This dissertation is framed in the scope of the European Project SelSus, which aims to develop a new life cycle based and distributed upon probabilistic diagnostic and predictive maintenance environment for repairing and renovation activities. To promote all the previously addressed issues, the innovative concept of Sensor Cloud is presented. This concept is intimately related with the development of both Wireless Sensor Networks (WSN) and Service-Oriented Architectures (SOA), along with capabilities for processing, reduction and generation of sensor data. As a point of interest and ease of implement of this Sensor Cloud, the Smart Node concept is explored as intermediate between sensors, considered lower capacity devices, and components that may require certain services from the Cloud. The application scenario is the automotive industry. The main purpose of this dissertation is the study how this Smart Node's concept can be extended in order to include humans in the sensing process, both for accessing their conditions (Body Wearable Sensors) and to use the human as an active sensor (Sensor Probe), promoting the integration of a diverse type of sensors (like ECG, EMG, ACC, Vision, etc) and software algorithms that will be embedded within this platform to facilitate collaboration and decision making on a distributed peer-to-peer basis. This new node will use BITALINO (http://bitalino.com/) as main implementation platform.

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Resumo: A falta de um kit otimizado para avaliação da resistência aos inibidores de integrase no Brasil conduziu à necessidade da padronização de uma técnica inhouse para o estudo de mutações no gene da integrase do HIV-1, possibilitando, assim, a avaliação da resistência a esta classe de antirretrovirais recentemente liberada no país. RNA viral plasmático foi utilizado como fonte para amplificação por RT- Nested PCR e sequencimento do gene da integrase do HIV-1 de 60 pacientes para análise do padrão de resistência, o qual foi avaliado utilizando o algoritmo proposto pela Universidade de Stanford. Cinquenta e quatro (90%) amostras obtiveram sucesso na amplificação e sequenciamento, sendo que destas dez foram amplificadas por protocolos alternativos que envolveram a utilização de enhancer, de enzimas com maior especificidade, RT-PCR one-step e alterações nas condições de ciclagem, o que possibilitou com sucesso o estudo da região de interesse e a análise de resistência. A metodologia in-house mostrou ser uma alternativa metodológica viável para avaliação da resistência aos inibidores de integrase, principalmente nos casos em que há falha terapêutica a esta nova classe de medicamento, uma vez que a técnica permite o estudo completo da região de interesse / Abstract: The absence of an optimized kit to evaluate the resistance to integrase inhibitors in Brazil led to the necessity for standardization of an in-house technique to study the mutations in the HIV-1 integrase gene, thus enabling the evaluation of resistance to these novel antiretroviral agents recently released in the country. Plasma viral RNA was obtained from 60 patients and used as source for RT- Nested PCR amplification and automatic sequencing of the HIV-1 IN gene to analysis of the pattern of drug resistance, which was evaluated using the algorithm proposed by Stanford University. Fifty-four (90%) samples were successfully amplified and sequenced, and ten of these samples were amplified using alternative protocols involving the use of enhancers, enzymes with more specificity, RT-PCR one step and changes in the conditions of cycling, which allowed the successful study of the region of interest and analysis of resistance. The in-house methodology showed to be a viable alternative to assess resistance to integrase inhibitors, especially in cases when there is therapeutic failure to this new class of antiretroviral, since the technique allows the complete study of the region of interest / Orientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Coorientador: Rejane Maria Tommasini Grotto / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: João Manuel Grisi Candeias / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T18:09:23Z : No. of bitstreams: 1 tanikawa_aa_me_botfm.pdf: 940370 bytes, checksum: 202b79e681e44fdd7980b5e940c2ade9 (MD5) / Ministério da Saúde / A falta de um kit otimizado para avaliação da resistência aos inibidores de integrase no Brasil conduziu à necessidade da padronização de uma técnica inhouse para o estudo de mutações no gene da integrase do HIV-1, possibilitando, assim, a avaliação da resistência a esta classe de antirretrovirais recentemente liberada no país. RNA viral plasmático foi utilizado como fonte para amplificação por RT- Nested PCR e sequencimento do gene da integrase do HIV-1 de 60 pacientes para análise do padrão de resistência, o qual foi avaliado utilizando o algoritmo proposto pela Universidade de Stanford. Cinquenta e quatro (90%) amostras obtiveram sucesso na amplificação e sequenciamento, sendo que destas dez foram amplificadas por protocolos alternativos que envolveram a utilização de enhancer, de enzimas com maior especificidade, RT-PCR one-step e alterações nas condições de ciclagem, o que possibilitou com sucesso o estudo da região de interesse e a análise de resistência. A metodologia in-house mostrou ser uma alternativa metodológica viável para avaliação da resistência aos inibidores de integrase, principalmente nos casos em que há falha terapêutica a esta nova classe de medicamento, uma vez que a técnica permite o estudo completo da região de interesse / The absence of an optimized kit to evaluate the resistance to integrase inhibitors in Brazil led to the necessity for standardization of an in-house technique to study the mutations in the HIV-1 integrase gene, thus enabling the evaluation of resistance to these novel antiretroviral agents recently released in the country. Plasma viral RNA was obtained from 60 patients and used as source for RT- Nested PCR amplification and automatic sequencing of the HIV-1 IN gene to analysis of the pattern of drug resistance, which was evaluated using the algorithm proposed by Stanford University. Fifty-four (90%) samples were successfully amplified and sequenced, and ten of these samples were amplified using alternative protocols involving the use of enhancers, enzymes with more specificity, RT-PCR one step and changes in the conditions of cycling, which allowed the successful study of the region of interest and analysis of resistance. The in-house methodology showed to be a viable alternative to assess resistance to integrase inhibitors, especially in cases when there is therapeutic failure to this new class of antiretroviral, since the technique allows the complete study of the region of interest

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-01Bitstream added on 2014-06-13T19:29:04Z : No. of bitstreams: 1 duarte_pd_me_botfm.pdf: 611993 bytes, checksum: ccf0323dc58e760455c77b8af2abcf44 (MD5) / Fundação para o Desenvolvimento Médico e Hospitalar (Famesp) / Fundação Amaral Carvalho / Leucemia Linfóide Crônica (LLC) é uma neoplasia maligna de linfócitos B maduros com aspecto monomórfico, que se acumulam em tecidos linfóides secundários, medula óssea e sangue periférico. O diagnóstico é realizado com base em achados clínico-morfológicos e imunofenotípicos. Os pacientes com LLC são estratificados conforme o estadiamento clínico para definição de terapêutica; atualmente a descoberta de marcadores prognósticos, como ZAP-70, trouxe novas perspectivas ao tratamento, principalmente no estádio precoce. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a eficácia da pesquisa da ZAP-70 em biópsia de medula óssea (BMO) e em inclusão do coágulo, utilizando-se a técnica de imuno-histoquímica; avaliar possíveis correlações deste marcador na BMO com evolução clínica e risco de progressão; correlacionar a imuno-expressão da ZAP- 70 com o arcabouço reticulinico das BMO; avaliar se este arcabouço possui correlação com o prognostico da doença e, por fim, traçar um perfil epidemiológico dos pacientes com LLC atendidos no Hospital das Clinicas da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB). Foram selecionados 153 pacientes com LLC, atendidos no ambulatório do Serviço de Hematologia da FMB-UNESP, de 1980 a 2008, e 9 pacientes assistidos no Serviço de Onco-Hematologia do Hospital Amaral Carvalho-Jaú, no período de 2000 a 2008, com o mesmo diagnóstico, perfazendo 162 casos. Destes, 79 possuíam prontuários que foram revisados, bem como dados morfológicos da BMO e AMO. Foi realizada a pesquisa da ZAP- 70 pela técnica de imuno-histoquímica nas amostras parafinadas de BMO e inclusão do coágulo. Observou-se que 55,7% dos pacientes eram do sexo masculino; 86,1% de etnia branca; a mediana de idade foi 65 anos; relação homem:mulher de 1,2:1. 40,5% dos pacientes tiveram diagnóstico por achado incidental e 73,4%, já com adenopatia secundária à admissão. 17,2%... / Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a malignant neoplasm consisting of mature monomorphic B lymphocytes that accumulate in secondary lymphoid tissues, bone marrow and peripheral blood. Diagnosis is based on clinical, morphological and immunophenotypic findings. CLL patients are categorized according to clinical aspects for treatment management and currently, certain tools, such as prognostic marker ZAP- 70, have determined new treatment perspectives, especially for patients in early stages. The study aimed to evaluate the efficiency of ZAP-70 investigation in bone marrow biopsies (BMBs) and inclusion coagulate using immunohistochemistry; identify possible correlations of this marker in clinical evolution and risk of progression; correlate the immunoexpression of ZAP-70 with BMB reticulin network; evaluate whether this network correlates with disease prognosis and; outline an epidemiological profile of patients with CLL attended in the Clinics Hospital of Botucatu Faculty of Medicine (FMB). The sample consisted of 153 CLL patients attended at hematology outpatient clinic of the FMB-UNESP, from 1980 to 2008, and 9 CLL patients attended at the oncohematology service of the Amaral Carvalho Hospital, Jaú, from 2000 to 2008, totaling 162 cases. In 79 cases, medical records including BMB and bone marrow aspirate (BMA) morphological data were reviewed. Immunohistochemistry for ZAP-70 was conducted on paraffinated samples of BMB and inclusion coagulate. Observation revealed that: 55.7% were male, 86.1% white, with a median age of 65 years-old; 40.5% of cases were diagnosed by incidental findings in routine blood smears; 73.4% were diagnosed with peripheral adenomegaly on admission. 17.2% were diagnosed in the early stages and 15% of cases showed prolonged remission. BMB and BMA morphology revealed that 94.8% of patients presented increased cellularity... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-28Bitstream added on 2014-06-13T19:49:52Z : No. of bitstreams: 1 mangerona_lr_me_botfm.pdf: 551674 bytes, checksum: fa33b5ef943c594fe040a66778a352bd (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Ministério da Saúde / Secretaria do Estado da Saúde de São Paulo / A perda gestacional recorrente idiopática é multifatorial, pois envolve fatores de risco clínicos e biológicos. A trombofilia pode ser definida como uma predisposição para trombose. Anormalidades na hemostasia que estão associadas com trombofilias clínicas incluem defeitos hereditários, tais como os anticoagulantes naturais Antitrombina III, Proteína S e Proteína C ou fatores de coagulação, as mutações do fator V Leiden, gene da protrombina G20210A, metilenotetrahidrofolato redutase MTHFR C677T, e defeitos adquiridos, tal como Síndrome Antifosfolípide e a Hiperhomocisteinemia. O presente trabalho foi realizado com 70 mulheres, sendo que 35 mulheres apresentavam 3 ou mais abortos recorrentes inexplicáveis, e 35 mulheres voluntárias clinicamente normais, para todas as mulheres foram feitas as investigações para os anticoagulantes naturais da coagulação e investigação para as mutações do fator V Leiden, gene da protrombina G20210A e metilenotetrahidrofolato redutase MTHFR C677T e as deficiências adquiridas. Em nosso estudo, encontramos resultados estatísticamente significantes para a síndrome do anticorpo antifosfolípide (trombofilia adquirida). Em nosso estudo observamos um grande número de defeitos trombofílicos adquiridos sendo que alguns estão em associação com a mutação do fator V Leiden e MTHFR C677T, porém mais pesquisas são necessárias para confirmar ou contestar as causas das trombofilias,e avaliar a eficiência e segurança da tromboprofilaxia em mulheres grávidas. / The idiopathic appealing gestational loss is multifactorial because it involves clinical and biological risk factors. Thrombophilia can be defined as a predisposition for thrombosis. Abnormalities in homeostasis that are associated with clinical thrombophilia include hereditary defects, such as natural anticoagulants as Antithrombin III, S Protein and C Protein or coagulation factors, mutations of V Leiden factor, gene of G20210A prothrombin, MTHFR C677T methilene redutase tetrahydropholat, and acquired defects just as Antiphospholipid Syndrome and Hyperhomocisteinemy. The present work was accomplished with 70 women, and 35 women showed 3 or more inexplicable appealing abortions, and 35 women voluntary clinically normal. For all women were made investigations for natural anticoagulants of coagulation and investigations for mutations of V Leiden factor, gene of G20210A prothrombin, MTHFR C677T methilene redutase tetrahydropholat, and acquired defects. In study we found statistically significant results for antiphospholipid antibody syndrome (acquired thrombophilia). In our study it was observed a great number of thrombophilics acquired defects, and some of then are associated to mutation of V Leiden factor and MTHFR C677T, however more researches are necessary to confirm or to answer the causes of the thrombophilia and to evaluate the efficiency and safety of the thromboprophylaxis in pregnant women.

Orientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes Carvalho-Mello / Banca: Domingos Alves Meira / Resumo: O HIV-1 é um retrovirus que possui grande variabilidade genética, principalmente no gene que codifica o envelope viral (env). A diversidade de seqüências encontrada na terceira alça variável (alça V3) da gp120 é relacionada a várias características biológicas virais, tais como: habilidade do vírus a induzir sincício, antigenicidade e tropismo viral. O arco da alça V3 é formado por uma seqüência de aminoácidos relativamente conservada (GPGR) nos vírus do subtipo B. No Brasil, encontramos a variante B’, que possui a seqüência GWGR formando a região do arco e tem sido associada a uma progressão mais lenta da infecção. O fenótipo viral Não Indutor de Sincício (NSI) predomina nas fases assintomáticas, enquanto que o fenótipo Indutor de Sincício (SI) emerge em indivíduos infectados precedendo um declínio acentuado de células T CD4, sendo associado à progressão para aids. A mudança do fenótipo NSI para SI é resultante da substituição de determinados aminoácidos na alça V3. Mutações que alterem a seqüência de aminoácidos da alça V3, incluindo a região do arco podem ser utilizadas como marcadores genéticos para inferir sobre a evolução da infecção. DNA viral foi isolado a partir de leucócitos e utilizado como fonte para amplificação por PCR e seqüenciamento automático da região da alça V3. Um script desenvolvido pelo setor de Bioinformática foi utilizado para identificar os fenótipos SI/NSI e a seqüência de aminoácidos do arco da alça V3 (GPGR/GWGR) em 1279 pacientes estudados no Estado de São Paulo como parte do projeto VGDN. Esse estudo mostrou que 34,8% dos pacientes possuíam os aminoácidos GPGR formando a região do arco enquanto que 22,8% possuíam GWGR. Além disso, análises estatísticas utilizando o Teste de Goodman apontaram uma prevalência significativa de GWGR em pacientes assintomáticos com fenótipo NSI... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genomic diversity in HIV-1 is a well-characterized feature and although this heterogeneity is distributed throughout the genome, most of the polymorphisms are located in the envelope gene (env). Sequence variability at the env gene third variable region (V3 loop) of HIV-1 is highly correlated with several viral biological features, such as the ability to induce syncytia, antigenicity and viral tropism. The tip of V3 loop consists of a relative conserved amino acid sequence (GPGR) in subtype B and the presence of GWGR motif in this region has been found in Brazilian strains (B' variant). Non-syncytium-inducing (NSI) phenotype variants predominate in the asymptomatic phase and Sincytium-inducing (SI) phenotype variants emerge in infected patients preceding a CD4 cell decline and correlate with progression to clinical manifestations. The switch from an NSI to an SI phenotype was correlated with one or more basic amino acids substitutions in the V3 loop. Genetic mutations modifying the V3 sequence has been associated with alterations in cytopathic abilities and antigenicity. The patterns of the HIV-1 sequences variability can be used as genetic marker to infer about the infection evolution. Viral DNA isolated from leucocytes was used as a source for PCR amplification and automatic sequencing of the V3 loop gene. Home-made PERL scripts were used to identify NSI/SI phenotypes and GPGR/GWGR motif in 1279 patients studied in São Paulo State, Brazil, as part of VGDN Project (www.lemb.icb.usp.br). This study showed that 34.8% of the patients have had GPGR variants and 22.8% GWGR. In addiction, statistical analysis using Goodman's Test showed GWGR prevailed in asymptomatic patients with NSI strains... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre