Face à la dégradation des écosystèmes, associée à une modification de la structure des communautés, voir à une disparition accrues de certaines espèces, les enjeux majeurs de ce siècle sont d'étudier la biodiversité et les facteurs pouvant interagir sur celle-ci, et d'étudier le<br />rôle fonctionnel de cette biodiversité. Dans ce contexte, il s'est agit pour moi d'étudier la composition et la diversité de communautés eubactériennes et de cyanophages dans des écosystèmes pélagiques des grands lacs Alpins français, ayant subi des pressions anthropiques plus ou moins intenses. Ainsi, nous avons mené trois études dans trois lacs de statuts trophiques différents : le lac d'Annecy est oligotrophe et peut être considéré comme système de référence, alors que les deux autres lacs, le Bourget et le Léman sont ésotrophes. Le lac du Bourget se distingue des deux autres par la présence régulière et massive d'une cyanobactérie filamenteuse toxique, Planktothrix rubescens, qui prolifère dans ses eaux depuis 1998. Sur un plan méthodologique, l'étude de la composition de la communauté eubactérienne et cyanophage a été réalisée au moyen de la technique de DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), alors que la technique de lonage-séquençage a été utilisée afin de pouvoir identifier les groupes taxonomiques et d'inférer des relations phylogénétiques. De la première étude il apparaît que l'essentiel de la variabilité de la composition eubactérienne du lac du Bourget se situe sur une échelle verticale plutôt qu'horizontale lorsque le lac est thermiquement stratifié. Cette variabilité verticale reflète la présence de couches thermiques différentes et des micro-couches chimiques (notamment liées aux<br />phosphates), favorisant l'établissement de communautés différentiellement adaptées aux conditions qu'elles rencontrent. Pendant la période de brassage des eaux (hiver), la composition de la communauté est homogène sur l'ensemble de la masse d'eau. L'influence<br />des tributaires sur la composition eubactérienne se restreint à la zone d'embouchure. D'un point de vue méthodologique, ces résultats suggèrent qu'à condition d'éviter le littoral et d'autres zones isolées, un nombre restreint d'échantillons pourrait être suffisant pour décrire de façon représentative la composition de la communauté eubactérienne dans un grand lac. La deuxième étude montre tout d'abord que les trois lacs possédaient des communautés eubactériennes caractéristiques des écosystèmes lacustres, avec une diversité relativement faible. Les Actinobactéries constituent le groupe dominant au sein de ces communautés. Nous avons également montré l'absence de changements majeurs dans la composition selon les saisons, l'origine géographique ou la profondeur. Des changements dus à des pressions locales peuvent intervenir sur une faible proportion de la masse d'eau et<br />sporadiquement : au niveau de l'épilimnion au printemps et en été lorsque les biomasses phytoplanctoniques sont importantes. Il est probable que la forte ressemblance entre les communautés eubactériennes de ces trois lacs, en dépit d'états trophiques différents, soit due à<br />leur grand volume : l'hypolimnion présente une part très importante de ces lacs ; ici des nombreux processus et facteurs environnementaux sont communs aux trois lacs. Ce sont donc des pressions régionales qui ont une influence sur la composition des communautés<br />eubactériennes des trois grands lacs Alpins français.<br />La troisième étude, a mis en évidence une diversité de cyanophages du lac du Bourget relativement grande. La composition de cette communauté subit des changements saisonniers qui sont liés indirectement ou directement à la température et à la chlorophylle a. L'analyse de la dynamique des différents composants microbiens montre également que les séquences<br />de cyanophages obtenues semblent plus probablement provenir de cyanophages parasites de Picocyanobactéries que de « microcyanobactéries » comme P. rubescens.

Le XXème siècle a connu une transformation sans précédent des milieux naturels du fait d'une urbanisation galopante et par voie de conséquence un développement très important du réseau routier et autoroutier. Les zones humides ont été fortement touchées par ces modifications puisqu'elles ont régressé de près de 90 % en Europe au cours de cette période. Afin d'éviter une contamination des milieux aquatiques due au trafic routier, la loi sur l'eau de 1992 a obligé les sociétés d'autoroutes à traiter les écoulements de chaussées résultant de l'activité routière. Ces mesures se sont traduites par la création de bassins d'eaux pluviales dont les objectifs sont de (i) limiter les risques de pollution (chronique ou accidentelle) et (ii) de réduire les risques de perturbation hydrauliques. La multiplication de ces ouvrages dans le paysage a engendré la constitution d'un vaste réseau de micro-zones humides, soit autant de nouveaux espaces écologiques vierges rapidement colonisés par une grande variété d'organismes. Malgré leur grand nombre et leur originalité, ces milieux ont été peu étudiés jusqu'à présent.<br />Notre étude, localisée dans le sud de la France, en région Méditerranéenne, a consisté en un suivi d'un an des communautés d'invertébrés aquatiques, d'odonates et d'amphibiens dans six bassins d'eau pluviale autoroutiers du réseau des Autoroutes du Sud de la France (ASF). Nous avons cherché à répondre à trois questions principales, à savoir (i) quel est le degré de contamination de ces sites? (ii) quelle est leur richesse biologique? et (iii) peut-on qualifier et quantifier un impact de la pollution routière sur les communautés vivantes de ces bassins?.<br />Nous avons démontré la présence d'une pollution très hétérogène dans l'espace et le temps, principalement caractérisée par une contamination des sédiments par les hydrocarbures, le cuivre et le zinc ainsi que par la présence plus ou moins régulière d'herbicides dans la colonne d'eau. Les faunes d'invertébrés et de vertébrés ayant colonisé ces espaces ont été caractérisées en terme de structure des communautés. Ces dernières s'avèrent riches et diversifiées, et en particulier pour le peuplement d'odonates. Si la pollution routière ne permet pas d'expliquer les patrons de distribution des espèces dans les mares, à l'exception d'un effet notable du salage hivernal, la biodiversité échantillonnée se révèle être sensible à des variables écologiques jouant à différentes échelles : la composition de la matrice paysagère adjacente pour le peuplement amphibien et la surface des bassins ou la richesse en macrophytes pour les odonates. <br />Ces résultats nous amènent à porter une réflexion sur les adaptations de la Nature face à une anthropisation croissante de notre environnement.

Cette étude permet une approche de la gestion et de la protection du milieu marin de la mer d'Iroise à partir des connaissances biologiques et écologiques acquises pour l'ensemble de la zone. Ce travail s'insère dans les préoccupations nationales et internationales de conservation de la biodiversité par l'acquisition et la synthèse de connaissances scientifiques et leur restitution aux autres acteurs de la conservation. La richesse biologique de cette région marine est attestée par la présence d'espèces-phares mais le milieu benthique restait largement méconnu. Cette étude apporte des données qui complètent les connaissances sur la sédimentologie des fonds de l'Iroise et permettent d'en préciser la couverture sédimentaire et la variabilité spatiale et saisonnière. Une large gamme de types sédimentaires est représentée, avec une importance originale pour les cailloutis et les graviers et l'organisation des sédiments en couches superposées, induisant une complexité d'habitats ; de plus, la variabilité spatiale masque la variabilité saisonnière. L'étude de la faune benthique des fonds meubles permet de définir les habitats et les communautés du milieu marin de l'Iroise, avec six grandes unités de peuplement comportant chacune plusieurs faciès, dont certains à grande valeur écologique et patrimoniale. L'importance de la zone frontale du large et son influence sur les communautés benthiques sont mises en évidence. Une analyse de l'utilisation de l'espace et des ressources en mer d'Iroise est proposée, ainsi qu'un bilan concernant la biodiversité et l'état actuel des réflexions internationales sur les aires marines protégées. La synthèse finale dégage les enjeux des habitats et des peuplements de l'Iroise puis les pressions anthropiques potentielles à court et moyen termes. Les priorités et les solutions pour la conservation de ce milieu marin sont discutées et un plan de zonage multi-usages est proposé dans le cadre du futur Parc National Marin de la mer d'Iroise.

Les études présentées dans ce manuscrit traitent de la diversité et de l'écologie des communautés procaryotiques des zones anoxiques pélagiques de deux écosystèmes lacustres : le lac d'Aydat, typiquement eutrophe, qui présente en période de stratification thermique un hypolimnion anoxique ; et le lac Pavin, unique lac méromictique de France, exhibant une zone anoxique permanente. Les analyses de la structure, de la diversité, et de la dynamique spatiale et- /ou temporelle du bacterioplancton des strates anoxiques de ces deux lacs par des approches moléculaires ont révélé une forte diversité microbienne accentuée par une stratification spatiale du bacterioplancton. Les investigations complémentaires sur les relations phylogénétiques et sur l'étude de métabolismes microbiens ont été focalisées sur les communautés de la zone anoxique du Lac Pavin en raison de son caractère original. Les banques de clones construites à partir d'échantillons d'eau anoxique prélevés à différentes strates dans le monimolimnion ont révélé que les communautés bactériennes sont dominées par des espèces affiliées aux δ-Proteobacteria, aux Verrucomicrobia, aux Bacteroidetes et à la division candidate OP11. Les séquences ARNr16S des Archaea sont principalement affiliées au groupe des Méthanosarcinales, observation confirmée par hybridation in situ. Les études in vitro de la réduction dissimilatrice du Fe (III), dans des cultures d'enrichissements, ont confirmé que les concentrations élevées en fer ferreux observées dans la sub-chémocline du Lac Pavin résultaient pour partie de l'activité de microorganismes. Dans ces enrichissements, les microorganismes couplent la réduction du Fe (III) avec l'oxydation préférentielle du fumarate, de l'H2, du CH4 et du lactate. Aucune accumulation de Fe (II) n'a été notée dans les enrichissements supplémentés en acétate comme donneur d'électrons. Cette observation suggère que ce métabolite pourrait être principalement utilisé dans le processus de méthanogénèse, et pourrait être produit pour partie par l'activité de bactéries Gram-positives homoacétogènes. L'hétérogénéité des profils TTGE réalisés à partir des différentes conditions d'enrichissements de BFR suggère que ces dernières peuvent occuper des niches écologiques très diverses dans le monimolimnion du Lac Pavin. Aucune séquence n'a été affiliée à des BFR* obligatoires identifiées dans d'autres écosystèmes. L'affiliation de séquences à des espèces appartenant au genre Desulfovibrio suggère que certaines BSR† utilisent cet accepteur d'électron. Des activités significatives de réduction du Fe (III) ont également été mises en évidence chez des souches fermentatives isolées de la zone anoxique de ce lac. L'étude plus particulière de la souche BS2 a révélé que cette voie métabolique pouvait lui conférer un avantage énergétique et donc écologique. L'ensemble du travail qui se situe dans les domaine de l'écologie microbienne et de l'environnement ouvre un large champ d'investigations tant au niveau cognitif qu'appliqué. Les perspectives prévoient d'affiner la compréhension du rôle des microorganismes anaérobies des systèmes lacustres dans les cycles biogéochimiques et plus généralement dans la compréhension du rôle de la biodiversité microbienne afin de répondre de façon raisonnée à une demande sociétale forte dans ces domaines.

En France, depuis la loi de 2009 dite Grenelle 1, les projets d'aménagement de trames vertes se multiplient. Ce phénomène est visible sous de multiples formes à différentes échelles territoriales, du national au local. Nous formulons alors la problématique suivante : les trames vertes : entre discours et matérialité, quelles réalités ? La thèse, mobilisant les concepts de la géographie, s'intéresse à l'articulation : du discours des aménageurs, des politiques mises en place, des formes de gestion existantes, de la matérialité des trames vertes et ses représentations sociales. Tout en s'inscrivant dans une démarche multiscalaire du national au communal, les recherches s'attachent à étudier la notion de trames vertes à l'échelle de l'intercommunalité en espace périurbain, à travers un site de référence : l'agglomération angevine.

La dispersion des poissons des récifs coralliens dépend, pour une large part, de l'existence de larves pélagiques qui peuvent être transportées au sein des courants marins loin de la population source. De l'efficacité de ce transport dépendra l'existence de populations formant un continuum, plus ou moins connectées, tout le long des zones de récifs. Toutefois, ce phénomène de dispersion est complexe et il implique aussi d'autres facteurs, physiques et biologiques, qui influent sur la dispersion de ces organismes.L'objectif de cette thèse a été d'étudier les effets des caractéristiques géographiques de l'archipel cubain et de la biologie des espèces sur la structure génétique et la connectivité des populations de poissons de récifs en utilisant comme modèle trois espèces présentant des traits d'histoire de vie différents : Stegastes partitus, Haemulon flavolineatum et Acanthurus tractus.Nous avons échantillonné des individus adultes dans cinq localités situées autour de l'archipel cubain pendant la période 2005-2010. Le polymorphisme de marqueurs microsatellites a été étudié chez S. partitus et H. flavolineatum, celui de la région non codante de l'ADNmt chez les trois espèces et celui du gène cytb chez A. tractus.L'analyse de la diversité génétique des locus microsatellites révèle des taux d'hétérozygotie observés (Ho) et attendus (He) élevés à chaque locus et pour les deux espèces, mais elles présentent différents patrons d'organisation de la diversité génétique. Chez S. partitus, la comparaison des localités prises deux à deux nous montre une différentiation exprimée par des valeurs de FST très faibles mais significatives, alors que chez H. flavolineatum aucune structuration géographique n'est observée. Ces résultats sont confirmés au niveau de l'ADN mitochondrial, lequel indique aussi une absence de différentiation d'A. tractus pour l'ensemble des localités étudiées. Les différences de structuration génétique des espèces étudiées pourraient être le résultat des effets des courants marins autour de l'ile qui agissent de façon différente sur la dispersion des espèces en fonction de leur comportement reproducteur (e.g. sites de fraie, œufs pélagiques ou benthiques et capacité des larves de rester prêt des récifs natals ou d'être transportés au loin).Pour les marqueurs mitochondriaux, nous avons obtenu des valeurs élevées de diversité haplotypique pour les trois espèces, mais la diversité nucléotidique est très différente selon les espèces, faible chez S. partitus, grande chez H. flavolineatum, et très grande chez A. tractus. La distribution du nombre de différences entre les séquences suggère que ces populations sont passées par des périodes d'expansion démographique. Ceci est confirmé par les estimations des paramètres de tests de neutralité. Les paramètres caractérisant la croissance des populations qui ont été obtenus pour les trois espèces ne sont pas semblables, ce qui suggère que le temps et l'ampleur des événements d'expansion ont été différents pour les trois espèces.L'analyse du gène cytb nous a permis d'identifier des haplotypes chez A. tractus qui n'avaient été observés préalablement que chez A. bahianus. L'aire de répartition de cette dernière espèce a été récemment restreinte à l'Atlantique Sud sur la base de la divergence génétique avec A. tractus et de la séparation géographique qui est maintenu par la barrière que constitue l'embouchure des rivières Orénoque et Amazone. La présence d'haplotypes du sud à Cuba suggère que des individus du sud ont été capables de traverser cette barrière.

Le but est de vérifier deux situations: chez les États parties de la Convention sur la diversité biologique, l'influence de la protection de l'exercice du droit à l'autonomie gouvernementale de peuples autochtones dans la protection de connaissances traditionnelles liées à la protection de la diversité biologique. Ainsi que de vérifier chez les peuples autochtones choisis, l'influence de l'exercice de l'autonomie gouvernementale dans le contrôle et la protection des connaissances traditionnelles. Cette recherche multidisciplinaire se déroule dans les limites du droit en permettant d'étudier des oeuvres des scientifiques juristes et non juristes comme des politologues, des anthropologues, des biologistes et des écologistes. Au plan scientifique, la recherche multidisciplinaire en droit international est, de plus actuelle, étant donné le rapport qui se manifeste dans la réalité entre différentes notions comme la protection de la diversité biologique et de connaissances traditionnelles environnementales ainsi que la protection de l'exercice du droit à l'autonomie gouvernementale de peuples autochtones. Alors, la présente recherche ambitionne de contribuer au développement des rapports entre ces concepts provenant de différentes disciplines de telle sorte que la recherche devienne plus complète et enrichie. La méthodologie utilisée est l'induction consistant à développer un argument de recherche qui puisse être validé à travers l'analyse comparative des trois études de cas. Cette analyse utilise les méthodes comparatives développées par plusieurs chercheurs comme Dogan et Pelassy, Durkheim, Max Weber et Van Hoecke. Les études de cas sont les suivants: le peuple autochtone Orang Asli de la Malaisie, le peuple autochtone zapotèque du Mexique et le peuple autochtone Kuna du Panama. Ces cas permettront d'appliquer le rapport théorique des concepts de protection de connaissances traditionnelles environnementales, de la protection de l'exercice du droit à l'autonomie gouvernementale, ainsi que le rapport du concept du contrôle de connaissances traditionnelles environnementales et le concept de l'exercice du droit à l'autonomie gouvernementale. Les résultats obtenus de cette étude sont les suivants: tout d'abord, de la part de l'État, la protection effective de l'exercice du droit à l'autonomie gouvernementale de peuples autochtones permet la protection de connaissances traditionnelles environnementales. Ensuite, l'exercice de l'autonomie gouvernementale de peuples autochtones permet le contrôle et la protection effective de connaissances traditionnelles environnementales. Ces rapports contribuent à la protection intégrale de la diversité biologique, laquelle est le but ultime de cette recherche. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Peuples autochtones, Diversité biologique, Droit international, Autonomie gouvernementale.

La structure des communautés de lichens épiphytes de la forêt boréale demeure peu décrite, particulièrement dans les forêts d'épinette noire de l'est de l'Amérique du Nord. Il est important de mieux décrire ces communautés et de mieux comprendre les facteurs qui déterminent l'abondance des différentes espèces ou groupes d'espèces de lichens épiphytes. Ces connaissances seront utiles pour formuler des recommandations d'aménagement, dans l'optique où il est de plus en plus reconnu que les pratiques d'aménagement forestier ne doivent pas mettre en péril le maintien de la biodiversité et des processus écosystémiques. Le premier chapitre contient une évaluation de l'influence du temps depuis le dernier feu, de la structure du peuplement, de la taille et de l'âge des arbres ainsi que la hauteur des branches sur la biomasse de lichens épiphytes dans la forêt boréale de l'Ouest du Québec. Nous avons échantillonné 12 sites appartenant à quatre stades de développement (de 50 à >200 ans). Nous avons estimé la biomasse de trois groupes de lichens épiphytes (Bryoria, Evernia et Usnea) sur 12 arbres dans chaque site. Nos résultats ont montré que la biomasse de Bryoria et d'Usnea était plus élevée dans les stades intermédiaires de développement (entre 101 et 200 ans) comparativement aux plus jeunes (50-100 ans) et plus vieux stades (>200 ans). La biomasse des trois groupes était supérieure sur les arbres de plus gros diamètres (>16 cm) comparativement aux plus petits arbres (<16 cm). Ces résultats indiquent que la protection des peuplements après feu âgés de 101 à 200 ans devrait être priorisée afin de maintenir le rôle fonctionnel des lichens épiphytes dans les paysages aménagés. Le second chapitre vise à comparer les communautés de lichens épiphytes dans différents types de forêts résiduelles laissées après coupe et de comparer les effets de lisière entre des forêts résiduelles linéaires étroites et de plus grandes forêts. Nous avons comparé la biomasse totale de différents groupes de lichens épiphytes (Bryoria spp., Usnea spp., and Evernia mesomorpha) dans quatre différents types de forêts : séparateurs de coupe linéaires, bandes riveraines, grands blocs de forêts résiduelles et forêts d'intérieur. Nous avons aussi examiné si les effets de lisières sur la biomasse lichénique étaient présents dans deux types de forêts résiduelles parmi les quatre, soit les séparateurs linéaires et les grands blocs de forêts résiduelles. Les résultats indiquent que la biomasse de Bryoria était plus élevée dans les grands blocs résiduels et dans les forêts d'intérieur par rapport aux bandes riveraines et aux séparateurs de coupe, et que la biomasse d'Evernia était plus élevée dans les bandes riveraines que dans les autres types de forêts. La biomasse d'Usnea ne variait pas selon les types de forêts. Le long des transects localisés perpendiculairement à la lisière dans les deux types de forêts résiduelles linéaires, la biomasse de Bryoria à 0 et 15 m à l'intérieur de la lisière était significativement plus basse qu'à 30 m. La biomasse d'Evernia et d'Usnea était significativement plus basse à la lisière de la coupe totale (0 rn) comparativement aux parcelles localisées à l'intérieur (30 rn). Nos résultats suggèrent que dans un paysage où seuls des séparateurs de coupe et des bandes riveraines seraient laissés en guise de forêts résiduelles, les communautés de lichens épiphytes typiques des forêts d'intérieur pourraient ne pas se maintenir, particulièrement les biomasses élevées de Bryoria observées dans les forêts d'intérieur. Le troisième chapitre porte sur la colonisation des jeunes peuplements par les lichens épiphytes, un phénomène important pour le maintien de populations viables dans les paysages forestiers affectés périodiquement par les perturbations sévères. Nous avons examiné la colonisation de différentes espèces relativement communes de lichens foliacés et fruticuleux épiphytes dans des peuplements d'épinette noire en régénération dans la forêt boréale de l'ouest du Québec. Le nombre de thalles ainsi que l'abondance des espèces ont été mesurés sur des branches prélevées sur des jeunes arbres localisés dans des coupes totales, à différentes distances de forêts matures adjacentes (de 5 m à 100 m). Nous avons échantillonné des peuplements régénérés de deux façons, soit des peuplements issus d'une régénération naturelle qui s'est établie en sous-étage avant la coupe totale, et des peuplements régénérés par plantation suite à la coupe. Les lichens ont aussi été inventoriés dans deux classes d'âge de coupes, soit des coupes âgées de 12 à 18 ans et des coupes âgées de 6 à 12 ans. Les résultats indiquent que pour les jeunes coupes, le nombre de thalles et l'abondance par branche étaient supérieurs dans les peuplements issus de régénération naturelle pour la plupart des espèces de lichens épiphytes, alors que cette différence entre les deux types de régénération s'estompait dans les peuplements plus âgés. La distance par rapport au peuplement adjacent exerçait peu d'influence sur l'abondance des thalles pour la plupart des espèces, sauf pour celles qui se dispersent principalement par fragments de thalles, et particulièrement Bryoria spp., pour lesquelles le nombre de thalles était significativement plus élevé à 5 m qu'à 100 m. Ces résultats suggèrent donc que la plupart des espèces de lichens parviennent à coloniser les microsites présents dans les peuplements en régénération, peu importe l'origine de cette régénération. Dans le quatrième chapitre, nous examinons les taux de croissance de deux espèces de lichens épiphytes, Bryoria nadvornikiana et Evernia mesomorpha, en fonction de différents gradients d'ouverture du couvert. Les taux de croissance ont été évalués à partir de transplants installés dans deux types de peuplements, soit de vieux peuplements vierges et des vieux peuplements récemment traités par coupe partielle. Les accroissements ont été mesurés sur une période de deux ans, et plusieurs variables environnementales ont été mesurées directement sur les sites pour faciliter l'interprétation des résultats. Les résultats indiquent que malgré une variation importante dans les taux de croissance chez les deux espèces de lichens dans les différents types de peuplements, la création d'ouvertures dans le couvert dominant suite à des coupes partielles a un effet significatif et affecte négativement la croissance des deux espèces. La réponse négative est proportionnelle au degré d'ouverture dans le couvert dominant et B. nadvornikiana, une espèce généralement davantage associée aux couverts forestiers fermés, est significativement plus affectée qu'E. mesomorpha, une espèce plutôt associée aux couverts forestiers plus ouverts. Dans la discussion, nous soulignons que cette réponse négative contraste avec ce qui est généralement rapporté dans la littérature en ce qui concerne l'effet de la création d'ouvertures sur la croissance des lichens épiphytes. En fonction de l'analyse des différents paramètres environnementaux mesurés, nous suggérons que la réduction de la durée d'hydratation dans les coupes partielles, le risque accru de la fragmentation des thalles dans les coupes partielles, le climat relativement sec qui prévaut dans cette région, ainsi qu'une année particulièrement sèche lors de la deuxième année de l'étude peuvent expliquer ces résultats. Les résultats ne remettent pas en cause le fait que les coupes partielles peuvent contribuer au maintien des populations de lichens épiphytes au niveau du paysage, surtout lorsque l'on compare cette pratique aux coupes totales qui prévalent généralement dans cette région. Ils suggèrent néanmoins que, dans notre région, les peuplements récemment traités par coupe partielle offrent des conditions de croissance inférieures à celles que l'on retrouve dans les peuplements non coupés. Dans l'ensemble, cette thèse a permis de faire avancer significativement les connaissances sur les mécanismes déterminant la structure et la composition des communautés de lichens épiphytes en forêt boréale, en particulier en ce qui concerne la dispersion et la croissance de différentes espèces en fonction de différentes variables environnementales. Nous avons montré que la biomasse en lichens varie en fonction de la qualité et de la quantité de substrats disponibles pour la colonisation, tant à l'échelle de la branche, de l'arbre, du peuplement et du paysage. La qualité et la quantité de substrats pour les lichens sont intimement liées au temps écoulé depuis la dernière perturbation. La structure du couvert forestier influence fortement les conditions environnementales prévalant dans les forêts et ces conditions amont une influence importante sur les populations de lichens épiphytes. Les forêts d'intérieur semblent les plus propices au maintien de populations qui pourront servir de foyers pour la recolonisation des superficies perturbées récemment. Le maintien d'une proportion significative de parcelles de forêts matures (100 à 200 ans) présentant des conditions de forêt d'intérieur apparaît donc comme une mesure de précaution intéressante à adopter dans un contexte d'aménagement forestier. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : lichens alectorioides, effets de lisière, coupes partielles, croissance, dispersion, colonisation.

La gestion forestière durable nécessite d'évaluer l'impact des traitements et des pratiques sylvicoles sur la biodiversité. Dans les forêts domaniales françaises, les anciens taillis-sous-futaie de chêne sont convertis vers la futaie régulière dont la surface s'agrandit, et sont donc voués à disparaître dans les décennies à venir.<br /><br />Dans ce contexte, nous avons étudié l'impact à court terme de deux types de coupes d'intensités différentes (la coupe d'ensemencement et la coupe d'éclaircie), ainsi que la succession et la reconstitution des communautés de macro-Lépidoptères nocturnes au cours de la première moitié du cycle de futaie régulière, en référence aux anciens taillis-sous-futaie. Une deuxième partie aborde le rôle des caractéristiques dendrométriques, structurales et floristiques du peuplement forestier. Les travaux, menés en forêt domaniale de Montargis (45), ont nécessité une mise au point de la méthode d'échantillonnage pour comparer de manière synchronique 6 stades sylvicoles (incluant celui d'avant conversion) répartis parmi 35 sites. Les analyses ont porté sur la communauté entière, sur des groupes écologiques et biologiques définis a priori (selon l'habitat, le type et le nombre de plantes-hôtes consommées, le stade hivernant et la capacité de dispersion) et sur les espèces suffisamment fréquentes. Les réponses sont perçues à travers les variations de richesse spécifique, d'abondance absolue et de composition en espèces.<br /><br />La coupe d'ensemencement, de forte intensité et initiatrice du cycle sylvicole, entraîne rapidement une modification profonde des communautés et la chute de la richesse spécifique et de l'abondance totales. La coupe d'éclaircie, de faible intensité, ne modifie pas la richesse et l'abondance totales et très peu la composition spécifique. Au cours du cycle sylvicole, la composition spécifique évolue pour se rapprocher, en jeune futaie vers 110 ans, de la composition d'origine. La richesse et l'abondance totales augmentent dans les stades jeunes pour atteindre un maximum en bas-perchis vers 45 ans puis tendent à diminuer légèrement jusqu'en jeune futaie où leurs valeurs d'origine sont retrouvées. La majorité des espèces est indifférente à la coupe et au cycle mais les autres ont des réponses contrastées. Les réponses des groupes étudiés suivent celle de la communauté entière, y compris pour les espèces supposées favorisées par la coupe (espèces de milieux ouverts, espèces liées aux herbacées). Néanmoins des tendances permettent de classer les espèces en deux groupes. Les espèces les plus défavorisées par la coupe d'ensemencement à court et à long terme sont les forestières, celles liées aux ligneux, les monophages, celles hivernant au stade d'œuf et les Geometridae, moins aptes à la dispersion. Les espèces les moins défavorisées sont les eurytopes, celles liées aux herbacées, les polyphages, celles hivernant au stade de chenille et les Noctuidae, plus aptes à la dispersion. La surprenante similarité des réponses des groupes (sauf pour les espèces lichénophages) à la coupe d'ensemencement peut être expliquée par un renseignement des traits d'espèce peu fiable et, au stade de régénération, par une plus faible détectabilité, des conditions micro-climatiques défavorables, une mauvaise qualité du feuillage, une prédation et un parasitisme élevés. Nous pensons que l'envergure moyenne des individus ne reflète pas la capacité de dispersion mais pourrait être liée au volume de vol disponible.<br /><br />Dans les peuplements âgés, la richesse des Lépidoptères est liée positivement à la richesse floristique du sous-bois, mais sur l'ensemble des stades sylvicoles la richesse totale augmente avec l'hétérogénéité structurale du peuplement forestier (nombre de strates, recouvrement de la strate arbustive). La composition spécifique est aussi particulièrement liée à la richesse floristique du sous-bois.<br /><br />Dans les limites de l'étude, la conversion ne semble pas menacer la diversité des Lépidoptères nocturnes. Toutefois, si les tendances observées se confirmaient, la deuxième moitié du cycle de futaie régulière serait défavorable aux espèces forestières et à celles ayant une faible capacité de dispersion.

La nouvelle politique forestière française a pour principal objectif d'accroître la récolte nationale de bois en mobilisant les forêts non exploitées. Il s'agit au travers d'une filière bois-énergie de répondre aux engagements de l'Etat en terme de lutte contre le réchauffement climatique ainsi que de dynamiser un secteur économique largement déficitaire dans son commerce extérieur. Cette ressource en bois se trouve majoritairement dans les forêts dont l'exploitation a été abandonnée dans le mouvement de la déprise rurale du 20e siècle. Or, par une maturation de leurs écosystèmes, ces forêts en friches sont devenues des espaces de biodiversité remarquables. Au travers de l'exemple de la haute vallée de la Dordogne, nous interrogeons les possibilités d'une conciliation des enjeux énergétiques et écologiques dans ces forêts. Leur physionomie est celle d'un ancien taillis abandonné contenant dans le sous-bois des centaines de plateformes, vestiges d'un charbonnage intense durant les Temps Modernes. Marquées par leur important passé énergétique, elles sont paradoxalement considérées aujourd'hui comme des espaces de nature à protéger. Par une approche géohistorique et ethnographique, nous abordons le cadre socio-économique et territorial dans lequel s'est mis en place ce charbonnage. L'anthracologie des plateformes de charbonnage permet d'étudier les effets de cette exploitation pluriséculaire sur les sylvofaciès. Cette histoire sociale des forêts en friches montre l'intérêt d'intégrer les pratiques forestières anciennes aux actions de protection de la nature pour concilier enjeux énergétiques et écologiques dans des projets de développement durable des territoires en déprise.