101 f. / Submitted by Cynthia Nascimento (cyngabe@ufba.br) on 2013-03-05T12:50:52Z No. of bitstreams: 1 Jaqueline Fontes Moreau Cruz.pdf: 2233557 bytes, checksum: eca14855d3a7767097447294b7fad9bf (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-03-05T21:03:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Jaqueline Fontes Moreau Cruz.pdf: 2233557 bytes, checksum: eca14855d3a7767097447294b7fad9bf (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-05T21:03:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jaqueline Fontes Moreau Cruz.pdf: 2233557 bytes, checksum: eca14855d3a7767097447294b7fad9bf (MD5) / CAPES / A região sul do estado da Bahia é a principal região produtora de cacau do Brasil, em 1989 foi identificada uma doença, vassoura de bruxa causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa, que comprometeu boa parte da sua produção e que hoje tenta buscar alternativas para controlar essa doença. Destas a que apresentou melhores resultados foram às pesquisas sobre novas variedades de cacau resistentes, produtivas e que originem matérias primas de qualidade industrial, essa alternativa motivou muitos produtores e hoje a cacauicultura brasileira mostra sinais de recuperação. Com o objetivo de contribuir com o Programa Brasileiro de Melhoramento Genético realizou-se a caracterização de sementes de cacau, SR162 e PH16, e uma amostra susceptível a doença denominada de cacau convencional, durante a fermentação e após a secagem. Foram monitorados o pH, acidez titulável e a temperatura das sementes e amêndoas de cacau durante a fermentação, e coletadas amostras em intervalos de doze horas para a caracterização físico-química e química. O monitoramento da temperatura e pH da massa em fermentação e a avaliação dos teores de umidade, atividade de água, pH, acidez titulável, açúcares, ácidos orgânicos, proteínas, compostos fenólicos, durante a fermentação e ao término da secagem, demonstraram que a evolução do processo fermentativo foi distinta para cada material. Das análises de compostos fenólicos percebeu-se a predominância da epicatequina nas três variedades, outro resultado semelhante foi a presença de ácido lático nas três amostras. Através das análises realizadas, verificou-se que a fermentação monoclonal garante uma melhor compreensão das reações envolvidas, o que posteriormente vem agregar valor ao chocolate, através da produção dos chocolates varietais. / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Farmácia. Salvador-Ba, 2012.

170 f. / Submitted by Cynthia Nascimento (cyngabe@ufba.br) on 2013-02-27T13:14:01Z No. of bitstreams: 1 Paula Bacelar Leite.pdf: 1832443 bytes, checksum: 9905ca3e73155cecd6489273fc00880a (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-03-01T17:56:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Paula Bacelar Leite.pdf: 1832443 bytes, checksum: 9905ca3e73155cecd6489273fc00880a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-01T17:56:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paula Bacelar Leite.pdf: 1832443 bytes, checksum: 9905ca3e73155cecd6489273fc00880a (MD5) / FAPESB / A partir de 1989, com o primeiro relato, na região cacaueira baiana do fungo Moniliophthora perniciosa, causador da doença vassoura-de-bruxa, iniciou-se nessa região um processo de empobrecimento provocado pela redução de até 100% da produção de cacau, em diversas propriedades rurais. A vassoura de bruxa representa uma das mais importantes doenças do cacaueiro por sua grande capacidade destrutiva e pela grande velocidade com a qual se espalha. A planta do cacau é uma espécie nativa da floresta tropical úmida americana, provavelmente originária das bacias do Amazonas e Orinoco. É uma árvore que desenvolve em clima quente e úmido numa faixa geográfica compreendida entre os paralelos 20ºN e 20ºS. Entre os esforços encontrados no controle da vassoura de bruxa destacam-se as pesquisas sobre novas variedades de cacau resistentes, produtivas e que originem matérias primas de qualidade industrial. O chocolate é o produto obtido a partir da mistura de derivados de cacau (Theobroma cacao L.), massa (ou pasta ou liquor) de cacau, cacau em pó e ou manteiga de cacau, com outros ingredientes, contendo, no mínimo, 25 % (g/100 g) de sólidos totais de cacau. A qualidade do chocolate é avaliada por meio de suas características químicas, físicas, físico-químicas e sensoriais. Com o objetivo de colaborar com o Programa Brasileiro de Melhoramento Genético foram caracterizadas amostras de cacau monitoradas durante o processo de fermentação e secagem das variedades resistentes à vassoura de bruxa denominadas SR162 e PH16 e uma amostra susceptível a doença denominado de cacau convencional. Foram processadas e caracterizadas as massa de cacau, manteiga de cacau e os chocolates quanto à composição físico-química e química, assim como a avaliação física através do estudo da estrutura dos chocolates e a avaliação sensorial através do teste de aceitação e análise descritiva quantitativa (ADQ®). Os resultados das análises físico-químicas realizadas mostraram que independente da resistência ou não à vassoura de bruxa as variedades estudadas apresentam características próprias. Entre as amostras dos materiais em estudo, não foram identificadas diferenças significativas nas análises de pontos de fusão e na composição de ácidos graxos. As análises colorimétricas mostraram que cada chocolate produzido possui uma cor específica, o que foi confirmado pelos provadores treinados na avaliação sensorial. No estudo das estruturas dos chocolates o menor conteúdo de gordura e o maior tamanho de partículas, encontrados na amostra da variedade PH16, levaram a um maior valor de tensão inicial e maior área de histerese. Para a viscosidade a variação da gordura e o tamanho das partículas não são interferentes. Na Análise Descritiva Quantitativa® realizada, as amostras de chocolates apresentaram diferenças significativas entre si (p<0,05), com referência aos termos descritores. No teste de aceitação os consumidores avaliaram os chocolates com notas que variaram de gostei muito a gostei moderadamente. Através das analises realizadas, verificou-se que as amostras de cacau resistentes à vassoura de bruxa, SR162 e PH16, e o cacau convencional apresentaram características particulares. / Universidade Federal da Bahia.Faculdade de Farmácia. Salvador-Ba, 2012.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-12T11:34:55Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 14683 bytes, checksum: 031a660f530792989291494b96b6dc49 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T11:34:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 14683 bytes, checksum: 031a660f530792989291494b96b6dc49 (MD5) Previous issue date: 2001-08-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho teve por objetivo definir os parâmetros para a obtenção e regeneração de protoplastos de Crinipellis perniciosa. O melhor estabilizador osmótico para a liberação de protoplastos foi KCl 0.8M em tampão fosfato 10 mM, pH 5.8, contendo 20 mg.mL -1 da enzima lítica Glucanex e 10 mg.mL -1 de BSA, após 1 a 2 horas de digestão enzimática do micélio. Os protoplastos foram liberados nestas condições, na ordem de 2,0 x 10 7 por mL de estabilizador osmótico, a partir de 300mg de micélio secundário de C. perniciosa crescido em meio BDA. A melhor freqüência de regeneração obtida foi de 2,0% quando sacarose 0,5M foi utilizada como estabilizador osmótico. A coloração de núcleos dos protoplastos revelou que 58,8% dos protoplastos eram anucleados, 37,5% uninucleados e 3,7% binucleados. Uma análise genética por RAPD de C. perniciosa e das colônias regeneradas a partir de protoplastos não revelou polimorfismos entre elas, embora diferenças, como crescimento lento e aspecto morfológico do micélio de algumas colônias tenham sido observadas. O micélio do isolado de C. perniciosa, bem como das colônias regeneradas a partir de protoplastos, são dicarióticas e apresentam grampos de conexão. / The conditions for the production and regeneration of protoplasts from the fungus Crinipellis perniciosa were studied. The highest release of protoplasts was obtained with 0.8 M KCl in phosphate buffer, pH 5.8, as an osmotic stabilizer; 20 mg.mL -1 of the lytic enzyme Glucanex; 10 mg.mL -1 of BSA and 1 to 2 hours of enzymatic digestion. Under these conditions, about 2.0 x 10 7 prtoplast.mL -1 were released from the secondary mycelium of C. perniciosa grown in BDA. The best regeneration frequency was achieved when 0.5M sucrose was used as an osmotic stabilizer. Nuclear Giensa staining revealed that 58,8% of the protoplasts were anucleate, 37,5% uninucleate, and 3,7% binucleate. Although differences in colony growth and mycelial aspect had been observed, RAPD analysis of colonies regenerate form protoplasts did not reveal any genetic polymorphism. The mycelium of C. perniciosa as well as those from colonies regenerate from protoplasts were dikaryotic and possessed clamp connections.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-14T18:42:49Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 22408 bytes, checksum: e3f5068222be03351cd7ba5bce93b7f8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-14T18:42:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 22408 bytes, checksum: e3f5068222be03351cd7ba5bce93b7f8 (MD5) Previous issue date: 2005-12-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho, elementos transponíveis da Classe I e da Classe II foram caracterizados no genoma do fungo Crinipellis perniciosa, agente causal da enfermidade conhecida como vassoura-de-bruxa no cacaueiro. C. perniciosa apresenta uma alta variabilidade genética e elementos transponíveis têm sido relatados como um dos principais agentes responsáveis pela alta plasticidade e adaptabilidade apresentada por fungos fitopatogênicos. Buscas preliminares feitas no banco de dados do Projeto Genoma da Vassoura-de-Bruxa revelaram a presença de uma seqüência de DNA com similaridade a transcriptase reversa de elementos da Classe I pertencente ao grupo gypsy/Ty3. Esta seqüência foi amplificada em diferentes isolados de C. perniciosa que pertencem aos biótipos C, S e L e distintas regiões geográficas. Seqüenciamento de fragmentos amplificados revelaram a ocorrência de vários eventos de transição G:C para A:T, indicando a existência de um possível mecanismo de silenciamento tipo RIP. Análises de hibridização mostraram a presença de um alto número de cópias da região que codifica a transcriptase reversa e diferentes perfis de hibridização nos isolados dos biótipos C, S e L, indicando que os elementos que contém estas seqüências podem ter um importante papel na variabilidade de C. perniciosa. O fragmento de DNA contendo a seqüência de transcriptase reversa foi utilizado para o isolamento de fagos recombinantes em um banco genômico de C. perniciosa. Retrotransposons do grupo gypsy/Ty3, denominados CpSaci1 e CpSaci2, foram caracterizados a partir de uma nova seqüência presente no banco de dados do Projeto Genoma da Vassoura-de- Bruxa e de um dos fagos recombinantes obtidos. CpSaci1 possui 6.856 pares de bases (pb) e contém longas repetições terminais (LTRs) diretas de 423 pb que não apresentam regiões normalmente encontradas em LTRs de retrotransposons. Duas seqüências de leitura aberta (ORFs) foramidentificadas codificando peptídeos similares à GAG e à poliproteína POL contendo os domínios protease, transcriptase reversa, RNase H e integrase. A seqüência de DNA de CpSaci2, que foi parcialmente caracterizada, possui cerca de 82% de identidade com CpSaci1. Estas duas cópias apresentam inserções de bases e códons de parada na região estrutural indicando que se tratam de cópias inativas. Entretanto, análises por RT-PCR revelaram a presença de transcritos CpSaci normalmente expressos em C. perniciosa cultivado em meio mínimo, e que, sob condições de estresse nutricional, apresentaram uma maior expressão. CpSaci está presente em alto número de cópias no genoma dos biótipos C, S e L de C. perniciosa, sendo que isolados do biótipo C originados do estado da Bahia apresentam dois perfis de hibridização, e alguns fragmentos de DNA em comum com isolados da região amazônica. Por possuir alto número de cópias e ser ativo, o retrotransposon CpSaci provavelmente está relacionado com a geração de variabilidade genética em C. perniciosa. Além do retrotransposon CpSaci, elementos transponíveis da Classe II também foram caracterizados. As cópias denominadas Boto1 e Boto2 foram obtidas a partir do banco de dados do Projeto Genoma da Vassoura-de-Bruxa e a partir de um fago recombinante isolado de um banco genômico de C. perniciosa, respectivamente. Boto1 é flanqueado por uma duplicação de 3 pb (TAA) e possui duas ORFs, uma que codifica uma transposase e outra que codifica uma proteína com baixa similaridade a um regulador da transcrição de plantas. As regiões estruturais que codificam as transposases de Boto1 e Boto2 são interrompidas por um intron de 53 pb com alto conteúdo A+T. As transposases de Boto1 e Boto2 são altamente similares à transposases de elementos PIF-like. Estas transposases são relacionadas à transposases de seqüências de inserção do grupo IS5 de bactérias e fazem parte de uma nova família de transposons da Classe II denominada PIF/IS5. A superfamília PIF/IS5 é raramente encontrada em fungos, e como análises filogenéticas indicam que as transposases Boto-like formam um ramo evolutivo independente, estas seqüências parecem ter sido transferidas horizontalmente para o genoma de C. perniciosa. Transcritos Boto- like foram amplificados por RT-PCR em C. perniciosa normalmente cultivado em meio de cultura, mas não foram ativados por estresse nutricional. Este é o primeiro relato de elementos da superfamília PIF/IS5 em um fungo fitopatogênico. / In this work, Class 1 (RNA) and Class 2 (DNA) transposable elements were characterized in the genome of Crinipellis perniciosa, the causal agent of the witches’ broom disease of cocoa. C. perniciosa presents a high genetic variability and transposable elements have been reported as the main agents responsible for the high plasticity and adaptability presented by phytopathogenic fungi. Once the genome of this fungus has been sequenced, preliminary searches in the database of the witches’ broom genome project revealed the presence of a DNA sequence with similarity to the reverse transcriptase of gypsy/Ty3-like retrotransposons. This sequence was amplified in different C. perniciosa isolates that belong to the C-, S-, and L-biotypes and to different geographical areas. The sequencing of the amplified fragments revealed the occurrence of several G:C to A:T transitions, indicating the existence of a possible RIP-like silencing mechanism. Southern analyses showed a high copy number of the reverse transcriptase gene with different profiles among the C-, S- and L- biotypes, indicating that the elements that contain these sequences may have an important role in C. perniciosa genetic variability. The DNA fragment containing the reverse transcriptase gene sequence was used to isolate different recombinant phages from a C. perniciosa genomic library. Gypsy/Ty3-like retrotransposons, named CpSaci1 and CpSaci2, were characterized from a new sequence present in the sequencing project database and from one recombinant phage. CpSaci1 contains 6.856 bp and long direct terminal repeats (LTRs) of 423 bp that do not present regions usually found in LTRs. Two open reading frame (ORFs) were identified and they code proteins with similarity to GAG and to a POL polyprotein showing protease, reverse transcriptase, RNase H, and integrase domains. Partially characterized DNA sequence of CpSaci2 possesses about xi82% of identity to CpSaci1. The copies CpSaci1 and CpSaci2 present punctual base insertions and stop codons in the structural region indicating that they are inactive copies. However, RT-PCR analyses revealed the presence of CpSaci- like transcripts expressed in C. perniciosa, presenting a higher expression under nutritional stress conditions. CpSaci is present in high copy number in the genome of the C-, S- and L-biotypes. The C-biotype isolates from Bahia state, Brazil, present two hybridization profiles and some DNA fragments similar to those of the isolates from the Amazon region. Once CpSaci presents a high copy number and activity, it is probably related to the generation of genetic variability in C. perniciosa. Besides the CpSaci retrotransposon, a Class II transposable element was also characterized. Two copies, named Boto1 and Boto2, were obtained from the genome sequencing database and from a recombinant phage obtained from a C. perniciosa genomic library, respectively. Boto1 is flanked by a 3 bp duplication (TAA) and possesses two ORFs, one that codes a transposase and another that codes a protein with low similarity to a plant transcription regulator. The structural regions that code the transposases of Boto1 and Boto2 are interrupted by a 53 bp intron with high A+T content. The aminoacid sequence of Boto1 and Boto2 transposases are highly similar to plant PIF-like transposases. These transposases are related to those of bacterial insertion sequences of the group IS5 and they are members of a new superfamily of Class II transposons named PIF/IS5. Once this superfamily is rarely found in fungi and phylogenetic analyses indicate that Boto1 and Boto2 transposases present an independent evolutionary branch, it seems that these sequences were horizontally transferred to C. perniciosa genome. Although Boto-like transcripts were amplified in C. perniciosa normally cultivated in culture medium, they were not activated by nutritional stress. This is the first report of elements of the PIF/IS5 superfamily in a phytopathogenic fungus.

Resumo: Vassoura-de-bruxa e podridão de Moniliophthora, causadas pelos fungos Crinipellis perniciosa e Moniliophthora roreri, respectivamente, são as doenças de maior impacto econômico da cultura do cacau e estão presentes na maioria dos países produtores do Continente Americano. Evidências biológicas e moleculares comprovam que estes fitopatógenos estão intimamente relacionados. O uso de resistência genética através de dones resistentes de cacaueiro, é a medida mais eficiente no controle destas doenças. O conhecimento sobre as populações destes fungos é importante na geração de informações para o programa de melhoramento genético do cacau visando resistência. Marcadores moleculares RAPO e SSR foram usados para analisar a estrutura genética de populações destes fitopatógenos. No geral, as populações do Brasil, Equador, Peru e Trinidad agruparam-se de acordo com o país de origem, apresentando maior variabilidade dentro e não entre países, com presença de subpopulações. A população do Brasil apresentou maior diversidade genotípica em comparação com as demais. A transferibilidade de pares de primers SSR de C. perniciosa para M. roreri foi satisfatório. Populações de M. roreri do Equador e Peru apresentaram alta diferenciação genética interpopulacional, sendo que a do Peru apresentou maior variabilidade. / Abstract: Witches' broom and fresty pod hot, caused by Crinipellis perniciosa and Moniliophthora roreri, are the most important disease of cacao in the American Continent. Biological and molecular data have shown that these pathogen are closely related. Resistance is the most efficient method to control these diseases. Therefore, information about the population structure of these cacao pathogen are important to support the breeding programo Molecular markers such as RAPD and SSR were used to analyzed the genetic structure of C. perniciosa and M. roreri frem the American Continent. Populations of C. perniciosa clustered according to their country of origin, with more variability within than between countries, revealing the presence of subpopulations. C. perniciosa Brazilian populations presented higher genotypic diversity than C. perniciosa from other countries. The transferability of C. perniciosa-SSR to M. roreri was positive. On the contrary, high interpopulation variability was observed between Ecuador and Peru, being M. roreri from Peru much more diverse than Ecuador. / Orientador: Carlos Ruggiero / Coorientador: Karina Peres Gramacho / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Antonio de Goes / Banca: Maria Lúcia Carneiro Vieira / Banca: João Alexio Scarpare Filho / Doutor

Submitted by Vandete Oliveira (vandete15@yahoo.com.br) on 2017-03-10T17:05:10Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO - VANDETE ALMEIDA SILVA OLIVEIRA.pdf: 1147629 bytes, checksum: 7e93a0eb4e873792ff56f678cfd32f14 (MD5) / Approved for entry into archive by Vania Magalhaes (magal@ufba.br) on 2017-04-10T12:06:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO - VANDETE ALMEIDA SILVA OLIVEIRA.pdf: 1147629 bytes, checksum: 7e93a0eb4e873792ff56f678cfd32f14 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T12:06:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO - VANDETE ALMEIDA SILVA OLIVEIRA.pdf: 1147629 bytes, checksum: 7e93a0eb4e873792ff56f678cfd32f14 (MD5) / CAPES / O objetivo desse trabalho é investigar o efeito da infestação da Moniliophthora perniciosa (praga Vassoura-de-Bruxa) no final da década de 80 na lavoura cacaueira e o respectivo crescimento econômico local no Município de Ilhéus/BA. O cacau é uma commodity agrícola mundial, que apresentou boa adaptabilidade às vantagens naturais de clima e solos do Estado da Bahia, em particular ao Município de Ilhéus/BA, o que promoveu prosperidade na economia local. A cadeia de produção e processamento do cacau é marcada por um elevado nível de concentração, seja na produção da commodity em um pequeno número de países, ou o processamento industrial por um pequeno número de grandes empresas, o que configura uma atividade marcada pelo oligopsônio e sujeita a grande volatilidade nos preços e produção. A instalação da praga da Vassoura-de-Bruxa promoveu uma considerável queda na produção e produtividade da lavoura cacaueira, gerando prejuízos para os agentes econômicos do Município de Ilhéus, que tinha no cacau grande parte de sua dinâmica. A literatura aponta que as economias baseadas em recursos naturais estão mais sujeitas a choques exógenos. Neste trabalho, considera-se que, do ponto de vista dos impactos econômicos para a economia de Ilhéus como um todo, o choque promovido pela Vassoura-de-Bruxa sobre o crescimento econômico local pode ser tratado como um enigma, já que a concentração das atividades agroindustriais de processamento e de comercialização de cacau no Município de Ilhéus, associada às políticas de diversificação da atividade econômica local, geram dúvidas sobre o grau de dependência da cultura do cacau, como abordado até o momento pela literatura. Desse modo, o trabalho se utiliza da metodologia de Controle Sintético para verificar a magnitude desse impacto. Os resultados indicaram que a partir da infestação da praga da Vassoura-de-Bruxa na economia de Ilhéus ocorreram impactos negativos, mas que não sobrepuseram o surgimento de uma nova dinâmica na economia local que trouxe um crescimento econômico superior às outras regiões economicamente similares no Estado da Bahia. Os potenciais impactos econômicos negativos podem ter ficado mais concentrados sobre os latifundiários (“coronéis”) do cacau e trabalhadores informais, de maneira que o processo de industrialização e urbanização da economia local atenuou os efeitos do choque sobre o crescimento econômico local. / The objective of this work is to investigate the effect of the infestation of Moniliophthora perniciosa (Witch-broomstick pest) in the late 1980's on cacao plantations and their respective local economic growth in the municipality of Ilhéus/ BA. Cacao is a global agricultural commodity, which showed good adaptability to the natural advantages of climate and soils of the State of Bahia, in particular to the Municipality of Ilhéus/BA, which promoted prosperity in the local economy. The production and processing chain of cocoa is marked by a high level of concentration, either in the production of the commodity in a small number of countries, or industrial processing by a small number of large companies, which is an activity marked by oligopson and Subject to high volatility in prices and production. The installation of the witch-broom pest promoted a considerable decrease in the production and productivity of the cocoa crop, generating losses for the economic agents of the municipality of Ilhéus, which had a large part of its dynamics in cocoa. The literature points out that resource-based economies are more subject to exogenous shocks. In this work, it is considered that, from the point of view of the economic impacts to the economy of Ilhéus as a whole, the shock promoted by the Broom-witch on local economic growth can be treated as an enigma, since the concentration of Agroindustrial processing and marketing activities in the municipality of Ilhéus, associated to the diversification policies of the local economic activity, raise doubts about the degree of dependence of the cocoa culture, as has hitherto been approached in the literature. In this way, the work uses the Synthetic Control methodology to verify the magnitude of this impact. The results indicated that from the infestation of the Bruise Broom pest in the Ilhéus economy, negative impacts occurred, but they did not overcome the emergence of a new dynamic in the local economy that brought economic growth higher than the other economically similar regions in the State from Bahia. Potential negative economic impacts may have been more concentrated on cocoa landowners and informal workers, so that the process of industrialization and urbanization of the local economy attenuated the effects of the shock on local economic growth.

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao L.), causada pelo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa consiste numa importante enfermidade e apenas o uso de variedades resistentes representa uma solução econômica e ambientalmente viável. Os hormônios vegetais são imprescindíveis na rede de sinalização envolvida na resposta contra uma grande variedade de estresses bióticos e abióticos, sendo bem reconhecido o papel crucial do ácido salicílico (AS), etileno (ET) e os jasmonatos (JA) na interação planta-patógeno. O mecanismo de resistência observado em T. cacao contra o fungo hemibiotrófico M. perniciosa parece não envolver resposta de hipersensibilidade mediada pela sinalização por AS, e caracteriza-se pela menor incidência de sintomas e atenuação do crescimento micelial no material resistente. A resposta regulada por JA e/ou ET é determinada pela contenção e redução da colonização de tecidos infectados pelo patógeno, com atenuação dos sintomas manifestados, e está associada com a indução e produção de inibidores de protease, enzimas líticas da parede de fungos e enzimas do metabolismo secundário e cujo os genes demonstraram indução diferencial em amostras inoculadas com M. perniciosa. Recentemente, foi demonstrada a produção de AS pelo fungo M. perniciosa, o que poderia estar associado a um desarranjo hormonal na planta, auxiliando o pátogeno no processo infectivo. A partir destas evidências este trabalho teve como hipótese que JA e/ou ET estaria regulando a interação T. cacao e M. perniciosa. Sabe-se que a transcrição de genes codificantes das enzimas da via de biossíntese de JA é induzida por aplicação exógena de metil-jasmonato (MJ) e por patógenos, assim para verificar a participação de JA na resposta de defesa de cacau, seqüências de genes que codificam para enzimas da via de biossíntese foram identificadas, classificadas e confirmados sua identidade por seqüenciamento. A indução e expressão quantitativa destes, além dos genes Samsi, Accox, Pal, Jaz e Della, foram avaliadas entre o acesso susceptível à M. perniciosa (\'P7\') e o resistente (\'CAB 214\') de T. cacao, em experimentos de aplicação de indutores (AS, ET e MJ) e inoculação com M. perniciosa. As análises de expressão gênica relativa por RT-qPCR foram conduzidas e a resposta dos genes de biossíntese de JA, quando tratado com MJ no \'P7\' pareceu ser mais intensa e mais específica, enquanto que o acesso \'CAB 214\' apresentou resposta com menor intensidade, porém com resposta mais precoce, demonstrando que o mecanismo de regulação positiva pela aplicação exógena de MJ também ocorre em T. cacao. Em relação à inoculação, os resultados de expressão gênica sugerem uma diferença na resposta transcricional dos genes analisados sob inoculação de M. perniciosa entre o \'P7\' e o \'CAB 214\' onde os transcritos de Aos, Kat, Samsi e Jaz apresentaram elevação significativa somente no \'CAB 214\' em comparação ao \'P7\'. Em acessos resistentes, como \'CAB 214\', o efeito de AS produzido pelo fungo poderia não estar surtindo efeitos antagônicos, como indicado pelo aumento transcricional de Aos, gene codificador da principal enzima envolvida na biossíntese de JA, e embora os demais genes da via estejam sendo reprimidos, muito possivelmente a sinalização da resposta de defesa do acesso resistente \'CAB 214\' seja desencadeada por JA, devido ao papel central de AOS na sua biossíntese, e de maneira sinérgica ET estaria participando do mecanismo de resposta, indicado pela alta indução de Samsi no acesso resistente / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Moniliophthora perniciosa is an important disease and the use of resistant varieties is the only economic and environmental long-term solution. Plant hormones are essential in the signaling network involved in the response against a variety of biotic and abiotic stresses. It is well recognized the crucial role of salicylic acid (SA), ethylene (ET) and jasmonate (JA) in plant-pathogen interactions. The mechanism of resistance observed in Theobroma cacao against M. perniciosa does not appear to involve hypersensitivity response mediated by AS signaling, and it is characterized by lower incidence of symptoms and reduction of mycelial growth in resistant material. The response regulated by JA and/or ET is determined by the growth inhibition and a reduction of the colonization of infected tissues by the pathogen, together with an attenuation of symptoms. It is also associated with an induction and production of the protease inhibitors, lytic enzymes and enzymes of secondary metabolism and the genes enconding these enzymes have shown differential expression patterns in samples inoculated with M. perniciosa. It has been recently demonstrated that the production of AS by the fungus M. perniciosa could be associated with a hormonal disorder in the plant, which could therefore help the pathogen in the infective process. Considering this, the hypothesis that JA and/or ET would regulate the interaction of T. cacao with M. perniciosa was formulated in order to be tested by this research work. It is known that the transcription of genes encoding the enzymes of the JA biosynthesis pathway is induced by exogenous application of methyl jasmonate (MJ) and by pathogen, thus, in order to verify the involvement of JA in defense response of cocoa, sequences of genes that encode the enzymes of the JA biosynthesis pathway were isolated, identified, classified and had their identity confirmed by sequencing, and relative quantitative gene expression were evaluated in susceptible \'P7\' and resistant \'CAB 214\' plants of T. cacao. In addition genes Sams, Accox, Pal , Jaz and Della, were evaluated in experiments with application of inducers (AS, ET and MJ) and inoculation with M. perniciosa. Analysis of relative gene expression by RT-qPCR were conducted and \'P7\' seems to have the expression of jasmonate biosynthesis genes in a more intense and more specific manner when treated with MJ, while \'CAB 214\' shows an earlier yet lower response suggesting that the mechanism of positive regulation by the exogenous application of MJ also occurs in T. cacao. For the inoculation, the gene expression results suggest a difference in the transcriptional response from inoculation with M. perniciosa between \'P7\' and \'CAB 214\' in T. cacao. The effect of AS produced by the fungus may not have antagonistic effects in resistant materials such as \'CAB 214\', as indicated by the increase of the transcription of Aos gene that encodes the main enzyme involved in JA biosynthesis, so the defense responses of \'CAB 214\' is possibly triggered by JA signaling, because the central role of AOS in its biosynthesis, and may be part of synergistic ET signaling, indicated by high Samsi expression in resistance material

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-30T17:09:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 737829 bytes, checksum: 468c7b1f1e49b2d94408b2a47398d2e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-30T17:09:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 737829 bytes, checksum: 468c7b1f1e49b2d94408b2a47398d2e3 (MD5) Previous issue date: 2004-05-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Considerando a importância da modelagem para o detalhamento dos mecanismos envolvidos no sistema solo-planta-atmosfera, desenvolveu-se no presente trabalho, um modelo para o desenvolvimento e a produtividade do cacaueiro, considerando as relações entre o clima e os processos fisiológicos e fenológicos da cultura, denominado Modelo Cacau. Além disso, foram estudados os possíveis fatores climáticos e fenológicos atuantes sobre a ocorrência de vassoura-de-bruxa do cacaueiro. Utilizou-se o conceito de modelagem modular, que preconiza a compartimentalização dos processos em módulos independentes e interligados, para o desenvolvimento de um modelo mecanístico para o cacaueiro. O modelo considera os dados meteorológicos diários como variáveis de entrada, os quais atuam nos compartimentos referentes à fisiologia da cultura, incluindo os processos de fotossíntese, respiração, evapotranspiração, partição de assimilados, entre outros, gerando informações sobre as épocas de lançamentos foliares e a produção de amêndoas.Os dados experimentais utilizados neste trabalho foram coletados nas safras agrícolas de 1991 a 1995, em lavoura comercial de cacau com 6 anos de idade, localizada na cidade de Camacã, Bahia (Latitude 15,4oS; Longitude 39,5oW),. Obtiveram-se dados diários de clima e dados semanais de fenologia do cacaueiro e ocorrência de vassoura-de-bruxa. Parte dos dados experimentais serviu para a simulação utilizando o Modelo Cacau, cujas respostas foram comparadas aos dados observados no mesmo período. Para o estudo dos fatores climáticos e fenológicos atuantes sobre a ocorrência de vassoura-de-bruxa do cacaueiro , os dados experimentais foram organizados em diferentes intervalos de tempo até a ocorrência da doença em ramos e a formação de frutos morango. A comparação foi realizada por meio da análise de trilha. Os resultados indicaram que o ciclo anual do cacaueiro completa-se aos 3000 Graus-dia Acumulados (GD), com início de lançamentos foliares em torno de 200, 1100 e 1900GD. A formação de almofadas florais ocorreu apenas no intervalo de 400 a 2800 GD e o ciclo de frutos foi completado em 1400 GD. O modelo modular de desenvolvimento do cacaueiro simulou as épocas de ocorrência de surtos de lançamentos foliares na Bahia. As infecções causadas por Crinipellis perniciosa em ramos vegetativos ocorreram preferencialmente nas gemas em desenvolvimento, cerca de 3 a 4 semanas antes dos fluxos de lançamentos foliares, os quais coincidiram com o aparecimento de sintomas. A umidade do ar teve influência sobre a ocorrência da doença em ramos e sobre a formação de frutos morango. O monitoramento das condições de umidade do ar, juntamente com o acompanhamento da fenologia da cultura através das ferramentas de modelagem, pode ser utilizado na indicação das épocas propícias à infecção de C. perniciosa, quando medidas eficazes de controle poderão ser acionadas. / The first part of the present study had for objective the development of a dynamic deterministic mechanistic model for the cocoa crop considering the relationships between the climate and its physiologic and phenologic processes. The modulate modeling concept was used, which concerns the compartmentalization of the processes in independent and interlinked modules, for the development of the cocoa mechanistic model. The model considers the daily meteorological data as entrance variables, which act in the compartments referring to the physiology of the culture, including the photosynthesis processes, breathing, evapotranspiration, partition of assimilates, among others, generating information about the period of foliate releasing and about the pod production. The experimental data used in this study were collected in a commercial crop in Bahia from 1991 to 1995, including hourly climate data and weekly cocoa phenology data and witches broom occurrence data. Part of the experimental data was used for the development of the model and the remaining was used for a simulation, whose answers were compared to the data observed in the same period. In the final part of this study, the possible climatic and phenologic factors acting on the occurrence of cocoa witches broom were studied. The experimental data were organized in different intervals of time to the occurrence of the disease in branches and the development of chirimoia fruits for the comparison through path analysis. The results indicated that the cocoa annual cycle is completed in 3000 degree-days (GD), with foliate release around 200, 1100 and 1900GD; floral cushions formation done between 400 and 2800 GD and fruit cycle completed in 1400 GD. The influence of soil humidity was also verified in the crop phenology. The modulate model of cocoa development successfully simulated the pod productivity in conditions of water deficit and the periods of occurrence of foliate releasing in Bahia. The infections caused by Crinipellis perniciosa in vegetative branches mainly occured in developing buds, about 3 to 4 weeks before the occurrence of the foliate release, which coincided with symptom developing. The air humidity had influence on the occurrence of the disease in branches and in the chirimoia fruit formation. The air humidity condition monitoring and the cocoa phenology accompaniment through modeling tools can be used in the indication of the favorable periods to the infection of C. perniciosa, when effective control should be done.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-23T17:25:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712974 bytes, checksum: 2b6cc94c42dae05b9cc95ca1bdc6de6f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-23T17:25:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 712974 bytes, checksum: 2b6cc94c42dae05b9cc95ca1bdc6de6f (MD5) Previous issue date: 1999-10-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Uma progênie de 82 indivíduos F2, obtida do cruzamento entre Scavina-6 e ICS-1, foi analisada utilizando marcadores moleculares. Por meio das técnicas de RAPD e AFLP, foram amplificados 196 fragmentos polimórficos, que foram distribuídos em 26 grupos de ligação. Estes marcadores cobriram uma distância de recombinação de 1.733 cM, com distância média entre dois marcadores adjacentes de 8,84 cM. Análises de regressão simples e múltipla e mapeamento por intervalo foram utilizados para detectar e mapear regiões genômicas associadas com a resistência à vassoura-de-bruxa. A proporção da variância fenotípica explicada por marcador variou entre 8,4%, para o loco iacacac.261, e 12,7%, para o loco sacgcat.78. Dos seis marcadores associados à resistência à vassoura-de-bruxa a 1% de probabilidade, os marcadores iAE06.950, saggcat.108 e iAB09.464 foram mantidos no modelo de regressão múltipla, utilizando o método de eliminação stepwise. Os três marcadores explicaram juntos 27,8% da variação fenotípica. Através do mapeamento por intervalo, foram identificadas associações significativas a 5% de probabilidade, nos grupos de ligação 01 e 11. No grupo de ligação 01 foram identificados três QTLs, flanqueados pelos marcadores iaagctc.65 - iBB12.1100, iAH18.850 - iBG09.580 e iAC01.475 - iAS19.970. O grupo 11 apresentou dois QTLs altamente significativos (P < 0,01) entre os marcadores saggcat.108 - sAV14.940 e sAV18.590 - sZ04.500. Os marcadores identificados pela análise de regressão múltipla também o foram pelo mapeamento por intervalo, com exceção do marcador iAB09.464, que não se encontra ligado no mapa de ligação construído no presente trabalho. / An F2 progeny composed by 82 individuals derived from a cross between Scavina-6 and ICS-1 was analyzed using molecular markers. RAPD and AFLP techniques amplified 196 polymorphic fragments distributed along 26 linkage groups. These markers covered a recombination distance of 1,733 cM, with an average of 8.84 cM between two linked markers. Simple and multiple regression analysis, and interval mapping were used to identify and to map genomic regions associated with witches’ broom resistance. The proportion of phenotypic variation explained by each marker varied from 8.4%, for iacacac.261 loci, to 12.7%, for sacgcat.78 loci. Out of the six markers associated with witches’ broom resistance at 1% of probability, only the markers iAE06.950, saggcat.108 and iAB09.464 were mantained on the multiple regression model using the stepwise elimination method. The three markers explained together 27.8% of the phenotypic variation. Interval mapping analysis detected significative associations in the linkage groups 01 and 11 at 5% of probability. In the linkage group 01 were identified three QTLs, flanked by the markers iaagctc.65 - iBB12.1100, iAH18.850 - iBG09.580 and iAC01.475 - iAS19.970. The linkage group 11 showed two QTLs highly significant (P < 0,01) between the markers saggcat.108 - sAV14.940 and sAV18.590 - sZ04.500. Markers identified by multiple regression analysis were also detected by interval mapping, except for the marker iAB09.464 that were not linked on the genetic map performed in this work.

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao L.), causada pelo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa consiste numa importante enfermidade e apenas o uso de variedades resistentes representa uma solução econômica e ambientalmente viável. Os hormônios vegetais são imprescindíveis na rede de sinalização envolvida na resposta contra uma grande variedade de estresses bióticos e abióticos, sendo bem reconhecido o papel crucial do ácido salicílico (AS), etileno (ET) e os jasmonatos (JA) na interação planta-patógeno. O mecanismo de resistência observado em T. cacao contra o fungo hemibiotrófico M. perniciosa parece não envolver resposta de hipersensibilidade mediada pela sinalização por AS, e caracteriza-se pela menor incidência de sintomas e atenuação do crescimento micelial no material resistente. A resposta regulada por JA e/ou ET é determinada pela contenção e redução da colonização de tecidos infectados pelo patógeno, com atenuação dos sintomas manifestados, e está associada com a indução e produção de inibidores de protease, enzimas líticas da parede de fungos e enzimas do metabolismo secundário e cujo os genes demonstraram indução diferencial em amostras inoculadas com M. perniciosa. Recentemente, foi demonstrada a produção de AS pelo fungo M. perniciosa, o que poderia estar associado a um desarranjo hormonal na planta, auxiliando o pátogeno no processo infectivo. A partir destas evidências este trabalho teve como hipótese que JA e/ou ET estaria regulando a interação T. cacao e M. perniciosa. Sabe-se que a transcrição de genes codificantes das enzimas da via de biossíntese de JA é induzida por aplicação exógena de metil-jasmonato (MJ) e por patógenos, assim para verificar a participação de JA na resposta de defesa de cacau, seqüências de genes que codificam para enzimas da via de biossíntese foram identificadas, classificadas e confirmados sua identidade por seqüenciamento. A indução e expressão quantitativa destes, além dos genes Samsi, Accox, Pal, Jaz e Della, foram avaliadas entre o acesso susceptível à M. perniciosa (\'P7\') e o resistente (\'CAB 214\') de T. cacao, em experimentos de aplicação de indutores (AS, ET e MJ) e inoculação com M. perniciosa. As análises de expressão gênica relativa por RT-qPCR foram conduzidas e a resposta dos genes de biossíntese de JA, quando tratado com MJ no \'P7\' pareceu ser mais intensa e mais específica, enquanto que o acesso \'CAB 214\' apresentou resposta com menor intensidade, porém com resposta mais precoce, demonstrando que o mecanismo de regulação positiva pela aplicação exógena de MJ também ocorre em T. cacao. Em relação à inoculação, os resultados de expressão gênica sugerem uma diferença na resposta transcricional dos genes analisados sob inoculação de M. perniciosa entre o \'P7\' e o \'CAB 214\' onde os transcritos de Aos, Kat, Samsi e Jaz apresentaram elevação significativa somente no \'CAB 214\' em comparação ao \'P7\'. Em acessos resistentes, como \'CAB 214\', o efeito de AS produzido pelo fungo poderia não estar surtindo efeitos antagônicos, como indicado pelo aumento transcricional de Aos, gene codificador da principal enzima envolvida na biossíntese de JA, e embora os demais genes da via estejam sendo reprimidos, muito possivelmente a sinalização da resposta de defesa do acesso resistente \'CAB 214\' seja desencadeada por JA, devido ao papel central de AOS na sua biossíntese, e de maneira sinérgica ET estaria participando do mecanismo de resposta, indicado pela alta indução de Samsi no acesso resistente / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Moniliophthora perniciosa is an important disease and the use of resistant varieties is the only economic and environmental long-term solution. Plant hormones are essential in the signaling network involved in the response against a variety of biotic and abiotic stresses. It is well recognized the crucial role of salicylic acid (SA), ethylene (ET) and jasmonate (JA) in plant-pathogen interactions. The mechanism of resistance observed in Theobroma cacao against M. perniciosa does not appear to involve hypersensitivity response mediated by AS signaling, and it is characterized by lower incidence of symptoms and reduction of mycelial growth in resistant material. The response regulated by JA and/or ET is determined by the growth inhibition and a reduction of the colonization of infected tissues by the pathogen, together with an attenuation of symptoms. It is also associated with an induction and production of the protease inhibitors, lytic enzymes and enzymes of secondary metabolism and the genes enconding these enzymes have shown differential expression patterns in samples inoculated with M. perniciosa. It has been recently demonstrated that the production of AS by the fungus M. perniciosa could be associated with a hormonal disorder in the plant, which could therefore help the pathogen in the infective process. Considering this, the hypothesis that JA and/or ET would regulate the interaction of T. cacao with M. perniciosa was formulated in order to be tested by this research work. It is known that the transcription of genes encoding the enzymes of the JA biosynthesis pathway is induced by exogenous application of methyl jasmonate (MJ) and by pathogen, thus, in order to verify the involvement of JA in defense response of cocoa, sequences of genes that encode the enzymes of the JA biosynthesis pathway were isolated, identified, classified and had their identity confirmed by sequencing, and relative quantitative gene expression were evaluated in susceptible \'P7\' and resistant \'CAB 214\' plants of T. cacao. In addition genes Sams, Accox, Pal , Jaz and Della, were evaluated in experiments with application of inducers (AS, ET and MJ) and inoculation with M. perniciosa. Analysis of relative gene expression by RT-qPCR were conducted and \'P7\' seems to have the expression of jasmonate biosynthesis genes in a more intense and more specific manner when treated with MJ, while \'CAB 214\' shows an earlier yet lower response suggesting that the mechanism of positive regulation by the exogenous application of MJ also occurs in T. cacao. For the inoculation, the gene expression results suggest a difference in the transcriptional response from inoculation with M. perniciosa between \'P7\' and \'CAB 214\' in T. cacao. The effect of AS produced by the fungus may not have antagonistic effects in resistant materials such as \'CAB 214\', as indicated by the increase of the transcription of Aos gene that encodes the main enzyme involved in JA biosynthesis, so the defense responses of \'CAB 214\' is possibly triggered by JA signaling, because the central role of AOS in its biosynthesis, and may be part of synergistic ET signaling, indicated by high Samsi expression in resistance material