Le diagnostic virologique est un sujet d’actualité particulièrement du fait des récentes épidémiesou pandémies telles que la pandémie d’influenza A(H1N1) en 2009 ou la diffusion du virus Zika dansles Amériques et la région du Pacifique entre 2014 et 2017, associée à des cas de microcéphalie et dessyndromes de Guillain Barré. Encore plus récemment, en août 2018, le ministre de la santé de laRépublique Démocratique du Congo annonçait la 10e épidémie de virus Ebola dans le pays et endécembre 2019, le coronavirus SARS-CoV-2 est à l’origine d’une pandémie au départ de la Chine. Avecle nombre croissant de migrants et de voyageurs favorisant la dissémination des maladies virales, leslaboratoires diagnostiques doivent être parés à la fois pour l’identification des virus communs maisaussi de ceux importés.Les techniques les plus anciennes de diagnostic virologique tendent à devenir obsolètes suite audéveloppement rapide des techniques moléculaires depuis les années 90. Cependant, nous utilisonstoujours un mélange de techniques moléculaires et non moléculaires au sein de notre laboratoire.Les objectifs de ce travail sont de passer en revue les différentes techniques communémentutilisées pour la détection directe des virus avec leurs avantages et leurs inconvénients et de fournirune réflexion sur la place de chaque technique, en 2020, dans un laboratoire diagnostique.Nous aborderons tout d’abord les cultures cellulaires et nous insisterons sur leur polyvalence quipermet parfois de mettre en évidence des micro-organismes que l’on ne suspectait pas. Nousillustrerons ce point par un article relatant la mise en évidence de Chlamydia trachomatis du serovar Lresponsables de la lymphogranulomatose vénérienne dans des prélèvements envoyés pour suspiciond’infection herpétique.Le travail se focalisera ensuite plus particulièrement sur le diagnostic des infections viralesrespiratoires. Nous verrons les principes des tests de détection antigéniques et discuterons de leurslimites en se basant sur un article qui traite du diagnostic des virus influenza A et B par 3 différentstests immunochromatographiques. Cet article montre que la sensibilité des tests varie en fonction dela charge virale dans le prélèvement ainsi que du sous-type de virus.Nous poursuivrons avec les tests d’amplification d’acides nucléiques (tests moléculaires) enexpliquant la technique de PCR (Polymerase Chain Reaction) et une technique d’amplificationisothermique (Nicking Enzyme Amplification Reaction - NEAR). Nous illustrerons par un article portantsur l’évaluation du test Alere i influenza A&B (technique NEAR) en comparaison du test Sofia influenzaA+B (immunochromatographie). Cet article montre un gain de sensibilité de l’Alere i par rapport auSofia pour le diagnostic de l’influenza A mais pas pour l’influenza B. Il constitue également un travailpréliminaire sur l’appréciation de l’utilité d’une technique PCR rapide dans la prise en charge despatients. La conclusion est qu’il pourrait y avoir un apport de ce type de technique pour la diminutiondes hospitalisations, de la prescription des examens complémentaires et des antibiotiques. Celapermettrait également une prescription plus adéquate de l’oseltamivir pour le traitement de la grippe.Le point important est que l’impact du résultat est d’autant plus grand qu’il est délivré précocementdans la prise en charge des patients, idéalement lorsqu’ils sont encore aux urgences.Suite au travail sur l’Alere i, nous avons entrepris d’évaluer un test PCR multiplex (FilmArrayRespiratory Panel) pour le diagnostic des virus afin de voir si la détection d’un plus grand nombre depathogènes pourrait avoir un impact plus grand sur la prise en charge des patients. Cette évaluation adonné lieu à deux articles. Le premier détaille les avantages et inconvénients des différents outils dediagnostic pour la détection des virus respiratoires et sert d’état des lieux sur les tests utilisésactuellement dans les laboratoires de virologie. Le deuxième article porte plus particulièrement surl’apport du FilmArray dans la prise en charge des patients. La conclusion est que ce n’est pas le résultatdu test qui a un impact sur cette prise en charge mais plutôt d’autres facteurs notamment l’âge ou desmarqueurs inflammatoires biologiques.Nous terminerons ce travail par un aperçu des techniques de séquençage qui seront sans aucundoute de plus en plus utilisées pour le diagnostic en virologie. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

.

No description available.

L'évaluation externe de la qualité (EEQ) est un outil indispensable qui permet au laboratoire d'analyse de biologie clinique de surveiller la qualité de ses analyses. Une analyse rétrospective sur 391 893 résultats appartenant à sept analytes fréquemment dosés (glucose, calcium, triglycérides, créatine kinase, hémoglobine, HbA1c et protéines urinaires) a été réalisée sur une période de douze ans, de 1996 à 2007. Pour trois analytes, les résultats accumulés par trois Centres européens suisse, français et belge organisant des EEQ ont été comparés. Une approche statistique simple non paramétrique a été utilisée afin de calculer les performances (CV % et pourcentages de résultats conformes interlaboratoires) en incluant tous les résultats des EEQ, y compris les valeurs aberrantes. Le travail a permis de calculer les performances des appareils en fonction des analytes, de comparer les performances entre les Centres et entre deux types d'utilisateurs - les laboratoires professionnels et les cabinets médicaux - et, enfin, de calculer l'évolution des performances dans le temps. Il en ressort que les performances entre les Centres sont comparables et les appareils des laboratoires professionnels obtiennent de meilleures performances par rapport aux petits analyseurs utilisés dans les cabinets médicaux.Concernant les POCT, les performances ne dépendent pas du type d'utilisateur mais du type de POCT : certains obtiennent des performances comparables aux appareils de laboratoire, d'autres inférieures. Globalement, une amélioration des performances est mesurée pour les deux types d'utilisateurs, pour la plupart des appareils et pour tous les analytes.

L’évaluation externe de la qualité (EEQ) est un outil indispensable qui permet au laboratoire d’analyse de biologie clinique de surveiller la qualité de ses analyses. Une analyse rétrospective sur 391 893 résultats appartenant à sept analytes fréquemment dosés (glucose, calcium, triglycérides, créatine kinase, hémoglobine, HbA1c et protéines urinaires) a été réalisée sur une période de douze ans, de 1996 à 2007. Pour trois analytes, les résultats accumulés par trois Centres européens suisse, français et belge organisant des EEQ ont été comparés. Une approche statistique simple non paramétrique a été utilisée afin de calculer les performances (CV % et pourcentages de résultats conformes interlaboratoires) en incluant tous les résultats des EEQ, y compris les valeurs aberrantes. Le travail a permis de calculer les performances des appareils en fonction des analytes, de comparer les performances entre les Centres et entre deux types d’utilisateurs – les laboratoires professionnels et les cabinets médicaux – et, enfin, de calculer l’évolution des performances dans le temps. Il en ressort que les performances entre les Centres sont comparables et les appareils des laboratoires professionnels obtiennent de meilleures performances par rapport aux petits analyseurs utilisés dans les cabinets médicaux.Concernant les POCT, les performances ne dépendent pas du type d’utilisateur mais du type de POCT : certains obtiennent des performances comparables aux appareils de laboratoire, d’autres inférieures. Globalement, une amélioration des performances est mesurée pour les deux types d’utilisateurs, pour la plupart des appareils et pour tous les analytes. / The external quality assessment (EQA) is an essential tool that allows medical laboratories to supervise the quality of their analyses. A retrospective analysis on 391.893 results originating from seven frequently measured analytes (glucose, calcium, triglycerides, creatine kinase, haemoglobin, HbA1c, and urinary proteins) was performed over a twelveyear period, from 1996 to 2007. For three analytes, the results accumulated by three European Centres – Swiss, French, and Belgian – organising EQA surveys were compared. A simple non-parametrical statistical approach was used to calculate the performances (inter-laboratory CV% and percentage of correct results) in order to include all EQA results, even aberrant values. The work allowed to calculate the performances of devices for the different analytes, to compare performances among the Centres and among two types of users – professional laboratories and medical offices – and, finally to calculate the evolution of performances over time. It turns out that performances among the Centres are comparable and that professional laboratory devices obtained better performances as compared with small laboratory devices used in medical offices. Concerning POCT devices, performances are not linked to the type of user but to the POCT type : certain types reach the same performances as laboratory devices, while others are below. A general improvement of performances is measured for both types of users, for most devices, and for all the analytes.

The etiology of renal dysfunction in sepsis is currently attributed to altered perfusion, microcirculatory abnormalities and cellular alterations. To clarify these mechanisms, we characterized the changes in renal perfusion and cortex metabolism in a large animal model of sepsis. In this model, sepsis was associated with metabolic alterations that may reflect early induction of cortical glycolysis. Septic shock was associated with reduced renal perfusion and decreased cortical and medullary blood flow, followed by signs of anaerobic metabolism in the cortex when flow reductions became critical. Attempts to correct renal hypoperfusion and alleviate the associated perfusion/metabolism mismatch with fenoldopam or renal denervation were unsuccessful. In the final study we focussed on the role of renal autoregulation in experimental sepsis and septic shock. Evidence suggests that higher blood pressure targets are needed in patients with impaired renal autoregulation and septic shock, but the effects of vasopressors should also be considered. We therefore investigated the effects of arginine vasopressin and norepinephrine on renal autoregulation in ovine septic shock. In experimental septic shock, arginine vasopressin was associated with a lower autoregulatory threshold than norepinephrine. As vasopressors may have different effects on renal autoregulation, individualized therapy of blood pressure management in patients with septic shock should take into account drug-specific effects. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished