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The regulation of pathogenicity gene expression in Xanthomonas campestris mediated by a small diffusible molecule

Slater, Holly January 1999 (has links)
No description available.
2

SeM variation within strangles outbreaks : is there a functional or immunological consequence

Webb, Katy Susan January 2010 (has links)
No description available.
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Análise da expressão de proteínas de Leptospira interrogans virulentas e avirulentas pela proteômica. / Protein expression analysis of virulent and attenuated Leptospira interrogans.

Vieira, Mônica Larucci 10 July 2008 (has links)
A leptospirose é uma zoonose disseminada mundialmente, causada por bactérias do gênero Leptospira. A melhor maneira de contornar o problema é por de medidas preventivas, já que a contenção da proliferação de roedores é inviável e não há vacina eficaz disponível. Estratégias de genômica funcional têm identificado um grande número de proteínas a serem estudadas. Esse fato aliado a dados da literatura, que identificaram proteínas envolvidas na patogenicidade e que são expressas somente em condição de virulência, levou à proposição da utilização da proteômica para canalizar os estudos. A metodologia envolveu obtenção de extratos protéicos de leptospiras retiradas de animais infectados, sua separação por gel bidimensional, e identificação dos spots por espectrometria de massas. O objetivo central foi a identificação de proteínas expressas em bactérias virulentas e ausentes nas não-virulentas. A identificação dessas proteínas pode facilitar a busca de proteínas envolvidas na virulência e infecção da leptospirose. Adicionalmente, é um avanço no esclarecimento da biologia e patogenicidade das leptospiras, bem como para o reconhecimento de candidatos potenciais para a composição de vacinas e/ou métodos diagnósticos mais eficientes. / Leptospirosis, one of the most spread zoonosis worldwide, is caused by bacteria of the genus Leptospira. Preventive measures are the best way to control the disease due to the difficulty to impair the proliferation of rodents and because no efficient vaccine is currently available. Functional genomics strategies have pointed a large number of proteins that could be important immunogens. This fact allied to published data reporting the identification of proteins involved in pathogenesis that are expressed only in virulent strains, led us to propose the use of proteomics as a tool to narrow down these studies. The methodology involved the preparation of protein extracts from tissuederived leptospires, separation by two-dimensional gel and identification of the spots by mass spectrometry. The central objective was to identify proteins expressed only in virulent bacteria. The identification of these proteins could help the search for proteins involved in virulence with a role during infection. Additionally, the data presented here represent a large step to clarify the biology and pathogenicity of leptospires, as well as the identification of potentially important vaccine candidates and/or proteins to compose more efficient diagnostic methods.
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Análise da expressão de proteínas de Leptospira interrogans virulentas e avirulentas pela proteômica. / Protein expression analysis of virulent and attenuated Leptospira interrogans.

Mônica Larucci Vieira 10 July 2008 (has links)
A leptospirose é uma zoonose disseminada mundialmente, causada por bactérias do gênero Leptospira. A melhor maneira de contornar o problema é por de medidas preventivas, já que a contenção da proliferação de roedores é inviável e não há vacina eficaz disponível. Estratégias de genômica funcional têm identificado um grande número de proteínas a serem estudadas. Esse fato aliado a dados da literatura, que identificaram proteínas envolvidas na patogenicidade e que são expressas somente em condição de virulência, levou à proposição da utilização da proteômica para canalizar os estudos. A metodologia envolveu obtenção de extratos protéicos de leptospiras retiradas de animais infectados, sua separação por gel bidimensional, e identificação dos spots por espectrometria de massas. O objetivo central foi a identificação de proteínas expressas em bactérias virulentas e ausentes nas não-virulentas. A identificação dessas proteínas pode facilitar a busca de proteínas envolvidas na virulência e infecção da leptospirose. Adicionalmente, é um avanço no esclarecimento da biologia e patogenicidade das leptospiras, bem como para o reconhecimento de candidatos potenciais para a composição de vacinas e/ou métodos diagnósticos mais eficientes. / Leptospirosis, one of the most spread zoonosis worldwide, is caused by bacteria of the genus Leptospira. Preventive measures are the best way to control the disease due to the difficulty to impair the proliferation of rodents and because no efficient vaccine is currently available. Functional genomics strategies have pointed a large number of proteins that could be important immunogens. This fact allied to published data reporting the identification of proteins involved in pathogenesis that are expressed only in virulent strains, led us to propose the use of proteomics as a tool to narrow down these studies. The methodology involved the preparation of protein extracts from tissuederived leptospires, separation by two-dimensional gel and identification of the spots by mass spectrometry. The central objective was to identify proteins expressed only in virulent bacteria. The identification of these proteins could help the search for proteins involved in virulence with a role during infection. Additionally, the data presented here represent a large step to clarify the biology and pathogenicity of leptospires, as well as the identification of potentially important vaccine candidates and/or proteins to compose more efficient diagnostic methods.
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Fatores de risco associados à infecção pelo Helicobacter pylori e ao desfecho clínico / Risk factors associated with Helicobacter pylori infection and to the clinical outcome

Ramis, Ivy Bastos 21 November 2014 (has links)
Submitted by Maria Beatriz Vieira (mbeatriz.vieira@gmail.com) on 2017-08-29T13:17:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) tese_ivy_bastos_ramis.pdf: 1360974 bytes, checksum: 5f055cbf4d5ce0a95672ccdf092907c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-08-29T19:50:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) tese_ivy_bastos_ramis.pdf: 1360974 bytes, checksum: 5f055cbf4d5ce0a95672ccdf092907c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-08-29T19:50:44Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) tese_ivy_bastos_ramis.pdf: 1360974 bytes, checksum: 5f055cbf4d5ce0a95672ccdf092907c8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T19:50:52Z (GMT). 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Desta forma, o presente trabalho objetivou determinar a frequência e potenciais fatores de risco da infecção por H. pylori, assim como identificar os polimorfismos nos genes da interleucina (IL)-1, IL-6, IL-8 e IL-10 e suas associações com infecção por H. pylori, com cytotoxin associated gene A (gene cagA) de H. pylori e com patologias gástricas. Para isso, foi conduzido um estudo transversal, incluindo amostras de biópsia gástrica de 227 pacientes, submetidos à endoscopia digestiva alta. Um questionário foi aplicado aos pacientes antes da endoscopia. O diagnóstico de H. pylori baseou-se na histologia e na polymerase chain reaction (PCR). O gene cagA foi identificado por PCR. Os polimorfismos nos genes da IL-1B (nas posições -511, -31 e +3954), IL-6 (na posição -174), IL-8 (na posição -251) e IL-10 (nas posições -819 e -592) foram detectados por PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP). A análise do polimorfismo variable number of tandem repeat (VNTR) no gene IL-1RN foi realizada por PCR, seguida por eletroforese em gel de agarose. Dos 227 pacientes incluídos neste estudo, 151 foram positivos para H. pylori e 76 negativos. Com base nos questionários aplicados aos pacientes, verificou-se existir associação significativa entre a presença de H. pylori e a aglomeração familiar, a idade, e os diagnósticos endoscópicos e histológicos. Quanto aos fatores genéticos do hospedeiro observou-se que os polimorfismos nas regiões promotoras dos genes IL-1B e IL-8 estavam significativamente relacionados à infecção por H. pylori. As cepas de pacientes H. pylori positivos portadores do gene cagA foram significativamente associadas com o polimorfismo da IL-1B na posição -511. Adicionalmente, na presença da infecção pelo H. pylori, demonstrou-se que os polimorfismos na região promotora do gene IL-1B estiveram correlacionados com um risco aumentado de gastrite, enquanto aqueles nos genes da IL-8 e da IL-10 foram associados a um risco elevado da doença ulcerosa péptica. Conclui-se que, provavelmente, os polimorfismos genéticos do hospedeiro exerçam influência sobre o curso e a gravidade das doenças gástricas. Espera-se que os resultados deste trabalho possam contribuir, em breve, tanto para a prevenção dessas desordens quanto para uma terapia mais adequada e eficiente, isto porque o conhecimento das bases moleculares do hospedeiro e do microrganismo viabiliza o desenvolvimento de testes moleculares, os quais poderão ser aplicados em prol de um correto prognóstico das patologias gástricas. / Helicobacter pylori is a bacterium that infects the gastric mucosa of approximately 50% of the world´s human population. H. pylori infection has been associated with a variety of diseases such as gastritis, peptic ulcer disease and gastric carcinoma. It is believed that the combination of environmental/behavioral variables, host genetic factors and bacterial pathogenicity genes can interfere in the severity of gastric damage and in the clinical outcome of H. pylori infection. In this sense, the present study aimed to determine the frequency and potential risk factors of the H. pylori infection, even as identify polymorphisms in the interleukin (IL)-1, IL-6, IL-8 and IL-10 genes and their associations with H. pylori infection, with cagA gene of H. pylori, and with gastric pathologies. For this, it was conducted a cross-sectional study, including gastric biopsy samples from 227 patients, submitted to upper gastrointestinal endoscopy. A questionnaire was applied to the patients before endoscopy. The diagnosis of H. pylori was based in histology and in polymerase chain reaction (PCR). The cagA gene was identified by PCR. The polymorphisms in the genes of IL-1B (at positions -511, -31 and +3954), IL-6 (at position -174), IL-8 (at position -251) and IL-10 (at positions -819 and -592) were detected by PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). The analysis of the variable number of tandem repeat (VNTR) polymorphism in the IL-1RN gene was performed by PCR followed by electrophoresis agarose gel. Of the 227 patients included in this study, 151 were positive for H. pylori and 76 negative. Based on the questionnaires applied to the patients, it was found a significant association between the presence of H. pylori and the household crowding, the age, and the diagnoses histological and endoscopic. As for host genetic factors was observed that polymorphisms in the promoter region of the IL-1B and IL-8 genes were significantly related with H. pylori infection. The strains from patients H. pylori positive carrying the cagA gene were significantly associated with the polymorphism of IL-1B at position -511. Additionally, in the presence of H. pylori infection, it was demonstrated that polymorphisms in the promoter region of the IL-1B gene were correlated with an enhanced risk of gastritis, while those in the IL-8 and IL-10 genes were associated with higher risk of peptic ulcer disease. We conclude that probably, the host genetic polymorphisms exert influence in the course and gravity of gastric diseases. It is hoped that the results of this work may contribute soon, to the prevention of these diseases and for a more appropriate and effective therapy, this because the knowledge of the molecular basis of the host and the microorganism enables the development of molecular tests that may to be applied toward a correct prognosis of gastric pathologies.

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