O grande potencial da genômica em benefício do melhoramento genético aplicado é a utilização direta das informações de marcadores de DNA na seleção, de forma a permitir igual ou maior eficiência seletiva, maior rapidez na obtenção de ganhos genéticos e redução de custos de fenotipagem, em comparação com a seleção tradicional. Esta era genômica está trazendo novas oportunidades para os melhoristas florestais, porém desafios ainda existem para o uso operacional da Seleção Genômica Ampla. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade preditiva de características de crescimento volumétrico de modelos de SGA previamente construídos para características de crescimento volumétrico e qualidade da madeira com uma população elite de melhoramento genético da International Paper do Brasil que atuou como população de treinamento. Os modelos preditivos foram aplicados em quatro populações de candidatos à seleção constituídos por testes de progênies e teste clonal de Eucalyptus com características contrastantes do ponto de vista de relacionamento genético com a população na qual os modelos foram desenvolvidos: (1) três populações compostas por indivíduos geneticamente relacionados com a população de descoberta e (2) uma população composta por indivíduos geneticamente não relacionados com a população de descoberta. Posteriormente, as quatro populações de avaliação, compostas por 100 indivíduos genotipados em cada uma, foram utilizadas para construir novos modelos preditivos e validações cruzadas realizadas entre estas populações. Foram utilizados para as análises SNPs com frequência de declaração de genótipo (call rate) ≥ 0.90 e MAF (menor frequência alélica) ≥ 0.01, totalizando 29.090 marcadores. O modelo preditivo previamente elaborado para população elite da International Paper apresentou capacidades preditivas que variaram de -0,296 para o caráter Altura em população geneticamente não relacionada até 0,440 para o caráter DAP em uma população geneticamente relacionada. Com os modelos desenvolvidos com as quatro populações genotipadas, e realizando seleção de marcas com base nos seus efeitos, as maiores capacidades preditivas foram obtidas por um número de SNPs médio que variou de 1371 para volume e IMA a 1467 para DAP. Usando esta abordagem, a capacidade preditiva maximizada para DAP foi de 0,744, 0,727 para altura, 0,751 para volume e 0,752 para IMA. Acurácias preditivas maximizadas, foram em seguida estimadas ao utilizar o menor número de SNPs selecionados. Com 237 SNPs acurácias da ordem de 0,660 para DAP, 0,555 para altura, 0,743 para volume e 0,743 para IMA foram obtidas. Embora estes resultados sugerem que a SGA teria bom resultado somente entre indivíduos geneticamente relacionados, uma análise conjunta dos dados utilizados para o desenvolvimento dos modelos preditivos anteriormente gerados com os dados das quarto populações aqui avaliadas, se faz necessária para alcançar resultados mais conclusivos. Adicionalmente, a abordagem de seleção de marcas para maximizar a capacidade preditiva ou acurácia deverá ser melhor avaliada à luz do seu impacto na medida que a SGA venha a ser praticada em futuras gerações de seleção. / The potential of genomics to the benefit of applied breeding is the direct use of DNA markers information for selection, allowing equal or higher selection efficiency, higher genetic gains per unit time and cost reduction in phenotyping, when compared with traditional selection based on phenotypic data. Researchers have proposed a new selection method called genome-wide selection (GWS), which has been successfully applied in livestock genetics and promises to revolutionize the improvement of perennial species with long life cycles. This genomic era is bringing new opportunities to forest breeders, but major challenges still need to be overcome for the operational use of GWS. Thus, this study aimed to assess the predictive ability of GWS models previously built for volume growth and wood quality traits based on an elite breeding population of International Paper in Brazil who served as discovery or training population. Predictive models were applied to four populations composed by progeny and clonal trials with contrasting characteristics from the standpoint of relatedness to the training population: (1) a population of individuals genetically related to the training population and (2) a population of individuals genetically unrelated to the training population. Subsequently, the four populations evaluated, with 100 genotyped individuals each, were used to build new models which were cross validated among them. Only SNPs with call rate ≥ 0.90 and MAF (minor allele frequency) ≥ 0.01 were used totaling 29,090 markers. Model previously developed yielded predictive abilities ranging from a lower -0.296 for height growth in genetically unrelated population to 0.440 for DBH and 0.219 for height in a genetically related population. With the GWS models built with the four genotyped populations and applying SNP marker selection based on their estimated effect the highest predictive capabilities were obtained when using an average number of SNPs ranging from 1371 for volume and MAI, to 1467 for DBH. The average predictive ability was maximized at 0.744 for DBH, 0.727 for height growth, 0.751 for volume and 0.752 for MAI. Maximized accuracies were obtained using the smallest number of SNPs with highest effects. With 237 selected SNPs accuracies around 0.660 for DBH, 0.555 for height, 0.743 for volume and 0.743 for MAI were obtained. While these results suggest that GWS should work well only across related individuals, a combined analysis of the data from the previous models with those of the four tested populations is necessary to reach more conclusive results. Furthermore, the approach of SNP marker selection to maximize predictive ability or accuracy is one that is still controversial and should be better evaluated in light of its impact as GWS is practiced in further generations of selection.

O grande potencial da genômica em benefício do melhoramento genético aplicado é a utilização direta das informações de marcadores de DNA na seleção, de forma a permitir igual ou maior eficiência seletiva, maior rapidez na obtenção de ganhos genéticos e redução de custos de fenotipagem, em comparação com a seleção tradicional. Esta era genômica está trazendo novas oportunidades para os melhoristas florestais, porém desafios ainda existem para o uso operacional da Seleção Genômica Ampla. Sendo assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a capacidade preditiva de características de crescimento volumétrico de modelos de SGA previamente construídos para características de crescimento volumétrico e qualidade da madeira com uma população elite de melhoramento genético da International Paper do Brasil que atuou como população de treinamento. Os modelos preditivos foram aplicados em quatro populações de candidatos à seleção constituídos por testes de progênies e teste clonal de Eucalyptus com características contrastantes do ponto de vista de relacionamento genético com a população na qual os modelos foram desenvolvidos: (1) três populações compostas por indivíduos geneticamente relacionados com a população de descoberta e (2) uma população composta por indivíduos geneticamente não relacionados com a população de descoberta. Posteriormente, as quatro populações de avaliação, compostas por 100 indivíduos genotipados em cada uma, foram utilizadas para construir novos modelos preditivos e validações cruzadas realizadas entre estas populações. Foram utilizados para as análises SNPs com frequência de declaração de genótipo (call rate) ≥ 0.90 e MAF (menor frequência alélica) ≥ 0.01, totalizando 29.090 marcadores. O modelo preditivo previamente elaborado para população elite da International Paper apresentou capacidades preditivas que variaram de -0,296 para o caráter Altura em população geneticamente não relacionada até 0,440 para o caráter DAP em uma população geneticamente relacionada. Com os modelos desenvolvidos com as quatro populações genotipadas, e realizando seleção de marcas com base nos seus efeitos, as maiores capacidades preditivas foram obtidas por um número de SNPs médio que variou de 1371 para volume e IMA a 1467 para DAP. Usando esta abordagem, a capacidade preditiva maximizada para DAP foi de 0,744, 0,727 para altura, 0,751 para volume e 0,752 para IMA. Acurácias preditivas maximizadas, foram em seguida estimadas ao utilizar o menor número de SNPs selecionados. Com 237 SNPs acurácias da ordem de 0,660 para DAP, 0,555 para altura, 0,743 para volume e 0,743 para IMA foram obtidas. Embora estes resultados sugerem que a SGA teria bom resultado somente entre indivíduos geneticamente relacionados, uma análise conjunta dos dados utilizados para o desenvolvimento dos modelos preditivos anteriormente gerados com os dados das quarto populações aqui avaliadas, se faz necessária para alcançar resultados mais conclusivos. Adicionalmente, a abordagem de seleção de marcas para maximizar a capacidade preditiva ou acurácia deverá ser melhor avaliada à luz do seu impacto na medida que a SGA venha a ser praticada em futuras gerações de seleção. / The potential of genomics to the benefit of applied breeding is the direct use of DNA markers information for selection, allowing equal or higher selection efficiency, higher genetic gains per unit time and cost reduction in phenotyping, when compared with traditional selection based on phenotypic data. Researchers have proposed a new selection method called genome-wide selection (GWS), which has been successfully applied in livestock genetics and promises to revolutionize the improvement of perennial species with long life cycles. This genomic era is bringing new opportunities to forest breeders, but major challenges still need to be overcome for the operational use of GWS. Thus, this study aimed to assess the predictive ability of GWS models previously built for volume growth and wood quality traits based on an elite breeding population of International Paper in Brazil who served as discovery or training population. Predictive models were applied to four populations composed by progeny and clonal trials with contrasting characteristics from the standpoint of relatedness to the training population: (1) a population of individuals genetically related to the training population and (2) a population of individuals genetically unrelated to the training population. Subsequently, the four populations evaluated, with 100 genotyped individuals each, were used to build new models which were cross validated among them. Only SNPs with call rate ≥ 0.90 and MAF (minor allele frequency) ≥ 0.01 were used totaling 29,090 markers. Model previously developed yielded predictive abilities ranging from a lower -0.296 for height growth in genetically unrelated population to 0.440 for DBH and 0.219 for height in a genetically related population. With the GWS models built with the four genotyped populations and applying SNP marker selection based on their estimated effect the highest predictive capabilities were obtained when using an average number of SNPs ranging from 1371 for volume and MAI, to 1467 for DBH. The average predictive ability was maximized at 0.744 for DBH, 0.727 for height growth, 0.751 for volume and 0.752 for MAI. Maximized accuracies were obtained using the smallest number of SNPs with highest effects. With 237 selected SNPs accuracies around 0.660 for DBH, 0.555 for height, 0.743 for volume and 0.743 for MAI were obtained. While these results suggest that GWS should work well only across related individuals, a combined analysis of the data from the previous models with those of the four tested populations is necessary to reach more conclusive results. Furthermore, the approach of SNP marker selection to maximize predictive ability or accuracy is one that is still controversial and should be better evaluated in light of its impact as GWS is practiced in further generations of selection.

Submitted by Jos? Henrique Henrique (jose.neves@ufvjm.edu.br) on 2017-09-28T19:28:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) mariane_rodrigues_ferreira.pdf: 1446137 bytes, checksum: b0c55b008bb6208223dfeaa66f8b1e31 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2017-10-09T14:21:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) mariane_rodrigues_ferreira.pdf: 1446137 bytes, checksum: b0c55b008bb6208223dfeaa66f8b1e31 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-09T14:21:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) mariane_rodrigues_ferreira.pdf: 1446137 bytes, checksum: b0c55b008bb6208223dfeaa66f8b1e31 (MD5) Previous issue date: 2017 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Objetivou-se com este trabalho determinar o melhor m?todo de estima??o dos coeficientes de repetibilidade e as melhores combina??es entre cortes de acordo com a estabiliza??o genot?pica para caracter?sticas agron?micas, estimar par?metros gen?ticos e formar grupos morfofuncionais com base nas caracter?sticas morfog?nicas e estruturais por meio do agrupamento de Otimiza??o de Tocher em gen?tipos de Panicum maximum. Os coeficientes de repetibilidade para produ??o de massa seca total (MST), massa seca foliar (MSF), massa seca do colmo (MSC), porcentagem de folhas (%F), porcentagem de colmo (%C), foram estimados por meio de quatro m?todos: an?lise de vari?ncia (ANOVA), an?lise estrutural com base na m?dia dos coeficientes de correla??o (AECOR), an?lise de componentes principais com base na matriz de covari?ncia (CPCOV) e na matriz de correla??es (CPCOR). Para o estudo da estabiliza??o genot?pica, utilizaram-se os coeficientes estimados pela ANOVA e CPCOR. Para a avalia??o das caracter?sticas morfog?nicas foram estimadas: taxa de aparecimento foliar (TAPF), filocrono (FIL), taxa de alongamento foliar (TALF), taxa de senesc?ncia foliar (TSF), comprimento final da l?mina (CFL), n?mero de folhas vivas (NFV), dura??o de vida das folhas (DVF), taxa de alongamento de pseudocolmo (TALC), n?mero m?dio de perfilhos (NMP), rela??o l?mina:colmo (RLC). Para MST, foram observados coeficientes de repetibilidade variando entre 0,3500 e 0,4300 pelos m?todos da ANOVA e CPCOR, respectivamente. Altos coeficientes de repetibilidade tamb?m foram encontrados para a caracter?stica MSF. Baixos coeficientes de repetibilidade foram observados para %F e %Ce rela??o l?mina:colmo. Para estabiliza??o genot?pica da MST, os melhores coeficientes foram observados para a combina??o entre os cortes 6 a 7 e entre os cortes 5 a 8, enquanto os menores coeficientes foram observados quando se utilizaram apenas os cortes 3 a 4 e de 1 a 2, em ambos os m?todos. Para a rela??o l?mina:colmo, os melhores coeficientes foram registrados para os cortes 6 a 7 pelo m?todo da ANOVA, e 1 a 2 pelo m?todo CPCOR. De maneira geral, a combina??o entre os cortes de 6 a 7, tamb?m proporcionou maior repetibilidade e determina??o, otimizando a estabiliza??o dos gen?tipos para as massas e porcentagens de folha e de colmo. No estudo dos par?metros gen?ticos e agrupamento, foi observado que somente as caracter?sticas TALF, CFL e RLC tiveram o componente vari?ncia gen?tica significativo. Apesar disto, as caracter?sticas TALC, NFV, apresentaram coeficientes de varia??o genot?picos (CVg) superiores aos coeficientes de varia??o residual ou ambiental (CVe). As caracter?sticas TAPF, FIL, DVF e TSF apresentaram valores abaixo da unidade para a raz?o CVg/CVe. Alta raz?o CVg/CVe foi observada para as caracter?sticas RLC, NFV, TALC, TALF, CFL, sendo os maiores coeficientes foram registrados para RLC. Ap?s o agrupamento, constatou-se a forma??o de cinco grupos morfofuncionais. Os grupos que apresentaram maiores valores de TALF foram os grupos 3, 5 e 1 com valores superiores ? m?dia geral de todos os gen?tipos avaliados. Enquanto o grupo 4 obteve menor desempenho para esta caracter?stica. Para a TALC o grupo 2 se destacou, seguido pelo grupo 5. Dentre todos os grupos a maior RLC constada foi para o grupo 4 e para CFL o grupo 3. Conclui-se que os m?todos que proporcionaram os melhores coeficientes de repetibilidade de determina??o foram os dos componentes principais com base na matriz de correla??o e de covari?ncia. Para a estabiliza??o genot?pica, os melhores coeficientes de repetibilidade e determina??o s?o observados para os cortes realizados no segundo per?odo das ?guas. As caracter?sticas TALF, CFL e RLC apresentam variabilidade gen?tica significativa, e as caracter?sticas TAPF, FIL, DVF e TSF apresentam baixa raz?o CVg/CVe e necessitam de maior controle ambiental. Os grupos 3, 5 e 1, apresentam altas taxas de alongamento de folha como mecanismo de ac?mulo de forragem. J? o grupo 4 se destaca pela capacidade de perfilhamento. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2017. / The objective was to evaluate the coefficient of repeatability of the agronomic traits and to estimate the breeding value of morphogenic characteristics to stablish morphofunctional groups in the clustering analysis of Tocher in Panicum maximum genotypes. The repeatability coefficients were estimated by four methods: analysis of variance (ANOVA), structural analysis based on the correlation matrix (EACOR), principal component analysis based on the variance and covariance?s matrix (PCCOV) and principal component analysis based on the correlation matrix (PCCOR). To the genotypic stabilization study, the ANOVA and PCCOR were used. To the morphogenic evaluation, the characteristics were estimated: leaf appearance rate (LAR), phillochron (PHC), leaf elongation rate (LER), leaf senescence rate (LSR), number of live leaves (NLL), leaf life spam (LLS), leaf final length (LFL), stem elongation rate (SER), average number of tillers (ANT) and leaf:stem ratio (LSR). To total dry matter were observed repeatability coefficients ranging from 0.3500 to 0.4300 by the ANOVA and PCCOR methods, respectively. High coefficients of repeatability were estimated to leaf dry mass too. Low coefficients of repeatability were observed to percentage of leaves, stems and leaf:stem ratio. In the genotypic stabilization of total dry mass the higher coefficients were observed between the 6 and 7th harvest and between the 5 and 8th harvest, while the lowest coefficients were observed when the harvests 3 to 4 and 1 to 2 were considered in both methods. To leaf:stem ratio the higher coefficients were observed to harvests between 6 and 7 in the ANOVA method and 1 to 2 in the PCCOR method. In general, the combination between the 6 and 7th harvests also improves the repeatability and determination coefficients, optimizing the stabilization of the genotypes to dry mass and percentage of leaf and stems. In the study of genetic parameters and clustering, were observed significant effect to genetic variance component only to LER, LFL and LSR. In spite of this the characteristic SER and NLL had CVg higher than CVr. The characteristics LAR. PHC, LLS and LSR had CVg/CVr above the unity. High CVg/CVr ratio were observed to LSR, NLL, SER, LER and LFL, so that the highest coefficient observed to LSR. After the clustering analysis was found five morphofunctional groups. The groups with higher LER were 3, 5 and 1 with breeding values above the general mean. The group 4 had lowest LER. The groups 2 and 5 had the highest SER and the highest LSR was observed to the group 4. The group 3 showed high LFL. It was possible to conclude that the total and leaf dry mass have higher coefficient of repeatability, indicating better accuracy in the identification of the superior genotypes of P. maximum. In the genotypic stabilization, the higher coefficient and determination were observed to the harvests realized in the rainy period. The morphogenic characteristics that have the highest genetic variance have more possibility of gains with the selection and the traits with low CVg/CVr ratio need more environmental control. The groups 3, 5 and 1 have high potential to forage production duly its high leaf elongation rate.

Cattle breeding is one of the part of traditional Czech agriculture. It is a vital part of economy consisting of two main branches - milk and beef production. Beef is one of the main products of cattle breeding sometimes provided by fattening of heifers, cows and bulls. Producing meat with the highest quality with low costs is the main goal of fattening the cattles. I have tested the influence of selected fators on the fattening capacity and carcass values of Czech Fleckvieh bulls in the control station as well as the economic requirements of the fattening period. I have compared the test period of 530 ? 10 days with period of 610 ? 10 days of fattening using the old and new technology of supplementation. Further fattening was provided by results of growing Charolais, Limousin and Czech Fleckvies x Simmental bulls. The results suggest that the increase of the period of fattening for 80 days had a positive effect on carcass yield (p < 0.001), assigning in the classification according to SEUROP and profitability of farming. The positiv relationships between breeding value of fathers and carcass yield of their sons was observed. Finally, the positive influence of new technology of fattening on the classification acording to SEUROP was shown.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-01Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 neves_hhr_me_jabo.pdf: 1347813 bytes, checksum: 533a7d64f9bb2ee7d83391c75514635d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi investigar a existência de variabilidade genética aditiva sobre a variância residual do ganho de peso do nascimento à desmama (GND) de bovinos Nelore e as perspectivas de se explorar diferenças entre genótipos para variância residual para a obtenção de maior uniformidade de produção, por meio de seleção. Diferentes abordagens, implementadas em dois passos, foram estudadas: Inicialmente, avaliaram-se três modelos para análise de medidas de dispersão dos resíduos associados às observações de GND da progênie de touros Nelore. O modelo considerado mais promissor foi empregado em estudo subsequente, em que foi investigado o impacto do tamanho de progênie dos touros nas estimativas obtidas para variância aditiva sobre a dispersão residual e estimadores de dispersão em diferentes escalas foram comparados. A confiabilidade de tal abordagem foi verificada por meio de simulação de Monte Carlo. Um último estudo avaliou a possibilidade de se considerarem, simultaneamente, efeitos aditivos e ambientais sobre a variância residual de GND, empregando-se diferentes modelos para análise do logaritmo natural do quadrado do resíduo associado a cada observação. Concluiu-se que, ao se considerar famílias de grande tamanho, seria possível obter predições acuradas do mérito genético dos touros para a variância residual e alguma resposta em termos de uniformidade de produção, sendo a abordagem do último estudo considerada a mais adequada para este fim. Desconsiderar efeitos ambientais sobre a variância residual no segundo passo das análises pode levar a superestimação da variância aditiva sobre a dispersão residual, bem como da resposta esperada à seleção / This study was carried out to investigate the existence of genetic variability on residual variance of beef cattle production traits and to evaluate the opportunity for improvement in uniformity of such traits by selecting for lower residual variance. Different two-step approaches were studied to address these questions: Firstly, three models were employed to analyze different measures associated with residual dispersion of weight gain from birth to weaning (GND) in the progeny of Nellore sires. The model that performed best was employed in a subsequent study to access the impact of progeny size on estimates of additive variance for residual dispersion, also aiming to compare dispersion estimators of different scales and to predict selection response in each situation. Reliability of this approach was verified by Monte Carlo simulation. The possibility of considering, simultaneously, additive and environmental effects on residual variance of GND was investigated by analyzing log squared residuals associated with each observation according to different models. It was concluded that, by considering large sire families, accurate estimates of genetic merit of sires for residual variance could be obtained as well as some improvement in uniformity of GND. Analyzing log squared residuals associated with each observation was considered the most promising approach for this task. Ignoring environmental effects at the level of residual variance could lead to inflated estimates of additive variance of residual dispersion, therefore implying in overestimation of response to selection

Resumo: O objetivo da pesquisa descrita nesta tese foi estudar possíveis aplicações do método das rotações modificadas de Givens na solução de sistemas de equações lineares tipicamente observados em problemas de melhoramento animal. Duas aplicações foram consideradas: a predição de valores genéticos com base em informação fenotípica e genealógica, por meio da metodologia dos modelos mistos; e a predição de valores genéticos com base em informação molecular, obtida pela genotipagem de painéis densos de SNPs. Na primeira aplicação, delineou-se o emprego de um modelo animal reduzido, combinado a uma ordenação do sistema que permitiu uma abordagem multi-frontal de decomposição. As matrizes frontais foram definidas como sendo as partes da triangular superior pertinentes a cada rebanho. Com isso, o problema pôde ser desmembrado em n subproblemas em que n é o número de rebanhos. Um conjunto de programas foi desenvolvido de modo a decompor as matrizes de dados de cada rebanho independentemente, e depois combinar as informações de todos eles na solução do sistema triangular geral, por retro-substituição. Concluiu-se que o método pode ser empregado em um sistema para atualização de predições de valor genético sob modelo animal reduzido, em que se aninham os efeitos de vacas dentro de rebanhos. Na segunda aplicação, comparou-se o emprego das rotações de Givens com o método do Gradiente Conjugado, na solução de sistemas lineares envolvidos na estimação de efeitos de SNPs em valores genéticos. O método das rotações demandou menos tempo de processamento e mais memória. Concluiu-se que, dado o crescente avanço em capacidade computacional, o método das rotações pode ser um método numérico viável e apresenta a vantagem de permitir o cálculo dos erros-padrão das estimativas. / Abstract: The aim of this study was to investigate possible applications of the modified Givens rotations on the solution of linear systems that typically arise in animal breeding problems. Two applications were considered: prediction of breeding values based on phenotypes and relationships, using mixed model methods; and prediction of breeding values based on molecular information, using genotypes from high density SNP chips. In the first application, the use of a reduced animal model, combined with a specific ordering of the system, made it possible to apply a multi-frontal decomposition approach. The frontal matrices were defined as the parts of the upper triangular corresponding to each herd. In this way, the problem could be partitioned into n subproblems, where n is the number of herds. A set of programs was developed in order to factorize the data matrix of each herd independently, and then combine the information from all of them while solving the overall triangular system, by back-substitution. The conclusion was that Givens rotations can be used as a numerical method for updating predicted breeding values under a reduced animal model, if dam effects are nested within herds. In the second application, the modified Givens rotations were compared to the Conjugate Gradient method for solving linear systems that arise in the estimation of SNP effects on breeding values. Givens rotations required less processing time but a greater amount of high speed memory. The conclusion was that, given the increasing rate of advance in computer power, Givens rotations can be regarded as a feasible numerical method which presents the advantage that it allows for the calculation of standard errors of estimates. / Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Luiz Alberto Fries / Coorientador: Flávio Schramm Schenkel / Banca: João Meidanis / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Adhemar Sanches / Doutor

A disponibilidade de informações baseadas nos marcadores genéticos surgiu como oportunidade de aprimorar os programas de melhoramento animal pela incorporação desses efeitos nas avaliações genéticas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos comparar modelos que consideraram ou não os efeitos dos marcadores para a estimação dos valores genéticos dos animais, bem como estimar os efeitos de substituição alélica dos marcadores por seis metodologias distintas (regressão múltipla bayesiana, regressão de cumeeira bayesiana, Bayes A, Bayes B, Bayes C&pi; e LASSO bayesiano) e avaliar o impacto da inclusão desses efeitos na acurácia das estimativas dos valores genéticos e os conflitos de seleção existentes aos serem comparadas as classificações dos animais com base nos valores genéticos clássicos e nos valores genéticos assistidos por marcadores. Dados de 83.404 animais pertencentes a um programa de seleção de animas da raça Nelore, mensurados para peso na desmama, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal e escore de musculosidade, que corresponderam a 116.652 animais na matriz de parentesco, foram utilizados. Do total de animais com informações fenotípicas e genealógicas disponíveis, apenas 3.160 foram genotipados para 106 marcadores do tipo SNP. Os resultados obtidos para a comparação de modelos não demonstraram vantagens claras da inclusão conjunta dos efeitos poligênicos e dos marcadores nos modelos de avaliação genética, entretanto, os modelos que incluíram apenas o efeito dos marcadores tiveram os piores ajustes e desempenhos preditivos. As diferenças observadas entre as estimativas dos efeitos de substituição alélica dos marcadores pelas diferentes metodologias analisadas se devem à maneira como cada método regulariza esses efeitos. A incorporação das informações dos marcadores nas avaliações genéticas proporcionou, no geral, um aumento na acurácia das estimativas dos valores genéticos, especialmente para os tourinhos de reposição. Ao serem comparados os 20% melhores animais classificados com base no valor genético clássico e no valor genético assistido por marcadores, os maiores conflitos de seleção foram observados para os touros e tourinhos genotipados. Em suma, o presente projeto demonstrou que, embora a utilização de painéis de marcadores de muito baixa densidade não altere a capacidade preditiva dos modelos de avaliação genética, esses têm impacto na acurácia das estimativas dos valores genéticos. / The availability of molecular markers information turned out to be an opportunity to improve animal breeding programs, by the inclusion of those effects in the estimation of breeding values. Under that perspective, the aims of present research were to compare genetic evaluation models that assumed or not markers effects on the estimation of breeding values, as well estimate the allelic substitution effects of SNP markers applying six different methodologies (Bayesian multiple regression, Bayesian ridge regression, Bayes A, Bayes B, Bayes C&pi; and Bayesian Lasso) and evaluate the impact of these effects on the reliability of breeding values and the divergences on animals classification based on classical breeding values and marker assisted breeding values. Data of 83,404 animals belonging to a Nellore beef cattle (Bos indicus) selection program, measured for post-weaning gain, scrotal circumference and muscle score, corresponding to 116,562 animals on the relationship matrix, were used. From those animals, a set of 3,160 animals with phenotypic and genealogy data available, was genotyped for a panel of 106 SNP markers. Model comparison results did not demonstrate clearly the advantage of assuming polygenic and markers effects together in genetic evaluation models, however, models that considered only markers effects presented the worst global fit and predictive ability. Differences observed on the markers effects estimates were due the shrinkage process applied by each method. The incorporation of markers information on genetic evaluations provided, in general, increases on the reliability of breeding values, mainly for replacement young animals. Comparing the 20% best animals classified by classical breeding value and marker assisted breeding value, the highest divergences were observed to sires and young bulls that were genotyped. Summarizing, although this research showed that the inclusion of very low density SNP chip information was not able to improve the predictive ability of genetic evaluation models, they increased the reliability of breeding values estimates.

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The aim is to assess the relationship between disease hooves of dairy cows and milk production traits selected, evaluation limbs according to the Methodology linear description and evaluation zavnějšku Holsteins and assess the impact of fathers on the hoof diseases.

This graduation thesis deals with comparison of performance of progeny of German shepherd the national and foreign stud dogs. The literary overview follows the history and current form of the International Examination Rules, breeding of German shepherds in the Czech Republic and on global level. It describes complete characteristics of a German shepherd, like the physique, body measurements, living demands and then it is engaged in influences affecting the sport performance of dogs, breeding conditions and it follows the most frequent health problems in German shepherds breeding. The core of the thesis includes analyses of performance of gets of national and foreign stud dogs in the position of a father or father's father in selective competitions, Czech Republic Championships IPO and Championships of the Czech Club of German Shepherds (M ČKNO). There were monitored the data on numbers of individuals in specified competitions in monitored periods of the years 2009 2016. More, dogs placed on 1st up to 10th positions at MČR IPO and M ČKNO were assessed from the point of view of fathers and grandfathers. On the basis of detailed monitoring and analysis it was detected that that dogs from foreign stud dogs origin whether in father's or grandfather's positions are more frequently used in sport cynology. There were 58% of participating dogs from foreign stud dogs and only 42% of dogs with fathers of Czech origin participating in selective competitions. It was established that 61% of participating dogs from foreign stud dogs and 39% of dogs with fathers of Czech origin participated in MČR IPO. The stud dogs of dogs participating in ČKNO Championship were of 68 % of foreign origin and 32 % of nationals. In the course of more detailed analysis (assessment of dogs taking up to 10th position in MČR IPO and M ČKNO) it was established that 67,9% respectively 61,25% of the most successful sport dogs have fathers from foreign kennels, while only 32,1% respectively 38,75 % are from stud dogs from Czech kennels. The best stud dogs from abroad were Ellute von der Mohenwiese and Tom van't Leefdaalhof. Jaguar Aritar Bastet and Hoky Va Pe belonged to the best national stud dogs.