar espécies de Aeromonas de tambaquis submetidos a estresse por confinamento, e avaliar o perfil de expressão da lectina presente no soro do peixe frente a desafio com espécies de Aeromonas isoladas do tambaqui. Para o isolamento de Aeromonas foram utilizados três peixes submetidos a estresse de confinamento, (permanência em tanque de 1000 L com a lâmina d’água no limiar do dorso do animal por 96 h) e três peixes utilizados como grupo controle (retirados diretamente do viveiro). O isolamento de Aeromonas foi efetuado do tecido branquial e seguiu procedimento padrão de maceração, diluição do macerado em água destilada esterilizada e semeio em meios específicos. A identificação em nível de gênero e espécie seguiu metodologia padrão de testes fisiológicos e bioquímicos. Para o desafio foram selecionadas duas cepas pertencentes a espécies reconhecidamente patógenas (A. caviae e A. bestiarum). Trinta e seis tambaquis foram divididos em três grupos: infectado 1 (desafiado com A. bestiarum), infectado 2 (desafiado com A. caviae) e o grupo controle. O desafio foi feito com a aplicação de 1 mL de uma suspensão de crescimento recente com concentração final de 1,5 x 108 UFC/mL de cada cepa em seu respectivo grupo, e de 1 mL de solução fisiológica no grupo controle. Nos tempos 0, 24, 48 e 72 h três animais de cada grupo foram sacrificados e amostras de sangue foram coletadas. A lectina foi avaliada através da atividade hemaglutinante específica. Ao total foram isoladas 72 cepas pertencentes ao gênero Aeromonas. A maior parte dos isolados (97%) foi obtida dos peixes submetidos ao estresse, confirmando que o estresse favorece a proliferação de patógenos. Houve prevalência das espécies A. bestiarum (48,6%) e A. caviae (37,5%) que são descritas como causadoras de septicemia por Aeromonas móveis. Em relação ao perfil de expressão da lectina, os tratamentos não apresentaram diferenças significativas entre si. Os tratamentos controle e infectado 1 não variaram significativamente entre os tempos. O tratamento infectado 2 apresentou aumento significativo na atividade hemaglutinante específica a partir de 48 h após a infecção. Comparando a atividade hemaglutinante em cada período para os três tratamentos, observou-se que no tratamento 1, 24 h após a infecção, houve diferença significativa na atividade hemaglutinante. Os resultados indicam que A. caviae e A. bestiarum foram capazes de estimular a expressão de lectinas no soro do tambaqui. / The tambaqui (Colossoma macropomum) is one of the most important commercial species of fish activity in Brazil. It offers a great quality of meat, excellent standard of high growth and hardiness, which favors its creation in intensive fish farming. Diseases are the main causes of losses in intensive fish farming. The pressure that cultivation techniques have on the fish’s body makes it susceptible to pathogens action. Among the pathogens of importance to fish there are the bacteria belonging to the genus Aeromonas, being etiological agents of various diseases, capable of generating mortality outbreaks in fish creations. Our research group identified the lectin there is present in the serum of tambaqui (ComaSeL). Lectins are proteins or glycoproteins that bind carbohydrates specifically and reversibly. The objective of this study was to isolate and identify species of tambaqui’s Aeromonas subjected to stress confinement, and evaluate the expression profile of this lectin in fishs infected with Aeromonas species isolated from tambaqui. For the isolation of Aeromonas were used three fish undergoing stress of confinement, held in 1000 L tank with a water depth in the animal's back the threshold for 96 h, and three slaughtered direct from fish nursery. The isolation of Aeromonas was made of gill tissue and followed standard procedure of maceration, dilution macerated in sterile distilled water and sow in specific media. The identification of the genus and species, followed standard methodology of physiological and biochemical tests. For the challenge were selected two strains of recognized pathogenic species (A. caviae and A. bestiarum). Thirty-six tambaquis were divided into three groups: 1 infected (challenged with A. bestiarum), infected 2 (challenged with A. caviae) and the control group. The challenge was done by applying 1 mL of a recent growth in suspension with a final concentration of 1.5 x 108 CFU / mL for each strain in the respective group, and 1 mL of saline control group. At 0, 24, 48 and 72 h three animals from each group were sacrificed and blood samples were collected. The lectin was evaluated by specific hemagglutination activity assay. In total were isolated 72 strains belonging to the genus Aeromonas. The majority of isolates (97%) was obtained from fish subjected to stress, confirming that stress favors the proliferation of pathogens. The prevalence of A. bestiarum (48.6%) and A. caviae (37.5%) that are described as sepsis-causing by mobile Aeromonas. In relation to the lectin expression profile, the treatments were not significantly different from each other. The control treatments and infected 1 did not vary significantly between the times. Treatment infected 2 showed an increase in specific hemagglutination activity from 48 h after infection. Comparing the hemagglutinating activity of each period for the three treatments, It was observed that the treatment 1, 24 h after infection, there was a significant difference in hemagglutination activity. The results indicate that A. bestiarum and A. caviae were capable of stimulating the expression of lectins in serum tambaqui.

Orientador: Julieta Rodini Engracia de Moraes / Coorientador: Jair Rodini Engracia Filho / Banca: Rogério Salvador / Banca: Gilson Pereira de Oliveira / Resumo: Na natureza os bijupirás estão sujeitos à infecção por bactérias, vírus, parasitos e às doenças de origem nutricional. No entanto, dados a respeito dessas doenças em bijupirás em cativeiro são escassos no Brasil e em outros países. As infecções podem causar grandes perdas econômicas, seja pela redução no crescimento, custo de tratamento e morte dos peixes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar os aspectos ictiopatológicos de bijupirás (Rachycentron canadum) criados em tanques-rede no litoral norte do estado de São Paulo (23°48'54"S 45°22'14"O) durante o ano de 2011. As investigações avaliaram a ocorrência de doenças caracterizando sinais clínicos e achados anatomopatológicos de 46 bijupirás coletados nos meses de março, maio, julho e setembro de 2011. Nos resultados do exame bacteriológico foram caracterizados e isolados micro-organismos compatíveis com a bactéria gram-negativa, Photobacterium damselae piscicida. No exame parasitológico foram identificados Neobenedenia melleni e Tuxophorus caligodes. Na análise histopatológica, órgãos como fígado, rins, baço, intestino e cecos pilóricos apresentaram lesões granulomatosas. No fígado e rins prevaleceram lesões como esteatose e degeneração tubular, respectivamente. No baço e nos intestinos foram identificados centros de melanomacrófagos e enterite crônica. As brânquias exibiram áreas de hiperplasia epitelial acompanhada de fusão lamelar, edema subepitelial e proliferação de células mucosas no ápice das lamelas primárias. Neste período houve 97,21% mortalidade atribuída à infecção por Photobacterium damselae piscicida, caracterizada e isolada pelos exames microbiológico e molecular / Abstract: In nature cobias are subject to infection by bacteria, viruses, parasites and diseases of nutritional origin. However, data about these diseases in cobias in captivity are rare in Brazil and other countries. The infections can cause major economic losses, either by reduced growth, cost of treatment and death of fish. The objective of this current study was to characterize ictiopathological aspects of cobias (Rachycentron canadum) farmed in net tanks in north coast of state of São Paulo (23°48'54"S 45°22'14"W) during the year 2011. The research evaluated the occurrence of diseases characterized clinical signs and pathological findings of 46 cobias collected in March, May, July and September 2011. In the results of the bacteriological analysis were characterized and isolated micro-organisms compatible with gram-negative bacterium, Photobacterium damselae piscicida. In parasitological examination was identified Neobenedenia melleni and Tuxophorus caligodes. In the histopathological analysis, organs like liver, kidneys, spleen, intestine and pyloric caecum showed granulomatous lesions. In the liver and kidney prevailed lesions as tubular degeneration and steatosis, respectively. In the spleen and intestines were identified melanomacrophages centers and chronic enteritis. The gills exhibited areas of epithelial hyperplasia accompanied fusion lamellar, subepithelial edema and proliferation of mucosal cells at the apex of the primary lamellae. In this period there was 97,21% mortality attributed to infection by Photobacterium damselae piscicida, isolated and characterized by molecular and microbiological examinations / Mestre

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:01:02Z No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:01:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Scheila de Avila e Silva.pdf: 5973071 bytes, checksum: f889c78c177d3610ab61727477ea5cfc (MD5) / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.

A região promotora é uma sequência de DNA localizada anteriormente à uma região codificante e é responsável por iniciar o processo de transcrição. Deste modo, atua como um elemento regulador. O estudo da regulação da expressão gênica auxilia na compreensão da maquinária vital dos seres vivos, no conhecimento sobre a funcionalidade dos genes em diferentes espécies, na resposta celular frente às mudanças ambientais, entre outras questões. Embora os métodos computacionais para a predição de genes possuam uma boa acurácia o mesmo não é conseguido para os promotores. Esta dificuldade se deve ao tamanho reduzido do promotor e ao padrão pouco conservado, o que gera resultados com alto número de falsos positivos. Esta tese teve como objetivo a utilização de Redes Neurais Artificiais na predição, caracterização e reconhecimento de promotores de bactérias Gramnegativas. Diferente de outros trabalhos, a predição realizada não foi limitada apenas aos promotores dos genes constitutivos; foi realizada também para as demais classes de sequências promotoras. Além da abordagem clássica utilizando a composição de nucleotídeos foram empregados os valores de estabilidade da sequência. De modo a otimizar o aprendizado da Rede Neural e implementar uma ferramenta própria para a predição de promotores, foram extraídas regras de inferência (baseadas no conhecimento produzido durante o treinamento da rede) que foram ponderadas e implementadas em uma nova ferramenta, chamada BacPP. Até o presente, os resultados obtidos com o BacPP foram satisfatórios e comparáveis com a literatura. Os valores de exatidão obtidos com o BacPP para os fatores σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 e σ70 de E. coli foram, 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectivamente. Quando a ferramenta foi aplicada em promotores pertencentes a outras bactérias Gram-negativas, a exatidão geral foi de 76%. Considerando a importância da predição de promotores e a ausência de banco de dados com informações para outras bactérias, implementou-se o IntergenicDB, um banco de dados com diversas informações sobre as sequencias intergênicas e o valor de classificação destas para os diferentes fatores σ bacterianos, conforme os resultados obtidos com o BacPP. / The promoter region is located some few base pairs before a coding region. It is responsible for initiating gene expression process, thus, it can plays a regulatory role. The study about gene expression regulation can assist mainly in the comprehension of complex metabolic network presented by several organisms and cellular answer considering the environment changes. The computational methods to gene prediction have a good accuracy, but this is not achieved in promoter prediction. This difficulty occurs because of the length of the promoter and its degenerate pattern. Those features can explain results with a great number of false positives present in the literature. The present thesis has as its main goal the neural networks applied to Gram-negative promoter prediction, recognition and characterization. Beside the classical approach with the nucleotides of the sequence, the prediction was also made by using stability values. Aiming at developing a own tool for bacterial promoter prediction, the rules extraction was carried out and the results were weighted and implemented. This tool, named BacPP, presents results comparable with the related literature. Currently, the BacPP specific accuracy for σ24, σ28, σ32, σ38, σ54 and σ70 were 86,9%; 92,8%; 91,5%; 89,3%; 97,0%; 83,6%, respectively. Furthermore, when challenged with promoter sequences belonging to other enterobacteria BacPP maintained 76% accuracy overall. Currently, there is no databases dedicated for other Gram-negative promoter than E.coli. For this reason, IntergenicDB was modeled and implemented. This database was projected to collect several pieces of information about the sequences and the organisms to which they belong and, the classification results originated from BacPP for each sequence.

Orientador: Celso Luís Marino / Coorientador: Edson Luís Marino / Banca: Leonardo Novaes Rosse / Banca: Izabel Christina Gava de Souza / Resumo: O setor florestal brasileiro, em grande maioria advindos de plantios de eucalipto, é destaque no mercado de florestas plantadas, tornando-se um dos mais relevantes no cenário global, para produção de matéria-prima para diversas indústrias e consequentemente movimentando a economia do país. Assim, é crescente a necessidade de estudos que visem compreender fatores que afetam diretamente a produção da cultura. Dentre estes fatores, destacam-se os ligados diretamente as doenças bióticas, sendo causadas por diferentes patógenos fúngicos e bacterianos. Nos últimos anos observa-se o aumento gradativo de doenças de origem bacteriana, como as causadas por Ralstonia solanacearum, Xanthomonas sp. e Pseudomonas sp. e mais recente a seca de ponteiros causada por bacterioses. Sendo assim, o presente trabalho realizou a diferenciação entre essas, bem como, buscou o entendimento através da caracterização bioquímica, molecular, patogênica e epidemiológica da bacteriose causadora de seca de ponteiros em eucalipto, a fim de servir como base para tomadas de decisão em práticas de manejo para controle e erradicação. Através desse estudo, conclui-se que o sintoma de necrose apical seguida de seca dos ponteiros do eucalipto é causado pelo complexo de enterobactérias Erwinia psidii e Pantoea eucalypti e que esse causa danos e prejuízos consideráveis para mudas e árvores do gênero. / Abstract: The Brazilian forestry sector in its majority coming from plantations of Eucalyptus has been highlighted in a global scenario due to the large production of raw material to various industries and, thus, driving the economy. Thus, studies aimed at understanding factors that directly affect crop production are extremely relevant. Among these factors, those directly linked to biotic diseases are highlighted, being caused by different fungal and bacterial pathogens. In recent years, it is possible to observe the gradual increase of bacterial diseases, such as those caused by Ralstonia solanacearum, Xanthomonas sp. and Pseudomonas sp. and more recently the die back caused by a bacteriosis. Therefore, the present work seeks to differentiate bacterioses, as well as to understand through the biochemical, molecular and pathogenic characterization of the bacteriosis whith causes die back in eucalyptus, in order to serve as a basis for decision-making in management practices for control and eradication of this disease. Throughout this study, it was possible to conclude that the symptom of apical necrosis followed by the die back in eucalyptus is caused by the complex of enterobacteria Erwinia psidii and Pantoea eucalypti and it causes considerable damages and losses to seedlings and trees of this genus. / Mestre

Orientador: Marcos Rogério André / Banca: Ana Patrícia Yatsuda Natsui / Banca: Rosangela Zacarias Machado / Resumo: Embora espécies de Anaplasma spp. sejam agentes Rickettsiales altamente difundidos em ruminantes domésticos e selvagens, com ampla distribuição mundial, poucos estudos foram realizados até momento com o intuito de detectar e/ou investigar a diversidade de Anaplasma spp. circulantes em bovinos em Moçambique. No presente estudo, ensaios sorológicos e moleculares foram utilizados para investigar a ocorrência de Anaplasma spp. em 219 bovinos amostrados nos distritos de Boane, Magude, Matutuíne, Moamba e Namaacha em Maputo, Moçambique. No teste iELISA para detecção de anticorpos IgG anti- A. marginale, 86,3% (189/219) das amostras mostraram-se soropositivas. Em ensaios de qPCR para os genes msp1β de A. marginale e msp2 para A. phagocytophilum, 97,3% (213/219) e 2,74% (6/219) dos animais mostraram-se positivos, respectivamente. A combinação de dois protocolos diferentes de cPCR baseados no gene 16S rRNA evidenciou 100% de amostras positivas para Anaplasma spp. Sequências de 16S rRNA filogeneticamente relacionadas a A. platys, A phagocytophilum, 'Candidatus Anaplasma boleense', A. centrale, A. marginale e A. ovis foram detectadas neste estudo. Inferências filogenéticas baseadas nos genes msp4 e msp5 posicionaram as sequências obtidas no clado de A. marginale, com a evidência de circulação de 1 e 2 haplótipos diferentes para cada gene, respectivamente. Anaplasma sp. filogeneticamente associado a A. platys foi evidenciado nas análises filogenéticas baseadas nos genes 16S rRNA e groEL.... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Although species of Anaplasma spp. are widespread Rickettsiales agents in domestic and wild ruminants, showing a worldwide distribution, few studies have been conducted in order to detect and/or investigate the diversity of Anaplasma spp. circulating in cattle in Mozambique. In the present study, serological and molecular tests were used to investigate the occurrence of Anaplasma spp. in 219 bovine sampled in the districts of Boane, Magude, Matutuíne, Moamba and Namaacha in Maputo, Mozambique. In the iELISA test for detection of IgG antibodies to A. marginale, 86.3% (189/219) of the samples were positive. In quantitative Real-time PCR tests targeting the msp1β genes of A. marginale and msp2 for A. phagocytophilum, 97.3% (213/219) and 2.74% (6/219) of the animals were positive, respectively. The combination of two different protocols of conventional PCR targeting the 16S rRNA gene evidenced 100% of positive samples for Anaplasma spp. Sequences of 16S rRNA phylogenetically related to A. platys, A. phagocytophilum, 'Candidatus Anaplasma boleense', A. centrale, A. marginale and A. ovis were detected in this study. Phylogenetic analysis based on msp4 and msp5 genes positioned the obtained sequences in the clade of A. marginale, with the evidence of circulation of 1 and 2 different haplotypes for each gene, respectively. Anaplasma sp. phylogenetically related to A. platys was evidenced in the phylogenetic analyses based on the 16S rRNA and groEL genes. In conclusion,a high diversit... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Este trabalho utiliza a Análise de Fluxos Metabólicos para estudar o aumento da eficiência da linhagem Burkholderia sacchari (LFM101) na produção de PHB. Foram avaliadas as eficiências de conversão de açúcares em PHA de LFM101. Esta também foi cultivada em batelada alimentada em reator, apresentando o máximo teórico durante um estado pseudo-estacionário sob oferta de glicose. Estes dados, submetidos ao software Metatool, resultaram em mapa metabólico contendo os fluxos das reações centrais ede PHA ocorrido no experimento. Através do cultivo de LFM101 e C. necator sob oferta de glicose marcada com 13C, determinou-se que estas utilizam as mesmas vias para produção de PHA, não justificando a baixa eficiência de LFM101. Em um projeto paralelo, estudou-se a eficiência da produção de PHB utilizando melaço de cana, glicerol cru e acetato, em produtores de hidrogênio e PHA, onde verificou-se não apenas o aumento de PHA em mutantes nifh- de R. capsulatus mas a interação dos parâmetros luz e nitrogênio a partir das metodologias DOE e RSM. / This work applies Metabolic Flux Analysis to discuss the eficiency of Burkholderia sacchari (LFM101) in PHA production from sugars . Conversion yields of LFM101 and Cupriavidus necator from carbohydrates to PHA were assessed. LFM101 was also grown in reactor fed-batch cultivations, and presented the theoretical maximum in a pseudo-steady stage while grown on glucose. These data were submitted to Metatool and resulted in a metabolic network containing the experimental fluxes of central and PHA metabolism. Cultivation of LFM101 and C. necator under 13C- labeled glucose showed that both species use the same metabolic pathways for the biodegradable polymer synthesis. On a parallel project, the efficiency of biopolymer production from molasses, raw glycerol and acetate in strains producing hydrogen and PHA was tested. Results showed that there was not only an increase in PHA production by R. capsulatus nifH- mutants but also the interaction of light and nitrogen effects were studied by DOE and RSM.

Introdução: Bactérias intestinais influenciam a resposta imune e conhecendo-se as ações imunomoduladoras da vitamina D passou-se a investigar sua relação com a microbiota. O status adequado desta vitamina está associado a uma composição mais saudável da microbiota, enquanto sua deficiência pode acarretar disbiose intestinal, endotoxemia, inflamação e resistência à insulina. O conhecimento de interações do status de vitamina D com a microbiota pode melhorar a compreensão da gênese de doenças crônicas mediadas pela inflamação. Objetivo: Examinou-se a associação da ingestão e concentração de vitamina D com a composição da microbiota fecal, marcadores inflamatórios e perfil bioquímico de participantes do Nutritionists Health Study. Métodos: Nesta análise transversal, 150 adultos jovens foram estratificados em tercis de consumo e de concentração de 25(OH)D e comparados quanto ao perfil clínico e inflamatório. A associação de 25(OH)D com a microbiota (sequenciamento do 16S rRNA, região V4, Illumina® MiSeq) foi testada por regressão linear múltipla. Resultados: A ingestão de vitamina D se associou aos níveis séricos (p < 0,05). Não foram observadas diferenças significantes de variáveis clínicas e inflamatórias entre os tercis de ingestão, exceto tendência de aumento do LPS com a redução da 25(OH)D (p-trend < 0,05). Prevotella foi mais abundante (log2FC 1,67; p < 0,01), e Haemophilus and Veillonella menos abundantes (log2FC -2,92 e -1,46; p < 0,01, respectivamente) no subgrupo com maior ingestão de vitamina D (referência) comparado aos outros grupos (primeiro e segundo tercis). PCR (r = -0,170; p = 0,039), selectina-E (r = -0,220; p = 0,007) e abundância de Coprococcus (r = -0,215; p = 0,008) e de Bifdobacterium (r = -0,269; p = 0,001) foram inversamente correlacionados com 25(OH)D. Após ajustes por idade, sexo, estação do ano e IMC, a 25(OH)D manteve associação inversa com Coprococcus ( = -9,414; p = 0,045) e Bifdobacterium ( = -1,881; p = 0,051), mas a significância desapareceu com a adição de marcadores inflamatórios aos modelos. Conclusão: Associações de ingestão e concentração de vitamina D com abundância de certos gêneros da microbiota sugerem que sua ação imunomoduladora poderia influenciar a composição bacteriana. Abundância relativamente maior de gram-negativos (Haemophilus e Veillonella) pode ter sido facilitada pela baixa ingestão e/ou concentração da vitamina. Menor proporção de bactérias benéficas (Coprococcus e Bifidobacterium) poderia estimular a resposta imune e inflamação. Concluímos que a participação da vitamina D na manutenção da homeostase imune deve ocorrer em parte pelas interações com a microbiota intestinal, embora o delineamento transversal impeça assegurar relações tipo causa-efeito. / Introduction: Gut bacteria influence the immune response and due the immunomodulatory actions of vitamin D, it has been investigated its relationship with the microbiota. Adequate status of this vitamin is associated with adequate composition of the microbiota, while its deficiency can cause gut dysbiosis, endotoxemia, inflammation and insulin resistance. The knowledge of interactions of vitamin D status with the microbiota may improve the understanding of the genesis of inflammation-mediated chronic diseases. Objective: We examined the association of vitamin D intake and concentration with the composition of fecal microbiota, inflammatory markers and biochemical profile of participants from the Nutritionists\' Health Study. Methods: In this cross-sectional analysis, 150 healthy young adults were stratified into tertiles of intake and concentrations of vitamin D and their clinical and inflammatory profiles were compared. The association between 25(OH)D and fecal microbiota (16S rRNA sequencing, V4 region, Illumina® MiSeq) was tested by multiple linear regression.) Results: Vitamin D intake was associated with its concentration (p<0.05). There were no significant differences in clinical and inflammatory variables across tertiles of intake, except for a trend of LPS increases with reduction of 25(OH)D (p-trend <0.05). Prevotella was more abundant (log2FC 1.67; p <0.01), and Haemophilus and Veillonella less abundant (log2FC -2,92 e -1.46; p <0.01, respectively) in subset with the highest vitamin D intake (reference) than that observed in the other subset (first plus second tertiles). CRP (r=-0.170, p=0.039), E-selectin (r=-0.220, p=0.007) and abundances of Coprococcus (r=-0.215, p=0.008) and Bifdobacterium (r=-0.269, p=0.001) were inversely correlated with 25(OH)D. After adjusting for age, sex, season and BMI, the 25(OH)D maintained inversely associated with Coprococcus (=-9.414, p=0.045) and Bifdobacterium (=-1.881, p=0.051), but significance disappeared following the addition of inflammatory markers in the regression models. Conclusion: Association of vitamin D intake and concentration with abundance of certain genera of microbiota suggests that its immunomodulatory action could influence the bacterial composition. Relatively higher abundance of gram-negative (Haemophilus and Veillonella) may have been facilitated by the low intake and/or concentration of the vitamin. Lower proportion of beneficial bacteria (Coprococcus and Bifidobacterium) could stimulate the immune response and inflammation. We conclude that the role of vitamin D in maintaining immune homeostasis should occur in part by interactions with the gut microbiota, although the cross-sectional design does not allow ensuring cause-effect relationships.

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Elisabeth Loschagin Pizzolitto / Banca: Eduardo Bagagli / Resumo: Os estafilococos coagulase-negativa (ECN) estão entre os microrganismos mais envolvidos em infecções nosocomiais, principalmente em recém-nascidos (RN) prematuros e de baixo peso. Entre os fatores de risco para infecções por esses agentes, a produção de um polissacarídeo extracelular e a conseqüente formação do biofilme, permitindo aderência às superfícies plásticas e lisas de cateteres e outros dispositivos médicos desempenham um papel importante. Uma coleção de 100 amostras de ECN, sendo 50 isoladas de pontas de cateteres e 30 de hemoculturas obtidas de RN da Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP e 20 obtidas de fossas nasais de portadores saudáveis foi analisada quanto à produção de biofilme pelos métodos do tubo (TM), ágar vermelho congo (CRA) e através do método quantitativo de aderência a placa de poliestireno (TCP). Esses métodos foram comparados com a pesquisa dos genes icaA, icaD e icaC envolvidos na produção de biofilme em ECN. Das 100 amostras de ECN estudadas, 82% foram positivas pela técnica de PCR, 82% pelo método do tubo, 81% pelo método da placa de poliestireno e 76% pelo CRA. O método de aderência ao tubo (TM) foi o teste que mostrou resultados mais confiáveis, com uma sensibilidade e especificidade de 100% e boa concordância quando comparado a técnica de PCR. Com o objetivo de determinar o papel do biofilme como fator de risco na ocorrência de infecções em RN, 130 amostras de estafilococos coagulasenegativa (ECN) isoladas de recém-nascidos (RN) internados na Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu foram identificadas e classificadas em significativas e contaminantes, baseado em dados clínicos e laboratoriais obtidos dos prontuários dos RN. Foram pesquisados fatores perinatais de risco para infecção, evolução clínica dos RN e antibiotico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Coagulase-negative staphylococci (CNS) are most often associated with nosocomial infections, especially in premature and under weight newborns. The most important pathogenic factor of these microorganisms is the production of extracellular polysaccharide and the consequent formation of biofilm which facilitates their adherence to the surfaces of catheters and other medical devices. A total of 100 clinical isolates of coagulase-negative staphylococci (CNS) isolated from infected medical devices received from the Neonatal Unit, University Hospital, Botucatu Medical Schooll, including 50 isolated from catheter tips, 30 from blood cultures, and 20 collected from the nasal cavity of healthy subjects were investigated in order to evaluate the efficiency of three phenotypic methods of detection of biofilm formation, and also analyze the icaA, icaD and icaC genes, using the PCR method. The clinical isolates were screened by tissue culture plate (TCP), Tube method (TM), and Congo Red Agar (CRA) method. Of the 100 tested isolates, 82% were positive in the PCR method; in the TM, 82%; in the TCP assay, 81%; and 76% in CRA method. The method of adherence to the test tube was shown that more reliable results, with a sensitivity and specificity of 100% and good agreement when compared with the PCR technique. In order to determine the role of biofilm as a risk factor in the occurrence of infections in newborns 130 clinical isolates of CNS were identified and classified as significant and contaminant, based on clinical data obtained from the patients' reports. Perinatal risk factors for infection, clinical evolution and antibiotic therapy for the newborns were studied, as well as the detection of the genes responsible for the production of biofilm in CNS.Of the 130 clinical isolates of CNS, 66 (50.8%) were classified as clinically significant and 64 (49.2%) as contaminant... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre