Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Coorientador: Lenice do Rosário de Souza / Banca: Anna Sara S. Levin / Banca: Elisei Alves Waldman / Banca: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Banca: Adriano Dias / Resumo: Estudos recentes identificaram comportamento sazonal de alguns microrganismos implicados na etiologia das Infecções Hospitalares ou Relacionadas à Assistência em Saúde (IH/IRAS). A maior parte desses estudos foi conduzida em países de clima temperado. Para identificar a sazonalidade de patógenos hospitalares em uma região tropical, nós conduzimos um estudo ecológico e um caso-controle, envolvendo hemoculturas positivas de presumível origem hospitalar (colhidas após o terceiro dia de internação) do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu no período de 2005 a 2010. O estudo foi realizado em duas fases. No estudo ecológico, foram realizadas: (a) comparações de incidência de bacteremias por microrganimos ou grupos específicos em meses "quentes/úmidos" (outubro-março) e "frios/secos" (abril a setembro); (b) análise de regressão para identificar relação entre temperatura e umidade médias e incidência mensal de bacteremias; (c) análise de séries temporais para identificação de sazonalidade.No "casocontrole", foram abordados fatores climáticos (temperatura e umidade médias dos sete dias que precederam a coleta de cada hemocultura) para identificar preditores do isolamento de microrganismos e grupos específicos, em modelo de regressão logística. Os resultados demonstraram consistência entre as diversas abordagens, identificando para três grupos (Gram-negativos como um todo, Acinetobacter baumannii e Enterobacter spp) um aumento de incidência nos meses "quentes/úmidos", relação significante entre temperatura média mensal e incidência e sazonalidade em modelos estocásticos. Neste último teste, também se detectou sazonalidade para estafilococos coagulase-negativa, aparentemente não relacionada a fatores climáticos. No estudo de base individual ("caso-controle") identificamos correlação entre temperaturas elevadas na semana anterior ... / Abstract: Recent studies identified seasonal behavior of some microorganisms implicated in the etiology of Healthcare-associated Infections (HAIs). Most of these studies were conducted in developed countries with temperate climate. In order to identify the seasonality of nosocomial pathogens in a tropical region, we conducted an ecological study involving positive blood cultures of suspected nosocomial origin (collected after the third day of hospitalization) in the Hospital das Clinicas from Faculdade de Medicina de Botucatu in the period 2005-2010. The study was conducted in two phases. In the first ("ecologic study") we performed: (a) comparisons of the incidence of bacteremia caused by specific organisms or groups during "warm" (October to March) and "cold" (April to September) months; (b) regression analysis, aimed at identifying the association between temperature and humidity and the average monthly incidence of bacteremia, (c) time series analysis. In the second phase, ("casecontrol"), weather factors (temperature and humidity averages of the seven days preceding the collection of each blood cultures) were addressed in order to identify predictors of isolation of specific microorganisms and groups in the logistic regression model. The results showed consistency between the various approaches. Three groups (Gram-negative as a whole, Acinetobacter baumannii and Enterobacter spp) presented increased incidence in "warm" months, significant relation between mean temperature and monthly incidence and seasonality in stochastic models. Those models also detected seasonality for coagulase-negative staphylococci, apparently not related to climatic factors. In individualbased analysis ("case-control") we identified correlation between high temperatures in the past week and recovery of Gram-negatives in general, and among these, A. baumannii. The findings are consistent with the literature, showing ... / Mestre

Orientador: Cristiano Gallina Moreira / Banca: Clovis Wesley Oliveira de Souza / Banca: Fernando Rogério Pavan / Resumo: Sinalização química em bactérias patogênicas é um mecanismo empregado para interagir com o hospedeiro e sua respectiva microbiota. Através desta interação ocorre a regulação dos mecanismos de virulência. Estudando o mecanismo de sinalização química do sistema de 2-componentes QseBC em Salmonella enterica serovar Typhimurium foi aberta uma nova perspectiva para desvendar os mecanismos de patogenicidade. Dentre estes, uma nova proteína VisP (Virulence and stress-related Periplasmic protein) foi reportada. Seu papel inicial na interação com a enzima LpxO em S. Typhimurium foi anteriormente demonstrada. O antígeno-O da camada de LPS fornece proteção contra as defesas do hospedeiro e, particularmente, o comprimento de sua cadeia exerce um papel essencial. A montagem do antígeno-O possui o sistema Wzz, o qual determina o comprimento final de sua cadeia polissacarídica, e também apresenta uma distribuição tri-modal. Forma cadeias curtas (S-OAg), longas (L-OAg) e muito longas (VL-OAg) de antígeno-O. As proteínas WzzST e WzzfepE regulam, respectivamente, a síntese das cadeias L-OAg e VL-OAg. Neste estudo, os genes wzzST, wzzfepE, visP e lpxO foram mutados, via mutagênese λ Red, obtendo simples e duplos mutantes. Dados preliminares evidenciaram que há um aumento nas cadeias VL-OAg e L-OAg no mutante ΔvisP, e reciprocamente há diminuição de L-OAg em ΔlpxO. Foram feitos ensaios para avaliar a motilidade, invasão em células epiteliais e sobrevivência intracelular em macrófagos com as amo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chemical signaling is a mechanism employed by several bacterial species to interact within surrounding microbiota and their host. Upon this interaction the pathogenic bacteria regulate their virulence traits. The two-component system QseBC was described on chemical signaling in Salmonella enterica serovar Typhimurium, and a novel branch of pathogenic cascade regulation was revealed. Among these mechanisms a novel protein was described, VisP (Virulence and stress related Periplasmic protein). VisP interacts with LpxO enzyme on the periplasm. The O-antigen of the LPS layer provides protection against host defenses, and particularly its chain's length plays an essential role. The O-antigen assembly has the Wzz system, which determines the O-antigen final chain length, and also presents a tri-modal distribution. It forms short (S-OAg), long (L-OAg) and very-long (VL-OAg) O-antigen chains. The WzzST and WzzfepE proteins respectively regulate the L-OAg and VL-OAg synthesis. In this study, wzzST, wzzfepE, visP and lpxO genes were mutated via λ Red mutagenesis, obtaining single and double-mutants. Our preliminary data have shown that VisP increases VL-OAg and L-OAg, conversely LpxO diminishes L-OAg chain length. The motility, epithelial cell invasion and macrophage intracellular survival and replication were assessed with the mutants obtained. The ΔvisP presented 1,2 and 1,0 order of magnitude reduction in cell invasion and intracellular macrophage replication, respectively, compari... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Iguatemy Lourenço Brunetti / Banca: Cleverton Roberto de Andrade / Banca: Rosemeire Cristina Linhari Rodrigues Pietro / Resumo: As infecções do trato urinário (ITU) são afecções comuns, que podem resultar em níveis significantes de morbidade. Os agentes etiológicos associados a ITU são bactérias Gram-negativas e Gram-positivas, além do fungo comensal Candida albicans. Além dos parâmetros clássicos associados à infecção, as ITU proporcionam o aumento na formação de espécies reativas de oxigênio e nitrogênio, o que também acarreta injúria tecidual, bem como, também ocorre um alto índice de micro-organismos resistentes aos fármacos disponíveis na clínica médica, o que demanda na prospecção por novas abordagens terapêuticas complementares. No Brasil, a espécie Eugenia brasiliensis Lam. é conhecida como "berry brasileira" ou grumixama, e existem poucos relatos na literatura demonstrando sua atividade biológica. Este fator associados à escassez de estudos sobre a espécie brasileira E. brasiliensis, despertou o interesse em novos estudos relacionados à sua ação sobre microrganismos relacionados a ITU e atividade antioxidante. Os extratos utilizados neste estudo foram obtidos a partir da polpa do fruto liofilizado de E. brasiliensis com diferentes solventes, com objetivo de obter dados de sua composição fitoquímica, avaliar suas atividades antioxidantes, antimicrobianas e citotóxicas. Foram utilizados como padrões para os ensaios de atividade antioxidante o ácido elágico, quercetina, ácido gálico, ácido cafeico e trolox. Na caracterização química dos extratos foram determinados, os teores de flavonoides totai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The urinary tract infections (UTI) are common disorders, which may result in significant levels of morbidity. The etiological agents associated with UTI are Gram-negative and Gram-positive, plus commensal Candida albicans fungus. In addition to the classics associated with infection parameters, the ITU provide increased formation of reactive oxygen and nitrogen species, which also causes tissue damage, as well as a high rate of resistant microorganisms to drugs available in clinical practice, which requires the prospecting for new medicinal approaches. In Brazil, the specie Eugenia brasiliensis Lam. are known as "brazilian berry" or grumixama, and there are few reports in the literature demonstrating your biologic activity. This factor associated with the lack of studies on the brazilian specie E .brasiliensis stir up interest in new research related to the activities of microorganisms related to ITU and antioxidant activity. The extracts used in this study were obtained from the fruit pulp lyophilized of E. brasiliensis with different solvents in order to get data from their phytochemical composition, evaluate their antioxidant activity, antimicrobial and cytotoxicity. For the evaluation of antioxidant activity it was used like standards acid elagic, quercetina, acid gallic, acid cafeico and trolox. In the chemical characterization of the extracts were determined, the contents of total flavonoids... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Paes de Almeida nogueira Pinto / Banca: Luiz Carlos de Souza / Banca: Andréa Pereira Pinto / Banca: Rogério Salvador / Banca: Thais Heleno Constantino Patelli / Resumo: O Brasil lidera o ranking de maior exportador de carne bovina no mundo desde 2008. Garantir a segurança microbiológica desses alimentos tem sido um dos principais focos da indústria processadora de carnes. A aplicação de análises nas diversas etapas do processo industrial tem sido vital para implantar e manter programas de autocontrole como o APPCC. Entre as enfermidades mais frequentes causadas pela ingestão de alimentos contaminados, especialmente os de origem animal, destacam-se as salmoneloses, sendo que sua transmissão se dá primariamente pela via fecal oral. Diante disso, esse trabalho teve como objetivo pesquisar a presença de Salmonella spp. em amostras de conteúdo ruminal coletadas durante o abate de bovinos em uma planta frigorífica localizada na região metropolitana de Curitiba - PR. Duzentos e dois animais distribuídos em oito lotes foram avaliados entre os meses de agosto a dezembro de 2013. Ao final do experimento, 37,5% dos lotes mostraram-se positivos para o agente sendo que 2,97% (6/202) das amostras de conteúdo ruminal isolaram o micro-organismo. A totalidade dos animais positivos recebia como alimento apenas pasto de azevém e aveia. Não foi observada a influência de fatores como o estresse do transporte ou temperatura ambiental sobre o isolamento do patógeno. Entretanto a detecção do mesmo sorovar, Salmonella Schwarzengrund na totalidade dos isolamentos nos permite levantar a hipótese de que a contaminação dos animais tenha se dado na própria indústria, a partir das estruturas físicas, responsáveis por conter os bovinos ou conduzi-los ao box de insensibilização / Abstract: Brazil leads the world ranking of bovine meat exportation since 2008. To ensure the microbiological safety of these food products has been one of the primary focuses of the meat processing industry. The application of analyses on diverse stages of the industrial process has been vital for deploy and keeping of self-control programs like APPCC. Beyond the most frequent diseases caused by the ingestion of contaminated food, specially animal origin ones, the salmonellosis stand out being transmitted primarily via fecal-oral route. In light of this, the work had the objective to research the presence of Salmonella spp. in rumen fluid samples collected during cattle slaughter at a slaughtering plant localized in Curitiba's metropolitan area. Two hundred animals distributed over eight lots was evaluated between august and december, 2013. At the end of the experiment, 37.5% of the lots were positive for the agent of which 2.97% (6/202) of samples of rumen contents isolated the micro-organism.The total of the positive animals had been feed with ryegrass pastures and oat. Not the influence of factors like transportation stress or environment temperature over pathogen isolation was observed. However, the detection of the same serovar, Salmonella Schwarzengrund on overall insulation allow us to raise the hypothesis that all animal contamination have been given inside the industry itself, from the infrastructure responsible of holding the cattle or conducting it to the stunning box / Doutor

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: o paciente com leucemia, principalmente aquele sob quimioterapia está exposto a diferentes agravos a sua imunidade, sendo a neutropenia intercorrência comum e frequentemente relacionada a ICS. Nas últimas décadas a epidemiologia das infecções no paciente neutropênico tem passado por constante mudança. Não bastasse a associação com mortalidade, os BGN têm cada vez mais implicado em desafio terapêutico, devido ao aumento da resistência e dificuldade no manejo da terapia empírica. O conhecimento da epidemiologia das ICS e dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e BGN-MR são fundamentos para o adequado tratamento das complicações infecciosas. Casuística e Método: estudo retrospectivo das ICS de pacientes com leucemia, entre 2002 a 2007, em hospital terciário universitário. Foi realizada descrição epidemiológica dos agentes das ICS, assim como o perfil de susceptibilidade e análise dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e por BGN-MR através de estudo caso-controle, seguido de análise uni e multivariada. Resultados: identificados 148 agentes de ICS em 64 pacientes com leucemia, sendo 55,4% eram BGN, 39,2% CGP e 5,4% fungos. Os agentes mais prevalentes foram SCoN (22,3%), P. aeruginosa (17,6%) e K. pneumoniae (10,8%). Entre os SCoN a resistência à oxacilina foi de 66,7%. Entre os BGN, 34,3% foram multirresistentes. O óbito ocorreu em até sete dias em 20,0% dos pacientes com ICS por CGP e 47,0% entre os que faleceram após ICS por BGN. Na análise multivariada os fatores identificados como independentemente relacionados a essa infecção foram a neutropenia (p = 0,003, OR 14,060, IC 2,457-80,465) e a presença de sinais e sintomas localizatórios (p = 0,002, OR 20,907, IC 2,953-148,001) para BGN. Na análise multivariada o uso prévio de glicopeptídeo mostrou-se independentemente relacionado a ocorrência de ICS por BGN-MR (p = 0,0,15, OR = 7,530, IC 1,477-38,399). A letalidade atribuída as ICS por BGN foi semelhante à por BGN-MR (20,4% e 19,1%), porém nos pacientes com ICS por BGN-MR o óbito foi mais precoce. Conclusão: nos seis anos de estudo foram isolados 148 agentes em ICS, predominando os BGN. Entretanto, no último ano, ocorreu um “equilíbrio” entre esses agentes e os CGP. Mais de 30% dos agentes isolados eram multirresistentes. Os fatores de risco independentes para a aquisição de BGN foram a presença de neutropenia e de sinais e sintomas localizatórios. Já para a aquisição de BGN-MR o fator de risco encontrado foi o uso prévio de glicopeptídeo. A evolução para óbito ocorreu em 55% das vezes na internação do episódio de ICS, sendo mais precoce entre os pacientes com BGN-MR. / chemotherapy, are exposed to various damages against their immunity. Neutropenia is one of the most common and is often related to BSI. Recently, the epidemiology of infections in neutropenic patients experienced frequent changes. GNB bloodstream infections have been increasingly involved in therapeutic challenge, due to the increased resistance, difficulty in empirical therapy and mortality. Knowledge of the epidemiology of BSI and risk factors for acquisition of GNB and MDR-GNB BSI are fundamental for the appropriate treatment of infectious complications. Patients and methods: We conducted a retrospective study of BSI in patients with leukemia, admitted in an university tertiary hospital from 2002 to 2007. Epidemiological description of pathogens of BSI, as well as susceptibility and analysis of risk factors for the acquisition of GNB and MDR-GNB BSI were evaluated. Results: 148 agents were found in 64 patients with leukemia, being 55.4% GNB, 39.2% GPC and 5.4% fungus. The more prevalent agents were SCoN (22.3%), P. aeruginosa (17.6%) and K. pneumoniae (10.8%). Resistance to oxacillin was indentified in 66.7% of SCoN and 34.3% of GNB were multi-drug resistant. Seven day mortality occurred in 20.0% of patients with GPC BSI and in 47.0% of patients with GNB BSI. Neutropenia (p = 0.003, OR 14.060, IC 2.457-80.465) and presence of signs and symptoms of bacteremia (p = 0.002, OR 20.907, IC 2.953-148.001) were factors related to GNB BSI by multivariate analysis. The second multivariate analysis showed that previous use of glycopeptides was independently related to the occurrence of MDR-GNB BSI (p = 0,015, OR = 7,530). The GNB BSI lethality was similar to that found in MDR-GNB BSI (20.4% and 19.1%) but patients with the second one died earlier. Conclusions: in this study, GNB were the most prevalent BSI agents. More than 30% of agents were multi-drug resistant germs. Independent risk factors for the acquisition of BGN were the presence of neutropenia and signs and symptoms at the moment of bacteremia. Previous use of glycopeptide was an independent risk factor for the acquisition of MDR-GNB. Evolution to death occurred in 55% of patients with BSI, being more premature among patients with MDR-GNB. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 317789.pdf: 3083412 bytes, checksum: af3d617b38e38b2f316a81b4f8cfc2a2 (MD5) Previous issue date: 2013 / Azospirillum spp. são bactérias Gram-negativas de vida livre que foram isoladas na rizosfera de gramíneas e cereais tanto de climas tropicais como de climas temperados. Possuem comocaracterísticas principais a capacidade de fixar o nitrogêniogasoso e produzir fitormônios. Acredita-se que ambos osprocessos são responsáveis por favorecer o crescimento das plantas. Assim, com o intuito de avaliar como esta bactéria promotora de crescimento vegetal influencia o desenvolvimentodo milho e como a planta reage à presença da mesma, foramcomparados o número de raízes laterais, o comprimento de parteaérea e raízes e a massa fresca destas, e a expressão dos genes dos receptores de etileno, dos transportadores efluxo e influxo de auxina, dos genes envolvidos no burst oxidativo, nasíntese de giberelinas e da via de sinalização MAPK emplântulas de milho (Zea mays) inoculadas e não inoculadas coma bactéria. Para isso, foram avaliadas duas variedades de milho(DKB240 e Pioneer 30F53) 1, 4, 7 e 10 dias após a inoculação(D.A.I.) com A. brasilense FP2. Além disso, o DNA bacteriano foiquantificado em plântulas inoculadas nestes tempos de coleta.Quanto às variáveis de crescimento, dentre as variedades demilho estudadas (DKB240 e Pioneer 30F53) somente foram detectadas diferenças estatísticas entre as plântulas inoculadas e não inoculadas quanto ao comprimento da parte aérea navariedade Pioneer 30F53 10 D.A.I. . Dessa forma, a partir dasamostras de milho Pioneer 30F53, foi realizada a identificação ea quantificação de DNA de Azospirillum brasilense FP2 nas amostras de milho inoculado em todos os tempos de coleta. Foi identificada a presença de DNA de A. brasilense FP2 nas amostras de milho inoculado por PCR convencional e posterior quantificação do DNA bacteriano nas amostras inoculadas foi realizada por meio de PCR em tempo real. Os dados de quantificação indicaram um aumento na quantidade de bactérias até 7 D.A.I. e uma diminuição destas na amostra 10 D.A.I..Também foram realizadas as análises de expressão gênica e foi possível detectar diferenças entre as amostras de plântulas inoculadas e não inoculadas para os transcritos avaliados(Zmaux1, Zmrboh, Zmmpk5, Zmga20ox4, Zmko1). A expressão observada para os genes envolvidos no burst oxidativo (ZmrbohAe ZmrbohB) e para o gene envolvido na cadeia transdutora de sinal (Zmmpk5) indica que existe resposta da planta à presença da bactéria, uma vez que houve aumento dos níveis de transcrito de Zmmpk5 assim como da quantidade de DNA bacteriano nas raízes das plântulas inoculadas até 7 D.A.I e ocorreu diminuição dos níveis deste transcrito e de DNA bacteriano aos 10 D.A.I. nas amostras de plântulas inoculadas, indicando que a planta responde à interação com a bactéria.<br> / Abstract : Azospirillum spp. are Gram-negative bacteria of free-living that were isolated from the rhizosphere of grasses and cereals in both tropical and temperate climates. They have as main characteristic the ability to fix the nitrogen gas and produce phytohormones. It is believed that both processes are responsible for promoting plant growth. Thus, in order to evaluate how this plant growthpromoting bacterium influences the development of maize and how this plant reacts to the presence of the same, we compared the number of lateral roots, the length of roots and shoots and the fresh weight of them, and the expression of the ethylene gene receptor, of the genes of influx and efflux auxin transporters, of the genes involved in the oxidative burst, and in the synthesis of gibberellins, and in the MAPK signaling pathway in the maize plantlets (Zea mays) inoculated and non-inoculated with the bacteria. For this, were evaluated two maize varieties (Pioneer 30F53 and DKB240) with 1, 4, 7 and 10 days after inoculation (DAI) with A. brasilense FP2. In addition, bacterial DNA was quantified in inoculated plantlets at these times. As for the growth variables among the maize varieties studied (DKB240 and Pioneer 30F53), statistical differences were found between inoculated and non-inoculated plantlets on the shoot length for the variety Pioneer 30F53 10 DAI. From the samples of maize variety Pioneer 30F53, it was performed the identification and quantification of the DNA of Azospirillum brasilense FP2 from maize samples inoculated at all sampling times. We identified, by conventional PCR, the presence DNA of A. brasilense in corn samples inoculated with this bacterium and the quantification of DNA in the inoculated samples was performed by real time PCR. The data from the quantitation indicated an increase in amount of bacteria up to 7 DAI and a decrease at 10 DAI. Were also conducted analyzes of gene expression and it was possible to detect differences between the inoculated and non-inoculated plantlets for the transcripts analyzed (Zmaux1, Zmrboh, Zmmpk5, Zmga20ox4, Zmko1). The expression observed for the genes involved in the oxidative burst (ZmrbohA and ZmrbohB) and for the gene involved in the signal transduction chain (Zmmpk5) indicates that the plant responds to the presence of the bacterium, since there was a increasing both of the levels of transcripts of the gene Zmmpk5 as of the amount of bacterial DNA in the roots of the inoculated plantlets up to 7 DAI and, with 10 DAI, there was a decrease in the levels of this transcript and in the quantity of the bacterial DNA in the inoculated plantlets, indicating that the plant responds to the interaction with the bacterium.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T23:43:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 319518.pdf: 1571600 bytes, checksum: 5b83595b50273b45758b729af23b731e (MD5) Previous issue date: 2013 / A quitosana é um polímero que tem sido amplamente estudado por ser biocompatível, biodegradável e atóxico. Este polímero apresenta uma grande capacidade de interação com substâncias orgânicas e inorgânicas. Dentre as substâncias orgânicas, temos os óleos essenciais que são amplamente conhecidos por suas propriedades antimicrobianas. Desta forma, a primeira etapa deste estudo consistiu em avaliar a capacidade bacteriostática dos óleos essenciais de alecrim, cravo e orégano. Esta avaliação foi realizada através do teste de difusão em ágar frente às bactérias Staphilococcus aureus do grupo gram-positivo e Escherichia coli do grupo gram-negativo.O óleo essencial com o melhor resultado bactericida foi incorporado na solução de quitosana 1,5% (m/v) e foram preparadas membranas de quitosana:óleo através da técnica de casting em diferentes temperaturas a 25 e 50ºC, e diferentes relações de concentração de quitosana:óleo, 6:1, 8:1, 10:1 e 12:1 (v/v). As membranas com melhores resultados de incorporação, bem como a membrana 100% de quitosana também foram avaliadas mediante sua capacidade bacteriostática através do teste de difusão em ágar e capacidade bactericida pelo método de concentração bactericida mínima. As membranas de quitosana e quitosana:óleo, com melhor resultado antimicrobiano, foram caracterizadas e aplicadas em camundongos para avaliação do potencial de cicatrização. <br> / Chitosan is a polymer that has been extensively studied because it is biocompatible, biodegradable and nontoxic. This polymer has a great ability to interact with organic and inorganic substances. Among the organic substances, there are the essential oils that are widely known for its antimicrobial properties. Thus, the first step of this study was to evaluate the bacteriostatic ability of the essential oils of rosemary, clove and oregano. This review was performed using the agar diffusion test on the bacteria Staphylococcus aureus of the gram-positive group and Escherichia coli of the gram-negative group. The essential oil with bactericidal best result was incorporated in chitosan solution 1.5% (m / v) and membranes were prepared chitosan:oil through the casting technique at different temperatures of 25 and 50 °C, and different concentration ratios of chitosan:oil, 8:1, 10:1 and 12:1 (v / v). The membranes with the best results of, as well as 100% of chitosan membrane were also evaluated by their ability bacteriostatic by agar diffusion test and bactericidal ability minimum bactericidal concentration method. The membranes of chitosan and chitosan:oil, with better antimicrobial results, were characterized and applied in mice to evaluate the potential of cicatrization.

Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista envolvido em um amplo espectro de infecções hospitalares, incluindo bacteremia, meningite secundária e infecção do trato urinário, mas sua maior prevalência é como agente de pneumonia hospitalar, particularmente pneumonia associada à ventilação mecânica em pacientes internados em unidades de terapia intensiva. Os antimicrobianos carbapenêmicos são normalmente os tratamentos de escolha dessas infecções, principalmente a partir do advento da emergência de resistência a outros antimicrobianos -lactâmicos, aminoglicosídeos e fluoroquinolonas. A resistência específica aos carbapenêmicos pode estar relacionada à perda de porinas, mas de forma mais significativa, à produção de -lactamases da classe B (metalo--lactamases- MBL) e da classe D (OXA-carbapenemases) Em Porto Alegre, uma cidade com 1,4 milhões de habitantes e 7223 leitos situados em 25 hospitais, o primeiro caso de A. baumannii resistente aos carbapenêmicos (CRAb) foi identificado somente em 2004. A partir de julho de 2007 o Departamento de Saúde Local instituiu uma notificação obrigatória de casos de infecção/colonização. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar as características epidemiológicas e moleculares dos isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos coletados na cidade de Porto Alegre entre 2007 e 2008. Dezoito hospitais notificaram 1260 casos de colonização/infecção por CRAb entre julho de 2007 e dezembro de 2008, sendo 609 casos considerados como infecção. A maioria (61,8%) dos pacientes era do sexo masculino e tinha mais de 50 anos (66,5%). Foi constatado que 85,2%, 85,3% e 72,4% dos pacientes foram submetidos ao uso de cateter venoso central, sonda vesical e ventilação mecânica, respectivamente. Carbapenemases do tipo MBL e OXA foram pesquisadas em 584 isolados coletados entre julho de 2007 e julho de 2008 de pacientes infectados/colonizados em 5 diferentes hospitais. O gene blaOXA-23 foi identificado em 95% dos isolados e nenhum isolado foi positivo para MBL na reação de PCR com os primers utilizados (IMP-1, VIM-2 e SPM-1). Para avaliar a relação genética entre os isolados de CRAb dos diferentes hospitais, 240 isolados de pacientes admitidos nas UTIs de cinco hospitais entre julho de 2007 e julho de 2008 foram analisados através dos métodos de REP-PCR e PFGE. Oito grupos clonais majoritários foram obtidos e foi constatada a disseminação de 3 grupos clonais distintos em todos os hospitais, evidenciando a disseminação inter-institucional. Além disso, com o uso da técnica de PFGE foi possível constatar a similaridade genética entre isolados recuperados do ambiente, de equipamentos de RX, das mãos de profissionais da saúde e de materiais clínicos de pacientes, evidenciando a importância do ambiente na disseminação de CRAb. / The species of Acinetobacter, particularly Acinetobacter baumannii, are involved in a wide spectrum of infections, including bacteremia, secondary meningitis and urinary tract infection, nevertheless its prevalence is higher as an agent of nosocomial pneumonia, particularly pneumonia associated with mechanical ventilation in hospitalized patients in intensive care units. The carbapenem antibiotics are usually the treatment of choice for Acinetobacter infections, since the advent of the emergence of resistance to other antimicrobials -lactams, aminoglycosides and fluoroquinolones. The resistance to carbapenems may be related to the loss of porins, but more significantly, the production of -lactamases of class B (metallo--lactamase- MBL) and class D (OXA-type carbapenemases). In Porto Alegre, a city with 1,4 million and 7223 beds located in 25 hospitals, the first case of A. baumannii resistant to carbapenems (CRAb) was identified only in 2004. Since July 2007 the Department of Health Local determined that all cases of infection/colonization by CRAb shoud be informed. Thus, the objective of this study was to evaluate the epidemiological and molecular characteristics of isolates of Acinetobacter sp. resistant to carbapenems collected in the city of Porto Alegre in 2007 and 2008. Eighteen hospitals reported 1260 cases of colonization / infection by CRAb between July 2007 and December 2008, with 609 cases considered to infection. Most patients (61.8%) were men and (66.5%) were more 50 years old range. It was showed that 85.2%, 85.3% and 72.4% of patients used central venous catheter, urinary catheter and they were submitted to mechanical ventilation, respectively. MBL and OXA carbapenemases were investigated in 584 isolates from 7 different hospitals collected between July 2007 and July 2008 from patients infected / colonized. The blaOXA-23 gene was identified in 95% of the isolates but none isolate were positive for MBL by PCR with primers used (IMP-1, VIM-2 and SPM-1). To assess the genetic relationship among isolates of CRAb the different hospitals, 240 isolates from patients admitted to ICUs of five hospitals between July 2007 and July 2008 were analyzed using the methods of REP-PCR and PFGE. Eight majority clonal groups were obtained and it was found the spread of 3 clonal groups distinct in all hospitals, showing the spread of inter-institutional. Furthermore, using the technique of PFGE, we determined the genetic similarity among isolates recovered from the environment, equipment RX, the hands of health professionals and clinical materials of patients, indicating the importance of environment in the spread of CRAb.

Uma característica associada à capacidade de Pseudomonas aeruginosa sobreviver e disseminar-se frente a situações adversas encontradas no ambiente e no organismo de hospedeiros é a regulação de genes de resposta a condições de estresse celular, que incluem o evento de choque térmico. A exposição do microrganismo a um ambiente de alta temperatura resulta na indução da síntese de proteínas específicas, representadas por chaperonas e proteases, que conferem um aumento da viabilidade celular microbiana em condições consideradas letais. Presume- se que o gene PA 0657 de P. aeruginosa O1 possa estar associado à indução ou supressão do processo transcricional de genes envolvidos na resposta ao choque térmico. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a função do gene PA0657 de P. aeruginosa O1. Para isso, análises bioinformáticas foram realizadas e o gene foi clonado e expresso em sistema bacteriano, produzindo uma proteína recombinante que foi purificada e caracterizada enzimaticamente. Além disso, uma linhagem de P. aeruginosa O1 com o gene PA0657 rompido por recombinação homóloga foi construída, sendo submetida, juntamente com a linhagem selvagem, a uma condição de estresse térmico, permitindo que a expressão de diversos genes associados ao evento de choque térmico pudessem ser avaliadas por qRT-PCR. Os resultados mostraram que a proteína recombinante PA0657 foi capaz de degradar adenosina trifosfato (ATP), dependente do íon Zn2+. Foi possível verificar também que a linhagem rompida perdeu a capacidade de produzir o pigmento piocianina quando crescida em meio cetrimida e não apresentou seu fenótipo mucóide. Em análise in silico observou-se que a região promotora do gene PA0657 é dependente de σ32 e a análise de expressão gênica evidenciou uma diminuição de expressão do gene rpoH na linhagem selvagem de PAO1 após choque térmico, sendo este gene significativamente expresso na linhagem rompida. Observou-se também um acentuado aumento na expressão do gene algU, nestas mesmas condições, na linhagem selvagem PAO1, com ausência de expressão na linhagem rompida. É possível concluir, dessa forma, que o gene PA0657 exerce participação importante no processo de regulação de resposta ao choque térmico e está relacionado com a conversão do fenótipo mucóide. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2015-02-12T16:39:42Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-12T16:39:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES / A feature associated with the ability of Pseudomonas aeruginosa survive and dissemination in adverse conditions found in the environment and in hosts‘ organisms is a specific genes regulation of stress response, including heat shock event. The exposure of microorganisms to a high temperature environment results in the induction of synthesis os specific proteins, represent by chaperones and proteases, conferring an increase og the microbial cell viability under conditions considered lethal. . It is presumed that the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 can be related to the induction or suppression of transcriptional process of genes that are involved in a response to heat shock. In this context, the aim of this work was to characterize the function of the PA0657 gene of P. aeruginosa O1. In this way, bioinformatic analyzes were performed and the gene was cloned and expressed in bacterial system, producing recombinant protein which was purified and enzymatically characterized. Moreover, the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 strain was disrupted by homologous recombination. The wild type strain and the disrupted strain were submitted to a thermal stress and the expression of various genes associated with heat shock event could be evaluated by qRT -PCR. The results showed that the PA0657 recombinant protein was capable of degrading adenosine triphosphate (ATP) of Zn2+ dependent manner. It was also verified that the ruptured strain lost its ability to produce pyocyanin pigment when grown on cetrimide means and its mucoid phenotype. It was possible to find in computational analysis that the promoter region of the PA0657 gene is dependent on σ32. The gene expression analysis showed a decrease in expression of the rpoH gene in the wild type strain after heat shock, this gene is significantly expressed in the disrupted strain. A significant increase in expression of the algU gene was observed, on the wild type strain with absence of expression in the disrupted strain. Therefore, it was possible to conclude that the PA0657 gene cts in the regulatory process of thermal shock response and is related to the conversion of the mucoid phenotype.