La question de la biodiversité urbaine a pris une place importante au sein des politiques publiques à toutes les échelles, y compris celle de la ville. Initialement conçue comme une adhésion générique à une éthique de la conservation de la biodiversité et aux grands objectifs internationaux de la part des villes, la biodiversité est désormais sujette à un processus de technicisation, de traduction en objectifs mesurables. Cette thèse se situe à ce carrefour, entre la notion abstraite de biodiversité urbaine et sa traduction en éléments tangibles. En partant du simple postulat que mesurer ne veut pas uniquement dire quantifier, nous nous sommes interrogés sur ce que peut être une mesure de la biodiversité urbaine. A travers cette problématique, nous avons questionné autant la mesure officielle, le City Biodiversity index, produit par une équipe d’experts singapouriens (ce que la mesure est) ; que l’existence d’autres manières de produire une mesure n’ayant pas la quantification comme convention préalable (ce que la mesure pourrait être). Cette approche a donné lieu à deux terrains distincts : le premier au sein de l’équipe singapourienne dirigeant le processus de création de l’indice, et le second, au sein d’une association d’apiculteurs urbains agissant en faveur de la biodiversité urbaine, localisée à Fontenay-sous-Bois. Par une comparaison expérimentale des deux processus de mise en mesure, nous avons pu, d’une part, enquêter sur la façon de traduire une notion en mesure, et d’autre part, interroger les contenus mêmes de la notion. Ainsi, nous avons cherché à démontrer que la mesure existante de la biodiversité urbaine se caractérise en tant qu’espace d’exercice du pouvoir de la part de la ville-État de Singapour, un espace de compétition par instruments (et des villes globales qui les portent), afin de devenir la référence internationale en matière de biodiversité urbaine. L’expérience quotidienne des apiculteurs urbains, quant à elle, nous a permis de montrer qu’il existe d’autres façons d’articuler concrètement la notion de biodiversité urbaine et de se donner une mesure pour agir et (s’) évaluer. Il s’agit dans ce cas d’une mesure qualitative faite d’indications, plutôt que d’indicateurs, des indications en évolution, mais qui concrétisent une notion floue comme celle de la biodiversité urbaine. Enfin, à travers la comparaison, nous avons pu observer et analyser l’émergence d’espaces d’intelligibilité partagés entre les deux perspectives, et ainsi sont devenues visibles des configurations possibles de la notion de biodiversité urbaine. / The issue of urban biodiversity has become an important part of public policy at all levels. Originally conceived as a generic endorsement of a biodiversity conservation ethics, aimed at joining up with the major international objectives of urban sustainability, urban biodiversity is today undergoing a process of technicization, meant to translate a set of concepts into measurable objectives. It is precisely on this conceptual crossroads that the present analysis focuses, namely, between the abstract notion of urban biodiversity and its translation into tangible features. Starting from the assumption that ‘quantification’ is first of all an agreement on what one wants to measure of a concept, this research explores what an urban biodiversity measure might be. In other words, we question both the internationally recognized measure developed by a team of Singaporean experts, the so-called City Biodiversity Index (what the measure is), and the existence of other ways of producing a measurement without the help of a quantitative convention (what the measure might be). From such theoretical framework two distinct types of field works derived: the first, with the Singaporean team leading the index’s creation process; the second, with an association of urban beekeepers in Fontenay-sous-Bois, working to preserve urban biodiversity. By an experimental comparison of the two measurement processes, we were able, on the one hand, to figure out how a notion is translated into a measure and, on the other, to challenge the very contents of the notion. We sought to demonstrate that the current urban biodiversity measure is a space of “competition by instruments”, namely, a space of power exercised by Singapore’s city-state with the aim of becoming the urban biodiversity international model. The daily experience of the urban beekeepers, instead, showed that there are alternative ways to concretely translate the notion of urban biodiversity, i.e., through indications rather than indicators, and create in this way a concreate measure of the concept. Finally, by comparing the two contexts, we have been able to observe and analyze the emergence of ‘shared spaces of intelligibility’ and thus of others potential configurations of the notion of urban biodiversity.

Le territoire est le support d’interactions entre les êtres vivants et leur espace de vie. Parmi ces interactions, il est aujourd’hui reconnu que les activités anthropiques sont une cause déterminante de l’érosion de la biodiversité. Dans ce contexte, la séquence « Eviter-Réduire-Compenser» (ERC) est un instrument réglementaire visant l’absence de perte nette de biodiversité (no net loss) en aménagement du territoire. Or, il semblerait qu’elle ne permette pas de remédier à la perte chronique de biodiversité. Au-delà de ses limites pratiques et théoriques, parmi les causes de cette inefficacité on peut mentionner : la focalisation sur la « compensation » et sur l’échelle « projet » ou encore la convergence des études vers la problématique des grands projets d’aménagement. Ainsi, en partant de questions issues du terrain, en adoptant une posture à l’interface entre recherche et action, et en choisissant une démarche pluridisciplinaire, cette thèse repose sur l’hypothèse que les difficultés actuelles sont liées à des défis scalaires et qu’un changement d’échelle spatiale, temporelle et fonctionnelle est nécessaire pour permettre à l’instrument de prétendre à son objectif. A travers une analyse qualitative et quantitative de l’application de la séquence ERC dans le cadre de petits projets d’aménagement, nous identifions une série de limites associées à l’échelle « projet ». Cela nous amène à analyser, tout d’abord théoriquement puis empiriquement grâce à l’étude de collectivités territoriales responsables de la planification de l’aménagement, les implications d’un changement d’échelle vers une mise en œuvre de la séquence ERC à l’échelle territoriale et stratégique de la planification. Enfin, nous conduisons une réflexion sur l’élaboration d’une démarche méthodologique d’anticipation de la séquence ERC dès la planification, appliquée au cas concret de Montpellier Méditerranée Métropole.In fine, ces recherches nous permettent d’apporter des compléments de réponse à la question des fins effectives de l’instrument : éviter ou plutôt légitimer la perte de biodiversité ? Nos propositions et perspectives pour les praticiens et les chercheurs vont dans le sens d’une mise en œuvre de la séquence ERC plus en phase avec son objectif de no net loss. / Territory provides the support for interactions between humans avec their living environment. Among these interactions, it is well known that anthropic activities are a major cause of biodiversity erosion. In this respect, the mitigation hierarchy (avoidance, reduction and offsetting impacts) is a regulatory tool whose objective is to achieve a “no net loss” of biodiversity following urban development. However, the efficiency of the tool is questioned because of its practical and theoretical limits, and the recurring focus on biodiversity offsets and on the “project” scale, or the convergence of studies on large development projects.Based on questions arising from practical action and by adopting a multi-disciplinary approach and posture at the knowledge-action interface, this thesis hypothesizes that the current lack of efficiency is the result of a problem of scale and that a temporal, spatial and functional switch in scale could help the mitigation hierarchy to reach its objectives. Through quantitative and qualitative analysis of the mitigation hierarchy implementation for small-scale development projects, we identify a set of limits associated with studies done at scale of individual projects. These findings illustrate the need to upscale towards a territorial and strategic approach to the implementation of the mitigation hierarchy. Finally, we initiate a reflexion on the development of a methodological framework to anticipate the mitigation hierarchy implementation at the urban planning stage, and we test it on the Montpellier metropolitan territory.Finally, these research studies provide new answers to the question of the effective purpose of the tool: is its aim to avoid or legitimise biodiversity loss? Our propositions and perspectives for practitioners and scientists are in line with a mitigation hierarchy implementation that is more likely to reach no net loss objectives.

Les gouvernements se sont récemment engagés à enrayer l’érosion de la biodiversité. Dans ce contexte, la compensation écologique est apparue comme une réponse politique en permettant, en principe, de répondre à l’exigence de conciliation de deux intérêts souvent antagonistes : le développement économique et la conservation de la biodiversité. L’objectif de ce travail de thèse est d’analyser si la compensation écologique peut accomplir cette promesse. J’envisage cette problématique avec trois angles d’analyse complémentaires et de façon interdisciplinaire en mobilisant les apports de l'économie et de l'écologie. Premièrement, dans une approche théorique, je pose la question de la compatibilité du principe de la compensation avec son objectif de conservation de la biodiversité. Je pose ensuite la question de la possibilité d’atteindre l’objectif d’absence de perte nette de biodiversité dans la mise en œuvre de la compensation. Pour cela, j’étudie empiriquement deux mécanismes de compensation au travers de deux cas d’étude français : une banque de compensation, et la contractualisation agro-environnementale. J’utilise principalement les outils de l’économie néo-institutionnelle pour analyser l’efficacité de ces mécanismes pour la réalisation des objectifs écologiques de la compensation. Au travers d'une approche épistémologique, ma troisième interrogation porte sur le rôle des dynamiques politiques dans la diffusion et dans la promotion de la compensation écologique dans la communauté scientifique. L’analyse théorique met en évidence des limites intrinsèques au principe de la compensation pour atteindre ses objectifs de conservation de la biodiversité, notamment au regard de l’impossibilité d’adopter une approche écologique complexe de la biodiversité dans le processus de la compensation. L’étude empirique montre que les modes d’organisation de la compensation comportent également des limites qui obligent à des compromis susceptibles de remettre en cause l’atteinte des objectifs écologiques de la compensation. Ces résultats mettent en évidence le rôle et l’importance des institutions dans la mise en œuvre des compensations, notamment pour limiter l’apparition de comportements opportunistes, responsables des principaux problèmes d’efficacité identifiés. Enfin, l’analyse épistémologique révèle que le développement et la promotion de la compensation écologique répond à un agenda politique principalement porté par les politiques anglo-saxonnes et certains acteurs de conservation. Ainsi, la compensation écologique n’est pas un objet neutre car elle sert à la diffusion d’une certaine idéologie sur la pratique de la conservation de la biodiversité dans le sillage du développement durable et de l’économie verte. Pour conclure, ce travail permet de souligner que la conciliation des intérêts économiques et écologiques constitue une problématique complexe dont la voie du consensus ne semble pas permettre de répondre aux enjeux d’érosion de la biodiversité. La compensation offre en somme une occasion de penser les conditions de possibilités et d’impossibilités de la protection de la nature aujourd’hui. / Governments have recently pledged to halt the loss of biodiversity. In this context, biodiversity offsetting (BO) appeared as a political response by allowing, in principle, to reconcile two often conflicting interests: economic development and biodiversity conservation. The objective of this work is to analyse whether BO can fulfil that promise. I am considering this issue from an interdisciplinary perspective by mobilizing the contributions of economy and ecology and using three complementary approaches. First, in a theoretical perspective, I ask the question of the compatibility of the offsetting principle with its biodiversity conservation goal. Second, in an empirical approach, I investigate the strengths and limits of using BO mechanisms in conservation policies, particularly two specific mechanisms analysed through two French case-studies: habitat bank and agri-environmental contracts. I mainly use the new institutional economics framework to analyse the effectiveness of these mechanisms for achieving the environmental objectives of BO. Finally, I adopt an epistemological approach to question the role of political dynamics in the diffusion and the promotion of BO in the scientific community. The results of the theoretical analysis highlights the inherent limits to the BO principle to achieve its conservation goals, especially with regard to the impossibility to adopt a complex ecological approach to biodiversity in the process of BO. My empirical study shows that the mechanisms of BO also have limitations that force compromises likely to jeopardize the achievement of environmental objectives of BO. These outcomes highlight the role and the importance of institutions in the implementation of BO, especially to provide clear and precise rules in order to limit the emergence of opportunistic behaviours, responsible for the major problems identified. Finally, my epistemological analysis shows that the development and the promotion of BO actually respond to a political agenda driven by the Anglo-Saxon policies and some conservation stakeholders. Overall my work emphasizes that BO is not a neutral object as it serves to spread a certain ideology on the practice of biodiversity conservation through the lens of sustainable development and green economy. Finally, this work allows stressing that reconciling economic and conservation interests is a complex problem that cannot be solved by using idealized consensus. Rather, the concept of BO offers an opportunity to think about the conditions of possibilities and impossibilities of the protection of nature today.

Les éponges Homoscleromorpha constituent l’une des grandes Classes des Porifera. Particulièrement bien distribuées dans les grottes sous-marines. Leur taxonomie et systématique sont particulièrement difficiles, à cause de l’absence fréquente de caractères diagnostiques. A partir d’une approche de taxonomie intégrative, couplant morphologie, cytologie et génétique, le premier objectif de cette thèse était d’améliorer la connaissance de la biodiversité des Homoscleromorpha. Les espèces nouvelles représentent 40% des éponges récoltées au cours de cette étude. Ce document présente 3 nouvelles espèces et 1 nouveau genre récemment publiés. L’ensemble des résultats acquis au cours de cette thèse appelle à une redéfinition des deux familles provocant un premier grand bouleversement de la Systématique de ce groupe.Un deuxième grand objectif de cette thèse était d’apporter des connaissances sur la diversité chimique et microbienne de ce groupe d’éponges. En étudiant un grand nombre de représentants nous avions l’ambition d’apporter des éléments de compréhension du succès écologique des Homoscleromorpha dans les grottes sous-marines. A l’aide d’approches metabolomiques et de metabarcoding, nous avons mis en évidence des patrons de diversité chimique et microbienne en fonction de différentes variables, traduisant pour certains un signal phylogénétique et dans d’autres une influence de l’environnement. Cette partie de la thèse était un pré-requis indispensable pour comprendre les capacités adaptatives des holobiontes Homoscleromorpha à travers l’expression de métabolites et/ou l’acquisition de microorganismes spécialisés, et leur évolution dans un environnement contraignant. / Homoscleromorpha sponges constitute one of the four Classes among Porifera. Their taxonomy and systematics are challenging due to the frequent absence of diagnostic characters. Particularly well distributed in cryptic habitats like submarine caves. Using an integrative approach based on morphology, cytology and genetics, the first objective of this thesis was to improve our knowledge on the biodiversity of Homoscleromorpha in submarine caves. New species represents 40% of the Homoscleromorpha collected. Here we present 3 new species and one genus recently published, 11 other new species being currently under description. Our results strongly support a redefinition of the two families of Homoscleromorpha. Our results represents a first grand overturn in the systematics of this group.A second objective of this thesis was to improve our knowledge on the chemical and microbial diversity of Homoscleromorpha but also its variability according to the environmental conditions. Our analysis provides preliminary data to address the question of the ecological success of Homoscleromorpha in submarine caves. Metabolomics and metabarcoding data defined patterns of chemical and microbial diversity according to different explicative variables like the taxonomy, the geographical origin or the ecology of the studied species. The patterns of diversity were supported by chemical and microbial markers and they explain a phylogenetic classification in few cases and a geographic origin in others. This study brings first insights into the understanding of the adaptive capacities of the Homoscleromorpha holobiont, through the expression of particular metabolites and/or microorganism.

Les zones humides naturelles méditerranéennes sont des écosystèmes rares et vulnérables souvent altérés par les pollutions des milieux adjacents. Le développement de zones humides artificielles (ZHA) servant au traitement secondaire des pollutions permettrait de limiter l’impact des activités industrielles sur les milieux naturels. Pour végétaliser ces ZHA et tolérer les contraintes du climat méditerranéen, l’utilisation d’espèces végétales locales éco-adaptées est recommandée. Toutefois ce type de ZHA, utilisant des plantes locales méditerranéennes, a fait l’objet d’un nombre restreint de travaux. Les objectifs de cette thèse sont donc : - de suivre la biocénose implantée et spontanée d’une ZHA pour évaluer la mise en place de ce nouvel écosystème (suivis floristique, faunistique et phytoplanctonique),- d’évaluer ses fonctionnalités et son efficacité épuratoire (suivis physico-chimique et biologique),- de questionner la pérennité de tels systèmes dans une contexte de changements globaux, notamment climatique. Les résultats montrent qu’un nombre restreint d’espèces végétales locales sélectionnées peut permettre la création d’un nouvel écosystème fonctionnel et durable qui soutient l’enjeu de biodiversité, tout en améliorant le traitement des effluents rejetés par le bassin industrialisé. Ces travaux valident l’intérêt des ZHA à hélophytes locales en méditerranée pour traiter les pollutions de bassins versants industrialisés mais un effort de recherche reste à faire pour adapter la conception aux spécificités des sites dans une véritable démarche d’ingénierie écologique. / Natural wetlands in Mediterranean areas are rare and vulnerable ecosystems, frequently impacted by various pollutants from nearby environments. In order to decrease industrial activities lethal effects on natural areas, constructed wetlands (CWs) are an interesting opportunity to remediate their pre-treated wastewaters. Such CWs would take advantage with using local plant species, well adapted to Mediterranean climate’s rigors. Nevertheless, CWs planted with Mediterranean plant species are still scarce and poorly studied. Aims of this thesis are thus:• to follow up on planted and adventive biocœnosis of a CW (flora, fauna and phytoplankton), in order to assess a novel ecosystem settlement,• to get better knowledge on its functions and remediation efficiency (physico-chemical and biological parameters),• to question durability of such techno-ecosystems in a context of global changes (with focus on climate).Main result let us know that it only takes a few local plant species, wisely chosen, to allow the settlement of a sustainable and fully functional ecosystem, supporting biodiversity stakes while increasing the remediation of pre-treated wastewaters collected from industrialized catchment. This work assess CWs planted with local helophytes as a powerful tool to treat industrialized catchment wastewaters in Mediterranean area, but researches are still needed to fit each design with each site characteristics, following a sustainable ecological engineering approach.

A diversidade biológica ao mesmo tempo em que indica possibilidades releva um enorme desafio no desenvolvimento de instrumentos destinados à conservação. A perda e a degradação de habitats, aliadas ao desmatamento e a introdução de espécies exóticas desenham um cenário preocupante, que pode conduzir a homogeneização biótica. A criação de espaços territoriais especialmente protegidos é uma das principais estratégias de conservação da biodiversidade. A lei 9.985/00 sistematizou a legislação sobre as unidades de conservação, mas não solucionou os problemas com a falta de recursos, com os planos de manejo e com a gestão do entorno das unidades. Ainda, em relação aos espaços protegidos, destacam-se as áreas de preservação permanente e reservas legais, destinadas à manutenção de áreas sensíveis e reabilitação de processos ecológicos. O Novo Código Florestal flexibilizou as disposições destes espaços, colocando-os em risco. Lado outro, a conservação de áreas isoladas não é suficiente, é preciso uma visão integrada, na qual as unidades de conservação estejam interligadas ao seu entorno, propiciando usos de terra amistosos com a biodiversidade. Aliados aos instrumentos acima, os pagamentos por serviços ambientais tem o caráter de indutores de comportamento e podem complementar as estratégias de conservação. A efetividade das políticas públicas para a conservação da biodiversidade depende cada vez mais de um mix de instrumentos. / En même temps que la diversité biologique indique des possibilités, elle relève un défi dans Le développement dinstruments destinés à la préservation. La perte et la dégradation dhabitats, conjointement à la déforestation et lintroduction despèces exotiques, nous dévoilent un scénario préoccupant, pouvant conduire à lhomogénéisation biotique. La création despaces territoriaux spécialement protégés est une des principales stratégies de préservation de la biodiversité. La loi 9.985/00 a systématisé la législation concernant les unités de préservation, mais na pas solutionné les problèmes comme le manque de ressources, le plan de maniement, ainsi que la gestion extérieure des unités. De plus, en relation aux espaces protégés, on peut remarquer des zones de préservation permanentes et des réserves légales, destinées à la manutention de zones sensibles ainsi quà la réhabilitation de processus écologiques. Le nouveau code forestier a rendu plus flexible les mises à dispositions de ces espaces, les mettant par conséquent en risque. Dun autre côté, la conservation de zones isolées nest pas suffisante, Il faut en effet, une vision intégrée dans laquelle les unités de conservation soient interconnectées au reste, proportionnant la convivialité des mises à disposition de la terre avec la biodiversité. Associés aux Instruments ci-dessus, Les paiements pour des services environnementaux ont le caractère dinducteurs de comportements et peuvent complémenter les stratégies de préservation. Lefficacité des politiques pour la préservation de la biodiversité dépend chaque fois plus dune mixité dinstruments.

La sous-famille des Suinae est largement répandue en Afrique au Plio-Pléistocène et a été abondamment utilisée pour corréler biochronologiquement les sites à hominidés en se basant sur l'évolution morphologique rapide des troisièmes molaires dans différentes lignées. À partir d'un échantillon important de suinés africains actuels, les schémas de variation morphologique crânio-mandibulaire et dentaire sont quantifiés par morphométrie géométrique. Ce référentiel actuel sert à estimer la variabilité morphologique dans le registre fossile. La révision de la paléobiodiversité du genre Kolpochoerus (le suiné plio-pléistocène le plus abondant) dans les bassins du Turkana et de l'Awash s'appuie sur l'étude anatomique et morphométrique de matériels publié et inédit découverts dans la basse vallée de l'Omo (formation de Shungura) et dans la vallée moyenne de l'Awash en Éthiopie. Une nouvelle espèce fossile est décrite, les trajectoires évolutives au sein de chaque espèce sont quantifiées, et les interprétations biostratigraphiques sont révisées. Les liens de parenté au sein du genre Kolpochoerus sont décrits grâce à l'analyse cladistique. L'étude de la paléoécologie des suinés africains est basée sur l'anatomie comparée et la biogéochimie des isotopes stables (carbone et oxygène). Les suinés fossiles présentent une gamme de taille importante, ainsi que des régimes alimentaires et des habitats variés. Les nouvelles connaissances acquises sur leur biodiversité, leur phylogénie, et leur écologie permettent de proposer une histoire paléobiogéographique des Suinae en Afrique. / The subfamily Suinae is widespread in Plio-Pleistocene deposits in Africa, and was heavily used as a biochronological tool to correlate hominid-bearing sites based on the rapid morphological evolution of third molars in different lineages. A large sample of extant African suines enables to quantify patterns of variation in cranio-mandibular and dental morphology using geometric morphometrics. This modern referential is used to estimate the morphological variability in the fossil record. Revision of the paleobiodiversity of the genus Kolpochoerus (the most abundant Plio-Pleistocene suine) in Turkana and Awash basins is based on anatomical and morphometric studies of published and unpublished material discovered in the Lower Omo Valley (Shungura Formation) and in the Middle Awash Valley in Ethiopia. A new fossil species is described, evolutionary trajectories within each species are quantified, and biostratigraphic interpretations are revised. Phylogenetic relationships within the genus Kolpochoerus are described by the cladistic analysis. Paleoecological study of African suines is based on comparative anatomy and stable isotopic biogeochemistry (carbon and oxygen). Fossil suines display a wide range of body size, as well as various diets and habitats. The new results produced regarding their biodiversity, phylogeny, and ecology, enable to reconstruct a paleobiogeographic history of Suinae in Africa.

La question de la biodiversité apparue au premier plan des préoccupations environnementales au même titre que le changement climatique a fait l'objet au niveau mondial d'une volumineuse littérature et de nombreux rapports alarmistes. Selon que l'on regarde la question du point de vue des sciences de la vie ou des sciences sociales on dispose de vues complémentaires mais aussi contradictoires. On envisage la question de la biodiversité en particulier méditerranéenne sous l'angle de sa gestion territoriale axée sur l'étude comparative de plusieurs cas localisés au sein d'espaces marqués par d'intenses interactions hommes-milieux où la prise en compte de cet enjeu est questionnée dans un contexte décisionnel conflictuel. Cette thèse porte sur le management territorial et sur l'approche de la biodiversité qui ressort des pratiques en rapport de l'état de la biodiversité, des phénomènes qui la menacent. On confronte ce savoir avec les pratiques managériales quand celles-ci sont contraintes par des événements conflictuels révélant les valeurs de multiples parties prenantes. On en déduit trois modèles de relations « Homme-Nature » et les implications de régulation qui en découlent et on fait ressortir les paradoxes des politiques publiques orientées sur la biodiversité. On montre alors le caractère déterminant de ces modèles, explicites et implicites, mobilisés par les décideurs aux niveaux individuel et institutionnel. On apporte ainsi un éclairage à la faiblesse de l'institutionnalisation de l'enjeu de la biodiversité, balbutiante. Ceci nous amène à fournir des recommandations pour une intégration de cet enjeu dans les pratiques managériales tant publiques que privées / The issue of biodiversity has been at the forefront of environmental concerns in the same way as climate change, and has been the subject of a voluminous literature and numerous alarmist reports worldwide. Depending on whether one looks at the question from the point of view of the life sciences or the social sciences one has complementary but also contradictory views. The issue of biodiversity, particularly in the Mediterranean, is considered from the angle of its territorial management, which focuses on the comparative study of several localized cases in areas marked by intense interactions between men and the environment, where the consideration for this issue is questioned in a conflictual decision-making context. This thesis deals with territorial management and the approach to biodiversity that emerges from practices related to the state of biodiversity, the phenomena that threaten it. This knowledge is confronted with managerial practices when they are constrained by conflicting events revealing the values of multiple stakeholders. We deduce three models of « Man-Nature » relationships and the regulatory implications that arise from them, and we highlight the paradoxes of public policies oriented towards biodiversity. We then show the determinative nature of these explicit and implicit models, mobilized by decision makers at the individual and institutional levels. This brings to light the weakness of the institutionalization of the issue of biodiversity, stammering. This leads us to provide recommendations for the integration of this issue into managerial practices, both public and private

De nombreux naturalistes amateurs battent la campagne et entreprennent parfois de véritables expéditions afin d’inventorier les différentes entités du monde naturel. Ils le font par passion, sur leur temps de loisir, et souvent en étroite collaboration avec des institutions académiques, en particulier les muséums d’histoire naturelle. Face à la crise d’extinction qui touche la biodiversité, cette collaboration entre amateurs et professionnels se renouvelle à travers notamment ce qui est appelé en France les sciences participatives. Cette thèse documente ce phénomène avec pour objectif de comprendre ce que les observatoires participatifs de la biodiversité transforment dans la pratique des naturalistes amateurs. Afin de mieux représenter la diversité des observateurs et des dispositifs, nous avons choisi de nous pencher sur le cas des amateurs de papillons peu étudiés jusque-là lorsqu’ils s’impliquent dans des atlas ou des suivis de biodiversité. A travers des méthodes ethnographiques privilégiant la longue durée de l’enquête et la description des pratiques en situation, notre travail accorde un soin particulier à documenter l’irruption du numérique dans la circulation des connaissances entre pairs, la diversification des régimes d’attention dans les expériences d’observation, et la multiplication des manières d’alerter la société sur les dangers qui menacent la biodiversité. En soulignant le lien entre les composantes communautaires, expérientielles, et politiques de l’activité des naturalistes amateurs, cette thèse défend l’idée qu’il y a un continuum entre le mouvement des corps et la formation des valeurs : l’engagement des naturalistes amateurs apparaît ainsi comme processuel et multiforme. Le plaisir de l’observation et la nécessité de témoigner s’y conjuguent, avec des attachements aux espèces rencontrées et aux espaces parcourus qui génèrent dans certains contextes des temps plus militants de décloisonnement des savoirs. / Many amateur naturalists comb the countryside and sometimes undertake full-size expeditions to inventory the different entities of the natural world. They do it by passion, on their leisure time, and often in close collaboration with academic institutions, especially museums of natural history. Faced with the extinction crisis affecting biodiversity, this collaboration between amateurs and professionals is being renewed through what is called citizen sciences (participatory sciences in France). This thesis documents this phenomenon with the aim of understanding how participatory observatories of biodiversity transform the practice of amateur naturalists. In order to better represent the diversity of observers and schemes, we chose to focus on butterfly watchers little studied so far when they get involved in biodiversity atlases or monitoring schemes. Through ethnographic methods favoring long-term investigation and description of situated practices, our work paid a particular attention to document the irruption of digital technologies in the circulation of knowledge among peers, the diversification of attention regimes in observation experiences, and the multiplication of ways to alert society on the dangers that threat biodiversity. By highlighting the link between the community, the experiential and the political components of amateur naturalists’ activities, this thesis defends the idea that there is a continuum between the movement of bodies and the formation of values : the engagement of amateur naturalists thus appears as processual and multifaceted. The pleasure to observe and the need to testify intertwine, with attachments to encountered species and to visited areas which generate in some contexts activist attitudes reducing the partition of knowledges.

L'objectif de ce travail est de ntica (évolution et schémas de biodiversité) à travers une étude pluridisciplinaire du genre Baptistonia axée sur trois grands volets : taxinomique, phylogénétique, écologique. Les résultats les plus significatifs du premier concernent (a) de nouveaux transferts et synonymies qui ont abouti à retenir 23 espèces ; (b) la proposition d'outils morphométriques pour séparer des espèces ambiguës ; (c) la description morphologique et iconographique de chaque espèce ; et (d) l'organisation du genre en six sections. L'étude phylogénétique, basée sur la morphologie, les séquences moléculaires de plusieurs régions de plastides, des marqueurs ISSR, la composition des huiles florales, a permis (a) de confirmer la monophylie du genre ; (b) de confirmer que cet ensemble est bien distinct des genres voisins du clade Gomesa ; (c) de proposer un cladogramme des espèces ; et (d) de formuler des hypothèses d'évolution en cohérence avec la théorie des refuges. L'étude de la biologie de la conservation a permis de préciser : (a) l'extension géographique et le profil climatologique de la Mata Atlântica ; (b) quelques facteurs biologiques et écologiques des Baptistonia ; (c) la distribution géographique de chaque espèce ; (d) les schémas de biodiversité du genre, avec une première ébauche de régions prioritaires pour la préservation des habitats. contribuer à l'étude de la Mata Atlâ