Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-12-21T17:28:33Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Cabral Carvalhaes Costa - 2016.pdf: 10341450 bytes, checksum: d69f0e1071d7458b683222711b4b5e4b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-12-26T12:53:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Cabral Carvalhaes Costa - 2016.pdf: 10341450 bytes, checksum: d69f0e1071d7458b683222711b4b5e4b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-26T12:53:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Carolina Cabral Carvalhaes Costa - 2016.pdf: 10341450 bytes, checksum: d69f0e1071d7458b683222711b4b5e4b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-07-05 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Due to their antagonistic activity against undesirable microorganisms, lactic acid bacteria (LAB) are a promising alternative for conservation and improvement of food safety. The aim of this work was isolate, from fresh Minas cheese, bacteriocin producing LAB with potential for use in biopreservation systems of dairy products. For this purpose, cheese samples were evaluated at the beginning and end of their shelf life and the isolation was performed by surface plating on MRS agar. The antimicrobial activity was verified by antagonism assay using Listeria monocytogenes ATCC 7644 and Staphylococcus aureus ATCC 25923 as indicators microorganisms. The selected LAB were submitted to the spot-on-the-lawn test, Gram stain, catalase and oxidase production and glucose metabolism in Hugh & Leifson broth. The occurrence of inhibition due to the production of organic acids and bacteriophages was discarded. The protein nature of antagonistic substances was confirmed by using proteases. After the well-diffusion assay, four LAB with satisfactory antagonistic activity against the indicators microorganisms were selected for identification by sequencing of the 16S RNA gene. All bacteria were identified as Lactococcus lactis. Based on antagonism assay, Lactococcus lactis QMF 11 was selected for use in co-inoculation studies with pathogens in pasteurized milk, kept at 8°C for 10 days. Lactobacillus sakei ATCC 15521 was used as negative control for bacteriocin production. After incubation period, monocultures of Listeria monocytogenes reached 8 log cfu mL-1 and in the presence of Lactobacillus sakei ATCC its population achieved 7.3 log cfu mL-1. However, when co-inoculated with Lactococcus lactis QMF 11, Listeria monocytogenes counts were maintained at the initial inoculum levels, not surpassing 2.3 log cfu mL-1 at the end of analysis. Regarding to Staphylococcus aureus, in the end of the experiment, cultures counts were 5.4 log cfu mL-1 (monocultures), 5.0 log cfu mL-1 (co-inoculation with Lactobacillus sakei) and 4.7 log cfu mL-1 (co-inoculation with Lactococcus lactis QMF 11). Despite the lower growth inhibition in comparison with Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus growth was significantly affect (p < 0.005) by the presence of Lactococcus lactis QMF 11, indicating that this strain has potential for use as biopreservative culture in dairy products. / Devido à sua atividade antagonística contra micro-organismos indesejáveis, as bactérias ácido láticas (BAL) constituem uma alternativa promissora para a conservação e melhora da segurança de alimentos. O objetivo deste trabalho foi isolar, a partir de queijo Minas frescal, BAL produtoras de bacteriocinas com potencial para utilização em sistemas de bioconservação de produtos lácteos. Para tanto, amostras de queijo foram avaliadas no início e final de sua vida útil e o isolamento das BAL realizado por plaqueamento em ágar MRS. Verificou-se a atividade inibitória das bactérias pelo de ensaio de antagonismo em ágar usando Listeria monocytogenes ATCC 7644 e Staphylococcus aureus ATCC 25923 como micro-organismos indicadores. As BAL selecionadas nessa etapa foram submetidas aos testes spot-on-the-lawn, coloração de Gram, produção da catalase e oxidase e metabolismo da glicose em meio Hugh e Leifson. Descartou-se ocorrência de inibição pela produção de ácidos orgânicos e por bacteriófagos. A natureza proteica das substâncias antagonísticas foi confirmada utilizando-se proteases. Após realização do ensaio well diffusion, quatro BAL com atividade antagonística satisfatória frente aos micro-organismos indicadores utilizados foram selecionadas para identificação por sequenciamento do gene 16S do RNA. Todas foram identificadas como Lactococcus lactis. Com base nos testes de antagonismo, a cepa Lactococcus lactis QMF 11 foi selecionada para utilização no ensaio de co-inoculação com patógenos em leite pasteurizado mantido a 8oC por 10 dias. Lactobacillus sakei ATCC 15521 foi usado como controle negativo para produção de bacteriocinas. Após o período de incubação, Listeria monocytogenes em monocultura atingiu 8 log UFC/mL e na presença de Lactobacillus sakei chegou a 7,3 log UFC/mL. Entretanto, quando co-inoculada com Lactococcus lactis QMF11, as médias das contagens do patógeno ao final do experimento não ultrapassaram 2,3 log UFC/mL. Em relação a Staphylococcus aureus, as contagens finais foram: 5,4 log UFC/mL (monocultura), 5,0 log UFC/mL (co-inoculado com L. sakei) e 4,7 log UFC/mL (co-inoculado com Lactococcus lactis QMF 11). Apesar da menor inibição do crescimento de Staphylococcus aureus, em comparação à Listeria monocytogenes, sua multiplicação foi significantemente afetada (p<0.005) pela presença de Lactococcus lactis QMF 11, indicando que a cepa tem potencial para uso como cultura bioconservadora em produtos lácteos.

Submitted by Rosangela Silva (rosangela.silva3@unioeste.br) on 2018-05-24T20:10:40Z No. of bitstreams: 2 Bruna Brasil Rodrigues Furtado.pdf: 1803735 bytes, checksum: 07becc4d75752532c49c5275ef0cabb9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-24T20:10:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Bruna Brasil Rodrigues Furtado.pdf: 1803735 bytes, checksum: 07becc4d75752532c49c5275ef0cabb9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-01 / Increased longevity, poor eating habits and genetic predisposition are some of the factors related to the increase of chronic diseases, such as cancer. Colorectal cancer is a neoplasia related to diets rich in fats and refined carbohydrates, with poor fiber and protein. This situation has increased the number of researches that evaluate the anticancer activity of several bioactive compounds, aiming at foods and pharmaceuticals. Probiotic bacteria have been researched in action studies on several cancer cell lines, being proposed different mechanisms. Lactobacillus acidophilus, among the probiotics is lactic acid bacteria, with well-defined probiotic capacity. Objectives: This study aimed at evaluating the effect of Lactobacillus acidophilus in patients with colorectal cancer by means of clinical studies administered individually or in association with other substances and probiotic bacteria through food or pharmaceuticals. Methodology: A systematic review of the literature was carried out in the following databases: Medline, Embase, Elsevier, Cochrane Central Register of Controlled Trials, Scopus, Web of Science and Scielo. The search strategies were composed of the terms "colorectal cancer", oxidative stress, "antioxidant activity", "Lactobacillus acidophilus", "probiotics" and "randomized controlled trial" associated with boolean operators AND or OR, being adjusted according to the base of data. Manual search was also carried out on the bibliographic references of the articles included. There were no restrictions on time, but language was limited to articles published in English, Spanish and Portuguese. We included all clinical studies that used L. acidophilus alone or associated with other probiotic bacteria and fibers in colorectal cancer patients. Articles that included yeasts, which the evaluation parameters did not show clinical data or that had patients with diseases other than colorectal cancer and whose data were not separated and that they had probiotic bacteria but did not have L. acidophilus, were not included in the study. We also did not include articles with languages other than those stipulated, nor those in which the inclusion of L. acidophilus was not clear in the study by lack of probiotic strains. Handling and data management were done through the Microsoft Office Excel 2013® and Endnote Web® X8 programs for data management. The evaluation of quality and risk of bias were performed through the Review Manager 5.3® program. Results and Discussion: 1028 articles were retrieved from the databases, eight of which met the necessary requirements and were used in the study. As limitations, it is important to note the impossibility of accessing the query in the Embase database; in the same way, considering that five of the eight articles included come from China (three from the same study group), laying uncertainty about the application of results found in Western diets. The evaluation resulted in a total of 616 individuals, 297 with colorectal cancer in the probiotic group, 286 colorectal cancer patients who were in the control and / or placebo group, and 33 healthy individuals. All the included studies presented the association of the L. acidophilus with other probiotic bacteria. Two articles associated with prebiotic fibers (inulin and fructooligosaccharides). All studies were randomized to seven double-blind studies and one study with a control group without placebo. The administration of the probiotic mixture was by pharmaceutical forms (capsules in 04 articles, sachets in 03 articles and tablets in one article). The main outcomes analyzed were the integrity of the intestinal barrier, microbiological culture, microbiota alteration, postoperative clinical observations and only one article was analyzed indirectly antioxidant capacity. Three outcomes (intestinal barrier integrity, microbiota alteration and microbiological culture) depicted that the intervention of probiotic bacteria was statistically significant (P< 0.05) compared to placebo. In the analysis of postoperative clinical observations, through meta-analysis, it was evidenced that the administration of probiotics decreased the incidence of operative infections in comparison to the placebo group, a result related to the improvement of intestinal barrier integrity. The antioxidant activity was verified only in one article, through the measurement of ALT and AST liver enzymes, but further studies are needed to prove this antioxidant capacity in human individuals with colorectal cancer. Conclusions: The study highlighted that there are no studies involving Lactobacillus acidophilus individually in humans with colorectal cancer, which may allow more direct studies with the use of this bacterium in this pathology, allowing a better understanding of its behavior and mechanisms of action and, in this way, clarifying in fact the actions that their use have in this pathological condition. It has also pinpointed that few analyzes of the antioxidant capacity are made in humans, showing that it is an significant area of study although it is palliative to the oxidative stress that cancer patients possess; Thus, studies with antioxidant enzymes, such as glutathione and superoxide dismutase, may be the object of analysis in future studies, as well as the measurement of metabolites related to oxidative stress, biomarkers and substances that protect the intestinal mucosa, showing that the possibilities of studies of the biological activities of this bacterium are quite broad. The main effects of administration of strains of L. acidophilus with other probiotic bacteria are the reduction of bacterial translocation, followed by effects related to this outcome, such as: qualitative and quantitative alteration of the intestinal microbiota and reduction of postoperative complications; which results in a better quality of life for the individual who received the intervention and decrease hospital costs due to shortening stay and infections related to surgical procedure. / O aumento da longevidade, hábitos alimentares inadequados e predisposição genética são alguns dos fatores relacionados ao aumento de doenças crônicas, como o câncer. O câncer de cólon e reto, também denominado câncer colorretal, é uma neoplasia relacionada às dietas ricas em gorduras e carboidratos refinados, com pobreza de fibras e proteínas. Essa situação aumentou o número de pesquisas que avaliam a atividade anticancerígena de diversos compostos bioativos, com o objetivo de aplicação em alimentos e produtos farmacêuticos. As bactérias probióticas têm demonstrado, em alguns estudos, ação sobre diversas linhagens de células cancerígenas, sendo propostos diferentes mecanismos de ação a partir de sua atividade antioxidante. Destaca-se, entre as bactérias probióticas, o Lactobacillus acidophilus, uma bactéria ácido-lática com capacidade probiótica bem definida, de forma cepa-dependente. Objetivos: O objetivo do trabalho foi avaliar, com auxílio da metodologia de Medicina Baseada em Evidências, o efeito da administração de cepas de Lactobacillus acidophilus em pacientes com câncer colorretal por meio de estudos clínicos administrado individualmente ou em combinação com outras substâncias e cepas probióticas, por meio de alimentos ou de formas farmacêuticas. Metodologia: Foi realizada uma revisão sistemática da Literatura nas seguintes bases de dados: Medline, Embase, Elsevier, Cochrane Central Register of Controlled Trials, Scopus, Web of Science e Scielo. As estratégias de busca foram compostas dos termos “colorectal cancer”, “oxidative stress”, “antioxidant activity”, “Lactobacillus acidophilus”, “probiotics” e “randomized controlled trial” associados aos operadores booleanos AND ou OR, sendo ajustados de acordo com a base de dados. Também foi realizada busca manual a partir das referências bibliográficas dos artigos incluídos. Não houve restrições quanto ao tempo, contudo, limitou-se o idioma em artigos publicados em inglês, espanhol e português. Foram incluídos todos os estudos clínicos que utilizaram cepas de L. acidophilus, exclusivamente ou em associação com outras cepas probióticas, e fibras em pacientes com câncer colorretal. Artigos que incluíam leveduras, dos quais os parâmetros de avaliação não demonstravam dados clínicos, como artigos que utilizaram questionários para avaliar a qualidade de vida, em que os pacientes apresentavam outras doenças além de câncer colorretal, ou, cujos dados não estavam separados e que tinham bactérias probióticas, isentos de L. acidophilus, não foram incluídos no estudo. Também não foram incluídos artigos com idiomas diferentes dos estipulados, nem aqueles onde não estava clara a inclusão de L. acidophilus no estudo por omissão de cepas probióticas. O gerenciamento dos dados foi feito por meio dos programas Microsoft Office Excel 2013®e Endnote Web® X8. A avaliação da qualidade e de risco de viés foram realizadas com o programa Review Manager 5.3®. Resultados e Discussão: Foram recuperados das bases de dados 1028 artigos, sendo que oito se enquadraram nos requisitos necessários e foram utilizados no estudo. Como limitações destacam-se a impossibilidade de acesso a consulta na base de dados Embase; da mesma forma, considerando-se que cinco dos oito artigos incluídos são provenientes da China (três do mesmo grupo de estudo), dando incerteza sobre a aplicação dos resultados encontrados em dietas ocidentais. A avaliação resultou num total de 616 indivíduos, 297 com câncer colorretal no grupo com probióticos, 286 pacientes com câncer colorretal que estavam no grupo controle e/ou placebo e 33 indivíduos saudáveis. Todos os estudos incluídos apresentavam associação do L. acidophilus com outras bactérias probióticas. Dois artigos associaram as fibras prebióticas (inulina e frutooligossacarídeos). Todos os estudos foram randomizados com sete estudos duplo-cegos e um estudo com grupo controle sem placebo. A administração da mistura probiótica foi por meio de formas farmacêuticas (cápsulas em 04 artigos, sachês em 03 artigos e tabletes em um artigo). Os principais desfechos analisados se referiram a integridade da barreira intestinal, cultura microbiológica, alteração da microbiota, observações clínicas pós-operatórias e encontrou-se apenas um artigo que analisou de forma indireta capacidade antioxidante. Três desfechos (integridade da barreira intestinal, alteração da microbiota e cultura microbiológica) demonstraram que a intervenção de bactérias probióticas foi estatisticamente significativa (P < 0.05) em comparação ao placebo. Na análise de observações clínicas pós-operatórias, por meio de de metanálise ficou evidenciado que a administração de probióticos diminuiu a incidência de infecções operatórias em comparação ao grupo placebo, resultado relacionado com a melhora da integridade da barreira intestinal. A atividade antioxidante foi verificada apenas em um artigo, por meio da mensuração das enzimas hepáticas alanina transferase e aspartato transferase, contudo, são necessários mais estudos que comprovem essa capacidade antioxidante em indivíduos humanos com câncer colorretal. Conclusões: O estudo ressaltou que não há artigos envolvendo Lactobacillus acidophilus individualmente em seres humanos com câncer colorretal, o que pode permitir estudos mais direcionados com a utilização de tal bactéria nessa patologia, permitindo conhecer melhor seu comportamento e mecanismos de ação e, desse modo, esclarecer, de fato, as ações que sua utilização têm nessa condição patológica. Considerou-se, também, que poucas análises da capacidade antioxidante são feita em humanos, configurando-se em uma área interessante para estudo, ainda que seja como paliativo ao estresse oxidativo que pacientes com câncer possuem; dessa forma, estudos com enzimas antioxidantes, como glutationa e superóxido dismutase, podem ser objetos de análise em estudos futuros, da mesma forma que a mensuração de metabólitos relacionados ao estresse oxidativo, biomarcadores e substâncias de proteção da mucosa intestinal são possibilidades bastante amplas de estudos das atividades biológica dessa bactéria. Ressaltam-se como principais efeitos da administração de cepas de L. acidophilus com outras bactérias probióticas, a diminuição da translocação bacteriana, seguida de efeitos relacionados a tal desfecho, como: alteração qualitativa e quantitativa da microbiota intestinal e diminuição das complicações pós-operatórias, resultando em melhor qualidade de vida para o indivíduo que recebeu a intervenção e na diminuição de custos hospitalares por diminuição de estadia e de infecções relacionadas a procedimento cirúrgico.

Após a constatação da escassez de estudos realizados com vegetais crus na busca por novas estirpes de bactérias láticas (BAL) produtoras de bacteriocinas e diante do potencial tecnológico da aplicação destas cepas tanto como agentes de conservação em alimento, bem como cultura probiótica em alimentos funcionais, este estudo objetivou isolar e identificar cepas de bactérias láticas potencialmente bacteriocinogênicas de amostras de rúcula obtidas no comércio local de São Paulo, SP - Brasil, identificar e caracterizar as bacteriocinas produzidas pelos isolados e avaliar o potencial probiótico dos isolados testando sua sobrevivência no modelo dinâmico do trato gastrointestinal TNO gastro-Intestinal Model - TIM-1 disponível no TNO (The Netherlands Organization for Applied Scientific Research) divisão Quality of Life (Zeist, Holanda). A produção de bacteriocinas neste modelo também foi avaliada, comparando-se com L. sakei 2a, também produtora de bacteriocinas e ainda avaliou-se a interferência na viabilidade de E. faecium LMA1. A cepa Lactococcus lactis subsp. lactis MK02R de rúcula produziu uma bacteriocina sensível à enzimas proteolíticas, termoestável e não influenciada pelo pH, sendo capaz de inibir Enterococcus faecium, Lactobacillus sakei, Listeria innocua, Lactobacillus delbrueckii e Listeria Monocytogenes de diferentes grupos sorológicos. Os ensaios genéticos utilizando primers Nisf e Nisr confirmaram que a bacteriocina MK02R é uma nisina, apresentando uma alteração dos aminoácidos no peptídeo líder em relação às nisinas A, Z, Q, F e U, porém com a estrutura do peptídeo maduro idêntica ao da nisina F. Estes resultados foram confirmados por espectrometria de massas de amostras purificadas por HPLC. L. lactis MK02R resistiu à passagem no modelo dinâmico TIM-1, apresentando uma alta capacidade de sobreviver nas condições simuladas do trato gastrointestinal humano. Entretanto, não foi capaz de causar a redução no número de E. faecium LMA1. Em contrapartida, L. sakei 2a, mesmo apresentando uma sobrevivência menor, foi capaz de causar uma redução de 70% na população de E. faecium LMA1 no ambiente simulado do TGI. Não foi detectada atividade residual da ação antimicrobiana das bacteriocinas produzidas por L. lactis MK02R ou L. sakei 2a após a passagem pelo modelo dinâmico TIM-1. Estes resultados evidenciam a possível aplicação de L. lactis MK02R como um agente de controle biológico na conservação de alimentos e também como uma cultura potencialmente probiótica. / Given the scarcity of studies performed with raw vegetables addressing the search for new bacteriocinogenic strains of lactic acid bacteria (LAB) and considering the technological application of these strains as food preservatives and probiotic cultures in functional foods, this study was aimed at isolation and identification of bacteriocinogenic LAB strains from samples of rocket salad obtained in the local market of São Paulo, SP - Brazil, subsequent characterization of the bacteriocins produced by these LABs and evaluation of their probiotic potential by testing their survival in the dynamic gastrointestinal model TNO gastro- Intestinal-Model - TIM-1, available at the TNO (Netherlands Organization for Applied Scientific Research) Quality of Life division (Zeist, Netherlands). The studies in the TIM-1 model were also done with another bacteriocinogenic strain L. sakei 2a for comparison, evaluating their interference on the viability of E. faecium LMA1. The bacteriocin produced by strain Lactococcus lactis subsp. lactis MK02R isolated from rocket salad was sensitive to proteolytic enzymes, heat-stable and not influenced by the pH. The bacteriocin inhibited the growth of Enterococcus faecium, Lactobacillus sakei, Listeria innocua, Lactobacillus delbrueckii the primers Nisf and Nisr indicated that the bacteriocin produced by the strain MK02R is a nisin, with a change in the amino acid sequence of the leader peptide when compared to nisin A, Z, Q, U and F, but with the structure of the mature peptide homologous to that of nisin F. These results were confirmed by mass spectrometry of purified samples obtained by HPLC. L. lactis MK02R withstood the test in the dynamic model TIM-1, presenting capability to survive in the simulated conditions of the human gastrointestinal tract. However, the strain was not able to cause a reduction in the number of E. faecium LMA1. On the other hand, L. sakei 2a, even presenting lower survival, was able to cause 70% reduction in the population of E. faecium LMA1 in the gut simulated environment. No residual antimicrobial activity of bacteriocin produced by L. lactis MK02R or L. sakei 2a was detected after the transit through the dynamic model TIM-1. These results demonstrate the possible application of L. lactis MK02R both as a biocontrol agent in food preservation and as a potentially probiotic culture.

A microbiota do trato gastrointestinal dos psitacídeos é composta por bactérias Gram-positivas, entre elas as bactérias ácido láticas. Porém, há poucos estudos na literatura descrevendo a microbiota do trato gastrointestinal dessas aves. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar fenotipicamente e genotipicamente, por três diferentes métodos, as bactérias ácido láticas isoladas da microbiota fecal de papagaios verdadeiros. Um total de 80 amostras bacterianas foram estudadas, sendo que 31 amostras eram provenientes da microbiota fecal de papagaios-verdadeiros de vida livre e 49 amostras eram de papagaios-verdadeiros de cativeiro. Foram realizadas provas bioquímicas convencionais, automatizadas (Vitek 2) e o sequenciamento completo do gene 16S rRNA e realizada a análise comparativa dos resultados. Das 80 amostras analisadas, em 40 (50%) destas foram identificadas as espécies, pois apresentaram concordância de identificação em pelo menos dois métodos, e as demais 40 amostras (50%) não apresentaram concordância entre os testes, não sendo possível definir a espécie. As espécies identificadas foram: Enterococcus avium (02 amostras), Enterococcus faecium (03 amostras), Enterococcus faecalis (15 amostras), Enterococcus hirae (15 amostras), Lactococcus lactis (02 amostras) e Staphylococcus warneri (02 amostras). Dentre as amostras identificadas, sete (07) amostras apresentaram concordância no resultado nas três técnicas analisadas, trinta e uma (31) amostras apresentaram concordância pelo bioquímico automatizado e pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, e apenas duas (02) amostras apresentaram concordância pelo bioquímico convencional e pelo sequenciamento de DNA. A similaridade de utilização de substratos pelas cepas foi definida em treze (13) amostras, nas demais amostras estudadas houve uma diferença no consumo de substratos nas provas bioquímicas. O perfil de resistência a antimicrobianos evidenciou resistência em onze (11) amostras, quatro (04) a benzilpenicilina, quatro (04) a eritromicina, duas (02) a gentamicina e uma (01) a estreptomicina. A análise filogenética baseada no coeficiente de Neighbor-Join para comparar a similaridade entre as sequencias geradas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, mostrou uma tendência de agrupamento bacteriano de acordo com o local de onde as aves eram provenientes. Verificou-se que a identificação através do teste bioquímico convencional apresentou resultados inconsistentes quando comparados com o teste bioquímico automatizado e com o sequenciamento de DNA. Por sua vez, a técnica do sequenciamento genético demonstrou uma elevada confiabilidade nos resultados obtidos; sugerindo-se a utilização deste como teste de eleição e também como teste complementar as provas bioquímicas, para assim diminuir a probabilidade de erro de identificação bacteriana de bactérias ácido láticas em papagaios. / Gastrointestinal microbiota of pscittacines main consists largely of Gram-positive bacteria, including acid-latic bacteria. However, the literature presents very few reports on profiling the gastrointestinal microbiota of these birds. The aim of this study was to identify and to characterize phenotypicly and genotypicly acid-latic bacteria isolated from fecal microbiota of Blue-fronted Amazon Parrots. For such, three different methods were used on eighty bacterial strains. Thirty-one fecal samples were collected from free-living Blue-fronted Amazon Parrots, while fourty-nine were from captive birds. Traditional biochemical tests, automated biochemical test (Vitek 2) and complete gene sequencing of 16S rRNA were performed. Results of these three methods were compared. Forty samples (50%) had agreement between at least two of the three methods, and bacterial species identification was confirmed, while strains from the remaining 40 samples were not identified, once agreement between atleast two methods was not found. The species identified were: Enterococcus avium (02 samples), Enterococcus faecium (03 samples), Enterococcus faecalis (15 samples), Enterococcus hirae (15 samples), Lactococcus lactis (02 samples) and Staphylococcus warneri (02 samples). Agreement between the three methods was observed in seven samples. Thirty-one samples presented agreement between automated biochemical tests and sequencing of the 16S rRNA gene. Only two samples presented agreement between tradional biochemical tests and gene sequencing. Similarities of substract consumed by strains in both traditional and automated biochemical tests were observed in thirteen samples, while the other samples presented some difference in substracts utilization. Antimicrobial resistance profile showed that eleven samples were resistant to some antibiotic. Four were resistant to benzilpenicilin, four to erythromycin, two to gentamicin and one to estreptomycin. The phylogenetic test based on Neighbor-Join coefficient, which compares the similarity between 16S rRNA sequences, showed a trend for grouping of strains according to the geographical origin of each bird. However, species identification using traditional biochemical tests showed to be inconsistent when compared to automated biochemical tests and gene sequencing results. On the other hand, genetic sequencing technique results showed to be highly reliable. Thus, this method should be used both as gold standard and as complementary to the biochemical tests for acid-latic bacteria identification in Blue-fronted Amazon Parrots gastrointestinal microbiota.

A microbiota do trato gastrointestinal dos psitacídeos é composta por bactérias Gram-positivas, entre elas as bactérias ácido láticas. Porém, há poucos estudos na literatura descrevendo a microbiota do trato gastrointestinal dessas aves. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar fenotipicamente e genotipicamente, por três diferentes métodos, as bactérias ácido láticas isoladas da microbiota fecal de papagaios verdadeiros. Um total de 80 amostras bacterianas foram estudadas, sendo que 31 amostras eram provenientes da microbiota fecal de papagaios-verdadeiros de vida livre e 49 amostras eram de papagaios-verdadeiros de cativeiro. Foram realizadas provas bioquímicas convencionais, automatizadas (Vitek 2) e o sequenciamento completo do gene 16S rRNA e realizada a análise comparativa dos resultados. Das 80 amostras analisadas, em 40 (50%) destas foram identificadas as espécies, pois apresentaram concordância de identificação em pelo menos dois métodos, e as demais 40 amostras (50%) não apresentaram concordância entre os testes, não sendo possível definir a espécie. As espécies identificadas foram: Enterococcus avium (02 amostras), Enterococcus faecium (03 amostras), Enterococcus faecalis (15 amostras), Enterococcus hirae (15 amostras), Lactococcus lactis (02 amostras) e Staphylococcus warneri (02 amostras). Dentre as amostras identificadas, sete (07) amostras apresentaram concordância no resultado nas três técnicas analisadas, trinta e uma (31) amostras apresentaram concordância pelo bioquímico automatizado e pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, e apenas duas (02) amostras apresentaram concordância pelo bioquímico convencional e pelo sequenciamento de DNA. A similaridade de utilização de substratos pelas cepas foi definida em treze (13) amostras, nas demais amostras estudadas houve uma diferença no consumo de substratos nas provas bioquímicas. O perfil de resistência a antimicrobianos evidenciou resistência em onze (11) amostras, quatro (04) a benzilpenicilina, quatro (04) a eritromicina, duas (02) a gentamicina e uma (01) a estreptomicina. A análise filogenética baseada no coeficiente de Neighbor-Join para comparar a similaridade entre as sequencias geradas pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, mostrou uma tendência de agrupamento bacteriano de acordo com o local de onde as aves eram provenientes. Verificou-se que a identificação através do teste bioquímico convencional apresentou resultados inconsistentes quando comparados com o teste bioquímico automatizado e com o sequenciamento de DNA. Por sua vez, a técnica do sequenciamento genético demonstrou uma elevada confiabilidade nos resultados obtidos; sugerindo-se a utilização deste como teste de eleição e também como teste complementar as provas bioquímicas, para assim diminuir a probabilidade de erro de identificação bacteriana de bactérias ácido láticas em papagaios. / Gastrointestinal microbiota of pscittacines main consists largely of Gram-positive bacteria, including acid-latic bacteria. However, the literature presents very few reports on profiling the gastrointestinal microbiota of these birds. The aim of this study was to identify and to characterize phenotypicly and genotypicly acid-latic bacteria isolated from fecal microbiota of Blue-fronted Amazon Parrots. For such, three different methods were used on eighty bacterial strains. Thirty-one fecal samples were collected from free-living Blue-fronted Amazon Parrots, while fourty-nine were from captive birds. Traditional biochemical tests, automated biochemical test (Vitek 2) and complete gene sequencing of 16S rRNA were performed. Results of these three methods were compared. Forty samples (50%) had agreement between at least two of the three methods, and bacterial species identification was confirmed, while strains from the remaining 40 samples were not identified, once agreement between atleast two methods was not found. The species identified were: Enterococcus avium (02 samples), Enterococcus faecium (03 samples), Enterococcus faecalis (15 samples), Enterococcus hirae (15 samples), Lactococcus lactis (02 samples) and Staphylococcus warneri (02 samples). Agreement between the three methods was observed in seven samples. Thirty-one samples presented agreement between automated biochemical tests and sequencing of the 16S rRNA gene. Only two samples presented agreement between tradional biochemical tests and gene sequencing. Similarities of substract consumed by strains in both traditional and automated biochemical tests were observed in thirteen samples, while the other samples presented some difference in substracts utilization. Antimicrobial resistance profile showed that eleven samples were resistant to some antibiotic. Four were resistant to benzilpenicilin, four to erythromycin, two to gentamicin and one to estreptomycin. The phylogenetic test based on Neighbor-Join coefficient, which compares the similarity between 16S rRNA sequences, showed a trend for grouping of strains according to the geographical origin of each bird. However, species identification using traditional biochemical tests showed to be inconsistent when compared to automated biochemical tests and gene sequencing results. On the other hand, genetic sequencing technique results showed to be highly reliable. Thus, this method should be used both as gold standard and as complementary to the biochemical tests for acid-latic bacteria identification in Blue-fronted Amazon Parrots gastrointestinal microbiota.