Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

Submitted by Heitor Rapela Medeiros (heitor.rapela@ufpe.br) on 2015-03-06T14:31:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Mestrado Marcal final - Versao digital 2014.pdf: 1600288 bytes, checksum: 4447766afbde81290b801aeb44281f3c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T14:31:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Mestrado Marcal final - Versao digital 2014.pdf: 1600288 bytes, checksum: 4447766afbde81290b801aeb44281f3c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-08-28 / A emergência de bactérias Gram-negativas com resistência antimicrobiana é uma preocupação de ordem mundial. Diversos estudos vêm mostrando o crescimento desse problema no ambiente hospitalar, especialmente em Unidades de Terapia Intensiva (UTI). OBJETIVOS: Analisar o tempo até o surgimento de bactérias Gram-negativas multidroga resistentes (BGN-MDR) e os fatores de risco para aquisição de infecção/colonização por esses patógenos nos pacientes de duas UTI (uma pública e uma privada) em Recife. A influência desses fatores no tempo até o surgimento da resistência também foi avaliada. METODOLOGIA: Estudo de coorte prospectivo, com análise estatística de sobrevida. Todos os pacientes admitidos no segundo semestre de 2011 nessas duas UTI, que permaneceram internados por mais de 48 horas e cuja família autorizou a participação na pesquisa foram seguidos enquanto estiveram internados na UTI, por um período máximo de tempo de 28 dias, ou até a positivação de cultura/swab para BGN-MDR. Foi coletado swab na admissão e semanalmente, além das culturas solicitadas pela equipe médica assistente, de acordo com suspeita clínica de infecção. Os pacientes foram acompanhados diariamente pelo pesquisador. RESULTADOS: Dos 177 pacientes incluídos no estudo, 56 tiveram cultura ou swab positivos para BGN-MDR, uma taxa de incidência de 3,6 casos/100 pacientes-dia. O tempo mediano de sobrevida até atingir o desfecho foi 14 dias. Entre os fatores de risco, internamento hospitalar prévio, uso de antibióticos nos 30 dias anteriores à admissão na UTI e uso de ventilação mecânica aumentaram o risco de aquisição de BGN-MDR, com significância estatística. CONCLUSÃO: Procedimentos invasivos, como ventilação mecância, uso prévio de antibiótico e internamento hospitalar anterior foram associados a maior risco de surgimento de BGN-MDR, com risco diário aumentado, nos pacientes críticos estudados.

Uma característica associada à capacidade de Pseudomonas aeruginosa sobreviver e disseminar-se frente a situações adversas encontradas no ambiente e no organismo de hospedeiros é a regulação de genes de resposta a condições de estresse celular, que incluem o evento de choque térmico. A exposição do microrganismo a um ambiente de alta temperatura resulta na indução da síntese de proteínas específicas, representadas por chaperonas e proteases, que conferem um aumento da viabilidade celular microbiana em condições consideradas letais. Presume- se que o gene PA 0657 de P. aeruginosa O1 possa estar associado à indução ou supressão do processo transcricional de genes envolvidos na resposta ao choque térmico. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a função do gene PA0657 de P. aeruginosa O1. Para isso, análises bioinformáticas foram realizadas e o gene foi clonado e expresso em sistema bacteriano, produzindo uma proteína recombinante que foi purificada e caracterizada enzimaticamente. Além disso, uma linhagem de P. aeruginosa O1 com o gene PA0657 rompido por recombinação homóloga foi construída, sendo submetida, juntamente com a linhagem selvagem, a uma condição de estresse térmico, permitindo que a expressão de diversos genes associados ao evento de choque térmico pudessem ser avaliadas por qRT-PCR. Os resultados mostraram que a proteína recombinante PA0657 foi capaz de degradar adenosina trifosfato (ATP), dependente do íon Zn2+. Foi possível verificar também que a linhagem rompida perdeu a capacidade de produzir o pigmento piocianina quando crescida em meio cetrimida e não apresentou seu fenótipo mucóide. Em análise in silico observou-se que a região promotora do gene PA0657 é dependente de σ32 e a análise de expressão gênica evidenciou uma diminuição de expressão do gene rpoH na linhagem selvagem de PAO1 após choque térmico, sendo este gene significativamente expresso na linhagem rompida. Observou-se também um acentuado aumento na expressão do gene algU, nestas mesmas condições, na linhagem selvagem PAO1, com ausência de expressão na linhagem rompida. É possível concluir, dessa forma, que o gene PA0657 exerce participação importante no processo de regulação de resposta ao choque térmico e está relacionado com a conversão do fenótipo mucóide. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES / A feature associated with the ability of Pseudomonas aeruginosa survive and dissemination in adverse conditions found in the environment and in hosts‘ organisms is a specific genes regulation of stress response, including heat shock event. The exposure of microorganisms to a high temperature environment results in the induction of synthesis os specific proteins, represent by chaperones and proteases, conferring an increase og the microbial cell viability under conditions considered lethal. . It is presumed that the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 can be related to the induction or suppression of transcriptional process of genes that are involved in a response to heat shock. In this context, the aim of this work was to characterize the function of the PA0657 gene of P. aeruginosa O1. In this way, bioinformatic analyzes were performed and the gene was cloned and expressed in bacterial system, producing recombinant protein which was purified and enzymatically characterized. Moreover, the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 strain was disrupted by homologous recombination. The wild type strain and the disrupted strain were submitted to a thermal stress and the expression of various genes associated with heat shock event could be evaluated by qRT -PCR. The results showed that the PA0657 recombinant protein was capable of degrading adenosine triphosphate (ATP) of Zn2+ dependent manner. It was also verified that the ruptured strain lost its ability to produce pyocyanin pigment when grown on cetrimide means and its mucoid phenotype. It was possible to find in computational analysis that the promoter region of the PA0657 gene is dependent on σ32. The gene expression analysis showed a decrease in expression of the rpoH gene in the wild type strain after heat shock, this gene is significantly expressed in the disrupted strain. A significant increase in expression of the algU gene was observed, on the wild type strain with absence of expression in the disrupted strain. Therefore, it was possible to conclude that the PA0657 gene cts in the regulatory process of thermal shock response and is related to the conversion of the mucoid phenotype.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-12-02T21:00:28Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sanay Feitosa Lima.pdf: 1448310 bytes, checksum: 5f834ba306b1fec92af1d35b4e7fc328 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-12-03T18:39:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sanay Feitosa Lima.pdf: 1448310 bytes, checksum: 5f834ba306b1fec92af1d35b4e7fc328 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-12-03T18:47:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sanay Feitosa Lima.pdf: 1448310 bytes, checksum: 5f834ba306b1fec92af1d35b4e7fc328 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T18:47:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sanay Feitosa Lima.pdf: 1448310 bytes, checksum: 5f834ba306b1fec92af1d35b4e7fc328 (MD5) Previous issue date: 2015-07-30 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The plants belonging to the family Loranthaceae are popularly known as ervas-de- passarinho. Among the various plants known belonging to this family, there is Oryctanthus alveolatus, which sparked interest due to the few phytochemicals and microbial studies with this plant. Microorganisms are mostly seen as pathogenic agents, especially fungi and bacteria. However, they are also useful in the production of chemicals such as antibiotics and antitumor. Among the existing fungi, endophytic fungi are microorganisms that inhabit the interior of plants bringing benefits to them. So the aim of this study was to obtain and evaluate the antimicrobial activity of crude extracts of 29 isolated endophytic fungi of the leaves and stems of Oryctanthus alveolatus species, in the face of pathogenic Gram-positive Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis and Gram-negative Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli. All extracts were subjected to antimicrobial assay using agar diffusion test at concentrations of 0,5 μg.μL-1 and 1000 μg.mL-1. Only three extracts; Coa 007, 009a and 014, were able to inhibit bacterial growth of one or more strains tested at 1000 μg.mL-1. Subsequently, the active extracts were tested at concentrations of 200, 500, 700, 800 and 900μg.mL-1, and the Coa 007 extract showed the CIM values of 900 μg.mL-1 for the bacteria E. coli and P. aeruginosa and CIM of 1000 μg.mL-1 for the bacteria S. aureus. The Coa 009a extract showed CIM of 1000 μg.mL-1 for S. aureus and E. coli bacteria and Coa 014 extract showed CIM in the amount of 900 μg.mL-1 for E. coli and 1000 μg.mL-1 for the bacteria P. aeruginosa and S. aureus. The other fungi tested did not inhibit bacterial growth. Fungi in the extracts were active, they were also evaluated the morphological point of view. The Coa 007 and Coa 014 fungi presented macromorfológicas initially similar characteristics: both possessed white coloring, with algodonosa and opaque texture. Over time, the Coa 007 now presents beige-pink color reverse, differentiating Coa 014 that pasou to present pink pigmentation spots, with reverse part of beige. The Coa 009a initially presented black color, becoming black-gray, cotton wool spots, and reverse the black colony. / As plantas pertencentes à família Loranthaceae são popularmente conhecidas como ervas- de-passarinho. Entre as mais diversas plantas conhecidas pertencentes a essa família, destaca-se Oryctanthus alveolatus, na qual despertou o interesse, devido aos poucos estudos fitoquímicos e microbianos realizados com esta planta. Os microrganismos são em sua maioria, vistos como agentes fitopatogênicos, principalmente fungos e bactérias. Entretanto, eles também são úteis na produção de substâncias químicas, como antibióticos e antitumorais. Dentre os fungos existentes, os fungos endofíticos são microrganismos que habitam o interior das plantas trazendo benefícios às mesmas. Assim o objetivo desse trabalho foi obter e avaliar a atividade antimicrobiana dos extratos brutos de 29 fungos endofíticos isolados das folhas e caules da espécie Oryctanthus alveolatus, frente às bactérias patogênicas Gram-positivas Staphylococcus aureus e Staphylococcus epidermidis e Gram-negativas Pseudomonas aeruginosa e Escherichia coli. Todos os extratos foram submetidos a ensaio antimicrobiano utilizando teste de difusão em ágar nas concentrações de 0,5 μg. μL-1 e 1000 μg.mL-1. Apenas três extratos; Coa 007, 009a e 014, conseguiram inibir o crescimento bacteriano de uma ou mais cepas testadas na concentração de 1000 μg.mL-1. Posteriormente, os extratos ativos foram testados nas concentrações de 200, 500, 700, 800 e 900 μg.mL-1, sendo que o extrato Coa 007 apresentou CIM nos valores de 900 μg.mL-1 para as bactérias E. coli e P. aeruginosa e CIM no valor de 1000 μg.mL-1 para a bactéria S. aureus. O extrato Coa 009a apresentou CIM no valor de 1000 μg.mL-1 para as bactérias S.aureus e E.coli e o extrato Coa 014 apresentou CIM nos valores de 900μg.mL-1 para a bactéria E. coli e 1000 μg.mL-1 para as bactérias P. aeruginosa e S. aureus. Os demais fungos testados não inibiram o crescimento bacteriano. Os fungos, em que os extratos apresentaram atividade, também foram avaliados do ponto de vista morfológico. Os fungos Coa 007 e Coa 014 apresentaram características macromorfológicas inicialmente parecidas: ambos possuiam coloração branca, com textura algodonosa e opaca. Com o tempo, o Coa 007 passou a apresentar coloração reversa bege-rosa, diferenciando do Coa 014 que pasou a apresentar pontos de pigmentação rosa, com parte reversa de cor bege. O Coa 009a apresentou inicialmente coloração preta, tornando-se negro-acinzentado, algodonoso, e reverso da colônia negro.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-19T15:07:55Z No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-19T15:08:50Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-19T15:08:50Z (GMT). No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Gram-negative bacteria, such as Klebsiella pneumoniae, have LPS in their membranes, a component that triggers inflammatory process, by cells of the host immune system such as macrophages (MA), produced cytokines, chemokines and lipid mediators. Inflammation is important in preventing microorganisms, but the exacerbation can cause serious tissue damage. Indeed, MA are also important in the control of infections, phagocytosis and death of microorganisms. Membrane lipids have been the subjects of studies to development of new pharmacological therapies (Membrane Lipid Therapy - MLT). On this way, lipid of surfactant liquid (LS) were target to development pulmonary MLT. Among the most abundant phospholipids in LS, we found POPC, a phosphatidylcholine (PC), the oxidized phospholipids product, such as PaldoPC. In this work, our aim was to evaluate the effects of LS-derived PCs on modulation of polarization (M1 and M2), inflammatory and phagocytic activity of macrophages against K. pneumoniae. Our results demonstrated that POPC and PaldoPC increase NO production when M1 are stimulated with LPS. Indeed, the treatment with PC increased the production of inflammatory cytokines and chemokines in the M0 and M1 profile, post LPS-stimulated. The increment on inflammatory mediators production by MA treated with PC, correlated with the increased on gene expression of TLR2, TLR4, and MYD88. The treatment with POPC increased phagocytosis of K. pneumoniae, corroborating with the increased production of PGD2. However, PaldoPC inhibited the phagocytosis and increased the production of PGE2. Our data suggest that PC did not have inflammatory effect direct on MA, but increased the MA response against LPS, increasing expression of innate immune receptors, and modulation of prostaglandins production; influenced the pulmonary microenvironment immune response. / Bactérias Gram-negativas, como Klebsiella pneumoniae, possuem LPS em suas membranas, componente responsável por desencadear processo inflamatório por células do sistema imune como os macrófagos (MA), produzindo citocinas, quimiocinas e mediadores lipídicos. A inflamação é importante no combate aos microrganismos, mas a exacerbação deste evento pode causar sérios prejuízos ao tecido. Da mesma forma, os MA são importantes no controle de infecções, atuando na fagocitose e morte de microrganismos. Os lipídios de membrana têm sido alvo de estudos para o desenvolvimento de novas terapias farmacológicas (Terapia de Lipídios de Membrana - TLM). Neste sentindo, os lipídios do líquido surfactante (LS) são alvos para desenvolvimento de TLM pulmonar. Dentre os fosfolipídios mais abundantes do LS, encontramos o POPC, uma fosfatidilcolina (PC), e também seus produtos oxidados, como PaldoPC. Neste trabalho, nosso objetivo foi avaliar os efeitos das PC derivadas do LS na modulação da polarização (M1 e M2), atividade inflamatória e fagocítica de MA contra K. pneumoniae. Nossos resultados demonstram que POPC e PaldoPC aumentaram a produção de NO nos M1 estimulados com LPS. Da mesma forma, o tratamento com as PC aumentaram a produção de citocinas e quimiocinas inflamatórias no perfil M0 e M1 pós-estimulados com LPS. O aumento da produção de mediadores inflamatórios nos MA tratados com PC, correlacionou com o aumento da expressão gênica de TLR2, TLR4, e MYD88. Além disso, o tratamento com POPC aumentou a fagocitose de K. pneumoniae, corroborando com o aumento produção de PGD2. No entanto, o tratamento com PaldoPC inibiu a fagocitose, e aumentou a produção de PGE2. Nossos dados sugerem que PC não tem efeito inflamatório direto sobre MA, mas, potencializa a resposta de MA com LPS, aumentando a expressão de receptores da imunidade inata e modulando a produção de prostaglandinas; influenciando a resposta imune do microambiente pulmonar.

Este trabalho utiliza a Análise de Fluxos Metabólicos para estudar o aumento da eficiência da linhagem Burkholderia sacchari (LFM101) na produção de PHB. Foram avaliadas as eficiências de conversão de açúcares em PHA de LFM101. Esta também foi cultivada em batelada alimentada em reator, apresentando o máximo teórico durante um estado pseudo-estacionário sob oferta de glicose. Estes dados, submetidos ao software Metatool, resultaram em mapa metabólico contendo os fluxos das reações centrais ede PHA ocorrido no experimento. Através do cultivo de LFM101 e C. necator sob oferta de glicose marcada com 13C, determinou-se que estas utilizam as mesmas vias para produção de PHA, não justificando a baixa eficiência de LFM101. Em um projeto paralelo, estudou-se a eficiência da produção de PHB utilizando melaço de cana, glicerol cru e acetato, em produtores de hidrogênio e PHA, onde verificou-se não apenas o aumento de PHA em mutantes nifh- de R. capsulatus mas a interação dos parâmetros luz e nitrogênio a partir das metodologias DOE e RSM. / This work applies Metabolic Flux Analysis to discuss the eficiency of Burkholderia sacchari (LFM101) in PHA production from sugars . Conversion yields of LFM101 and Cupriavidus necator from carbohydrates to PHA were assessed. LFM101 was also grown in reactor fed-batch cultivations, and presented the theoretical maximum in a pseudo-steady stage while grown on glucose. These data were submitted to Metatool and resulted in a metabolic network containing the experimental fluxes of central and PHA metabolism. Cultivation of LFM101 and C. necator under 13C- labeled glucose showed that both species use the same metabolic pathways for the biodegradable polymer synthesis. On a parallel project, the efficiency of biopolymer production from molasses, raw glycerol and acetate in strains producing hydrogen and PHA was tested. Results showed that there was not only an increase in PHA production by R. capsulatus nifH- mutants but also the interaction of light and nitrogen effects were studied by DOE and RSM.

O estresse oxidativo, causado por níveis aumentados de espécies reativas de oxigênio (ROS), pode causar danos celulares. Várias enzimas, como as subunidades da alquil-hidroperóxido redutase (AhpC e AhpF) e as superóxido dismutases (SOD), são responsáveis por remover as ROS. Os mecanismos de regulação da expressão gênica de C. crescentus para os genes ahpC, sodA, sodB e sodC, foram analisados com fusões de transcrição ao gene repórter lacZ, permitindo a quantificação da expressão por ensaios da atividade de b-galactosidase, e RT-PCR quantitativo. As culturas foram cultivadas em meio PYE ou M2 e a expressão de cada gene foi avaliada na presença de peróxido de hidrogênio (H2O2), tert-butil hidroperóxido (tBOOH), paraquat, menadiona, pirogalol, FeSO4 ou DDPi. Em C. crescentus ahpC é induzido por peróxidos e regulado por OxyR. As SODs são induzidas principalmente por superóxidos, sodB e sodC possuem indução de fase na fase estacionária e possivelmente estão sob o controle do sigma J, enquanto o gene sodA é regulado por sigma F e sigma J. / Oxidative stress, caused by increased levels of reactive oxygen species, can lead to damage in all cellular components. Several enzymes, as subunit of alkyl hydroperoxide reductase (AhpC and AhpF) and superoxide dismutases (SOD), are responsible for removing ROS. Mechanisms of gene expression of C. crescentus for genes ahpC, sodA, sodB and sodC, were evaluated with transcription fusions with the lacZ reporter gene were constructed, allowing the quantification of expression by b-galactosidase activity assays, furthermore we analyze of the gene expression by qRT-PCR assay. The cultures were grown in PYE and M2 media, and gene expression was evaluated in the presence of hydrogen peroxide (H2O2), tert-butyl hydroperoxide (tBOOH), paraquat, menadione, pyrogallol, FeSO4 or DPPi. In C. crescentus ahpC is induced by peroxides and is under the control of OxyR. The SODs are mainly induced by superoxide, sodB and sodC are induction in stationary phase and are possibly under the control of sigma J, while the sodA gene is regulated by sigma F and sigma J.

O presente trabalho teve como objetivo realizar um estudo de vigilância epidemiológica de bactérias MR em isolados obtidos de amostras de búfalo de bubalinocultura e em animais de estimação apresentando sinais e sintomas clínicos de infecção urinária. O estudo relata resultados inéditos referentes à disseminação de bactérias MR, com alto índice de resistência a antimicrobianos de uso clínico e do agronegócio, constituindo o primeiro reporte mundial da emergência de cepas de Escherichia coli produtoras de <font face=\"Symbol\">b-lactamases de amplo espectro (ESBL) do tipo CTX-M-8 e AmpC plasmidial (pAmpC) CMY-2 na bubalinocultura e a presença de cepas de E. coli produtoras de ESBL do tipo CTX-M-15, CTX-M-8 e CTX-M-2, e pAmpC CMY-1, CMY-2 e DHA-1 em animais de companhia é relatada pela primeira vez no Brasil. Nos isolados de E. coli ESBL positivos, não foi constatada relação clonal. As cepas isoladas de búfalos pertencem aos grupos A e B1 e em animais de companhia foram identificados predominantemente os grupos filogenéticos de alta virulência B2 e D. / This study aimed to conduct an epidemiological surveillance on MDR among Gram-negative bacilli recovered from samples from buffalo and in pets exhibiting signs and symptoms related to urinary tract infection. The study reports the spread of MDR bacteria exhibiting a high resistance profile to veterinary- and human-use <font face=\"Symbol\">b-lactams and quinolones, in livestock of buffalos and in pets, constituting the first worldwide report of CTX-M-8-type extended-spectrum <font face=\"Symbol\">b-lactamase (ESBL)- and CMY-2-type plasmid AmpC (pAmpC)-producing E. coli strains in buffalo. Moreover, to the best of knowledge, this is the first report of CTX-M-15-, CTXM-8-, CTX-M-2, CMY-1, CMY-2- and DHA-1-producing E. coli strains in pets in Brazil. With respect to the origin of resistance, we found no clonal relatedness among MDR. E. coli isolates from buffalos belonging to groups A and B1 and in companion animals, the phylogenetic analysis of virulence in E. coli denoted the predominance of the highly virulent phylogenetic groups B2 and D.

A cana-de-açúcar (Saccharum sp.) é uma planta que ocupa posição de destaque entre as culturas de importância econômica no cenário internacional, principalmente no Brasil, que é o maior produtor mundial. O estudo da diversidade microbiana associada a plantas, principalmente aquelas com interesse comercial, apresenta-se como importante alternativa para melhorar as características e a sustentabilidade destas culturas. Neste sentido, bactérias endofíticas e rizobactérias tem sido alvo de muitos estudos, pois apresentam efeitos benéficos para as plantas, como promoção de crescimento e inibição de patógenos. Um dos grupos de bactérias que colonizam a cana-de-açúcar é composto por espécies do gênero Burkholderia. Este gênero é composto de bactérias que podem ser encontradas em diferentes nichos ecológicos, como o solo, a água, ou em associação com plantas, fungos, e outros animais, além de humanos. Na interação bactéria-planta, as espécies de Burkholderia podem colonizar a rizosfera e o interior das raízes hospedeiro, onde podem estimular o crescimento do vegetal, contribuir para sua nutrição, como também protegê-lo da ação de fitopatógenos. Sendo assim, isolados de Burkholderia spp. do interior das raízes (endofíticos) e da rizosfera de cana-de-açúcar foram avaliados quanto à capacidade de fixar nitrogênio, produzir AIA, sideróforos, enzimas de interesse biotecnológico, solubilizar fosfato inorgânico e inibir patógenos desta cultura. Estes isolados também foram caracterizados geneticamente por análise de restrição e seqüenciamento dos genes 16S rDNA e gyrB, além da caracterização genotípica por BOX-PCR. Os resultados indicam que os isolados possuem potencial para promoção de crescimento vegetal, inibição de patógenos e produção de lipases. Filogeneticamente, a maioria dos isolados pertencem ao complexo Burkholderia cepacia com similaridade à B. cepacia e B. cenocepacia. Considerando a ocorrência dos isolados como endófitos ou rizosféricos, as metodologias fenotípicas e genotípicas não foram capazes de distinguir os membros componentes destas comunidades. Este trabalho evidencia a ampla associação deste grupo com cana-de-açúcar, e destaca as possíveis aplicações que tais bactérias podem ter no cultivo e sustentabilidade desta cultura. / Sugarcane (Saccharum spp.) occupies a position of prominence among the economically important crops in the international scene, mainly in Brazil, which is the world\'s largest producer. The study of microbial diversity associated with plants, especially those with commercial interest, presents itself an important alternative to improve the performance and sustainability of these crops. In this sense, endophytic bacteria and rhizobacteria has been target of many studies, since they have beneficial effects for plants, such as plant growth promotion and inhibition of pathogens. One of the bacterial groups that colonize sugarcane is composed of species of the genus Burkholderia. This genus is composed of a bacterium that can be found in different ecological niches, such as soil, water, or in association with plants, fungi and other animals, as well as in humans. In the association bacterium-plant, the species of Burkholderia can colonize the rhizosphere and the inside of the host roots, which can stimulate the growth of the plant, contributing to its nutrition, but also protects it from the action of phytopathogens. Thus strains of Burkholderia spp. isolated from the inside of the roots (endophytic) and from the rhizosphere of sugarcane were evaluated for the ability to fix nitrogen, produce IAA, siderophores, enzymes of biotechnological interests, solubilize inorganic phosphate and inhibits pathogens of the same crop. These strains were also genetically characterized by the analysis of enzymatic restriction and sequencing of 16S rDNA and gyrB genes, in addition to the characterization by genotypic technique BOX-PCR. The results indicate that the strains have potential for plant growth promotion, inhibition of pathogens and production of lipases. Phylogenetically, the isolates were affiliated to Burkholderia cepacia complex, with mainly similarity to B. cepacia and B. cenocepacia. Considering the occurrence of isolated as endophytes or rhizosphere, the genotypic and phenotypic methods were not able to distinguish the members of these communities. This research work demonstrates the broad association that this group has with sugarcane, and highlights the possible applications that these bacteria may have in cultivation and sustainability of this crop.

A cana-de-açúcar (Saccharum sp.) é uma planta que ocupa posição de destaque entre as culturas de importância econômica no cenário internacional, principalmente no Brasil, que é o maior produtor mundial. O estudo da diversidade microbiana associada a plantas, principalmente aquelas com interesse comercial, apresenta-se como importante alternativa para melhorar as características e a sustentabilidade destas culturas. Neste sentido, bactérias endofíticas e rizobactérias tem sido alvo de muitos estudos, pois apresentam efeitos benéficos para as plantas, como promoção de crescimento e inibição de patógenos. Um dos grupos de bactérias que colonizam a cana-de-açúcar é composto por espécies do gênero Burkholderia. Este gênero é composto de bactérias que podem ser encontradas em diferentes nichos ecológicos, como o solo, a água, ou em associação com plantas, fungos, e outros animais, além de humanos. Na interação bactéria-planta, as espécies de Burkholderia podem colonizar a rizosfera e o interior das raízes hospedeiro, onde podem estimular o crescimento do vegetal, contribuir para sua nutrição, como também protegê-lo da ação de fitopatógenos. Sendo assim, isolados de Burkholderia spp. do interior das raízes (endofíticos) e da rizosfera de cana-de-açúcar foram avaliados quanto à capacidade de fixar nitrogênio, produzir AIA, sideróforos, enzimas de interesse biotecnológico, solubilizar fosfato inorgânico e inibir patógenos desta cultura. Estes isolados também foram caracterizados geneticamente por análise de restrição e seqüenciamento dos genes 16S rDNA e gyrB, além da caracterização genotípica por BOX-PCR. Os resultados indicam que os isolados possuem potencial para promoção de crescimento vegetal, inibição de patógenos e produção de lipases. Filogeneticamente, a maioria dos isolados pertencem ao complexo Burkholderia cepacia com similaridade à B. cepacia e B. cenocepacia. Considerando a ocorrência dos isolados como endófitos ou rizosféricos, as metodologias fenotípicas e genotípicas não foram capazes de distinguir os membros componentes destas comunidades. Este trabalho evidencia a ampla associação deste grupo com cana-de-açúcar, e destaca as possíveis aplicações que tais bactérias podem ter no cultivo e sustentabilidade desta cultura. / Sugarcane (Saccharum spp.) occupies a position of prominence among the economically important crops in the international scene, mainly in Brazil, which is the world\'s largest producer. The study of microbial diversity associated with plants, especially those with commercial interest, presents itself an important alternative to improve the performance and sustainability of these crops. In this sense, endophytic bacteria and rhizobacteria has been target of many studies, since they have beneficial effects for plants, such as plant growth promotion and inhibition of pathogens. One of the bacterial groups that colonize sugarcane is composed of species of the genus Burkholderia. This genus is composed of a bacterium that can be found in different ecological niches, such as soil, water, or in association with plants, fungi and other animals, as well as in humans. In the association bacterium-plant, the species of Burkholderia can colonize the rhizosphere and the inside of the host roots, which can stimulate the growth of the plant, contributing to its nutrition, but also protects it from the action of phytopathogens. Thus strains of Burkholderia spp. isolated from the inside of the roots (endophytic) and from the rhizosphere of sugarcane were evaluated for the ability to fix nitrogen, produce IAA, siderophores, enzymes of biotechnological interests, solubilize inorganic phosphate and inhibits pathogens of the same crop. These strains were also genetically characterized by the analysis of enzymatic restriction and sequencing of 16S rDNA and gyrB genes, in addition to the characterization by genotypic technique BOX-PCR. The results indicate that the strains have potential for plant growth promotion, inhibition of pathogens and production of lipases. Phylogenetically, the isolates were affiliated to Burkholderia cepacia complex, with mainly similarity to B. cepacia and B. cenocepacia. Considering the occurrence of isolated as endophytes or rhizosphere, the genotypic and phenotypic methods were not able to distinguish the members of these communities. This research work demonstrates the broad association that this group has with sugarcane, and highlights the possible applications that these bacteria may have in cultivation and sustainability of this crop.