Implicitement, identifier des similarités entre deux génomes revient à décrire une propriété ancestrale qu'ils partagent encore de nos jours. L'abondance de données génomiques provenant de centaines d'espèces différentes rend possible de nombreuses comparaisons de ce type, mais souvent restreinte à deux espèces comparées l'une à l'autre, hors de tout cadre unifié et sans références particulières. Ce travail de thèse décrit une nouvelle méthode, appelée AGORA (Algorithms for Gene Order Reconstruction in Ancestors), pour reconstruire de manière automatique et systématique l'ordre des gènes et les caryotypes de toutes les espèces ancestrales dans une phylogénie donnée. AGORA est capable de gérer les duplications de gènes, les délétions, et les gains, et interprète de manière réaliste des phylogénies complexes de gènes. Nous avons appliqué la méthode chez 46 espèces de vertébrés séquencées et annotées (en utilisant 8 espèces supplémentaires en référence externe) pour reconstruire des ordres de gènes ancestraux dans 43 génomes ancestraux sur près de 600 millions d'années d'évolution. Les performances d'AGORA ont été mesurées par des simulations de génomes de vertébrés, et par confrontation à des génomes ancestraux déjà connus. Les données, présentées graphiquement dans un serveur web nommé Genomicus (http://www.dyogen.ens.fr/genomicus) fournissent un nouveau cadre unifié dans lequel les génomes ancestraux peuvent servir de référence naturelle auxquelles comparer les génomes modernes qui en descendent. À ce titre, ces données fournissent une nouvelle ressource pour étudier l'évolution de l'organisation de l'information génétique dans les génomes. / Biological studies rarely limit to the single-genome-analysis, and often include several species, thus encompassing an entire window of genome evolution (by the comparison of several species), and adding time and evolution as a new dimension to the study. Generally, this includes defining characters of ancestral genomes. With the lack of a wide ancestral genomes database, studies are often performed several times. Here we describe a new method, named AGORA (Algorithms for Gene Order Reconstruction in Ancestors) to automatically and systematically reconstruct gene order and karyotypes in all the ancestral species of a given phylogeny. AGORA can handle different gene content between species (duplications, gains, and loss) by using accurate gene phylogenies as input. We applied AGORA on 46 sequenced and annotated vertebrate genomes (using 8 outgroups genomes) to reconstruct ancestral gene order in 43 ancestral genomes on a 600 million years time-frame. AGORA performances were estimated using simulated datasets, and comparison with other studies. The results can be freely browsed and downloaded from a new web server, Genomicus, dedicated to the study of genome evolution, helping areas such as gene evolution, or genome rearrangements.

Vers la fin des années 1980, les gardes-chasse de l'Île Manitoulin ont organisé et effectué une infiltration technique pour faire cesser une pratique de braconnage et de vente de gibier par des personnes de l'île à des acheteurs de l'extérieur. Cette opération a impliqué 60 gardes-chasse et a abouti à la mise en accusation de 21 membres des Premières Nations. Dans le rocès qui suivit, tous les «Blancs» furent condamnés à des amendes après avoir déposé un plaidoyer de culpabilité tandis que les Amérindiens subirent un long procès de sept ans qui s'est terminé par une décision sans sentence. Ce procès a vu plusieurs rebondissements. Les avocats de la défense ont fait appel à tous les arguments ossibles en se référant au droit constitutionnel. L'argument final fut que les membres des Premières Nations ont des droits ancestraux et des droits reconnus par les traités, des droits de chasse et de pêche sur toute la surface de l'île et des terres nvironnantes. Selon ces traités, ils possèdent parallèlement un droit d'échange de archandise. La question fondamentale est donc de savoir si les droits ancestraux et les traités sont encore compatibles avec l'utilisation de moyens modernes de récolte. Peut-il y avoir pluralisme juridique anachronique? Les politiques modernes sont-elles compatibles avec les coutumes ancestrales?

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La génomique comparative est une discipline de la biologie qui s'intéresse à l'évolution des génomes par le biais de la comparaison entre espèces de leur structure et de l'information qu'ils contiennent. Implicitement, identifier des similarités entre deux génomes revient à décrire une propriété ancestrale qu'ils partagent encore de nos jours. L'abondance de données génomiques provenant de centaines d'espèces différentes rend possible de nombreuses comparaisons de ce type, mais souvent restreinte à deux espèces comparées l'une à l'autre, hors de tout cadre unifié et sans références particulières. Ce travail de thèse décrit une nouvelle méthode, appelée AGORA (Algorithms for Gene Order Reconstruction in Ancestors), pour reconstruire de manière automatique et systématique l'ordre des gènes et les caryotypes de toutes les espèces ancestrales dans une phylogénie donnée. AGORA est capable de gérer les duplications de gènes, les délétions, et les gains, et interprète de manière réaliste des phylogénies complexes de gènes. Nous avons appliqué la méthode chez 46 espèces de vertébrés séquencées et annotées (en utilisant 8 espèces supplémentaires en référence externe) pour reconstruire des ordres de gènes ancestraux dans 43 génomes ancestraux sur près de 600 millions d'années d'évolution. Les performances d'AGORA ont été mesurées par des simulations de génomes de vertébrés, et par confrontation à des génomes ancestraux déjà connus. Les données, présentées graphiquement dans un serveur web nommé Genomicus (http://www.dyogen.ens.fr/genomicus) fournissent un nouveau cadre unifié dans lequel les génomes ancestraux peuvent servir de référence naturelle auxquelles comparer les génomes modernes qui en descendent. À ce titre, ces données fournissent une nouvelle ressource pour étudier l'évolution de l'organisation de l'information génétique dans les génomes.

Les Cris de la Baie James sont parmi les premiers bénéficiaires d'un traité moderne qui prévoit un rôle déterminant pour les Autochtones dans la gestion de l'environnement et du développement des ressources naturelles. À travers la Convention de la Baie James et du Nord québécois, les Cris participent à la gestion de l'environnement et sont assurés d'un droit de regard sur les projets de développement futurs dans l'ensemble de leur partie du territoire conventionné. Cette participation, qui est le fruit d'une intense négociation, est aujourd'hui renforcée, à travers des ententes de coopération subséquentes, grâce notamment, à l'émergence du mouvement écologiste qui a contribué à la reconnaissance d'un rôle particulier pour les Autochtones à l'égard de l'environnement. Par l'examen des mécanismes de protection de l'environnement, notamment le processus d'évaluation environnementale, aux termes du chapitre 22 de la Convention de la Baie James et du Nord québécois, cette étude met en lumière l'importance du processus de négociation et des droits qui en résultent par rapport à ceux reconnus en vertu de la doctrine des droits ancestraux telle que développée récemment par les tribunaux canadiens. / The James Bay Cree were among the first to benefit from a modem treaty which gave aboriginal peoples a detennining role in environmental management and natural resource development. Under the James Bay and Northem Quebec Agreement, the Cree have a role in environmental management and the right to take part in the development of future projects planned on lands subject to the James Bay and Northem Quebec Agreement, south of the 55th parallel. That participation was won through intense negotiation. Due particularly to the growing ecological movement which contributed to the recognition of the special role of indigenous peoples with respect to the environment, later cooperation agreements served to reinforce indigenous participation. The present study looks at the environmental protection mechanisms, in particular the environmental assessment process as defined in Chapter 22 of the James Bay and Northem Quebec Agreement. The analysis highlights the importance of the negotiation process and the resulting rights in relation to those recognized through the doctrine of ancestral rights as developed recently by Canadian tribunals.

Made available in DSpace on 2016-04-26T14:53:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rosangela Paulino de Oliveira.pdf: 9660359 bytes, checksum: 92ef645bf395d667b3d494c843579cc1 (MD5) Previous issue date: 2011-05-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cette thèse a comme objectif rechercher quel le sens de la mort pour les congadeiros de la Communauté des Arturos, Minas Gerais. Comment l'univers mythique religieux du groupe influence dans sa dynamique de vie et quelles transformations viennent en se produisant au long du temps. Le décès démontre la forme comme un peuple, avec tout son arsenal symbolique, affronte et donne du sens à la vie. Chez la Communauté des Arturos sont les anciens, gardiens des savoirs ancestraux, qui essayent, avec persévérance, vaincre la dessacralization de la vie et de la mort par les urgences de la modernité, et maintenir les rites de décès comme une forme de préserver les savoirs acquis au long des temps et transmis de génération dans génération. Le lieu de la recherche est la Communauté de l'Arturos, qui dans la Ville de Contagem, Minas Gerais, représente un des groupes le plus ancien et traditionnels de congada de Minas Gerais, et est le responsable d'un patrimoine culturel de plus de cent et vingt ans / Cette thèse a comme objectif rechercher quel le sens de la mort pour les congadeiros de la Communauté des Arturos, Minas Gerais. Comment l'univers mythique religieux du groupe influence dans sa dynamique de vie et quelles transformations viennent en se produisant au long du temps. Le décès démontre la forme comme un peuple, avec tout son arsenal symbolique, affronte et donne du sens à la vie. Chez la Communauté des Arturos sont les anciens, gardiens des savoirs ancestraux, qui essayent, avec persévérance, vaincre la dessacralization de la vie et de la mort par les urgences de la modernité, et maintenir les rites de décès comme une forme de préserver les savoirs acquis au long des temps et transmis de génération dans génération. Le lieu de la recherche est la Communauté de l'Arturos, qui dans la Ville de Contagem, Minas Gerais, représente un des groupes le plus ancien et traditionnels de congada de Minas Gerais, et est le responsable d'un patrimoine culturel de plus de cent et vingt ans / Esta tese tem como objetivo investigar qual o sentido da morte para os congadeiros da Comunidade dos Arturos, em Minas Gerais. Como o universo mítico religioso do grupo influencia na sua dinâmica de vida e que transformações vêm ocorrendo ao longo do tempo. A morte demonstra a forma como um povo, com todo seu arsenal simbólico, enfrenta e dá sentido à vida. Na Comunidade dos Arturos, são os velhos, guardiões dos saberes ancestrais, que tentam, com perseverança, vencer a dessacralização da vida e da morte pelas emergências da modernidade, e manter os ritos de morte como forma de preservar os saberes adquiridos ao longo dos tempos e transmitidos de geração em geração. O local da pesquisa é a Comunidade dos Arturos, no Município de Contagem, Minas Gerais, que representa um dos grupos mais antigos e tradicionais de congada de Minas Gerais, e é responsável por um patrimônio cultural de mais de cento e vinte anos

Les Cris de la Baie James sont parmi les premiers bénéficiaires d'un traité moderne qui prévoit un rôle déterminant pour les Autochtones dans la gestion de l'environnement et du développement des ressources naturelles. À travers la Convention de la Baie James et du Nord québécois, les Cris participent à la gestion de l'environnement et sont assurés d'un droit de regard sur les projets de développement futurs dans l'ensemble de leur partie du territoire conventionné. Cette participation, qui est le fruit d'une intense négociation, est aujourd'hui renforcée, à travers des ententes de coopération subséquentes, grâce notamment, à l'émergence du mouvement écologiste qui a contribué à la reconnaissance d'un rôle particulier pour les Autochtones à l'égard de l'environnement. Par l'examen des mécanismes de protection de l'environnement, notamment le processus d'évaluation environnementale, aux termes du chapitre 22 de la Convention de la Baie James et du Nord québécois, cette étude met en lumière l'importance du processus de négociation et des droits qui en résultent par rapport à ceux reconnus en vertu de la doctrine des droits ancestraux telle que développée récemment par les tribunaux canadiens. / The James Bay Cree were among the first to benefit from a modem treaty which gave aboriginal peoples a detennining role in environmental management and natural resource development. Under the James Bay and Northem Quebec Agreement, the Cree have a role in environmental management and the right to take part in the development of future projects planned on lands subject to the James Bay and Northem Quebec Agreement, south of the 55th parallel. That participation was won through intense negotiation. Due particularly to the growing ecological movement which contributed to the recognition of the special role of indigenous peoples with respect to the environment, later cooperation agreements served to reinforce indigenous participation. The present study looks at the environmental protection mechanisms, in particular the environmental assessment process as defined in Chapter 22 of the James Bay and Northem Quebec Agreement. The analysis highlights the importance of the negotiation process and the resulting rights in relation to those recognized through the doctrine of ancestral rights as developed recently by Canadian tribunals. / "Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de LL.M. en Maîtrise option recherche". Ce mémoire a été accepté à l'unanimité et classé parmi les 10% des mémoires de la discipline. Commentaires du jury : "De façon unanime, le jury estime qu'il s'agit d'un très bon mémoire, sûrement de qualité publiable sous réserve de quelques modifications mineures. Il fait de manière convaincante la preuve que la négociation est un vecteur de réalisation des aspirations politiques autochtones infiniment plus efficace que ne l'est la contestation judiciaire."

Les années 2000 ont vu l'apparition des technologies de séquençage haut-débit permettant de faire chuter le coût en temps et argent du séquençage du génome complet et ouvrant la perspective à des analyses de la phylogénie des espèces à l'échelle de génome entiers. Dans cette optique des méthodes pour l'inférence de l'histoire évolutive de l'ordre de marqueurs génomiques le long d'un phylogénie ont été développées. Cependant, les assemblages d'une majorité des grands génomes d'eucaryotes demeurent incomplètement résolues et ne permettent donc pas, en tant que tel, leur exploitation pour la reconstruction de l'histoire évolutive de l'ordre des gènes de ces espèces. C'est dans ce contexte que nous avons développé l'algorithme adseq qui permet de conjointement reconstruire l'histoire évolutive de l'ordre de gènes en considérant la fragmentation des génomes actuels et améliorant l'assemblage de ceux-ci par génomique comparative / The early 2000s saw the emergence of high-throughput sequencing technologies that would bring down the time and cost of sequencing the entire genome and opening the perspective to whole genome-scale species phylogeny. In this perspective, methods for the inference of evolutionary history of the order of genomic markers along a phylogeny have been developed. However, assemblies of a majority of the large eukaryotic genomes remain incompletely resolved and therefore do not, as such, allow their exploitation for the reconstruction of evolutionary history of the order of the genes of these species. It is in this context that we have developed the algorithm ADseq which allows to jointly reconstruct the evolutionary history of the order of genes by considering the fragmentation of the extant genomes and improve the assembly of these by comparative genomics

L’inférence de génomes ancestraux est une étape essentielle pour l’étude de l’évolution des génomes. Connaissant les génomes d’espèces éteintes, on peut proposer des mécanismes biologiques expliquant les divergences entre les génomes des espèces modernes. Diverses méthodes visant à résoudre ce problème existent, se classant parmis deux grandes catégories : les méthodes de distance et les méthodes de synténie. L’état de l’art des distances génomiques ne permettant qu’un certain répertoire de réarrangements pour le moment, les méthodes de synténie sont donc plus appropriées en pratique. Nous proposons une méthode de synténie pour la reconstruction de génomes ancestraux basée sur une définition relaxée d’adjacences de gènes, permettant un contenu en gène inégal dans les génomes modernes causé par des pertes de gènes de même que des duplications de génomes entiers (DGE). Des simulations sont effectuées, démontrant une capacité de former une solution assemblée en un nombre réduit de régions ancestrales contigües par rapport à d’autres méthodes tout en gardant une bonne fiabilité. Des applications sur des données de levures et de plantes céréalières montrent des résultats en accord avec d’autres publications, notamment la présence de fusion imbriquée de chromosomes pendant l’évolution des céréales. / Ancestral genome inference is a decisive step for studying genome evolution. Knowing genomes from extinct species, one can propose biological mecanisms explaining divergences between extant species genomes. Various methods classified in two categories have been developped : distance based methods and synteny based methods. The state of the art of distance based methods only permit a certain repertoire of genomic rearrangements, thus synteny based methods are more appropriate in practice for the time being. We propose a synteny method for ancestral genome reconstruction based on a relaxed defenition of gene adjacencies, permitting unequal gene content in extant genomes caused by gene losses and whole genome duplications (WGD). Simulations results demonstrate our method’s ability to form a more assembled solution rather than a collection of contiguous ancestral regions (CAR) with respect to other methods, while maintaining a good reliability. Applications on data sets from yeasts and cereal species show results agreeing with other publications, notably the existence of nested chromosome fusion during the evolution of cereals.

L’inférence de génomes ancestraux est une étape essentielle pour l’étude de l’évolution des génomes. Connaissant les génomes d’espèces éteintes, on peut proposer des mécanismes biologiques expliquant les divergences entre les génomes des espèces modernes. Diverses méthodes visant à résoudre ce problème existent, se classant parmis deux grandes catégories : les méthodes de distance et les méthodes de synténie. L’état de l’art des distances génomiques ne permettant qu’un certain répertoire de réarrangements pour le moment, les méthodes de synténie sont donc plus appropriées en pratique. Nous proposons une méthode de synténie pour la reconstruction de génomes ancestraux basée sur une définition relaxée d’adjacences de gènes, permettant un contenu en gène inégal dans les génomes modernes causé par des pertes de gènes de même que des duplications de génomes entiers (DGE). Des simulations sont effectuées, démontrant une capacité de former une solution assemblée en un nombre réduit de régions ancestrales contigües par rapport à d’autres méthodes tout en gardant une bonne fiabilité. Des applications sur des données de levures et de plantes céréalières montrent des résultats en accord avec d’autres publications, notamment la présence de fusion imbriquée de chromosomes pendant l’évolution des céréales. / Ancestral genome inference is a decisive step for studying genome evolution. Knowing genomes from extinct species, one can propose biological mecanisms explaining divergences between extant species genomes. Various methods classified in two categories have been developped : distance based methods and synteny based methods. The state of the art of distance based methods only permit a certain repertoire of genomic rearrangements, thus synteny based methods are more appropriate in practice for the time being. We propose a synteny method for ancestral genome reconstruction based on a relaxed defenition of gene adjacencies, permitting unequal gene content in extant genomes caused by gene losses and whole genome duplications (WGD). Simulations results demonstrate our method’s ability to form a more assembled solution rather than a collection of contiguous ancestral regions (CAR) with respect to other methods, while maintaining a good reliability. Applications on data sets from yeasts and cereal species show results agreeing with other publications, notably the existence of nested chromosome fusion during the evolution of cereals.