Les marais salés de la Baie du Mont-Saint-Michel forment un écosystème complexe et fragile. Afin de mieux comprendre l'organisation spatiale de la végétation de ces marais et de développer une vision synthétique de la dynamique de ce milieu, des données de télédétection optiques (orthophotographie) et altimétrique (LiDAR), ainsi que des observations de terrain ont été réunies et traitées conjointement. Le contrôle qualité des données LiDAR ayant mis en évidence un biais systématique dépendant de la hauteur et de la densité de la végétation, une correction, consistant à assigner à chaque pixel la valeur LIDAR minimale au sein d'un carré de 3x3 m, a été appliquée. Une importante base de données spatialisées a ensuite été constituée, comprenant la description en termes de végétation, d'altitude, de géomorphologie, de sédimentologie et d'utilisation agricole de près de 10 000 points d'observation répartis sur l'ensemble de la Baie. Des analyses fréquentielles ont permis de quantifier les liaisons entre les différentes espèces végétales, afin de définir les associations végétales caractéristiques des marais salés. Cette méthode a également permis de dresser la liste exhaustive des liaisons statistiques entre toutes les espèces végétales de la Baie du Mont-Saint-Michel et quatre facteurs écologiques : l'altitude, la géomorphologie, le contexte sédimentaire et le pâturage. Les variations de l'altitude moyenne des espèces végétales à l'échelle de la Baie s'expliquent par l'existence d'une double pente hydraulique qui engendre des altitudes plus élevées à l'Est et à l'Ouest de la Baie. Le contexte géomorphologique et le pâturage peuvent également modifier les valeurs d'altitude moyenne des espèces végétales, et profondément perturber le schéma classique des marais salés. La connaissance des liaisons entre les espèces végétales et les valeurs des facteurs écologiques peut constituer une aide importante à la cartographie des marais salés / In the Mont-Saint-Michel bay, the tidal salt marshes, also called schorre, are made up of low and dense vegetation, that is adapted to tidal flooding and high salinity, and that spreads quickly on the upper tidal flat. The study of this phenomenon requires a map of the vegetation and a simple way to update it. The aim of this study is to evaluate the potential of LiDAR data to enhance the comprehension of this ecosystem. The LiDAR data was first corrected from the systematic error due to the low vegetation that stops the laser beams before they reach the ground. A spatial data base was then created from 9811 observation points, including information on vegetation, altimetry, geomorphology, sedimentology and land use. Frequency analyses were performed on three locations characterized by different geomorphology, sedimentology and land use contexts, and in a second time at the scale of the entire Bay. The vegetation associations of the salt marsh were described, and the relations between each plant species and four ecological factors (altimetry, geomorphology, sedimentology and land use) were investigated. This study has shown the need to include in the mapping process of salt marsh vegetation LiDAR data as well as information on geomorphology, sedimentology and land use

Les Cris de la Baie James sont parmi les premiers bénéficiaires d'un traité moderne qui prévoit un rôle déterminant pour les Autochtones dans la gestion de l'environnement et du développement des ressources naturelles. À travers la Convention de la Baie James et du Nord québécois, les Cris participent à la gestion de l'environnement et sont assurés d'un droit de regard sur les projets de développement futurs dans l'ensemble de leur partie du territoire conventionné. Cette participation, qui est le fruit d'une intense négociation, est aujourd'hui renforcée, à travers des ententes de coopération subséquentes, grâce notamment, à l'émergence du mouvement écologiste qui a contribué à la reconnaissance d'un rôle particulier pour les Autochtones à l'égard de l'environnement. Par l'examen des mécanismes de protection de l'environnement, notamment le processus d'évaluation environnementale, aux termes du chapitre 22 de la Convention de la Baie James et du Nord québécois, cette étude met en lumière l'importance du processus de négociation et des droits qui en résultent par rapport à ceux reconnus en vertu de la doctrine des droits ancestraux telle que développée récemment par les tribunaux canadiens. / The James Bay Cree were among the first to benefit from a modem treaty which gave aboriginal peoples a detennining role in environmental management and natural resource development. Under the James Bay and Northem Quebec Agreement, the Cree have a role in environmental management and the right to take part in the development of future projects planned on lands subject to the James Bay and Northem Quebec Agreement, south of the 55th parallel. That participation was won through intense negotiation. Due particularly to the growing ecological movement which contributed to the recognition of the special role of indigenous peoples with respect to the environment, later cooperation agreements served to reinforce indigenous participation. The present study looks at the environmental protection mechanisms, in particular the environmental assessment process as defined in Chapter 22 of the James Bay and Northem Quebec Agreement. The analysis highlights the importance of the negotiation process and the resulting rights in relation to those recognized through the doctrine of ancestral rights as developed recently by Canadian tribunals.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Les flavonoïdes (anthocyanes, flavonols et proanthocyanidines) sont des éléments clés de la qualité organoleptique des baies de raisin. Chez les végétaux, l’expression des gènes de la voie de biosynthèse de ces composés est contrôlée par des complexes protéiques organisés autour des facteurs de transcription de type MYB. Dans le cadre de cette thèse, une première approche s’est intéressée aux mécanismes de régulation de l’expression du gène VvMyb5a et de l’activité biologique de la protéine codée par ce gène. L’analyse du promoteur VvMyb5a a montré que son activité au cours du développement de la baie serait plutôt placée sous contrôle hormonal. Des expériences de double hybride ont révélé que la protéine VvMyb5a pouvait interagir avec une protéine kinase de type GAMYB et une protéine WD40. Une deuxième approche, basée sur l’analyse globale du transcriptome de mutants naturels de vigne affectés dans la biosynthèse des anthocyanes, a permis d’identifier deux nouveaux gènes MYB nommés VvMybPA1 et VvMyb24. L’expression différentielle de ces gènes dans des baies de cépages rouges et blancs a été confirmée et leurs caractérisations fonctionnelles ont été engagées chez Arabidopsis thaliana. / Flavonoids, like anthocyanins, flavonols and condensed tannins, are key elements of he organoleptic quality of grape berries. In plants, expression of genes encoding enzymes of he flavonoid biosynthetic pathway is controlled by small protein complexes organised around MYB transcription factors. In the present work, we first focused on the regulatory mechanisms of VvMyb5a expression and on the biological activity of the corresponding protein. Promoter analysis indicated that VvMyb5a expression is probably mainly controlled by hormones. A yeast two-hybrid screen revealed that VvMyb5a can interact with a GAMYB ype protein kinase and a WD40 protein. In a second time, global transcriptome analysis of grapevine natural mutants deficient in anthocyanin biosynthesis led to the identification of wo new MYB genes, named VvMybPA1 and VvMyb24. Differential expression of these two genes in red and white berry skins was confirmed by RT-PCR and their functional characterizations have been initiated in Arabidopsis thaliana.

La première partie de ce travail concerne l'origine, la nature et la distribution des hydrocarbures présents dans les sédiments superficiels côtiers entre le delta du Rhône et le port de Cassis. Les teneurs en hydrocarbures totaux sont comprises entre 10 mg.kg-1 à 260 mg.kg-1 séd. sec. Seule la station 21 (émissaire de Cortiou) a un taux d'hydrocarbures très élevé (1067 mg.kg-1 séd. sec) comparativement aux autres stations.Nous avons montré que les hydrocarbures présents dans les sédiments avaient des origines multiples : biogène (apports terrestres et organismes marins) pétrolière (rejets pétroliers), hydrocarbures saturés et pyrolytique (résidus de combustion naturelle ou de combustion pétrolière).La deuxième partie traite d'une expérimentation de contamination artificielle en condition in situ par 20 m de profondeur dans le Golfe de Fos. Nous avons étudié l'évolution des hydrocarbures au bout de 1220 jours sur le site « HycarFos » à l'aide de carottiers fortement contaminés par du BAL 250 (20 g.kg-1 séd. humide).Les principaux résultats de cette étude montrent une disparition importante des hydrocarbures saturés au bout de 1220 jours avec une disparition préférentielle des n-alcanes par rapport aux alcanes ramifiés. Cette évolution est très nette dans les sédiments de surface (0-4 cm) mais également, à un degré moindre, dans les sédiments plus profonds (8-10 cm). Nos résultats sont en parfait accord avec ceux relatifs à l'évolution des hydrocarbures déversés massivement après un naufrage tel que celui de l'Amoco-Cadiz en 1978 sur les côtes bretonnes ou celui de l'Exxon Valdez en1989 sur les côtes d'Alaska. / The first part of this work concerns the origin, the nature and the distribution of hydrocarbons present in the coastal surface sediments located between the delta of the Rhone and Cassis harbor. Total hydrocarbons levels ranged from 10 mg.kg-1 to 260 mg.kg-1 sed dry weight. Only station 21 (Cortiou outfall sewer) has a very high hydrocarbon content (1067 dry mg.kg-1 sed. dry weight) compared to the other stations. Origins of hydrocarbons in surficial sediments are multiple : biogenic (terrestrial inputs, marine organisms), anthropogenic (petroleum contamination) and pyrolytic (residues of natural or anthropogenic combustions) The second part of the work deals with a study of the fate of oil in infralittoral coastal sediments. A field experimentation of artificial contamination has been conducted by 20 m of depth. We studied the evolution of hydrocarbons during a 1220 days period using PVC cores with or without a massive addition of crude Arabian Light oil (20 g.kg-1 sed wet.).The results of this study show clearly an important disappearance of saturated hydrocarbons after 1220 days with a preferential disappearance of n-alkanes compared to branched alkanes. This evolution is very well marked in the surface sediments (0-4 cm) but also, at a least degree, in the deeper sediments (8-10 cm). Our results are in good agreement with those related to the evolution of hydrocarbons in highly contaminated sediments by oil spills such as the Amoco-Cadiz in 1978 on the Brittany coasts or the Exxon Valdez in 1989 on the Alaska coasts.

Le domaine intertidal de la Baie de Bourgneuf (SO France) représente un environnement important tant sur le plan écologique que physique. La mobilité des sédiments s'avère une problématique importante pour la dynamique côtière (zone d'engraissement, zone d'érosion) et le développement de la production conchylicole ou biologique en général. Elle est contrôlée à la fois par des processus hydrodynamiques, des processus éoliens et par le comportement cohésif des sédiments. Le phénomène de cohésion est lui-même gouverné par les propriétés physiques intrinsèques aux sédiments. La télédétection hyperspectrale aéroportée est utilisée pour fournir des cartes synoptiques précises de la distribution et de la nature des sédiments de la zone littorale. <br />L'objectif principal de cette thèse est d'obtenir une cartographie des paramètres sédimentaires à partir des images hyperspectrales DAIS et ROSIS. Cela nécessite de caractériser précisément les comportements et les évolutions spectrales en liaison avec les propriétés inhérentes des faciès sédimentaires (granulométrie, contenu en eau, composition). Dans cette perspective, l'utilisation du Modèle Gaussien Modifié [MGM] semble être un outil adapté à l'extraction des propriétés bio-géophysiques. A l'instar de nombreux algorithmes capables de reconnaître les formes spectrales, le MGM permet de déconvoluer un spectre de réflectance en une somme de gaussiennes et d'un ‘continuum', permettant ainsi une estimation respective des effets d'absorption (e.g. Chl-a ; H2O) et de diffusion (e.g. taille des particules). Le travail a nécessité la mise en œuvre de nouvelles méthodologies en télédétection hyperspectrale visant à automatiser le MGM. Ce document contient en outre les mesures radiométriques (ASD Fieldspec3) et les analyses sédimentologiques (Granulométrie Laser, calcimétrie, DRX, MEB) ayant servi à élaborer les relations entre les absorptions, le continuum et les propriétés physiques des sédiments. Il contient également une description détaillée du comportement spectral des sédiments en réponse à la déshydratation. Les analyses ont également permis de montrer que le continuum MGM pouvait être utilisé comme proxy du contenu en eau et de la granulométrie. Par la suite, nous avons appliqué cette méthode d'extraction automatique [MGMA] des paramètres spectraux aux données hyperspectrales DAIS et ROSIS. Des cartes de fractions granulométriques, du contenu en eau et de la biomasse ont été obtenues avec une grande précision.

En Baie de Seine sud-orientale (shoreface à plate-forme interne), la sédimentation fine est étudiée à des échelles de temps variées, des dépôts holocènes argilo-tourbeux continentaux (9000 ans BP) aux événements de dépôt instantanés actuels liés à des "crues estuariennes". Lors de ces crues, succédant à de faibles débits prolongés, sont combinés les apports d'un stock de sédiments fins intra-estuariens et les MES originaires du bassin versant amont. Des placages de vase se mettent alors en place dans les petits fonds ouverts sableux. Ces fonds correspondent actuellement à un contexte d'ensemble érosif, où sont mises à l'affleurement les argiles holocènes; une reconstitution lithochronostratigraphique de ces dépôts fossiles est proposée. Il est montré l'importance: à l'échelle décennale et pluri-annuelle, d'un envasement progressif des sables subtidaux et, à l'échelle de la saison, d'épisodes paroxysmiques de dépôts de vase éphémères, remaniés par les houles et les courants de marée.

Les vasières intertidales sont le siège d'une forte production primaire sous la forme d'un biofilmmicrophytobenthique qui se développe en surface à marée basse. Ce biofilm se compose principalement de diatomées et de bactéries hétérotrophes. Ces deux composantes sécrètent des substances polymériques extracellulaires (EPS) qui jouent différents rôles dans le biofilm. Le travail présenté s'est basé sur différentes échelles d'observation (in situ à 2 saisons, mésocosme en laboratoire, et échelle fine du biofilm en microscopie confocale) et a permis de mettre en évidence les interactions des diatomées et des bactéries à différents moments de la marée et du nycthémère. L'utilisation d'une nouvelle méthode d'extraction des EPS a permis d'éclaircir leur rôle en évitant les contaminations par les substances internes provoquées par les méthodes classiques. Les EPS colloïdales particulièrement riches en glucose s'associent au déplacement des diatomées, notamment lors d'un stress (sursalure, carence en nutriments) et sont préférentiellement consommées par les bactéries, après leur dégradation par les enzymes ou leur hydrolyse dans l'eau interstitielle. Les EPS liées au frustule, et plus particulièrement les sucres, inhiberaient le développement bactérien à proximité de la cellule algale. Elles sont surtout sécrétées lors de la mise en place du biofilm et pour protéger la cellule quand les conditions sont osmotiquement défavorables et leur richesse en protéine leur confère un potentiel intéressant pour les bactéries qui peuvent les utiliser comme substrat azoté en cas de carence. D'autres substances ont été plutôt sécrétées parles bactéries telles que les N-acétylglucosamines et les protéines colloïdales de bas poids moléculaire,certainement des enzymes bactériennes, ainsi que le glucose qui semble être associé au EPS colloïdaux des diatomées mais aussi aux EPS bactériens selon l'analyse en microscopie confocale en utilisant des lectines comme marqueurs d'EPS.

Les Poissons de la baie de Douarnenez peuvent être regroupés en 3 catégories: les Poissons répandus dans toutes les mers d'Europe, les Poissons de l'Atlantique Nord et les Poissons des mers méridionales d'Europe. La convergence des principaux courants de cette région et des courants de marée favorisent la dissémination des œufs dans les baies et le long des côtes. Les sédiments et les conditions hydrologiques particulières de la baie de Douarnenez ont largement favorisé l'acclimatation des Poissons plats dans cette zone. 16 espèces appartenant à 4 familles (Bothidae, Scophthalmidae, Pleuronectidae, Soleidae) vivent et transitent sur un substrat principalement formé de sables et de graviers. Des observations, menées pendant 8 années, ont, apporté des éléments importants sur la reproduction(cycles sexuels, saisons de ponte), la croissance des immatures et des reproducteurs, la distribution des espèces dans cette aire de ponte, d'alimentation et de nourricerie. Une exploitation artisanale et régulée, à petite échelle, maintient l'équilibre des populations de Poissons plats sur la zone .

Pendant plus de deux cents ans, la Gaspésie a vécu de ses ressources naturelles, étant considérée à bien des égards comme une simple région ressource. Comme ce type d'économie est dépendant de la disponibilité des richesses naturelles, il est donc sujet à s'effondrer si celles-ci sont surexploitées. C'est ce que vit présentement la région puisque tant les secteurs de la pêche, de la foresterie et des mines y sont en déclin. Une réorientation de l'économie dans la région est donc impérative afin d'assurer sa pérennité. À cet égard, le tourisme, et plus particulièrement l'écotourisme, apparaît comme une solution prometteuse. En effet, la Gaspésie jouit d'un riche patrimoine naturel et culturel dont la mise en valeur, dans une optique de développement durable, ne compromet en rien les attraits sur lesquelles elle repose, contrairement à la simple extraction des ressources. De plus, cette économie vient jouer un rôle dans l'éducation des gens quant à l'importance de la préservation de l'environnement et d'une saine gestion des ressources. Cette recherche vise donc à favoriser la prise de conscience, tant de la part des touristes que des résidants, de l'importance du patrimoine naturel et historique qui les entoure tout en les sensibilisant à la détérioration rapide de l'environnement et ce, en se basant sur les principes de l'écotourisme dans un contexte de développement durable. Pour y parvenir, une grille d'analyse élaborée à partir de travaux similaires a permis la sélection de 95 sites d'attraits du patrimoine naturel et historique de l'arrière-pays qui ont ensuite été regroupés le long de cinq sentiers écotouristiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Patrimoine naturel et culturel, Écotourisme, Circuits de sentiers pédestres, Développement régional.