L’étiologie des bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins est multifactorielle, mettant en cause des agents infectieux comme des bactéries, virus ou parasites, et également des facteurs de risques liés à la conduite d’élevage et à l’environnement. Dans cette thèse nous nous sommes intéressés aux virus respiratoires bovins. Nous avons étudié le virome de l’appareil respiratoire superficiel et profond des jeunes veaux atteints de BPI par des approches de séquençage à haut débit pour mieux caractériser les co-infections virales et identifier de nouveaux virus. Par ailleurs nous nous sommes intéressés au contexte dans lequel les virus opèrent en analysant la structure, la diversité, et le dynamisme du bactériote respiratoire chez des veaux sains et atteints de BPI. Les résultats suggèrent que de nombreux virus agissent en interactions et montrent une prédominance du coronavirus bovin (BCoV) dans les cavités nasopharyngées et également dans les poumons des veaux atteints de BPI. L’étude phylogénétique des BCoV isolés indique une ségrégation entre souches européennes d’une part et américaines et asiatiques d’autre part qui semble résulter d’un phénomène de recombinaison dans les années 1960-70. Par ailleurs un astrovirus bovin a été clairement détecté pour la première fois principalement dans les poumons de veaux atteints de BPI. L’analyse du microbiote indique, elle, une disparité écologique entre cavités superficielles et profondes et des interactions possibles entre agents pathogènes connus et différentes communautés bactériennes de la flore résidente. Enfin une partie des travaux a concerné le virus influenza D (IDV), un nouveau virus respiratoire bovin émergent récemment identifié en France. Lors d’une infection expérimentale chez des veaux nous avons démontré que IDV possède un pouvoir pathogène respiratoire modéré et qu’il module la réponse immunitaire innée du veau. Nous avons aussi confirmé le caractère ubiquiste d’IDV en démontrant sa circulation sur le continent africain. En conclusion, grâce à des méthodes de séquençages à haut débit ce travail a permis une meilleure description et caractérisation des virus respiratoires bovins et de leur environnement immédiat. Il ouvre des perspectives pour mieux comprendre le rôle des interactions virales dans la genèse des signes cliniques respiratoires.

Le développement de l’épithélium mammaire dépend des cellules souches qui, en proliférant et se différenciant, donnent naissance aux cellules du lignage épithélial. Les cellules souches sont ensuite sollicitées à chaque gestation pour régénérer une partie de l’épithélium. L’objectif de cette thèse est d’identifier et de caractériser en profondeur les différents types de cellules du lignage épithélial mammaire bovin par des approches de cytométrie en flux et de tri cellulaire. Nous avons défini et étudié des (sous)populations épithéliales engagées dans le développement mammaire à la puberté. A ce stade, l’épithélium mammaire contient de rares cellules souches mammaires, des cellules progénitrices à typage mixte luminal/basal et des cellules luminales et basales. Ces (sous)populations diffèrent soit en proportion soit en caractéristiques, voire les deux, aux stades physiologiques majeurssuivants (lactation et tarissement). Les cellules basales diminuent en lactation et au tarissement. Elles possèdent une signature moléculaire propre à chaque stade. La population luminale, composée de plusieurs sous-populations, est la plus variable. Elle arbore une réceptivité hormonale différente à chaque stade. Des (sous)populations épithéliales n’apparaissent qu’à un stade précis (puberté ou lactation) et disparaissent aux autres, comme certaines cellules prolifératives définies comme cellules progénitrices. Enfin, la fraction de rares cellules souches putatives diminue graduellement, de la puberté aux stades suivants, tout en conservant des caractéristiques moléculaires similaires. Ces / The development of the mammary epithelium relies on the mammary stem cells which, by proliferating and differentiating, give rise to the luminal, basal and progenitor cells of the epithelial lineage. The stem cells are then solicited at each gestation to regenerate a part of the epithelium. In this thesis work, we aim at identifying and characterizing in depth the different types of cell constitutive of the bovine mammary epithelial cell lineage by flow cytometry and cell sorting approaches. We defined and studied epithelial (sub)populations committed to mammary development at puberty. At this stage, the mammary epithelium contains rare mammary stem cells, mixed luminal/ basal progenitors, as well as luminal and basal cells.These (sub)populations were found to differ in proportion and/or characteristics at thesubsequent major physiological stages (lactation and dry periods). Basal cells decrease at lactation and dry off. They harbor a specific molecular signature at each stage. The luminal population, composed of several subpopulations, is the most variable. The hormonal receptivity of these cells changes at each physiological stage. Interestingly, some epithelial populations only appear at specific stages (puberty or lactation) and disappear at others, as one subpopulation of proliferative cells that we defined as progenitor cells. At last, the pool of rare putative stem cells gradually decreases from puberty to the next stages while maintaining a similar molecular signature. These are novel insights that show that the epithelial lineage evolves substantially through the

Une grande diversité des types d'élevage bovin laitier existe au Maroc. Afin d'en clarifier les performances zootechniques et d'en saisir les performances économiques, une série de suivis d'élevage a été mise en œuvre, dans le cadre de l'application d'une démarche de type systémique dans différentes zones agro -écologiques du pays : la zone suburbaine de Rabat - Salé et le périmètre irrigué du Gharb. L'élaboration d'une typologie de fonctionnement des étables a ainsi montré la grande similarité des classes d'élevage par région : la présence de fermes de type allaitant, suivie de nombreuses fermes déficitaires en raison de gaspillages des ressources alimentaires, des concentrés notamment, de fermes produisant du lait avec peu de concentrés se regroupant sous l'appellation « élevage extensif » et de très rares étables qui peuvent être considérées comme spécialisées en lait. Paradoxalement, il a même été démontré que l'élevage laitier semblait plus intensif en zone suburbaine qu'en irrigué, dû aux facilités financières des éleveurs citadins pour l'achat d'aliments concentrés. Le détail des pratiques d'élevage et de leurs incidences a révélé le caractère singulier de la production laitière dans des étables étatiques où le pic d'intensification atteint est entièrement tributaire d'un milieu d'élevage entièrement artificiel : concentrés et traitements vétérinaires. Dans la région d'agriculture totalement pluviale de Ben Slimane, cette logique d'intensification bute sur l'aléa climatique et rend les résultats économiques très vulnérables, car pour maintenir un niveau de rendement laitier élevé, il ne peut y avoir d'autre voie que le recours aux concentrés. Enfin, en région suburbaine, les données structurelles des étables font qu'elles pratiquent dans leur majorité un élevage « hors - sol », lui aussi très dépendant des apports en concentrés. Les conséquences sur la qualité du lait sont néfastes, puisque le taux butyreux est inférieur à la norme minimale acceptable par les usines laitières au Maroc, de 35 g/kg dans 2 des 5 fermes étudiées. La qualité hygiénique du lait est mauvaise pour tous les échantillons considérés, sans aucune exception. L'ensemble de ces considérations imposent de penser à des stratégies d'appui technique prenant en compte cette diversité d'étables et de logiques d'élevage, même en proposant des rations riches en concentrés, pour améliorer la productivité laitière et la rentabilité du cheptel bovin

Les éleveurs de bovins allaitants sont confrontés à des risques climatiques et à des risques de prix qui peuvent menacer la pérennité de leurs exploitations. Dans cette thèse, nous nous sommes focalisés sur l'évaluation des impacts des aléas de prix de la viande bovine et de climat sur la gestion du troupeau et des cultures par les éleveurs et sur les résultats technico-économiques qui en découlent. Nous avons pour cela combiné de façon originale et complémentaire des méthodes innovantes relatives à l'analyse d'un panel d'exploitations et à la simulation. Nous avons ainsi 1) déterminé les corrélations entre aléas et variables technico-économiques observées, 2) construit un modèle économétrique pour estimer une fonction de production en présence de deux sources de risque et 3) développé un modèle d'exploitation récursif en programmation dynamique stochastique discrète. Nous avons établi sur la base des données observées que les éleveurs sont averses au risque et que cette aversion augmente lorsque leur richesse diminue. Dans nos simulations, les ajustements tactiques de la production aux aléas prennent le pas sur des adaptations plus stratégiques visant à diminuer l'exposition des exploitations aux risques. Les leviers d'ajustement, préférés et préférables, pour faire face aux aléas climatiques défavorables sont 1) l'augmentation de la part des concentrés dans les rations des animaux et l'achat de fourrages de façon à maintenir les objectifs de production du troupeau et 2) l'ajustement des surfaces fauchées afin de privilégier le pâturage. Pour des variations de prix affectant tous les types d'animaux dans les mêmes proportions, la production simulée reste inchangée. Les variations de prix se répercutent directement sur les recettes des ventes bovines. Les aléas climatiques se font sentir essentiellement sur les charges du troupeau de l'année en cours et de l'année suivante. Les pertes causées par des aléas climatiques négatifs ne sont pas totalement compensées par les surplus de gains engendrés lorsque les années sont favorables, et, deux mauvaises années climatiques de suite peuvent entraîner des baisses de profit très importantes. Une augmentation de la fréquence

L'élevage est la deuxième activité économique après l'agriculture au Bénin. L'élevage bovin, dont la zone de propension est le Nord du Bénin et en particulier le Nord-Est demeure la grande composante du secteur de l'élevage avec un cheptel dont l'effectif approche actuellement 2.000.000 de têtes. La promotion de cet élevage n'a pas toujours pris en compte tous les aspects de son développement surtout les aspects socio-anthropologiques et socio-économiques. La gestion économique actuelle de l'élevage a imposé des politiques de développement articulées autour du complexe élevage-environnement. La nécessité d'appréhender ce complexe à l'image des éleveurs qui recherchaient l'harmonie avec leur milieu devrait constituer un objectif fondamental des intervenants dans ce secteur. L'analyse du cadre environnemental a mis en exergue un milieu propice au développement de l'élevage bovin. Toutefois certains handicaps profonds sont apparus à l'analyse de la structuration des sociétés au Nord-Est du Bénin. Les relations sociales historiques et la spécialisation des fonctions agricoles cantonnaient chaque ethnie dans une fonction et une position sociale donnée. Les Peul sont les éleveurs par excellence, les Baatonu des agriculteurs et les Yorouba et Dendi des commerçants. Malgré une dynamique d'évolution à la faveur de la mise en place progressive d'un état moderne avec sa structure administrative et ses politiques de développement, la lecture sociale a mis en exergue les faiblesses de la gestion administrative et de la promotion sociale des différentes communautés au Nord-Est du Bénin. A la faveur de la complémentarité des différentes communautés, les éleveurs ont développé des attitudes de survie et de développement de leur activité principale qui est l'élevage bovin. Les caractéristiques socio-anthropologiques des exploitations d'éleveurs de la zone d'étude ont montré leur flexibilité à s'adapter au milieu d'abord en intégrant l'agriculture à l'élevage et en développant des relations sociales avec les autres acteurs du territoire pastoral. Ces relations sociales leur ont permis d'avoir les espaces nécessaires à leur activité à la fois dans leur terroir d'attache ou d'origine et aussi dans des voisinages dont l'étendue pouvait être régionale ou nationale. Cette propension à agrandir l'espace s'est construite aussi sur la base de leur connaissance fine des faciès de végétation particulièrement au Nord-Est du Bénin et dans les territoires d'extension pastorale avec des repérages temporels de la disponibilité des espèces fourragères recherchées en des unités précises de leur territoire pastoral. Les faciès de végétation exploités couvrent les savanes herbeuses, les savanes arbustives, les savanes arborées et les forêts claires. Les unités territoriales exploitées sont constituées des niches écologiques que l'éleveur a intégrées aux différents itinéraires des troupeaux pour maintenir un état nutritionnel satisfaisant des animaux du troupeau. Les éleveurs évaluent quotidiennement l'état nutritionnel des animaux par rapport à leur état corporel qui est normé à partir de points anatomiques précis. L'évaluation temporelle et spatiale de l'état corporel des animaux du troupeau a permis aux éleveurs de construire les parcours des animaux et d'en déterminer les périodes propices d'exploitation. La construction des itinéraires a été dynamique et elle a permis à l'éleveur de répondre à des situations normales ou exceptionnelles de production ou des situations socio-économiques pouvant porter atteinte à son bien-être. L'éleveur a été aussi astreint à des modifications des aptitudes des animaux de son troupeau ou à améliorer leurs performances de production sur un terme plus ou moins long pour mieux répondre aux conditions dynamiques de son environnement socio-économique et culturel.

La mammite bovine à S. aureus se caractérise, dune part, par la persistance dun nombre élevé de cellules inflammatoires (principalement des neutrophiles) dans le lait, et, dautre part, par la persistance de la bactérie dans la glande mammaire. La guérison dune mammite à S. aureus repose donc sur deux facteurs étroitement liés : le retour à une concentration normale de cellules dans le lait et léradication de lorganisme pathogène. Or, laccumulation et lactivation des neutrophiles au site de linfection requiert lexpression de cytokines pro-inflammatoires, telles que lIL-8 et le GM-CSF, et la croissance intra- et extracellulaire de S. aureus est augmentée en présence de cytokines inflammatoires, telles que lIL-1b et le TNF-a. La persistance de cytokines pro-inflammatoires semble donc être défavorable à la guérison dune mammite à S. aureus. Lexpression de la plupart des cytokines pro-inflammatoires est sous la dépendance du facteur nucléaire kB (NF kB). Par conséquent, NF kB pourrait être une cible thérapeutique intéressante pour améliorer ou soigner la mammite à S. aureus. Au début de ce travail aucune étude navait été dédiée au rôle de NF kB dans la mammite. Nous avons par conséquent tenté de clarifier ce rôle, ainsi que le potentiel de NF-kB en tant que cible thérapeutique dans la mammite bovine.

La surveillance syndromique est un concept récent en épidémiologie. Fondée sur le suivi automatisé d'indicateurs de santé non spécifiques, cette nouvelle approche offre des perspectives intéressantes pour la détection de phénomènes pathologiques émergents. Nous nous sommes basés sur les données actuellement collectées en France sur la mortalité bovine pour évaluer la faisabilité et la pertinence d'un système de surveillance syndromique basé sur cet indicateur. Nous avons d'abord modélisé le niveau de référence de la mortalité bovine en France puis proposé des méthodes pour identifier et quantifier d'éventuels excès de mortalité. Nous avons d'abord analysé des données réelles pour estimer rétrospectivement les conséquences sur la mortalité de l'épizootie de fièvre catarrhale ovine qui a touché le cheptel bovin français en 2007 et 2008. Nous avons ensuite proposé une méthode visant à identifier des regroupements d'unités spatiales présentant des augmentations inhabituelles de mortalité, et évalué ses performances pour détecter des foyers d'une maladie infectieuse dont nous avons simulé la propagation dans le cheptel bovin. Sur la base de ces travaux, nous discutons finalement de l'intérêt pour la protection de la santé animale d'un système de surveillance non spécifique basé sur la mortalité, et émettons des propositions pour la mise en place opérationnelle d'un tel système.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

L’oviducte joue un rôle central dans le transport et la préparation des gamètes, la fécondation et le développement précoce. Un dialogue embryo-maternel s’établit pour assurer le succès du développement de l’embryon et de son transport vers le site d’implantation. L’objectif principal de ce travail était de confirmer l’existence d’un dialogue moléculaire et fonctionnel précoce grâce à la coculture d’embryons bovins produits in vitro sur des cellules épithéliales tubaires bovines (BOEC). Nous avons montré que les BOEC ont un effet important sur le développement embryonnaire précoce, particulièrement pendant les 4 premiers jours. Cet effet ce traduit par un clivage accéléré, une modulation des gènes exprimés après l’activation du génome embryonnaire, un taux plus élevé de développement au stade de blastocyste et une adaptation de l’expression génique de ces blastocystes. En retour, les embryons induisent dans les BOEC, des changements d’expression de facteurs impliqués dans la réponse à l’interféron. Une spécificité régionale des profils d’expression a également été observée dans l’oviducte. / The oviduct plays a pivotal role in gametes transport and final capacitation, as well as in fertilization and early embryo development. An embryo-maternal communication takes place to ensure the successful early embryo development and transport towards its implantation site. The principal aim of this research was to confirm the existence of such early embryo-maternal molecular and functional dialogue using bovine oviduct epithelial cells (BOEC) as coculture to support the development of in vitro produced bovine embryos. We showed that BOEC had an important effect on early embryo development, especially during the first 4 days. This effect translates into accelerated cleavage kinetics, modulation of gene expression after embryonic genome activation, increased rate of embryo development to the blastocyst stage and improved gene expression profile. Moreover the embryos are triggering a BOEC response by upregulating genes related to interferon signaling. A regional specificity of gene expression profile in the oviduct has also been detected.

Les systèmes d'élevage des petits ruminants au pâturage sont les plus répandus en zone tropicale humide mais l'exposition aux strongles gastro-intestinaux entraîne des pertes importantes de production. L'objectif de ce travail est d'évaluer un système de gestion mixte du pâturage associant diverses espèces animales permettant à priori d'accroître les performances via la réduction du parasitisme et!ou une meilleure alimentation. L'étude de la littérature a conduit à une méta-analyse confirmant de meilleures performances individuelles ou à l'hectare pour les ovins en mixte. Préalablement un dispositif visant à vérifier la non-transmission des larves d'Haemonchus contortus des caprinsaux génisses Créoles a été validé. Un second dispositif avec des chevrettes conduites en mixte, infestées ou pas par Haemonchus comortus (Ml et MnI) ont été comparées à des chevrettes contrôles infestées ou non (CI et CnI). Ce dispositif a été conduit pendant 2 ans avec des mesures du couvert pâturé, des mesures individuelles des quantités ingérées, de la digestibilité, du parasitisme et de la croissance. De plus fortes croissances ont étéobservées en pâturage mixte que les chevrettes soient infestées ou pas (43.25 et 31.68 glj pour MDI et MI vs. 32.44 et 17.91 glj) avec une moindre biomasse. Les mesures d'ingestion et d'ingéré digéré ont été corrélées aux croissances des chevrettes contrairement aux variables parasitaires et met en évidence le rôle de l'alimentation et de la résilience dans le bénéfice du pâturage mixte. Une autre gestion intégrée du pâturage a été étudiée basée sur l'utilisation du vermicompost et s' ant sur les mêmes leviers d'action: l'alimentation et le itisme / Systems of small ruminant grazing are most prevalent in the humid tropics but this environment exposes animals to gastro-intestinal with production losses. The objective ofthis thesis is to evaluate a system ofmixed management ofthe pasture combining various animal species, which allows a priori to increase animal performance by reducing the parasitism and/or better nutrition. The study of literature bas led to a meta-analysis confirming the better individual performances or calculated per ha for sheep reared mixed. The first experiment validated the non-transmission of Iarvae ofHaemonchus contortus from goats to heifers. In a second experiment, goats mixed with heifers, infested or not with Haemonchus contortus (Ml vs MnI) were compared with controls goats, reared alone, infested or not (CI and CNI). This deviee with a continuous driving was studied for two years with measurements on the sward, individual measures of intake, digestibility, parasitism and growth ofthe goats. The highest growth rates were measured with the mixed pasture as goats are infested or not (43.25 and 31.68 g / d for MN! and MI vs. 32.44 and 17,91 g / d) with lower biomass. The herbage intake and the digested herbage intake were well correlated to the growth rate, unIike parasitic variables, and highlight the role of diet in the benefit of mixed driving for goats. Therefore, the infested goats with Haemonchus, expressed greater resilience with improved growth performance compared with controls. Parallel to the study ofmixed pasture, another integrated management of grazing was studied, based on the use of vermicompost and relying on the same levers. namelv throuzh feedinz and parasitism