Este trabalho descreve a construção de plasmídeos para expressão e ancoragem de proteínas de alta afinidade a íons Hg2+ e As5+. Os genes merR e arsR de C. metallidurans foram inseridos no vetor que contém o sistema para expressão e ancoragem de proteínas heterólogas em bactérias Gram-negativas originando os plasmídeos pCM-Hg e pCM-As. MerR e ArsR foram produzidas sob comando do promotor pan. E. coli recombinantes apresentaram resistência 100% superior a Hg2+ e As5+. C. metallidurans/pCM-As apresentou MIC > Na3As02 1000 mM sendo a Gram-negativa com maior capacidade de sobrevivência a íons As5+. Os plasmídeos elevaram a sobrevivência das bactérias estudadas, podendo ser usados para aumentar índices de sobrevivência e fornecer viabilidade a outras cepas. Células recombinantes apresentaram capacidade de adsorver Hg2+ ou As5+ do meio em níveis superiores às linhagens selvagens. As bactérias descritas são excelentes candidatas para biorremediação. Este trabalho apresenta pela primeira vez a ancoragem da proteína ArsR na superfície celular de um micro-organismo. / This work describes the construction of plasmids for expression and anchoring of high affinity proteins to Hg2+ or As5+ ions. C. metallidurans merR and arsR genes were inserted into the vector which contains the system for expression and anchoring of heterologous proteins in Gram-negative bacterias origining the plasmids pCM-Hg and pCM-As. MerR and ArsR were produced under pan promoter command. Recombinant E. coli showed resistance 100% higher to Hg2+ and As5+. C. metallidurans/pCM-As showed MIC > Na3As02 1000 mM being the most resistance Gram-negative able to survive in As5+ sites. The plasmids increased the studied Gram-negatives bacterial surviving and they can be utilized in other strains to increase the surviving levels and supply viability. Recombinant cells showed ability for adsorption of Hg2+ or As5+ from the media in enhanced levels as compared to the wild type. The described bacterias are excellent candidates for bioremediation. This work presents for the first time the cell surface display of ArsR protein on a microorganism.

O presente trabalho teve como objetivo realizar um estudo de vigilância epidemiológica de bactérias MR em isolados obtidos de amostras de búfalo de bubalinocultura e em animais de estimação apresentando sinais e sintomas clínicos de infecção urinária. O estudo relata resultados inéditos referentes à disseminação de bactérias MR, com alto índice de resistência a antimicrobianos de uso clínico e do agronegócio, constituindo o primeiro reporte mundial da emergência de cepas de Escherichia coli produtoras de <font face=\"Symbol\">b-lactamases de amplo espectro (ESBL) do tipo CTX-M-8 e AmpC plasmidial (pAmpC) CMY-2 na bubalinocultura e a presença de cepas de E. coli produtoras de ESBL do tipo CTX-M-15, CTX-M-8 e CTX-M-2, e pAmpC CMY-1, CMY-2 e DHA-1 em animais de companhia é relatada pela primeira vez no Brasil. Nos isolados de E. coli ESBL positivos, não foi constatada relação clonal. As cepas isoladas de búfalos pertencem aos grupos A e B1 e em animais de companhia foram identificados predominantemente os grupos filogenéticos de alta virulência B2 e D. / This study aimed to conduct an epidemiological surveillance on MDR among Gram-negative bacilli recovered from samples from buffalo and in pets exhibiting signs and symptoms related to urinary tract infection. The study reports the spread of MDR bacteria exhibiting a high resistance profile to veterinary- and human-use <font face=\"Symbol\">b-lactams and quinolones, in livestock of buffalos and in pets, constituting the first worldwide report of CTX-M-8-type extended-spectrum <font face=\"Symbol\">b-lactamase (ESBL)- and CMY-2-type plasmid AmpC (pAmpC)-producing E. coli strains in buffalo. Moreover, to the best of knowledge, this is the first report of CTX-M-15-, CTXM-8-, CTX-M-2, CMY-1, CMY-2- and DHA-1-producing E. coli strains in pets in Brazil. With respect to the origin of resistance, we found no clonal relatedness among MDR. E. coli isolates from buffalos belonging to groups A and B1 and in companion animals, the phylogenetic analysis of virulence in E. coli denoted the predominance of the highly virulent phylogenetic groups B2 and D.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4441.pdf: 1203185 bytes, checksum: 175865816686da28004a3a17cf8153ce (MD5) Previous issue date: 2011-07-27 / Currently there is great concern about the quality and food contamination. All food marketed "in nature" may have some kind of contamination by microorganisms can be or not pathogenic for those who consume them. The contamination can occur throughout the production chain until it reaches the final consumer. In addition to the health problem, contamination can contribute to reducing the shelf life of products "in nature." A product that can act in this chain, improving the hygiene of foods such is propolis, that since ancient times has been used to battle infections. Known as a natural antibiotic is widely used in veterinary and human medicine as well as industries such as food, pharmaceutical, cosmetics and others. Propolis is derived from a mixture of plant resins, collected by bees, and its therapeutic action is associated with a high content of flavonoids. In Brazil, the green propolis is considered the that hve best antibacterial efficiency. Thus, this study sought to characterize and identify the action of green propolis, produced in the southern state of Minas Gerais, on gram-negative bacilli collected from horticultural and from results obtained propose a possible form of incorporate extracts of propolis in horticultural production chain for the purpose of cleaning the places where food is transported, stored, and the hygiene of such foods. We evaluated the action of propolis on the bacilli collected by obtaining growth curves in the presence of propolis and the disk diffusion method, with the aim of finding the minimum concentration of propolis extract able to inhibit or delay the growth of these bacilli and that do not change the taste, smell and color of food where the propolis was applied. / Atualmente há uma grande preocupação com a qualidade e a contaminação dos alimentos. Todos os alimentos comercializados in natura podem ter algum tipo de contaminação por microrganismos podendo ser ou não patogênicos para os que os consomem. A contaminação pode acontecer em toda cadeia de produção até chegar ao consumidor final. Além do problema sanitário, a contaminação pode contribuir para a diminuição do tempo de prateleira de produtos in natura . Um produto que pode atuar nesta cadeia, melhorando a higiene dos alimentos como os hortifrutigranjeiros é a própolis que desde a antiguidade tem sido usada para combater infecções. Conhecida como um antibiótico natural é muito utilizada na medicina veterinária e humana além de indústrias como alimentícia, farmacêutica, cosmética entre outras. A própolis é originada a partir de uma mistura de resinas de plantas, coletada pelas abelhas, sendo que sua ação terapêutica está associada ao seu alto conteúdo de flavonóides. No Brasil, a própolis verde é considerada a de melhor eficiência na ação antibacteriana. Assim, neste trabalho buscou-se caracterizar e identificar a ação da própolis verde, produzida na região Sul do estado de Minas Gerais, sobre bacilos gram-negativos coletados em hortifrutigranjeiro e a partir dos resultados obtidos propor uma possível forma de incorporar os extratos de própolis na cadeia de produção de hortifrutigranjeiros com a finalidade de higienização dos locais onde os alimentos são transportados, armazenados, além da higienização de tais alimentos. Avaliou-se a ação da própolis sobre os bacilos coletados por meio da obtenção de curvas de crescimento na presença de própolis e pelo método de difusão de disco, com o objetivo de se encontrar a mínima concentração de extrato de própolis capaz de inibir ou retardar o crescimento destes bacilos e que não altere o sabor, cheiro e cor dos alimentos onde a própolis fora aplicada.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-10-26T14:23:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mayara Regina Pereira - 2015.pdf: 2344518 bytes, checksum: 121abb85c9406f07753d362631b51eda (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-26T14:46:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mayara Regina Pereira - 2015.pdf: 2344518 bytes, checksum: 121abb85c9406f07753d362631b51eda (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-26T14:46:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Mayara Regina Pereira - 2015.pdf: 2344518 bytes, checksum: 121abb85c9406f07753d362631b51eda (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-04-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Environmental surfaces and items for non-critical health health facilities are in important reservoirs of pathogenic and multiresistant bacteria. This study aimed to analyze the contamination of environmental surfaces and products for non-critical health by gram-negative rods (GNR) as a risk factor for the health of workers in the dressing rooms in básica.Trata is an epidemiological study attention the analytical type, held from May 2013 to June 2014 in five dressing rooms. The collection was through swabs with subsequent microbiological evaluation of the specimens. Of the 61 sites analyzed, 11 (18.0%) had positive culture for BGN with 13 microorganisms isolated. Of these, eight (61.5%) were identified as belonging to the family Enterobacteriaceae: two Serratia ficaria, Serratia odorifera two biogroup II, an Escherichia vulneris, one Enterobacter aerogenes, Citrobacter diversus and one aglomerans Pantoea, which showed resistance, ampicillin (50.0%), cefotaxime (50.0%), cefoxitin (37.5%), carbapenems (37.5%), amoxicillin / clavulanic acid (12.5%). As for the gram-negative non-fermenting rods (GNNFR), we identified five (38.5%) bacteria: Four Stenotrophomonas maltophilia and Pseudomonas stutizeri. All GNNFR were sensitive to carbapenems. It is concluded that the microbiological profile of isolates higher prevalence of Enterobacteriaceae, including emerging species of epidemiological importance to infections. These findings in the ambience after processing represent a risk factor of these agents for health workers. As for the factor of risk for workers against contamination by gram negative environmental surfaces and products for health stands out eventual colonization and infection of workers in the event of imunocomprometimentos future, besides acting as a disseminator of these micro-organisms. / Superfícies ambientais e artigos para saúde não críticos de estabelecimentos de saúde constituem-se importantes reservatórios de bactérias patogênicas e multirresistentes. Este estudo teve como objetivo, analisar a contaminação de superfícies ambientais e produtos para saúde não críticos por bastonetes gram-negativos (BGN) como fator de risco para a saúde de trabalhadores das salas de curativos na atenção primária a saúde. Trata-se de um estudo epidemiológico, do tipo analítico, realizado de maio de 2013 a junho de 2014 em cinco salas de curativos. A coleta se deu por meio de swabs com subsequente avaliação microbiológica dos espécimes. Dos 61 sítios analisados, 11 (18,0%) apresentaram cultura positiva para BGN, com 13 micro-organismos isolados. Desses, oito (61,5%) foram identificados como pertencentes à família Enterobacteriaceae: duas Serratia ficaria, duas Serratia odorifera biogrupo II, uma Escherichia vulneris, uma Enterobacter aerogenes, uma Citrobacter diversus e uma Pantoea aglomerans, os quais apresentaram resistência à ampicilina (50,0%), cefotaxima (50,0%), cefoxitina (37,5%), carbapenens (37,5%), amoxacilina/ácido clavulânico (12,5%). Quanto aos bastonetes gram-negativos não fermentadores (BGNNF), identificaram-se cinco (38,5%) bactérias: quatro Stenotrophomonas maltophilia e uma Pseudomonas stutizeri. Todos os BGNNF foram sensíveis aos carbapenens. Concluiu-se que o perfil microbiológico dos isolados demonstrou maior prevalência de Enterobacteriaceae, incluindo espécies emergentes, com importância epidemiológica para as infecções. Tais achados na ambiência, após seu processamento, representam um fator de risco desses agentes para os trabalhadores da saúde. Quanto ao fator de riscos para trabalhadores frente a contaminação por gram negativos de superfícies ambientais e produtos para saúde destaca-se a colonização e eventual infecção do trabalhador em caso de futuros imunocomprometimentos, além de atuar como veiculador desses micro-organismos.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T15:41:01Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Késia Cristina de Oliveira Batista - 2016.pdf: 2882952 bytes, checksum: 8ca4241645e2fbd94d861045795c419e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T15:41:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Késia Cristina de Oliveira Batista - 2016.pdf: 2882952 bytes, checksum: 8ca4241645e2fbd94d861045795c419e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T15:41:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Késia Cristina de Oliveira Batista - 2016.pdf: 2882952 bytes, checksum: 8ca4241645e2fbd94d861045795c419e (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This was an epidemiological, cross-sectional analytical study, performed in a Higher Education Institution (HEI) of Goiás/Brazil, with data collection from July to October 2014. Data were collected through a structured questionnaire and biological material collection (nasal swab). The level of nasal cavity colonization of DS teachers by Enterobacteriaceae was considered high (22.0%), with 14.6% of professionals being colonized by multiresistant microorganisms. These results were associated with inadequate personal habits and provide evidence for broadening the discussion of this issue among DS and directing strategies for controlling the biological risk for dentistry workers. / Trata-se de um estudo epidemiológico, transversal e analítico, realizado em uma Instituição de Ensino Superior (IES) de Goiás/Brasil, com coleta dos dados de julho a outubro de 2014. Os dados foram obtidos mediante aplicação de questionário estruturado e coleta de material biológico (swab nasal). A colonização da cavidade nasal dos CD docentes por Enterobacteriaceae foi considerada elevada (22,0%), sendo que 14,6% dos profissionais estavam colonizados por micro-organismos multirresistentes. Os resultados encontrados foram associados a hábitos pessoais inadequados e oferecem evidências para ampliar a discussão desta temática entre CD e direcionar estratégias para o controle do risco biológico aos trabalhadores em odontologia.

O estresse oxidativo, causado por níveis aumentados de espécies reativas de oxigênio (ROS), pode causar danos celulares. Várias enzimas, como as subunidades da alquil-hidroperóxido redutase (AhpC e AhpF) e as superóxido dismutases (SOD), são responsáveis por remover as ROS. Os mecanismos de regulação da expressão gênica de C. crescentus para os genes ahpC, sodA, sodB e sodC, foram analisados com fusões de transcrição ao gene repórter lacZ, permitindo a quantificação da expressão por ensaios da atividade de b-galactosidase, e RT-PCR quantitativo. As culturas foram cultivadas em meio PYE ou M2 e a expressão de cada gene foi avaliada na presença de peróxido de hidrogênio (H2O2), tert-butil hidroperóxido (tBOOH), paraquat, menadiona, pirogalol, FeSO4 ou DDPi. Em C. crescentus ahpC é induzido por peróxidos e regulado por OxyR. As SODs são induzidas principalmente por superóxidos, sodB e sodC possuem indução de fase na fase estacionária e possivelmente estão sob o controle do sigma J, enquanto o gene sodA é regulado por sigma F e sigma J. / Oxidative stress, caused by increased levels of reactive oxygen species, can lead to damage in all cellular components. Several enzymes, as subunit of alkyl hydroperoxide reductase (AhpC and AhpF) and superoxide dismutases (SOD), are responsible for removing ROS. Mechanisms of gene expression of C. crescentus for genes ahpC, sodA, sodB and sodC, were evaluated with transcription fusions with the lacZ reporter gene were constructed, allowing the quantification of expression by b-galactosidase activity assays, furthermore we analyze of the gene expression by qRT-PCR assay. The cultures were grown in PYE and M2 media, and gene expression was evaluated in the presence of hydrogen peroxide (H2O2), tert-butyl hydroperoxide (tBOOH), paraquat, menadione, pyrogallol, FeSO4 or DPPi. In C. crescentus ahpC is induced by peroxides and is under the control of OxyR. The SODs are mainly induced by superoxide, sodB and sodC are induction in stationary phase and are possibly under the control of sigma J, while the sodA gene is regulated by sigma F and sigma J.

Este trabalho descreve a construção de plasmídeos para expressão e ancoragem de proteínas de alta afinidade a íons Hg2+ e As5+. Os genes merR e arsR de C. metallidurans foram inseridos no vetor que contém o sistema para expressão e ancoragem de proteínas heterólogas em bactérias Gram-negativas originando os plasmídeos pCM-Hg e pCM-As. MerR e ArsR foram produzidas sob comando do promotor pan. E. coli recombinantes apresentaram resistência 100% superior a Hg2+ e As5+. C. metallidurans/pCM-As apresentou MIC > Na3As02 1000 mM sendo a Gram-negativa com maior capacidade de sobrevivência a íons As5+. Os plasmídeos elevaram a sobrevivência das bactérias estudadas, podendo ser usados para aumentar índices de sobrevivência e fornecer viabilidade a outras cepas. Células recombinantes apresentaram capacidade de adsorver Hg2+ ou As5+ do meio em níveis superiores às linhagens selvagens. As bactérias descritas são excelentes candidatas para biorremediação. Este trabalho apresenta pela primeira vez a ancoragem da proteína ArsR na superfície celular de um micro-organismo. / This work describes the construction of plasmids for expression and anchoring of high affinity proteins to Hg2+ or As5+ ions. C. metallidurans merR and arsR genes were inserted into the vector which contains the system for expression and anchoring of heterologous proteins in Gram-negative bacterias origining the plasmids pCM-Hg and pCM-As. MerR and ArsR were produced under pan promoter command. Recombinant E. coli showed resistance 100% higher to Hg2+ and As5+. C. metallidurans/pCM-As showed MIC > Na3As02 1000 mM being the most resistance Gram-negative able to survive in As5+ sites. The plasmids increased the studied Gram-negatives bacterial surviving and they can be utilized in other strains to increase the surviving levels and supply viability. Recombinant cells showed ability for adsorption of Hg2+ or As5+ from the media in enhanced levels as compared to the wild type. The described bacterias are excellent candidates for bioremediation. This work presents for the first time the cell surface display of ArsR protein on a microorganism.

Haemophilus influenzae tipo b (Hib) é uma patógeno causador de doenças como meningite. O polissacarídeo capsular (PRP) é usado como antígeno vacinal. O alto custo da vacina provém da instabilidade do PRP. Este trabalho tem por finalidade otimizar o processo de produção do PRP. Primeiro, foi escolhido um modelo matemático para a descrição da cinética de Hib. Em seguida, foi realizado um desenho experimental para avaliar os efeitos de pH e temperatura sobre a cinética. Tanto a produtividade de PRP quanto sua massa molecular foram máximas em pH 7,1, porém em temperaturas mais altas a produtividade foi maior e a massa molecular menor. As condições otimizadas foram definidas como pH 7,1 e 30 °C. Nestas condições, a massa molecular foi cerca de 78 % maior que nas condições da literatura de 37°C e pH 7,5, com uma produção de PRP equivalente. Isto resultou em maior recuperação na primeira etapa de purificação, comprovando que a condição de cultivo otimizada pode contribuir em melhores rendimentos durante o processo e assim impactar na redução do custo final da vacina. / Haemophilus influenzae type b (Hib) is a pathogen responsible for deseases like meningitis. The capsular polysaccharide (PRP) is used as antigen in vaccines. The high cost of the vaccine is due to instability of PRP. The goal of this work is to optimize the production of PRP. First, a mathematical model was selected to describe Hib kinetics. Then, an experimental design was carried out to evaluate the effects of pH and temperature. Both PRP productivity and molecular mass were optimal in pH 7.1, but at higher temperature productivity increased and molecular mass decreased. The optimal conditions were set at pH 7.1 and 30 °C. In these conditions, the molecular mass was 78 % higher, with the same amount of PRP produced. This resulted in higher recovery at the first step of purification, ensuring that the improved conditions may contribute with processes efficiency and enable reduction of the final cost of the vaccine.

O gênero Methylobacterium é composto por bactérias de coloração rósea, metilotróficas facultativas (PPFM - pink-pigmented facultative methylotrophic), que podem fixar nitrogênio, nodular a planta hospedeira, produzir o fitohormônio citocinina e as enzimas pectinase e celulase, podendo dessa forma promover o crescimento vegetal devido à disponibilidade de nitrogênio e à indução de resistência sistêmica. Methylobacterium spp. têm sido descritas como endófitos ou epífitas em diferentes plantas hospedeiras, onde a sua colonização e distribuição no hospedeiro podem ser influenciadas pelo genótipo da planta ou por interações com outros microrganismos associados ao hospedeiro. Neste contexto, poucos trabalhos têm sido desenvolvidos visando um melhor entendimento da interação Methylobacterium-planta e da diversidade deste gênero bacteriano que tem sido isolado de diferentes plantas hospedeiras, exercendo diferentes funções ainda pouco conhecidas. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar a diversidade genética de Methylobacterium spp., por meio do seqüenciamento parcial dos genes 16S rRNA e mxaF; analisar os genes de responsáveis pela interação da Methylobacterium com a planta hospedeira e analisar os genes envolvidos na interação Methylobacterium (endófito)- Xylella fastidiosa (patógeno). Os resultados mostraram que existe uma resposta adaptativa de Methylobacterium spp. específica para cada planta hospedeira. Da mesma forma, foi observado que esta adaptação específica da bactéria à planta, também pode levar à seleção de genótipos específicos para cada planta hospedeira, embora eventos aleatórios também possam ser responsáveis pela diversidade de Methylobacterium na planta hospedeira. Na análise de expressão gênica da interação Methylobacterium-planta, foi observado que o gene relacionado ao metabolismo do metanol (mxaF) não apresentou mudança no padrão de expressão. Genes relacionados a estresse crtI (estresse sentido pela bactéria) e acdS (estresse sentido pela planta), tiveram suas expressões reduzidas na presença da planta, mostrando que a presença de exsudados das plantas não representou um estresse ao desenvolvimento bacteriano. Os genes relacionados à patogenicidade patatin e phoU não foram alterados, confirmando que Methylobacterium é um endófito, e possuem expressão induzida de tais genes quando interagindo com a planta hospedeira. Os resultados permitem concluir que nas condições avaliadas os exsudados das plantas não causam estresse à bactéria (SR1.6/6). Por meio da análise de expressão gênica in vitro de X. fastidiosa em co-cultivo com M. mesophilicum, foi observado que este fitopatógeno vascular apresentou diminuição do crescimento e da formação de biofilme. Os resultados aqui apresentados mostram que a diversidade deste grupo de endófitos é parcialmente determinada pela planta hospedeira, onde tais bactérias interagem tanto com a planta como com outros grupos, como fitopatógenos presentes neste nicho. / The genus Methylobacterium, constituted by PPFMs - pink-pigmented facultative methylotrophic, are able to fix nitrogen, nodule the host plant, produce cytokines and enzymes involved in induction of systemic resistance such as pectinase and cellulase, inducing plant growth. Methylobacterium sp. has been described as endophyte or epiphyte in different host plants, where the colonization and distribution on the host can be influenced by plant genotype or by interaction with other microorganisms associated to the host. In this context, few studies aims the better understanding of the diversity of this genus in different host, the interaction Methylobacterium-plant, and the interaction Methylobacterium-other bacteria. Therefore, this study aims to study the genetic diversity of Methylobacterium spp., by sequencing the 16S rRNA and mxaF gene; to analyze the genes responsible for the Methylobacterium-plant host interaction and to analyze the genes involved in Methylobacterium (endophyte) - Xylella fastidiosa (pathogen) interaction. Results show differential adaptive responses of Methylobacterium spp. in distinct plant species. However, the clustering according to the host plant was observed for a subset of isolates, suggesting that this diversity could be driven by stochastic events, although plant genotype may contribute to this diversity. Analyzing the Methylobacterium-plant interaction gene expression it was observed that genes related to metabolism of methanol (mxaF) was not amended. The genes related to stress such as crtI (stress sensed by the bacteria) and acdS (stress sensed by the plant) had its expression reduced with the plant showing that the plant exudates did not represent a stress to the bacteria development. The genes related to pathogenicity like patatin and phoU were not amended, confirming that Methylobacterium is an endophyte that do not induce when the bacteria interacts with the plant host. Using a genetic expression analyses of X. fastidiosa in vitro in co-cultive with M. mesophilicum, it was seen that this phytopathogen presented the growth and biofilm formation reduction. These results show that the diversity of this endophyte group is partially determinate by the plant host, where this bacterium interacts with the plant and with other groups, such as phytopathogen present in this niche.

Methylobacterium mesophilicum SR1.6/6 é uma bactéria endofítica isolada de ramo de citros previamente esterilizado superficialmente. Esta bactéria possui a capacidade de associar-se com uma ampla variedade de espécies e tecidos de plantas, principalmente nas raízes, mediado pela formação de biofilme e superfícies do hipocótilo de plântulas in vitro. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento e a aplicação de um modelo para o estudo in vitro da associação entre esta bactéria e plântulas de soja. Metodologias de genômica e transcriptômica foram aplicadas para a obtenção do draft genômico desta bactéria e de um amplo perfil de sequências expressas, obtidas em dois tratamentos distintos; i) células de biofilme células bacterianas aderidas às raízes das plântulas removidas por sonicação, e ii) células planctônicas células bacterianas em suspensão (i.e. interagindo somente com exsudados radiculares). Os dados genômicos obtidos por 454-pirosequenciamento resultaram em uma cobertura de 37 vezes o tamanho do genoma e geraram 242 contigs. Entre estes, 187 contigs grandes representaram 96% do genoma (tamanho estimado de 6.8 Mb), com um conteúdo GC de 69.5%. Considerando a análise da expressão gênica, um procedimento para monitorar a aderência das células bacterianas às raízes das plântulas foi realizado por meio de microscopia eletrônica de varredura de amostras de raízes coletadas durante o experimento (i.e. 24, 48 e 72h após a inoculação). As células bacterianas obtidas em cada tratamento foram inicialmente submetidas à extração de RNA total, seguida de um processo de enriquecimento de mRNA e sequenciamento por meio da tecnologia de 454-pirosequenciamento (RNA-Seq). O amplo perfil de expressão gênica obtido foi mapeado no draft genômico, resultando em um total de 1.930 clusters gênicos. Posteriormente, estes clusters foram filtrados de acordo com sua abundância e ocorrência diferencial em cada tratamento, resultando em 280 genes diferencialmente expressos. Funções relacionadas ao metabolismo de etanol/metanol, divisão celular, resposta ao estresse oxidativo, produção de sideróforos, biossíntese de peptidoglicanos e hopanóides foram induzidas nas células bacterianas aderidas às raízes das plântulas, enquanto que genes relacionados ao metabolismo essencial das células foram observados principalmente nos tratamentos controle e planctônico. Estes dados fornecem uma base para estudos relacionados a mecanismos moduladores da interação bactériaplanta, distinguindo significativamente os tratamentos biofilme e planctônico, mostrando assim que o contato físico é essencial para o sucesso da interação em estudo. Por fim, estas análises permitiram uma ampla visualização de perfis de expressão gênica desta bactéria, utilizando o draft genômico primeiramente obtido como base para o estudo desta interação com a planta hospedeira. Estudos futuros podem ser desenvolvidos visando caracterizar os mecanismos adaptativos desta bactéria, como seu metabolismo metilotrófico e outros metabolismos específicos, os quais podem dar suporte ao comportamento endofítico deste organismo. / Methylobacterium mesophilicum strain SR1.6/6 is an endophytic bacterium, which has originally been isolated from surface-sterilized healthy citrus branch. This bacterium is able to associate with a range of plant species, rather in the roots, mediated by a biofilm structure, and in hypocotyl surfaces of in vitro seedlings. The aim of the present study was the development and application of a model to study in vitro the association between this bacterium and soybean seedlings. Genomic and transcriptomic approaches were applied resulting a draft of this bacterium genome and a broad profile of mapped mRNA sequences obtained in two different treatments; i) biofilm cells root adhered bacterial cells were removed by sonication, and ii) planktonic cells bacteria cells in suspension (i.e. interacting only with root exudates). Genomic data, obtained by 454-pyrosequencing have had an average depth of 37-fold coverage of the genome and yielded 242 contigs. Among these, 187 large contigs represented 96% of the genome sequence (estimate size of 6.8 Mb) with a GC content of 69.5%. Concerning the gene expression survey, the process to monitor the adherence of bacteria cells to the roots was performed by scanning electron microscopy of roots collected along the experiment (i.e. 24, 48 and 72 hours after inoculation). Bacterial cells obtained in each treatment were firstly submitted to RNA extraction, followed by mRNA enrichment and RNA-Seq using 454-pyrosequencing technology. The broad gene expression profile obtained was mapped into the drafted genome, resulting in a total of 1.930 gene clusters. After that, these clusters were filtered according to their abundance and differential occurrence in each treatment resulting in 280 differential expressed genes. Functions related to methanol/etanol metabolism, cell division, oxidative stress response, siderophore production, peptidoglycan and hopanoid biosynthesis were induced in bacterial cells adhered to plant roots, while genes related to essential cell metabolism were observed mostly in control and planktonic treatment. Also, these data provide insights into the mechanisms modulating plant microbe-interaction, significantly distinguishing biofilm and planktonic treatment, showing that the physical contact is a crucial step on plant-microbe interactions. In conclusion, results allowed a strongly supported analysis of gene expression, based on the genome draft of an endophytic bacterium interacting with the host plant. Further studies should focus on the adaptive mechanisms present in this bacterium, like the methylotrophic lifestyle and other specific metabolisms which might support its behavior as an endophytic bacterium.